src/gromacs/gmxlib/txtdump.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 /* This file is completely threadsafe - please keep it that way! */
  41 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  42 #include <thread_mpi.h>
  43 #endif
  44
  45
  46 #include <stdio.h>
  47 #include "smalloc.h"
  48 #include "typedefs.h"
  49 #include "names.h"
  50 #include "txtdump.h"
  51 #include "string2.h"
  52 #include "vec.h"
  53 #include "macros.h"
  54
  55
  56 int pr_indent(FILE *fp, int n)
  57 {
  58     int i;
  59
  60     for (i = 0; i < n; i++)
  61     {
  62         (void) fprintf(fp, " ");
  63     }
  64     return n;
  65 }
  66
  67 int available(FILE *fp, void *p, int indent, const char *title)
  68 {
  69     if (!p)
  70     {
  71         if (indent > 0)
  72         {
  73             pr_indent(fp, indent);
  74         }
  75         (void) fprintf(fp, "%s: not available\n", title);
  76     }
  77     return (p != NULL);
  78 }
  79
  80 int pr_title(FILE *fp, int indent, const char *title)
  81 {
  82     (void) pr_indent(fp, indent);
  83     (void) fprintf(fp, "%s:\n", title);
  84     return (indent+INDENT);
  85 }
  86
  87 int pr_title_n(FILE *fp, int indent, const char *title, int n)
  88 {
  89     (void) pr_indent(fp, indent);
  90     (void) fprintf(fp, "%s (%d):\n", title, n);
  91     return (indent+INDENT);
  92 }
  93
  94 int pr_title_nxn(FILE *fp, int indent, const char *title, int n1, int n2)
  95 {
  96     (void) pr_indent(fp, indent);
  97     (void) fprintf(fp, "%s (%dx%d):\n", title, n1, n2);
  98     return (indent+INDENT);
  99 }
 100
 101 void pr_ivec(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 102 {
 103     int i;
 104
 105     if (available(fp, vec, indent, title))
 106     {
 107         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 108         for (i = 0; i < n; i++)
 109         {
 110             (void) pr_indent(fp, indent);
 111             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 112         }
 113     }
 114 }
 115
 116 void pr_ivec_block(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 117 {
 118     int i, j;
 119
 120     if (available(fp, vec, indent, title))
 121     {
 122         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 123         i      = 0;
 124         while (i < n)
 125         {
 126             j = i+1;
 127             while (j < n && vec[j] == vec[j-1]+1)
 128             {
 129                 j++;
 130             }
 131             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
 132             if (j - i < 3)
 133             {
 134                 while (i < j)
 135                 {
 136                     (void) pr_indent(fp, indent);
 137                     (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n",
 138                                    title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 139                     i++;
 140                 }
 141             }
 142             else
 143             {
 144                 (void) pr_indent(fp, indent);
 145                 (void) fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n",
 146                                title,
 147                                bShowNumbers ? i : -1,
 148                                bShowNumbers ? j-1 : -1,
 149                                vec[i], vec[j-1]);
 150                 i = j;
 151             }
 152         }
 153     }
 154 }
 155
 156 void pr_bvec(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 157 {
 158     int i;
 159
 160     if (available(fp, vec, indent, title))
 161     {
 162         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 163         for (i = 0; i < n; i++)
 164         {
 165             (void) pr_indent(fp, indent);
 166             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
 167                            EBOOL(vec[i]));
 168         }
 169     }
 170 }
 171
 172 void pr_ivecs(FILE *fp, int indent, const char *title, ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 173 {
 174     int i, j;
 175
 176     if (available(fp, vec, indent, title))
 177     {
 178         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 179         for (i = 0; i < n; i++)
 180         {
 181             (void) pr_indent(fp, indent);
 182             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 183             for (j = 0; j < DIM; j++)
 184             {
 185                 if (j != 0)
 186                 {
 187                     (void) fprintf(fp, ", ");
 188                 }
 189                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 190             }
 191             (void) fprintf(fp, "}\n");
 192         }
 193     }
 194 }
 195
 196 void pr_rvec(FILE *fp, int indent, const char *title, real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 197 {
 198     int i;
 199
 200     if (available(fp, vec, indent, title))
 201     {
 202         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 203         for (i = 0; i < n; i++)
 204         {
 205             pr_indent(fp, indent);
 206             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 207         }
 208     }
 209 }
 210
 211 void pr_dvec(FILE *fp, int indent, const char *title, double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 212 {
 213     int i;
 214
 215     if (available(fp, vec, indent, title))
 216     {
 217         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 218         for (i = 0; i < n; i++)
 219         {
 220             pr_indent(fp, indent);
 221             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 222         }
 223     }
 224 }
 225
 226
 227 /*
 228    void pr_mat(FILE *fp,int indent,char *title,matrix m)
 229    {
 230    int i,j;
 231
 232    if (available(fp,m,indent,title)) {
 233     indent=pr_title_n(fp,indent,title,n);
 234     for(i=0; i<n; i++) {
 235       pr_indent(fp,indent);
 236       fprintf(fp,"%s[%d]=%12.5e %12.5e %12.5e\n",
 237           title,bShowNumbers?i:-1,m[i][XX],m[i][YY],m[i][ZZ]);
 238     }
 239    }
 240    }
 241  */
 242
 243 void pr_rvecs_len(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 244 {
 245     int i, j;
 246
 247     if (available(fp, vec, indent, title))
 248     {
 249         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 250         for (i = 0; i < n; i++)
 251         {
 252             (void) pr_indent(fp, indent);
 253             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 254             for (j = 0; j < DIM; j++)
 255             {
 256                 if (j != 0)
 257                 {
 258                     (void) fprintf(fp, ", ");
 259                 }
 260                 (void) fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 261             }
 262             (void) fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 263         }
 264     }
 265 }
 266
 267 void pr_rvecs(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 268 {
 269     const char *fshort = "%12.5e";
 270     const char *flong  = "%15.8e";
 271     const char *format;
 272     int         i, j;
 273
 274     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 275     {
 276         format = flong;
 277     }
 278     else
 279     {
 280         format = fshort;
 281     }
 282
 283     if (available(fp, vec, indent, title))
 284     {
 285         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 286         for (i = 0; i < n; i++)
 287         {
 288             (void) pr_indent(fp, indent);
 289             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 290             for (j = 0; j < DIM; j++)
 291             {
 292                 if (j != 0)
 293                 {
 294                     (void) fprintf(fp, ", ");
 295                 }
 296                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 297             }
 298             (void) fprintf(fp, "}\n");
 299         }
 300     }
 301 }
 302
 303
 304 void pr_reals(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n)
 305 {
 306     int i;
 307
 308     if (available(fp, vec, indent, title))
 309     {
 310         (void) pr_indent(fp, indent);
 311         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 312         for (i = 0; i < n; i++)
 313         {
 314             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 315         }
 316         (void) fprintf(fp, "\n");
 317     }
 318 }
 319
 320 void pr_doubles(FILE *fp, int indent, const char *title, double *vec, int n)
 321 {
 322     int i;
 323
 324     if (available(fp, vec, indent, title))
 325     {
 326         (void) pr_indent(fp, indent);
 327         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 328         for (i = 0; i < n; i++)
