src/gromacs/gmxlib/tpxio.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  41 #ifdef GMX_THREADS
  42 #include <thread_mpi.h>
  43 #endif
  44
  45
  46 #include <ctype.h>
  47 #include "sysstuff.h"
  48 #include "smalloc.h"
  49 #include "string2.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "symtab.h"
  54 #include "futil.h"
  55 #include "filenm.h"
  56 #include "gmxfio.h"
  57 #include "topsort.h"
  58 #include "tpxio.h"
  59 #include "txtdump.h"
  60 #include "confio.h"
  61 #include "atomprop.h"
  62 #include "copyrite.h"
  63 #include "vec.h"
  64 #include "mtop_util.h"
  65
  66 /* This number should be increased whenever the file format changes! */
  67 static const int tpx_version = 75;
  68
  69 /* This number should only be increased when you edit the TOPOLOGY section
  70  * of the tpx format. This way we can maintain forward compatibility too
  71  * for all analysis tools and/or external programs that only need to
  72  * know the atom/residue names, charges, and bond connectivity.
  73  *
  74  * It first appeared in tpx version 26, when I also moved the inputrecord
  75  * to the end of the tpx file, so we can just skip it if we only
  76  * want the topology.
  77  */
  78 static const int tpx_generation = 23;
  79
  80 /* This number should be the most recent backwards incompatible version
  81  * I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
  82  */
  83 static const int tpx_incompatible_version = 9;
  84
  85
  86
  87 /* Struct used to maintain tpx compatibility when function types are added */
  88 typedef struct {
  89   int fvnr; /* file version number in which the function type first appeared */
  90   int ftype; /* function type */
  91 } t_ftupd;
  92
  93 /*
  94  *The entries should be ordered in:
  95  * 1. ascending file version number
  96  * 2. ascending function type number
  97  */
  98 /*static const t_ftupd ftupd[] = {
  99   { 20, F_CUBICBONDS        },
 100   { 20, F_CONNBONDS         },
 101   { 20, F_HARMONIC          },
 102   { 20, F_EQM,              },
 103   { 22, F_DISRESVIOL        },
 104   { 22, F_ORIRES            },
 105   { 22, F_ORIRESDEV         },
 106   { 26, F_FOURDIHS          },
 107   { 26, F_PIDIHS            },
 108   { 26, F_DIHRES            },
 109   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 110   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 111   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 112   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 113   { 30, F_POLARIZATION      }
 114   };*/
 115
 116 /*
 117  *The entries should be ordered in:
 118  * 1. ascending function type number
 119  * 2. ascending file version number
 120  */
 121 static const t_ftupd ftupd[] = {
 122   { 20, F_CUBICBONDS        },
 123   { 20, F_CONNBONDS         },
 124   { 20, F_HARMONIC          },
 125   { 34, F_FENEBONDS         },
 126   { 43, F_TABBONDS          },
 127   { 43, F_TABBONDSNC        },
 128   { 70, F_RESTRBONDS        },
 129   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 130   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 131   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 132   { 34, F_QUARTIC_ANGLES    },
 133   { 43, F_TABANGLES         },
 134   { 26, F_FOURDIHS          },
 135   { 26, F_PIDIHS            },
 136   { 43, F_TABDIHS           },
 137   { 65, F_CMAP              },
 138   { 60, F_GB12              },
 139   { 61, F_GB13              },
 140   { 61, F_GB14              },
 141   { 72, F_GBPOL             },
 142   { 72, F_NPSOLVATION       },
 143   { 41, F_LJC14_Q           },
 144   { 41, F_LJC_PAIRS_NB      },
 145   { 32, F_BHAM_LR           },
 146   { 32, F_RF_EXCL           },
 147   { 32, F_COUL_RECIP        },
 148   { 46, F_DPD               },
 149   { 30, F_POLARIZATION      },
 150   { 36, F_THOLE_POL         },
 151   { 22, F_DISRESVIOL        },
 152   { 22, F_ORIRES            },
 153   { 22, F_ORIRESDEV         },
 154   { 26, F_DIHRES            },
 155   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 156   { 49, F_VSITE4FDN         },
 157   { 50, F_VSITEN            },
 158   { 46, F_COM_PULL          },
 159   { 20, F_EQM               },
 160   { 46, F_ECONSERVED        },
 161   { 69, F_VTEMP             },
 162   { 66, F_PDISPCORR         },
 163   { 54, F_DHDL_CON          },
 164 };
 165 #define NFTUPD asize(ftupd)
 166
 167 /* Needed for backward compatibility */
 168 #define MAXNODES 256
 169
 170 static void _do_section(t_fileio *fio,int key,gmx_bool bRead,const char *src,
 171                         int line)
 172 {
 173   char buf[STRLEN];
 174   gmx_bool bDbg;
 175
 176   if (gmx_fio_getftp(fio) == efTPA) {
 177     if (!bRead) {
 178       gmx_fio_write_string(fio,itemstr[key]);
 179       bDbg       = gmx_fio_getdebug(fio);
 180       gmx_fio_setdebug(fio,FALSE);
 181       gmx_fio_write_string(fio,comment_str[key]);
 182       gmx_fio_setdebug(fio,bDbg);
 183     }
 184     else {
 185       if (gmx_fio_getdebug(fio))
 186         fprintf(stderr,"Looking for section %s (%s, %d)",
 187                 itemstr[key],src,line);
 188
 189       do {
 190         gmx_fio_do_string(fio,buf);
 191       } while ((gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0));
 192
 193       if (gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0)
 194         gmx_fatal(FARGS,"\nCould not find section heading %s",itemstr[key]);
 195       else if (gmx_fio_getdebug(fio))
 196         fprintf(stderr," and found it\n");
 197     }
 198   }
 199 }
 200
