src/gromacs/gmxlib/txtdump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 /* This file is completely threadsafe - please keep it that way! */
  40
  41 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  42
  43 #include <cstdio>
  44 #include <cstdlib>
  45
  46 #include <algorithm>
  47
  48 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  52 #include "gromacs/math/vec.h"
  53 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  54 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  55 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  56
  57 int pr_indent(FILE *fp, int n)
  58 {
  59     int i;
  60
  61     for (i = 0; i < n; i++)
  62     {
  63         fprintf(fp, " ");
  64     }
  65     return n;
  66 }
  67
  68 int available(FILE *fp, void *p, int indent, const char *title)
  69 {
  70     if (!p)
  71     {
  72         if (indent > 0)
  73         {
  74             pr_indent(fp, indent);
  75         }
  76         fprintf(fp, "%s: not available\n", title);
  77     }
  78     return (p != NULL);
  79 }
  80
  81 int pr_title(FILE *fp, int indent, const char *title)
  82 {
  83     pr_indent(fp, indent);
  84     fprintf(fp, "%s:\n", title);
  85     return (indent+INDENT);
  86 }
  87
  88 int pr_title_n(FILE *fp, int indent, const char *title, int n)
  89 {
  90     pr_indent(fp, indent);
  91     fprintf(fp, "%s (%d):\n", title, n);
  92     return (indent+INDENT);
  93 }
  94
  95 int pr_title_nxn(FILE *fp, int indent, const char *title, int n1, int n2)
  96 {
  97     pr_indent(fp, indent);
  98     fprintf(fp, "%s (%dx%d):\n", title, n1, n2);
  99     return (indent+INDENT);
 100 }
 101
 102 void pr_ivec(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 103 {
 104     int i;
 105
 106     if (available(fp, vec, indent, title))
 107     {
 108         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 109         for (i = 0; i < n; i++)
 110         {
 111             pr_indent(fp, indent);
 112             fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 113         }
 114     }
 115 }
 116
 117 void pr_ivec_block(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 118 {
 119     int i, j;
 120
 121     if (available(fp, vec, indent, title))
 122     {
 123         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 124         i      = 0;
 125         while (i < n)
 126         {
 127             j = i+1;
 128             while (j < n && vec[j] == vec[j-1]+1)
 129             {
 130                 j++;
 131             }
 132             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
 133             if (j - i < 3)
 134             {
 135                 while (i < j)
 136                 {
 137                     pr_indent(fp, indent);
 138                     fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n",
 139                             title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 140                     i++;
 141                 }
 142             }
 143             else
 144             {
 145                 pr_indent(fp, indent);
 146                 fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n",
 147                         title,
 148                         bShowNumbers ? i : -1,
 149                         bShowNumbers ? j-1 : -1,
 150                         vec[i], vec[j-1]);
 151                 i = j;
 152             }
 153         }
 154     }
 155 }
 156
 157 void pr_bvec(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 158 {
 159     int i;
 160
 161     if (available(fp, vec, indent, title))
 162     {
 163         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 164         for (i = 0; i < n; i++)
 165         {
 166             pr_indent(fp, indent);
 167             fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
 168                     EBOOL(vec[i]));
 169         }
 170     }
 171 }
 172
 173 void pr_ivecs(FILE *fp, int indent, const char *title, ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 174 {
 175     int i, j;
 176
 177     if (available(fp, vec, indent, title))
 178     {
 179         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 180         for (i = 0; i < n; i++)
 181         {
 182             pr_indent(fp, indent);
 183             fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 184             for (j = 0; j < DIM; j++)
 185             {
 186                 if (j != 0)
 187                 {
 188                     fprintf(fp, ", ");
 189                 }
 190                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 191             }
 192             fprintf(fp, "}\n");
 193         }
 194     }
 195 }
 196
 197 void pr_rvec(FILE *fp, int indent, const char *title, real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 198 {
 199     int i;
 200
 201     if (available(fp, vec, indent, title))
 202     {
 203         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 204         for (i = 0; i < n; i++)
 205         {
 206             pr_indent(fp, indent);
 207             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 208         }
 209     }
 210 }
 211
 212 void pr_dvec(FILE *fp, int indent, const char *title, double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 213 {
 214     int i;
 215
 216     if (available(fp, vec, indent, title))
 217     {
 218         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 219         for (i = 0; i < n; i++)
 220         {
 221             pr_indent(fp, indent);
 222             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 223         }
 224     }
 225 }
 226
 227
 228 /*
 229    void pr_mat(FILE *fp,int indent,char *title,matrix m)
 230    {
 231    int i,j;
 232
 233    if (available(fp,m,indent,title)) {
 234     indent=pr_title_n(fp,indent,title,n);
 235     for(i=0; i<n; i++) {
 236       pr_indent(fp,indent);
 237       fprintf(fp,"%s[%d]=%12.5e %12.5e %12.5e\n",
 238           title,bShowNumbers?i:-1,m[i][XX],m[i][YY],m[i][ZZ]);
 239     }
 240    }
 241    }
 242  */
 243
 244 void pr_rvecs_len(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 245 {
 246     int i, j;
 247
 248     if (available(fp, vec, indent, title))
 249     {
 250         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 251         for (i = 0; i < n; i++)
 252         {
 253             pr_indent(fp, indent);
 254             fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 255             for (j = 0; j < DIM; j++)
 256             {
 257                 if (j != 0)
 258                 {
 259                     fprintf(fp, ", ");
 260                 }
 261                 fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 262             }
 263             fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 264         }
 265     }
 266 }
 267
 268 void pr_rvecs(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 269 {
 270     const char *fshort = "%12.5e";
 271     const char *flong  = "%15.8e";
 272     const char *format;
 273     int         i, j;
 274
 275     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 276     {
 277         format = flong;
 278     }
 279     else
 280     {
 281         format = fshort;
 282     }
 283
 284     if (available(fp, vec, indent, title))
 285     {
 286         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 287         for (i = 0; i < n; i++)
 288         {
 289             pr_indent(fp, indent);
 290             fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 291             for (j = 0; j < DIM; j++)
 292             {
 293                 if (j != 0)
 294                 {
 295                     fprintf(fp, ", ");
 296                 }
 297                 fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 298             }
 299             fprintf(fp, "}\n");
 300         }
 301     }
 302 }
 303
 304
 305 void pr_rvecs_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n, int dim)
 306 {
 307     const char *fshort = "%12.5e";
 308     const char *flong  = "%15.8e";
 309     const char *format;
 310     int         i, j;
 311
 312     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 313     {
 314         format = flong;
 315     }
 316     else
 317     {
 318         format = fshort;
 319     }
 320
 321     if (available(fp, vec, indent, title))
 322     {
 323         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 324         for (i = 0; i < n; i++)
 325         {
 326             pr_indent(fp, indent);
 327             fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 328             for (j = 0; j < dim; j++)
 329             {
 330                 if (j != 0)
 331                 {
 332                     fprintf(fp, ", ");
 333                 }
 334                 fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 335             }
 336             fprintf(fp, "}\n");
 337         }
 338     }
 339 }
 340
 341 void pr_reals(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n)
 342 {
 343     int i;
 344
 345     if (available(fp, vec, indent, title))
 346     {
 347         pr_indent(fp, indent);
 348         fprintf(fp, "%s:\t", title);
 349         for (i = 0; i < n; i++)
 350         {
 351             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 352         }
 353         fprintf(fp, "\n");
 354     }
 355 }
 356
 357 void pr_doubles(FILE *fp, int indent, const char *title, double *vec, int n)
 358 {
 359     int i;
 360
 361     if (available(fp, vec, indent, title))