 329         {
 330             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 331         }
 332         (void) fprintf(fp, "\n");
 333     }
 334 }
 335
 336 static void pr_int(FILE *fp, int indent, const char *title, int i)
 337 {
 338     pr_indent(fp, indent);
 339     fprintf(fp, "%-20s = %d\n", title, i);
 340 }
 341
 342 static void pr_gmx_large_int(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_large_int_t i)
 343 {
 344     char buf[STEPSTRSIZE];
 345
 346     pr_indent(fp, indent);
 347     fprintf(fp, "%-20s = %s\n", title, gmx_step_str(i, buf));
 348 }
 349
 350 static void pr_real(FILE *fp, int indent, const char *title, real r)
 351 {
 352     pr_indent(fp, indent);
 353     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, r);
 354 }
 355
 356 static void pr_double(FILE *fp, int indent, const char *title, double d)
 357 {
 358     pr_indent(fp, indent);
 359     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, d);
 360 }
 361
 362 static void pr_str(FILE *fp, int indent, const char *title, const char *s)
 363 {
 364     pr_indent(fp, indent);
 365     fprintf(fp, "%-20s = %s\n", title, s);
 366 }
 367
 368 void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, t_grpopts *opts)
 369 {
 370     int i, m, j;
 371
 372     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 373
 374     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 375     if (opts->ngQM > 0)
 376     {
 377         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 378         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 379         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 380         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 381         pr_bvec(fp, indent, "bSH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 382         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 383         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 384         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 385         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 386         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 387         pr_bvec(fp, indent, "bOPT", opts->bOPT, opts->ngQM, FALSE);
 388         pr_bvec(fp, indent, "bTS", opts->bTS, opts->ngQM, FALSE);
 389     }
 390 }
 391
 392 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, t_grpopts *opts,
 393                         gmx_bool bMDPformat)
 394 {
 395     int i, m, j;
 396
 397     if (!bMDPformat)
 398     {
 399         fprintf(out, "%s:\n", title);
 400     }
 401
 402     pr_indent(out, indent);
 403     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 404     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 405     {
 406         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 407     }
 408     fprintf(out, "\n");
 409
 410     pr_indent(out, indent);
 411     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 412     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 413     {
 414         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 415     }
 416     fprintf(out, "\n");
 417
 418     pr_indent(out, indent);
 419     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 420     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 421     {
 422         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 423     }
 424     fprintf(out, "\n");
 425
 426     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 427     fprintf(out, "anneal%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 428     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 429     {
 430         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 431     }
 432     fprintf(out, "\n");
 433
 434     fprintf(out, "ann-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 435     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 436     {
 437         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 438     }
 439     fprintf(out, "\n");
 440
 441     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 442     {
 443         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 444         {
 445             fprintf(out, "ann. times [%d]:\t", i);
 446             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 447             {
 448                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 449             }
 450             fprintf(out, "\n");
 451             fprintf(out, "ann. temps [%d]:\t", i);
 452             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 453             {
 454                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 455             }
 456             fprintf(out, "\n");
 457         }
 458     }
 459
 460     pr_indent(out, indent);
 461     fprintf(out, "acc:\t");
 462     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 463     {
 464         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 465         {
 466             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 467         }
 468     }
 469     fprintf(out, "\n");
 470
 471     pr_indent(out, indent);
 472     fprintf(out, "nfreeze:");
 473     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 474     {
 475         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 476         {
 477             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 478         }
 479     }
 480     fprintf(out, "\n");
 481
 482
 483     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 484     {
 485         pr_indent(out, indent);
 486         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 487         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 488         {
 489             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 490         }
 491         fprintf(out, "\n");
 492     }
 493
 494     fflush(out);
 495 }
 496
 497 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec *m,
 498                       gmx_bool bMDPformat)
 499 {
 500     if (bMDPformat)
 501     {
 502         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 503                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 504     }
 505     else
 506     {
 507         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 508     }
 509 }
 510
 511 static void pr_cosine(FILE *fp, int indent, const char *title, t_cosines *cos,
 512                       gmx_bool bMDPformat)
 513 {
 514     int j;
 515
 516     if (bMDPformat)
 517     {
 518         fprintf(fp, "%s = %d\n", title, cos->n);
 519     }
 520     else
 521     {
 522         indent = pr_title(fp, indent, title);
 523         (void) pr_indent(fp, indent);
 524         fprintf(fp, "n = %d\n", cos->n);
 525         if (cos->n > 0)
 526         {
 527             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 528             fprintf(fp, "a =");
 529             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 530             {
 531                 fprintf(fp, " %e", cos->a[j]);
 532             }
 533             fprintf(fp, "\n");
 534             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 535             fprintf(fp, "phi =");
 536             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 537             {
 538                 fprintf(fp, " %e", cos->phi[j]);
 539             }
 540             fprintf(fp, "\n");
 541         }
 542     }
 543 }
 544
 545 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 546 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 547 #define PSTEP(t, s) pr_gmx_large_int(fp, indent, t, s)
 548 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 549 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 550
 551 static void pr_pullgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_pullgrp *pg)
 552 {
 553     pr_indent(fp, indent);
 554     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 555     indent += 2;
 556     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pg->ind, pg->nat, TRUE);
 557     pr_rvec(fp, indent, "weight", pg->weight, pg->nweight, TRUE);
 558     PI("pbcatom", pg->pbcatom);
 559     pr_rvec(fp, indent, "vec", pg->vec, DIM, TRUE);
 560     pr_rvec(fp, indent, "init", pg->init, DIM, TRUE);
 561     PR("rate", pg->rate);
 562     PR("k", pg->k);
 563     PR("kB", pg->kB);
 564 }
 565
 566 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 567 {
 568     PR("simtemp_low", simtemp->simtemp_low);
 569     PR("simtemp_high", simtemp->simtemp_high);
 570     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 571     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 572 }
 573
 574 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, t_expanded *expand, int n_lambda)
 575 {
 576