 201 #define do_section(fio,key,bRead) _do_section(fio,key,bRead,__FILE__,__LINE__)
 202
 203 /**************************************************************
 204  *
 205  * Now the higer level routines that do io of the structures and arrays
 206  *
 207  **************************************************************/
 208 static void do_pullgrp(t_fileio *fio, t_pullgrp *pgrp, gmx_bool bRead,
 209                        int file_version)
 210 {
 211   gmx_bool bDum=TRUE;
 212   int  i;
 213
 214   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nat);
 215   if (bRead)
 216     snew(pgrp->ind,pgrp->nat);
 217   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,pgrp->ind,pgrp->nat);
 218   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nweight);
 219   if (bRead)
 220     snew(pgrp->weight,pgrp->nweight);
 221   bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,pgrp->weight,pgrp->nweight);
 222   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->pbcatom);
 223   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->vec);
 224   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->init);
 225   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->rate);
 226   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->k);
 227   if (file_version >= 56) {
 228     gmx_fio_do_real(fio,pgrp->kB);
 229   } else {
 230     pgrp->kB = pgrp->k;
 231   }
 232 }
 233
 234 static void do_pull(t_fileio *fio, t_pull *pull,gmx_bool bRead, int file_version)
 235 {
 236   int g;
 237
 238   gmx_fio_do_int(fio,pull->ngrp);
 239   gmx_fio_do_int(fio,pull->eGeom);
 240   gmx_fio_do_ivec(fio,pull->dim);
 241   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r1);
 242   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r0);
 243   gmx_fio_do_real(fio,pull->constr_tol);
 244   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstxout);
 245   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstfout);
 246   if (bRead)
 247     snew(pull->grp,pull->ngrp+1);
 248   for(g=0; g<pull->ngrp+1; g++)
 249     do_pullgrp(fio,&pull->grp[g],bRead,file_version);
 250 }
 251
 252
 253 static void do_rotgrp(t_fileio *fio, t_rotgrp *rotg,gmx_bool bRead, int file_version)
 254 {
 255   gmx_bool bDum=TRUE;
 256   int  i;
 257
 258   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eType);
 259   gmx_fio_do_int(fio,rotg->bMassW);
 260   gmx_fio_do_int(fio,rotg->nat);
 261   if (bRead)
 262     snew(rotg->ind,rotg->nat);
 263   gmx_fio_ndo_int(fio,rotg->ind,rotg->nat);
 264   if (bRead)
 265       snew(rotg->x_ref,rotg->nat);
 266   gmx_fio_ndo_rvec(fio,rotg->x_ref,rotg->nat);
 267   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->vec);
 268   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->pivot);
 269   gmx_fio_do_real(fio,rotg->rate);
 270   gmx_fio_do_real(fio,rotg->k);
 271   gmx_fio_do_real(fio,rotg->slab_dist);
 272   gmx_fio_do_real(fio,rotg->min_gaussian);
 273   gmx_fio_do_real(fio,rotg->eps);
 274   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eFittype);
 275   if (file_version >= 75)
 276   {
 277       gmx_fio_do_int(fio,rotg->PotAngle_nstep);
 278       gmx_fio_do_real(fio,rotg->PotAngle_step);
 279   }
 280 }
 281
 282 static void do_rot(t_fileio *fio, t_rot *rot,gmx_bool bRead, int file_version)
 283 {
 284   int g;
 285
 286   gmx_fio_do_int(fio,rot->ngrp);
 287   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstrout);
 288   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstsout);
 289   if (bRead)
 290     snew(rot->grp,rot->ngrp);
 291   for(g=0; g<rot->ngrp; g++)
 292     do_rotgrp(fio, &rot->grp[g],bRead,file_version);
 293 }
 294
 295
 296 static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir,gmx_bool bRead,
 297                         int file_version, real *fudgeQQ)
 298 {
 299     int  i,j,k,*tmp,idum=0;
 300     gmx_bool bDum=TRUE;
 301     real rdum,bd_temp;
 302     rvec vdum;
 303     gmx_bool bSimAnn;
 304     real zerotemptime,finish_t,init_temp,finish_temp;
 305
 306     if (file_version != tpx_version)
 307     {
 308         /* Give a warning about features that are not accessible */
 309         fprintf(stderr,"Note: tpx file_version %d, software version %d\n",
 310                 file_version,tpx_version);
 311     }
 312
 313     if (bRead)
 314     {
 315         init_inputrec(ir);
 316     }
 317
 318     if (file_version == 0)
 319     {
 320         return;
 321     }
 322
 323     /* Basic inputrec stuff */
 324     gmx_fio_do_int(fio,ir->eI);
 325     if (file_version >= 62) {
 326       gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->nsteps);
 327     } else {
 328       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 329       ir->nsteps = idum;
 330     }
 331     if(file_version > 25) {
 332       if (file_version >= 62) {
 333         gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->init_step);
 334       } else {
 335         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 336         ir->init_step = idum;
 337       }
 338     }  else {
 339       ir->init_step=0;
 340     }
 341
 342         if(file_version >= 58)
 343           gmx_fio_do_int(fio,ir->simulation_part);
 344         else
 345           ir->simulation_part=1;
 346
 347     if (file_version >= 67) {
 348       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalcenergy);
 349     } else {
 350       ir->nstcalcenergy = 1;
 351     }
 352     if (file_version < 53) {
 353       /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
 354        * since we always want it, also without reading the inputrec.