 362     {
 363         pr_indent(fp, indent);
 364         fprintf(fp, "%s:\t", title);
 365         for (i = 0; i < n; i++)
 366         {
 367             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 368         }
 369         fprintf(fp, "\n");
 370     }
 371 }
 372
 373 void pr_reals_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n, int dim)
 374 {
 375     int         i, j;
 376     const char *fshort = "%12.5e";
 377     const char *flong  = "%15.8e";
 378     const char *format;
 379
 380     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != NULL)
 381     {
 382         format = flong;
 383     }
 384     else
 385     {
 386         format = fshort;
 387     }
 388
 389     if (available(fp, vec, indent, title))
 390     {
 391         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 392         for (i = 0; i < n; i++)
 393         {
 394             pr_indent(fp, indent);
 395             fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 396             for (j = 0; j < dim; j++)
 397             {
 398                 if (j != 0)
 399                 {
 400                     fprintf(fp, ", ");
 401                 }
 402                 fprintf(fp, format, vec[i * dim  + j]);
 403             }
 404             fprintf(fp, "}\n");
 405         }
 406     }
 407 }
 408
 409 static void pr_int(FILE *fp, int indent, const char *title, int i)
 410 {
 411     pr_indent(fp, indent);
 412     fprintf(fp, "%-30s = %d\n", title, i);
 413 }
 414
 415 static void pr_int64(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_int64_t i)
 416 {
 417     char buf[STEPSTRSIZE];
 418
 419     pr_indent(fp, indent);
 420     fprintf(fp, "%-30s = %s\n", title, gmx_step_str(i, buf));
 421 }
 422
 423 static void pr_real(FILE *fp, int indent, const char *title, real r)
 424 {
 425     pr_indent(fp, indent);
 426     fprintf(fp, "%-30s = %g\n", title, r);
 427 }
 428
 429 static void pr_double(FILE *fp, int indent, const char *title, double d)
 430 {
 431     pr_indent(fp, indent);
 432     fprintf(fp, "%-30s = %g\n", title, d);
 433 }
 434
 435 static void pr_str(FILE *fp, int indent, const char *title, const char *s)
 436 {
 437     pr_indent(fp, indent);
 438     fprintf(fp, "%-30s = %s\n", title, s);
 439 }
 440
 441 void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, t_grpopts *opts)
 442 {
 443     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 444
 445     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 446     if (opts->ngQM > 0)
 447     {
 448         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 449         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 450         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 451         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 452         pr_bvec(fp, indent, "SH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 453         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 454         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 455         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 456         pr_rvec(fp, indent, "SAoff", opts->SAoff, opts->ngQM, FALSE);
 457         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 458         pr_bvec(fp, indent, "bOPT", opts->bOPT, opts->ngQM, FALSE);
 459         pr_bvec(fp, indent, "bTS", opts->bTS, opts->ngQM, FALSE);
 460     }
 461 }
 462
 463 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, t_grpopts *opts,
 464                         gmx_bool bMDPformat)
 465 {
 466     int i, m, j;
 467
 468     if (!bMDPformat)
 469     {
 470         fprintf(out, "%s:\n", title);
 471     }
 472
 473     pr_indent(out, indent);
 474     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 475     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 476     {
 477         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 478     }
 479     fprintf(out, "\n");
 480
 481     pr_indent(out, indent);
 482     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 483     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 484     {
 485         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 486     }
 487     fprintf(out, "\n");
 488
 489     pr_indent(out, indent);
 490     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 491     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 492     {
 493         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 494     }
 495     fprintf(out, "\n");
 496
 497     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 498     fprintf(out, "annealing%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 499     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 500     {
 501         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 502     }
 503     fprintf(out, "\n");
 504
 505     fprintf(out, "annealing-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 506     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 507     {
 508         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 509     }
 510     fprintf(out, "\n");
 511
 512     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 513     {
 514         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 515         {
 516             fprintf(out, "annealing-time [%d]:\t", i);
 517             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 518             {
 519                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 520             }
 521             fprintf(out, "\n");
 522             fprintf(out, "annealing-temp [%d]:\t", i);
 523             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 524             {
 525                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 526             }
 527             fprintf(out, "\n");
 528         }
 529     }
 530
 531     pr_indent(out, indent);
 532     fprintf(out, "acc:\t");
 533     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 534     {
 535         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 536         {
 537             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 538         }
 539     }
 540     fprintf(out, "\n");
 541
 542     pr_indent(out, indent);
 543     fprintf(out, "nfreeze:");
 544     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 545     {
 546         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 547         {
 548             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 549         }
 550     }
 551     fprintf(out, "\n");
 552
 553
 554     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 555     {
 556         pr_indent(out, indent);
 557         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 558         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 559         {
 560             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 561         }
 562         fprintf(out, "\n");
 563     }
 564
 565     fflush(out);
 566 }
 567
 568 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec *m,
 569                       gmx_bool bMDPformat)
 570 {
 571     if (bMDPformat)
 572     {
 573         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 574                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 575     }
 576     else
 577     {
 578         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 579     }
 580 }
 581
 582 static void pr_cosine(FILE *fp, int indent, const char *title, t_cosines *cos,
 583                       gmx_bool bMDPformat)
 584 {
 585     int j;
 586
 587     if (bMDPformat)
 588     {
 589         fprintf(fp, "%s = %d\n", title, cos->n);
 590     }
 591     else
 592     {
 593         indent = pr_title(fp, indent, title);
 594         pr_indent(fp, indent);
 595         fprintf(fp, "n = %d\n", cos->n);
 596         if (cos->n > 0)
 597         {
 598             pr_indent(fp, indent+2);
 599             fprintf(fp, "a =");
 600             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 601             {
 602                 fprintf(fp, " %e", cos->a[j]);
 603             }
 604             fprintf(fp, "\n");
 605             pr_indent(fp, indent+2);
 606             fprintf(fp, "phi =");
 607             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 608             {
 609                 fprintf(fp, " %e", cos->phi[j]);
 610             }
 611             fprintf(fp, "\n");
 612         }
 613     }
 614 }
 615
 616 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 617 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 618 #define PSTEP(t, s) pr_int64(fp, indent, t, s)
 619 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 620 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 621
 622 static void pr_pull_group(FILE *fp, int indent, int g, t_pull_group *pgrp)
 623 {
 624     pr_indent(fp, indent);
 625     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 626     indent += 2;
 627     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pgrp->ind, pgrp->nat, TRUE);
 628     pr_rvec(fp, indent, "weight", pgrp->weight, pgrp->nweight, TRUE);
 629     PI("pbcatom", pgrp->pbcatom);
 630 }
 631
 632 static void pr_pull_coord(FILE *fp, int indent, int c, t_pull_coord *pcrd)
 633 {
 634     pr_indent(fp, indent);
 635     fprintf(fp, "pull-coord %d:\n", c);
 636     PI("group[0]", pcrd->group[0]);
 637     PI("group[1]", pcrd->group[1]);
 638     if (pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE)
 639     {
 640         PI("group[2]", pcrd->group[2]);
