src/gromacs/gmxlib/txtdump.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 /* This file is completely threadsafe - please keep it that way! */
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "names.h"
  47 #include "txtdump.h"
  48 #include "string2.h"
  49 #include "vec.h"
  50 #include "macros.h"
  51
  52
  53 int pr_indent(FILE *fp, int n)
  54 {
  55     int i;
  56
  57     for (i = 0; i < n; i++)
  58     {
  59         (void) fprintf(fp, " ");
  60     }
  61     return n;
  62 }
  63
  64 int available(FILE *fp, void *p, int indent, const char *title)
  65 {
  66     if (!p)
  67     {
  68         if (indent > 0)
  69         {
  70             pr_indent(fp, indent);
  71         }
  72         (void) fprintf(fp, "%s: not available\n", title);
  73     }
  74     return (p != NULL);
  75 }
  76
  77 int pr_title(FILE *fp, int indent, const char *title)
  78 {
  79     (void) pr_indent(fp, indent);
  80     (void) fprintf(fp, "%s:\n", title);
  81     return (indent+INDENT);
  82 }
  83
  84 int pr_title_n(FILE *fp, int indent, const char *title, int n)
  85 {
  86     (void) pr_indent(fp, indent);
  87     (void) fprintf(fp, "%s (%d):\n", title, n);
  88     return (indent+INDENT);
  89 }
  90
  91 int pr_title_nxn(FILE *fp, int indent, const char *title, int n1, int n2)
  92 {
  93     (void) pr_indent(fp, indent);
  94     (void) fprintf(fp, "%s (%dx%d):\n", title, n1, n2);
  95     return (indent+INDENT);
  96 }
  97
  98 void pr_ivec(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
  99 {
 100     int i;
 101
 102     if (available(fp, vec, indent, title))
 103     {
 104         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 105         for (i = 0; i < n; i++)
 106         {
 107             (void) pr_indent(fp, indent);
 108             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 109         }
 110     }
 111 }
 112
 113 void pr_ivec_block(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 114 {
 115     int i, j;
 116
 117     if (available(fp, vec, indent, title))
 118     {
 119         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 120         i      = 0;
 121         while (i < n)
 122         {
 123             j = i+1;
 124             while (j < n && vec[j] == vec[j-1]+1)
 125             {
 126                 j++;
 127             }
 128             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
 129             if (j - i < 3)
 130             {
 131                 while (i < j)
 132                 {
 133                     (void) pr_indent(fp, indent);
 134                     (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n",
 135                                    title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 136                     i++;
 137                 }
 138             }
 139             else
 140             {
 141                 (void) pr_indent(fp, indent);
 142                 (void) fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n",
 143                                title,
 144                                bShowNumbers ? i : -1,
 145                                bShowNumbers ? j-1 : -1,
 146                                vec[i], vec[j-1]);
 147                 i = j;
 148             }
 149         }
 150     }
 151 }
 152
 153 void pr_bvec(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 154 {
 155     int i;
 156
 157     if (available(fp, vec, indent, title))
 158     {
 159         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 160         for (i = 0; i < n; i++)
 161         {
 162             (void) pr_indent(fp, indent);
 163             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
 164                            EBOOL(vec[i]));
 165         }
 166     }
 167 }
 168
 169 void pr_ivecs(FILE *fp, int indent, const char *title, ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 170 {
 171     int i, j;
 172
 173     if (available(fp, vec, indent, title))
 174     {
 175         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 176         for (i = 0; i < n; i++)
 177         {
 178             (void) pr_indent(fp, indent);
 179             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 180             for (j = 0; j < DIM; j++)
 181             {
 182                 if (j != 0)
 183                 {
 184                     (void) fprintf(fp, ", ");
 185                 }
 186                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 187             }
 188             (void) fprintf(fp, "}\n");
 189         }
 190     }
 191 }
 192
 193 void pr_rvec(FILE *fp, int indent, const char *title, real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 194 {
 195     int i;
 196
 197     if (available(fp, vec, indent, title))
 198     {
 199         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 200         for (i = 0; i < n; i++)
 201         {
 202             pr_indent(fp, indent);
 203             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 204         }
 205     }
 206 }
 207
 208 void pr_dvec(FILE *fp, int indent, const char *title, double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 209 {
 210     int i;
 211
 212     if (available(fp, vec, indent, title))
 213     {
 214         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 215         for (i = 0; i < n; i++)
 216         {
 217             pr_indent(fp, indent);
 218             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 219         }
 220     }
 221 }
 222
 223
 224 /*
 225    void pr_mat(FILE *fp,int indent,char *title,matrix m)
 226    {
 227    int i,j;
 228
 229    if (available(fp,m,indent,title)) {
 230     indent=pr_title_n(fp,indent,title,n);
 231     for(i=0; i<n; i++) {
 232       pr_indent(fp,indent);
 233       fprintf(fp,"%s[%d]=%12.5e %12.5e %12.5e\n",
 234           title,bShowNumbers?i:-1,m[i][XX],m[i][YY],m[i][ZZ]);
 235     }
 236    }
 237    }
 238  */
 239
 240 void pr_rvecs_len(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 241 {
 242     int i, j;
 243
 244     if (available(fp, vec, indent, title))
 245     {
 246         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 247         for (i = 0; i < n; i++)
 248         {
 249             (void) pr_indent(fp, indent);
 250             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 251             for (j = 0; j < DIM; j++)
 252             {
 253                 if (j != 0)
 254                 {
 255                     (void) fprintf(fp, ", ");
 256                 }
 257                 (void) fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 258             }
 259             (void) fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 260         }
 261     }
 262 }
 263
 264 void pr_rvecs(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 265 {
 266     const char *fshort = "%12.5e";
 267     const char *flong  = "%15.8e";
 268     const char *format;
 269     int         i, j;
 270
 271     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 272     {
 273         format = flong;
 274     }
 275     else
 276     {
 277         format = fshort;
 278     }
 279
 280     if (available(fp, vec, indent, title))
 281     {
 282         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 283         for (i = 0; i < n; i++)
 284         {
 285             (void) pr_indent(fp, indent);
 286             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 287             for (j = 0; j < DIM; j++)
 288             {
 289                 if (j != 0)
 290                 {
 291                     (void) fprintf(fp, ", ");
 292                 }
 293                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 294             }
 295             (void) fprintf(fp, "}\n");
 296         }
 297     }
 298 }
 299
 300
 301 void pr_reals(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n)
 302 {
 303     int i;
 304
 305     if (available(fp, vec, indent, title))
 306     {
 307         (void) pr_indent(fp, indent);
 308         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 309         for (i = 0; i < n; i++)
 310         {
 311             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 312         }
 313         (void) fprintf(fp, "\n");
 314     }
 315 }
 316
 317 void pr_doubles(FILE *fp, int indent, const char *title, double *vec, int n)
 318 {
 319     int i;
 320
 321     if (available(fp, vec, indent, title))
 322     {
 323         (void) pr_indent(fp, indent);
 324         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 325         for (i = 0; i < n; i++)
 326         {
 327             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 328         }
 329         (void) fprintf(fp, "\n");
 330     }
 331 }
 332
 333 static void pr_int(FILE *fp, int indent, const char *title, int i)
