src/gromacs/gmxlib/txtdump.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 /* This file is completely threadsafe - please keep it that way! */
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "names.h"
  47 #include "txtdump.h"
  48 #include "string2.h"
  49 #include "vec.h"
  50 #include "macros.h"
  51
  52
  53 int pr_indent(FILE *fp, int n)
  54 {
  55     int i;
  56
  57     for (i = 0; i < n; i++)
  58     {
  59         (void) fprintf(fp, " ");
  60     }
  61     return n;
  62 }
  63
  64 int available(FILE *fp, void *p, int indent, const char *title)
  65 {
  66     if (!p)
  67     {
  68         if (indent > 0)
  69         {
  70             pr_indent(fp, indent);
  71         }
  72         (void) fprintf(fp, "%s: not available\n", title);
  73     }
  74     return (p != NULL);
  75 }
  76
  77 int pr_title(FILE *fp, int indent, const char *title)
  78 {
  79     (void) pr_indent(fp, indent);
  80     (void) fprintf(fp, "%s:\n", title);
  81     return (indent+INDENT);
  82 }
  83
  84 int pr_title_n(FILE *fp, int indent, const char *title, int n)
  85 {
  86     (void) pr_indent(fp, indent);
  87     (void) fprintf(fp, "%s (%d):\n", title, n);
  88     return (indent+INDENT);
  89 }
  90
  91 int pr_title_nxn(FILE *fp, int indent, const char *title, int n1, int n2)
  92 {
  93     (void) pr_indent(fp, indent);
  94     (void) fprintf(fp, "%s (%dx%d):\n", title, n1, n2);
  95     return (indent+INDENT);
  96 }
  97
  98 void pr_ivec(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
  99 {
 100     int i;
 101
 102     if (available(fp, vec, indent, title))
 103     {
 104         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 105         for (i = 0; i < n; i++)
 106         {
 107             (void) pr_indent(fp, indent);
 108             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 109         }
 110     }
 111 }
 112
 113 void pr_ivec_block(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 114 {
 115     int i, j;
 116
 117     if (available(fp, vec, indent, title))
 118     {
 119         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 120         i      = 0;
 121         while (i < n)
 122         {
 123             j = i+1;
 124             while (j < n && vec[j] == vec[j-1]+1)
 125             {
 126                 j++;
 127             }
 128             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
 129             if (j - i < 3)
 130             {
 131                 while (i < j)
 132                 {
 133                     (void) pr_indent(fp, indent);
 134                     (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n",
 135                                    title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 136                     i++;
 137                 }
 138             }
 139             else
 140             {
 141                 (void) pr_indent(fp, indent);
 142                 (void) fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n",
 143                                title,
 144                                bShowNumbers ? i : -1,
 145                                bShowNumbers ? j-1 : -1,
 146                                vec[i], vec[j-1]);
 147                 i = j;
 148             }
 149         }
 150     }
 151 }
 152
 153 void pr_bvec(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 154 {
 155     int i;
 156
 157     if (available(fp, vec, indent, title))
 158     {
 159         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 160         for (i = 0; i < n; i++)
 161         {
 162             (void) pr_indent(fp, indent);
 163             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
 164                            EBOOL(vec[i]));
 165         }
 166     }
 167 }
 168
 169 void pr_ivecs(FILE *fp, int indent, const char *title, ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 170 {
 171     int i, j;
 172
 173     if (available(fp, vec, indent, title))
 174     {
 175         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 176         for (i = 0; i < n; i++)
 177         {
 178             (void) pr_indent(fp, indent);
 179             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 180             for (j = 0; j < DIM; j++)
 181             {
 182                 if (j != 0)
 183                 {
 184                     (void) fprintf(fp, ", ");
 185                 }
 186                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 187             }
 188             (void) fprintf(fp, "}\n");
 189         }
 190     }
 191 }
 192
 193 void pr_rvec(FILE *fp, int indent, const char *title, real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 194 {
 195     int i;
 196
 197     if (available(fp, vec, indent, title))
 198     {
 199         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 200         for (i = 0; i < n; i++)
 201         {
 202             pr_indent(fp, indent);
 203             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 204         }
 205     }
 206 }
 207
 208 void pr_dvec(FILE *fp, int indent, const char *title, double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 209 {
 210     int i;
 211
 212     if (available(fp, vec, indent, title))
 213     {
 214         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 215         for (i = 0; i < n; i++)
 216         {
 217             pr_indent(fp, indent);
 218             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 219         }
 220     }
 221 }
 222
 223
 224 /*
 225    void pr_mat(FILE *fp,int indent,char *title,matrix m)
 226    {
 227    int i,j;
 228
 229    if (available(fp,m,indent,title)) {
 230     indent=pr_title_n(fp,indent,title,n);
 231     for(i=0; i<n; i++) {
 232       pr_indent(fp,indent);
 233       fprintf(fp,"%s[%d]=%12.5e %12.5e %12.5e\n",
 234           title,bShowNumbers?i:-1,m[i][XX],m[i][YY],m[i][ZZ]);
 235     }
 236    }
 237    }
 238  */
 239
 240 void pr_rvecs_len(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 241 {
 242     int i, j;
 243
 244     if (available(fp, vec, indent, title))
 245     {
 246         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 247         for (i = 0; i < n; i++)
 248         {
 249             (void) pr_indent(fp, indent);
 250             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 251             for (j = 0; j < DIM; j++)
 252             {
 253                 if (j != 0)
 254                 {
 255                     (void) fprintf(fp, ", ");
 256                 }
 257                 (void) fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 258             }
 259             (void) fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 260         }
 261     }
 262 }
 263
 264 void pr_rvecs(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 265 {
 266     const char *fshort = "%12.5e";
 267     const char *flong  = "%15.8e";
 268     const char *format;
 269     int         i, j;
 270
 271     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 272     {
 273         format = flong;
 274     }
 275     else
 276     {
 277         format = fshort;
 278     }
 279
 280     if (available(fp, vec, indent, title))
 281     {
 282         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 283         for (i = 0; i < n; i++)
 284         {
 285             (void) pr_indent(fp, indent);
 286             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 287             for (j = 0; j < DIM; j++)
 288             {
 289                 if (j != 0)
 290                 {
 291                     (void) fprintf(fp, ", ");
 292                 }
 293                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 294             }
 295             (void) fprintf(fp, "}\n");
 296         }
 297     }
 298 }
 299
 300
 301 void pr_rvecs_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n, int dim)
 302 {
 303     const char *fshort = "%12.5e";
 304     const char *flong  = "%15.8e";
 305     const char *format;
 306     int         i, j;
 307
 308     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 309     {
 310         format = flong;
 311     }
 312     else
 313     {
 314         format = fshort;
 315     }
 316
 317     if (available(fp, vec, indent, title))
 318     {
 319         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 320         for (i = 0; i < n; i++)
 321         {
 322             (void) pr_indent(fp, indent);
 323             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 324             for (j = 0; j < dim; j++)
 325             {
 326                 if (j != 0)
 327                 {
 328                     (void) fprintf(fp, ", ");
 329                 }
 330                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 331             }
 332             (void) fprintf(fp, "}\n");
 333         }
 334     }
 335 }
 336
 337 void pr_reals(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n)
 338 {
 339     int i;
 340
 341     if (available(fp, vec, indent, title))
 342     {
 343         (void) pr_indent(fp, indent);
 344         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 345         for (i = 0; i < n; i++)
 346         {
 347             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 348         }
 349         (void) fprintf(fp, "\n");
 350     }
 351 }
 352
 353 void pr_doubles(FILE *fp, int indent, const char *title, double *vec, int n)
 354 {
 355     int i;
 356
 357     if (available(fp, vec, indent, title))
 358     {
 359         (void) pr_indent(fp, indent);