 641         PI("group[3]", pcrd->group[3]);
 642     }
 643     PS("type", EPULLTYPE(pcrd->eType));
 644     PS("geometry", EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 645     pr_ivec(fp, indent, "dim", pcrd->dim, DIM, TRUE);
 646     pr_rvec(fp, indent, "origin", pcrd->origin, DIM, TRUE);
 647     pr_rvec(fp, indent, "vec", pcrd->vec, DIM, TRUE);
 648     PS("start", EBOOL(pcrd->bStart));
 649     PR("init", pcrd->init);
 650     PR("rate", pcrd->rate);
 651     PR("k", pcrd->k);
 652     PR("kB", pcrd->kB);
 653 }
 654
 655 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 656 {
 657     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 658     PR("sim-temp-low", simtemp->simtemp_low);
 659     PR("sim-temp-high", simtemp->simtemp_high);
 660     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 661 }
 662
 663 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, t_expanded *expand, int n_lambda)
 664 {
 665
 666     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 667     PS("lmc-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 668     PS("lmc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 669     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 670     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 671     {
 672         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 673     }
 674     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 675     {
 676         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 677     }
 678     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 679     {
 680         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 681     }
 682     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 683     {
 684         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 685     }
 686     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 687     {
 688         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 689     }
 690     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 691     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 692     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 693     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 694     PI("lmc-forced-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 695     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 696     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 697     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 698     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 699     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 700     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 701     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 702     PS("wl-oneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 703
 704     pr_indent(fp, indent);
 705     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 706     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 707 }
 708
 709 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 710 {
 711     int i, j;
 712
 713     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 714     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 715     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 716     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 717
 718     if (!bMDPformat)
 719     {
 720         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 721     }
 722     if (fep->n_lambda > 0)
 723     {
 724         pr_indent(fp, indent);
 725         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 726         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 727         {
 728             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 729             if (fep->separate_dvdl[i])
 730             {
 731                 fprintf(fp, "  TRUE");
 732             }
 733             else
 734             {
 735                 fprintf(fp, "  FALSE");
 736             }
 737             fprintf(fp, "\n");
 738         }
 739         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 740         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 741         {
 742             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 743             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 744             {
 745                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 746             }
 747             fprintf(fp, "\n");
 748         }
 749     }
 750     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 751     PS("dhdl-print-energy", edHdLPrintEnergy_names[fep->edHdLPrintEnergy]);
 752     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 753     PI("sc-power", fep->sc_power);
 754     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 755     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 756     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 757     PS("sc-coul", EBOOL(fep->bScCoul));
 758     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 759     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 760     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 761     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 762 };
 763
 764 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, pull_params_t *pull)
 765 {
 766     int g;
 767
 768     PR("pull-cylinder-r", pull->cylinder_r);
 769     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 770     PS("pull-print-COM1", EBOOL(pull->bPrintCOM1));
 771     PS("pull-print-COM2", EBOOL(pull->bPrintCOM2));
 772     PS("pull-print-ref-value", EBOOL(pull->bPrintRefValue));
 773     PS("pull-print-components", EBOOL(pull->bPrintComp));
 774     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 775     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 776     PI("pull-ngroups", pull->ngroup);
 777     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 778     {
 779         pr_pull_group(fp, indent, g, &pull->group[g]);
 780     }
 781     PI("pull-ncoords", pull->ncoord);
 782     for (g = 0; g < pull->ncoord; g++)
 783     {
 784         pr_pull_coord(fp, indent, g, &pull->coord[g]);
 785     }
 786 }
 787
 788 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_rotgrp *rotg)
 789 {
 790     pr_indent(fp, indent);
 791     fprintf(fp, "rot-group %d:\n", g);
 792     indent += 2;
 793     PS("rot-type", EROTGEOM(rotg->eType));
 794     PS("rot-massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 795     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 796     pr_rvecs(fp, indent, "x-ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 797     pr_rvec(fp, indent, "rot-vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 798     pr_rvec(fp, indent, "rot-pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 799     PR("rot-rate", rotg->rate);
 800     PR("rot-k", rotg->k);
 801     PR("rot-slab-dist", rotg->slab_dist);
 802     PR("rot-min-gauss", rotg->min_gaussian);
 803     PR("rot-eps", rotg->eps);
 804     PS("rot-fit-method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 805     PI("rot-potfit-nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 806     PR("rot-potfit-step", rotg->PotAngle_step);
 807 }
 808
 809 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, t_rot *rot)
 810 {
 811     int g;
 812
 813     PI("rot-nstrout", rot->nstrout);
 814     PI("rot-nstsout", rot->nstsout);
 815     PI("rot-ngroups", rot->ngrp);
 816     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 817     {
 818         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 819     }
 820 }
 821
 822
 823 static void pr_swap(FILE *fp, int indent, t_swapcoords *swap)
 824 {
 825     int  j;
 826     char str[STRLEN];
 827
 828
 829     PI("swap-frequency", swap->nstswap);
 830     for (j = 0; j < 2; j++)
 831     {
 832         sprintf(str, "massw_split%d", j);
 833         PS(str, EBOOL(swap->massw_split[j]));
 834         sprintf(str, "split atoms group %d", j);
 835         pr_ivec_block(fp, indent, str, swap->ind_split[j], swap->nat_split[j], TRUE);
 836     }
 837     pr_ivec_block(fp, indent, "swap atoms", swap->ind, swap->nat, TRUE);
 838     pr_ivec_block(fp, indent, "solvent atoms", swap->ind_sol, swap->nat_sol, TRUE);
 839     PR("cyl0-r", swap->cyl0r);
 840     PR("cyl0-up", swap->cyl0u);
 841     PR("cyl0-down", swap->cyl0l);
 842     PR("cyl1-r", swap->cyl1r);
 843     PR("cyl1-up", swap->cyl1u);
 844     PR("cyl1-down", swap->cyl1l);
 845     PI("coupl-steps", swap->nAverage);
 846     for (j = 0; j < 2; j++)
 847     {
 848         sprintf(str, "anions%c", j+'A');
 849         PI(str, swap->nanions[j]);
 850         sprintf(str, "cations%c", j+'A');
 851         PI(str, swap->ncations[j]);
 852     }
 853     PR("threshold", swap->threshold);
 854 }
 855
 856
 857 static void pr_imd(FILE *fp, int indent, t_IMD *imd)
 858 {
 859     PI("IMD-atoms", imd->nat);
 860     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", imd->ind, imd->nat, TRUE);
 861 }
 862
 863
 864 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, t_inputrec *ir,
 865                  gmx_bool bMDPformat)
 866 {
 867     const char *infbuf = "inf";
 868
 869     if (available(fp, ir, indent, title))
 870     {
 871         if (!bMDPformat)
 872         {
 873             indent = pr_title(fp, indent, title);
 874         }
 875         /* Try to make this list appear in the same order as the
 876          * options are written in the default mdout.mdp, and with
 877          * the same user-exposed names to facilitate debugging.
