src/gromacs/gmxlib/txtdump.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 /* This file is completely threadsafe - please keep it that way! */
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "names.h"
  47 #include "txtdump.h"
  48 #include "string2.h"
  49 #include "vec.h"
  50 #include "macros.h"
  51
  52
  53 int pr_indent(FILE *fp, int n)
  54 {
  55     int i;
  56
  57     for (i = 0; i < n; i++)
  58     {
  59         (void) fprintf(fp, " ");
  60     }
  61     return n;
  62 }
  63
  64 int available(FILE *fp, void *p, int indent, const char *title)
  65 {
  66     if (!p)
  67     {
  68         if (indent > 0)
  69         {
  70             pr_indent(fp, indent);
  71         }
  72         (void) fprintf(fp, "%s: not available\n", title);
  73     }
  74     return (p != NULL);
  75 }
  76
  77 int pr_title(FILE *fp, int indent, const char *title)
  78 {
  79     (void) pr_indent(fp, indent);
  80     (void) fprintf(fp, "%s:\n", title);
  81     return (indent+INDENT);
  82 }
  83
  84 int pr_title_n(FILE *fp, int indent, const char *title, int n)
  85 {
  86     (void) pr_indent(fp, indent);
  87     (void) fprintf(fp, "%s (%d):\n", title, n);
  88     return (indent+INDENT);
  89 }
  90
  91 int pr_title_nxn(FILE *fp, int indent, const char *title, int n1, int n2)
  92 {
  93     (void) pr_indent(fp, indent);
  94     (void) fprintf(fp, "%s (%dx%d):\n", title, n1, n2);
  95     return (indent+INDENT);
  96 }
  97
  98 void pr_ivec(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
  99 {
 100     int i;
 101
 102     if (available(fp, vec, indent, title))
 103     {
 104         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 105         for (i = 0; i < n; i++)
 106         {
 107             (void) pr_indent(fp, indent);
 108             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 109         }
 110     }
 111 }
 112
 113 void pr_ivec_block(FILE *fp, int indent, const char *title, int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 114 {
 115     int i, j;
 116
 117     if (available(fp, vec, indent, title))
 118     {
 119         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 120         i      = 0;
 121         while (i < n)
 122         {
 123             j = i+1;
 124             while (j < n && vec[j] == vec[j-1]+1)
 125             {
 126                 j++;
 127             }
 128             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
 129             if (j - i < 3)
 130             {
 131                 while (i < j)
 132                 {
 133                     (void) pr_indent(fp, indent);
 134                     (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n",
 135                                    title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 136                     i++;
 137                 }
 138             }
 139             else
 140             {
 141                 (void) pr_indent(fp, indent);
 142                 (void) fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n",
 143                                title,
 144                                bShowNumbers ? i : -1,
 145                                bShowNumbers ? j-1 : -1,
 146                                vec[i], vec[j-1]);
 147                 i = j;
 148             }
 149         }
 150     }
 151 }
 152
 153 void pr_bvec(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 154 {
 155     int i;
 156
 157     if (available(fp, vec, indent, title))
 158     {
 159         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 160         for (i = 0; i < n; i++)
 161         {
 162             (void) pr_indent(fp, indent);
 163             (void) fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
 164                            EBOOL(vec[i]));
 165         }
 166     }
 167 }
 168
 169 void pr_ivecs(FILE *fp, int indent, const char *title, ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 170 {
 171     int i, j;
 172
 173     if (available(fp, vec, indent, title))
 174     {
 175         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 176         for (i = 0; i < n; i++)
 177         {
 178             (void) pr_indent(fp, indent);
 179             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 180             for (j = 0; j < DIM; j++)
 181             {
 182                 if (j != 0)
 183                 {
 184                     (void) fprintf(fp, ", ");
 185                 }
 186                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 187             }
 188             (void) fprintf(fp, "}\n");
 189         }
 190     }
 191 }
 192
 193 void pr_rvec(FILE *fp, int indent, const char *title, real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 194 {
 195     int i;
 196
 197     if (available(fp, vec, indent, title))
 198     {
 199         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 200         for (i = 0; i < n; i++)
 201         {
 202             pr_indent(fp, indent);
 203             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 204         }
 205     }
 206 }
 207
 208 void pr_dvec(FILE *fp, int indent, const char *title, double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 209 {
 210     int i;
 211
 212     if (available(fp, vec, indent, title))
 213     {
 214         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 215         for (i = 0; i < n; i++)
 216         {
 217             pr_indent(fp, indent);
 218             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 219         }
 220     }
 221 }
 222
 223
 224 /*
 225    void pr_mat(FILE *fp,int indent,char *title,matrix m)
 226    {
 227    int i,j;
 228
 229    if (available(fp,m,indent,title)) {
 230     indent=pr_title_n(fp,indent,title,n);
 231     for(i=0; i<n; i++) {
 232       pr_indent(fp,indent);
 233       fprintf(fp,"%s[%d]=%12.5e %12.5e %12.5e\n",
 234           title,bShowNumbers?i:-1,m[i][XX],m[i][YY],m[i][ZZ]);
 235     }
 236    }
 237    }
 238  */
 239
 240 void pr_rvecs_len(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 241 {
 242     int i, j;
 243
 244     if (available(fp, vec, indent, title))
 245     {
 246         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 247         for (i = 0; i < n; i++)
 248         {
 249             (void) pr_indent(fp, indent);
 250             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 251             for (j = 0; j < DIM; j++)
 252             {
 253                 if (j != 0)
 254                 {
 255                     (void) fprintf(fp, ", ");
 256                 }
 257                 (void) fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 258             }
 259             (void) fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 260         }
 261     }
 262 }
 263
 264 void pr_rvecs(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec vec[], int n)
 265 {
 266     const char *fshort = "%12.5e";
 267     const char *flong  = "%15.8e";
 268     const char *format;
 269     int         i, j;
 270
 271     if (getenv("LONGFORMAT") != NULL)
 272     {
 273         format = flong;
 274     }
 275     else
 276     {
 277         format = fshort;
 278     }
 279
 280     if (available(fp, vec, indent, title))
 281     {
 282         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 283         for (i = 0; i < n; i++)
 284         {
 285             (void) pr_indent(fp, indent);
 286             (void) fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 287             for (j = 0; j < DIM; j++)
 288             {
 289                 if (j != 0)
 290                 {
 291                     (void) fprintf(fp, ", ");
 292                 }
 293                 (void) fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 294             }
 295             (void) fprintf(fp, "}\n");
 296         }
 297     }
 298 }
 299
 300
 301 void pr_reals(FILE *fp, int indent, const char *title, real *vec, int n)
 302 {
 303     int i;
 304
 305     if (available(fp, vec, indent, title))
 306     {
 307         (void) pr_indent(fp, indent);
 308         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 309         for (i = 0; i < n; i++)
 310         {
 311             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 312         }
 313         (void) fprintf(fp, "\n");
 314     }
 315 }
 316
 317 void pr_doubles(FILE *fp, int indent, const char *title, double *vec, int n)
 318 {
 319     int i;
 320
 321     if (available(fp, vec, indent, title))
 322     {
 323         (void) pr_indent(fp, indent);
 324         (void) fprintf(fp, "%s:\t", title);
 325         for (i = 0; i < n; i++)
 326         {
 327             fprintf(fp, "  %10g", vec[i]);
