src/gromacs/gmxlib/txtdump.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 /* This file is completely threadsafe - please keep it that way! */
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "types/commrec.h"
  47 #include "names.h"
  48 #include "txtdump.h"
  49 #include "vec.h"
  50 #include "macros.h"
  51
  52
  53 int pr_indent(FILE *fp, int n)
  54 {
  55     int i;
  56
  57     for (i = 0; i < n; i++)
  58     {
  59         (void) fprintf(fp, " ");
  60     }
  61     return n;
  62 }
  63
  64 int available(FILE *fp, void *p, int indent, const char *title)
  65 {
  66     if (!p)
  67     {
  68         if (indent > 0)
  69         {
  70             pr_indent(fp, indent);
  71         }
  72         (void) fprintf(fp, "%s: not available\n", title);
  73     }
  74     return (p != NULL);
  75 }
  76
  77 int pr_title(FILE *fp, int indent, const char *title)
  78 {
  79     (void) pr_indent(fp, indent);
  80     (void) fprintf(fp, "%s:\n", title);
  81     return (indent+INDENT);
  82 }
  83
  84 int pr_title_n(FILE *fp, int indent, const char *title, int n)
  85 {
  86     (void) pr_indent(fp, indent);
  87     (void) fprintf(fp, "%s (%d):\n", title, n);
  88     return (indent+INDENT);
  89 }
  90
  91 int pr_title_nxn(FILE *fp, int indent, const char *title, int n1, int n2)
  92 {
  93     (void) pr_indent(fp, indent);
  94     (void) fprintf(fp, "%s (%dx%d):\n", title, n1, n2);
  95     return (indent+INDENT);
  96 }
  97
  98 void pr_ivec(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
  99 {
 100     int i;
 101
 102     if (available(fp, vec, indent, title))
 103     {
 104         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 105         for (i = 0; i < n; i++)
 106         {
 107             (void) pr_indent(fp, indent);
 108             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 109         }
 110     }
 111 }
 112
 113 void pr_ivec_block(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 114 {
 115     int i, j;
 116
 117     if (available(fp, vec, indent, title))
 118     {
 119         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 120         i      = 0;
 121         while (i < n)
 122         {
 123             j = i+1;
 124             while (j < n && vec[j] == vec[j-1]+1)
 125             {
 126                 j++;
 127             }
 128             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
 129             if (j - i < 3)
 130             {
 131                 while (i < j)
 132                 {
 133                     (void) pr_indent(fp, indent);
 134                     (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n",
 135                                    title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 136                     i++;
 137                 }
 138             }
 139             else
 140             {
 141                 (void) pr_indent(fp, indent);
 142                 (void) fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n",
 143                                title,
 144                                bShowNumbers ? i : -1,
 145                                bShowNumbers ? j-1 : -1,
 146                                vec[i], vec[j-1]);
 147                 i = j;
 148             }
 149         }
 150     }
 151 }
 152
 153 void pr_bvec(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 154 {
 155     int i;
 156
 157     if (available(fp, vec, indent, title))
 158     {
 159         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 160         for (i = 0; i < n; i++)
 161         {
 162             (void) pr_indent(fp, indent);
 163             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
 164                            EBOOL(vec[i]));
 165         }
 166     }
 167 }
 168
 169 void pr_ivecs(FILE *fp, int indent, const char *title, ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 170 {
 171     int i, j;
 172
 173     if (available(fp, vec, indent, title))
 174     {
 175         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 176         for (i = 0; i < n; i++)
 177         {
 178             (void) pr_indent(fp, indent);
 179             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 180             for (j = 0; j < DIM; j++)
 181             {
 182                 if (j != 0)
 183                 {
 184                     (void) fprintf(fp, ", ");
 185                 }
 186                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 187             }
 188             (void) fprintf(fp, "}\n");
 189         }
 190     }
 191 }
 192
 193 void pr_rvec(FILE *fp, int indent, const char *title, real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 194 {
 195     int i;
 196
 197     if (available(fp, vec, indent, title))
 198     {
 199         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 200         for (i = 0; i < n; i++)
 201         {
 202             pr_indent(fp, indent);
 203             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 204         }
 205     }
 206 }
 207
 208 void pr_dvec(FILE *fp, int indent, const char *title, double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 209 {
 210     int i;
 211
 212     if (available(fp, vec, indent, title))
 213     {
 214         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 215         for (i = 0; i < n; i++)
 216         {
 217             pr_indent(fp, indent);
 218             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 219         }
 220     }
 221 }
 222
 223
 224 /*
 225    void pr_mat(FILE *fp,int indent,char *title,matrix m)
 226    {
 227    int i,j;
 228
 229    if (available(fp,m,indent,title)) {
 230     indent=pr_title_n(fp,indent,title,n);
 231     for(i=0; i<n; i++) {
 232       pr_indent(fp,indent);
 233       fprintf(fp,"%s[%d]=%12.5e %12.5e %12.5e\n",
 234           title,bShowNumbers?i:-1,m[i][XX],m[i][YY],m[i][ZZ]);
 235     }
 236    }
 237    }
 238  */
 239
 240 void pr_rvecs_len(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 241 {
 242     int i, j;
 243
 244     if (available(fp, vec, indent, title))
 245     {
 246         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 247         for (i = 0; i < n; i++)
 248         {
 249             (void) pr_indent(fp, indent);
 250             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 251             for (j = 0; j < DIM; j++)
 252             {
 253                 if (j != 0)
 254                 {
 255                     (void) fprintf(fp, ", ");
 256                 }
 257                 (void) fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 258             }
 259             (void) fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 260         }
 261     }
 262 }
 263
 264 void pr_rvecs(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 265 {
 266     const char *fshort = "%12.5e";
 267     const char *flong  = "%15.8e";
 268     const char *format;
 269     int         i, j;
 270
 271     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 272     {
 273         format = flong;
 274     }
 275     else
 276     {
 277         format = fshort;
 278     }
 279
 280     if (available(fp, vec, indent, title))
 281     {
 282         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 283         for (i = 0; i < n; i++)
 284         {
 285             (void) pr_indent(fp, indent);
 286             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 287             for (j = 0; j < DIM; j++)
 288             {
 289                 if (j != 0)
 290                 {
 291                     (void) fprintf(fp, ", ");
 292                 }
 293                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 294             }
 295             (void) fprintf(fp, "}\n");
 296         }
 297     }
 298 }
 299
 300
 301 void pr_rvecs_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n, int dim)
 302 {
 303     const char *fshort = "%12.5e";
 304     const char *flong  = "%15.8e";
 305     const char *format;
 306     int         i, j;
 307
 308     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 309     {
 310         format = flong;
 311     }
 312     else
 313     {
 314         format = fshort;
 315     }
 316
 317     if (available(fp, vec, indent, title))
 318     {
 319         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 320         for (i = 0; i < n; i++)
 321         {
 322             (void) pr_indent(fp, indent);
 323             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 324             for (j = 0; j < dim; j++)
 325             {
 326                 if (j != 0)
 327                 {
 328                     (void) fprintf(fp, ", ");
 329                 }
 330                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 331             }
 332             (void) fprintf(fp, "}\n");
 333         }
 334     }
 335 }
 336
 337 void pr_reals(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n)
 338 {
 339     int i;
 340
 341     if (available(fp, vec, indent, title))
 342     {
 343         (void) pr_indent(fp, indent);
 344         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 345         for (i = 0; i < n; i++)
 346         {
 347             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 348         }
 349         (void) fprintf(fp, "\n");
 350     }
 351 }
 352
 353 void pr_doubles(FILE *fp, int indent, const char *title, double *vec, int n)
 354 {
 355     int i;
 356
 357     if (available(fp, vec, indent, title))
 358     {
 359         (void) pr_indent(fp, indent);
 360         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 361         for (i = 0; i < n; i++)