 355        */
 356       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePBC);
 357       if ((file_version <= 15) && (ir->ePBC == 2))
 358         ir->ePBC = epbcNONE;
 359       if (file_version >= 45) {
 360         gmx_fio_do_int(fio,ir->bPeriodicMols);
 361       } else {
 362         if (ir->ePBC == 2) {
 363           ir->ePBC = epbcXYZ;
 364           ir->bPeriodicMols = TRUE;
 365         } else {
 366         ir->bPeriodicMols = FALSE;
 367         }
 368       }
 369     }
 370     gmx_fio_do_int(fio,ir->ns_type);
 371     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlist);
 372     gmx_fio_do_int(fio,ir->ndelta);
 373     if (file_version < 41) {
 374       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 375       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 376     }
 377     if (file_version >= 45)
 378       gmx_fio_do_real(fio,ir->rtpi);
 379     else
 380       ir->rtpi = 0.05;
 381     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcomm);
 382     if (file_version > 34)
 383       gmx_fio_do_int(fio,ir->comm_mode);
 384     else if (ir->nstcomm < 0)
 385       ir->comm_mode = ecmANGULAR;
 386     else
 387       ir->comm_mode = ecmLINEAR;
 388     ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
 389
 390     if(file_version > 25)
 391       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcheckpoint);
 392     else
 393       ir->nstcheckpoint=0;
 394
 395     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcgsteep);
 396
 397     if(file_version>=30)
 398       gmx_fio_do_int(fio,ir->nbfgscorr);
 399     else if (bRead)
 400       ir->nbfgscorr = 10;
 401
 402     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlog);
 403     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxout);
 404     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstvout);
 405     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstfout);
 406     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstenergy);
 407     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxtcout);
 408     if (file_version >= 59) {
 409       gmx_fio_do_double(fio,ir->init_t);
 410       gmx_fio_do_double(fio,ir->delta_t);
 411     } else {
 412       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 413       ir->init_t = rdum;
 414       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 415       ir->delta_t = rdum;
 416     }
 417     gmx_fio_do_real(fio,ir->xtcprec);
 418     if (file_version < 19) {
 419       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 420       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 421     }
 422     if(file_version < 18)
 423       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 424     gmx_fio_do_real(fio,ir->rlist);
 425     if (file_version >= 67) {
 426       gmx_fio_do_real(fio,ir->rlistlong);
 427     }
 428     gmx_fio_do_int(fio,ir->coulombtype);
 429     if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
 430       ir->coulombtype = eelRF_NEC;
 431     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb_switch);
 432     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb);
 433     gmx_fio_do_int(fio,ir->vdwtype);
 434     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw_switch);
 435     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw);
 436     if (file_version < 67) {
 437       ir->rlistlong = max_cutoff(ir->rlist,max_cutoff(ir->rvdw,ir->rcoulomb));
 438     }
 439     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDispCorr);
 440     gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_r);
 441     if (file_version >= 37) {
 442       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_rf);
 443     } else {
 444       if (EEL_RF(ir->coulombtype)) {
 445         ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
 446         ir->epsilon_r  = 1.0;
 447       } else {
 448         ir->epsilon_rf = 1.0;
 449       }
 450     }
 451     if (file_version >= 29)
 452       gmx_fio_do_real(fio,ir->tabext);
 453     else
 454       ir->tabext=1.0;
 455
 456     if(file_version > 25) {
 457       gmx_fio_do_int(fio,ir->gb_algorithm);
 458       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstgbradii);
 459       gmx_fio_do_real(fio,ir->rgbradii);
 460       gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_saltconc);
 461       gmx_fio_do_int(fio,ir->implicit_solvent);
 462     } else {
 463       ir->gb_algorithm=egbSTILL;
 464       ir->nstgbradii=1;
 465       ir->rgbradii=1.0;
 466       ir->gb_saltconc=0;
 467       ir->implicit_solvent=eisNO;
 468     }
 469         if(file_version>=55)
 470         {
 471                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_epsilon_solvent);
 472                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_alpha);
 473                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_beta);
 474                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_gamma);
 475                 if(file_version>=60)
 476                 {
 477                         gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_dielectric_offset);
 478                         gmx_fio_do_int(fio,ir->sa_algorithm);
 479                 }
 480                 else
 481                 {
 482                         ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
 483                         ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
 484                 }
 485                 gmx_fio_do_real(fio,ir->sa_surface_tension);
 486
 487     /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
 488     if(ir->sa_surface_tension<0)
 489     {
 490       if(ir->gb_algorithm==egbSTILL)
 491       {
 492         ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
 493       }
 494       else if(ir->gb_algorithm==egbHCT || ir->gb_algorithm==egbOBC)
 495       {
 496         ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
 497       }
 498     }
 499
 500         }
 501         else
 502         {
 503                 /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
 504                 ir->gb_epsilon_solvent = 80;
 505                 ir->gb_obc_alpha       = 1.0;
 506                 ir->gb_obc_beta        = 0.8;
 507                 ir->gb_obc_gamma       = 4.85;
 508                 ir->sa_surface_tension = 2.092;
 509         }
 510
 511
 512     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkx);
 513     gmx_fio_do_int(fio,ir->nky);
 514     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkz);
 515     gmx_fio_do_int(fio,ir->pme_order);
 516     gmx_fio_do_real(fio,ir->ewald_rtol);
 517
 518     if (file_version >=24)
 519       gmx_fio_do_int(fio,ir->ewald_geometry);
 520     else
 521       ir->ewald_geometry=eewg3D;
 522
 523     if (file_version <=17) {
 524       ir->epsilon_surface=0;
 525       if (file_version==17)
 526         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 527     }
 528     else
 529       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_surface);
 530
 531     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bOptFFT);
 532
 533     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bContinuation);
 534     gmx_fio_do_int(fio,ir->etc);
 535     /* before version 18, ir->etc was a gmx_bool (ir->btc),
 536      * but the values 0 and 1 still mean no and
 537      * berendsen temperature coupling, respectively.