 328         }
 329         (void) fprintf(fp, "\n");
 330     }
 331 }
 332
 333 static void pr_int(FILE *fp, int indent, const char *title, int i)
 334 {
 335     pr_indent(fp, indent);
 336     fprintf(fp, "%-20s = %d\n", title, i);
 337 }
 338
 339 static void pr_gmx_large_int(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_large_int_t i)
 340 {
 341     char buf[STEPSTRSIZE];
 342
 343     pr_indent(fp, indent);
 344     fprintf(fp, "%-20s = %s\n", title, gmx_step_str(i, buf));
 345 }
 346
 347 static void pr_real(FILE *fp, int indent, const char *title, real r)
 348 {
 349     pr_indent(fp, indent);
 350     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, r);
 351 }
 352
 353 static void pr_double(FILE *fp, int indent, const char *title, double d)
 354 {
 355     pr_indent(fp, indent);
 356     fprintf(fp, "%-20s = %g\n", title, d);
 357 }
 358
 359 static void pr_str(FILE *fp, int indent, const char *title, const char *s)
 360 {
 361     pr_indent(fp, indent);
 362     fprintf(fp, "%-20s = %s\n", title, s);
 363 }
 364
 365 void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, t_grpopts *opts)
 366 {
 367     int i, m, j;
 368
 369     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 370
 371     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 372     if (opts->ngQM > 0)
 373     {
 374         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 375         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 376         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 377         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 378         pr_bvec(fp, indent, "bSH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 379         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 380         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 381         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 382         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 383         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 384         pr_bvec(fp, indent, "bOPT", opts->bOPT, opts->ngQM, FALSE);
 385         pr_bvec(fp, indent, "bTS", opts->bTS, opts->ngQM, FALSE);
 386     }
 387 }
 388
 389 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, t_grpopts *opts,
 390                         gmx_bool bMDPformat)
 391 {
 392     int i, m, j;
 393
 394     if (!bMDPformat)
 395     {
 396         fprintf(out, "%s:\n", title);
 397     }
 398
 399     pr_indent(out, indent);
 400     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 401     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 402     {
 403         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 404     }
 405     fprintf(out, "\n");
 406
 407     pr_indent(out, indent);
 408     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 409     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 410     {
 411         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 412     }
 413     fprintf(out, "\n");
 414
 415     pr_indent(out, indent);
 416     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 417     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 418     {
 419         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 420     }
 421     fprintf(out, "\n");
 422
 423     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 424     fprintf(out, "anneal%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 425     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 426     {
 427         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 428     }
 429     fprintf(out, "\n");
 430
 431     fprintf(out, "ann-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 432     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 433     {
 434         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 435     }
 436     fprintf(out, "\n");
 437
 438     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 439     {
 440         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 441         {
 442             fprintf(out, "ann. times [%d]:\t", i);
 443             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 444             {
 445                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 446             }
 447             fprintf(out, "\n");
 448             fprintf(out, "ann. temps [%d]:\t", i);
 449             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 450             {
 451                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 452             }
 453             fprintf(out, "\n");
 454         }
 455     }
 456
 457     pr_indent(out, indent);
 458     fprintf(out, "acc:\t");
 459     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 460     {
 461         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 462         {
 463             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 464         }
 465     }
 466     fprintf(out, "\n");
 467
 468     pr_indent(out, indent);
 469     fprintf(out, "nfreeze:");
 470     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 471     {
 472         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 473         {
 474             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 475         }
 476     }
 477     fprintf(out, "\n");
 478
 479
 480     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 481     {
 482         pr_indent(out, indent);
 483         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 484         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 485         {
 486             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 487         }
 488         fprintf(out, "\n");
 489     }
 490
 491     fflush(out);
 492 }
 493
 494 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, rvec *m,
 495                       gmx_bool bMDPformat)
 496 {
 497     if (bMDPformat)
 498     {
 499         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 500                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 501     }
 502     else
 503     {
 504         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 505     }
 506 }
 507
 508 static void pr_cosine(FILE *fp, int indent, const char *title, t_cosines *cos,
 509                       gmx_bool bMDPformat)
 510 {
 511     int j;
 512
 513     if (bMDPformat)
 514     {
 515         fprintf(fp, "%s = %d\n", title, cos->n);
 516     }
 517     else
 518     {
 519         indent = pr_title(fp, indent, title);
 520         (void) pr_indent(fp, indent);
 521         fprintf(fp, "n = %d\n", cos->n);
 522         if (cos->n > 0)
 523         {
 524             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 525             fprintf(fp, "a =");
 526             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 527             {
 528                 fprintf(fp, " %e", cos->a[j]);
 529             }
 530             fprintf(fp, "\n");
 531             (void) pr_indent(fp, indent+2);
 532             fprintf(fp, "phi =");
 533             for (j = 0; (j < cos->n); j++)
 534             {
 535                 fprintf(fp, " %e", cos->phi[j]);
 536             }
 537             fprintf(fp, "\n");
 538         }
 539     }
 540 }
 541
 542 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 543 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 544 #define PSTEP(t, s) pr_gmx_large_int(fp, indent, t, s)
 545 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 546 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 547
 548 static void pr_pullgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_pullgrp *pg)
 549 {
 550     pr_indent(fp, indent);
 551     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 552     indent += 2;
 553     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pg->ind, pg->nat, TRUE);
 554     pr_rvec(fp, indent, "weight", pg->weight, pg->nweight, TRUE);
 555     PI("pbcatom", pg->pbcatom);
 556     pr_rvec(fp, indent, "vec", pg->vec, DIM, TRUE);
 557     pr_rvec(fp, indent, "init", pg->init, DIM, TRUE);
 558     PR("rate", pg->rate);
 559     PR("k", pg->k);
 560     PR("kB", pg->kB);
 561 }
 562
 563 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 564 {
 565     PR("simtemp_low", simtemp->simtemp_low);
 566     PR("simtemp_high", simtemp->simtemp_high);
 567     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 568     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 569 }
 570
 571 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, t_expanded *expand, int n_lambda)
 572 {
 573