 360         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 361         for (i = 0; i < n; i++)
 362         {
 363             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 364         }
 365         (void) fprintf(fp, "\n");
 366     }
 367 }
 368
 369 void pr_reals_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n, int dim)
 370 {
 371     int         i, j;
 372     const char *fshort = "%12.5e";
 373     const char *flong  = "%15.8e";
 374     const char *format;
 375
 376     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 377     {
 378         format = flong;
 379     }
 380     else
 381     {
 382         format = fshort;
 383     }
 384
 385     if (available(fp, vec, indent, title))
 386     {
 387         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 388         for (i = 0; i < n; i++)
 389         {
 390             (void) pr_indent(fp, indent);
 391             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 392             for (j = 0; j < dim; j++)
 393             {
 394                 if (j != 0)
 395                 {
 396                     (void) fprintf(fp, ", ");
 397                 }
 398                 (void) fprintf(fp, format, vec[i * dim  + j]);
 399             }
 400             (void) fprintf(fp, "}\n");
 401         }
 402     }
 403 }
 404
 405 static void pr_int(FILE *fp, int indent, const char *title, int i)
 406 {
 407     pr_indent(fp, indent);
 408     fprintf(fp, "%-20s = %d\n", title, i);
 409 }
 410
 411 static void pr_int64(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_int64_t i)
 412 {
 413     char buf[STEPSTRSIZE];
 414
 415     pr_indent(fp, indent);
 416     fprintf(fp, "%-20s = %s\n", title, gmx_step_str(i, buf));
 417 }
 418
 419 static void pr_real(FILE *fp, int indent, const char *title, real r)
 420 {
 421     pr_indent(fp, indent);
 422     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, r);
 423 }
 424
 425 static void pr_double(FILE *fp, int indent, const char *title, double d)
 426 {
 427     pr_indent(fp, indent);
 428     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, d);
 429 }
 430
 431 static void pr_str(FILE *fp, int indent, const char *title, const char *s)
 432 {
 433     pr_indent(fp, indent);
 434     fprintf(fp, "%-30s = %s\n", title, s);
 435 }
 436
 437 void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, t_grpopts *opts)
 438 {
 439     int i, m, j;
 440
 441     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 442
 443     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 444     if (opts->ngQM > 0)
 445     {
 446         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 447         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 448         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 449         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 450         pr_bvec(fp, indent, "bSH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 451         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 452         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 453         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 454         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 455         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 456         pr_bvec(fp, indent, "bOPT", opts->bOPT, opts->ngQM, FALSE);
 457         pr_bvec(fp, indent, "bTS", opts->bTS, opts->ngQM, FALSE);
 458     }
 459 }
 460
 461 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, t_grpopts *opts,
 462                         gmx_bool bMDPformat)
 463 {
 464     int i, m, j;
 465
 466     if (!bMDPformat)
 467     {
 468         fprintf(out, "%s:\n", title);
 469     }
 470
 471     pr_indent(out, indent);
 472     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 473     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 474     {
 475         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 476     }
 477     fprintf(out, "\n");
 478
 479     pr_indent(out, indent);
 480     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 481     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 482     {
 483         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 484     }
 485     fprintf(out, "\n");
 486
 487     pr_indent(out, indent);
 488     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 489     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 490     {
 491         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 492     }
 493     fprintf(out, "\n");
 494
 495     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 496     fprintf(out, "anneal%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 497     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 498     {
 499         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 500     }
 501     fprintf(out, "\n");
 502
 503     fprintf(out, "ann-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 504     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 505     {
 506         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 507     }
 508     fprintf(out, "\n");
 509
 510     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 511     {
 512         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 513         {
 514             fprintf(out, "ann. times [%d]:\t", i);
 515             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 516             {
 517                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 518             }
 519             fprintf(out, "\n");
 520             fprintf(out, "ann. temps [%d]:\t", i);
 521             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 522             {
 523                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 524             }
 525             fprintf(out, "\n");
 526         }
 527     }
 528
 529     pr_indent(out, indent);
 530     fprintf(out, "acc:\t");
 531     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 532     {
 533         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 534         {
 535             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 536         }
 537     }
 538     fprintf(out, "\n");
 539
 540     pr_indent(out, indent);
 541     fprintf(out, "nfreeze:");
 542     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 543     {
 544         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 545         {
 546             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 547         }
 548     }
 549     fprintf(out, "\n");
 550
 551
 552     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 553     {
 554         pr_indent(out, indent);
 555         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 556         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 557         {
 558             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 559         }
 560         fprintf(out, "\n");
 561     }
 562
 563     fflush(out);
 564 }
 565
 566 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec *m,
 567                       gmx_bool bMDPformat)
 568 {
 569     if (bMDPformat)
 570     {
 571         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 572                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 573     }
 574     else
 575     {
 576         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 577     }
 578 }
 579
 580 static void pr_cosine(FILE *fp, int indent, const char *title, t_cosines *cos,
 581                       gmx_bool bMDPformat)
 582 {
 583     int j;
 584
 585     if (bMDPformat)
 586     {
 587         fprintf(fp, "%s = %d\n", title, cos->n);
 588     }
 589     else
 590     {
 591         indent = pr_title(fp, indent, title);
 592         (void) pr_indent(fp, indent);
 593         fprintf(fp, "n = %d\n", cos->n);
 594         if (cos->n > 0)
 595         {
 596             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 597             fprintf(fp, "a =");
 598             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 599             {
 600                 fprintf(fp, " %e", cos->a[j]);
 601             }
 602             fprintf(fp, "\n");
 603             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 604             fprintf(fp, "phi =");
 605             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 606             {
 607                 fprintf(fp, " %e", cos->phi[j]);
 608             }
 609             fprintf(fp, "\n");
 610         }
 611     }
 612 }
 613
 614 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 615 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 616 #define PSTEP(t, s) pr_int64(fp, indent, t, s)
 617 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 618 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 619
 620 static void pr_pull_group(FILE *fp, int indent, int g, t_pull_group *pgrp)
 621 {
 622     pr_indent(fp, indent);
 623     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 624     indent += 2;
 625     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pgrp->ind, pgrp->nat, TRUE);
 626     pr_rvec(fp, indent, "weight", pgrp->weight, pgrp->nweight, TRUE);
 627     PI("pbcatom", pgrp->pbcatom);
 628 }
 629
 630 static void pr_pull_coord(FILE *fp, int indent, int c, t_pull_coord *pcrd)
 631 {
 632     pr_indent(fp, indent);
 633     fprintf(fp, "pull-coord %d:\n", c);
 634     PI("group[0]", pcrd->group[0]);
 635     PI("group[1]", pcrd->group[1]);
 636     pr_rvec(fp, indent, "origin", pcrd->origin, DIM, TRUE);
 637     pr_rvec(fp, indent, "vec", pcrd->vec, DIM, TRUE);