 334 {
 335     pr_indent(fp, indent);
 336     fprintf(fp, "%-20s = %d\n", title, i);
 337 }
 338
 339 static void pr_int64(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_int64_t i)
 340 {
 341     char buf[STEPSTRSIZE];
 342
 343     pr_indent(fp, indent);
 344     fprintf(fp, "%-20s = %s\n", title, gmx_step_str(i, buf));
 345 }
 346
 347 static void pr_real(FILE *fp, int indent, const char *title, real r)
 348 {
 349     pr_indent(fp, indent);
 350     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, r);
 351 }
 352
 353 static void pr_double(FILE *fp, int indent, const char *title, double d)
 354 {
 355     pr_indent(fp, indent);
 356     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, d);
 357 }
 358
 359 static void pr_str(FILE *fp, int indent, const char *title, const char *s)
 360 {
 361     pr_indent(fp, indent);
 362     fprintf(fp, "%-20s = %s\n", title, s);
 363 }
 364
 365 void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, t_grpopts *opts)
 366 {
 367     int i, m, j;
 368
 369     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 370
 371     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 372     if (opts->ngQM > 0)
 373     {
 374         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 375         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 376         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 377         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 378         pr_bvec(fp, indent, "bSH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 379         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 380         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 381         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 382         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 383         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 384         pr_bvec(fp, indent, "bOPT", opts->bOPT, opts->ngQM, FALSE);
 385         pr_bvec(fp, indent, "bTS", opts->bTS, opts->ngQM, FALSE);
 386     }
 387 }
 388
 389 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, t_grpopts *opts,
 390                         gmx_bool bMDPformat)
 391 {
 392     int i, m, j;
 393
 394     if (!bMDPformat)
 395     {
 396         fprintf(out, "%s:\n", title);
 397     }
 398
 399     pr_indent(out, indent);
 400     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 401     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 402     {
 403         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 404     }
 405     fprintf(out, "\n");
 406
 407     pr_indent(out, indent);
 408     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 409     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 410     {
 411         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 412     }
 413     fprintf(out, "\n");
 414
 415     pr_indent(out, indent);
 416     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 417     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 418     {
 419         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 420     }
 421     fprintf(out, "\n");
 422
 423     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 424     fprintf(out, "anneal%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 425     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 426     {
 427         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 428     }
 429     fprintf(out, "\n");
 430
 431     fprintf(out, "ann-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 432     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 433     {
 434         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 435     }
 436     fprintf(out, "\n");
 437
 438     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 439     {
 440         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 441         {
 442             fprintf(out, "ann. times [%d]:\t", i);
 443             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 444             {
 445                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 446             }
 447             fprintf(out, "\n");
 448             fprintf(out, "ann. temps [%d]:\t", i);
 449             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 450             {
 451                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 452             }
 453             fprintf(out, "\n");
 454         }
 455     }
 456
 457     pr_indent(out, indent);
 458     fprintf(out, "acc:\t");
 459     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 460     {
 461         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 462         {
 463             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 464         }
 465     }
 466     fprintf(out, "\n");
 467
 468     pr_indent(out, indent);
 469     fprintf(out, "nfreeze:");
 470     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 471     {
 472         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 473         {
 474             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 475         }
 476     }
 477     fprintf(out, "\n");
 478
 479
 480     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 481     {
 482         pr_indent(out, indent);
 483         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 484         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 485         {
 486             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 487         }
 488         fprintf(out, "\n");
 489     }
 490
 491     fflush(out);
 492 }
 493
 494 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec *m,
 495                       gmx_bool bMDPformat)
 496 {
 497     if (bMDPformat)
 498     {
 499         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 500                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 501     }
 502     else
 503     {
 504         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 505     }
 506 }
 507
 508 static void pr_cosine(FILE *fp, int indent, const char *title, t_cosines *cos,
 509                       gmx_bool bMDPformat)
 510 {
 511     int j;
 512
 513     if (bMDPformat)
 514     {
 515         fprintf(fp, "%s = %d\n", title, cos->n);
 516     }
 517     else
 518     {
 519         indent = pr_title(fp, indent, title);
 520         (void) pr_indent(fp, indent);
 521         fprintf(fp, "n = %d\n", cos->n);
 522         if (cos->n > 0)
 523         {
 524             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 525             fprintf(fp, "a =");
 526             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 527             {
 528                 fprintf(fp, " %e", cos->a[j]);
 529             }
 530             fprintf(fp, "\n");
 531             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 532             fprintf(fp, "phi =");
 533             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 534             {
 535                 fprintf(fp, " %e", cos->phi[j]);
 536             }
 537             fprintf(fp, "\n");
 538         }
 539     }
 540 }
 541
 542 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 543 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 544 #define PSTEP(t, s) pr_int64(fp, indent, t, s)
 545 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 546 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 547
 548 static void pr_pull_group(FILE *fp, int indent, int g, t_pull_group *pgrp)
 549 {
 550     pr_indent(fp, indent);
 551     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 552     indent += 2;
 553     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pgrp->ind, pgrp->nat, TRUE);
 554     pr_rvec(fp, indent, "weight", pgrp->weight, pgrp->nweight, TRUE);
 555     PI("pbcatom", pgrp->pbcatom);
 556 }
 557
 558 static void pr_pull_coord(FILE *fp, int indent, int c, t_pull_coord *pcrd)
 559 {
 560     pr_indent(fp, indent);
 561     fprintf(fp, "pull-coord %d:\n", c);
 562     PI("group[0]", pcrd->group[0]);
 563     PI("group[1]", pcrd->group[1]);
 564     pr_rvec(fp, indent, "origin", pcrd->origin, DIM, TRUE);
 565     pr_rvec(fp, indent, "vec", pcrd->vec, DIM, TRUE);
 566     PR("init", pcrd->init);
 567     PR("rate", pcrd->rate);
 568     PR("k", pcrd->k);
 569     PR("kB", pcrd->kB);
 570 }
 571
 572 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 573 {
 574     PR("simtemp_low", simtemp->simtemp_low);
 575     PR("simtemp_high", simtemp->simtemp_high);
 576     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 577     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 578 }
 579
 580 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, t_expanded *expand, int n_lambda)
 581 {
 582
