src/gromacs/gmxpreprocess/add_par.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014,2015,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "add_par.h"
  41
  42 #include <cstring>
  43
  44 #include <algorithm>
  45
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp_impl.h"
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  49 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  50 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  51 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  52
  53 #include "hackblock.h"
  54
  55 void add_param(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, gmx::ArrayRef<const real> c, const char* s)
  56 {
  57     if ((ai < 0) || (aj < 0))
  58     {
  59         gmx_fatal(FARGS, "Trying to add impossible atoms: ai=%d, aj=%d", ai, aj);
  60     }
  61     std::vector<int>  atoms = { ai, aj };
  62     std::vector<real> forceParm(c.begin(), c.end());
  63
  64     ps->interactionTypes.emplace_back(InteractionOfType(atoms, forceParm, s ? s : ""));
  65 }
  66
  67 void add_cmap_param(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am, const char* s)
  68 {
  69     std::vector<int> atoms = { ai, aj, ak, al, am };
  70     ps->interactionTypes.emplace_back(InteractionOfType(atoms, {}, s ? s : ""));
  71 }
  72
  73 void add_vsite2_param(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, real c0)
  74 {
  75     std::vector<int>  atoms     = { ai, aj, ak };
  76     std::vector<real> forceParm = { c0 };
  77     ps->interactionTypes.emplace_back(InteractionOfType(atoms, forceParm));
  78 }
  79
  80 void add_vsite3_param(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, int al, real c0, real c1)
  81 {
  82     std::vector<int>  atoms     = { ai, aj, ak, al };
  83     std::vector<real> forceParm = { c0, c1 };
  84     ps->interactionTypes.emplace_back(InteractionOfType(atoms, forceParm));
  85 }
  86
  87 void add_vsite3_atoms(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, int al, bool bSwapParity)
  88 {
  89     std::vector<int> atoms = { ai, aj, ak, al };
  90     ps->interactionTypes.emplace_back(InteractionOfType(atoms, {}));
  91
  92     if (bSwapParity)
  93     {
  94         ps->interactionTypes.back().setForceParameter(1, -1);
  95     }
  96 }
  97
  98 void add_vsite4_atoms(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am)
  99 {
 100     std::vector<int> atoms = { ai, aj, ak, al, am };
 101     ps->interactionTypes.emplace_back(InteractionOfType(atoms, {}));
 102 }
 103
 104 int search_jtype(const PreprocessResidue& localPpResidue, const char* name, bool bNterm)
 105 {
 106     int    niter, jmax;
 107     size_t k, kmax, minstrlen;
 108     char * rtpname, searchname[12];
 109
 110     strcpy(searchname, name);
 111
 112     /* Do a best match comparison */
 113     /* for protein N-terminus, allow renaming of H1, H2 and H3 to H */
 114     if (bNterm && (strlen(searchname) == 2) && (searchname[0] == 'H')
 115         && ((searchname[1] == '1') || (searchname[1] == '2') || (searchname[1] == '3')))
 116     {
 117         niter = 2;
 118     }
 119     else
 120     {
 121         niter = 1;
 122     }
 123     kmax = 0;
 124     jmax = -1;
 125     for (int iter = 0; (iter < niter && jmax == -1); iter++)
 126     {
 127         if (iter == 1)
 128         {
 129             /* Try without the hydrogen number in the N-terminus */
 130             searchname[1] = '\0';
 131         }
 132         for (int j = 0; (j < localPpResidue.natom()); j++)
 133         {
 134             rtpname = *(localPpResidue.atomname[j]);
 135             if (gmx_strcasecmp(searchname, rtpname) == 0)
 136             {
 137                 jmax = j;
 138                 kmax = strlen(searchname);
 139                 break;
 140             }
 141             if (iter == niter - 1)
 142             {
 143                 minstrlen = std::min(strlen(searchname), strlen(rtpname));
 144                 for (k = 0; k < minstrlen; k++)
 145                 {
 146                     if (searchname[k] != rtpname[k])
 147                     {
 148                         break;
 149                     }
 150                 }
 151                 if (k > kmax)
 152                 {
 153                     kmax = k;
 154                     jmax = j;
 155                 }
 156             }
 157         }
 158     }
 159     if (jmax == -1)
 160     {
 161         gmx_fatal(FARGS, "Atom %s not found in rtp database in residue %s", searchname,
 162                   localPpResidue.resname.c_str());
 163     }
 164     if (kmax != strlen(searchname))
 165     {
 166         gmx_fatal(FARGS,
 167                   "Atom %s not found in rtp database in residue %s, "
 168                   "it looks a bit like %s",
 169                   searchname, localPpResidue.resname.c_str(), *(localPpResidue.atomname[jmax]));
 170     }
 171     return jmax;
 172 }