 362         {
 363             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 364         }
 365         (void) fprintf(fp, "\n");
 366     }
 367 }
 368
 369 void pr_reals_of_dim(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n, int dim)
 370 {
 371     int         i, j;
 372     const char *fshort = "%12.5e";
 373     const char *flong  = "%15.8e";
 374     const char *format;
 375
 376     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 377     {
 378         format = flong;
 379     }
 380     else
 381     {
 382         format = fshort;
 383     }
 384
 385     if (available(fp, vec, indent, title))
 386     {
 387         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 388         for (i = 0; i < n; i++)
 389         {
 390             (void) pr_indent(fp, indent);
 391             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 392             for (j = 0; j < dim; j++)
 393             {
 394                 if (j != 0)
 395                 {
 396                     (void) fprintf(fp, ", ");
 397                 }
 398                 (void) fprintf(fp, format, vec[i * dim  + j]);
 399             }
 400             (void) fprintf(fp, "}\n");
 401         }
 402     }
 403 }
 404
 405 static void pr_int(FILE *fp, int indent, const char *title, int i)
 406 {
 407     pr_indent(fp, indent);
 408     fprintf(fp, "%-20s = %d\n", title, i);
 409 }
 410
 411 static void pr_int64(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_int64_t i)
 412 {
 413     char buf[STEPSTRSIZE];
 414
 415     pr_indent(fp, indent);
 416     fprintf(fp, "%-20s = %s\n", title, gmx_step_str(i, buf));
 417 }
 418
 419 static void pr_real(FILE *fp, int indent, const char *title, real r)
 420 {
 421     pr_indent(fp, indent);
 422     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, r);
 423 }
 424
 425 static void pr_double(FILE *fp, int indent, const char *title, double d)
 426 {
 427     pr_indent(fp, indent);
 428     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, d);
 429 }
 430
 431 static void pr_str(FILE *fp, int indent, const char *title, const char *s)
 432 {
 433     pr_indent(fp, indent);
 434     fprintf(fp, "%-30s = %s\n", title, s);
 435 }
 436
 437 void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, t_grpopts *opts)
 438 {
 439     int i, m, j;
 440
 441     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 442
 443     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 444     if (opts->ngQM > 0)
 445     {
 446         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 447         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 448         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 449         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 450         pr_bvec(fp, indent, "bSH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 451         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 452         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 453         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 454         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 455         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 456         pr_bvec(fp, indent, "bOPT", opts->bOPT, opts->ngQM, FALSE);
 457         pr_bvec(fp, indent, "bTS", opts->bTS, opts->ngQM, FALSE);
 458     }
 459 }
 460
 461 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, t_grpopts *opts,
 462                         gmx_bool bMDPformat)
 463 {
 464     int i, m, j;
 465
 466     if (!bMDPformat)
 467     {
 468         fprintf(out, "%s:\n", title);
 469     }
 470
 471     pr_indent(out, indent);
 472     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 473     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 474     {
 475         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 476     }
 477     fprintf(out, "\n");
 478
 479     pr_indent(out, indent);
 480     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 481     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 482     {
 483         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 484     }
 485     fprintf(out, "\n");
 486
 487     pr_indent(out, indent);
 488     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 489     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 490     {
 491         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 492     }
 493     fprintf(out, "\n");
 494
 495     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 496     fprintf(out, "anneal%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 497     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 498     {
 499         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 500     }
 501     fprintf(out, "\n");
 502
 503     fprintf(out, "ann-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 504     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 505     {
 506         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 507     }
 508     fprintf(out, "\n");
 509
 510     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 511     {
 512         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 513         {
 514             fprintf(out, "ann. times [%d]:\t", i);
 515             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 516             {
 517                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 518             }
 519             fprintf(out, "\n");
 520             fprintf(out, "ann. temps [%d]:\t", i);
 521             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 522             {
 523                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 524             }
 525             fprintf(out, "\n");
 526         }
 527     }
 528
 529     pr_indent(out, indent);
 530     fprintf(out, "acc:\t");
 531     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 532     {
 533         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 534         {
 535             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 536         }
 537     }
 538     fprintf(out, "\n");
 539
 540     pr_indent(out, indent);
 541     fprintf(out, "nfreeze:");
 542     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 543     {
 544         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 545         {
 546             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 547         }
 548     }
 549     fprintf(out, "\n");
 550
 551
 552     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 553     {
 554         pr_indent(out, indent);
 555         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 556         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 557         {
 558             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 559         }
 560         fprintf(out, "\n");
 561     }
 562
 563     fflush(out);
 564 }
 565
 566 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec *m,
 567                       gmx_bool bMDPformat)
 568 {
 569     if (bMDPformat)
 570     {
 571         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 572                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 573     }
 574     else
 575     {
 576         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 577     }
 578 }
 579
 580 static void pr_cosine(FILE *fp, int indent, const char *title, t_cosines *cos,
 581                       gmx_bool bMDPformat)
 582 {
 583     int j;
 584
 585     if (bMDPformat)
 586     {
 587         fprintf(fp, "%s = %d\n", title, cos->n);
 588     }
 589     else
 590     {
 591         indent = pr_title(fp, indent, title);
 592         (void) pr_indent(fp, indent);
 593         fprintf(fp, "n = %d\n", cos->n);
 594         if (cos->n > 0)
 595         {
 596             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 597             fprintf(fp, "a =");
 598             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 599             {
 600                 fprintf(fp, " %e", cos->a[j]);
 601             }
 602             fprintf(fp, "\n");
 603             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 604             fprintf(fp, "phi =");
 605             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 606             {
 607                 fprintf(fp, " %e", cos->phi[j]);
 608             }
 609             fprintf(fp, "\n");
 610         }
 611     }
 612 }
 613
 614 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 615 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 616 #define PSTEP(t, s) pr_int64(fp, indent, t, s)
 617 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 618 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 619
 620 static void pr_pull_group(FILE *fp, int indent, int g, t_pull_group *pgrp)
 621 {
 622     pr_indent(fp, indent);
 623     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 624     indent += 2;
 625     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pgrp->ind, pgrp->nat, TRUE);
 626     pr_rvec(fp, indent, "weight", pgrp->weight, pgrp->nweight, TRUE);
 627     PI("pbcatom", pgrp->pbcatom);
 628 }
 629
 630 static void pr_pull_coord(FILE *fp, int indent, int c, t_pull_coord *pcrd)
 631 {
 632     pr_indent(fp, indent);
 633     fprintf(fp, "pull-coord %d:\n", c);
 634     PI("group[0]", pcrd->group[0]);
 635     PI("group[1]", pcrd->group[1]);
 636     pr_rvec(fp, indent, "origin", pcrd->origin, DIM, TRUE);
 637     pr_rvec(fp, indent, "vec", pcrd->vec, DIM, TRUE);
 638     PR("init", pcrd->init);
 639     PR("rate", pcrd->rate);
 640     PR("k", pcrd->k);
 641     PR("kB", pcrd->kB);
 642 }
 643