 878          */
 879         PS("integrator", EI(ir->eI));
 880         PR("tinit", ir->init_t);
 881         PR("dt", ir->delta_t);
 882         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 883         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 884         PI("simulation-part", ir->simulation_part);
 885         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 886         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 887
 888         /* Langevin dynamics */
 889         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
 890         PSTEP("ld-seed", ir->ld_seed);
 891
 892         /* Energy minimization */
 893         PR("emtol", ir->em_tol);
 894         PR("emstep", ir->em_stepsize);
 895         PI("niter", ir->niter);
 896         PR("fcstep", ir->fc_stepsize);
 897         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
 898         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
 899
 900         /* Test particle insertion */
 901         PR("rtpi", ir->rtpi);
 902
 903         /* Output control */
 904         PI("nstxout", ir->nstxout);
 905         PI("nstvout", ir->nstvout);
 906         PI("nstfout", ir->nstfout);
 907         PI("nstlog", ir->nstlog);
 908         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 909         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 910         PI("nstxout-compressed", ir->nstxout_compressed);
 911         PR("compressed-x-precision", ir->x_compression_precision);
 912
 913         /* Neighborsearching parameters */
 914         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 915         PI("nstlist", ir->nstlist);
 916         PS("ns-type", ENS(ir->ns_type));
 917         PS("pbc", EPBC(ir->ePBC));
 918         PS("periodic-molecules", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 919         PR("verlet-buffer-tolerance", ir->verletbuf_tol);
 920         PR("rlist", ir->rlist);
 921         PR("rlistlong", ir->rlistlong);
 922         PR("nstcalclr", ir->nstcalclr);
 923
 924         /* Options for electrostatics and VdW */
 925         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 926         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 927         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 928         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 929         if (ir->epsilon_r != 0)
 930         {
 931             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 932         }
 933         else
 934         {
 935             PS("epsilon-r", infbuf);
 936         }
 937         if (ir->epsilon_rf != 0)
 938         {
 939             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 940         }
 941         else
 942         {
 943             PS("epsilon-rf", infbuf);
 944         }
 945         PS("vdw-type", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 946         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 947         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 948         PR("rvdw", ir->rvdw);
 949         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 950         PR("table-extension", ir->tabext);
 951
 952         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 953         PI("fourier-nx", ir->nkx);
 954         PI("fourier-ny", ir->nky);
 955         PI("fourier-nz", ir->nkz);
 956         PI("pme-order", ir->pme_order);
 957         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 958         PR("ewald-rtol-lj", ir->ewald_rtol_lj);
 959         PS("lj-pme-comb-rule", ELJPMECOMBNAMES(ir->ljpme_combination_rule));
 960         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 961         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 962
 963         /* Implicit solvent */
 964         PS("implicit-solvent", EIMPLICITSOL(ir->implicit_solvent));
 965
 966         /* Generalized born electrostatics */
 967         PS("gb-algorithm", EGBALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 968         PI("nstgbradii", ir->nstgbradii);
 969         PR("rgbradii", ir->rgbradii);
 970         PR("gb-epsilon-solvent", ir->gb_epsilon_solvent);
 971         PR("gb-saltconc", ir->gb_saltconc);
 972         PR("gb-obc-alpha", ir->gb_obc_alpha);
 973         PR("gb-obc-beta", ir->gb_obc_beta);
 974         PR("gb-obc-gamma", ir->gb_obc_gamma);
 975         PR("gb-dielectric-offset", ir->gb_dielectric_offset);
 976         PS("sa-algorithm", ESAALGORITHM(ir->sa_algorithm));
 977         PR("sa-surface-tension", ir->sa_surface_tension);
 978
 979         /* Options for weak coupling algorithms */
 980         PS("tcoupl", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 981         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 982         PI("nh-chain-length", ir->opts.nhchainlength);
 983         PS("print-nose-hoover-chain-variables", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 984
 985         PS("pcoupl", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 986         PS("pcoupltype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 987         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 988         PR("tau-p", ir->tau_p);
 989         pr_matrix(fp, indent, "compressibility", ir->compress, bMDPformat);
 990         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 991         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 992
 993         if (bMDPformat)
 994         {
 995             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 996                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 997             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 998                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 999         }
1000         else
1001         {
1002             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
1003             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
1004         }
1005
1006         /* QMMM */
1007         PS("QMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
1008         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
1009         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
1010         PR("MMChargeScaleFactor", ir->scalefactor);
1011         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
1012
1013         /* CONSTRAINT OPTIONS */
1014         PS("constraint-algorithm", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
1015         PS("continuation", EBOOL(ir->bContinuation));
1016
1017         PS("Shake-SOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
1018         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
1019         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
1020         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
1021         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
1022
1023         /* Walls */
1024         PI("nwall", ir->nwall);
1025         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
1026         PR("wall-r-linpot", ir->wall_r_linpot);
1027         /* wall-atomtype */
1028         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
1029         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
1030         /* wall-density */
1031         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
1032         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
1033         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
1034
1035         /* COM PULLING */
1036         PS("pull", EBOOL(ir->bPull));
1037         if (ir->bPull)
1038         {
1039             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
1040         }
1041
1042         /* ENFORCED ROTATION */
1043         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
1044         if (ir->bRot)
1045         {
1046             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
1047         }
1048
1049         /* INTERACTIVE MD */
1050         PS("interactiveMD", EBOOL(ir->bIMD));
1051         if (ir->bIMD)
1052         {
1053             pr_imd(fp, indent, ir->imd);
1054         }
1055
1056         /* NMR refinement stuff */
1057         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
1058         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
1059         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
1060         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
1061         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
1062         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
1063
1064         PR("orire-fc", ir->orires_fc);
1065         PR("orire-tau", ir->orires_tau);
1066         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
1067
1068         /* FREE ENERGY VARIABLES */
1069         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
1070         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
1071         {
1072             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
1073         }
1074         if (ir->bExpanded)
1075         {
1076             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
1077         }
1078
1079         /* NON-equilibrium MD stuff */
1080         PR("cos-acceleration", ir->cos_accel);
1081         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
1082
1083         /* SIMULATED TEMPERING */
1084         PS("simulated-tempering", EBOOL(ir->bSimTemp));
1085         if (ir->bSimTemp)
1086         {
1087             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
1088         }
1089
1090         /* ELECTRIC FIELDS */
1091         pr_cosine(fp, indent, "E-x", &(ir->ex[XX]), bMDPformat);
1092         pr_cosine(fp, indent, "E-xt", &(ir->et[XX]), bMDPformat);
1093         pr_cosine(fp, indent, "E-y", &(ir->ex[YY]), bMDPformat);
1094         pr_cosine(fp, indent, "E-yt", &(ir->et[YY]), bMDPformat);
1095         pr_cosine(fp, indent, "E-z", &(ir->ex[ZZ]), bMDPformat);
1096         pr_cosine(fp, indent, "E-zt", &(ir->et[ZZ]), bMDPformat);
1097
1098         /* ION/WATER SWAPPING FOR COMPUTATIONAL ELECTROPHYSIOLOGY */
1099         PS("swapcoords", ESWAPTYPE(ir->eSwapCoords));
1100         if (ir->eSwapCoords != eswapNO)
1101         {
1102             pr_swap(fp, indent, ir->swap);
1103         }
1104
1105         /* AdResS PARAMETERS */
1106         PS("adress", EBOOL(ir->bAdress));
1107         if (ir->bAdress)
1108         {
1109             PS("adress-type", EADRESSTYPE(ir->adress->type));
1110             PR("adress-const-wf", ir->adress->const_wf);
1111             PR("adress-ex-width", ir->adress->ex_width);
1112             PR("adress-hy-width", ir->adress->hy_width);