 583     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 584     PS("lambda-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 585     PS("lambda-mc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 586     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 587     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 588     PI("lmc-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 589     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 590     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 591     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 592     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 593     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 594     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 595     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 596     PS("bWLoneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 597     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 598     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 599     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 600     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 601     {
 602         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 603     }
 604     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 605     {
 606         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 607     }
 608     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 609     {
 610         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 611     }
 612     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 613     {
 614         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 615     }
 616     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 617     {
 618         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 619     }
 620
 621     pr_indent(fp, indent);
 622     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 623     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 624 }
 625
 626 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 627 {
 628     int i, j;
 629
 630     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 631     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 632     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 633     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 634     if (!bMDPformat)
 635     {
 636         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 637     }
 638     if (fep->n_lambda > 0)
 639     {
 640         pr_indent(fp, indent);
 641         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 642         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 643         {
 644             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 645             if (fep->separate_dvdl[i])
 646             {
 647                 fprintf(fp, "  TRUE");
 648             }
 649             else
 650             {
 651                 fprintf(fp, "  FALSE");
 652             }
 653             fprintf(fp, "\n");
 654         }
 655         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 656         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 657         {
 658             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 659             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 660             {
 661                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 662             }
 663             fprintf(fp, "\n");
 664         }
 665     }
 666     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 667
 668     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 669     PS("bScCoul", EBOOL(fep->bScCoul));
 670     PS("bScPrintEnergy", EBOOL(fep->bPrintEnergy));
 671     PI("sc-power", fep->sc_power);
 672     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 673     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 674     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 675     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 676     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 677     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 678     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 679 };
 680
 681 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, t_pull *pull)
 682 {
 683     int g;
 684
 685     PS("pull-geometry", EPULLGEOM(pull->eGeom));
 686     pr_ivec(fp, indent, "pull-dim", pull->dim, DIM, TRUE);
 687     PR("pull-r1", pull->cyl_r1);
 688     PR("pull-r0", pull->cyl_r0);
 689     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 690     PS("pull-bPrintRef", EBOOL(pull->bPrintRef));
 691     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 692     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 693     PI("pull-ngroup", pull->ngroup);
 694     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 695     {
 696         pr_pull_group(fp, indent, g, &pull->group[g]);
 697     }
 698     PI("pull-ncoord", pull->ncoord);
 699     for (g = 0; g < pull->ncoord; g++)
 700     {
 701         pr_pull_coord(fp, indent, g, &pull->coord[g]);
 702     }
 703 }
 704
 705 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_rotgrp *rotg)
 706 {
 707     pr_indent(fp, indent);
 708     fprintf(fp, "rotation_group %d:\n", g);
 709     indent += 2;
 710     PS("type", EROTGEOM(rotg->eType));
 711     PS("massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 712     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 713     pr_rvecs(fp, indent, "x_ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 714     pr_rvec(fp, indent, "vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 715     pr_rvec(fp, indent, "pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 716     PR("rate", rotg->rate);
 717     PR("k", rotg->k);
 718     PR("slab_dist", rotg->slab_dist);
 719     PR("min_gaussian", rotg->min_gaussian);
 720     PR("epsilon", rotg->eps);
 721     PS("fit_method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 722     PI("potfitangle_nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 723     PR("potfitangle_step", rotg->PotAngle_step);
 724 }
 725
 726 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, t_rot *rot)
 727 {
 728     int g;
 729
 730     PI("rot_nstrout", rot->nstrout);
 731     PI("rot_nstsout", rot->nstsout);
 732     PI("rot_ngrp", rot->ngrp);
 733     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 734     {
 735         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 736     }
 737 }
 738
 739 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, t_inputrec *ir,
 740                  gmx_bool bMDPformat)
 741 {
 742     const char *infbuf = "inf";
 743     int         i;
 744
 745     if (available(fp, ir, indent, title))
 746     {
 747         if (!bMDPformat)
 748         {
 749             indent = pr_title(fp, indent, title);
 750         }
 751         PS("integrator", EI(ir->eI));
 752         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 753         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 754         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 755         PS("ns_type", ENS(ir->ns_type));
 756         PI("nstlist", ir->nstlist);
 757         PI("ndelta", ir->ndelta);
 758         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 759         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 760         PI("nstlog", ir->nstlog);
 761         PI("nstxout", ir->nstxout);
 762         PI("nstvout", ir->nstvout);
 763         PI("nstfout", ir->nstfout);
 764         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 765         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 766         PI("nstxtcout", ir->nstxtcout);
 767         PR("init-t", ir->init_t);
 768         PR("delta-t", ir->delta_t);
 769
 770         PR("xtcprec", ir->xtcprec);
 771         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 772         PI("nkx", ir->nkx);
 773         PI("nky", ir->nky);
 774         PI("nkz", ir->nkz);
 775         PI("pme-order", ir->pme_order);
 776         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 777         PR("ewald-rtol-lj", ir->ewald_rtol_lj);
 778         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 779         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 780         PS("optimize-fft", EBOOL(ir->bOptFFT));
 781         PS("lj-pme-comb-rule", ELJPMECOMBNAMES(ir->ljpme_combination_rule));
 782         PS("ePBC", EPBC(ir->ePBC));
 783         PS("bPeriodicMols", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 784         PS("bContinuation", EBOOL(ir->bContinuation));
 785         PS("bShakeSOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