 577     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 578     PS("lambda-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 579     PS("lambda-mc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 580     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 581     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 582     PI("lmc-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 583     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 584     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 585     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 586     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 587     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 588     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 589     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 590     PS("bWLoneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 591     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 592     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 593     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 594     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 595     {
 596         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 597     }
 598     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 599     {
 600         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 601     }
 602     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 603     {
 604         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 605     }
 606     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 607     {
 608         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 609     }
 610     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 611     {
 612         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 613     }
 614
 615     pr_indent(fp, indent);
 616     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 617     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 618 }
 619
 620 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 621 {
 622     int i, j;
 623
 624     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 625     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 626     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 627     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 628     if (!bMDPformat)
 629     {
 630         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 631     }
 632     if (fep->n_lambda > 0)
 633     {
 634         pr_indent(fp, indent);
 635         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 636         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 637         {
 638             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 639             if (fep->separate_dvdl[i])
 640             {
 641                 fprintf(fp, "  TRUE");
 642             }
 643             else
 644             {
 645                 fprintf(fp, "  FALSE");
 646             }
 647             fprintf(fp, "\n");
 648         }
 649         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 650         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 651         {
 652             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 653             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 654             {
 655                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 656             }
 657             fprintf(fp, "\n");
 658         }
 659     }
 660     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 661
 662     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 663     PS("bScCoul", EBOOL(fep->bScCoul));
 664     PS("bScPrintEnergy", EBOOL(fep->bPrintEnergy));
 665     PI("sc-power", fep->sc_power);
 666     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 667     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 668     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 669     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 670     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 671     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 672     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 673 };
 674
 675 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, t_pull *pull)
 676 {
 677     int g;
 678
 679     PS("pull-geometry", EPULLGEOM(pull->eGeom));
 680     pr_ivec(fp, indent, "pull-dim", pull->dim, DIM, TRUE);
 681     PR("pull-r1", pull->cyl_r1);
 682     PR("pull-r0", pull->cyl_r0);
 683     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 684     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 685     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 686     PI("pull-ngrp", pull->ngrp);
 687     for (g = 0; g < pull->ngrp+1; g++)
 688     {
 689         pr_pullgrp(fp, indent, g, &pull->grp[g]);
 690     }
 691 }
 692
 693 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_rotgrp *rotg)
 694 {
 695     pr_indent(fp, indent);
 696     fprintf(fp, "rotation_group %d:\n", g);
 697     indent += 2;
 698     PS("type", EROTGEOM(rotg->eType));
 699     PS("massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 700     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 701     pr_rvecs(fp, indent, "x_ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 702     pr_rvec(fp, indent, "vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 703     pr_rvec(fp, indent, "pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 704     PR("rate", rotg->rate);
 705     PR("k", rotg->k);
 706     PR("slab_dist", rotg->slab_dist);
 707     PR("min_gaussian", rotg->min_gaussian);
 708     PR("epsilon", rotg->eps);
 709     PS("fit_method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 710     PI("potfitangle_nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 711     PR("potfitangle_step", rotg->PotAngle_step);
 712 }
 713
 714 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, t_rot *rot)
 715 {
 716     int g;
 717
 718     PI("rot_nstrout", rot->nstrout);
 719     PI("rot_nstsout", rot->nstsout);
 720     PI("rot_ngrp", rot->ngrp);
 721     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 722     {
 723         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 724     }
 725 }
 726
 727 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, t_inputrec *ir,
 728                  gmx_bool bMDPformat)
 729 {
 730     const char *infbuf = "inf";
 731     int         i;
 732
 733     if (available(fp, ir, indent, title))
 734     {
 735         if (!bMDPformat)
 736         {
 737             indent = pr_title(fp, indent, title);
 738         }
 739         PS("integrator", EI(ir->eI));
 740         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 741         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 742         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 743         PS("ns_type", ENS(ir->ns_type));
 744         PI("nstlist", ir->nstlist);
 745         PI("ndelta", ir->ndelta);
 746         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 747         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 748         PI("nstlog", ir->nstlog);
 749         PI("nstxout", ir->nstxout);
 750         PI("nstvout", ir->nstvout);
 751         PI("nstfout", ir->nstfout);
 752         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 753         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 754         PI("nstxtcout", ir->nstxtcout);
 755         PR("init-t", ir->init_t);
 756         PR("delta-t", ir->delta_t);
 757
 758         PR("xtcprec", ir->xtcprec);
 759         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 760         PI("nkx", ir->nkx);
 761         PI("nky", ir->nky);
 762         PI("nkz", ir->nkz);
 763         PI("pme-order", ir->pme_order);
 764         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 765         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 766         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 767         PS("optimize-fft", EBOOL(ir->bOptFFT));
 768         PS("ePBC", EPBC(ir->ePBC));
 769         PS("bPeriodicMols", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 770         PS("bContinuation", EBOOL(ir->bContinuation));
 771         PS("bShakeSOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
 772         PS("etc", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 773         PS("bPrintNHChains", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 774         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 775         PS("epc", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 776         PS("epctype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 777         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 778         PR("tau-p", ir->tau_p);