1113             PR("adress-ex-forcecap", ir->adress->ex_forcecap);
1114             PS("adress-interface-correction", EADRESSICTYPE(ir->adress->icor));
1115             PS("adress-site", EADRESSSITETYPE(ir->adress->site));
1116             pr_rvec(fp, indent, "adress-reference-coords", ir->adress->refs, DIM, TRUE);
1117             PS("adress-do-hybridpairs", EBOOL(ir->adress->do_hybridpairs));
1118         }
1119
1120         /* USER-DEFINED THINGIES */
1121         PI("userint1", ir->userint1);
1122         PI("userint2", ir->userint2);
1123         PI("userint3", ir->userint3);
1124         PI("userint4", ir->userint4);
1125         PR("userreal1", ir->userreal1);
1126         PR("userreal2", ir->userreal2);
1127         PR("userreal3", ir->userreal3);
1128         PR("userreal4", ir->userreal4);
1129
1130         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
1131     }
1132 }
1133 #undef PS
1134 #undef PR
1135 #undef PI
1136
1137 static void pr_harm(FILE *fp, t_iparams *iparams, const char *r, const char *kr)
1138 {
1139     fprintf(fp, "%sA=%12.5e, %sA=%12.5e, %sB=%12.5e, %sB=%12.5e\n",
1140             r, iparams->harmonic.rA, kr, iparams->harmonic.krA,
1141             r, iparams->harmonic.rB, kr, iparams->harmonic.krB);
1142 }
1143
1144 void pr_iparams(FILE *fp, t_functype ftype, t_iparams *iparams)
1145 {
1146     int  i;
1147     real VA[4], VB[4], *rbcA, *rbcB;
1148
1149     switch (ftype)
1150     {
1151         case F_ANGLES:
1152         case F_G96ANGLES:
1153             pr_harm(fp, iparams, "th", "ct");
1154             break;
1155         case F_CROSS_BOND_BONDS:
1156             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r2e=%15.8e, krr=%15.8e\n",
1157                     iparams->cross_bb.r1e, iparams->cross_bb.r2e,
1158                     iparams->cross_bb.krr);
1159             break;
1160         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1161             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r1e=%15.8e, r3e=%15.8e, krt=%15.8e\n",
1162                     iparams->cross_ba.r1e, iparams->cross_ba.r2e,
1163                     iparams->cross_ba.r3e, iparams->cross_ba.krt);
1164             break;
1165         case F_LINEAR_ANGLES:
1166             fprintf(fp, "klinA=%15.8e, aA=%15.8e, klinB=%15.8e, aB=%15.8e\n",
1167                     iparams->linangle.klinA, iparams->linangle.aA,
1168                     iparams->linangle.klinB, iparams->linangle.aB);
1169             break;
1170         case F_UREY_BRADLEY:
1171             fprintf(fp, "thetaA=%15.8e, kthetaA=%15.8e, r13A=%15.8e, kUBA=%15.8e, thetaB=%15.8e, kthetaB=%15.8e, r13B=%15.8e, kUBB=%15.8e\n", iparams->u_b.thetaA, iparams->u_b.kthetaA, iparams->u_b.r13A, iparams->u_b.kUBA, iparams->u_b.thetaB, iparams->u_b.kthetaB, iparams->u_b.r13B, iparams->u_b.kUBB);
1172             break;
1173         case F_QUARTIC_ANGLES:
1174             fprintf(fp, "theta=%15.8e", iparams->qangle.theta);
1175             for (i = 0; i < 5; i++)
1176             {
1177                 fprintf(fp, ", c%c=%15.8e", '0'+i, iparams->qangle.c[i]);
1178             }
1179             fprintf(fp, "\n");
1180             break;
1181         case F_BHAM:
1182             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1183                     iparams->bham.a, iparams->bham.b, iparams->bham.c);
1184             break;
1185         case F_BONDS:
1186         case F_G96BONDS:
1187         case F_HARMONIC:
1188             pr_harm(fp, iparams, "b0", "cb");
1189             break;
1190         case F_IDIHS:
1191             pr_harm(fp, iparams, "xi", "cx");
1192             break;
1193         case F_MORSE:
1194             fprintf(fp, "b0A=%15.8e, cbA=%15.8e, betaA=%15.8e, b0B=%15.8e, cbB=%15.8e, betaB=%15.8e\n",
1195                     iparams->morse.b0A, iparams->morse.cbA, iparams->morse.betaA,
1196                     iparams->morse.b0B, iparams->morse.cbB, iparams->morse.betaB);
1197             break;
1198         case F_CUBICBONDS:
1199             fprintf(fp, "b0=%15.8e, kb=%15.8e, kcub=%15.8e\n",
1200                     iparams->cubic.b0, iparams->cubic.kb, iparams->cubic.kcub);
1201             break;
1202         case F_CONNBONDS:
1203             fprintf(fp, "\n");
1204             break;
1205         case F_FENEBONDS:
1206             fprintf(fp, "bm=%15.8e, kb=%15.8e\n", iparams->fene.bm, iparams->fene.kb);
1207             break;
1208         case F_RESTRBONDS:
1209             fprintf(fp, "lowA=%15.8e, up1A=%15.8e, up2A=%15.8e, kA=%15.8e, lowB=%15.8e, up1B=%15.8e, up2B=%15.8e, kB=%15.8e,\n",
1210                     iparams->restraint.lowA, iparams->restraint.up1A,
1211                     iparams->restraint.up2A, iparams->restraint.kA,
1212                     iparams->restraint.lowB, iparams->restraint.up1B,
1213                     iparams->restraint.up2B, iparams->restraint.kB);
1214             break;
1215         case F_TABBONDS:
1216         case F_TABBONDSNC:
1217         case F_TABANGLES:
1218         case F_TABDIHS:
1219             fprintf(fp, "tab=%d, kA=%15.8e, kB=%15.8e\n",
1220                     iparams->tab.table, iparams->tab.kA, iparams->tab.kB);
1221             break;
1222         case F_POLARIZATION:
1223             fprintf(fp, "alpha=%15.8e\n", iparams->polarize.alpha);
1224             break;
1225         case F_ANHARM_POL:
1226             fprintf(fp, "alpha=%15.8e drcut=%15.8e khyp=%15.8e\n",
1227                     iparams->anharm_polarize.alpha,
1228                     iparams->anharm_polarize.drcut,
1229                     iparams->anharm_polarize.khyp);
1230             break;
1231         case F_THOLE_POL:
1232             fprintf(fp, "a=%15.8e, alpha1=%15.8e, alpha2=%15.8e, rfac=%15.8e\n",
1233                     iparams->thole.a, iparams->thole.alpha1, iparams->thole.alpha2,
1234                     iparams->thole.rfac);
1235             break;
1236         case F_WATER_POL:
1237             fprintf(fp, "al_x=%15.8e, al_y=%15.8e, al_z=%15.8e, rOH=%9.6f, rHH=%9.6f, rOD=%9.6f\n",
1238                     iparams->wpol.al_x, iparams->wpol.al_y, iparams->wpol.al_z,
1239                     iparams->wpol.rOH, iparams->wpol.rHH, iparams->wpol.rOD);
1240             break;
1241         case F_LJ:
1242             fprintf(fp, "c6=%15.8e, c12=%15.8e\n", iparams->lj.c6, iparams->lj.c12);
1243             break;
1244         case F_LJ14:
1245             fprintf(fp, "c6A=%15.8e, c12A=%15.8e, c6B=%15.8e, c12B=%15.8e\n",
1246                     iparams->lj14.c6A, iparams->lj14.c12A,
1247                     iparams->lj14.c6B, iparams->lj14.c12B);
1248             break;
1249         case F_LJC14_Q:
1250             fprintf(fp, "fqq=%15.8e, qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1251                     iparams->ljc14.fqq,
1252                     iparams->ljc14.qi, iparams->ljc14.qj,
1253                     iparams->ljc14.c6, iparams->ljc14.c12);
1254             break;
1255         case F_LJC_PAIRS_NB:
1256             fprintf(fp, "qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1257                     iparams->ljcnb.qi, iparams->ljcnb.qj,
1258                     iparams->ljcnb.c6, iparams->ljcnb.c12);
1259             break;
1260         case F_PDIHS:
1261         case F_PIDIHS:
1262         case F_ANGRES:
1263         case F_ANGRESZ:
1264             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e, phiB=%15.8e, cpB=%15.8e, mult=%d\n",
1265                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA,
1266                     iparams->pdihs.phiB, iparams->pdihs.cpB,
1267                     iparams->pdihs.mult);
1268             break;
1269         case F_DISRES:
1270             fprintf(fp, "label=%4d, type=%1d, low=%15.8e, up1=%15.8e, up2=%15.8e, fac=%15.8e)\n",
1271                     iparams->disres.label, iparams->disres.type,
1272                     iparams->disres.low, iparams->disres.up1,
1273                     iparams->disres.up2, iparams->disres.kfac);
1274             break;
1275         case F_ORIRES:
1276             fprintf(fp, "ex=%4d, label=%d, power=%4d, c=%15.8e, obs=%15.8e, kfac=%15.8e)\n",
1277                     iparams->orires.ex, iparams->orires.label, iparams->orires.power,
1278                     iparams->orires.c, iparams->orires.obs, iparams->orires.kfac);
1279             break;
1280         case F_DIHRES:
1281             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, dphiA=%15.8e, kfacA=%15.8e, phiB=%15.8e, dphiB=%15.8e, kfacB=%15.8e\n",
1282                     iparams->dihres.phiA, iparams->dihres.dphiA, iparams->dihres.kfacA,
1283                     iparams->dihres.phiB, iparams->dihres.dphiB, iparams->dihres.kfacB);
1284             break;
1285         case F_POSRES:
1286             fprintf(fp, "pos0A=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcA=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), pos0B=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcB=(%15.8e,%15.8e,%15.8e)\n",
1287                     iparams->posres.pos0A[XX], iparams->posres.pos0A[YY],
1288                     iparams->posres.pos0A[ZZ], iparams->posres.fcA[XX],
1289                     iparams->posres.fcA[YY], iparams->posres.fcA[ZZ],
1290                     iparams->posres.pos0B[XX], iparams->posres.pos0B[YY],
1291                     iparams->posres.pos0B[ZZ], iparams->posres.fcB[XX],
1292                     iparams->posres.fcB[YY], iparams->posres.fcB[ZZ]);
1293             break;
1294         case F_FBPOSRES:
1295             fprintf(fp, "pos0=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), geometry=%d, r=%15.8e, k=%15.8e\n",
1296                     iparams->fbposres.pos0[XX], iparams->fbposres.pos0[YY],
1297                     iparams->fbposres.pos0[ZZ], iparams->fbposres.geom,
1298                     iparams->fbposres.r,        iparams->fbposres.k);
1299             break;
1300         case F_RBDIHS:
1301             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1302             {
1303                 fprintf(fp, "%srbcA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcA[i]);
1304             }
1305             fprintf(fp, "\n");
1306             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1307             {
1308                 fprintf(fp, "%srbcB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcB[i]);
1309             }
1310             fprintf(fp, "\n");
1311             break;
1312         case F_FOURDIHS:
1313             /* Use the OPLS -> Ryckaert-Bellemans formula backwards to get the
1314              * OPLS potential constants back.
