src/gromacs/gmxpreprocess/add_par.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include <algorithm>
  43
  44 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp-impl.h"
  45 #include "gromacs/gmxpreprocess/hackblock.h"
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  49 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  50 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  51 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  52
  53 static void clear_atom_list(int i0, atom_id a[])
  54 {
  55     int i;
  56
  57     for (i = i0; i < MAXATOMLIST; i++)
  58     {
  59         a[i] = -1;
  60     }
  61 }
  62
  63 static void clear_force_param(int i0, real c[])
  64 {
  65     int i;
  66
  67     for (i = i0; i < MAXFORCEPARAM; i++)
  68     {
  69         c[i] = NOTSET;
  70     }
  71 }
  72
  73 void add_param(t_params *ps, int ai, int aj, real *c, char *s)
  74 {
  75     int i;
  76
  77     if ((ai < 0) || (aj < 0))
  78     {
  79         gmx_fatal(FARGS, "Trying to add impossible atoms: ai=%d, aj=%d", ai, aj);
  80     }
  81     pr_alloc(1, ps);
  82     ps->param[ps->nr].AI = ai;
  83     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
  84     clear_atom_list(2, ps->param[ps->nr].a);
  85     if (c == NULL)
  86     {
  87         clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
  88     }
  89     else
  90     {
  91         for (i = 0; (i < MAXFORCEPARAM); i++)
  92         {
  93             ps->param[ps->nr].c[i] = c[i];
  94         }
  95     }
  96     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
  97     ps->nr++;
  98 }
  99
 100 void add_imp_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, real c0, real c1,
 101                    char *s)
 102 {
 103     pr_alloc(1, ps);
 104     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 105     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 106     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 107     ps->param[ps->nr].AL = al;
 108     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 109     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 110     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 111     clear_force_param(2, ps->param[ps->nr].c);
 112     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 113     ps->nr++;
 114 }
 115
 116 void add_dih_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, real c0, real c1,
 117                    real c2, char *s)
 118 {
 119     pr_alloc(1, ps);
 120     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 121     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 122     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 123     ps->param[ps->nr].AL = al;
 124     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 125     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 126     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 127     ps->param[ps->nr].C2 = c2;
 128     clear_force_param(3, ps->param[ps->nr].c);
 129     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 130     ps->nr++;
 131 }
 132
 133 void add_cmap_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am, char *s)
 134 {
 135     pr_alloc(1, ps);
 136     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 137     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 138     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 139     ps->param[ps->nr].AL = al;
 140     ps->param[ps->nr].AM = am;
 141     clear_atom_list(5, ps->param[ps->nr].a);
 142     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 143     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 144     ps->nr++;
 145 }
 146
 147 void add_vsite2_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak)
 148 {
 149     pr_alloc(1, ps);
 150     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 151     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 152     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 153     clear_atom_list  (3, ps->param[ps->nr].a);
 154     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 155     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 156     ps->nr++;
 157 }
 158
 159 void add_vsite2_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, real c0)
 160 {
 161     pr_alloc(1, ps);
 162     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 163     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 164     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 165     clear_atom_list  (3, ps->param[ps->nr].a);
 166     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 167     clear_force_param(1, ps->param[ps->nr].c);
 168     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 169     ps->nr++;
 170 }
 171
 172 void add_vsite3_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
 173                       real c0, real c1)
 174 {
 175     pr_alloc(1, ps);
 176     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 177     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 178     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 179     ps->param[ps->nr].AL = al;
 180     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 181     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 182     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 183     clear_force_param(2, ps->param[ps->nr].c);
 184     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 185     ps->nr++;
 186 }
 187
 188 void add_vsite3_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, gmx_bool bSwapParity)
 189 {
 190     pr_alloc(1, ps);
 191     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 192     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 193     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 194     ps->param[ps->nr].AL = al;
 195     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 196     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 197     if (bSwapParity)
 198     {
 199         ps->param[ps->nr].C1 = -1;
 200     }
 201     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 202     ps->nr++;
 203 }
 204
 205 void add_vsite4_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am)
 206 {
 207     pr_alloc(1, ps);
 208     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 209     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 210     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 211     ps->param[ps->nr].AL = al;
 212     ps->param[ps->nr].AM = am;
 213     clear_atom_list  (5, ps->param[ps->nr].a);
 214     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 215     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 216     ps->nr++;
 217 }
 218
 219 int search_jtype(t_restp *rtp, char *name, gmx_bool bNterm)
 220 {
 221     int    niter, iter, j, jmax;
 222     size_t k, kmax, minstrlen;
 223     char  *rtpname, searchname[12];
 224
 225     strcpy(searchname, name);
 226
 227     /* Do a best match comparison */
 228     /* for protein N-terminus, allow renaming of H1, H2 and H3 to H */
 229     if (bNterm && (strlen(searchname) == 2) && (searchname[0] == 'H') &&
 230         ( (searchname[1] == '1') || (searchname[1] == '2') ||
 231           (searchname[1] == '3') ) )
 232     {
 233         niter = 2;
 234     }
 235     else
 236     {
 237         niter = 1;
 238     }
 239     kmax = 0;
 240     jmax = -1;
 241     for (iter = 0; (iter < niter && jmax == -1); iter++)
 242     {
 243         if (iter == 1)
 244         {
 245             /* Try without the hydrogen number in the N-terminus */
 246             searchname[1] = '\0';
 247         }
 248         for (j = 0; (j < rtp->natom); j++)
 249         {
 250             rtpname = *(rtp->atomname[j]);
 251             if (gmx_strcasecmp(searchname, rtpname) == 0)
 252             {
 253                 jmax = j;
 254                 kmax = strlen(searchname);
 255                 break;
 256             }
 257             if (iter == niter - 1)
 258             {
 259                 minstrlen = std::min(strlen(searchname), strlen(rtpname));
 260                 for (k = 0; k < minstrlen; k++)
 261                 {
 262                     if (searchname[k] != rtpname[k])
 263                     {
 264                         break;
 265                     }
 266                 }
 267                 if (k > kmax)
 268                 {
 269                     kmax = k;
 270                     jmax = j;
 271                 }
 272             }
 273         }
 274     }
 275     if (jmax == -1)
 276     {
 277         gmx_fatal(FARGS, "Atom %s not found in rtp database in residue %s",
 278                   searchname, rtp->resname);
 279     }
 280     if (kmax != strlen(searchname))
 281     {
 282         gmx_fatal(FARGS, "Atom %s not found in rtp database in residue %s, "
 283                   "it looks a bit like %s",
 284                   searchname, rtp->resname, *(rtp->atomname[jmax]));
 285     }
 286     return jmax;
 287 }