 574     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 575     PS("lambda-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 576     PS("lambda-mc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 577     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 578     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 579     PI("lmc-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 580     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 581     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 582     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 583     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 584     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 585     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 586     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 587     PS("bWLoneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 588     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 589     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 590     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 591     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 592     {
 593         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 594     }
 595     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 596     {
 597         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 598     }
 599     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 600     {
 601         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 602     }
 603     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 604     {
 605         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 606     }
 607     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 608     {
 609         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 610     }
 611
 612     pr_indent(fp, indent);
 613     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 614     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 615 }
 616
 617 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 618 {
 619     int i, j;
 620
 621     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 622     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 623     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 624     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 625     if (!bMDPformat)
 626     {
 627         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 628     }
 629     if (fep->n_lambda > 0)
 630     {
 631         pr_indent(fp, indent);
 632         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 633         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 634         {
 635             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 636             if (fep->separate_dvdl[i])
 637             {
 638                 fprintf(fp, "  TRUE");
 639             }
 640             else
 641             {
 642                 fprintf(fp, "  FALSE");
 643             }
 644             fprintf(fp, "\n");
 645         }
 646         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 647         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 648         {
 649             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 650             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 651             {
 652                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 653             }
 654             fprintf(fp, "\n");
 655         }
 656     }
 657     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 658
 659     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 660     PS("bScCoul", EBOOL(fep->bScCoul));
 661     PS("bScPrintEnergy", EBOOL(fep->bPrintEnergy));
 662     PI("sc-power", fep->sc_power);
 663     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 664     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 665     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 666     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 667     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 668     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 669     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 670 };
 671
 672 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, t_pull *pull)
 673 {
 674     int g;
 675
 676     PS("pull-geometry", EPULLGEOM(pull->eGeom));
 677     pr_ivec(fp, indent, "pull-dim", pull->dim, DIM, TRUE);
 678     PR("pull-r1", pull->cyl_r1);
 679     PR("pull-r0", pull->cyl_r0);
 680     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 681     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 682     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 683     PI("pull-ngrp", pull->ngrp);
 684     for (g = 0; g < pull->ngrp+1; g++)
 685     {
 686         pr_pullgrp(fp, indent, g, &pull->grp[g]);
 687     }
 688 }
 689
 690 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, t_rotgrp *rotg)
 691 {
 692     pr_indent(fp, indent);
 693     fprintf(fp, "rotation_group %d:\n", g);
 694     indent += 2;
 695     PS("type", EROTGEOM(rotg->eType));
 696     PS("massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 697     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 698     pr_rvecs(fp, indent, "x_ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 699     pr_rvec(fp, indent, "vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 700     pr_rvec(fp, indent, "pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 701     PR("rate", rotg->rate);
 702     PR("k", rotg->k);
 703     PR("slab_dist", rotg->slab_dist);
 704     PR("min_gaussian", rotg->min_gaussian);
 705     PR("epsilon", rotg->eps);
 706     PS("fit_method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 707     PI("potfitangle_nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 708     PR("potfitangle_step", rotg->PotAngle_step);
 709 }
 710
 711 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, t_rot *rot)
 712 {
 713     int g;
 714
 715     PI("rot_nstrout", rot->nstrout);
 716     PI("rot_nstsout", rot->nstsout);
 717     PI("rot_ngrp", rot->ngrp);
 718     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 719     {
 720         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 721     }
 722 }
 723
 724 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, t_inputrec *ir,
 725                  gmx_bool bMDPformat)
 726 {
 727     const char *infbuf = "inf";
 728     int         i;
 729
 730     if (available(fp, ir, indent, title))
 731     {
 732         if (!bMDPformat)
 733         {
 734             indent = pr_title(fp, indent, title);
 735         }
 736         PS("integrator", EI(ir->eI));
 737         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 738         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 739         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 740         PS("ns_type", ENS(ir->ns_type));
 741         PI("nstlist", ir->nstlist);
 742         PI("ndelta", ir->ndelta);
 743         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 744         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 745         PI("nstlog", ir->nstlog);
 746         PI("nstxout", ir->nstxout);
 747         PI("nstvout", ir->nstvout);
 748         PI("nstfout", ir->nstfout);
 749         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 750         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 751         PI("nstxtcout", ir->nstxtcout);
 752         PR("init-t", ir->init_t);
 753         PR("delta-t", ir->delta_t);
 754
 755         PR("xtcprec", ir->xtcprec);
 756         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 757         PI("nkx", ir->nkx);
 758         PI("nky", ir->nky);
 759         PI("nkz", ir->nkz);
 760         PI("pme-order", ir->pme_order);
 761         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 762         PR("ewald-rtol-lj", ir->ewald_rtol_lj);
 763         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 764         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 765         PS("optimize-fft", EBOOL(ir->bOptFFT));
 766         PS("lj-pme-comb-rule", ELJPMECOMBNAMES(ir->ljpme_combination_rule));
 767         PS("ePBC", EPBC(ir->ePBC));
 768         PS("bPeriodicMols", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 769         PS("bContinuation", EBOOL(ir->bContinuation));
 770         PS("bShakeSOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
 771         PS("etc", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 772         PS("bPrintNHChains", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 773         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 774         PS("epc", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 775         PS("epctype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 776         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 777         PR("tau-p", ir->tau_p);