 638     PR("init", pcrd->init);
 639     PR("rate", pcrd->rate);
 640     PR("k", pcrd->k);
 641     PR("kB", pcrd->kB);
 642 }
 643
 644 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 645 {
 646     PR("simtemp_low", simtemp->simtemp_low);
 647     PR("simtemp_high", simtemp->simtemp_high);
 648     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 649     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 650 }
 651
 652 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, t_expanded *expand, int n_lambda)
 653 {
 654
 655     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 656     PS("lambda-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 657     PS("lambda-mc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 658     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 659     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 660     PI("lmc-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 661     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 662     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 663     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 664     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 665     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 666     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 667     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 668     PS("bWLoneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 669     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 670     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 671     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 672     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 673     {
 674         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 675     }
 676     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 677     {
 678         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 679     }
 680     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 681     {
 682         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 683     }
 684     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 685     {
 686         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 687     }
 688     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 689     {
 690         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 691     }
 692
 693     pr_indent(fp, indent);
 694     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 695     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 696 }
 697
 698 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 699 {
 700     int i, j;
 701
 702     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 703     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 704     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 705     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 706     if (!bMDPformat)
 707     {
 708         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 709     }
 710     if (fep->n_lambda > 0)
 711     {
 712         pr_indent(fp, indent);
 713         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 714         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 715         {
 716             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 717             if (fep->separate_dvdl[i])
 718             {
 719                 fprintf(fp, "  TRUE");
 720             }
 721             else
 722             {
 723                 fprintf(fp, "  FALSE");
 724             }
 725             fprintf(fp, "\n");
 726         }
 727         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 728         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 729         {
 730             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 731             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 732             {
 733                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 734             }
 735             fprintf(fp, "\n");
 736         }
 737     }
 738     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 739
 740     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 741     PS("bScCoul", EBOOL(fep->bScCoul));
 742     PS("bScPrintEnergy", EBOOL(fep->bPrintEnergy));
 743     PI("sc-power", fep->sc_power);
 744     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 745     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 746     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 747     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 748     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 749     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 750     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 751 };
 752
 753 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, t_pull *pull)
 754 {
 755     int g;
 756
 757     PS("pull-geometry", EPULLGEOM(pull->eGeom));
 758     pr_ivec(fp, indent, "pull-dim", pull->dim, DIM, TRUE);
 759     PR("pull-r1", pull->cyl_r1);
 760     PR("pull-r0", pull->cyl_r0);
 761     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 762     PS("pull-bPrintRef", EBOOL(pull->bPrintRef));
 763     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 764     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 765     PI("pull-ngroup", pull->ngroup);
 766     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 767     {
 768         pr_pull_group(fp, indent, g, &pull->group[g]);
 769     }
 770     PI("pull-ncoord", pull->ncoord);
 771     for (g = 0; g < pull->ncoord; g++)
 772     {
 773         pr_pull_coord(fp, indent, g, &pull->coord[g]);
 774     }
 775 }
 776
 777 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_rotgrp *rotg)
 778 {
 779     pr_indent(fp, indent);
 780     fprintf(fp, "rotation_group %d:\n", g);
 781     indent += 2;
 782     PS("type", EROTGEOM(rotg->eType));
 783     PS("massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 784     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 785     pr_rvecs(fp, indent, "x_ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 786     pr_rvec(fp, indent, "vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 787     pr_rvec(fp, indent, "pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 788     PR("rate", rotg->rate);
 789     PR("k", rotg->k);
 790     PR("slab_dist", rotg->slab_dist);
 791     PR("min_gaussian", rotg->min_gaussian);
 792     PR("epsilon", rotg->eps);
 793     PS("fit_method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 794     PI("potfitangle_nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 795     PR("potfitangle_step", rotg->PotAngle_step);
 796 }
 797
 798 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, t_rot *rot)
 799 {
 800     int g;
 801
 802     PI("rot_nstrout", rot->nstrout);
 803     PI("rot_nstsout", rot->nstsout);
 804     PI("rot_ngrp", rot->ngrp);
 805     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 806     {
 807         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 808     }
 809 }
 810
 811
 812 static void pr_swap(FILE *fp, int indent, t_swapcoords *swap)
 813 {
 814     int  i, j;
 815     char str[STRLEN];
 816
 817
 818     PI("frequency", swap->nstswap);
 819     for (j = 0; j < 2; j++)
 820     {
 821         sprintf(str, "nanions%c", j+'A');
 822         PI(str, swap->nanions[j]);
 823         sprintf(str, "ncations%c", j+'A');
 824         PI(str, swap->ncations[j]);
 825     }
 826     PI("coupling_steps", swap->nAverage);
 827     PR("threshold", swap->threshold);
 828     for (j = 0; j < 2; j++)
 829     {
 830         sprintf(str, "splitgroup%d_massw", j);
 831         PS(str, EBOOL(swap->massw_split[j]));
 832         sprintf(str, "split atoms group %d", j);
 833         pr_ivec_block(fp, indent, str, swap->ind_split[j], swap->nat_split[j], TRUE);
 834     }
 835     pr_ivec_block(fp, indent, "swap atoms", swap->ind, swap->nat, TRUE);
 836     pr_ivec_block(fp, indent, "solvent atoms", swap->ind_sol, swap->nat_sol, TRUE);
 837     PR("cyl0_radius", swap->cyl0r);
 838     PR("cyl0_upper", swap->cyl0u);
 839     PR("cyl0_lower", swap->cyl0l);
 840     PR("cyl1_radius", swap->cyl1r);
 841     PR("cyl1_upper", swap->cyl1u);
 842     PR("cyl1_lower", swap->cyl1l);
 843 }
 844
 845
 846 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, t_inputrec *ir,
 847                  gmx_bool bMDPformat)
 848 {
 849     const char *infbuf = "inf";
 850     int         i;
 851
 852     if (available(fp, ir, indent, title))
 853     {
 854         if (!bMDPformat)
 855         {
 856             indent = pr_title(fp, indent, title);
 857         }
 858         /* This strings do not all have a direct correspondence to
 859            .mdp entries, but we should follow the same convention of
 860            using hyphens in the names users read and write. */
 861         PS("integrator", EI(ir->eI));
 862         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 863         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 864         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 865         PS("ns-type", ENS(ir->ns_type));
 866         PI("nstlist", ir->nstlist);
 867         PI("ndelta", ir->ndelta);
 868         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 869         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 870         PI("nstlog", ir->nstlog);
 871         PI("nstxout", ir->nstxout);
 872         PI("nstvout", ir->nstvout);
 873         PI("nstfout", ir->nstfout);