 538      */
 539     if (file_version >= 71)
 540     {
 541         gmx_fio_do_int(fio,ir->nsttcouple);
 542     }
 543     else
 544     {
 545         ir->nsttcouple = ir->nstcalcenergy;
 546     }
 547     if (file_version <= 15)
 548     {
 549         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 550     }
 551     if (file_version <=17)
 552     {
 553         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 554         if (file_version <= 15)
 555         {
 556             if (ir->epct == 5)
 557             {
 558                 ir->epct = epctSURFACETENSION;
 559             }
 560             gmx_fio_do_int(fio,idum);
 561         }
 562         ir->epct -= 1;
 563         /* we have removed the NO alternative at the beginning */
 564         if(ir->epct==-1)
 565         {
 566             ir->epc=epcNO;
 567             ir->epct=epctISOTROPIC;
 568         }
 569         else
 570         {
 571             ir->epc=epcBERENDSEN;
 572         }
 573     }
 574     else
 575     {
 576         gmx_fio_do_int(fio,ir->epc);
 577         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 578     }
 579     if (file_version >= 71)
 580     {
 581         gmx_fio_do_int(fio,ir->nstpcouple);
 582     }
 583     else
 584     {
 585         ir->nstpcouple = ir->nstcalcenergy;
 586     }
 587     gmx_fio_do_real(fio,ir->tau_p);
 588     if (file_version <= 15) {
 589       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 590       clear_mat(ir->ref_p);
 591       for(i=0; i<DIM; i++)
 592         ir->ref_p[i][i] = vdum[i];
 593     } else {
 594       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[XX]);
 595       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[YY]);
 596       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[ZZ]);
 597     }
 598     if (file_version <= 15) {
 599       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 600       clear_mat(ir->compress);
 601       for(i=0; i<DIM; i++)
 602         ir->compress[i][i] = vdum[i];
 603     }
 604     else {
 605       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[XX]);
 606       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[YY]);
 607       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[ZZ]);
 608     }
 609     if (file_version >= 47) {
 610       gmx_fio_do_int(fio,ir->refcoord_scaling);
 611       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_com);
 612       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_comB);
 613     } else {
 614       ir->refcoord_scaling = erscNO;
 615       clear_rvec(ir->posres_com);
 616       clear_rvec(ir->posres_comB);
 617     }
 618     if(file_version > 25)
 619       gmx_fio_do_int(fio,ir->andersen_seed);
 620     else
 621       ir->andersen_seed=0;
 622
 623     if(file_version < 26) {
 624       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bSimAnn);
 625       gmx_fio_do_real(fio,zerotemptime);
 626     }
 627
 628     if (file_version < 37)
 629       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 630
 631     gmx_fio_do_real(fio,ir->shake_tol);
 632     if (file_version < 54)
 633       gmx_fio_do_real(fio,*fudgeQQ);
 634     gmx_fio_do_int(fio,ir->efep);
 635     if (file_version <= 14 && ir->efep > efepNO)
 636       ir->efep = efepYES;
 637     if (file_version >= 59) {
 638       gmx_fio_do_double(fio, ir->init_lambda);
 639       gmx_fio_do_double(fio, ir->delta_lambda);
 640     } else {
 641       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 642       ir->init_lambda = rdum;
 643       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 644       ir->delta_lambda = rdum;
 645     }
 646     if (file_version >= 64) {
 647       gmx_fio_do_int(fio,ir->n_flambda);
 648       if (bRead) {
 649         snew(ir->flambda,ir->n_flambda);
 650       }
 651       bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,ir->flambda,ir->n_flambda);
 652     } else {
 653       ir->n_flambda = 0;
 654       ir->flambda   = NULL;
 655     }
 656     if (file_version >= 13)
 657       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_alpha);
 658     else
 659       ir->sc_alpha = 0;
 660     if (file_version >= 38)
 661       gmx_fio_do_int(fio,ir->sc_power);
 662     else
 663       ir->sc_power = 2;
 664     if (file_version >= 15)
 665       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_sigma);
 666     else
 667       ir->sc_sigma = 0.3;
 668     if (bRead)
 669     {
 670         if (file_version >= 71)
 671         {
 672             ir->sc_sigma_min = ir->sc_sigma;
 673         }
 674         else
 675         {
 676             ir->sc_sigma_min = 0;
 677         }
 678     }
 679     if (file_version >= 64) {
 680       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdhdl);
 681     } else {
 682       ir->nstdhdl = 1;
 683     }
 684
 685     if (file_version >= 73)
 686     {
 687         gmx_fio_do_int(fio, ir->separate_dhdl_file);
 688         gmx_fio_do_int(fio, ir->dhdl_derivatives);
 689     }
 690     else
 691     {
 692         ir->separate_dhdl_file = sepdhdlfileYES;
 693         ir->dhdl_derivatives = dhdlderivativesYES;
 694     }
 695
 696     if (file_version >= 71)
 697     {
 698         gmx_fio_do_int(fio,ir->dh_hist_size);
 699         gmx_fio_do_double(fio,ir->dh_hist_spacing);
 700     }
 701     else
 702     {
 703         ir->dh_hist_size    = 0;
 704         ir->dh_hist_spacing = 0.1;
 705     }
 706     if (file_version >= 57) {
 707       gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisre);
 708     }
 709     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisreWeighting);
 710     if (file_version < 22) {
 711       if (ir->eDisreWeighting == 0)
 712         ir->eDisreWeighting = edrwEqual;
 713       else
 714         ir->eDisreWeighting = edrwConservative;
 715     }
 716     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bDisreMixed);
 717     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_fc);
 718     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_tau);
 719     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdisreout);
 720     if (file_version >= 22) {
 721       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_fc);
 722       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_tau);
 723       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstorireout);
 724     } else {
 725       ir->orires_fc = 0;
 726       ir->orires_tau = 0;
 727       ir->nstorireout = 0;
 728     }
 729     if(file_version >= 26) {
 730       gmx_fio_do_real(fio,ir->dihre_fc);
 731       if (file_version < 56) {
 732         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 733         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 734       }
 735     } else {
 736       ir->dihre_fc=0;
 737     }
 738
 739     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_stepsize);
 740     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_tol);
 741     if (file_version >= 22)
 742       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bShakeSOR);
 743     else if (bRead)
 744       ir->bShakeSOR = TRUE;
 745     if (file_version >= 11)
 746       gmx_fio_do_int(fio,ir->niter);
 747     else if (bRead) {
 748       ir->niter = 25;
 749       fprintf(stderr,"Note: niter not in run input file, setting it to %d\n",
 750               ir->niter);
 751     }
 752     if (file_version >= 21)
 753       gmx_fio_do_real(fio,ir->fc_stepsize);
 754     else
 755       ir->fc_stepsize = 0;
 756     gmx_fio_do_int(fio,ir->eConstrAlg);
 757     gmx_fio_do_int(fio,ir->nProjOrder);
 758     gmx_fio_do_real(fio,ir->LincsWarnAngle);
 759     if (file_version <= 14)
 760       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 761     if (file_version >=26)
 762       gmx_fio_do_int(fio,ir->nLincsIter);
 763     else if (bRead) {
 764       ir->nLincsIter = 1;