 778         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 779         pr_matrix(fp, indent, "compress", ir->compress, bMDPformat);
 780         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 781         if (bMDPformat)
 782         {
 783             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 784                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 785         }
 786         else
 787         {
 788             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
 789         }
 790         if (bMDPformat)
 791         {
 792             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 793                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 794         }
 795         else
 796         {
 797             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
 798         }
 799         PR("verlet-buffer-tolerance", ir->verletbuf_tol);
 800         PR("rlist", ir->rlist);
 801         PR("rlistlong", ir->rlistlong);
 802         PR("nstcalclr", ir->nstcalclr);
 803         PR("rtpi", ir->rtpi);
 804         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 805         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 806         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 807         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 808         PS("vdwtype", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 809         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 810         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 811         PR("rvdw", ir->rvdw);
 812         if (ir->epsilon_r != 0)
 813         {
 814             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 815         }
 816         else
 817         {
 818             PS("epsilon-r", infbuf);
 819         }
 820         if (ir->epsilon_rf != 0)
 821         {
 822             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 823         }
 824         else
 825         {
 826             PS("epsilon-rf", infbuf);
 827         }
 828         PR("tabext", ir->tabext);
 829         PS("implicit-solvent", EIMPLICITSOL(ir->implicit_solvent));
 830         PS("gb-algorithm", EGBALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 831         PR("gb-epsilon-solvent", ir->gb_epsilon_solvent);
 832         PI("nstgbradii", ir->nstgbradii);
 833         PR("rgbradii", ir->rgbradii);
 834         PR("gb-saltconc", ir->gb_saltconc);
 835         PR("gb-obc-alpha", ir->gb_obc_alpha);
 836         PR("gb-obc-beta", ir->gb_obc_beta);
 837         PR("gb-obc-gamma", ir->gb_obc_gamma);
 838         PR("gb-dielectric-offset", ir->gb_dielectric_offset);
 839         PS("sa-algorithm", ESAALGORITHM(ir->gb_algorithm));
 840         PR("sa-surface-tension", ir->sa_surface_tension);
 841         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 842         PS("bSimTemp", EBOOL(ir->bSimTemp));
 843         if (ir->bSimTemp)
 844         {
 845             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
 846         }
 847         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
 848         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
 849         {
 850             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
 851         }
 852         if (ir->bExpanded)
 853         {
 854             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
 855         }
 856
 857         PI("nwall", ir->nwall);
 858         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
 859         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
 860         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
 861         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
 862         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
 863         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
 864
 865         PS("pull", EPULLTYPE(ir->ePull));
 866         if (ir->ePull != epullNO)
 867         {
 868             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
 869         }
 870
 871         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
 872         if (ir->bRot)
 873         {
 874             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
 875         }
 876
 877         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
 878         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
 879         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
 880         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
 881         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
 882         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
 883         PR("orires-fc", ir->orires_fc);
 884         PR("orires-tau", ir->orires_tau);
 885         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
 886
 887         PR("dihre-fc", ir->dihre_fc);
 888
 889         PR("em-stepsize", ir->em_stepsize);
 890         PR("em-tol", ir->em_tol);
 891         PI("niter", ir->niter);
 892         PR("fc-stepsize", ir->fc_stepsize);
 893         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
 894         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
 895
 896         PS("ConstAlg", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
 897         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
 898         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
 899         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
 900         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
 901         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
 902         PI("ld-seed", ir->ld_seed);
 903         PR("cos-accel", ir->cos_accel);
 904         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
 905
 906         PS("adress", EBOOL(ir->bAdress));
 907         if (ir->bAdress)
 908         {
 909             PS("adress_type", EADRESSTYPE(ir->adress->type));
 910             PR("adress_const_wf", ir->adress->const_wf);
 911             PR("adress_ex_width", ir->adress->ex_width);
 912             PR("adress_hy_width", ir->adress->hy_width);
 913             PS("adress_interface_correction", EADRESSICTYPE(ir->adress->icor));
 914             PS("adress_site", EADRESSSITETYPE(ir->adress->site));
 915             PR("adress_ex_force_cap", ir->adress->ex_forcecap);
 916             PS("adress_do_hybridpairs", EBOOL(ir->adress->do_hybridpairs));
 917
 918             pr_rvec(fp, indent, "adress_reference_coords", ir->adress->refs, DIM, TRUE);
 919         }
 920         PI("userint1", ir->userint1);
 921         PI("userint2", ir->userint2);
 922         PI("userint3", ir->userint3);
 923         PI("userint4", ir->userint4);
 924         PR("userreal1", ir->userreal1);
 925         PR("userreal2", ir->userreal2);
 926         PR("userreal3", ir->userreal3);
 927         PR("userreal4", ir->userreal4);
 928         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
 929         pr_cosine(fp, indent, "efield-x", &(ir->ex[XX]), bMDPformat);
 930         pr_cosine(fp, indent, "efield-xt", &(ir->et[XX]), bMDPformat);
 931         pr_cosine(fp, indent, "efield-y", &(ir->ex[YY]), bMDPformat);
 932         pr_cosine(fp, indent, "efield-yt", &(ir->et[YY]), bMDPformat);
 933         pr_cosine(fp, indent, "efield-z", &(ir->ex[ZZ]), bMDPformat);
 934         pr_cosine(fp, indent, "efield-zt", &(ir->et[ZZ]), bMDPformat);
 935         PS("bQMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
 936         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
 937         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
 938         PR("scalefactor", ir->scalefactor);
 939         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
 940     }
 941 }
 942 #undef PS
 943 #undef PR
 944 #undef PI
 945
 946 static void pr_harm(FILE *fp, t_iparams *iparams, const char *r, const char *kr)
 947 {
 948     fprintf(fp, "%sA=%12.5e, %sA=%12.5e, %sB=%12.5e, %sB=%12.5e\n",
 949             r, iparams->harmonic.rA, kr, iparams->harmonic.krA,
 950             r, iparams->harmonic.rB, kr, iparams->harmonic.krB);
 951 }
 952
 953 void pr_iparams(FILE *fp, t_functype ftype, t_iparams *iparams)
 954 {
 955     int  i;
 956     real VA[4], VB[4], *rbcA, *rbcB;
 957
 958     switch (ftype)
 959     {
 960         case F_ANGLES:
 961         case F_G96ANGLES:
 962             pr_harm(fp, iparams, "th", "ct");
 963             break;
 964         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 965             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r2e=%15.8e, krr=%15.8e\n",
 966                     iparams->cross_bb.r1e, iparams->cross_bb.r2e,