 644 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 645 {
 646     PR("simtemp_low", simtemp->simtemp_low);
 647     PR("simtemp_high", simtemp->simtemp_high);
 648     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 649     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 650 }
 651
 652 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, t_expanded *expand, int n_lambda)
 653 {
 654
 655     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 656     PS("lambda-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 657     PS("lambda-mc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 658     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 659     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 660     PI("lmc-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 661     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 662     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 663     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 664     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 665     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 666     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 667     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 668     PS("bWLoneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 669     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 670     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 671     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 672     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 673     {
 674         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 675     }
 676     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 677     {
 678         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 679     }
 680     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 681     {
 682         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 683     }
 684     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 685     {
 686         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 687     }
 688     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 689     {
 690         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 691     }
 692
 693     pr_indent(fp, indent);
 694     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 695     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 696 }
 697
 698 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 699 {
 700     int i, j;
 701
 702     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 703     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 704     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 705     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 706     if (!bMDPformat)
 707     {
 708         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 709     }
 710     if (fep->n_lambda > 0)
 711     {
 712         pr_indent(fp, indent);
 713         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 714         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 715         {
 716             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 717             if (fep->separate_dvdl[i])
 718             {
 719                 fprintf(fp, "  TRUE");
 720             }
 721             else
 722             {
 723                 fprintf(fp, "  FALSE");
 724             }
 725             fprintf(fp, "\n");
 726         }
 727         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 728         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 729         {
 730             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 731             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 732             {
 733                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 734             }
 735             fprintf(fp, "\n");
 736         }
 737     }
 738     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 739
 740     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 741     PS("bScCoul", EBOOL(fep->bScCoul));
 742     PS("bScPrintEnergy", EBOOL(fep->bPrintEnergy));
 743     PI("sc-power", fep->sc_power);
 744     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 745     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 746     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 747     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 748     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 749     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 750     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 751 };
 752
 753 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, t_pull *pull)
 754 {
 755     int g;
 756
 757     PS("pull-geometry", EPULLGEOM(pull->eGeom));
 758     pr_ivec(fp, indent, "pull-dim", pull->dim, DIM, TRUE);
 759     PR("pull-r1", pull->cyl_r1);
 760     PR("pull-r0", pull->cyl_r0);
 761     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 762     PS("pull-bPrintRef", EBOOL(pull->bPrintRef));
 763     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 764     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 765     PI("pull-ngroup", pull->ngroup);
 766     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 767     {
 768         pr_pull_group(fp, indent, g, &pull->group[g]);
 769     }
 770     PI("pull-ncoord", pull->ncoord);
 771     for (g = 0; g < pull->ncoord; g++)
 772     {
 773         pr_pull_coord(fp, indent, g, &pull->coord[g]);
 774     }
 775 }
 776
 777 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_rotgrp *rotg)
 778 {
 779     pr_indent(fp, indent);
 780     fprintf(fp, "rotation_group %d:\n", g);
 781     indent += 2;
 782     PS("type", EROTGEOM(rotg->eType));
 783     PS("massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 784     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 785     pr_rvecs(fp, indent, "x_ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 786     pr_rvec(fp, indent, "vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 787     pr_rvec(fp, indent, "pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 788     PR("rate", rotg->rate);
 789     PR("k", rotg->k);
 790     PR("slab_dist", rotg->slab_dist);
 791     PR("min_gaussian", rotg->min_gaussian);
 792     PR("epsilon", rotg->eps);
 793     PS("fit_method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 794     PI("potfitangle_nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 795     PR("potfitangle_step", rotg->PotAngle_step);
 796 }
 797
 798 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, t_rot *rot)
 799 {
 800     int g;
 801
 802     PI("rot_nstrout", rot->nstrout);
 803     PI("rot_nstsout", rot->nstsout);
 804     PI("rot_ngrp", rot->ngrp);
 805     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 806     {
 807         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 808     }
 809 }
 810
 811
 812 static void pr_swap(FILE *fp, int indent, t_swapcoords *swap)
 813 {
 814     int  i, j;
 815     char str[STRLEN];
 816
 817
 818     PI("frequency", swap->nstswap);
 819     for (j = 0; j < 2; j++)
 820     {
 821         sprintf(str, "nanions%c", j+'A');
 822         PI(str, swap->nanions[j]);
 823         sprintf(str, "ncations%c", j+'A');
 824         PI(str, swap->ncations[j]);
 825     }
 826     PI("coupling_steps", swap->nAverage);
 827     PR("threshold", swap->threshold);
 828     for (j = 0; j < 2; j++)
 829     {
 830         sprintf(str, "splitgroup%d_massw", j);
 831         PS(str, EBOOL(swap->massw_split[j]));
 832         sprintf(str, "split atoms group %d", j);
 833         pr_ivec_block(fp, indent, str, swap->ind_split[j], swap->nat_split[j], TRUE);
 834     }
 835     pr_ivec_block(fp, indent, "swap atoms", swap->ind, swap->nat, TRUE);
 836     pr_ivec_block(fp, indent, "solvent atoms", swap->ind_sol, swap->nat_sol, TRUE);
 837     PR("cyl0_radius", swap->cyl0r);
 838     PR("cyl0_upper", swap->cyl0u);
 839     PR("cyl0_lower", swap->cyl0l);
 840     PR("cyl1_radius", swap->cyl1r);
 841     PR("cyl1_upper", swap->cyl1u);
 842     PR("cyl1_lower", swap->cyl1l);
 843 }
 844
 845
 846 static void pr_imd(FILE *fp, int indent, t_IMD *imd)
 847 {
 848     PI("IMD_atoms", imd->nat);
 849     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", imd->ind, imd->nat, TRUE);
 850 }
 851
 852
 853 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, t_inputrec *ir,
 854                  gmx_bool bMDPformat)
 855 {
 856     const char *infbuf = "inf";
 857     int         i;
 858
 859     if (available(fp, ir, indent, title))
 860     {
 861         if (!bMDPformat)
 862         {
 863             indent = pr_title(fp, indent, title);
 864         }
 865         /* This strings do not all have a direct correspondence to
 866            .mdp entries, but we should follow the same convention of
 867            using hyphens in the names users read and write. */
 868         PS("integrator", EI(ir->eI));
 869         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 870         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 871         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 872         PS("ns-type", ENS(ir->ns_type));
 873         PI("nstlist", ir->nstlist);
 874         PI("ndelta", ir->ndelta);
 875         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 876         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 877         PI("nstlog", ir->nstlog);
 878         PI("nstxout", ir->nstxout);
 879         PI("nstvout", ir->nstvout);
 880         PI("nstfout", ir->nstfout);
 881         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 882         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 883         PI("nstxout-compressed", ir->nstxout_compressed);