 765       fprintf(stderr,"Note: nLincsIter not in run input file, setting it to %d\n",
 766               ir->nLincsIter);
 767     }
 768     if (file_version < 33)
 769       gmx_fio_do_real(fio,bd_temp);
 770     gmx_fio_do_real(fio,ir->bd_fric);
 771     gmx_fio_do_int(fio,ir->ld_seed);
 772     if (file_version >= 33) {
 773       for(i=0; i<DIM; i++)
 774         gmx_fio_do_rvec(fio,ir->deform[i]);
 775     } else {
 776       for(i=0; i<DIM; i++)
 777         clear_rvec(ir->deform[i]);
 778     }
 779     if (file_version >= 14)
 780       gmx_fio_do_real(fio,ir->cos_accel);
 781     else if (bRead)
 782       ir->cos_accel = 0;
 783     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint1);
 784     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint2);
 785     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint3);
 786     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint4);
 787     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal1);
 788     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal2);
 789     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal3);
 790     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal4);
 791
 792     /* pull stuff */
 793     if (file_version >= 48) {
 794       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePull);
 795       if (ir->ePull != epullNO) {
 796         if (bRead)
 797           snew(ir->pull,1);
 798         do_pull(fio, ir->pull,bRead,file_version);
 799       }
 800     } else {
 801       ir->ePull = epullNO;
 802     }
 803
 804     /* Enforced rotation */
 805     if (file_version >= 74) {
 806         gmx_fio_do_int(fio,ir->bRot);
 807         if (ir->bRot == TRUE) {
 808             if (bRead)
 809                 snew(ir->rot,1);
 810             do_rot(fio, ir->rot,bRead,file_version);
 811         }
 812     } else {
 813         ir->bRot = FALSE;
 814     }
 815
 816     /* grpopts stuff */
 817     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngtc);
 818     if (file_version >= 69) {
 819       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.nhchainlength);
 820     } else {
 821       ir->opts.nhchainlength = 1;
 822     }
 823     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngacc);
 824     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngfrz);
 825     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngener);
 826
 827     if (bRead) {
 828       snew(ir->opts.nrdf,   ir->opts.ngtc);
 829       snew(ir->opts.ref_t,  ir->opts.ngtc);
 830       snew(ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
 831       snew(ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
 832       snew(ir->opts.anneal_time, ir->opts.ngtc);
 833       snew(ir->opts.anneal_temp, ir->opts.ngtc);
 834       snew(ir->opts.tau_t,  ir->opts.ngtc);
 835       snew(ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 836       snew(ir->opts.acc,    ir->opts.ngacc);
 837       snew(ir->opts.egp_flags,ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 838     }
 839     if (ir->opts.ngtc > 0) {
 840       if (bRead && file_version<13) {
 841         snew(tmp,ir->opts.ngtc);
 842         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,tmp, ir->opts.ngtc);
 843         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 844           ir->opts.nrdf[i] = tmp[i];
 845         sfree(tmp);
 846       } else {
 847         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
 848       }
 849       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.ref_t,ir->opts.ngtc);
 850       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.tau_t,ir->opts.ngtc);
 851       if (file_version<33 && ir->eI==eiBD) {
 852         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 853           ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
 854       }
 855     }
 856     if (ir->opts.ngfrz > 0)
 857       bDum=gmx_fio_ndo_ivec(fio,ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 858     if (ir->opts.ngacc > 0)
 859       gmx_fio_ndo_rvec(fio,ir->opts.acc,ir->opts.ngacc);
 860     if (file_version >= 12)
 861       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.egp_flags,
 862                            ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 863
 864     if(bRead && file_version < 26) {
 865       for(i=0;i<ir->opts.ngtc;i++) {
 866         if(bSimAnn) {
 867           ir->opts.annealing[i] = eannSINGLE;
 868           ir->opts.anneal_npoints[i] = 2;
 869           snew(ir->opts.anneal_time[i],2);
 870           snew(ir->opts.anneal_temp[i],2);
 871           /* calculate the starting/ending temperatures from reft, zerotemptime, and nsteps */
 872           finish_t = ir->init_t + ir->nsteps * ir->delta_t;
 873           init_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-ir->init_t/zerotemptime);
 874           finish_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-finish_t/zerotemptime);
 875           ir->opts.anneal_time[i][0] = ir->init_t;
 876           ir->opts.anneal_time[i][1] = finish_t;
 877           ir->opts.anneal_temp[i][0] = init_temp;
 878           ir->opts.anneal_temp[i][1] = finish_temp;
 879         } else {
 880           ir->opts.annealing[i] = eannNO;
 881           ir->opts.anneal_npoints[i] = 0;
 882         }
 883       }
 884     } else {
 885       /* file version 26 or later */
 886       /* First read the lists with annealing and npoints for each group */
 887       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.annealing,ir->opts.ngtc);
 888       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.anneal_npoints,ir->opts.ngtc);
 889       for(j=0;j<(ir->opts.ngtc);j++) {
 890         k=ir->opts.anneal_npoints[j];
 891         if(bRead) {
 892           snew(ir->opts.anneal_time[j],k);
 893           snew(ir->opts.anneal_temp[j],k);
 894         }
 895         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_time[j],k);
 896         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_temp[j],k);
 897       }
 898     }
 899     /* Walls */
 900     if (file_version >= 45) {
 901       gmx_fio_do_int(fio,ir->nwall);
 902       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_type);
 903       if (file_version >= 50)
 904         gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_r_linpot);
 905       else
 906         ir->wall_r_linpot = -1;
 907       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[0]);
 908       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[1]);
 909       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[0]);
 910       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[1]);
 911       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_ewald_zfac);
 912     } else {
 913       ir->nwall = 0;
 914       ir->wall_type = 0;
 915       ir->wall_atomtype[0] = -1;
 916       ir->wall_atomtype[1] = -1;
 917       ir->wall_density[0] = 0;
 918       ir->wall_density[1] = 0;
 919       ir->wall_ewald_zfac = 3;
 920     }
 921     /* Cosine stuff for electric fields */
 922     for(j=0; (j<DIM); j++) {
 923       gmx_fio_do_int(fio,ir->ex[j].n);
 924       gmx_fio_do_int(fio,ir->et[j].n);
 925       if (bRead) {
 926         snew(ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 927         snew(ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 928         snew(ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 929         snew(ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 930       }
 931       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 932       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 933       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 934       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 935     }
 936
 937     /* QMMM stuff */
 938     if(file_version>=39){
 939       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bQMMM);