 967                     iparams->cross_bb.krr);
 968             break;
 969         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 970             fprintf(fp, "r1e=%15.8e, r1e=%15.8e, r3e=%15.8e, krt=%15.8e\n",
 971                     iparams->cross_ba.r1e, iparams->cross_ba.r2e,
 972                     iparams->cross_ba.r3e, iparams->cross_ba.krt);
 973             break;
 974         case F_LINEAR_ANGLES:
 975             fprintf(fp, "klinA=%15.8e, aA=%15.8e, klinB=%15.8e, aB=%15.8e\n",
 976                     iparams->linangle.klinA, iparams->linangle.aA,
 977                     iparams->linangle.klinB, iparams->linangle.aB);
 978             break;
 979         case F_UREY_BRADLEY:
 980             fprintf(fp, "thetaA=%15.8e, kthetaA=%15.8e, r13A=%15.8e, kUBA=%15.8e, thetaB=%15.8e, kthetaB=%15.8e, r13B=%15.8e, kUBB=%15.8e\n", iparams->u_b.thetaA, iparams->u_b.kthetaA, iparams->u_b.r13A, iparams->u_b.kUBA, iparams->u_b.thetaB, iparams->u_b.kthetaB, iparams->u_b.r13B, iparams->u_b.kUBB);
 981             break;
 982         case F_QUARTIC_ANGLES:
 983             fprintf(fp, "theta=%15.8e", iparams->qangle.theta);
 984             for (i = 0; i < 5; i++)
 985             {
 986                 fprintf(fp, ", c%c=%15.8e", '0'+i, iparams->qangle.c[i]);
 987             }
 988             fprintf(fp, "\n");
 989             break;
 990         case F_BHAM:
 991             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
 992                     iparams->bham.a, iparams->bham.b, iparams->bham.c);
 993             break;
 994         case F_BONDS:
 995         case F_G96BONDS:
 996         case F_HARMONIC:
 997             pr_harm(fp, iparams, "b0", "cb");
 998             break;
 999         case F_IDIHS:
1000             pr_harm(fp, iparams, "xi", "cx");
1001             break;
1002         case F_MORSE:
1003             fprintf(fp, "b0A=%15.8e, cbA=%15.8e, betaA=%15.8e, b0B=%15.8e, cbB=%15.8e, betaB=%15.8e\n",
1004                     iparams->morse.b0A, iparams->morse.cbA, iparams->morse.betaA,
1005                     iparams->morse.b0B, iparams->morse.cbB, iparams->morse.betaB);
1006             break;
1007         case F_CUBICBONDS:
1008             fprintf(fp, "b0=%15.8e, kb=%15.8e, kcub=%15.8e\n",
1009                     iparams->cubic.b0, iparams->cubic.kb, iparams->cubic.kcub);
1010             break;
1011         case F_CONNBONDS:
1012             fprintf(fp, "\n");
1013             break;
1014         case F_FENEBONDS:
1015             fprintf(fp, "bm=%15.8e, kb=%15.8e\n", iparams->fene.bm, iparams->fene.kb);
1016             break;
1017         case F_RESTRBONDS:
1018             fprintf(fp, "lowA=%15.8e, up1A=%15.8e, up2A=%15.8e, kA=%15.8e, lowB=%15.8e, up1B=%15.8e, up2B=%15.8e, kB=%15.8e,\n",
1019                     iparams->restraint.lowA, iparams->restraint.up1A,
1020                     iparams->restraint.up2A, iparams->restraint.kA,
1021                     iparams->restraint.lowB, iparams->restraint.up1B,
1022                     iparams->restraint.up2B, iparams->restraint.kB);
1023             break;
1024         case F_TABBONDS:
1025         case F_TABBONDSNC:
1026         case F_TABANGLES:
1027         case F_TABDIHS:
1028             fprintf(fp, "tab=%d, kA=%15.8e, kB=%15.8e\n",
1029                     iparams->tab.table, iparams->tab.kA, iparams->tab.kB);
1030             break;
1031         case F_POLARIZATION:
1032             fprintf(fp, "alpha=%15.8e\n", iparams->polarize.alpha);
1033             break;
1034         case F_ANHARM_POL:
1035             fprintf(fp, "alpha=%15.8e drcut=%15.8e khyp=%15.8e\n",
1036                     iparams->anharm_polarize.alpha,
1037                     iparams->anharm_polarize.drcut,
1038                     iparams->anharm_polarize.khyp);
1039             break;
1040         case F_THOLE_POL:
1041             fprintf(fp, "a=%15.8e, alpha1=%15.8e, alpha2=%15.8e, rfac=%15.8e\n",
1042                     iparams->thole.a, iparams->thole.alpha1, iparams->thole.alpha2,
1043                     iparams->thole.rfac);
1044             break;
1045         case F_WATER_POL:
1046             fprintf(fp, "al_x=%15.8e, al_y=%15.8e, al_z=%15.8e, rOH=%9.6f, rHH=%9.6f, rOD=%9.6f\n",
1047                     iparams->wpol.al_x, iparams->wpol.al_y, iparams->wpol.al_z,
1048                     iparams->wpol.rOH, iparams->wpol.rHH, iparams->wpol.rOD);
1049             break;
1050         case F_LJ:
1051             fprintf(fp, "c6=%15.8e, c12=%15.8e\n", iparams->lj.c6, iparams->lj.c12);
1052             break;
1053         case F_LJ14:
1054             fprintf(fp, "c6A=%15.8e, c12A=%15.8e, c6B=%15.8e, c12B=%15.8e\n",
1055                     iparams->lj14.c6A, iparams->lj14.c12A,
1056                     iparams->lj14.c6B, iparams->lj14.c12B);
1057             break;
1058         case F_LJC14_Q:
1059             fprintf(fp, "fqq=%15.8e, qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1060                     iparams->ljc14.fqq,
1061                     iparams->ljc14.qi, iparams->ljc14.qj,
1062                     iparams->ljc14.c6, iparams->ljc14.c12);
1063             break;
1064         case F_LJC_PAIRS_NB:
1065             fprintf(fp, "qi=%15.8e, qj=%15.8e, c6=%15.8e, c12=%15.8e\n",
1066                     iparams->ljcnb.qi, iparams->ljcnb.qj,
1067                     iparams->ljcnb.c6, iparams->ljcnb.c12);
1068             break;
1069         case F_PDIHS:
1070         case F_PIDIHS:
1071         case F_ANGRES:
1072         case F_ANGRESZ:
1073             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, cpA=%15.8e, phiB=%15.8e, cpB=%15.8e, mult=%d\n",
1074                     iparams->pdihs.phiA, iparams->pdihs.cpA,
1075                     iparams->pdihs.phiB, iparams->pdihs.cpB,
1076                     iparams->pdihs.mult);
1077             break;
1078         case F_DISRES:
1079             fprintf(fp, "label=%4d, type=%1d, low=%15.8e, up1=%15.8e, up2=%15.8e, fac=%15.8e)\n",
1080                     iparams->disres.label, iparams->disres.type,
1081                     iparams->disres.low, iparams->disres.up1,
1082                     iparams->disres.up2, iparams->disres.kfac);
1083             break;
1084         case F_ORIRES:
1085             fprintf(fp, "ex=%4d, label=%d, power=%4d, c=%15.8e, obs=%15.8e, kfac=%15.8e)\n",
1086                     iparams->orires.ex, iparams->orires.label, iparams->orires.power,
1087                     iparams->orires.c, iparams->orires.obs, iparams->orires.kfac);
1088             break;
1089         case F_DIHRES:
1090             fprintf(fp, "phiA=%15.8e, dphiA=%15.8e, kfacA=%15.8e, phiB=%15.8e, dphiB=%15.8e, kfacB=%15.8e\n",
1091                     iparams->dihres.phiA, iparams->dihres.dphiA, iparams->dihres.kfacA,
1092                     iparams->dihres.phiB, iparams->dihres.dphiB, iparams->dihres.kfacB);
1093             break;
1094         case F_POSRES:
1095             fprintf(fp, "pos0A=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcA=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), pos0B=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), fcB=(%15.8e,%15.8e,%15.8e)\n",
1096                     iparams->posres.pos0A[XX], iparams->posres.pos0A[YY],
1097                     iparams->posres.pos0A[ZZ], iparams->posres.fcA[XX],
1098                     iparams->posres.fcA[YY], iparams->posres.fcA[ZZ],
1099                     iparams->posres.pos0B[XX], iparams->posres.pos0B[YY],
1100                     iparams->posres.pos0B[ZZ], iparams->posres.fcB[XX],
1101                     iparams->posres.fcB[YY], iparams->posres.fcB[ZZ]);
1102             break;
1103         case F_FBPOSRES:
1104             fprintf(fp, "pos0=(%15.8e,%15.8e,%15.8e), geometry=%d, r=%15.8e, k=%15.8e\n",
1105                     iparams->fbposres.pos0[XX], iparams->fbposres.pos0[YY],
1106                     iparams->fbposres.pos0[ZZ], iparams->fbposres.geom,
1107                     iparams->fbposres.r,        iparams->fbposres.k);
1108             break;
1109         case F_RBDIHS:
1110             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1111             {
1112                 fprintf(fp, "%srbcA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcA[i]);
1113             }
1114             fprintf(fp, "\n");
1115             for (i = 0; i < NR_RBDIHS; i++)
1116             {
1117                 fprintf(fp, "%srbcB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, iparams->rbdihs.rbcB[i]);
1118             }
1119             fprintf(fp, "\n");
1120             break;
1121         case F_FOURDIHS:
1122             /* Use the OPLS -> Ryckaert-Bellemans formula backwards to get the
1123              * OPLS potential constants back.