1315              */
1316             rbcA = iparams->rbdihs.rbcA;
1317             rbcB = iparams->rbdihs.rbcB;
1318
1319             VA[3] = -0.25*rbcA[4];
1320             VA[2] = -0.5*rbcA[3];
1321             VA[1] = 4.0*VA[3]-rbcA[2];
1322             VA[0] = 3.0*VA[2]-2.0*rbcA[1];
1323
1324             VB[3] = -0.25*rbcB[4];
1325             VB[2] = -0.5*rbcB[3];
1326             VB[1] = 4.0*VB[3]-rbcB[2];
1327             VB[0] = 3.0*VB[2]-2.0*rbcB[1];
1328
1329             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1330             {
1331                 fprintf(fp, "%sFourA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VA[i]);
1332             }
1333             fprintf(fp, "\n");
1334             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1335             {
1336                 fprintf(fp, "%sFourB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VB[i]);
1337             }
1338             fprintf(fp, "\n");
1339             break;
1340
1341         case F_CONSTR:
1342         case F_CONSTRNC:
1343             fprintf(fp, "dA=%15.8e, dB=%15.8e\n", iparams->constr.dA, iparams->constr.dB);
1344             break;
1345         case F_SETTLE:
1346             fprintf(fp, "doh=%15.8e, dhh=%15.8e\n", iparams->settle.doh,
1347                     iparams->settle.dhh);
1348             break;
1349         case F_VSITE2:
1350             fprintf(fp, "a=%15.8e\n", iparams->vsite.a);
1351             break;
1352         case F_VSITE3:
1353         case F_VSITE3FD:
1354         case F_VSITE3FAD:
1355             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e\n", iparams->vsite.a, iparams->vsite.b);
1356             break;
1357         case F_VSITE3OUT:
1358         case F_VSITE4FD:
1359         case F_VSITE4FDN:
1360             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1361                     iparams->vsite.a, iparams->vsite.b, iparams->vsite.c);
1362             break;
1363         case F_VSITEN:
1364             fprintf(fp, "n=%2d, a=%15.8e\n", iparams->vsiten.n, iparams->vsiten.a);
1365             break;
1366         case F_GB12:
1367         case F_GB13:
1368         case F_GB14:
1369             fprintf(fp, "sar=%15.8e, st=%15.8e, pi=%15.8e, gbr=%15.8e, bmlt=%15.8e\n", iparams->gb.sar, iparams->gb.st, iparams->gb.pi, iparams->gb.gbr, iparams->gb.bmlt);
1370             break;
1371         case F_CMAP:
1372             fprintf(fp, "cmapA=%1d, cmapB=%1d\n", iparams->cmap.cmapA, iparams->cmap.cmapB);
1373             break;
1374         case  F_RESTRANGLES:
1375             pr_harm(fp, iparams, "ktheta", "costheta0");
1376             break;
1377         case  F_RESTRDIHS:
1378             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e",
1379                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA);
1380             break;
1381         case  F_CBTDIHS:
1382             fprintf(fp, "kphi=%15.8e", iparams->cbtdihs.cbtcA[0]);
1383             for (i = 1; i < NR_CBTDIHS; i++)
1384             {
1385                 fprintf(fp, ", cbtcA[%d]=%15.8e", i-1, iparams->cbtdihs.cbtcA[i]);
1386             }
1387             fprintf(fp, "\n");
1388             break;
1389         default:
1390             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1391                       ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
1392     }
1393 }
1394
1395 void pr_ilist(FILE *fp, int indent, const char *title,
1396               t_functype *functype, t_ilist *ilist, gmx_bool bShowNumbers)
1397 {
1398     int      i, j, k, type, ftype;
1399     t_iatom *iatoms;
1400
1401     if (available(fp, ilist, indent, title) && ilist->nr > 0)
1402     {
1403         indent = pr_title(fp, indent, title);
1404         pr_indent(fp, indent);
1405         fprintf(fp, "nr: %d\n", ilist->nr);
1406         if (ilist->nr > 0)
1407         {
1408             pr_indent(fp, indent);
1409             fprintf(fp, "iatoms:\n");
1410             iatoms = ilist->iatoms;
1411             for (i = j = 0; i < ilist->nr; )
1412             {
1413 #ifndef DEBUG
1414                 pr_indent(fp, indent+INDENT);
1415                 type  = *(iatoms++);
1416                 ftype = functype[type];
1417                 fprintf(fp, "%d type=%d (%s)",
1418                         bShowNumbers ? j : -1, bShowNumbers ? type : -1,
1419                         interaction_function[ftype].name);
1420                 j++;
1421                 for (k = 0; k < interaction_function[ftype].nratoms; k++)
1422                 {
1423                     fprintf(fp, " %d", *(iatoms++));
1424                 }
1425                 fprintf(fp, "\n");
1426                 i += 1+interaction_function[ftype].nratoms;
1427 #else
1428                 fprintf(fp, "%5d%5d\n", i, iatoms[i]);
1429                 i++;
1430 #endif
1431             }
1432         }
1433     }
1434 }
1435
1436 static void pr_cmap(FILE *fp, int indent, const char *title,
1437                     gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bShowNumbers)
1438 {
1439     int  i, j, nelem;
1440     real dx, idx;
1441
1442     dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
1443     nelem = cmap_grid->grid_spacing*cmap_grid->grid_spacing;
1444
1445     if (available(fp, cmap_grid, indent, title))
1446     {
1447         fprintf(fp, "%s\n", title);
1448
1449         for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
1450         {
1451             idx = -180.0;
1452             fprintf(fp, "%8s %8s %8s %8s\n", "V", "dVdx", "dVdy", "d2dV");
1453
1454             fprintf(fp, "grid[%3d]={\n", bShowNumbers ? i : -1);
1455
1456             for (j = 0; j < nelem; j++)
1457             {
1458                 if ( (j%cmap_grid->grid_spacing) == 0)
1459                 {
1460                     fprintf(fp, "%8.1f\n", idx);
1461                     idx += dx;
1462                 }
1463
1464                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1465                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1466                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1467                 fprintf(fp, "%8.3f\n", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1468             }
1469             fprintf(fp, "\n");
1470         }
1471     }
1472
1473 }
1474
1475 void pr_ffparams(FILE *fp, int indent, const char *title,
1476                  gmx_ffparams_t *ffparams,
1477                  gmx_bool bShowNumbers)
1478 {
1479     int i;
1480
1481     indent = pr_title(fp, indent, title);
1482     pr_indent(fp, indent);
1483     fprintf(fp, "atnr=%d\n", ffparams->atnr);
1484     pr_indent(fp, indent);
1485     fprintf(fp, "ntypes=%d\n", ffparams->ntypes);
1486     for (i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
1487     {
1488         pr_indent(fp, indent+INDENT);
1489         fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1490                 bShowNumbers ? i : -1,
1491                 interaction_function[ffparams->functype[i]].name);
1492         pr_iparams(fp, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
1493     }
1494     pr_double(fp, indent, "reppow", ffparams->reppow);
1495     pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", ffparams->fudgeQQ);
1496     pr_cmap(fp, indent, "cmap", &ffparams->cmap_grid, bShowNumbers);
1497 }
1498
1499 void pr_idef(FILE *fp, int indent, const char *title, t_idef *idef, gmx_bool bShowNumbers)
1500 {
1501     int i, j;
1502
1503     if (available(fp, idef, indent, title))
1504     {
1505         indent = pr_title(fp, indent, title);
1506         pr_indent(fp, indent);
1507         fprintf(fp, "atnr=%d\n", idef->atnr);
1508         pr_indent(fp, indent);
1509         fprintf(fp, "ntypes=%d\n", idef->ntypes);
1510         for (i = 0; i < idef->ntypes; i++)
1511         {
1512             pr_indent(fp, indent+INDENT);
1513             fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1514                     bShowNumbers ? i : -1,
1515                     interaction_function[idef->functype[i]].name);
1516             pr_iparams(fp, idef->functype[i], &idef->iparams[i]);
1517         }
1518         pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", idef->fudgeQQ);
1519
1520         for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1521         {
1522             pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1523                      idef->functype, &idef->il[j], bShowNumbers);
1524         }
1525     }
1526 }
1527
1528 static int pr_block_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block)