 884         PR("init-t", ir->init_t);
 885         PR("delta-t", ir->delta_t);
 886
 887         PR("x-compression-precision", ir->x_compression_precision);
 888         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 889         PI("nkx", ir->nkx);
 890         PI("nky", ir->nky);
 891         PI("nkz", ir->nkz);
 892         PI("pme-order", ir->pme_order);
 893         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 894         PR("ewald-rtol-lj", ir->ewald_rtol_lj);
 895         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 896         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 897         PS("optimize-fft", EBOOL(ir->bOptFFT));
 898         PS("lj-pme-comb-rule", ELJPMECOMBNAMES(ir->ljpme_combination_rule));
 899         PS("ePBC", EPBC(ir->ePBC));
 900         PS("bPeriodicMols", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 901         PS("bContinuation", EBOOL(ir->bContinuation));
 902         PS("bShakeSOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
 903         PS("etc", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 904         PS("bPrintNHChains", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 905         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 906         PS("epc", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 907         PS("epctype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 908         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 909         PR("tau-p", ir->tau_p);
 910         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 911         pr_matrix(fp, indent, "compress", ir->compress, bMDPformat);
 912         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 913         if (bMDPformat)
 914         {
 915             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 916                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 917         }
 918         else
 919         {
 920             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
 921         }
 922         if (bMDPformat)
 923         {
 924             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 925                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 926         }
 927         else
 928         {
 929             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
 930         }
 931         PR("verlet-buffer-tolerance", ir->verletbuf_tol);
 932         PR("rlist", ir->rlist);
 933         PR("rlistlong", ir->rlistlong);
 934         PR("nstcalclr", ir->nstcalclr);
 935         PR("rtpi", ir->rtpi);
 936         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 937         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 938         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 939         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 940         PS("vdwtype", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 941         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 942         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 943         PR("rvdw", ir->rvdw);
 944         if (ir->epsilon_r != 0)
 945         {
 946             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 947         }
 948         else
 949         {
 950             PS("epsilon-r", infbuf);
 951         }
 952         if (ir->epsilon_rf != 0)
 953         {
 954             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 955         }
 956         else
 957         {
 958             PS("epsilon-rf", infbuf);
 959         }
 960         PR("tabext", ir->tabext);
 961         PS("implicit-solvent", EIMPLICITSOL(ir->implicit_solvent));
 962         PS("gb-algorithm", EGBALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 963         PR("gb-epsilon-solvent", ir->gb_epsilon_solvent);
 964         PI("nstgbradii", ir->nstgbradii);
 965         PR("rgbradii", ir->rgbradii);
 966         PR("gb-saltconc", ir->gb_saltconc);
 967         PR("gb-obc-alpha", ir->gb_obc_alpha);
 968         PR("gb-obc-beta", ir->gb_obc_beta);
 969         PR("gb-obc-gamma", ir->gb_obc_gamma);
 970         PR("gb-dielectric-offset", ir->gb_dielectric_offset);
 971         PS("sa-algorithm", ESAALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 972         PR("sa-surface-tension", ir->sa_surface_tension);
 973         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 974         PS("bSimTemp", EBOOL(ir->bSimTemp));
 975         if (ir->bSimTemp)
 976         {
 977             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
 978         }
 979         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
 980         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
 981         {
 982             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
 983         }
 984         if (ir->bExpanded)
 985         {
 986             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
 987         }
 988
 989         PI("nwall", ir->nwall);
 990         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
 991         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
 992         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
 993         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
 994         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
 995         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
 996
 997         PS("pull", EPULLTYPE(ir->ePull));
 998         if (ir->ePull != epullNO)
 999         {
1000             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
1001         }
1002
1003         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
1004         if (ir->bRot)
1005         {
1006             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
1007         }
1008
1009         PS("interactiveMD", EBOOL(ir->bIMD));
1010         if (ir->bIMD)
1011         {
1012             pr_imd(fp, indent, ir->imd);
1013         }
1014
1015         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
1016         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
1017         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
1018         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
1019         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
1020         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
1021         PR("orires-fc", ir->orires_fc);
1022         PR("orires-tau", ir->orires_tau);
1023         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
1024
1025         PR("dihre-fc", ir->dihre_fc);
1026
1027         PR("em-stepsize", ir->em_stepsize);
1028         PR("em-tol", ir->em_tol);
1029         PI("niter", ir->niter);
1030         PR("fc-stepsize", ir->fc_stepsize);
1031         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
1032         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
1033
1034         PS("ConstAlg", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
1035         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
1036         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
1037         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
1038         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
1039         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
1040         PSTEP("ld-seed", ir->ld_seed);
1041         PR("cos-accel", ir->cos_accel);
1042         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
1043
1044         PS("adress", EBOOL(ir->bAdress));
1045         if (ir->bAdress)
1046         {
1047             PS("adress-type", EADRESSTYPE(ir->adress->type));
1048             PR("adress-const-wf", ir->adress->const_wf);
1049             PR("adress-ex-width", ir->adress->ex_width);
1050             PR("adress-hy-width", ir->adress->hy_width);
1051             PS("adress-interface-correction", EADRESSICTYPE(ir->adress->icor));
1052             PS("adress-site", EADRESSSITETYPE(ir->adress->site));
1053             PR("adress-ex-force-cap", ir->adress->ex_forcecap);
1054             PS("adress-do-hybridpairs", EBOOL(ir->adress->do_hybridpairs));
1055
1056             pr_rvec(fp, indent, "adress-reference-coords", ir->adress->refs, DIM, TRUE);
1057         }
1058         PI("userint1", ir->userint1);
1059         PI("userint2", ir->userint2);
1060         PI("userint3", ir->userint3);
1061         PI("userint4", ir->userint4);
1062         PR("userreal1", ir->userreal1);
1063         PR("userreal2", ir->userreal2);
1064         PR("userreal3", ir->userreal3);
1065         PR("userreal4", ir->userreal4);
1066         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
1067         pr_cosine(fp, indent, "efield-x", &(ir->ex[XX]), bMDPformat);
1068         pr_cosine(fp, indent, "efield-xt", &(ir->et[XX]), bMDPformat);
1069         pr_cosine(fp, indent, "efield-y", &(ir->ex[YY]), bMDPformat);
1070         pr_cosine(fp, indent, "efield-yt", &(ir->et[YY]), bMDPformat);
1071         pr_cosine(fp, indent, "efield-z", &(ir->ex[ZZ]), bMDPformat);
1072         pr_cosine(fp, indent, "efield-zt", &(ir->et[ZZ]), bMDPformat);
1073         PS("eSwapCoords", ESWAPTYPE(ir->eSwapCoords));
1074         if (ir->eSwapCoords != eswapNO)
1075         {
1076             pr_swap(fp, indent, ir->swap);
1077         }
1078         PS("bQMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
1079         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
1080         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
1081         PR("scalefactor", ir->scalefactor);
1082         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
1083     }
1084 }