1124              */
1125             rbcA = iparams->rbdihs.rbcA;
1126             rbcB = iparams->rbdihs.rbcB;
1127
1128             VA[3] = -0.25*rbcA[4];
1129             VA[2] = -0.5*rbcA[3];
1130             VA[1] = 4.0*VA[3]-rbcA[2];
1131             VA[0] = 3.0*VA[2]-2.0*rbcA[1];
1132
1133             VB[3] = -0.25*rbcB[4];
1134             VB[2] = -0.5*rbcB[3];
1135             VB[1] = 4.0*VB[3]-rbcB[2];
1136             VB[0] = 3.0*VB[2]-2.0*rbcB[1];
1137
1138             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1139             {
1140                 fprintf(fp, "%sFourA[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VA[i]);
1141             }
1142             fprintf(fp, "\n");
1143             for (i = 0; i < NR_FOURDIHS; i++)
1144             {
1145                 fprintf(fp, "%sFourB[%d]=%15.8e", i == 0 ? "" : ", ", i, VB[i]);
1146             }
1147             fprintf(fp, "\n");
1148             break;
1149
1150         case F_CONSTR:
1151         case F_CONSTRNC:
1152             fprintf(fp, "dA=%15.8e, dB=%15.8e\n", iparams->constr.dA, iparams->constr.dB);
1153             break;
1154         case F_SETTLE:
1155             fprintf(fp, "doh=%15.8e, dhh=%15.8e\n", iparams->settle.doh,
1156                     iparams->settle.dhh);
1157             break;
1158         case F_VSITE2:
1159             fprintf(fp, "a=%15.8e\n", iparams->vsite.a);
1160             break;
1161         case F_VSITE3:
1162         case F_VSITE3FD:
1163         case F_VSITE3FAD:
1164             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e\n", iparams->vsite.a, iparams->vsite.b);
1165             break;
1166         case F_VSITE3OUT:
1167         case F_VSITE4FD:
1168         case F_VSITE4FDN:
1169             fprintf(fp, "a=%15.8e, b=%15.8e, c=%15.8e\n",
1170                     iparams->vsite.a, iparams->vsite.b, iparams->vsite.c);
1171             break;
1172         case F_VSITEN:
1173             fprintf(fp, "n=%2d, a=%15.8e\n", iparams->vsiten.n, iparams->vsiten.a);
1174             break;
1175         case F_GB12:
1176         case F_GB13:
1177         case F_GB14:
1178             fprintf(fp, "sar=%15.8e, st=%15.8e, pi=%15.8e, gbr=%15.8e, bmlt=%15.8e\n", iparams->gb.sar, iparams->gb.st, iparams->gb.pi, iparams->gb.gbr, iparams->gb.bmlt);
1179             break;
1180         case F_CMAP:
1181             fprintf(fp, "cmapA=%1d, cmapB=%1d\n", iparams->cmap.cmapA, iparams->cmap.cmapB);
1182             break;
1183         default:
1184             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1185                       ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
1186     }
1187 }
1188
1189 void pr_ilist(FILE *fp, int indent, const char *title,
1190               t_functype *functype, t_ilist *ilist, gmx_bool bShowNumbers)
1191 {
1192     int      i, j, k, type, ftype;
1193     t_iatom *iatoms;
1194
1195     if (available(fp, ilist, indent, title) && ilist->nr > 0)
1196     {
1197         indent = pr_title(fp, indent, title);
1198         (void) pr_indent(fp, indent);
1199         fprintf(fp, "nr: %d\n", ilist->nr);
1200         if (ilist->nr > 0)
1201         {
1202             (void) pr_indent(fp, indent);
1203             fprintf(fp, "iatoms:\n");
1204             iatoms = ilist->iatoms;
1205             for (i = j = 0; i < ilist->nr; )
1206             {
1207 #ifndef DEBUG
1208                 (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1209                 type  = *(iatoms++);
1210                 ftype = functype[type];
1211                 (void) fprintf(fp, "%d type=%d (%s)",
1212                                bShowNumbers ? j : -1, bShowNumbers ? type : -1,
1213                                interaction_function[ftype].name);
1214                 j++;
1215                 for (k = 0; k < interaction_function[ftype].nratoms; k++)
1216                 {
1217                     (void) fprintf(fp, " %u", *(iatoms++));
1218                 }
1219                 (void) fprintf(fp, "\n");
1220                 i += 1+interaction_function[ftype].nratoms;
1221 #else
1222                 fprintf(fp, "%5d%5d\n", i, iatoms[i]);
1223                 i++;
1224 #endif
1225             }
1226         }
1227     }
1228 }
1229
1230 static void pr_cmap(FILE *fp, int indent, const char *title,
1231                     gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bShowNumbers)
1232 {
1233     int  i, j, nelem;
1234     real dx, idx;
1235
1236     dx    = 360.0 / cmap_grid->grid_spacing;
1237     nelem = cmap_grid->grid_spacing*cmap_grid->grid_spacing;
1238
1239     if (available(fp, cmap_grid, indent, title))
1240     {
1241         fprintf(fp, "%s\n", title);
1242
1243         for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
1244         {
1245             idx = -180.0;
1246             fprintf(fp, "%8s %8s %8s %8s\n", "V", "dVdx", "dVdy", "d2dV");
1247
1248             fprintf(fp, "grid[%3d]={\n", bShowNumbers ? i : -1);
1249
1250             for (j = 0; j < nelem; j++)
1251             {
1252                 if ( (j%cmap_grid->grid_spacing) == 0)
1253                 {
1254                     fprintf(fp, "%8.1f\n", idx);
1255                     idx += dx;
1256                 }
1257
1258                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1259                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1260                 fprintf(fp, "%8.3f ", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1261                 fprintf(fp, "%8.3f\n", cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1262             }
1263             fprintf(fp, "\n");
1264         }
1265     }
1266
1267 }
1268
1269 void pr_ffparams(FILE *fp, int indent, const char *title,
1270                  gmx_ffparams_t *ffparams,
1271                  gmx_bool bShowNumbers)
1272 {
1273     int i, j;
1274
1275     indent = pr_title(fp, indent, title);
1276     (void) pr_indent(fp, indent);
1277     (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", ffparams->atnr);
1278     (void) pr_indent(fp, indent);
1279     (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", ffparams->ntypes);
1280     for (i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
1281     {
1282         (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1283         (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1284                        bShowNumbers ? i : -1,
1285                        interaction_function[ffparams->functype[i]].name);
1286         pr_iparams(fp, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
1287     }
1288     (void) pr_double(fp, indent, "reppow", ffparams->reppow);
1289     (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", ffparams->fudgeQQ);
1290     pr_cmap(fp, indent, "cmap", &ffparams->cmap_grid, bShowNumbers);
1291 }
1292
1293 void pr_idef(FILE *fp, int indent, const char *title, t_idef *idef, gmx_bool bShowNumbers)
1294 {
1295     int i, j;
1296
1297     if (available(fp, idef, indent, title))
1298     {
1299         indent = pr_title(fp, indent, title);
1300         (void) pr_indent(fp, indent);
1301         (void) fprintf(fp, "atnr=%d\n", idef->atnr);
1302         (void) pr_indent(fp, indent);
1303         (void) fprintf(fp, "ntypes=%d\n", idef->ntypes);
1304         for (i = 0; i < idef->ntypes; i++)
1305         {
1306             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1307             (void) fprintf(fp, "functype[%d]=%s, ",
1308                            bShowNumbers ? i : -1,
1309                            interaction_function[idef->functype[i]].name);
1310             pr_iparams(fp, idef->functype[i], &idef->iparams[i]);
1311         }
1312         (void) pr_real(fp, indent, "fudgeQQ", idef->fudgeQQ);
1313
1314         for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1315         {
1316             pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1317                      idef->functype, &idef->il[j], bShowNumbers);
1318         }
1319     }
1320 }
1321
1322 static int pr_block_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block)
1323 {
1324     int i;
1325
1326     if (available(fp, block, indent, title))
1327     {
1328         indent = pr_title(fp, indent, title);
1329         (void) pr_indent(fp, indent);