 779         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 780         pr_matrix(fp, indent, "compress", ir->compress, bMDPformat);
 781         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 782         if (bMDPformat)
 783         {
 784             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 785                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 786         }
 787         else
 788         {
 789             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
 790         }
 791         if (bMDPformat)
 792         {
 793             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 794                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 795         }
 796         else
 797         {
 798             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
 799         }
 800         PR("verlet-buffer-drift", ir->verletbuf_drift);
 801         PR("rlist", ir->rlist);
 802         PR("rlistlong", ir->rlistlong);
 803         PR("nstcalclr", ir->nstcalclr);
 804         PR("rtpi", ir->rtpi);
 805         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 806         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 807         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 808         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 809         PS("vdwtype", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 810         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 811         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 812         PR("rvdw", ir->rvdw);
 813         if (ir->epsilon_r != 0)
 814         {
 815             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 816         }
 817         else
 818         {
 819             PS("epsilon-r", infbuf);
 820         }
 821         if (ir->epsilon_rf != 0)
 822         {
 823             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 824         }
 825         else
 826         {
 827             PS("epsilon-rf", infbuf);
 828         }
 829         PR("tabext", ir->tabext);
 830         PS("implicit-solvent", EIMPLICITSOL(ir->implicit_solvent));
 831         PS("gb-algorithm", EGBALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 832         PR("gb-epsilon-solvent", ir->gb_epsilon_solvent);
 833         PI("nstgbradii", ir->nstgbradii);
 834         PR("rgbradii", ir->rgbradii);
 835         PR("gb-saltconc", ir->gb_saltconc);
 836         PR("gb-obc-alpha", ir->gb_obc_alpha);
 837         PR("gb-obc-beta", ir->gb_obc_beta);
 838         PR("gb-obc-gamma", ir->gb_obc_gamma);
 839         PR("gb-dielectric-offset", ir->gb_dielectric_offset);
 840         PS("sa-algorithm", ESAALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 841         PR("sa-surface-tension", ir->sa_surface_tension);
 842         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 843         PS("bSimTemp", EBOOL(ir->bSimTemp));
 844         if (ir->bSimTemp)
 845         {
 846             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
 847         }
 848         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
 849         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
 850         {
 851             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
 852         }
 853         if (ir->bExpanded)
 854         {
 855             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
 856         }
 857
 858         PI("nwall", ir->nwall);
 859         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
 860         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
 861         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
 862         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
 863         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
 864         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
 865
 866         PS("pull", EPULLTYPE(ir->ePull));
 867         if (ir->ePull != epullNO)
 868         {
 869             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
 870         }
 871
 872         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
 873         if (ir->bRot)
 874         {
 875             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
 876         }
 877
 878         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
 879         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
 880         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
 881         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
 882         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
 883         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
 884         PR("orires-fc", ir->orires_fc);
 885         PR("orires-tau", ir->orires_tau);
 886         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
 887
 888         PR("dihre-fc", ir->dihre_fc);
 889
 890         PR("em-stepsize", ir->em_stepsize);
 891         PR("em-tol", ir->em_tol);
 892         PI("niter", ir->niter);
 893         PR("fc-stepsize", ir->fc_stepsize);
 894         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
 895         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
 896
 897         PS("ConstAlg", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
 898         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
 899         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
 900         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
 901         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
 902         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
 903         PI("ld-seed", ir->ld_seed);
 904         PR("cos-accel", ir->cos_accel);
 905         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
 906
 907         PS("adress", EBOOL(ir->bAdress));
 908         if (ir->bAdress)
 909         {
 910             PS("adress_type", EADRESSTYPE(ir->adress->type));
 911             PR("adress_const_wf", ir->adress->const_wf);
 912             PR("adress_ex_width", ir->adress->ex_width);
 913             PR("adress_hy_width", ir->adress->hy_width);
 914             PS("adress_interface_correction", EADRESSICTYPE(ir->adress->icor));
 915             PS("adress_site", EADRESSSITETYPE(ir->adress->site));
 916             PR("adress_ex_force_cap", ir->adress->ex_forcecap);
 917             PS("adress_do_hybridpairs", EBOOL(ir->adress->do_hybridpairs));
 918
 919             pr_rvec(fp, indent, "adress_reference_coords", ir->adress->refs, DIM, TRUE);
 920         }
 921         PI("userint1", ir->userint1);
 922         PI("userint2", ir->userint2);
 923         PI("userint3", ir->userint3);
 924         PI("userint4", ir->userint4);
 925         PR("userreal1", ir->userreal1);
 926         PR("userreal2", ir->userreal2);
 927         PR("userreal3", ir->userreal3);
 928         PR("userreal4", ir->userreal4);
 929         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
 930         pr_cosine(fp, indent, "efield-x", &(ir->ex[XX]), bMDPformat);
 931         pr_cosine(fp, indent, "efield-xt", &(ir->et[XX]), bMDPformat);
 932         pr_cosine(fp, indent, "efield-y", &(ir->ex[YY]), bMDPformat);
 933         pr_cosine(fp, indent, "efield-yt", &(ir->et[YY]), bMDPformat);
 934         pr_cosine(fp, indent, "efield-z", &(ir->ex[ZZ]), bMDPformat);
 935         pr_cosine(fp, indent, "efield-zt", &(ir->et[ZZ]), bMDPformat);
 936         PS("bQMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
 937         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
 938         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
 939         PR("scalefactor", ir->scalefactor);
 940         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
 941     }
 942 }
 943 #undef PS
 944 #undef PR
 945 #undef PI
 946
 947 static void pr_harm(FILE *fp, t_iparams *iparams, const char *r, const char *kr)
 948 {
 949     fprintf(fp, "%sA=%12.5e, %sA=%12.5e, %sB=%12.5e, %sB=%12.5e\n",
 950             r, iparams->harmonic.rA, kr, iparams->harmonic.krA,
 951             r, iparams->harmonic.rB, kr, iparams->harmonic.krB);
 952 }
 953
 954 void pr_iparams(FILE *fp, t_functype ftype, t_iparams *iparams)
 955 {
 956     int  i;
 957     real VA[4], VB[4], *rbcA, *rbcB;
 958
 959     switch (ftype)
 960     {
 961         case F_ANGLES:
 962         case F_G96ANGLES:
 963             pr_harm(fp, iparams, "th", "ct");
 964             break;
 965         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 966             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r2e=%15.8e, krr=%15.8e\n",
 967                     iparams->cross_bb.r1e, iparams->cross_bb.r2e,
 968                     iparams->cross_bb.krr);
 969             break;