 940       gmx_fio_do_int(fio,ir->QMMMscheme);
 941       gmx_fio_do_real(fio,ir->scalefactor);
 942       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngQM);
 943       if (bRead) {
 944         snew(ir->opts.QMmethod,    ir->opts.ngQM);
 945         snew(ir->opts.QMbasis,     ir->opts.ngQM);
 946         snew(ir->opts.QMcharge,    ir->opts.ngQM);
 947         snew(ir->opts.QMmult,      ir->opts.ngQM);
 948         snew(ir->opts.bSH,         ir->opts.ngQM);
 949         snew(ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
 950         snew(ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 951         snew(ir->opts.SAon,        ir->opts.ngQM);
 952         snew(ir->opts.SAoff,       ir->opts.ngQM);
 953         snew(ir->opts.SAsteps,     ir->opts.ngQM);
 954         snew(ir->opts.bOPT,        ir->opts.ngQM);
 955         snew(ir->opts.bTS,         ir->opts.ngQM);
 956       }
 957       if (ir->opts.ngQM > 0) {
 958         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmethod,ir->opts.ngQM);
 959         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMbasis,ir->opts.ngQM);
 960         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMcharge,ir->opts.ngQM);
 961         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmult,ir->opts.ngQM);
 962         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bSH,ir->opts.ngQM);
 963         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASorbitals,ir->opts.ngQM);
 964         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 965         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAon,ir->opts.ngQM);
 966         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAoff,ir->opts.ngQM);
 967         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.SAsteps,ir->opts.ngQM);
 968         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bOPT,ir->opts.ngQM);
 969         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bTS,ir->opts.ngQM);
 970       }
 971       /* end of QMMM stuff */
 972     }
 973 }
 974
 975
 976 static void do_harm(t_fileio *fio, t_iparams *iparams,gmx_bool bRead)
 977 {
 978   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rA);
 979   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krA);
 980   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
 981   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
 982 }
 983
 984 void do_iparams(t_fileio *fio, t_functype ftype,t_iparams *iparams,
 985                 gmx_bool bRead, int file_version)
 986 {
 987   int i;
 988   gmx_bool bDum;
 989   real rdum;
 990
 991   if (!bRead)
 992     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
 993   switch (ftype) {
 994   case F_ANGLES:
 995   case F_G96ANGLES:
 996   case F_BONDS:
 997   case F_G96BONDS:
 998   case F_HARMONIC:
 999   case F_IDIHS:
1000     do_harm(fio, iparams,bRead);
1001     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && bRead) {
1002       /* Correct incorrect storage of parameters */
1003       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1004       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1005     }
1006     break;
1007   case F_FENEBONDS:
1008     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.bm);
1009     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.kb);
1010     break;
1011   case F_RESTRBONDS:
1012     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowA);
1013     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1A);
1014     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2A);
1015     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kA);
1016     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowB);
1017     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1B);
1018     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2B);
1019     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kB);
1020     break;
1021   case F_TABBONDS:
1022   case F_TABBONDSNC:
1023   case F_TABANGLES:
1024   case F_TABDIHS:
1025     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kA);
1026     gmx_fio_do_int(fio,iparams->tab.table);
1027     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kB);
1028     break;
1029   case F_CROSS_BOND_BONDS:
1030     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r1e);
1031     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r2e);
1032     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.krr);
1033     break;
1034   case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1035     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r1e);
1036     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r2e);
1037     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r3e);
1038     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.krt);
1039     break;
1040   case F_UREY_BRADLEY:
1041     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.theta);
1042     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.ktheta);
1043     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13);
1044     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUB);
1045     break;
1046   case F_QUARTIC_ANGLES:
1047     gmx_fio_do_real(fio,iparams->qangle.theta);
1048     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->qangle.c,5);
1049     break;
1050   case F_BHAM:
1051     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.a);
1052     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.b);
1053     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.c);
1054     break;
1055   case F_MORSE:
1056     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0);
1057     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cb);
1058     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.beta);
1059     break;
1060   case F_CUBICBONDS:
1061     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.b0);
1062     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kb);
1063     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kcub);
1064     break;
1065   case F_CONNBONDS:
1066     break;
1067   case F_POLARIZATION:
1068     gmx_fio_do_real(fio,iparams->polarize.alpha);
1069     break;
1070   case F_WATER_POL:
1071     if (file_version < 31)
1072       gmx_fatal(FARGS,"Old tpr files with water_polarization not supported. Make a new.");
1073     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_x);
1074     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_y);
1075     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_z);
1076     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOH);
1077     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rHH);
1078     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOD);
1079     break;
1080   case F_THOLE_POL:
1081     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.a);
1082     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha1);
1083     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha2);
1084     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.rfac);
1085     break;
1086   case F_LJ:
1087     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c6);
1088     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c12);
1089     break;
1090   case F_LJ14:
1091     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6A);
1092     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12A);
1093     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6B);
1094     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12B);
1095     break;
1096   case F_LJC14_Q:
1097     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.fqq);
1098     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qi);
1099     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qj);
1100     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c6);