1330         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1331     }
1332     return indent;
1333 }
1334
1335 static int pr_blocka_title(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block)
1336 {
1337     int i;
1338
1339     if (available(fp, block, indent, title))
1340     {
1341         indent = pr_title(fp, indent, title);
1342         (void) pr_indent(fp, indent);
1343         (void) fprintf(fp, "nr=%d\n", block->nr);
1344         (void) pr_indent(fp, indent);
1345         (void) fprintf(fp, "nra=%d\n", block->nra);
1346     }
1347     return indent;
1348 }
1349
1350 static void low_pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1351 {
1352     int i;
1353
1354     if (available(fp, block, indent, title))
1355     {
1356         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1357         for (i = 0; i <= block->nr; i++)
1358         {
1359             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1360             (void) fprintf(fp, "%s->index[%d]=%u\n",
1361                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->index[i]);
1362         }
1363         for (i = 0; i < block->nra; i++)
1364         {
1365             (void) pr_indent(fp, indent+INDENT);
1366             (void) fprintf(fp, "%s->a[%d]=%u\n",
1367                            title, bShowNumbers ? i : -1, block->a[i]);
1368         }
1369     }
1370 }
1371
1372 void pr_block(FILE *fp, int indent, const char *title, t_block *block, gmx_bool bShowNumbers)
1373 {
1374     int i, j, ok, size, start, end;
1375
1376     if (available(fp, block, indent, title))
1377     {
1378         indent = pr_block_title(fp, indent, title, block);
1379         start  = 0;
1380         end    = start;
1381         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1382         {
1383             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1384         }
1385         else
1386         {
1387             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1388             {
1389                 end  = block->index[i+1];
1390                 size = pr_indent(fp, indent);
1391                 if (end <= start)
1392                 {
1393                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={}\n", title, i);
1394                 }
1395                 else
1396                 {
1397                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={%d..%d}\n",
1398                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1399                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1400                 }
1401                 start = end;
1402             }
1403         }
1404     }
1405 }
1406
1407 void pr_blocka(FILE *fp, int indent, const char *title, t_blocka *block, gmx_bool bShowNumbers)
1408 {
1409     int i, j, ok, size, start, end;
1410
1411     if (available(fp, block, indent, title))
1412     {
1413         indent = pr_blocka_title(fp, indent, title, block);
1414         start  = 0;
1415         end    = start;
1416         if ((ok = (block->index[start] == 0)) == 0)
1417         {
1418             (void) fprintf(fp, "block->index[%d] should be 0\n", start);
1419         }
1420         else
1421         {
1422             for (i = 0; i < block->nr; i++)
1423             {
1424                 end  = block->index[i+1];
1425                 size = pr_indent(fp, indent);
1426                 if (end <= start)
1427                 {
1428                     size += fprintf(fp, "%s[%d]={", title, i);
1429                 }
1430                 else
1431                 {
1432                     size += fprintf(fp, "%s[%d][%d..%d]={",
1433                                     title, bShowNumbers ? i : -1,
1434                                     bShowNumbers ? start : -1, bShowNumbers ? end-1 : -1);
1435                 }
1436                 for (j = start; j < end; j++)
1437                 {
1438                     if (j > start)
1439                     {
1440                         size += fprintf(fp, ", ");
1441                     }
1442                     if ((size) > (USE_WIDTH))
1443                     {
1444                         (void) fprintf(fp, "\n");
1445                         size = pr_indent(fp, indent+INDENT);
1446                     }
1447                     size += fprintf(fp, "%u", block->a[j]);
1448                 }
1449                 (void) fprintf(fp, "}\n");
1450                 start = end;
1451             }
1452         }
1453         if ((end != block->nra) || (!ok))
1454         {
1455             (void) pr_indent(fp, indent);
1456             (void) fprintf(fp, "tables inconsistent, dumping complete tables:\n");
1457             low_pr_blocka(fp, indent, title, block, bShowNumbers);
1458         }
1459     }
1460 }
1461
1462 static void pr_strings(FILE *fp, int indent, const char *title, char ***nm, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1463 {
1464     int i;
1465
1466     if (available(fp, nm, indent, title))
1467     {
1468         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1469         for (i = 0; i < n; i++)
1470         {
1471             (void) pr_indent(fp, indent);
1472             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\"}\n",
1473                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]));
1474         }
1475     }
1476 }
1477
1478 static void pr_strings2(FILE *fp, int indent, const char *title,
1479                         char ***nm, char ***nmB, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1480 {
1481     int i;
1482
1483     if (available(fp, nm, indent, title))
1484     {
1485         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1486         for (i = 0; i < n; i++)
1487         {
1488             (void) pr_indent(fp, indent);
1489             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\",nameB=\"%s\"}\n",
1490                            title, bShowNumbers ? i : -1, *(nm[i]), *(nmB[i]));
1491         }
1492     }
1493 }
1494
1495 static void pr_resinfo(FILE *fp, int indent, const char *title, t_resinfo *resinfo, int n, gmx_bool bShowNumbers)
1496 {
1497     int i;
1498
1499     if (available(fp, resinfo, indent, title))
1500     {
1501         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1502         for (i = 0; i < n; i++)
1503         {
1504             (void) pr_indent(fp, indent);
1505             (void) fprintf(fp, "%s[%d]={name=\"%s\", nr=%d, ic='%c'}\n",
1506                            title, bShowNumbers ? i : -1,
1507                            *(resinfo[i].name), resinfo[i].nr,
1508                            (resinfo[i].ic == '\0') ? ' ' : resinfo[i].ic);
1509         }
1510     }
1511 }
1512
1513 static void pr_atom(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atom *atom, int n)
1514 {
1515     int i, j;
1516
1517     if (available(fp, atom, indent, title))
1518     {
1519         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1520         for (i = 0; i < n; i++)
1521         {
1522             (void) pr_indent(fp, indent);
1523             fprintf(fp, "%s[%6d]={type=%3d, typeB=%3d, ptype=%8s, m=%12.5e, "
1524                     "q=%12.5e, mB=%12.5e, qB=%12.5e, resind=%5d, atomnumber=%3d}\n",
1525                     title, i, atom[i].type, atom[i].typeB, ptype_str[atom[i].ptype],
1526                     atom[i].m, atom[i].q, atom[i].mB, atom[i].qB,
1527                     atom[i].resind, atom[i].atomnumber);
1528         }
1529     }
1530 }
1531
1532 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, t_grps grps[], char **grpname[])
1533 {
1534     int i, j;
1535
1536     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
1537     {
1538         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
1539         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
1540         {
1541             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
1542         }
1543         fprintf(fp, "]\n");
1544     }
1545 }
1546
1547 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
1548                       gmx_groups_t *groups,
1549                       gmx_bool bShowNumbers)
1550 {
1551     int grpnr[egcNR];
1552     int nat_max, i, g;
1553
1554     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