 970         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 971             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r1e=%15.8e, r3e=%15.8e, krt=%15.8e\n",
 972                     iparams->cross_ba.r1e, iparams->cross_ba.r2e,
 973                     iparams->cross_ba.r3e, iparams->cross_ba.krt);
 974             break;
 975         case F_LINEAR_ANGLES:
 976             fprintf(fp, "klinA=%15.8e, aA=%15.8e, klinB=%15.8e, aB=%15.8e\n",
 977                     iparams->linangle.klinA, iparams->linangle.aA,
 978                     iparams->linangle.klinB, iparams->linangle.aB);
 979             break;
 980         case F_UREY_BRADLEY:
 981             fprintf(fp, "thetaA=%15.8e, kthetaA=%15.8e, r13A=%15.8e, kUBA=%15.8e, thetaB=%15.8e, kthetaB=%15.8e, r13B=%15.8e, kUBB=%15.8e\n", iparams->u_b.thetaA, iparams->u_b.kthetaA, iparams->u_b.r13A, iparams->u_b.kUBA, iparams->u_b.thetaB, iparams->u_b.kthetaB, iparams->u_b.r13B, iparams->u_b.kUBB);
 982             break;
 983         case F_QUARTIC_ANGLES:
 984             fprintf(fp, "theta=%15.8e", iparams->qangle.theta);
 985             for (i = 0; i < 5; i++)
 986             {
 987                 fprintf(fp, ", c%c=%15.8e", '0'+i, iparams->qangle.c[i]);
 988             }
 989             fprintf(fp, "\n");
 990             break;
 991         case F_BHAM:
 992             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
 993                     iparams->bham.a, iparams->bham.b, iparams->bham.c);
 994             break;
 995         case F_BONDS:
 996         case F_G96BONDS:
 997         case F_HARMONIC:
 998             pr_harm(fp, iparams, "b0", "cb");
 999             break;
1000         case F_IDIHS:
1001             pr_harm(fp, iparams, "xi", "cx");
1002             break;
1003         case F_MORSE:
1004             fprintf(fp, "b0A=%15.8e, cbA=%15.8e, betaA=%15.8e, b0B=%15.8e, cbB=%15.8e, betaB=%15.8e\n",
1005                     iparams->morse.b0A, iparams->morse.cbA, iparams->morse.betaA,
1006                     iparams->morse.b0B, iparams->morse.cbB, iparams->morse.betaB);
1007             break;
1008         case F_CUBICBONDS:
1009             fprintf(fp, "b0=%15.8e, kb=%15.8e, kcub=%15.8e\n",
1010                     iparams->cubic.b0, iparams->cubic.kb, iparams->cubic.kcub);
1011             break;
1012         case F_CONNBONDS:
1013             fprintf(fp, "\n");
1014             break;
1015         case F_FENEBONDS:
1016             fprintf(fp, "bm=%15.8e, kb=%15.8e\n", iparams->fene.bm, iparams->fene.kb);
1017             break;
1018         case F_RESTRBONDS:
1019             fprintf(fp, "lowA=%15.8e, up1A=%15.8e, up2A=%15.8e, kA=%15.8e, lowB=%15.8e, up1B=%15.8e, up2B=%15.8e, kB=%15.8e,\n",
1020                     iparams->restraint.lowA, iparams->restraint.up1A,
1021                     iparams->restraint.up2A, iparams->restraint.kA,
1022                     iparams->restraint.lowB, iparams->restraint.up1B,
1023                     iparams->restraint.up2B, iparams->restraint.kB);
1024             break;
1025         case F_TABBONDS:
1026         case F_TABBONDSNC:
1027         case F_TABANGLES:
1028         case F_TABDIHS:
1029             fprintf(fp, "tab=%d, kA=%15.8e, kB=%15.8e\n",
1030                     iparams->tab.table, iparams->tab.kA, iparams->tab.kB);
1031             break;
1032         case F_POLARIZATION:
1033             fprintf(fp, "alpha=%15.8e\n", iparams->polarize.alpha);
1034             break;
1035         case F_ANHARM_POL:
1036             fprintf(fp, "alpha=%15.8e drcut=%15.8e khyp=%15.8e\n",
1037                     iparams->anharm_polarize.alpha,
1038                     iparams->anharm_polarize.drcut,
1039                     iparams->anharm_polarize.khyp);
1040             break;
1041         case F_THOLE_POL:
1042             fprintf(fp, "a=%15.8e, alpha1=%15.8e, alpha2=%15.8e, rfac=%15.8e\n",
1043                     iparams->thole.a, iparams->thole.alpha1, iparams->thole.alpha2,
1044                     iparams->thole.rfac);
1045             break;
1046         case F_WATER_POL:
1047             fprintf(fp, "al_x=%15.8e, al_y=%15.8e, al_z=%15.8e, rOH=%9.6f, rHH=%9.6f, rOD=%9.6f\n",
1048                     iparams->wpol.al_x, iparams->wpol.al_y, iparams->wpol.al_z,
1049                     iparams->wpol.rOH, iparams->wpol.rHH, iparams->wpol.rOD);
1050             break;
1051         case F_LJ:
1052             fprintf(fp, "c6=%15.8e, c12=%15.8e\n", iparams->lj.c6, iparams->lj.c12);
1053             break;
1054         case F_LJ14:
1055             fprintf(fp, "c6A=%15.8e, c12A=%15.8e, c6B=%15.8e, c12B=%15.8e\n",
1056                     iparams->lj14.c6A, iparams->lj14.c12A,
1057                     iparams->lj14.c6B, iparams->lj14.c12B);
1058             break;
1059         case F_LJC14_Q:
1060             fprintf(fp, "fqq=%15.8e, qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1061                     iparams->ljc14.fqq,
1062                     iparams->ljc14.qi, iparams->ljc14.qj,
1063                     iparams->ljc14.c6, iparams->ljc14.c12);
1064             break;
1065         case F_LJC_PAIRS_NB:
1066             fprintf(fp, "qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1067                     iparams->ljcnb.qi, iparams->ljcnb.qj,
1068                     iparams->ljcnb.c6, iparams->ljcnb.c12);
1069             break;
1070         case F_PDIHS:
1071         case F_PIDIHS:
1072         case F_ANGRES:
1073         case F_ANGRESZ:
1074             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e, phiB=%15.8e, cpB=%15.8e, mult=%d\n",
1075                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA,
1076                     iparams->pdihs.phiB, iparams->pdihs.cpB,
1077                     iparams->pdihs.mult);
1078             break;
1079         case F_DISRES:
1080             fprintf(fp, "label=%4d, type=%1d, low=%15.8e, up1=%15.8e, up2=%15.8e, fac=%15.8e)\n",
1081                     iparams->disres.label, iparams->disres.type,
1082                     iparams->disres.low, iparams->disres.up1,
1083                     iparams->disres.up2, iparams->disres.kfac);
1084             break;
1085         case F_ORIRES:
1086             fprintf(fp, "ex=%4d, label=%d, power=%4d, c=%15.8e, obs=%15.8e, kfac=%15.8e)\n",
1087                     iparams->orires.ex, iparams->orires.label, iparams->orires.power,
1088                     iparams->orires.c, iparams->orires.obs, iparams->orires.kfac);
1089             break;
1090         case F_DIHRES:
1091             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, dphiA=%15.8e, kfacA=%15.8e, phiB=%15.8e, dphiB=%15.8e, kfacB=%15.8e\n",
1092                     iparams->dihres.phiA, iparams->dihres.dphiA, iparams->dihres.kfacA,
1093                     iparams->dihres.phiB, iparams->dihres.dphiB, iparams->dihres.kfacB);
1094             break;
1095         case F_POSRES:
1096             fprintf(fp, "pos0A=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcA=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), pos0B=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcB=(%15.8e,%15.8e,%15.8e)\n",
1097                     iparams->posres.pos0A[XX], iparams->posres.pos0A[YY],
1098                     iparams->posres.pos0A[ZZ], iparams->posres.fcA[XX],
1099                     iparams->posres.fcA[YY], iparams->posres.fcA[ZZ],
1100                     iparams->posres.pos0B[XX], iparams->posres.pos0B[YY],
1101                     iparams->posres.pos0B[ZZ], iparams->posres.fcB[XX],
1102                     iparams->posres.fcB[YY], iparams->posres.fcB[ZZ]);
1103             break;
1104         case F_FBPOSRES:
1105             fprintf(fp, "pos0=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), geometry=%d, r=%15.8e, k=%15.8e\n",
1106                     iparams->fbposres.pos0[XX], iparams->fbposres.pos0[YY],
1107                     iparams->fbposres.pos0[ZZ], iparams->fbposres.geom,
1108                     iparams->fbposres.r,        iparams->fbposres.k);
1109             break;
1110         case F_RBDIHS:
1111             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1112             {
1113                 fprintf(fp, "%srbcA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcA[i]);
1114             }
1115             fprintf(fp, "\n");
1116             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1117             {
1118                 fprintf(fp, "%srbcB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcB[i]);
1119             }
1120             fprintf(fp, "\n");
1121             break;
1122         case F_FOURDIHS:
1123             /* Use the OPLS -> Ryckaert-Bellemans formula backwards to get the
1124              * OPLS potential constants back.