 786         PS("etc", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 787         PS("bPrintNHChains", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 788         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 789         PS("epc", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 790         PS("epctype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 791         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 792         PR("tau-p", ir->tau_p);
 793         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 794         pr_matrix(fp, indent, "compress", ir->compress, bMDPformat);
 795         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 796         if (bMDPformat)
 797         {
 798             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 799                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 800         }
 801         else
 802         {
 803             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
 804         }
 805         if (bMDPformat)
 806         {
 807             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 808                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 809         }
 810         else
 811         {
 812             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
 813         }
 814         PR("verlet-buffer-tolerance", ir->verletbuf_tol);
 815         PR("rlist", ir->rlist);
 816         PR("rlistlong", ir->rlistlong);
 817         PR("nstcalclr", ir->nstcalclr);
 818         PR("rtpi", ir->rtpi);
 819         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 820         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 821         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 822         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 823         PS("vdwtype", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 824         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 825         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 826         PR("rvdw", ir->rvdw);
 827         if (ir->epsilon_r != 0)
 828         {
 829             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 830         }
 831         else
 832         {
 833             PS("epsilon-r", infbuf);
 834         }
 835         if (ir->epsilon_rf != 0)
 836         {
 837             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 838         }
 839         else
 840         {
 841             PS("epsilon-rf", infbuf);
 842         }
 843         PR("tabext", ir->tabext);
 844         PS("implicit-solvent", EIMPLICITSOL(ir->implicit_solvent));
 845         PS("gb-algorithm", EGBALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 846         PR("gb-epsilon-solvent", ir->gb_epsilon_solvent);
 847         PI("nstgbradii", ir->nstgbradii);
 848         PR("rgbradii", ir->rgbradii);
 849         PR("gb-saltconc", ir->gb_saltconc);
 850         PR("gb-obc-alpha", ir->gb_obc_alpha);
 851         PR("gb-obc-beta", ir->gb_obc_beta);
 852         PR("gb-obc-gamma", ir->gb_obc_gamma);
 853         PR("gb-dielectric-offset", ir->gb_dielectric_offset);
 854         PS("sa-algorithm", ESAALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 855         PR("sa-surface-tension", ir->sa_surface_tension);
 856         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 857         PS("bSimTemp", EBOOL(ir->bSimTemp));
 858         if (ir->bSimTemp)
 859         {
 860             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
 861         }
 862         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
 863         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
 864         {
 865             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
 866         }
 867         if (ir->bExpanded)
 868         {
 869             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
 870         }
 871
 872         PI("nwall", ir->nwall);
 873         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
 874         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
 875         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
 876         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
 877         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
 878         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
 879
 880         PS("pull", EPULLTYPE(ir->ePull));
 881         if (ir->ePull != epullNO)
 882         {
 883             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
 884         }
 885
 886         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
 887         if (ir->bRot)
 888         {
 889             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
 890         }
 891
 892         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
 893         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
 894         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
 895         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
 896         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
 897         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
 898         PR("orires-fc", ir->orires_fc);
 899         PR("orires-tau", ir->orires_tau);
 900         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
 901
 902         PR("dihre-fc", ir->dihre_fc);
 903
 904         PR("em-stepsize", ir->em_stepsize);
 905         PR("em-tol", ir->em_tol);
 906         PI("niter", ir->niter);
 907         PR("fc-stepsize", ir->fc_stepsize);
 908         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
 909         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
 910
 911         PS("ConstAlg", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
 912         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
 913         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
 914         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
 915         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
 916         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
 917         PI("ld-seed", ir->ld_seed);
 918         PR("cos-accel", ir->cos_accel);
 919         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
 920
 921         PS("adress", EBOOL(ir->bAdress));
 922         if (ir->bAdress)
 923         {
 924             PS("adress_type", EADRESSTYPE(ir->adress->type));
 925             PR("adress_const_wf", ir->adress->const_wf);
 926             PR("adress_ex_width", ir->adress->ex_width);
 927             PR("adress_hy_width", ir->adress->hy_width);
 928             PS("adress_interface_correction", EADRESSICTYPE(ir->adress->icor));
 929             PS("adress_site", EADRESSSITETYPE(ir->adress->site));
 930             PR("adress_ex_force_cap", ir->adress->ex_forcecap);
 931             PS("adress_do_hybridpairs", EBOOL(ir->adress->do_hybridpairs));
 932
 933             pr_rvec(fp, indent, "adress_reference_coords", ir->adress->refs, DIM, TRUE);
 934         }
 935         PI("userint1", ir->userint1);
 936         PI("userint2", ir->userint2);
 937         PI("userint3", ir->userint3);
 938         PI("userint4", ir->userint4);
 939         PR("userreal1", ir->userreal1);
 940         PR("userreal2", ir->userreal2);
 941         PR("userreal3", ir->userreal3);
 942         PR("userreal4", ir->userreal4);
 943         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
 944         pr_cosine(fp, indent, "efield-x", &(ir->ex[XX]), bMDPformat);
 945         pr_cosine(fp, indent, "efield-xt", &(ir->et[XX]), bMDPformat);
 946         pr_cosine(fp, indent, "efield-y", &(ir->ex[YY]), bMDPformat);
 947         pr_cosine(fp, indent, "efield-yt", &(ir->et[YY]), bMDPformat);
 948         pr_cosine(fp, indent, "efield-z", &(ir->ex[ZZ]), bMDPformat);
 949         pr_cosine(fp, indent, "efield-zt", &(ir->et[ZZ]), bMDPformat);
 950         PS("bQMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
 951         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
 952         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
 953         PR("scalefactor", ir->scalefactor);
 954         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
 955     }
 956 }
 957 #undef PS
 958 #undef PR
 959 #undef PI
 960
 961 static void pr_harm(FILE *fp, t_iparams *iparams, const char *r, const char *kr)
 962 {
 963     fprintf(fp, "%sA=%12.5e, %sA=%12.5e, %sB=%12.5e, %sB=%12.5e\n",
 964             r, iparams->harmonic.rA, kr, iparams->harmonic.krA,
 965             r, iparams->harmonic.rB, kr, iparams->harmonic.krB);
 966 }
 967
 968 void pr_iparams(FILE *fp, t_functype ftype, t_iparams *iparams)
 969 {
 970     int  i;
 971     real VA[4], VB[4], *rbcA, *rbcB;
 972
 973     switch (ftype)
 974     {
 975         case F_ANGLES:
 976         case F_G96ANGLES:
 977             pr_harm(fp, iparams, "th", "ct");
 978             break;
 979         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 980             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r2e=%15.8e, krr=%15.8e\n",