1529 {
1530     if (available(fp, block, indent, title))
1531     {
1532         indent = pr_title(fp, indent, title);
1533         pr_indent(fp, indent);
1534         fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1535     }
1536     return indent;
1537 }
1538
1539 static int pr_blocka_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block)
1540 {
1541     if (available(fp, block, indent, title))
1542     {
1543         indent = pr_title(fp, indent, title);
1544         pr_indent(fp, indent);
1545         fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1546         pr_indent(fp, indent);
1547         fprintf(fp, "nra=%d\n", block->nra);
1548     }
1549     return indent;
1550 }
1551
1552 static void low_pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1553 {
1554     int i;
1555
1556     if (available(fp, block, indent, title))
1557     {
1558         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1559         for (i = 0; i <= block->nr; i++)
1560         {
1561             pr_indent(fp, indent+INDENT);
1562             fprintf(fp, "%s->index[%d]=%d\n",
1563                     title, bShowNumbers ? i : -1, block->index[i]);
1564         }
1565         for (i = 0; i < block->nra; i++)
1566         {
1567             pr_indent(fp, indent+INDENT);
1568             fprintf(fp, "%s->a[%d]=%d\n",
1569                     title, bShowNumbers ? i : -1, block->a[i]);
1570         }
1571     }
1572 }
1573
1574 void pr_block(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block, gmx_bool bShowNumbers)
1575 {
1576     int i, start;
1577
1578     if (available(fp, block, indent, title))
1579     {
1580         indent = pr_block_title(fp, indent, title, block);
1581         start  = 0;
1582         if (block->index[start] != 0)
1583         {
1584             fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1585         }
1586         else
1587         {
1588             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1589             {
1590                 int end  = block->index[i+1];
1591                 pr_indent(fp, indent);
1592                 if (end <= start)
1593                 {
1594                     fprintf(fp, "%s[%d]={}\n", title, i);
1595                 }
1596                 else
1597                 {
1598                     fprintf(fp, "%s[%d]={%d..%d}\n",
1599                             title, bShowNumbers ? i : -1,
1600                             bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1601                 }
1602                 start = end;
1603             }
1604         }
1605     }
1606 }
1607
1608 void pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1609 {
1610     int i, j, ok, size, start, end;
1611
1612     if (available(fp, block, indent, title))
1613     {
1614         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1615         start  = 0;
1616         end    = start;
1617         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1618         {
1619             fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1620         }
1621         else
1622         {
1623             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1624             {
1625                 end  = block->index[i+1];
1626                 size = pr_indent(fp, indent);
1627                 if (end <= start)
1628                 {
1629                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={", title, i);
1630                 }
1631                 else
1632                 {
1633                     size += fprintf(fp, "%s[%d][%d..%d]={",
1634                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1635                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1636                 }
1637                 for (j = start; j < end; j++)
1638                 {
1639                     if (j > start)
1640                     {
1641                         size += fprintf(fp, ", ");
1642                     }
1643                     if ((size) > (USE_WIDTH))
1644                     {
1645                         fprintf(fp, "\n");
1646                         size = pr_indent(fp, indent+INDENT);
1647                     }
1648                     size += fprintf(fp, "%d", block->a[j]);
1649                 }
1650                 fprintf(fp, "}\n");
1651                 start = end;
1652             }
1653         }
1654         if ((end != block->nra) || (!ok))
1655         {
1656             pr_indent(fp, indent);
1657             fprintf(fp, "tables inconsistent, dumping complete tables:\n");
1658             low_pr_blocka(fp, indent, title, block, bShowNumbers);
1659         }
1660     }
1661 }
1662
1663 static void pr_strings(FILE *fp, int indent, const char *title, char ***nm, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1664 {
1665     int i;
1666
1667     if (available(fp, nm, indent, title))
1668     {
1669         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1670         for (i = 0; i < n; i++)
1671         {
1672             pr_indent(fp, indent);
1673             fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\"}\n",
1674                     title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]));
1675         }
1676     }
1677 }
1678
1679 static void pr_strings2(FILE *fp, int indent, const char *title,
1680                         char ***nm, char ***nmB, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1681 {
1682     int i;
1683
1684     if (available(fp, nm, indent, title))
1685     {
1686         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1687         for (i = 0; i < n; i++)
1688         {
1689             pr_indent(fp, indent);
1690             fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\",nameB=\"%s\"}\n",
1691                     title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]), *(nmB[i]));
1692         }
1693     }
1694 }
1695
1696 static void pr_resinfo(FILE *fp, int indent, const char *title, t_resinfo *resinfo, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1697 {
1698     int i;
1699
1700     if (available(fp, resinfo, indent, title))
1701     {
1702         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1703         for (i = 0; i < n; i++)
1704         {
1705             pr_indent(fp, indent);
1706             fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\", nr=%d, ic='%c'}\n",
1707                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1708                     *(resinfo[i].name), resinfo[i].nr,
1709                     (resinfo[i].ic == '\0') ? ' ' : resinfo[i].ic);
1710         }
1711     }
1712 }
1713
1714 static void pr_atom(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atom *atom, int n)
1715 {
1716     int i;
1717
1718     if (available(fp, atom, indent, title))
1719     {
1720         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1721         for (i = 0; i < n; i++)
1722         {
1723             pr_indent(fp, indent);
1724             fprintf(fp, "%s[%6d]={type=%3d, typeB=%3d, ptype=%8s, m=%12.5e, "
1725                     "q=%12.5e, mB=%12.5e, qB=%12.5e, resind=%5d, atomnumber=%3d}\n",
1726                     title, i, atom[i].type, atom[i].typeB, ptype_str[atom[i].ptype],
1727                     atom[i].m, atom[i].q, atom[i].mB, atom[i].qB,
1728                     atom[i].resind, atom[i].atomnumber);
1729         }
1730     }
1731 }
1732
1733 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, t_grps grps[], char **grpname[])
1734 {
1735     int i, j;
1736
1737     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
1738     {
1739         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
1740         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
1741         {
1742             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
1743         }
1744         fprintf(fp, "]\n");
1745     }
1746 }
1747
1748 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
1749                       gmx_groups_t *groups,
1750                       gmx_bool bShowNumbers)
1751 {
1752     int nat_max, i, g;
1753
1754     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
1755     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
1756
1757     pr_indent(fp, indent);
1758     fprintf(fp, "groups          ");
1759     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1760     {
1761         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
1762     }
1763     printf("\n");
1764
1765     pr_indent(fp, indent);