 874         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 875         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 876         PI("nstxout-compressed", ir->nstxout_compressed);
 877         PR("init-t", ir->init_t);
 878         PR("delta-t", ir->delta_t);
 879
 880         PR("x-compression-precision", ir->x_compression_precision);
 881         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 882         PI("nkx", ir->nkx);
 883         PI("nky", ir->nky);
 884         PI("nkz", ir->nkz);
 885         PI("pme-order", ir->pme_order);
 886         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 887         PR("ewald-rtol-lj", ir->ewald_rtol_lj);
 888         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 889         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 890         PS("optimize-fft", EBOOL(ir->bOptFFT));
 891         PS("lj-pme-comb-rule", ELJPMECOMBNAMES(ir->ljpme_combination_rule));
 892         PS("ePBC", EPBC(ir->ePBC));
 893         PS("bPeriodicMols", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 894         PS("bContinuation", EBOOL(ir->bContinuation));
 895         PS("bShakeSOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
 896         PS("etc", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 897         PS("bPrintNHChains", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 898         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 899         PS("epc", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 900         PS("epctype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 901         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 902         PR("tau-p", ir->tau_p);
 903         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 904         pr_matrix(fp, indent, "compress", ir->compress, bMDPformat);
 905         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 906         if (bMDPformat)
 907         {
 908             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 909                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 910         }
 911         else
 912         {
 913             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
 914         }
 915         if (bMDPformat)
 916         {
 917             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 918                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 919         }
 920         else
 921         {
 922             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
 923         }
 924         PR("verlet-buffer-tolerance", ir->verletbuf_tol);
 925         PR("rlist", ir->rlist);
 926         PR("rlistlong", ir->rlistlong);
 927         PR("nstcalclr", ir->nstcalclr);
 928         PR("rtpi", ir->rtpi);
 929         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 930         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 931         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 932         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 933         PS("vdwtype", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 934         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 935         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 936         PR("rvdw", ir->rvdw);
 937         if (ir->epsilon_r != 0)
 938         {
 939             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 940         }
 941         else
 942         {
 943             PS("epsilon-r", infbuf);
 944         }
 945         if (ir->epsilon_rf != 0)
 946         {
 947             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 948         }
 949         else
 950         {
 951             PS("epsilon-rf", infbuf);
 952         }
 953         PR("tabext", ir->tabext);
 954         PS("implicit-solvent", EIMPLICITSOL(ir->implicit_solvent));
 955         PS("gb-algorithm", EGBALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 956         PR("gb-epsilon-solvent", ir->gb_epsilon_solvent);
 957         PI("nstgbradii", ir->nstgbradii);
 958         PR("rgbradii", ir->rgbradii);
 959         PR("gb-saltconc", ir->gb_saltconc);
 960         PR("gb-obc-alpha", ir->gb_obc_alpha);
 961         PR("gb-obc-beta", ir->gb_obc_beta);
 962         PR("gb-obc-gamma", ir->gb_obc_gamma);
 963         PR("gb-dielectric-offset", ir->gb_dielectric_offset);
 964         PS("sa-algorithm", ESAALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 965         PR("sa-surface-tension", ir->sa_surface_tension);
 966         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 967         PS("bSimTemp", EBOOL(ir->bSimTemp));
 968         if (ir->bSimTemp)
 969         {
 970             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
 971         }
 972         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
 973         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
 974         {
 975             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
 976         }
 977         if (ir->bExpanded)
 978         {
 979             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
 980         }
 981
 982         PI("nwall", ir->nwall);
 983         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
 984         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
 985         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
 986         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
 987         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
 988         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
 989
 990         PS("pull", EPULLTYPE(ir->ePull));
 991         if (ir->ePull != epullNO)
 992         {
 993             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
 994         }
 995
 996         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
 997         if (ir->bRot)
 998         {
 999             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
1000         }
1001
1002         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
1003         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
1004         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
1005         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
1006         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
1007         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
1008         PR("orires-fc", ir->orires_fc);
1009         PR("orires-tau", ir->orires_tau);
1010         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
1011
1012         PR("dihre-fc", ir->dihre_fc);
1013
1014         PR("em-stepsize", ir->em_stepsize);
1015         PR("em-tol", ir->em_tol);
1016         PI("niter", ir->niter);
1017         PR("fc-stepsize", ir->fc_stepsize);
1018         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
1019         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
1020
1021         PS("ConstAlg", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
1022         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
1023         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
1024         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
1025         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
1026         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
1027         PSTEP("ld-seed", ir->ld_seed);
1028         PR("cos-accel", ir->cos_accel);
1029         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
1030
1031         PS("adress", EBOOL(ir->bAdress));
1032         if (ir->bAdress)
1033         {
1034             PS("adress-type", EADRESSTYPE(ir->adress->type));
1035             PR("adress-const-wf", ir->adress->const_wf);
1036             PR("adress-ex-width", ir->adress->ex_width);
1037             PR("adress-hy-width", ir->adress->hy_width);
1038             PS("adress-interface-correction", EADRESSICTYPE(ir->adress->icor));
1039             PS("adress-site", EADRESSSITETYPE(ir->adress->site));
1040             PR("adress-ex-force-cap", ir->adress->ex_forcecap);
1041             PS("adress-do-hybridpairs", EBOOL(ir->adress->do_hybridpairs));
1042
1043             pr_rvec(fp, indent, "adress-reference-coords", ir->adress->refs, DIM, TRUE);
1044         }
1045         PI("userint1", ir->userint1);
1046         PI("userint2", ir->userint2);
1047         PI("userint3", ir->userint3);
1048         PI("userint4", ir->userint4);
1049         PR("userreal1", ir->userreal1);
1050         PR("userreal2", ir->userreal2);
1051         PR("userreal3", ir->userreal3);
1052         PR("userreal4", ir->userreal4);
1053         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
1054         pr_cosine(fp, indent, "efield-x", &(ir->ex[XX]), bMDPformat);
1055         pr_cosine(fp, indent, "efield-xt", &(ir->et[XX]), bMDPformat);
1056         pr_cosine(fp, indent, "efield-y", &(ir->ex[YY]), bMDPformat);
1057         pr_cosine(fp, indent, "efield-yt", &(ir->et[YY]), bMDPformat);
1058         pr_cosine(fp, indent, "efield-z", &(ir->ex[ZZ]), bMDPformat);
1059         pr_cosine(fp, indent, "efield-zt", &(ir->et[ZZ]), bMDPformat);
1060         PS("eSwapCoords", ESWAPTYPE(ir->eSwapCoords));
1061         if (ir->eSwapCoords != eswapNO)
1062         {
1063             pr_swap(fp, indent, ir->swap);
1064         }
1065         PS("bQMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
1066         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
1067         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
1068         PR("scalefactor", ir->scalefactor);
1069         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
1070     }
1071 }
1072 #undef PS
1073 #undef PR
1074 #undef PI
1075