 981                     iparams->cross_bb.r1e, iparams->cross_bb.r2e,
 982                     iparams->cross_bb.krr);
 983             break;
 984         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 985             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r1e=%15.8e, r3e=%15.8e, krt=%15.8e\n",
 986                     iparams->cross_ba.r1e, iparams->cross_ba.r2e,
 987                     iparams->cross_ba.r3e, iparams->cross_ba.krt);
 988             break;
 989         case F_LINEAR_ANGLES:
 990             fprintf(fp, "klinA=%15.8e, aA=%15.8e, klinB=%15.8e, aB=%15.8e\n",
 991                     iparams->linangle.klinA, iparams->linangle.aA,
 992                     iparams->linangle.klinB, iparams->linangle.aB);
 993             break;
 994         case F_UREY_BRADLEY:
 995             fprintf(fp, "thetaA=%15.8e, kthetaA=%15.8e, r13A=%15.8e, kUBA=%15.8e, thetaB=%15.8e, kthetaB=%15.8e, r13B=%15.8e, kUBB=%15.8e\n", iparams->u_b.thetaA, iparams->u_b.kthetaA, iparams->u_b.r13A, iparams->u_b.kUBA, iparams->u_b.thetaB, iparams->u_b.kthetaB, iparams->u_b.r13B, iparams->u_b.kUBB);
 996             break;
 997         case F_QUARTIC_ANGLES:
 998             fprintf(fp, "theta=%15.8e", iparams->qangle.theta);
 999             for (i = 0; i < 5; i++)
1000             {
1001                 fprintf(fp, ", c%c=%15.8e", '0'+i, iparams->qangle.c[i]);
1002             }
1003             fprintf(fp, "\n");
1004             break;
1005         case F_BHAM:
1006             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1007                     iparams->bham.a, iparams->bham.b, iparams->bham.c);
1008             break;
1009         case F_BONDS:
1010         case F_G96BONDS:
1011         case F_HARMONIC:
1012             pr_harm(fp, iparams, "b0", "cb");
1013             break;
1014         case F_IDIHS:
1015             pr_harm(fp, iparams, "xi", "cx");
1016             break;
1017         case F_MORSE:
1018             fprintf(fp, "b0A=%15.8e, cbA=%15.8e, betaA=%15.8e, b0B=%15.8e, cbB=%15.8e, betaB=%15.8e\n",
1019                     iparams->morse.b0A, iparams->morse.cbA, iparams->morse.betaA,
1020                     iparams->morse.b0B, iparams->morse.cbB, iparams->morse.betaB);
1021             break;
1022         case F_CUBICBONDS:
1023             fprintf(fp, "b0=%15.8e, kb=%15.8e, kcub=%15.8e\n",
1024                     iparams->cubic.b0, iparams->cubic.kb, iparams->cubic.kcub);
1025             break;
1026         case F_CONNBONDS:
1027             fprintf(fp, "\n");
1028             break;
1029         case F_FENEBONDS:
1030             fprintf(fp, "bm=%15.8e, kb=%15.8e\n", iparams->fene.bm, iparams->fene.kb);
1031             break;
1032         case F_RESTRBONDS:
1033             fprintf(fp, "lowA=%15.8e, up1A=%15.8e, up2A=%15.8e, kA=%15.8e, lowB=%15.8e, up1B=%15.8e, up2B=%15.8e, kB=%15.8e,\n",
1034                     iparams->restraint.lowA, iparams->restraint.up1A,
1035                     iparams->restraint.up2A, iparams->restraint.kA,
1036                     iparams->restraint.lowB, iparams->restraint.up1B,
1037                     iparams->restraint.up2B, iparams->restraint.kB);
1038             break;
1039         case F_TABBONDS:
1040         case F_TABBONDSNC:
1041         case F_TABANGLES:
1042         case F_TABDIHS:
1043             fprintf(fp, "tab=%d, kA=%15.8e, kB=%15.8e\n",
1044                     iparams->tab.table, iparams->tab.kA, iparams->tab.kB);
1045             break;
1046         case F_POLARIZATION:
1047             fprintf(fp, "alpha=%15.8e\n", iparams->polarize.alpha);
1048             break;
1049         case F_ANHARM_POL:
1050             fprintf(fp, "alpha=%15.8e drcut=%15.8e khyp=%15.8e\n",
1051                     iparams->anharm_polarize.alpha,
1052                     iparams->anharm_polarize.drcut,
1053                     iparams->anharm_polarize.khyp);
1054             break;
1055         case F_THOLE_POL:
1056             fprintf(fp, "a=%15.8e, alpha1=%15.8e, alpha2=%15.8e, rfac=%15.8e\n",
1057                     iparams->thole.a, iparams->thole.alpha1, iparams->thole.alpha2,
1058                     iparams->thole.rfac);
1059             break;
1060         case F_WATER_POL:
1061             fprintf(fp, "al_x=%15.8e, al_y=%15.8e, al_z=%15.8e, rOH=%9.6f, rHH=%9.6f, rOD=%9.6f\n",
1062                     iparams->wpol.al_x, iparams->wpol.al_y, iparams->wpol.al_z,
1063                     iparams->wpol.rOH, iparams->wpol.rHH, iparams->wpol.rOD);
1064             break;
1065         case F_LJ:
1066             fprintf(fp, "c6=%15.8e, c12=%15.8e\n", iparams->lj.c6, iparams->lj.c12);
1067             break;
1068         case F_LJ14:
1069             fprintf(fp, "c6A=%15.8e, c12A=%15.8e, c6B=%15.8e, c12B=%15.8e\n",
1070                     iparams->lj14.c6A, iparams->lj14.c12A,
1071                     iparams->lj14.c6B, iparams->lj14.c12B);
1072             break;
1073         case F_LJC14_Q:
1074             fprintf(fp, "fqq=%15.8e, qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1075                     iparams->ljc14.fqq,
1076                     iparams->ljc14.qi, iparams->ljc14.qj,
1077                     iparams->ljc14.c6, iparams->ljc14.c12);
1078             break;
1079         case F_LJC_PAIRS_NB:
1080             fprintf(fp, "qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1081                     iparams->ljcnb.qi, iparams->ljcnb.qj,
1082                     iparams->ljcnb.c6, iparams->ljcnb.c12);
1083             break;
1084         case F_PDIHS:
1085         case F_PIDIHS:
1086         case F_ANGRES:
1087         case F_ANGRESZ:
1088             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e, phiB=%15.8e, cpB=%15.8e, mult=%d\n",
1089                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA,
1090                     iparams->pdihs.phiB, iparams->pdihs.cpB,
1091                     iparams->pdihs.mult);
1092             break;
1093         case F_DISRES:
1094             fprintf(fp, "label=%4d, type=%1d, low=%15.8e, up1=%15.8e, up2=%15.8e, fac=%15.8e)\n",
1095                     iparams->disres.label, iparams->disres.type,
1096                     iparams->disres.low, iparams->disres.up1,
1097                     iparams->disres.up2, iparams->disres.kfac);
1098             break;
1099         case F_ORIRES:
1100             fprintf(fp, "ex=%4d, label=%d, power=%4d, c=%15.8e, obs=%15.8e, kfac=%15.8e)\n",
1101                     iparams->orires.ex, iparams->orires.label, iparams->orires.power,
1102                     iparams->orires.c, iparams->orires.obs, iparams->orires.kfac);
1103             break;
1104         case F_DIHRES:
1105             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, dphiA=%15.8e, kfacA=%15.8e, phiB=%15.8e, dphiB=%15.8e, kfacB=%15.8e\n",
1106                     iparams->dihres.phiA, iparams->dihres.dphiA, iparams->dihres.kfacA,
1107                     iparams->dihres.phiB, iparams->dihres.dphiB, iparams->dihres.kfacB);
1108             break;
1109         case F_POSRES:
1110             fprintf(fp, "pos0A=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcA=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), pos0B=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcB=(%15.8e,%15.8e,%15.8e)\n",
1111                     iparams->posres.pos0A[XX], iparams->posres.pos0A[YY],
1112                     iparams->posres.pos0A[ZZ], iparams->posres.fcA[XX],
1113                     iparams->posres.fcA[YY], iparams->posres.fcA[ZZ],
1114                     iparams->posres.pos0B[XX], iparams->posres.pos0B[YY],
1115                     iparams->posres.pos0B[ZZ], iparams->posres.fcB[XX],
1116                     iparams->posres.fcB[YY], iparams->posres.fcB[ZZ]);
1117             break;
1118         case F_FBPOSRES:
1119             fprintf(fp, "pos0=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), geometry=%d, r=%15.8e, k=%15.8e\n",
1120                     iparams->fbposres.pos0[XX], iparams->fbposres.pos0[YY],
1121                     iparams->fbposres.pos0[ZZ], iparams->fbposres.geom,
1122                     iparams->fbposres.r,        iparams->fbposres.k);
1123             break;
1124         case F_RBDIHS:
1125             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1126             {
1127                 fprintf(fp, "%srbcA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcA[i]);
1128             }
1129             fprintf(fp, "\n");
1130             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1131             {
1132                 fprintf(fp, "%srbcB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcB[i]);
1133             }
1134             fprintf(fp, "\n");
1135             break;
1136         case F_FOURDIHS:
1137             /* Use the OPLS -> Ryckaert-Bellemans formula backwards to get the
1138              * OPLS potential constants back.