1085 #undef PS
1086 #undef PR
1087 #undef PI
1088
1089 static void pr_harm(FILE *fp, t_iparams *iparams, const char *r, const char *kr)
1090 {
1091     fprintf(fp, "%sA=%12.5e, %sA=%12.5e, %sB=%12.5e, %sB=%12.5e\n",
1092             r, iparams->harmonic.rA, kr, iparams->harmonic.krA,
1093             r, iparams->harmonic.rB, kr, iparams->harmonic.krB);
1094 }
1095
1096 void pr_iparams(FILE *fp, t_functype ftype, t_iparams *iparams)
1097 {
1098     int  i;
1099     real VA[4], VB[4], *rbcA, *rbcB;
1100
1101     switch (ftype)
1102     {
1103         case F_ANGLES:
1104         case F_G96ANGLES:
1105             pr_harm(fp, iparams, "th", "ct");
1106             break;
1107         case F_CROSS_BOND_BONDS:
1108             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r2e=%15.8e, krr=%15.8e\n",
1109                     iparams->cross_bb.r1e, iparams->cross_bb.r2e,
1110                     iparams->cross_bb.krr);
1111             break;
1112         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1113             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r1e=%15.8e, r3e=%15.8e, krt=%15.8e\n",
1114                     iparams->cross_ba.r1e, iparams->cross_ba.r2e,
1115                     iparams->cross_ba.r3e, iparams->cross_ba.krt);
1116             break;
1117         case F_LINEAR_ANGLES:
1118             fprintf(fp, "klinA=%15.8e, aA=%15.8e, klinB=%15.8e, aB=%15.8e\n",
1119                     iparams->linangle.klinA, iparams->linangle.aA,
1120                     iparams->linangle.klinB, iparams->linangle.aB);
1121             break;
1122         case F_UREY_BRADLEY:
1123             fprintf(fp, "thetaA=%15.8e, kthetaA=%15.8e, r13A=%15.8e, kUBA=%15.8e, thetaB=%15.8e, kthetaB=%15.8e, r13B=%15.8e, kUBB=%15.8e\n", iparams->u_b.thetaA, iparams->u_b.kthetaA, iparams->u_b.r13A, iparams->u_b.kUBA, iparams->u_b.thetaB, iparams->u_b.kthetaB, iparams->u_b.r13B, iparams->u_b.kUBB);
1124             break;
1125         case F_QUARTIC_ANGLES:
1126             fprintf(fp, "theta=%15.8e", iparams->qangle.theta);
1127             for (i = 0; i < 5; i++)
1128             {
1129                 fprintf(fp, ", c%c=%15.8e", '0'+i, iparams->qangle.c[i]);
1130             }
1131             fprintf(fp, "\n");
1132             break;
1133         case F_BHAM:
1134             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1135                     iparams->bham.a, iparams->bham.b, iparams->bham.c);
1136             break;
1137         case F_BONDS:
1138         case F_G96BONDS:
1139         case F_HARMONIC:
1140             pr_harm(fp, iparams, "b0", "cb");
1141             break;
1142         case F_IDIHS:
1143             pr_harm(fp, iparams, "xi", "cx");
1144             break;
1145         case F_MORSE:
1146             fprintf(fp, "b0A=%15.8e, cbA=%15.8e, betaA=%15.8e, b0B=%15.8e, cbB=%15.8e, betaB=%15.8e\n",
1147                     iparams->morse.b0A, iparams->morse.cbA, iparams->morse.betaA,
1148                     iparams->morse.b0B, iparams->morse.cbB, iparams->morse.betaB);
1149             break;
1150         case F_CUBICBONDS:
1151             fprintf(fp, "b0=%15.8e, kb=%15.8e, kcub=%15.8e\n",
1152                     iparams->cubic.b0, iparams->cubic.kb, iparams->cubic.kcub);
1153             break;
1154         case F_CONNBONDS:
1155             fprintf(fp, "\n");
1156             break;
1157         case F_FENEBONDS:
1158             fprintf(fp, "bm=%15.8e, kb=%15.8e\n", iparams->fene.bm, iparams->fene.kb);
1159             break;
1160         case F_RESTRBONDS:
1161             fprintf(fp, "lowA=%15.8e, up1A=%15.8e, up2A=%15.8e, kA=%15.8e, lowB=%15.8e, up1B=%15.8e, up2B=%15.8e, kB=%15.8e,\n",
1162                     iparams->restraint.lowA, iparams->restraint.up1A,
1163                     iparams->restraint.up2A, iparams->restraint.kA,
1164                     iparams->restraint.lowB, iparams->restraint.up1B,
1165                     iparams->restraint.up2B, iparams->restraint.kB);
1166             break;
1167         case F_TABBONDS:
1168         case F_TABBONDSNC:
1169         case F_TABANGLES:
1170         case F_TABDIHS:
1171             fprintf(fp, "tab=%d, kA=%15.8e, kB=%15.8e\n",
1172                     iparams->tab.table, iparams->tab.kA, iparams->tab.kB);
1173             break;
1174         case F_POLARIZATION:
1175             fprintf(fp, "alpha=%15.8e\n", iparams->polarize.alpha);
1176             break;
1177         case F_ANHARM_POL:
1178             fprintf(fp, "alpha=%15.8e drcut=%15.8e khyp=%15.8e\n",
1179                     iparams->anharm_polarize.alpha,
1180                     iparams->anharm_polarize.drcut,
1181                     iparams->anharm_polarize.khyp);
1182             break;
1183         case F_THOLE_POL:
1184             fprintf(fp, "a=%15.8e, alpha1=%15.8e, alpha2=%15.8e, rfac=%15.8e\n",
1185                     iparams->thole.a, iparams->thole.alpha1, iparams->thole.alpha2,
1186                     iparams->thole.rfac);
1187             break;
1188         case F_WATER_POL:
1189             fprintf(fp, "al_x=%15.8e, al_y=%15.8e, al_z=%15.8e, rOH=%9.6f, rHH=%9.6f, rOD=%9.6f\n",
1190                     iparams->wpol.al_x, iparams->wpol.al_y, iparams->wpol.al_z,
1191                     iparams->wpol.rOH, iparams->wpol.rHH, iparams->wpol.rOD);
1192             break;
1193         case F_LJ:
1194             fprintf(fp, "c6=%15.8e, c12=%15.8e\n", iparams->lj.c6, iparams->lj.c12);
1195             break;
1196         case F_LJ14:
1197             fprintf(fp, "c6A=%15.8e, c12A=%15.8e, c6B=%15.8e, c12B=%15.8e\n",
1198                     iparams->lj14.c6A, iparams->lj14.c12A,
1199                     iparams->lj14.c6B, iparams->lj14.c12B);
1200             break;
1201         case F_LJC14_Q:
1202             fprintf(fp, "fqq=%15.8e, qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1203                     iparams->ljc14.fqq,
1204                     iparams->ljc14.qi, iparams->ljc14.qj,
1205                     iparams->ljc14.c6, iparams->ljc14.c12);
1206             break;
1207         case F_LJC_PAIRS_NB:
1208             fprintf(fp, "qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1209                     iparams->ljcnb.qi, iparams->ljcnb.qj,
1210                     iparams->ljcnb.c6, iparams->ljcnb.c12);
1211             break;
1212         case F_PDIHS:
1213         case F_PIDIHS:
1214         case F_ANGRES:
1215         case F_ANGRESZ:
1216             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e, phiB=%15.8e, cpB=%15.8e, mult=%d\n",
1217                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA,
1218                     iparams->pdihs.phiB, iparams->pdihs.cpB,
1219                     iparams->pdihs.mult);
1220             break;
1221         case F_DISRES:
1222             fprintf(fp, "label=%4d, type=%1d, low=%15.8e, up1=%15.8e, up2=%15.8e, fac=%15.8e)\n",
1223                     iparams->disres.label, iparams->disres.type,
1224                     iparams->disres.low, iparams->disres.up1,
1225                     iparams->disres.up2, iparams->disres.kfac);
1226             break;
1227         case F_ORIRES:
1228             fprintf(fp, "ex=%4d, label=%d, power=%4d, c=%15.8e, obs=%15.8e, kfac=%15.8e)\n",
1229                     iparams->orires.ex, iparams->orires.label, iparams->orires.power,
1230                     iparams->orires.c, iparams->orires.obs, iparams->orires.kfac);
1231             break;
1232         case F_DIHRES:
1233             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, dphiA=%15.8e, kfacA=%15.8e, phiB=%15.8e, dphiB=%15.8e, kfacB=%15.8e\n",
1234                     iparams->dihres.phiA, iparams->dihres.dphiA, iparams->dihres.kfacA,
1235                     iparams->dihres.phiB, iparams->dihres.dphiB, iparams->dihres.kfacB);
1236             break;
1237         case F_POSRES:
1238             fprintf(fp, "pos0A=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcA=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), pos0B=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcB=(%15.8e,%15.8e,%15.8e)\n",
1239                     iparams->posres.pos0A[XX], iparams->posres.pos0A[YY],
1240                     iparams->posres.pos0A[ZZ], iparams->posres.fcA[XX],
1241                     iparams->posres.fcA[YY], iparams->posres.fcA[ZZ],
1242                     iparams->posres.pos0B[XX], iparams->posres.pos0B[YY],
1243                     iparams->posres.pos0B[ZZ], iparams->posres.fcB[XX],
1244                     iparams->posres.fcB[YY], iparams->posres.fcB[ZZ]);
1245             break;
1246         case F_FBPOSRES:
1247             fprintf(fp, "pos0=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), geometry=%d, r=%15.8e, k=%15.8e\n",
1248                     iparams->fbposres.pos0[XX], iparams->fbposres.pos0[YY],
1249                     iparams->fbposres.pos0[ZZ], iparams->fbposres.geom,
1250                     iparams->fbposres.r,        iparams->fbposres.k);
1251             break;
1252         case F_RBDIHS:
1253             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1254             {
1255                 fprintf(fp, "%srbcA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcA[i]);
1256             }
1257             fprintf(fp, "\n");
1258             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1259             {
1260                 fprintf(fp, "%srbcB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcB[i]);
1261             }
1262             fprintf(fp, "\n");
1263             break;
1264         case F_FOURDIHS:
1265             /* Use the OPLS -> Ryckaert-Bellemans formula backwards to get the
1266              * OPLS potential constants back.