1076 static void pr_harm(FILE *fp, t_iparams *iparams, const char *r, const char *kr)
1077 {
1078     fprintf(fp, "%sA=%12.5e, %sA=%12.5e, %sB=%12.5e, %sB=%12.5e\n",
1079             r, iparams->harmonic.rA, kr, iparams->harmonic.krA,
1080             r, iparams->harmonic.rB, kr, iparams->harmonic.krB);
1081 }
1082
1083 void pr_iparams(FILE *fp, t_functype ftype, t_iparams *iparams)
1084 {
1085     int  i;
1086     real VA[4], VB[4], *rbcA, *rbcB;
1087
1088     switch (ftype)
1089     {
1090         case F_ANGLES:
1091         case F_G96ANGLES:
1092             pr_harm(fp, iparams, "th", "ct");
1093             break;
1094         case F_CROSS_BOND_BONDS:
1095             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r2e=%15.8e, krr=%15.8e\n",
1096                     iparams->cross_bb.r1e, iparams->cross_bb.r2e,
1097                     iparams->cross_bb.krr);
1098             break;
1099         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1100             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r1e=%15.8e, r3e=%15.8e, krt=%15.8e\n",
1101                     iparams->cross_ba.r1e, iparams->cross_ba.r2e,
1102                     iparams->cross_ba.r3e, iparams->cross_ba.krt);
1103             break;
1104         case F_LINEAR_ANGLES:
1105             fprintf(fp, "klinA=%15.8e, aA=%15.8e, klinB=%15.8e, aB=%15.8e\n",
1106                     iparams->linangle.klinA, iparams->linangle.aA,
1107                     iparams->linangle.klinB, iparams->linangle.aB);
1108             break;
1109         case F_UREY_BRADLEY:
1110             fprintf(fp, "thetaA=%15.8e, kthetaA=%15.8e, r13A=%15.8e, kUBA=%15.8e, thetaB=%15.8e, kthetaB=%15.8e, r13B=%15.8e, kUBB=%15.8e\n", iparams->u_b.thetaA, iparams->u_b.kthetaA, iparams->u_b.r13A, iparams->u_b.kUBA, iparams->u_b.thetaB, iparams->u_b.kthetaB, iparams->u_b.r13B, iparams->u_b.kUBB);
1111             break;
1112         case F_QUARTIC_ANGLES:
1113             fprintf(fp, "theta=%15.8e", iparams->qangle.theta);
1114             for (i = 0; i < 5; i++)
1115             {
1116                 fprintf(fp, ", c%c=%15.8e", '0'+i, iparams->qangle.c[i]);
1117             }
1118             fprintf(fp, "\n");
1119             break;
1120         case F_BHAM:
1121             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1122                     iparams->bham.a, iparams->bham.b, iparams->bham.c);
1123             break;
1124         case F_BONDS:
1125         case F_G96BONDS:
1126         case F_HARMONIC:
1127             pr_harm(fp, iparams, "b0", "cb");
1128             break;
1129         case F_IDIHS:
1130             pr_harm(fp, iparams, "xi", "cx");
1131             break;
1132         case F_MORSE:
1133             fprintf(fp, "b0A=%15.8e, cbA=%15.8e, betaA=%15.8e, b0B=%15.8e, cbB=%15.8e, betaB=%15.8e\n",
1134                     iparams->morse.b0A, iparams->morse.cbA, iparams->morse.betaA,
1135                     iparams->morse.b0B, iparams->morse.cbB, iparams->morse.betaB);
1136             break;
1137         case F_CUBICBONDS:
1138             fprintf(fp, "b0=%15.8e, kb=%15.8e, kcub=%15.8e\n",
1139                     iparams->cubic.b0, iparams->cubic.kb, iparams->cubic.kcub);
1140             break;
1141         case F_CONNBONDS:
1142             fprintf(fp, "\n");
1143             break;
1144         case F_FENEBONDS:
1145             fprintf(fp, "bm=%15.8e, kb=%15.8e\n", iparams->fene.bm, iparams->fene.kb);
1146             break;
1147         case F_RESTRBONDS:
1148             fprintf(fp, "lowA=%15.8e, up1A=%15.8e, up2A=%15.8e, kA=%15.8e, lowB=%15.8e, up1B=%15.8e, up2B=%15.8e, kB=%15.8e,\n",
1149                     iparams->restraint.lowA, iparams->restraint.up1A,
1150                     iparams->restraint.up2A, iparams->restraint.kA,
1151                     iparams->restraint.lowB, iparams->restraint.up1B,
1152                     iparams->restraint.up2B, iparams->restraint.kB);
1153             break;
1154         case F_TABBONDS:
1155         case F_TABBONDSNC:
1156         case F_TABANGLES:
1157         case F_TABDIHS:
1158             fprintf(fp, "tab=%d, kA=%15.8e, kB=%15.8e\n",
1159                     iparams->tab.table, iparams->tab.kA, iparams->tab.kB);
1160             break;
1161         case F_POLARIZATION:
1162             fprintf(fp, "alpha=%15.8e\n", iparams->polarize.alpha);
1163             break;
1164         case F_ANHARM_POL:
1165             fprintf(fp, "alpha=%15.8e drcut=%15.8e khyp=%15.8e\n",
1166                     iparams->anharm_polarize.alpha,
1167                     iparams->anharm_polarize.drcut,
1168                     iparams->anharm_polarize.khyp);
1169             break;
1170         case F_THOLE_POL:
1171             fprintf(fp, "a=%15.8e, alpha1=%15.8e, alpha2=%15.8e, rfac=%15.8e\n",
1172                     iparams->thole.a, iparams->thole.alpha1, iparams->thole.alpha2,
1173                     iparams->thole.rfac);
1174             break;
1175         case F_WATER_POL:
1176             fprintf(fp, "al_x=%15.8e, al_y=%15.8e, al_z=%15.8e, rOH=%9.6f, rHH=%9.6f, rOD=%9.6f\n",
1177                     iparams->wpol.al_x, iparams->wpol.al_y, iparams->wpol.al_z,
1178                     iparams->wpol.rOH, iparams->wpol.rHH, iparams->wpol.rOD);
1179             break;
1180         case F_LJ:
1181             fprintf(fp, "c6=%15.8e, c12=%15.8e\n", iparams->lj.c6, iparams->lj.c12);
1182             break;
1183         case F_LJ14:
1184             fprintf(fp, "c6A=%15.8e, c12A=%15.8e, c6B=%15.8e, c12B=%15.8e\n",
1185                     iparams->lj14.c6A, iparams->lj14.c12A,
1186                     iparams->lj14.c6B, iparams->lj14.c12B);
1187             break;
1188         case F_LJC14_Q:
1189             fprintf(fp, "fqq=%15.8e, qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1190                     iparams->ljc14.fqq,
1191                     iparams->ljc14.qi, iparams->ljc14.qj,
1192                     iparams->ljc14.c6, iparams->ljc14.c12);
1193             break;
1194         case F_LJC_PAIRS_NB:
1195             fprintf(fp, "qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1196                     iparams->ljcnb.qi, iparams->ljcnb.qj,
1197                     iparams->ljcnb.c6, iparams->ljcnb.c12);
1198             break;
1199         case F_PDIHS:
1200         case F_PIDIHS:
1201         case F_ANGRES:
1202         case F_ANGRESZ:
1203             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e, phiB=%15.8e, cpB=%15.8e, mult=%d\n",
1204                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA,
1205                     iparams->pdihs.phiB, iparams->pdihs.cpB,
1206                     iparams->pdihs.mult);
1207             break;
1208         case F_DISRES:
1209             fprintf(fp, "label=%4d, type=%1d, low=%15.8e, up1=%15.8e, up2=%15.8e, fac=%15.8e)\n",
1210                     iparams->disres.label, iparams->disres.type,
1211                     iparams->disres.low, iparams->disres.up1,
1212                     iparams->disres.up2, iparams->disres.kfac);
1213             break;
1214         case F_ORIRES:
1215             fprintf(fp, "ex=%4d, label=%d, power=%4d, c=%15.8e, obs=%15.8e, kfac=%15.8e)\n",
1216                     iparams->orires.ex, iparams->orires.label, iparams->orires.power,
1217                     iparams->orires.c, iparams->orires.obs, iparams->orires.kfac);
1218             break;
1219         case F_DIHRES:
1220             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, dphiA=%15.8e, kfacA=%15.8e, phiB=%15.8e, dphiB=%15.8e, kfacB=%15.8e\n",
1221                     iparams->dihres.phiA, iparams->dihres.dphiA, iparams->dihres.kfacA,
1222                     iparams->dihres.phiB, iparams->dihres.dphiB, iparams->dihres.kfacB);
1223             break;
1224         case F_POSRES:
1225             fprintf(fp, "pos0A=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcA=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), pos0B=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcB=(%15.8e,%15.8e,%15.8e)\n",
1226                     iparams->posres.pos0A[XX], iparams->posres.pos0A[YY],
1227                     iparams->posres.pos0A[ZZ], iparams->posres.fcA[XX],
1228                     iparams->posres.fcA[YY], iparams->posres.fcA[ZZ],
1229                     iparams->posres.pos0B[XX], iparams->posres.pos0B[YY],
1230                     iparams->posres.pos0B[ZZ], iparams->posres.fcB[XX],
1231                     iparams->posres.fcB[YY], iparams->posres.fcB[ZZ]);
1232             break;
1233         case F_FBPOSRES:
1234             fprintf(fp, "pos0=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), geometry=%d, r=%15.8e, k=%15.8e\n",
1235                     iparams->fbposres.pos0[XX], iparams->fbposres.pos0[YY],
1236                     iparams->fbposres.pos0[ZZ], iparams->fbposres.geom,
1237                     iparams->fbposres.r,        iparams->fbposres.k);
1238             break;
1239         case F_RBDIHS:
1240             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1241             {
1242                 fprintf(fp, "%srbcA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcA[i]);
1243             }
1244             fprintf(fp, "\n");
1245             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1246             {
1247                 fprintf(fp, "%srbcB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcB[i]);
1248             }
1249             fprintf(fp, "\n");
1250             break;
1251         case F_FOURDIHS:
1252             /* Use the OPLS -> Ryckaert-Bellemans formula backwards to get the
1253              * OPLS potential constants back.