1101     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c12);
1102     break;
1103   case F_LJC_PAIRS_NB:
1104     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qi);
1105     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qj);
1106     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c6);
1107     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c12);
1108     break;
1109   case F_PDIHS:
1110   case F_PIDIHS:
1111   case F_ANGRES:
1112   case F_ANGRESZ:
1113     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiA);
1114     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpA);
1115     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42) {
1116       /* Read the incorrectly stored multiplicity */
1117       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1118       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1119       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1120       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1121     } else {
1122       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiB);
1123       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpB);
1124       gmx_fio_do_int(fio,iparams->pdihs.mult);
1125     }
1126     break;
1127   case F_DISRES:
1128     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.label);
1129     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.type);
1130     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.low);
1131     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up1);
1132     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up2);
1133     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.kfac);
1134     break;
1135   case F_ORIRES:
1136     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.ex);
1137     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.label);
1138     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.power);
1139     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.c);
1140     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.obs);
1141     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.kfac);
1142     break;
1143   case F_DIHRES:
1144     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.power);
1145     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.label);
1146     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phi);
1147     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphi);
1148     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfac);
1149     break;
1150   case F_POSRES:
1151     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0A);
1152     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcA);
1153     if (bRead && file_version < 27) {
1154       copy_rvec(iparams->posres.pos0A,iparams->posres.pos0B);
1155       copy_rvec(iparams->posres.fcA,iparams->posres.fcB);
1156     } else {
1157       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0B);
1158       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcB);
1159     }
1160     break;
1161   case F_RBDIHS:
1162     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA,NR_RBDIHS);
1163     if(file_version>=25)
1164       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB,NR_RBDIHS);
1165     break;
1166   case F_FOURDIHS:
1167     /* Fourier dihedrals are internally represented
1168      * as Ryckaert-Bellemans since those are faster to compute.
1169      */
1170      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
1171      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
1172     break;
1173   case F_CONSTR:
1174   case F_CONSTRNC:
1175     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dA);
1176     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dB);
1177     break;
1178   case F_SETTLE:
1179     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.doh);
1180     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.dhh);
1181     break;
1182   case F_VSITE2:
1183     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1184     break;
1185   case F_VSITE3:
1186   case F_VSITE3FD:
1187   case F_VSITE3FAD:
1188     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1189     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1190     break;
1191   case F_VSITE3OUT:
1192   case F_VSITE4FD:
1193   case F_VSITE4FDN:
1194     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1195     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1196     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.c);
1197     break;
1198   case F_VSITEN:
1199     gmx_fio_do_int(fio,iparams->vsiten.n);
1200     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsiten.a);
1201     break;
1202   case F_GB12:
1203   case F_GB13:
1204   case F_GB14:
1205     /* We got rid of some parameters in version 68 */
1206     if(bRead && file_version<68)
1207     {
1208         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1209         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1210         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1211         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1212     }
1213         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.sar);
1214         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.st);
1215         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.pi);
1216         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.gbr);
1217         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.bmlt);
1218         break;
1219   case F_CMAP:
1220         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapA);
1221         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapB);
1222     break;
1223   default:
1224     gmx_fatal(FARGS,"unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1225
1226                 ftype,interaction_function[ftype].name,__FILE__,__LINE__);
1227   }
1228   if (!bRead)
1229     gmx_fio_unset_comment(fio);
1230 }
1231
1232 static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,int file_version,
1233                      int ftype)
1234 {
1235   int  i,k,idum;
1236   gmx_bool bDum=TRUE;
1237
1238   if (!bRead) {
1239     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1240   }
1241   if (file_version < 44) {
1242     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1243       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1244   }
1245   gmx_fio_do_int(fio,ilist->nr);
1246   if (bRead)
1247     snew(ilist->iatoms,ilist->nr);
1248   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ilist->iatoms,ilist->nr);
1249   if (!bRead)
1250     gmx_fio_unset_comment(fio);
1251 }
1252
1253 static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
1254                         gmx_bool bRead, int file_version)
1255 {
1256   int  idum,i,j;
1257   gmx_bool bDum=TRUE;
1258   unsigned int k;
1259
1260   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->atnr);
1261   if (file_version < 57) {
1262     gmx_fio_do_int(fio,idum);
1263   }
1264   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->ntypes);
1265   if (bRead && debug)
1266     fprintf(debug,"ffparams->atnr = %d, ntypes = %d\n",
1267             ffparams->atnr,ffparams->ntypes);
1268   if (bRead) {
1269     snew(ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1270     snew(ffparams->iparams,ffparams->ntypes);
1271   }
1272   /* Read/write all the function types */
1273   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1274   if (bRead && debug)
1275     pr_ivec(debug,0,"functype",ffparams->functype,ffparams->ntypes,TRUE);
1276
1277   if (file_version >= 66) {
1278     gmx_fio_do_double(fio,ffparams->reppow);
1279   } else {
1280     ffparams->reppow = 12.0;
1281   }
1282
1283   if (file_version >= 57) {
1284     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1285   }
1286
1287   /* Check whether all these function types are supported by the code.