1125              */
1126             rbcA = iparams->rbdihs.rbcA;
1127             rbcB = iparams->rbdihs.rbcB;
1128
1129             VA[3] = -0.25*rbcA[4];
1130             VA[2] = -0.5*rbcA[3];
1131             VA[1] = 4.0*VA[3]-rbcA[2];
1132             VA[0] = 3.0*VA[2]-2.0*rbcA[1];
1133
1134             VB[3] = -0.25*rbcB[4];
1135             VB[2] = -0.5*rbcB[3];
1136             VB[1] = 4.0*VB[3]-rbcB[2];
1137             VB[0] = 3.0*VB[2]-2.0*rbcB[1];
1138
1139             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1140             {
1141                 fprintf(fp, "%sFourA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VA[i]);
1142             }
1143             fprintf(fp, "\n");
1144             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1145             {
1146                 fprintf(fp, "%sFourB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VB[i]);
1147             }
1148             fprintf(fp, "\n");
1149             break;
1150
1151         case F_CONSTR:
1152         case F_CONSTRNC:
1153             fprintf(fp, "dA=%15.8e, dB=%15.8e\n", iparams->constr.dA, iparams->constr.dB);
1154             break;
1155         case F_SETTLE:
1156             fprintf(fp, "doh=%15.8e, dhh=%15.8e\n", iparams->settle.doh,
1157                     iparams->settle.dhh);
1158             break;
1159         case F_VSITE2:
1160             fprintf(fp, "a=%15.8e\n", iparams->vsite.a);
1161             break;
1162         case F_VSITE3:
1163         case F_VSITE3FD:
1164         case F_VSITE3FAD:
1165             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e\n", iparams->vsite.a, iparams->vsite.b);
1166             break;
1167         case F_VSITE3OUT:
1168         case F_VSITE4FD:
1169         case F_VSITE4FDN:
1170             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1171                     iparams->vsite.a, iparams->vsite.b, iparams->vsite.c);
1172             break;
1173         case F_VSITEN:
1174             fprintf(fp, "n=%2d, a=%15.8e\n", iparams->vsiten.n, iparams->vsiten.a);
1175             break;
1176         case F_GB12:
1177         case F_GB13:
1178         case F_GB14:
1179             fprintf(fp, "sar=%15.8e, st=%15.8e, pi=%15.8e, gbr=%15.8e, bmlt=%15.8e\n", iparams->gb.sar, iparams->gb.st, iparams->gb.pi, iparams->gb.gbr, iparams->gb.bmlt);
1180             break;
1181         case F_CMAP:
1182             fprintf(fp, "cmapA=%1d, cmapB=%1d\n", iparams->cmap.cmapA, iparams->cmap.cmapB);
1183             break;
1184         default:
1185             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1186                       ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
1187     }
1188 }
1189
1190 void pr_ilist(FILE *fp, int indent, const char *title,
1191               t_functype *functype, t_ilist *ilist, gmx_bool bShowNumbers)
1192 {
1193     int      i, j, k, type, ftype;
1194     t_iatom *iatoms;
1195
1196     if (available(fp, ilist, indent, title) && ilist->nr > 0)
1197     {
1198         indent = pr_title(fp, indent, title);
1199         (void) pr_indent(fp, indent);
1200         fprintf(fp, "nr: %d\n", ilist->nr);
1201         if (ilist->nr > 0)
1202         {
1203             (void) pr_indent(fp, indent);
1204             fprintf(fp, "iatoms:\n");
1205             iatoms = ilist->iatoms;
1206             for (i = j = 0; i < ilist->nr; )
1207             {
1208 #ifndef DEBUG
1209                 (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1210                 type  = *(iatoms++);
1211                 ftype = functype[type];
1212                 (void) fprintf(fp, "%d type=%d (%s)",
1213                                bShowNumbers ? j : -1, bShowNumbers ? type : -1,
1214                                interaction_function[ftype].name);
1215                 j++;
1216                 for (k = 0; k < interaction_function[ftype].nratoms; k++)
1217                 {
1218                     (void) fprintf(fp, " %u", *(iatoms++));
1219                 }
1220                 (void) fprintf(fp, "\n");
1221                 i += 1+interaction_function[ftype].nratoms;
1222 #else
1223                 fprintf(fp, "%5d%5d\n", i, iatoms[i]);
1224                 i++;
1225 #endif
1226             }
1227         }
1228     }
1229 }
1230
1231 static void pr_cmap(FILE *fp, int indent, const char *title,
1232                     gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bShowNumbers)
1233 {
1234     int  i, j, nelem;
1235     real dx, idx;
1236
1237     dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
1238     nelem = cmap_grid->grid_spacing*cmap_grid->grid_spacing;
1239
1240     if (available(fp, cmap_grid, indent, title))
1241     {
1242         fprintf(fp, "%s\n", title);
1243
1244         for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
1245         {
1246             idx = -180.0;
1247             fprintf(fp, "%8s %8s %8s %8s\n", "V", "dVdx", "dVdy", "d2dV");
1248
1249             fprintf(fp, "grid[%3d]={\n", bShowNumbers ? i : -1);
1250
1251             for (j = 0; j < nelem; j++)
1252             {
1253                 if ( (j%cmap_grid->grid_spacing) == 0)
1254                 {
1255                     fprintf(fp, "%8.1f\n", idx);
1256                     idx += dx;
1257                 }
1258
1259                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1260                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1261                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1262                 fprintf(fp, "%8.3f\n", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1263             }
1264             fprintf(fp, "\n");
1265         }
1266     }
1267
1268 }
1269
1270 void pr_ffparams(FILE *fp, int indent, const char *title,
1271                  gmx_ffparams_t *ffparams,
1272                  gmx_bool bShowNumbers)
1273 {
1274     int i, j;
1275
1276     indent = pr_title(fp, indent, title);
1277     (void) pr_indent(fp, indent);
1278     (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", ffparams->atnr);
1279     (void) pr_indent(fp, indent);
1280     (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", ffparams->ntypes);
1281     for (i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
1282     {
1283         (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1284         (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1285                        bShowNumbers ? i : -1,
1286                        interaction_function[ffparams->functype[i]].name);
1287         pr_iparams(fp, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
1288     }
1289     (void) pr_double(fp, indent, "reppow", ffparams->reppow);
1290     (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", ffparams->fudgeQQ);
1291     pr_cmap(fp, indent, "cmap", &ffparams->cmap_grid, bShowNumbers);
1292 }
1293
1294 void pr_idef(FILE *fp, int indent, const char *title, t_idef *idef, gmx_bool bShowNumbers)
1295 {
1296     int i, j;
1297
1298     if (available(fp, idef, indent, title))
1299     {
1300         indent = pr_title(fp, indent, title);
1301         (void) pr_indent(fp, indent);
1302         (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", idef->atnr);
1303         (void) pr_indent(fp, indent);
1304         (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", idef->ntypes);
1305         for (i = 0; i < idef->ntypes; i++)
1306         {
1307             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1308             (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1309                            bShowNumbers ? i : -1,
1310                            interaction_function[idef->functype[i]].name);
1311             pr_iparams(fp, idef->functype[i], &idef->iparams[i]);
1312         }
1313         (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", idef->fudgeQQ);
1314
1315         for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1316         {
1317             pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1318                      idef->functype, &idef->il[j], bShowNumbers);
1319         }
1320     }
1321 }
1322
1323 static int pr_block_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block)
1324 {
1325     int i;
1326
1327     if (available(fp, block, indent, title))
1328     {
1329         indent = pr_title(fp, indent, title);