1254              */
1255             rbcA = iparams->rbdihs.rbcA;
1256             rbcB = iparams->rbdihs.rbcB;
1257
1258             VA[3] = -0.25*rbcA[4];
1259             VA[2] = -0.5*rbcA[3];
1260             VA[1] = 4.0*VA[3]-rbcA[2];
1261             VA[0] = 3.0*VA[2]-2.0*rbcA[1];
1262
1263             VB[3] = -0.25*rbcB[4];
1264             VB[2] = -0.5*rbcB[3];
1265             VB[1] = 4.0*VB[3]-rbcB[2];
1266             VB[0] = 3.0*VB[2]-2.0*rbcB[1];
1267
1268             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1269             {
1270                 fprintf(fp, "%sFourA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VA[i]);
1271             }
1272             fprintf(fp, "\n");
1273             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1274             {
1275                 fprintf(fp, "%sFourB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VB[i]);
1276             }
1277             fprintf(fp, "\n");
1278             break;
1279
1280         case F_CONSTR:
1281         case F_CONSTRNC:
1282             fprintf(fp, "dA=%15.8e, dB=%15.8e\n", iparams->constr.dA, iparams->constr.dB);
1283             break;
1284         case F_SETTLE:
1285             fprintf(fp, "doh=%15.8e, dhh=%15.8e\n", iparams->settle.doh,
1286                     iparams->settle.dhh);
1287             break;
1288         case F_VSITE2:
1289             fprintf(fp, "a=%15.8e\n", iparams->vsite.a);
1290             break;
1291         case F_VSITE3:
1292         case F_VSITE3FD:
1293         case F_VSITE3FAD:
1294             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e\n", iparams->vsite.a, iparams->vsite.b);
1295             break;
1296         case F_VSITE3OUT:
1297         case F_VSITE4FD:
1298         case F_VSITE4FDN:
1299             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1300                     iparams->vsite.a, iparams->vsite.b, iparams->vsite.c);
1301             break;
1302         case F_VSITEN:
1303             fprintf(fp, "n=%2d, a=%15.8e\n", iparams->vsiten.n, iparams->vsiten.a);
1304             break;
1305         case F_GB12:
1306         case F_GB13:
1307         case F_GB14:
1308             fprintf(fp, "sar=%15.8e, st=%15.8e, pi=%15.8e, gbr=%15.8e, bmlt=%15.8e\n", iparams->gb.sar, iparams->gb.st, iparams->gb.pi, iparams->gb.gbr, iparams->gb.bmlt);
1309             break;
1310         case F_CMAP:
1311             fprintf(fp, "cmapA=%1d, cmapB=%1d\n", iparams->cmap.cmapA, iparams->cmap.cmapB);
1312             break;
1313         case  F_RESTRANGLES:
1314             pr_harm(fp, iparams, "ktheta", "costheta0");
1315             break;
1316         case  F_RESTRDIHS:
1317             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e",
1318                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA);
1319             break;
1320         case  F_CBTDIHS:
1321             fprintf(fp, "kphi=%15.8e", iparams->cbtdihs.cbtcA[0]);
1322             for (i = 1; i < NR_CBTDIHS; i++)
1323             {
1324                 fprintf(fp, ", cbtcA[%d]=%15.8e", i-1, iparams->cbtdihs.cbtcA[i]);
1325             }
1326             fprintf(fp, "\n");
1327             break;
1328         default:
1329             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1330                       ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
1331     }
1332 }
1333
1334 void pr_ilist(FILE *fp, int indent, const char *title,
1335               t_functype *functype, t_ilist *ilist, gmx_bool bShowNumbers)
1336 {
1337     int      i, j, k, type, ftype;
1338     t_iatom *iatoms;
1339
1340     if (available(fp, ilist, indent, title) && ilist->nr > 0)
1341     {
1342         indent = pr_title(fp, indent, title);
1343         (void) pr_indent(fp, indent);
1344         fprintf(fp, "nr: %d\n", ilist->nr);
1345         if (ilist->nr > 0)
1346         {
1347             (void) pr_indent(fp, indent);
1348             fprintf(fp, "iatoms:\n");
1349             iatoms = ilist->iatoms;
1350             for (i = j = 0; i < ilist->nr; )
1351             {
1352 #ifndef DEBUG
1353                 (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1354                 type  = *(iatoms++);
1355                 ftype = functype[type];
1356                 (void) fprintf(fp, "%d type=%d (%s)",
1357                                bShowNumbers ? j : -1, bShowNumbers ? type : -1,
1358                                interaction_function[ftype].name);
1359                 j++;
1360                 for (k = 0; k < interaction_function[ftype].nratoms; k++)
1361                 {
1362                     (void) fprintf(fp, " %u", *(iatoms++));
1363                 }
1364                 (void) fprintf(fp, "\n");
1365                 i += 1+interaction_function[ftype].nratoms;
1366 #else
1367                 fprintf(fp, "%5d%5d\n", i, iatoms[i]);
1368                 i++;
1369 #endif
1370             }
1371         }
1372     }
1373 }
1374
1375 static void pr_cmap(FILE *fp, int indent, const char *title,
1376                     gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bShowNumbers)
1377 {
1378     int  i, j, nelem;
1379     real dx, idx;
1380
1381     dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
1382     nelem = cmap_grid->grid_spacing*cmap_grid->grid_spacing;
1383
1384     if (available(fp, cmap_grid, indent, title))
1385     {
1386         fprintf(fp, "%s\n", title);
1387
1388         for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
1389         {
1390             idx = -180.0;
1391             fprintf(fp, "%8s %8s %8s %8s\n", "V", "dVdx", "dVdy", "d2dV");
1392
1393             fprintf(fp, "grid[%3d]={\n", bShowNumbers ? i : -1);
1394
1395             for (j = 0; j < nelem; j++)
1396             {
1397                 if ( (j%cmap_grid->grid_spacing) == 0)
1398                 {
1399                     fprintf(fp, "%8.1f\n", idx);
1400                     idx += dx;
1401                 }
1402
1403                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1404                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1405                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1406                 fprintf(fp, "%8.3f\n", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1407             }
1408             fprintf(fp, "\n");
1409         }
1410     }
1411
1412 }
1413
1414 void pr_ffparams(FILE *fp, int indent, const char *title,
1415                  gmx_ffparams_t *ffparams,
1416                  gmx_bool bShowNumbers)
1417 {
1418     int i, j;
1419
1420     indent = pr_title(fp, indent, title);
1421     (void) pr_indent(fp, indent);
1422     (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", ffparams->atnr);
1423     (void) pr_indent(fp, indent);
1424     (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", ffparams->ntypes);
1425     for (i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
1426     {
1427         (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1428         (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1429                        bShowNumbers ? i : -1,
1430                        interaction_function[ffparams->functype[i]].name);
1431         pr_iparams(fp, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
1432     }
1433     (void) pr_double(fp, indent, "reppow", ffparams->reppow);
1434     (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", ffparams->fudgeQQ);
1435     pr_cmap(fp, indent, "cmap", &ffparams->cmap_grid, bShowNumbers);
1436 }
1437
1438 void pr_idef(FILE *fp, int indent, const char *title, t_idef *idef, gmx_bool bShowNumbers)
1439 {
1440     int i, j;
1441
1442     if (available(fp, idef, indent, title))
1443     {
1444         indent = pr_title(fp, indent, title);
1445         (void) pr_indent(fp, indent);
1446         (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", idef->atnr);
1447         (void) pr_indent(fp, indent);
1448         (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", idef->ntypes);
1449         for (i = 0; i < idef->ntypes; i++)
1450         {
1451             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1452             (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1453                            bShowNumbers ? i : -1,
1454                            interaction_function[idef->functype[i]].name);
1455             pr_iparams(fp, idef->functype[i], &idef->iparams[i]);
1456         }
1457         (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", idef->fudgeQQ);
1458
1459         for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1460         {