1555     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
1556
1557     (void) pr_indent(fp, indent);
1558     fprintf(fp, "groups          ");
1559     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1560     {
1561         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
1562     }
1563     printf("\n");
1564
1565     (void) pr_indent(fp, indent);
1566     fprintf(fp, "allocated       ");
1567     nat_max = 0;
1568     for (g = 0; g < egcNR; g++)
1569     {
1570         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
1571         nat_max = max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
1572     }
1573     printf("\n");
1574
1575     if (nat_max == 0)
1576     {
1577         (void) pr_indent(fp, indent);
1578         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
1579         for (g = 0; g < egcNR; g++)
1580         {
1581             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
1582         }
1583         fprintf(fp, "\n");
1584     }
1585     else
1586     {
1587         for (i = 0; i < nat_max; i++)
1588         {
1589             (void) pr_indent(fp, indent);
1590             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
1591             for (g = 0; g < egcNR; g++)
1592             {
1593                 fprintf(fp, "  %3d ",
1594                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
1595             }
1596             fprintf(fp, "\n");
1597         }
1598     }
1599 }
1600
1601 void pr_atoms(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atoms *atoms,
1602               gmx_bool bShownumbers)
1603 {
1604     if (available(fp, atoms, indent, title))
1605     {
1606         indent = pr_title(fp, indent, title);
1607         pr_atom(fp, indent, "atom", atoms->atom, atoms->nr);
1608         pr_strings(fp, indent, "atom", atoms->atomname, atoms->nr, bShownumbers);
1609         pr_strings2(fp, indent, "type", atoms->atomtype, atoms->atomtypeB, atoms->nr, bShownumbers);
1610         pr_resinfo(fp, indent, "residue", atoms->resinfo, atoms->nres, bShownumbers);
1611     }
1612 }
1613
1614
1615 void pr_atomtypes(FILE *fp, int indent, const char *title, t_atomtypes *atomtypes,
1616                   gmx_bool bShowNumbers)
1617 {
1618     int i;
1619     if (available(fp, atomtypes, indent, title))
1620     {
1621         indent = pr_title(fp, indent, title);
1622         for (i = 0; i < atomtypes->nr; i++)
1623         {
1624             pr_indent(fp, indent);
1625             fprintf(fp,
1626                     "atomtype[%3d]={radius=%12.5e, volume=%12.5e, gb_radius=%12.5e, surftens=%12.5e, atomnumber=%4d, S_hct=%12.5e)}\n",
1627                     bShowNumbers ? i : -1, atomtypes->radius[i], atomtypes->vol[i],
1628                     atomtypes->gb_radius[i],
1629                     atomtypes->surftens[i], atomtypes->atomnumber[i], atomtypes->S_hct[i]);
1630         }
1631     }
1632 }
1633
1634 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
1635                        gmx_moltype_t *molt, int n,
1636                        gmx_ffparams_t *ffparams,
1637                        gmx_bool bShowNumbers)
1638 {
1639     int j;
1640
1641     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1642     (void) pr_indent(fp, indent);
1643     (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
1644     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
1645     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
1646     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
1647     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
1648     {
1649         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
1650                  ffparams->functype, &molt->ilist[j], bShowNumbers);
1651     }
1652 }
1653
1654 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
1655                         gmx_molblock_t *molb, int n,
1656                         gmx_moltype_t *molt)
1657 {
1658     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
1659     (void) pr_indent(fp, indent);
1660     (void) fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
1661                    "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
1662     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
1663     pr_int(fp, indent, "#atoms_mol", molb->natoms_mol);
1664     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->nposres_xA);
1665     if (molb->nposres_xA > 0)
1666     {
1667         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
1668     }
1669     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->nposres_xB);
1670     if (molb->nposres_xB > 0)
1671     {
1672         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
1673     }
1674 }
1675
1676 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1677              gmx_bool bShowNumbers)
1678 {
1679     int mt, mb;
1680
1681     if (available(fp, mtop, indent, title))
1682     {
1683         indent = pr_title(fp, indent, title);
1684         (void) pr_indent(fp, indent);
1685         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
1686         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
1687         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->nmolblock);
1688         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1689         {
1690             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
1691         }
1692         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
1693         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
1694         for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1695         {
1696             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
1697                        &mtop->ffparams, bShowNumbers);
1698         }
1699         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
1700     }
1701 }
1702
1703 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, t_topology *top, gmx_bool bShowNumbers)
1704 {
1705     if (available(fp, top, indent, title))
1706     {
1707         indent = pr_title(fp, indent, title);
1708         (void) pr_indent(fp, indent);
1709         (void) fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
1710         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
1711         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
1712         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
1713         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
1714         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
1715         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers);
1716     }
1717 }
1718
1719 void pr_header(FILE *fp, int indent, const char *title, t_tpxheader *sh)
1720 {
1721     char buf[22];
1722
1723     if (available(fp, sh, indent, title))
1724     {
1725         indent = pr_title(fp, indent, title);
1726         pr_indent(fp, indent);
1727         fprintf(fp, "bIr    = %spresent\n", sh->bIr ? "" : "not ");
1728         pr_indent(fp, indent);
1729         fprintf(fp, "bBox   = %spresent\n", sh->bBox ? "" : "not ");
1730         pr_indent(fp, indent);
1731         fprintf(fp, "bTop   = %spresent\n", sh->bTop ? "" : "not ");
1732         pr_indent(fp, indent);
1733         fprintf(fp, "bX     = %spresent\n", sh->bX ? "" : "not ");
1734         pr_indent(fp, indent);
1735         fprintf(fp, "bV     = %spresent\n", sh->bV ? "" : "not ");
1736         pr_indent(fp, indent);
1737         fprintf(fp, "bF     = %spresent\n", sh->bF ? "" : "not ");
1738
1739         pr_indent(fp, indent);
1740         fprintf(fp, "natoms = %d\n", sh->natoms);
1741         pr_indent(fp, indent);
1742         fprintf(fp, "lambda = %e\n", sh->lambda);
1743     }
1744 }
1745
1746 void pr_commrec(FILE *fp, int indent, t_commrec *cr)
1747 {
1748     pr_indent(fp, indent);
1749     fprintf(fp, "commrec:\n");
1750     indent += 2;
1751     pr_indent(fp, indent);
1752     fprintf(fp, "nodeid    = %d\n", cr->nodeid);
1753     pr_indent(fp, indent);
1754     fprintf(fp, "nnodes    = %d\n", cr->nnodes);
1755     pr_indent(fp, indent);
1756     fprintf(fp, "npmenodes = %d\n", cr->npmenodes);
1757     /*
1758        pr_indent(fp,indent);
1759        fprintf(fp,"threadid  = %d\n",cr->threadid);
1760        pr_indent(fp,indent);
1761        fprintf(fp,"nthreads  = %d\n",cr->nthreads);
1762      */
1763 }