src/gromacs/gmxpreprocess/add_par.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_ADD_PAR_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_ADD_PAR_H
  40
  41 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  42 #include "gromacs/utility/real.h"
  43
  44 struct InteractionsOfType;
  45 struct PreprocessResidue;
  46
  47 void add_param(InteractionsOfType        *ps,
  48                int                        ai,
  49                int                        aj,
  50                gmx::ArrayRef<const real>  c,
  51                const char                *s);
  52
  53 void add_imp_param(InteractionsOfType *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
  54                    real c0, real c1, const char *s);
  55
  56 void add_dih_param(InteractionsOfType *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
  57                    real c0, real c1, real c2, const char *s);
  58
  59 void add_cmap_param(InteractionsOfType *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am,
  60                     const char *s);
  61
  62 void add_vsite2_atoms(InteractionsOfType *ps, int ai, int aj, int ak);
  63
  64 void add_vsite3_atoms(InteractionsOfType *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
  65                       bool bSwapParity);
  66
  67 void add_vsite2_param(InteractionsOfType *ps, int ai, int aj, int ak, real c0);
  68
  69 void add_vsite3_param(InteractionsOfType *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
  70                       real c0, real c1);
  71
  72 void add_vsite4_atoms(InteractionsOfType *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
  73                       int am);
  74
  75 int search_jtype(const PreprocessResidue &localPpResidue, const char *name, bool bFirstRes);
  76
  77 #endif