1330         (void) pr_indent(fp, indent);
1331         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1332     }
1333     return indent;
1334 }
1335
1336 static int pr_blocka_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block)
1337 {
1338     int i;
1339
1340     if (available(fp, block, indent, title))
1341     {
1342         indent = pr_title(fp, indent, title);
1343         (void) pr_indent(fp, indent);
1344         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1345         (void) pr_indent(fp, indent);
1346         (void) fprintf(fp, "nra=%d\n", block->nra);
1347     }
1348     return indent;
1349 }
1350
1351 static void low_pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1352 {
1353     int i;
1354
1355     if (available(fp, block, indent, title))
1356     {
1357         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1358         for (i = 0; i <= block->nr; i++)
1359         {
1360             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1361             (void) fprintf(fp, "%s->index[%d]=%u\n",
1362                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->index[i]);
1363         }
1364         for (i = 0; i < block->nra; i++)
1365         {
1366             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1367             (void) fprintf(fp, "%s->a[%d]=%u\n",
1368                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->a[i]);
1369         }
1370     }
1371 }
1372
1373 void pr_block(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block, gmx_bool bShowNumbers)
1374 {
1375     int i, j, ok, size, start, end;
1376
1377     if (available(fp, block, indent, title))
1378     {
1379         indent = pr_block_title(fp, indent, title, block);
1380         start  = 0;
1381         end    = start;
1382         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1383         {
1384             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1385         }
1386         else
1387         {
1388             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1389             {
1390                 end  = block->index[i+1];
1391                 size = pr_indent(fp, indent);
1392                 if (end <= start)
1393                 {
1394                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={}\n", title, i);
1395                 }
1396                 else
1397                 {
1398                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={%d..%d}\n",
1399                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1400                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1401                 }
1402                 start = end;
1403             }
1404         }
1405     }
1406 }
1407
1408 void pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1409 {
1410     int i, j, ok, size, start, end;
1411
1412     if (available(fp, block, indent, title))
1413     {
1414         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1415         start  = 0;
1416         end    = start;
1417         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1418         {
1419             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1420         }
1421         else
1422         {
1423             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1424             {
1425                 end  = block->index[i+1];
1426                 size = pr_indent(fp, indent);
1427                 if (end <= start)
1428                 {
1429                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={", title, i);
1430                 }
1431                 else
1432                 {
1433                     size += fprintf(fp, "%s[%d][%d..%d]={",
1434                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1435                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1436                 }
1437                 for (j = start; j < end; j++)
1438                 {
1439                     if (j > start)
1440                     {
1441                         size += fprintf(fp, ", ");
1442                     }
1443                     if ((size) > (USE_WIDTH))
1444                     {
1445                         (void) fprintf(fp, "\n");
1446                         size = pr_indent(fp, indent+INDENT);
1447                     }
1448                     size += fprintf(fp, "%u", block->a[j]);
1449                 }
1450                 (void) fprintf(fp, "}\n");
1451                 start = end;
1452             }
1453         }
1454         if ((end != block->nra) || (!ok))
1455         {
1456             (void) pr_indent(fp, indent);
1457             (void) fprintf(fp, "tables inconsistent, dumping complete tables:\n");
1458             low_pr_blocka(fp, indent, title, block, bShowNumbers);
1459         }
1460     }
1461 }
1462
1463 static void pr_strings(FILE *fp, int indent, const char *title, char ***nm, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1464 {
1465     int i;
1466
1467     if (available(fp, nm, indent, title))
1468     {
1469         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1470         for (i = 0; i < n; i++)
1471         {
1472             (void) pr_indent(fp, indent);
1473             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\"}\n",
1474                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]));
1475         }
1476     }
1477 }
1478
1479 static void pr_strings2(FILE *fp, int indent, const char *title,
1480                         char ***nm, char ***nmB, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1481 {
1482     int i;
1483
1484     if (available(fp, nm, indent, title))
1485     {
1486         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1487         for (i = 0; i < n; i++)
1488         {
1489             (void) pr_indent(fp, indent);
1490             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\",nameB=\"%s\"}\n",
1491                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]), *(nmB[i]));
1492         }
1493     }
1494 }
1495
1496 static void pr_resinfo(FILE *fp, int indent, const char *title, t_resinfo *resinfo, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1497 {
1498     int i;
1499
1500     if (available(fp, resinfo, indent, title))
1501     {
1502         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1503         for (i = 0; i < n; i++)
1504         {
1505             (void) pr_indent(fp, indent);
1506             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\", nr=%d, ic='%c'}\n",
1507                            title, bShowNumbers ? i : -1,
1508                            *(resinfo[i].name), resinfo[i].nr,
1509                            (resinfo[i].ic == '\0') ? ' ' : resinfo[i].ic);
1510         }
1511     }
1512 }
1513
1514 static void pr_atom(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atom *atom, int n)
1515 {
1516     int i, j;
1517
1518     if (available(fp, atom, indent, title))
1519     {
1520         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1521         for (i = 0; i < n; i++)
1522         {
1523             (void) pr_indent(fp, indent);
1524             fprintf(fp, "%s[%6d]={type=%3d, typeB=%3d, ptype=%8s, m=%12.5e, "
1525                     "q=%12.5e, mB=%12.5e, qB=%12.5e, resind=%5d, atomnumber=%3d}\n",
1526                     title, i, atom[i].type, atom[i].typeB, ptype_str[atom[i].ptype],
1527                     atom[i].m, atom[i].q, atom[i].mB, atom[i].qB,
1528                     atom[i].resind, atom[i].atomnumber);
1529         }
1530     }
1531 }
1532
1533 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, t_grps grps[], char **grpname[])
1534 {
1535     int i, j;
1536
1537     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
1538     {
1539         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
1540         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
1541         {
1542             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
1543         }
1544         fprintf(fp, "]\n");
1545     }
1546 }
1547
1548 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
1549                       gmx_groups_t *groups,
1550                       gmx_bool bShowNumbers)
1551 {
1552     int grpnr[egcNR];
1553     int nat_max, i, g;
1554
1555     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