1461             pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1462                      idef->functype, &idef->il[j], bShowNumbers);
1463         }
1464     }
1465 }
1466
1467 static int pr_block_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block)
1468 {
1469     int i;
1470
1471     if (available(fp, block, indent, title))
1472     {
1473         indent = pr_title(fp, indent, title);
1474         (void) pr_indent(fp, indent);
1475         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1476     }
1477     return indent;
1478 }
1479
1480 static int pr_blocka_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block)
1481 {
1482     int i;
1483
1484     if (available(fp, block, indent, title))
1485     {
1486         indent = pr_title(fp, indent, title);
1487         (void) pr_indent(fp, indent);
1488         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1489         (void) pr_indent(fp, indent);
1490         (void) fprintf(fp, "nra=%d\n", block->nra);
1491     }
1492     return indent;
1493 }
1494
1495 static void low_pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1496 {
1497     int i;
1498
1499     if (available(fp, block, indent, title))
1500     {
1501         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1502         for (i = 0; i <= block->nr; i++)
1503         {
1504             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1505             (void) fprintf(fp, "%s->index[%d]=%u\n",
1506                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->index[i]);
1507         }
1508         for (i = 0; i < block->nra; i++)
1509         {
1510             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1511             (void) fprintf(fp, "%s->a[%d]=%u\n",
1512                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->a[i]);
1513         }
1514     }
1515 }
1516
1517 void pr_block(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block, gmx_bool bShowNumbers)
1518 {
1519     int i, j, ok, size, start, end;
1520
1521     if (available(fp, block, indent, title))
1522     {
1523         indent = pr_block_title(fp, indent, title, block);
1524         start  = 0;
1525         end    = start;
1526         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1527         {
1528             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1529         }
1530         else
1531         {
1532             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1533             {
1534                 end  = block->index[i+1];
1535                 size = pr_indent(fp, indent);
1536                 if (end <= start)
1537                 {
1538                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={}\n", title, i);
1539                 }
1540                 else
1541                 {
1542                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={%d..%d}\n",
1543                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1544                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1545                 }
1546                 start = end;
1547             }
1548         }
1549     }
1550 }
1551
1552 void pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1553 {
1554     int i, j, ok, size, start, end;
1555
1556     if (available(fp, block, indent, title))
1557     {
1558         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1559         start  = 0;
1560         end    = start;
1561         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1562         {
1563             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1564         }
1565         else
1566         {
1567             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1568             {
1569                 end  = block->index[i+1];
1570                 size = pr_indent(fp, indent);
1571                 if (end <= start)
1572                 {
1573                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={", title, i);
1574                 }
1575                 else
1576                 {
1577                     size += fprintf(fp, "%s[%d][%d..%d]={",
1578                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1579                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1580                 }
1581                 for (j = start; j < end; j++)
1582                 {
1583                     if (j > start)
1584                     {
1585                         size += fprintf(fp, ", ");
1586                     }
1587                     if ((size) > (USE_WIDTH))
1588                     {
1589                         (void) fprintf(fp, "\n");
1590                         size = pr_indent(fp, indent+INDENT);
1591                     }
1592                     size += fprintf(fp, "%u", block->a[j]);
1593                 }
1594                 (void) fprintf(fp, "}\n");
1595                 start = end;
1596             }
1597         }
1598         if ((end != block->nra) || (!ok))
1599         {
1600             (void) pr_indent(fp, indent);
1601             (void) fprintf(fp, "tables inconsistent, dumping complete tables:\n");
1602             low_pr_blocka(fp, indent, title, block, bShowNumbers);
1603         }
1604     }
1605 }
1606
1607 static void pr_strings(FILE *fp, int indent, const char *title, char ***nm, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1608 {
1609     int i;
1610
1611     if (available(fp, nm, indent, title))
1612     {
1613         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1614         for (i = 0; i < n; i++)
1615         {
1616             (void) pr_indent(fp, indent);
1617             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\"}\n",
1618                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]));
1619         }
1620     }
1621 }
1622
1623 static void pr_strings2(FILE *fp, int indent, const char *title,
1624                         char ***nm, char ***nmB, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1625 {
1626     int i;
1627
1628     if (available(fp, nm, indent, title))
1629     {
1630         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1631         for (i = 0; i < n; i++)
1632         {
1633             (void) pr_indent(fp, indent);
1634             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\",nameB=\"%s\"}\n",
1635                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]), *(nmB[i]));
1636         }
1637     }
1638 }
1639
1640 static void pr_resinfo(FILE *fp, int indent, const char *title, t_resinfo *resinfo, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1641 {
1642     int i;
1643
1644     if (available(fp, resinfo, indent, title))
1645     {
1646         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1647         for (i = 0; i < n; i++)
1648         {
1649             (void) pr_indent(fp, indent);
1650             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\", nr=%d, ic='%c'}\n",
1651                            title, bShowNumbers ? i : -1,
1652                            *(resinfo[i].name), resinfo[i].nr,
1653                            (resinfo[i].ic == '\0') ? ' ' : resinfo[i].ic);
1654         }
1655     }
1656 }
1657
1658 static void pr_atom(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atom *atom, int n)
1659 {
1660     int i, j;
1661
1662     if (available(fp, atom, indent, title))
1663     {
1664         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1665         for (i = 0; i < n; i++)
1666         {
1667             (void) pr_indent(fp, indent);
1668             fprintf(fp, "%s[%6d]={type=%3d, typeB=%3d, ptype=%8s, m=%12.5e, "
1669                     "q=%12.5e, mB=%12.5e, qB=%12.5e, resind=%5d, atomnumber=%3d}\n",
1670                     title, i, atom[i].type, atom[i].typeB, ptype_str[atom[i].ptype],
1671                     atom[i].m, atom[i].q, atom[i].mB, atom[i].qB,
1672                     atom[i].resind, atom[i].atomnumber);
1673         }
1674     }
1675 }
1676
1677 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, t_grps grps[], char **grpname[])
1678 {
1679     int i, j;
1680
1681     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
1682     {
1683         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
1684         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
1685         {
1686             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
1687         }
1688         fprintf(fp, "]\n");
1689     }
1690 }
1691
1692 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