1267              */
1268             rbcA = iparams->rbdihs.rbcA;
1269             rbcB = iparams->rbdihs.rbcB;
1270
1271             VA[3] = -0.25*rbcA[4];
1272             VA[2] = -0.5*rbcA[3];
1273             VA[1] = 4.0*VA[3]-rbcA[2];
1274             VA[0] = 3.0*VA[2]-2.0*rbcA[1];
1275
1276             VB[3] = -0.25*rbcB[4];
1277             VB[2] = -0.5*rbcB[3];
1278             VB[1] = 4.0*VB[3]-rbcB[2];
1279             VB[0] = 3.0*VB[2]-2.0*rbcB[1];
1280
1281             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1282             {
1283                 fprintf(fp, "%sFourA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VA[i]);
1284             }
1285             fprintf(fp, "\n");
1286             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1287             {
1288                 fprintf(fp, "%sFourB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VB[i]);
1289             }
1290             fprintf(fp, "\n");
1291             break;
1292
1293         case F_CONSTR:
1294         case F_CONSTRNC:
1295             fprintf(fp, "dA=%15.8e, dB=%15.8e\n", iparams->constr.dA, iparams->constr.dB);
1296             break;
1297         case F_SETTLE:
1298             fprintf(fp, "doh=%15.8e, dhh=%15.8e\n", iparams->settle.doh,
1299                     iparams->settle.dhh);
1300             break;
1301         case F_VSITE2:
1302             fprintf(fp, "a=%15.8e\n", iparams->vsite.a);
1303             break;
1304         case F_VSITE3:
1305         case F_VSITE3FD:
1306         case F_VSITE3FAD:
1307             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e\n", iparams->vsite.a, iparams->vsite.b);
1308             break;
1309         case F_VSITE3OUT:
1310         case F_VSITE4FD:
1311         case F_VSITE4FDN:
1312             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1313                     iparams->vsite.a, iparams->vsite.b, iparams->vsite.c);
1314             break;
1315         case F_VSITEN:
1316             fprintf(fp, "n=%2d, a=%15.8e\n", iparams->vsiten.n, iparams->vsiten.a);
1317             break;
1318         case F_GB12:
1319         case F_GB13:
1320         case F_GB14:
1321             fprintf(fp, "sar=%15.8e, st=%15.8e, pi=%15.8e, gbr=%15.8e, bmlt=%15.8e\n", iparams->gb.sar, iparams->gb.st, iparams->gb.pi, iparams->gb.gbr, iparams->gb.bmlt);
1322             break;
1323         case F_CMAP:
1324             fprintf(fp, "cmapA=%1d, cmapB=%1d\n", iparams->cmap.cmapA, iparams->cmap.cmapB);
1325             break;
1326         case  F_RESTRANGLES:
1327             pr_harm(fp, iparams, "ktheta", "costheta0");
1328             break;
1329         case  F_RESTRDIHS:
1330             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e",
1331                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA);
1332             break;
1333         case  F_CBTDIHS:
1334             fprintf(fp, "kphi=%15.8e", iparams->cbtdihs.cbtcA[0]);
1335             for (i = 1; i < NR_CBTDIHS; i++)
1336             {
1337                 fprintf(fp, ", cbtcA[%d]=%15.8e", i-1, iparams->cbtdihs.cbtcA[i]);
1338             }
1339             fprintf(fp, "\n");
1340             break;
1341         default:
1342             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1343                       ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
1344     }
1345 }
1346
1347 void pr_ilist(FILE *fp, int indent, const char *title,
1348               t_functype *functype, t_ilist *ilist, gmx_bool bShowNumbers)
1349 {
1350     int      i, j, k, type, ftype;
1351     t_iatom *iatoms;
1352
1353     if (available(fp, ilist, indent, title) && ilist->nr > 0)
1354     {
1355         indent = pr_title(fp, indent, title);
1356         (void) pr_indent(fp, indent);
1357         fprintf(fp, "nr: %d\n", ilist->nr);
1358         if (ilist->nr > 0)
1359         {
1360             (void) pr_indent(fp, indent);
1361             fprintf(fp, "iatoms:\n");
1362             iatoms = ilist->iatoms;
1363             for (i = j = 0; i < ilist->nr; )
1364             {
1365 #ifndef DEBUG
1366                 (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1367                 type  = *(iatoms++);
1368                 ftype = functype[type];
1369                 (void) fprintf(fp, "%d type=%d (%s)",
1370                                bShowNumbers ? j : -1, bShowNumbers ? type : -1,
1371                                interaction_function[ftype].name);
1372                 j++;
1373                 for (k = 0; k < interaction_function[ftype].nratoms; k++)
1374                 {
1375                     (void) fprintf(fp, " %u", *(iatoms++));
1376                 }
1377                 (void) fprintf(fp, "\n");
1378                 i += 1+interaction_function[ftype].nratoms;
1379 #else
1380                 fprintf(fp, "%5d%5d\n", i, iatoms[i]);
1381                 i++;
1382 #endif
1383             }
1384         }
1385     }
1386 }
1387
1388 static void pr_cmap(FILE *fp, int indent, const char *title,
1389                     gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bShowNumbers)
1390 {
1391     int  i, j, nelem;
1392     real dx, idx;
1393
1394     dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
1395     nelem = cmap_grid->grid_spacing*cmap_grid->grid_spacing;
1396
1397     if (available(fp, cmap_grid, indent, title))
1398     {
1399         fprintf(fp, "%s\n", title);
1400
1401         for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
1402         {
1403             idx = -180.0;
1404             fprintf(fp, "%8s %8s %8s %8s\n", "V", "dVdx", "dVdy", "d2dV");
1405
1406             fprintf(fp, "grid[%3d]={\n", bShowNumbers ? i : -1);
1407
1408             for (j = 0; j < nelem; j++)
1409             {
1410                 if ( (j%cmap_grid->grid_spacing) == 0)
1411                 {
1412                     fprintf(fp, "%8.1f\n", idx);
1413                     idx += dx;
1414                 }
1415
1416                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1417                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1418                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1419                 fprintf(fp, "%8.3f\n", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1420             }
1421             fprintf(fp, "\n");
1422         }
1423     }
1424
1425 }
1426
1427 void pr_ffparams(FILE *fp, int indent, const char *title,
1428                  gmx_ffparams_t *ffparams,
1429                  gmx_bool bShowNumbers)
1430 {
1431     int i, j;
1432
1433     indent = pr_title(fp, indent, title);
1434     (void) pr_indent(fp, indent);
1435     (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", ffparams->atnr);
1436     (void) pr_indent(fp, indent);
1437     (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", ffparams->ntypes);
1438     for (i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
1439     {
1440         (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1441         (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1442                        bShowNumbers ? i : -1,
1443                        interaction_function[ffparams->functype[i]].name);
1444         pr_iparams(fp, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
1445     }
1446     (void) pr_double(fp, indent, "reppow", ffparams->reppow);
1447     (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", ffparams->fudgeQQ);
1448     pr_cmap(fp, indent, "cmap", &ffparams->cmap_grid, bShowNumbers);
1449 }
1450
1451 void pr_idef(FILE *fp, int indent, const char *title, t_idef *idef, gmx_bool bShowNumbers)
1452 {
1453     int i, j;
1454
1455     if (available(fp, idef, indent, title))
1456     {
1457         indent = pr_title(fp, indent, title);
1458         (void) pr_indent(fp, indent);
1459         (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", idef->atnr);
1460         (void) pr_indent(fp, indent);
1461         (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", idef->ntypes);
1462         for (i = 0; i < idef->ntypes; i++)
1463         {
1464             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1465             (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1466                            bShowNumbers ? i : -1,
1467                            interaction_function[idef->functype[i]].name);
1468             pr_iparams(fp, idef->functype[i], &idef->iparams[i]);
1469         }
1470         (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", idef->fudgeQQ);
1471
1472         for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1473         {