1556     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
1557
1558     (void) pr_indent(fp, indent);
1559     fprintf(fp, "groups          ");
1560     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1561     {
1562         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
1563     }
1564     printf("\n");
1565
1566     (void) pr_indent(fp, indent);
1567     fprintf(fp, "allocated       ");
1568     nat_max = 0;
1569     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1570     {
1571         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
1572         nat_max = max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
1573     }
1574     printf("\n");
1575
1576     if (nat_max == 0)
1577     {
1578         (void) pr_indent(fp, indent);
1579         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
1580         for (g = 0; g < egcNR; g++)
1581         {
1582             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
1583         }
1584         fprintf(fp, "\n");
1585     }
1586     else
1587     {
1588         for (i = 0; i < nat_max; i++)
1589         {
1590             (void) pr_indent(fp, indent);
1591             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
1592             for (g = 0; g < egcNR; g++)
1593             {
1594                 fprintf(fp, "  %3d ",
1595                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
1596             }
1597             fprintf(fp, "\n");
1598         }
1599     }
1600 }
1601
1602 void pr_atoms(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atoms *atoms,
1603               gmx_bool bShownumbers)
1604 {
1605     if (available(fp, atoms, indent, title))
1606     {
1607         indent = pr_title(fp, indent, title);
1608         pr_atom(fp, indent, "atom", atoms->atom, atoms->nr);
1609         pr_strings(fp, indent, "atom", atoms->atomname, atoms->nr, bShownumbers);
1610         pr_strings2(fp, indent, "type", atoms->atomtype, atoms->atomtypeB, atoms->nr, bShownumbers);
1611         pr_resinfo(fp, indent, "residue", atoms->resinfo, atoms->nres, bShownumbers);
1612     }
1613 }
1614
1615
1616 void pr_atomtypes(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atomtypes *atomtypes,
1617                   gmx_bool bShowNumbers)
1618 {
1619     int i;
1620     if (available(fp, atomtypes, indent, title))
1621     {
1622         indent = pr_title(fp, indent, title);
1623         for (i = 0; i < atomtypes->nr; i++)
1624         {
1625             pr_indent(fp, indent);
1626             fprintf(fp,
1627                     "atomtype[%3d]={radius=%12.5e, volume=%12.5e, gb_radius=%12.5e, surftens=%12.5e, atomnumber=%4d, S_hct=%12.5e)}\n",
1628                     bShowNumbers ? i : -1, atomtypes->radius[i], atomtypes->vol[i],
1629                     atomtypes->gb_radius[i],
1630                     atomtypes->surftens[i], atomtypes->atomnumber[i], atomtypes->S_hct[i]);
1631         }
1632     }
1633 }
1634
1635 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
1636                        gmx_moltype_t *molt, int n,
1637                        gmx_ffparams_t *ffparams,
1638                        gmx_bool bShowNumbers)
1639 {
1640     int j;
1641
1642     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1643     (void) pr_indent(fp, indent);
1644     (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
1645     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
1646     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
1647     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
1648     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1649     {
1650         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1651                  ffparams->functype, &molt->ilist[j], bShowNumbers);
1652     }
1653 }
1654
1655 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
1656                         gmx_molblock_t *molb, int n,
1657                         gmx_moltype_t *molt)
1658 {
1659     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1660     (void) pr_indent(fp, indent);
1661     (void) fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
1662                    "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
1663     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
1664     pr_int(fp, indent, "#atoms_mol", molb->natoms_mol);
1665     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->nposres_xA);
1666     if (molb->nposres_xA > 0)
1667     {
1668         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
1669     }
1670     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->nposres_xB);
1671     if (molb->nposres_xB > 0)
1672     {
1673         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
1674     }
1675 }
1676
1677 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1678              gmx_bool bShowNumbers)
1679 {
1680     int mt, mb;
1681
1682     if (available(fp, mtop, indent, title))
1683     {
1684         indent = pr_title(fp, indent, title);
1685         (void) pr_indent(fp, indent);
1686         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
1687         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
1688         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->nmolblock);
1689         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1690         {
1691             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
1692         }
1693         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
1694         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
1695         for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1696         {
1697             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
1698                        &mtop->ffparams, bShowNumbers);
1699         }
1700         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
1701     }
1702 }
1703
1704 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, t_topology *top, gmx_bool bShowNumbers)
1705 {
1706     if (available(fp, top, indent, title))
1707     {
1708         indent = pr_title(fp, indent, title);
1709         (void) pr_indent(fp, indent);
1710         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
1711         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
1712         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
1713         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
1714         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
1715         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
1716         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers);
1717     }
1718 }
1719
1720 void pr_header(FILE *fp, int indent, const char *title, t_tpxheader *sh)
1721 {
1722     char buf[22];
1723
1724     if (available(fp, sh, indent, title))
1725     {
1726         indent = pr_title(fp, indent, title);
1727         pr_indent(fp, indent);
1728         fprintf(fp, "bIr    = %spresent\n", sh->bIr ? "" : "not ");
1729         pr_indent(fp, indent);
1730         fprintf(fp, "bBox   = %spresent\n", sh->bBox ? "" : "not ");
1731         pr_indent(fp, indent);
1732         fprintf(fp, "bTop   = %spresent\n", sh->bTop ? "" : "not ");
1733         pr_indent(fp, indent);
1734         fprintf(fp, "bX     = %spresent\n", sh->bX ? "" : "not ");
1735         pr_indent(fp, indent);
1736         fprintf(fp, "bV     = %spresent\n", sh->bV ? "" : "not ");
1737         pr_indent(fp, indent);
1738         fprintf(fp, "bF     = %spresent\n", sh->bF ? "" : "not ");
1739
1740         pr_indent(fp, indent);
1741         fprintf(fp, "natoms = %d\n", sh->natoms);
1742         pr_indent(fp, indent);
1743         fprintf(fp, "lambda = %e\n", sh->lambda);
1744     }
1745 }
1746
1747 void pr_commrec(FILE *fp, int indent, t_commrec *cr)
1748 {
1749     pr_indent(fp, indent);
1750     fprintf(fp, "commrec:\n");
1751     indent += 2;
1752     pr_indent(fp, indent);
1753     fprintf(fp, "nodeid    = %d\n", cr->nodeid);
1754     pr_indent(fp, indent);
1755     fprintf(fp, "nnodes    = %d\n", cr->nnodes);
1756     pr_indent(fp, indent);
1757     fprintf(fp, "npmenodes = %d\n", cr->npmenodes);
1758     /*
1759        pr_indent(fp,indent);
1760        fprintf(fp,"threadid  = %d\n",cr->threadid);
1761        pr_indent(fp,indent);
1762        fprintf(fp,"nthreads  = %d\n",cr->nthreads);
1763      */
1764 }