1693                       gmx_groups_t *groups,
1694                       gmx_bool bShowNumbers)
1695 {
1696     int grpnr[egcNR];
1697     int nat_max, i, g;
1698
1699     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
1700     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
1701
1702     (void) pr_indent(fp, indent);
1703     fprintf(fp, "groups          ");
1704     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1705     {
1706         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
1707     }
1708     printf("\n");
1709
1710     (void) pr_indent(fp, indent);
1711     fprintf(fp, "allocated       ");
1712     nat_max = 0;
1713     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1714     {
1715         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
1716         nat_max = max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
1717     }
1718     printf("\n");
1719
1720     if (nat_max == 0)
1721     {
1722         (void) pr_indent(fp, indent);
1723         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
1724         for (g = 0; g < egcNR; g++)
1725         {
1726             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
1727         }
1728         fprintf(fp, "\n");
1729     }
1730     else
1731     {
1732         for (i = 0; i < nat_max; i++)
1733         {
1734             (void) pr_indent(fp, indent);
1735             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
1736             for (g = 0; g < egcNR; g++)
1737             {
1738                 fprintf(fp, "  %3d ",
1739                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
1740             }
1741             fprintf(fp, "\n");
1742         }
1743     }
1744 }
1745
1746 void pr_atoms(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atoms *atoms,
1747               gmx_bool bShownumbers)
1748 {
1749     if (available(fp, atoms, indent, title))
1750     {
1751         indent = pr_title(fp, indent, title);
1752         pr_atom(fp, indent, "atom", atoms->atom, atoms->nr);
1753         pr_strings(fp, indent, "atom", atoms->atomname, atoms->nr, bShownumbers);
1754         pr_strings2(fp, indent, "type", atoms->atomtype, atoms->atomtypeB, atoms->nr, bShownumbers);
1755         pr_resinfo(fp, indent, "residue", atoms->resinfo, atoms->nres, bShownumbers);
1756     }
1757 }
1758
1759
1760 void pr_atomtypes(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atomtypes *atomtypes,
1761                   gmx_bool bShowNumbers)
1762 {
1763     int i;
1764     if (available(fp, atomtypes, indent, title))
1765     {
1766         indent = pr_title(fp, indent, title);
1767         for (i = 0; i < atomtypes->nr; i++)
1768         {
1769             pr_indent(fp, indent);
1770             fprintf(fp,
1771                     "atomtype[%3d]={radius=%12.5e, volume=%12.5e, gb_radius=%12.5e, surftens=%12.5e, atomnumber=%4d, S_hct=%12.5e)}\n",
1772                     bShowNumbers ? i : -1, atomtypes->radius[i], atomtypes->vol[i],
1773                     atomtypes->gb_radius[i],
1774                     atomtypes->surftens[i], atomtypes->atomnumber[i], atomtypes->S_hct[i]);
1775         }
1776     }
1777 }
1778
1779 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
1780                        gmx_moltype_t *molt, int n,
1781                        gmx_ffparams_t *ffparams,
1782                        gmx_bool bShowNumbers)
1783 {
1784     int j;
1785
1786     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1787     (void) pr_indent(fp, indent);
1788     (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
1789     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
1790     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
1791     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
1792     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1793     {
1794         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1795                  ffparams->functype, &molt->ilist[j], bShowNumbers);
1796     }
1797 }
1798
1799 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
1800                         gmx_molblock_t *molb, int n,
1801                         gmx_moltype_t *molt)
1802 {
1803     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1804     (void) pr_indent(fp, indent);
1805     (void) fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
1806                    "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
1807     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
1808     pr_int(fp, indent, "#atoms_mol", molb->natoms_mol);
1809     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->nposres_xA);
1810     if (molb->nposres_xA > 0)
1811     {
1812         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
1813     }
1814     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->nposres_xB);
1815     if (molb->nposres_xB > 0)
1816     {
1817         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
1818     }
1819 }
1820
1821 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1822              gmx_bool bShowNumbers)
1823 {
1824     int mt, mb;
1825
1826     if (available(fp, mtop, indent, title))
1827     {
1828         indent = pr_title(fp, indent, title);
1829         (void) pr_indent(fp, indent);
1830         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
1831         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
1832         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->nmolblock);
1833         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1834         {
1835             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
1836         }
1837         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
1838         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
1839         for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1840         {
1841             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
1842                        &mtop->ffparams, bShowNumbers);
1843         }
1844         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
1845     }
1846 }
1847
1848 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, t_topology *top, gmx_bool bShowNumbers)
1849 {
1850     if (available(fp, top, indent, title))
1851     {
1852         indent = pr_title(fp, indent, title);
1853         (void) pr_indent(fp, indent);
1854         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
1855         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
1856         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
1857         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
1858         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
1859         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
1860         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers);
1861     }
1862 }
1863
1864 void pr_header(FILE *fp, int indent, const char *title, t_tpxheader *sh)
1865 {
1866     char buf[22];
1867
1868     if (available(fp, sh, indent, title))
1869     {
1870         indent = pr_title(fp, indent, title);
1871         pr_indent(fp, indent);
1872         fprintf(fp, "bIr    = %spresent\n", sh->bIr ? "" : "not ");
1873         pr_indent(fp, indent);
1874         fprintf(fp, "bBox   = %spresent\n", sh->bBox ? "" : "not ");
1875         pr_indent(fp, indent);
1876         fprintf(fp, "bTop   = %spresent\n", sh->bTop ? "" : "not ");
1877         pr_indent(fp, indent);
1878         fprintf(fp, "bX     = %spresent\n", sh->bX ? "" : "not ");
1879         pr_indent(fp, indent);
1880         fprintf(fp, "bV     = %spresent\n", sh->bV ? "" : "not ");
1881         pr_indent(fp, indent);
1882         fprintf(fp, "bF     = %spresent\n", sh->bF ? "" : "not ");
1883
1884         pr_indent(fp, indent);
1885         fprintf(fp, "natoms = %d\n", sh->natoms);
1886         pr_indent(fp, indent);
1887         fprintf(fp, "lambda = %e\n", sh->lambda);
1888     }
1889 }
1890
1891 void pr_commrec(FILE *fp, int indent, t_commrec *cr)
1892 {
1893     pr_indent(fp, indent);
1894     fprintf(fp, "commrec:\n");
1895     indent += 2;
1896     pr_indent(fp, indent);
1897     fprintf(fp, "nodeid    = %d\n", cr->nodeid);
1898     pr_indent(fp, indent);
1899     fprintf(fp, "nnodes    = %d\n", cr->nnodes);
1900     pr_indent(fp, indent);
1901     fprintf(fp, "npmenodes = %d\n", cr->npmenodes);
1902     /*
1903        pr_indent(fp,indent);
1904        fprintf(fp,"threadid  = %d\n",cr->threadid);
1905        pr_indent(fp,indent);
1906        fprintf(fp,"nthreads  = %d\n",cr->nthreads);
1907      */
1908 }