1766     fprintf(fp, "allocated       ");
1767     nat_max = 0;
1768     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1769     {
1770         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
1771         nat_max = std::max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
1772     }
1773     printf("\n");
1774
1775     if (nat_max == 0)
1776     {
1777         pr_indent(fp, indent);
1778         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
1779         for (g = 0; g < egcNR; g++)
1780         {
1781             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
1782         }
1783         fprintf(fp, "\n");
1784     }
1785     else
1786     {
1787         for (i = 0; i < nat_max; i++)
1788         {
1789             pr_indent(fp, indent);
1790             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
1791             for (g = 0; g < egcNR; g++)
1792             {
1793                 fprintf(fp, "  %3d ",
1794                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
1795             }
1796             fprintf(fp, "\n");
1797         }
1798     }
1799 }
1800
1801 void pr_atoms(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atoms *atoms,
1802               gmx_bool bShownumbers)
1803 {
1804     if (available(fp, atoms, indent, title))
1805     {
1806         indent = pr_title(fp, indent, title);
1807         pr_atom(fp, indent, "atom", atoms->atom, atoms->nr);
1808         pr_strings(fp, indent, "atom", atoms->atomname, atoms->nr, bShownumbers);
1809         pr_strings2(fp, indent, "type", atoms->atomtype, atoms->atomtypeB, atoms->nr, bShownumbers);
1810         pr_resinfo(fp, indent, "residue", atoms->resinfo, atoms->nres, bShownumbers);
1811     }
1812 }
1813
1814
1815 void pr_atomtypes(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atomtypes *atomtypes,
1816                   gmx_bool bShowNumbers)
1817 {
1818     int i;
1819     if (available(fp, atomtypes, indent, title))
1820     {
1821         indent = pr_title(fp, indent, title);
1822         for (i = 0; i < atomtypes->nr; i++)
1823         {
1824             pr_indent(fp, indent);
1825             fprintf(fp,
1826                     "atomtype[%3d]={radius=%12.5e, volume=%12.5e, gb_radius=%12.5e, surftens=%12.5e, atomnumber=%4d, S_hct=%12.5e)}\n",
1827                     bShowNumbers ? i : -1, atomtypes->radius[i], atomtypes->vol[i],
1828                     atomtypes->gb_radius[i],
1829                     atomtypes->surftens[i], atomtypes->atomnumber[i], atomtypes->S_hct[i]);
1830         }
1831     }
1832 }
1833
1834 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
1835                        gmx_moltype_t *molt, int n,
1836                        gmx_ffparams_t *ffparams,
1837                        gmx_bool bShowNumbers)
1838 {
1839     int j;
1840
1841     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1842     pr_indent(fp, indent);
1843     fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
1844     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
1845     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
1846     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
1847     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1848     {
1849         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1850                  ffparams->functype, &molt->ilist[j], bShowNumbers);
1851     }
1852 }
1853
1854 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
1855                         gmx_molblock_t *molb, int n,
1856                         gmx_moltype_t *molt)
1857 {
1858     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1859     pr_indent(fp, indent);
1860     fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
1861             "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
1862     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
1863     pr_int(fp, indent, "#atoms_mol", molb->natoms_mol);
1864     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->nposres_xA);
1865     if (molb->nposres_xA > 0)
1866     {
1867         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
1868     }
1869     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->nposres_xB);
1870     if (molb->nposres_xB > 0)
1871     {
1872         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
1873     }
1874 }
1875
1876 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1877              gmx_bool bShowNumbers)
1878 {
1879     int mt, mb, j;
1880
1881     if (available(fp, mtop, indent, title))
1882     {
1883         indent = pr_title(fp, indent, title);
1884         pr_indent(fp, indent);
1885         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
1886         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
1887         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->nmolblock);
1888         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1889         {
1890             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
1891         }
1892         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions", EBOOL(mtop->bIntermolecularInteractions));
1893         if (mtop->bIntermolecularInteractions)
1894         {
1895             for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1896             {
1897                 pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1898                          mtop->ffparams.functype,
1899                          &mtop->intermolecular_ilist[j], bShowNumbers);
1900             }
1901         }
1902         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
1903         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
1904         for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1905         {
1906             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
1907                        &mtop->ffparams, bShowNumbers);
1908         }
1909         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
1910     }
1911 }
1912
1913 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, t_topology *top, gmx_bool bShowNumbers)
1914 {
1915     if (available(fp, top, indent, title))
1916     {
1917         indent = pr_title(fp, indent, title);
1918         pr_indent(fp, indent);
1919         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
1920         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
1921         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
1922         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
1923         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
1924         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions", EBOOL(top->bIntermolecularInteractions));
1925         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
1926         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers);
1927     }
1928 }
1929
1930 void pr_header(FILE *fp, int indent, const char *title, t_tpxheader *sh)
1931 {
1932     if (available(fp, sh, indent, title))
1933     {
1934         indent = pr_title(fp, indent, title);
1935         pr_indent(fp, indent);
1936         fprintf(fp, "bIr    = %spresent\n", sh->bIr ? "" : "not ");
1937         pr_indent(fp, indent);
1938         fprintf(fp, "bBox   = %spresent\n", sh->bBox ? "" : "not ");
1939         pr_indent(fp, indent);
1940         fprintf(fp, "bTop   = %spresent\n", sh->bTop ? "" : "not ");
1941         pr_indent(fp, indent);
1942         fprintf(fp, "bX     = %spresent\n", sh->bX ? "" : "not ");
1943         pr_indent(fp, indent);
1944         fprintf(fp, "bV     = %spresent\n", sh->bV ? "" : "not ");
1945         pr_indent(fp, indent);
1946         fprintf(fp, "bF     = %spresent\n", sh->bF ? "" : "not ");
1947
1948         pr_indent(fp, indent);
1949         fprintf(fp, "natoms = %d\n", sh->natoms);
1950         pr_indent(fp, indent);
1951         fprintf(fp, "lambda = %e\n", sh->lambda);
1952     }
1953 }
1954
1955 void pr_commrec(FILE *fp, int indent, t_commrec *cr)
1956 {
1957     pr_indent(fp, indent);
1958     fprintf(fp, "commrec:\n");
1959     indent += 2;
1960     pr_indent(fp, indent);
1961     fprintf(fp, "rank      = %d\n", cr->nodeid);
1962     pr_indent(fp, indent);
1963     fprintf(fp, "number of ranks = %d\n", cr->nnodes);
1964     pr_indent(fp, indent);
1965     fprintf(fp, "PME-only ranks = %d\n", cr->npmenodes);
1966     /*
1967        pr_indent(fp,indent);
1968        fprintf(fp,"threadid  = %d\n",cr->threadid);
1969        pr_indent(fp,indent);
1970        fprintf(fp,"nthreads  = %d\n",cr->nthreads);
1971      */
1972 }