1139              */
1140             rbcA = iparams->rbdihs.rbcA;
1141             rbcB = iparams->rbdihs.rbcB;
1142
1143             VA[3] = -0.25*rbcA[4];
1144             VA[2] = -0.5*rbcA[3];
1145             VA[1] = 4.0*VA[3]-rbcA[2];
1146             VA[0] = 3.0*VA[2]-2.0*rbcA[1];
1147
1148             VB[3] = -0.25*rbcB[4];
1149             VB[2] = -0.5*rbcB[3];
1150             VB[1] = 4.0*VB[3]-rbcB[2];
1151             VB[0] = 3.0*VB[2]-2.0*rbcB[1];
1152
1153             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1154             {
1155                 fprintf(fp, "%sFourA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VA[i]);
1156             }
1157             fprintf(fp, "\n");
1158             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1159             {
1160                 fprintf(fp, "%sFourB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VB[i]);
1161             }
1162             fprintf(fp, "\n");
1163             break;
1164
1165         case F_CONSTR:
1166         case F_CONSTRNC:
1167             fprintf(fp, "dA=%15.8e, dB=%15.8e\n", iparams->constr.dA, iparams->constr.dB);
1168             break;
1169         case F_SETTLE:
1170             fprintf(fp, "doh=%15.8e, dhh=%15.8e\n", iparams->settle.doh,
1171                     iparams->settle.dhh);
1172             break;
1173         case F_VSITE2:
1174             fprintf(fp, "a=%15.8e\n", iparams->vsite.a);
1175             break;
1176         case F_VSITE3:
1177         case F_VSITE3FD:
1178         case F_VSITE3FAD:
1179             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e\n", iparams->vsite.a, iparams->vsite.b);
1180             break;
1181         case F_VSITE3OUT:
1182         case F_VSITE4FD:
1183         case F_VSITE4FDN:
1184             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1185                     iparams->vsite.a, iparams->vsite.b, iparams->vsite.c);
1186             break;
1187         case F_VSITEN:
1188             fprintf(fp, "n=%2d, a=%15.8e\n", iparams->vsiten.n, iparams->vsiten.a);
1189             break;
1190         case F_GB12:
1191         case F_GB13:
1192         case F_GB14:
1193             fprintf(fp, "sar=%15.8e, st=%15.8e, pi=%15.8e, gbr=%15.8e, bmlt=%15.8e\n", iparams->gb.sar, iparams->gb.st, iparams->gb.pi, iparams->gb.gbr, iparams->gb.bmlt);
1194             break;
1195         case F_CMAP:
1196             fprintf(fp, "cmapA=%1d, cmapB=%1d\n", iparams->cmap.cmapA, iparams->cmap.cmapB);
1197             break;
1198         default:
1199             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1200                       ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
1201     }
1202 }
1203
1204 void pr_ilist(FILE *fp, int indent, const char *title,
1205               t_functype *functype, t_ilist *ilist, gmx_bool bShowNumbers)
1206 {
1207     int      i, j, k, type, ftype;
1208     t_iatom *iatoms;
1209
1210     if (available(fp, ilist, indent, title) && ilist->nr > 0)
1211     {
1212         indent = pr_title(fp, indent, title);
1213         (void) pr_indent(fp, indent);
1214         fprintf(fp, "nr: %d\n", ilist->nr);
1215         if (ilist->nr > 0)
1216         {
1217             (void) pr_indent(fp, indent);
1218             fprintf(fp, "iatoms:\n");
1219             iatoms = ilist->iatoms;
1220             for (i = j = 0; i < ilist->nr; )
1221             {
1222 #ifndef DEBUG
1223                 (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1224                 type  = *(iatoms++);
1225                 ftype = functype[type];
1226                 (void) fprintf(fp, "%d type=%d (%s)",
1227                                bShowNumbers ? j : -1, bShowNumbers ? type : -1,
1228                                interaction_function[ftype].name);
1229                 j++;
1230                 for (k = 0; k < interaction_function[ftype].nratoms; k++)
1231                 {
1232                     (void) fprintf(fp, " %u", *(iatoms++));
1233                 }
1234                 (void) fprintf(fp, "\n");
1235                 i += 1+interaction_function[ftype].nratoms;
1236 #else
1237                 fprintf(fp, "%5d%5d\n", i, iatoms[i]);
1238                 i++;
1239 #endif
1240             }
1241         }
1242     }
1243 }
1244
1245 static void pr_cmap(FILE *fp, int indent, const char *title,
1246                     gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bShowNumbers)
1247 {
1248     int  i, j, nelem;
1249     real dx, idx;
1250
1251     dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
1252     nelem = cmap_grid->grid_spacing*cmap_grid->grid_spacing;
1253
1254     if (available(fp, cmap_grid, indent, title))
1255     {
1256         fprintf(fp, "%s\n", title);
1257
1258         for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
1259         {
1260             idx = -180.0;
1261             fprintf(fp, "%8s %8s %8s %8s\n", "V", "dVdx", "dVdy", "d2dV");
1262
1263             fprintf(fp, "grid[%3d]={\n", bShowNumbers ? i : -1);
1264
1265             for (j = 0; j < nelem; j++)
1266             {
1267                 if ( (j%cmap_grid->grid_spacing) == 0)
1268                 {
1269                     fprintf(fp, "%8.1f\n", idx);
1270                     idx += dx;
1271                 }
1272
1273                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1274                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1275                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1276                 fprintf(fp, "%8.3f\n", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1277             }
1278             fprintf(fp, "\n");
1279         }
1280     }
1281
1282 }
1283
1284 void pr_ffparams(FILE *fp, int indent, const char *title,
1285                  gmx_ffparams_t *ffparams,
1286                  gmx_bool bShowNumbers)
1287 {
1288     int i, j;
1289
1290     indent = pr_title(fp, indent, title);
1291     (void) pr_indent(fp, indent);
1292     (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", ffparams->atnr);
1293     (void) pr_indent(fp, indent);
1294     (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", ffparams->ntypes);
1295     for (i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
1296     {
1297         (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1298         (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1299                        bShowNumbers ? i : -1,
1300                        interaction_function[ffparams->functype[i]].name);
1301         pr_iparams(fp, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
1302     }
1303     (void) pr_double(fp, indent, "reppow", ffparams->reppow);
1304     (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", ffparams->fudgeQQ);
1305     pr_cmap(fp, indent, "cmap", &ffparams->cmap_grid, bShowNumbers);
1306 }
1307
1308 void pr_idef(FILE *fp, int indent, const char *title, t_idef *idef, gmx_bool bShowNumbers)
1309 {
1310     int i, j;
1311
1312     if (available(fp, idef, indent, title))
1313     {
1314         indent = pr_title(fp, indent, title);
1315         (void) pr_indent(fp, indent);
1316         (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", idef->atnr);
1317         (void) pr_indent(fp, indent);
1318         (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", idef->ntypes);
1319         for (i = 0; i < idef->ntypes; i++)
1320         {
1321             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1322             (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1323                            bShowNumbers ? i : -1,
1324                            interaction_function[idef->functype[i]].name);
1325             pr_iparams(fp, idef->functype[i], &idef->iparams[i]);
1326         }
1327         (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", idef->fudgeQQ);
1328
1329         for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1330         {
1331             pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1332                      idef->functype, &idef->il[j], bShowNumbers);
1333         }
1334     }
1335 }
1336
1337 static int pr_block_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block)
1338 {
1339     int i;
1340
1341     if (available(fp, block, indent, title))
1342     {
1343         indent = pr_title(fp, indent, title);