1474             pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1475                      idef->functype, &idef->il[j], bShowNumbers);
1476         }
1477     }
1478 }
1479
1480 static int pr_block_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block)
1481 {
1482     int i;
1483
1484     if (available(fp, block, indent, title))
1485     {
1486         indent = pr_title(fp, indent, title);
1487         (void) pr_indent(fp, indent);
1488         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1489     }
1490     return indent;
1491 }
1492
1493 static int pr_blocka_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block)
1494 {
1495     int i;
1496
1497     if (available(fp, block, indent, title))
1498     {
1499         indent = pr_title(fp, indent, title);
1500         (void) pr_indent(fp, indent);
1501         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1502         (void) pr_indent(fp, indent);
1503         (void) fprintf(fp, "nra=%d\n", block->nra);
1504     }
1505     return indent;
1506 }
1507
1508 static void low_pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1509 {
1510     int i;
1511
1512     if (available(fp, block, indent, title))
1513     {
1514         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1515         for (i = 0; i <= block->nr; i++)
1516         {
1517             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1518             (void) fprintf(fp, "%s->index[%d]=%u\n",
1519                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->index[i]);
1520         }
1521         for (i = 0; i < block->nra; i++)
1522         {
1523             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1524             (void) fprintf(fp, "%s->a[%d]=%u\n",
1525                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->a[i]);
1526         }
1527     }
1528 }
1529
1530 void pr_block(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block, gmx_bool bShowNumbers)
1531 {
1532     int i, j, ok, size, start, end;
1533
1534     if (available(fp, block, indent, title))
1535     {
1536         indent = pr_block_title(fp, indent, title, block);
1537         start  = 0;
1538         end    = start;
1539         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1540         {
1541             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1542         }
1543         else
1544         {
1545             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1546             {
1547                 end  = block->index[i+1];
1548                 size = pr_indent(fp, indent);
1549                 if (end <= start)
1550                 {
1551                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={}\n", title, i);
1552                 }
1553                 else
1554                 {
1555                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={%d..%d}\n",
1556                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1557                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1558                 }
1559                 start = end;
1560             }
1561         }
1562     }
1563 }
1564
1565 void pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1566 {
1567     int i, j, ok, size, start, end;
1568
1569     if (available(fp, block, indent, title))
1570     {
1571         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1572         start  = 0;
1573         end    = start;
1574         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1575         {
1576             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1577         }
1578         else
1579         {
1580             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1581             {
1582                 end  = block->index[i+1];
1583                 size = pr_indent(fp, indent);
1584                 if (end <= start)
1585                 {
1586                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={", title, i);
1587                 }
1588                 else
1589                 {
1590                     size += fprintf(fp, "%s[%d][%d..%d]={",
1591                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1592                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1593                 }
1594                 for (j = start; j < end; j++)
1595                 {
1596                     if (j > start)
1597                     {
1598                         size += fprintf(fp, ", ");
1599                     }
1600                     if ((size) > (USE_WIDTH))
1601                     {
1602                         (void) fprintf(fp, "\n");
1603                         size = pr_indent(fp, indent+INDENT);
1604                     }
1605                     size += fprintf(fp, "%u", block->a[j]);
1606                 }
1607                 (void) fprintf(fp, "}\n");
1608                 start = end;
1609             }
1610         }
1611         if ((end != block->nra) || (!ok))
1612         {
1613             (void) pr_indent(fp, indent);
1614             (void) fprintf(fp, "tables inconsistent, dumping complete tables:\n");
1615             low_pr_blocka(fp, indent, title, block, bShowNumbers);
1616         }
1617     }
1618 }
1619
1620 static void pr_strings(FILE *fp, int indent, const char *title, char ***nm, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1621 {
1622     int i;
1623
1624     if (available(fp, nm, indent, title))
1625     {
1626         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1627         for (i = 0; i < n; i++)
1628         {
1629             (void) pr_indent(fp, indent);
1630             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\"}\n",
1631                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]));
1632         }
1633     }
1634 }
1635
1636 static void pr_strings2(FILE *fp, int indent, const char *title,
1637                         char ***nm, char ***nmB, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1638 {
1639     int i;
1640
1641     if (available(fp, nm, indent, title))
1642     {
1643         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1644         for (i = 0; i < n; i++)
1645         {
1646             (void) pr_indent(fp, indent);
1647             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\",nameB=\"%s\"}\n",
1648                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]), *(nmB[i]));
1649         }
1650     }
1651 }
1652
1653 static void pr_resinfo(FILE *fp, int indent, const char *title, t_resinfo *resinfo, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1654 {
1655     int i;
1656
1657     if (available(fp, resinfo, indent, title))
1658     {
1659         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1660         for (i = 0; i < n; i++)
1661         {
1662             (void) pr_indent(fp, indent);
1663             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\", nr=%d, ic='%c'}\n",
1664                            title, bShowNumbers ? i : -1,
1665                            *(resinfo[i].name), resinfo[i].nr,
1666                            (resinfo[i].ic == '\0') ? ' ' : resinfo[i].ic);
1667         }
1668     }
1669 }
1670
1671 static void pr_atom(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atom *atom, int n)
1672 {
1673     int i, j;
1674
1675     if (available(fp, atom, indent, title))
1676     {
1677         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1678         for (i = 0; i < n; i++)
1679         {
1680             (void) pr_indent(fp, indent);
1681             fprintf(fp, "%s[%6d]={type=%3d, typeB=%3d, ptype=%8s, m=%12.5e, "
1682                     "q=%12.5e, mB=%12.5e, qB=%12.5e, resind=%5d, atomnumber=%3d}\n",
1683                     title, i, atom[i].type, atom[i].typeB, ptype_str[atom[i].ptype],
1684                     atom[i].m, atom[i].q, atom[i].mB, atom[i].qB,
1685                     atom[i].resind, atom[i].atomnumber);
1686         }
1687     }
1688 }
1689
1690 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, t_grps grps[], char **grpname[])
1691 {
1692     int i, j;
1693
1694     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
1695     {
1696         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
1697         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
1698         {
1699             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
1700         }
1701         fprintf(fp, "]\n");
1702     }
1703 }
1704
1705 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
