src/gromacs/gmxpreprocess/add_par.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014,2015,2017,2018 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39 #include "gmxpre.h"
  40
  41 #include "add_par.h"
  42
  43 #include <cstring>
  44
  45 #include <algorithm>
  46
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp_impl.h"
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  50 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  51 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53
  54 #include "hackblock.h"
  55
  56 void add_param(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, gmx::ArrayRef<const real> c, const char* s)
  57 {
  58     if ((ai < 0) || (aj < 0))
  59     {
  60         gmx_fatal(FARGS, "Trying to add impossible atoms: ai=%d, aj=%d", ai, aj);
  61     }
  62     std::vector<int>  atoms = { ai, aj };
  63     std::vector<real> forceParm(c.begin(), c.end());
  64
  65     ps->interactionTypes.emplace_back(atoms, forceParm, s ? s : "");
  66 }
  67
  68 void add_cmap_param(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am, const char* s)
  69 {
  70     std::vector<int> atoms = { ai, aj, ak, al, am };
  71     ps->interactionTypes.emplace_back(atoms, gmx::ArrayRef<const real>{}, s ? s : "");
  72 }
  73
  74 void add_vsite2_param(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, real c0)
  75 {
  76     std::vector<int>  atoms     = { ai, aj, ak };
  77     std::vector<real> forceParm = { c0 };
  78     ps->interactionTypes.emplace_back(atoms, forceParm);
  79 }
  80
  81 void add_vsite3_param(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, int al, real c0, real c1)
  82 {
  83     std::vector<int>  atoms     = { ai, aj, ak, al };
  84     std::vector<real> forceParm = { c0, c1 };
  85     ps->interactionTypes.emplace_back(atoms, forceParm);
  86 }
  87
  88 void add_vsite3_atoms(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, int al, bool bSwapParity)
  89 {
  90     std::vector<int> atoms = { ai, aj, ak, al };
  91     ps->interactionTypes.emplace_back(atoms, gmx::ArrayRef<const real>{});
  92
  93     if (bSwapParity)
  94     {
  95         ps->interactionTypes.back().setForceParameter(1, -1);
  96     }
  97 }
  98
  99 void add_vsite4_atoms(InteractionsOfType* ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am)
 100 {
 101     std::vector<int> atoms = { ai, aj, ak, al, am };
 102     ps->interactionTypes.emplace_back(atoms, gmx::ArrayRef<const real>{});
 103 }
 104
 105 int search_jtype(const PreprocessResidue& localPpResidue, const char* name, bool bNterm)
 106 {
 107     int    niter, jmax;
 108     size_t k, kmax, minstrlen;
 109     char * rtpname, searchname[12];
 110
 111     strcpy(searchname, name);
 112
 113     /* Do a best match comparison */
 114     /* for protein N-terminus, allow renaming of H1, H2 and H3 to H */
 115     if (bNterm && (strlen(searchname) == 2) && (searchname[0] == 'H')
 116         && ((searchname[1] == '1') || (searchname[1] == '2') || (searchname[1] == '3')))
 117     {
 118         niter = 2;
 119     }
 120     else
 121     {
 122         niter = 1;
 123     }
 124     kmax = 0;
 125     jmax = -1;
 126     for (int iter = 0; (iter < niter && jmax == -1); iter++)
 127     {
 128         if (iter == 1)
 129         {
 130             /* Try without the hydrogen number in the N-terminus */
 131             searchname[1] = '\0';
 132         }
 133         for (int j = 0; (j < localPpResidue.natom()); j++)
 134         {
 135             rtpname = *(localPpResidue.atomname[j]);
 136             if (gmx_strcasecmp(searchname, rtpname) == 0)
 137             {
 138                 jmax = j;
 139                 kmax = strlen(searchname);
 140                 break;
 141             }
 142             if (iter == niter - 1)
 143             {
 144                 minstrlen = std::min(strlen(searchname), strlen(rtpname));
 145                 for (k = 0; k < minstrlen; k++)
 146                 {
 147                     if (searchname[k] != rtpname[k])
 148                     {
 149                         break;
 150                     }
 151                 }
 152                 if (k > kmax)
 153                 {
 154                     kmax = k;
 155                     jmax = j;
 156                 }
 157             }
 158         }
 159     }
 160     if (jmax == -1)
 161     {
 162         gmx_fatal(FARGS,
 163                   "Atom %s not found in rtp database in residue %s",
 164                   searchname,
 165                   localPpResidue.resname.c_str());
 166     }
 167     if (kmax != strlen(searchname))
 168     {
 169         gmx_fatal(FARGS,
 170                   "Atom %s not found in rtp database in residue %s, "
 171                   "it looks a bit like %s",
 172                   searchname,
 173                   localPpResidue.resname.c_str(),
 174                   *(localPpResidue.atomname[jmax]));
 175     }
 176     return jmax;
 177 }