1344         (void) pr_indent(fp, indent);
1345         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1346     }
1347     return indent;
1348 }
1349
1350 static int pr_blocka_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block)
1351 {
1352     int i;
1353
1354     if (available(fp, block, indent, title))
1355     {
1356         indent = pr_title(fp, indent, title);
1357         (void) pr_indent(fp, indent);
1358         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1359         (void) pr_indent(fp, indent);
1360         (void) fprintf(fp, "nra=%d\n", block->nra);
1361     }
1362     return indent;
1363 }
1364
1365 static void low_pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1366 {
1367     int i;
1368
1369     if (available(fp, block, indent, title))
1370     {
1371         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1372         for (i = 0; i <= block->nr; i++)
1373         {
1374             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1375             (void) fprintf(fp, "%s->index[%d]=%u\n",
1376                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->index[i]);
1377         }
1378         for (i = 0; i < block->nra; i++)
1379         {
1380             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1381             (void) fprintf(fp, "%s->a[%d]=%u\n",
1382                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->a[i]);
1383         }
1384     }
1385 }
1386
1387 void pr_block(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block, gmx_bool bShowNumbers)
1388 {
1389     int i, j, ok, size, start, end;
1390
1391     if (available(fp, block, indent, title))
1392     {
1393         indent = pr_block_title(fp, indent, title, block);
1394         start  = 0;
1395         end    = start;
1396         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1397         {
1398             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1399         }
1400         else
1401         {
1402             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1403             {
1404                 end  = block->index[i+1];
1405                 size = pr_indent(fp, indent);
1406                 if (end <= start)
1407                 {
1408                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={}\n", title, i);
1409                 }
1410                 else
1411                 {
1412                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={%d..%d}\n",
1413                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1414                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1415                 }
1416                 start = end;
1417             }
1418         }
1419     }
1420 }
1421
1422 void pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1423 {
1424     int i, j, ok, size, start, end;
1425
1426     if (available(fp, block, indent, title))
1427     {
1428         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1429         start  = 0;
1430         end    = start;
1431         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1432         {
1433             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1434         }
1435         else
1436         {
1437             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1438             {
1439                 end  = block->index[i+1];
1440                 size = pr_indent(fp, indent);
1441                 if (end <= start)
1442                 {
1443                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={", title, i);
1444                 }
1445                 else
1446                 {
1447                     size += fprintf(fp, "%s[%d][%d..%d]={",
1448                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1449                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1450                 }
1451                 for (j = start; j < end; j++)
1452                 {
1453                     if (j > start)
1454                     {
1455                         size += fprintf(fp, ", ");
1456                     }
1457                     if ((size) > (USE_WIDTH))
1458                     {
1459                         (void) fprintf(fp, "\n");
1460                         size = pr_indent(fp, indent+INDENT);
1461                     }
1462                     size += fprintf(fp, "%u", block->a[j]);
1463                 }
1464                 (void) fprintf(fp, "}\n");
1465                 start = end;
1466             }
1467         }
1468         if ((end != block->nra) || (!ok))
1469         {
1470             (void) pr_indent(fp, indent);
1471             (void) fprintf(fp, "tables inconsistent, dumping complete tables:\n");
1472             low_pr_blocka(fp, indent, title, block, bShowNumbers);
1473         }
1474     }
1475 }
1476
1477 static void pr_strings(FILE *fp, int indent, const char *title, char ***nm, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1478 {
1479     int i;
1480
1481     if (available(fp, nm, indent, title))
1482     {
1483         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1484         for (i = 0; i < n; i++)
1485         {
1486             (void) pr_indent(fp, indent);
1487             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\"}\n",
1488                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]));
1489         }
1490     }
1491 }
1492
1493 static void pr_strings2(FILE *fp, int indent, const char *title,
1494                         char ***nm, char ***nmB, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1495 {
1496     int i;
1497
1498     if (available(fp, nm, indent, title))
1499     {
1500         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1501         for (i = 0; i < n; i++)
1502         {
1503             (void) pr_indent(fp, indent);
1504             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\",nameB=\"%s\"}\n",
1505                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]), *(nmB[i]));
1506         }
1507     }
1508 }
1509
1510 static void pr_resinfo(FILE *fp, int indent, const char *title, t_resinfo *resinfo, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1511 {
1512     int i;
1513
1514     if (available(fp, resinfo, indent, title))
1515     {
1516         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1517         for (i = 0; i < n; i++)
1518         {
1519             (void) pr_indent(fp, indent);
1520             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\", nr=%d, ic='%c'}\n",
1521                            title, bShowNumbers ? i : -1,
1522                            *(resinfo[i].name), resinfo[i].nr,
1523                            (resinfo[i].ic == '\0') ? ' ' : resinfo[i].ic);
1524         }
1525     }
1526 }
1527
1528 static void pr_atom(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atom *atom, int n)
1529 {
1530     int i, j;
1531
1532     if (available(fp, atom, indent, title))
1533     {
1534         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1535         for (i = 0; i < n; i++)
1536         {
1537             (void) pr_indent(fp, indent);
1538             fprintf(fp, "%s[%6d]={type=%3d, typeB=%3d, ptype=%8s, m=%12.5e, "
1539                     "q=%12.5e, mB=%12.5e, qB=%12.5e, resind=%5d, atomnumber=%3d}\n",
1540                     title, i, atom[i].type, atom[i].typeB, ptype_str[atom[i].ptype],
1541                     atom[i].m, atom[i].q, atom[i].mB, atom[i].qB,
1542                     atom[i].resind, atom[i].atomnumber);
1543         }
1544     }
1545 }
1546
1547 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, t_grps grps[], char **grpname[])
1548 {
1549     int i, j;
1550
1551     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
1552     {
1553         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
1554         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
1555         {
1556             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
1557         }
1558         fprintf(fp, "]\n");
1559     }
1560 }
1561
1562 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
1563                       gmx_groups_t *groups,
1564                       gmx_bool bShowNumbers)
1565 {
1566     int grpnr[egcNR];
1567     int nat_max, i, g;
1568
1569     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