1706                       gmx_groups_t *groups,
1707                       gmx_bool bShowNumbers)
1708 {
1709     int grpnr[egcNR];
1710     int nat_max, i, g;
1711
1712     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
1713     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
1714
1715     (void) pr_indent(fp, indent);
1716     fprintf(fp, "groups          ");
1717     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1718     {
1719         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
1720     }
1721     printf("\n");
1722
1723     (void) pr_indent(fp, indent);
1724     fprintf(fp, "allocated       ");
1725     nat_max = 0;
1726     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1727     {
1728         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
1729         nat_max = max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
1730     }
1731     printf("\n");
1732
1733     if (nat_max == 0)
1734     {
1735         (void) pr_indent(fp, indent);
1736         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
1737         for (g = 0; g < egcNR; g++)
1738         {
1739             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
1740         }
1741         fprintf(fp, "\n");
1742     }
1743     else
1744     {
1745         for (i = 0; i < nat_max; i++)
1746         {
1747             (void) pr_indent(fp, indent);
1748             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
1749             for (g = 0; g < egcNR; g++)
1750             {
1751                 fprintf(fp, "  %3d ",
1752                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
1753             }
1754             fprintf(fp, "\n");
1755         }
1756     }
1757 }
1758
1759 void pr_atoms(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atoms *atoms,
1760               gmx_bool bShownumbers)
1761 {
1762     if (available(fp, atoms, indent, title))
1763     {
1764         indent = pr_title(fp, indent, title);
1765         pr_atom(fp, indent, "atom", atoms->atom, atoms->nr);
1766         pr_strings(fp, indent, "atom", atoms->atomname, atoms->nr, bShownumbers);
1767         pr_strings2(fp, indent, "type", atoms->atomtype, atoms->atomtypeB, atoms->nr, bShownumbers);
1768         pr_resinfo(fp, indent, "residue", atoms->resinfo, atoms->nres, bShownumbers);
1769     }
1770 }
1771
1772
1773 void pr_atomtypes(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atomtypes *atomtypes,
1774                   gmx_bool bShowNumbers)
1775 {
1776     int i;
1777     if (available(fp, atomtypes, indent, title))
1778     {
1779         indent = pr_title(fp, indent, title);
1780         for (i = 0; i < atomtypes->nr; i++)
1781         {
1782             pr_indent(fp, indent);
1783             fprintf(fp,
1784                     "atomtype[%3d]={radius=%12.5e, volume=%12.5e, gb_radius=%12.5e, surftens=%12.5e, atomnumber=%4d, S_hct=%12.5e)}\n",
1785                     bShowNumbers ? i : -1, atomtypes->radius[i], atomtypes->vol[i],
1786                     atomtypes->gb_radius[i],
1787                     atomtypes->surftens[i], atomtypes->atomnumber[i], atomtypes->S_hct[i]);
1788         }
1789     }
1790 }
1791
1792 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
1793                        gmx_moltype_t *molt, int n,
1794                        gmx_ffparams_t *ffparams,
1795                        gmx_bool bShowNumbers)
1796 {
1797     int j;
1798
1799     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1800     (void) pr_indent(fp, indent);
1801     (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
1802     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
1803     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
1804     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
1805     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1806     {
1807         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1808                  ffparams->functype, &molt->ilist[j], bShowNumbers);
1809     }
1810 }
1811
1812 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
1813                         gmx_molblock_t *molb, int n,
1814                         gmx_moltype_t *molt)
1815 {
1816     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1817     (void) pr_indent(fp, indent);
1818     (void) fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
1819                    "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
1820     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
1821     pr_int(fp, indent, "#atoms_mol", molb->natoms_mol);
1822     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->nposres_xA);
1823     if (molb->nposres_xA > 0)
1824     {
1825         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
1826     }
1827     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->nposres_xB);
1828     if (molb->nposres_xB > 0)
1829     {
1830         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
1831     }
1832 }
1833
1834 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1835              gmx_bool bShowNumbers)
1836 {
1837     int mt, mb;
1838
1839     if (available(fp, mtop, indent, title))
1840     {
1841         indent = pr_title(fp, indent, title);
1842         (void) pr_indent(fp, indent);
1843         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
1844         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
1845         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->nmolblock);
1846         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1847         {
1848             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
1849         }
1850         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
1851         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
1852         for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1853         {
1854             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
1855                        &mtop->ffparams, bShowNumbers);
1856         }
1857         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
1858     }
1859 }
1860
1861 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, t_topology *top, gmx_bool bShowNumbers)
1862 {
1863     if (available(fp, top, indent, title))
1864     {
1865         indent = pr_title(fp, indent, title);
1866         (void) pr_indent(fp, indent);
1867         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
1868         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
1869         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
1870         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
1871         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
1872         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
1873         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers);
1874     }
1875 }
1876
1877 void pr_header(FILE *fp, int indent, const char *title, t_tpxheader *sh)
1878 {
1879     char buf[22];
1880
1881     if (available(fp, sh, indent, title))
1882     {
1883         indent = pr_title(fp, indent, title);
1884         pr_indent(fp, indent);
1885         fprintf(fp, "bIr    = %spresent\n", sh->bIr ? "" : "not ");
1886         pr_indent(fp, indent);
1887         fprintf(fp, "bBox   = %spresent\n", sh->bBox ? "" : "not ");
1888         pr_indent(fp, indent);
1889         fprintf(fp, "bTop   = %spresent\n", sh->bTop ? "" : "not ");
1890         pr_indent(fp, indent);
1891         fprintf(fp, "bX     = %spresent\n", sh->bX ? "" : "not ");
1892         pr_indent(fp, indent);
1893         fprintf(fp, "bV     = %spresent\n", sh->bV ? "" : "not ");
1894         pr_indent(fp, indent);
1895         fprintf(fp, "bF     = %spresent\n", sh->bF ? "" : "not ");
1896
1897         pr_indent(fp, indent);
1898         fprintf(fp, "natoms = %d\n", sh->natoms);
1899         pr_indent(fp, indent);
1900         fprintf(fp, "lambda = %e\n", sh->lambda);
1901     }
1902 }
1903
1904 void pr_commrec(FILE *fp, int indent, t_commrec *cr)
1905 {
1906     pr_indent(fp, indent);
1907     fprintf(fp, "commrec:\n");
1908     indent += 2;
1909     pr_indent(fp, indent);
1910     fprintf(fp, "nodeid    = %d\n", cr->nodeid);
1911     pr_indent(fp, indent);
1912     fprintf(fp, "nnodes    = %d\n", cr->nnodes);
1913     pr_indent(fp, indent);
1914     fprintf(fp, "npmenodes = %d\n", cr->npmenodes);
1915     /*
1916        pr_indent(fp,indent);
1917        fprintf(fp,"threadid  = %d\n",cr->threadid);
1918        pr_indent(fp,indent);
1919        fprintf(fp,"nthreads  = %d\n",cr->nthreads);
1920      */
1921 }