1570     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
1571
1572     (void) pr_indent(fp, indent);
1573     fprintf(fp, "groups          ");
1574     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1575     {
1576         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
1577     }
1578     printf("\n");
1579
1580     (void) pr_indent(fp, indent);
1581     fprintf(fp, "allocated       ");
1582     nat_max = 0;
1583     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1584     {
1585         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
1586         nat_max = max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
1587     }
1588     printf("\n");
1589
1590     if (nat_max == 0)
1591     {
1592         (void) pr_indent(fp, indent);
1593         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
1594         for (g = 0; g < egcNR; g++)
1595         {
1596             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
1597         }
1598         fprintf(fp, "\n");
1599     }
1600     else
1601     {
1602         for (i = 0; i < nat_max; i++)
1603         {
1604             (void) pr_indent(fp, indent);
1605             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
1606             for (g = 0; g < egcNR; g++)
1607             {
1608                 fprintf(fp, "  %3d ",
1609                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
1610             }
1611             fprintf(fp, "\n");
1612         }
1613     }
1614 }
1615
1616 void pr_atoms(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atoms *atoms,
1617               gmx_bool bShownumbers)
1618 {
1619     if (available(fp, atoms, indent, title))
1620     {
1621         indent = pr_title(fp, indent, title);
1622         pr_atom(fp, indent, "atom", atoms->atom, atoms->nr);
1623         pr_strings(fp, indent, "atom", atoms->atomname, atoms->nr, bShownumbers);
1624         pr_strings2(fp, indent, "type", atoms->atomtype, atoms->atomtypeB, atoms->nr, bShownumbers);
1625         pr_resinfo(fp, indent, "residue", atoms->resinfo, atoms->nres, bShownumbers);
1626     }
1627 }
1628
1629
1630 void pr_atomtypes(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atomtypes *atomtypes,
1631                   gmx_bool bShowNumbers)
1632 {
1633     int i;
1634     if (available(fp, atomtypes, indent, title))
1635     {
1636         indent = pr_title(fp, indent, title);
1637         for (i = 0; i < atomtypes->nr; i++)
1638         {
1639             pr_indent(fp, indent);
1640             fprintf(fp,
1641                     "atomtype[%3d]={radius=%12.5e, volume=%12.5e, gb_radius=%12.5e, surftens=%12.5e, atomnumber=%4d, S_hct=%12.5e)}\n",
1642                     bShowNumbers ? i : -1, atomtypes->radius[i], atomtypes->vol[i],
1643                     atomtypes->gb_radius[i],
1644                     atomtypes->surftens[i], atomtypes->atomnumber[i], atomtypes->S_hct[i]);
1645         }
1646     }
1647 }
1648
1649 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
1650                        gmx_moltype_t *molt, int n,
1651                        gmx_ffparams_t *ffparams,
1652                        gmx_bool bShowNumbers)
1653 {
1654     int j;
1655
1656     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1657     (void) pr_indent(fp, indent);
1658     (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
1659     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
1660     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
1661     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
1662     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1663     {
1664         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1665                  ffparams->functype, &molt->ilist[j], bShowNumbers);
1666     }
1667 }
1668
1669 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
1670                         gmx_molblock_t *molb, int n,
1671                         gmx_moltype_t *molt)
1672 {
1673     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1674     (void) pr_indent(fp, indent);
1675     (void) fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
1676                    "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
1677     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
1678     pr_int(fp, indent, "#atoms_mol", molb->natoms_mol);
1679     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->nposres_xA);
1680     if (molb->nposres_xA > 0)
1681     {
1682         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
1683     }
1684     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->nposres_xB);
1685     if (molb->nposres_xB > 0)
1686     {
1687         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
1688     }
1689 }
1690
1691 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1692              gmx_bool bShowNumbers)
1693 {
1694     int mt, mb;
1695
1696     if (available(fp, mtop, indent, title))
1697     {
1698         indent = pr_title(fp, indent, title);
1699         (void) pr_indent(fp, indent);
1700         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
1701         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
1702         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->nmolblock);
1703         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1704         {
1705             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
1706         }
1707         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
1708         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
1709         for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1710         {
1711             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
1712                        &mtop->ffparams, bShowNumbers);
1713         }
1714         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
1715     }
1716 }
1717
1718 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, t_topology *top, gmx_bool bShowNumbers)
1719 {
1720     if (available(fp, top, indent, title))
1721     {
1722         indent = pr_title(fp, indent, title);
1723         (void) pr_indent(fp, indent);
1724         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
1725         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
1726         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
1727         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
1728         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
1729         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
1730         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers);
1731     }
1732 }
1733
1734 void pr_header(FILE *fp, int indent, const char *title, t_tpxheader *sh)
1735 {
1736     char buf[22];
1737
1738     if (available(fp, sh, indent, title))
1739     {
1740         indent = pr_title(fp, indent, title);
1741         pr_indent(fp, indent);
1742         fprintf(fp, "bIr    = %spresent\n", sh->bIr ? "" : "not ");
1743         pr_indent(fp, indent);
1744         fprintf(fp, "bBox   = %spresent\n", sh->bBox ? "" : "not ");
1745         pr_indent(fp, indent);
1746         fprintf(fp, "bTop   = %spresent\n", sh->bTop ? "" : "not ");
1747         pr_indent(fp, indent);
1748         fprintf(fp, "bX     = %spresent\n", sh->bX ? "" : "not ");
1749         pr_indent(fp, indent);
1750         fprintf(fp, "bV     = %spresent\n", sh->bV ? "" : "not ");
1751         pr_indent(fp, indent);
1752         fprintf(fp, "bF     = %spresent\n", sh->bF ? "" : "not ");
1753
1754         pr_indent(fp, indent);
1755         fprintf(fp, "natoms = %d\n", sh->natoms);
1756         pr_indent(fp, indent);
1757         fprintf(fp, "lambda = %e\n", sh->lambda);
1758     }
1759 }
1760
1761 void pr_commrec(FILE *fp, int indent, t_commrec *cr)
1762 {
1763     pr_indent(fp, indent);
1764     fprintf(fp, "commrec:\n");
1765     indent += 2;
1766     pr_indent(fp, indent);
1767     fprintf(fp, "nodeid    = %d\n", cr->nodeid);
1768     pr_indent(fp, indent);
1769     fprintf(fp, "nnodes    = %d\n", cr->nnodes);
1770     pr_indent(fp, indent);
1771     fprintf(fp, "npmenodes = %d\n", cr->npmenodes);
1772     /*
1773        pr_indent(fp,indent);
1774        fprintf(fp,"threadid  = %d\n",cr->threadid);
1775        pr_indent(fp,indent);
1776        fprintf(fp,"nthreads  = %d\n",cr->nthreads);
1777      */
1778 }