1288    * In practice the code is backwards compatible, which means that the
1289    * numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
1290    */
1291   for (i=0; (i<ffparams->ntypes); i++) {
1292     if (bRead)
1293       /* Loop over file versions */
1294       for (k=0; (k<NFTUPD); k++)
1295         /* Compare the read file_version to the update table */
1296         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
1297             (ffparams->functype[i] >= ftupd[k].ftype)) {
1298           ffparams->functype[i] += 1;
1299           if (debug) {
1300             fprintf(debug,"Incrementing function type %d to %d (due to %s)\n",
1301                     i,ffparams->functype[i],
1302                     interaction_function[ftupd[k].ftype].longname);
1303             fflush(debug);
1304           }
1305         }
1306
1307     do_iparams(fio, ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i],bRead,
1308                file_version);
1309     if (bRead && debug)
1310       pr_iparams(debug,ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i]);
1311   }
1312 }
1313
1314 static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,
1315                       int file_version)
1316 {
1317   int i,j,renum[F_NRE];
1318   gmx_bool bDum=TRUE,bClear;
1319   unsigned int k;
1320
1321   for(j=0; (j<F_NRE); j++) {
1322     bClear = FALSE;
1323     if (bRead)
1324       for (k=0; k<NFTUPD; k++)
1325         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
1326           bClear = TRUE;
1327     if (bClear) {
1328       ilist[j].nr = 0;
1329       ilist[j].iatoms = NULL;
1330     } else {
1331       do_ilist(fio, &ilist[j],bRead,file_version,j);
1332     }
1333     /*
1334     if (bRead && gmx_debug_at)
1335       pr_ilist(debug,0,interaction_function[j].longname,
1336                functype,&ilist[j],TRUE);
1337     */
1338   }
1339 }
1340
1341 static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,gmx_moltype_t *molt,
1342                     gmx_bool bRead, int file_version)
1343 {
1344   do_ffparams(fio, ffparams,bRead,file_version);
1345
1346   if (file_version >= 54) {
1347     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1348   }
1349
1350   do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1351 }
1352
1353 static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block,gmx_bool bRead,int file_version)
1354 {
1355   int  i,idum,dum_nra,*dum_a;
1356   gmx_bool bDum=TRUE;
1357
1358   if (file_version < 44)
1359     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1360       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1361   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1362   if (file_version < 51)
1363     gmx_fio_do_int(fio,dum_nra);
1364   if (bRead) {
1365     block->nalloc_index = block->nr+1;
1366     snew(block->index,block->nalloc_index);
1367   }
1368   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1369
1370   if (file_version < 51 && dum_nra > 0) {
1371     snew(dum_a,dum_nra);
1372     bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,dum_a,dum_nra);
1373     sfree(dum_a);
1374   }
1375 }
1376
1377 static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block,gmx_bool bRead,
1378                       int file_version)
1379 {
1380   int  i,idum;
1381   gmx_bool bDum=TRUE;
1382
1383   if (file_version < 44)
1384     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1385       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1386   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1387   gmx_fio_do_int(fio,block->nra);
1388   if (bRead) {
1389     block->nalloc_index = block->nr+1;
1390     snew(block->index,block->nalloc_index);
1391     block->nalloc_a = block->nra;
1392     snew(block->a,block->nalloc_a);
1393   }
1394   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1395   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->a,block->nra);
1396 }
1397
1398 static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom,int ngrp,gmx_bool bRead,
1399                     int file_version, gmx_groups_t *groups,int atnr)
1400 {
1401   int i,myngrp;
1402
1403   gmx_fio_do_real(fio,atom->m);
1404   gmx_fio_do_real(fio,atom->q);
1405   gmx_fio_do_real(fio,atom->mB);
1406   gmx_fio_do_real(fio,atom->qB);
1407   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->type);
1408   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
1409   gmx_fio_do_int(fio,atom->ptype);
1410   gmx_fio_do_int(fio,atom->resind);
1411   if (file_version >= 52)
1412     gmx_fio_do_int(fio,atom->atomnumber);
1413   else if (bRead)
1414     atom->atomnumber = NOTSET;
1415   if (file_version < 23)
1416     myngrp = 8;
1417   else if (file_version < 39)
1418     myngrp = 9;
1419   else
1420     myngrp = ngrp;
1421
1422   if (file_version < 57) {
1423     unsigned char uchar[egcNR];
1424     gmx_fio_ndo_uchar(fio,uchar,myngrp);
1425     for(i=myngrp; (i<ngrp); i++) {
1426       uchar[i] = 0;
1427     }
1428     /* Copy the old data format to the groups struct */
1429     for(i=0; i<ngrp; i++) {
1430       groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
1431     }
1432   }
1433 }
1434
1435 static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp,t_grps grps[],gmx_bool bRead,
1436                     int file_version)
1437 {
1438   int i,j,myngrp;
1439   gmx_bool bDum=TRUE;
1440
1441   if (file_version < 23)
1442     myngrp = 8;
1443   else if (file_version < 39)
1444     myngrp = 9;
1445   else
1446     myngrp = ngrp;
1447
1448   for(j=0; (j<ngrp); j++) {
1449     if (j<myngrp) {
1450       gmx_fio_do_int(fio,grps[j].nr);
1451       if (bRead)
1452         snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1453       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1454     }
1455     else {
1456       grps[j].nr = 1;
1457       snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1458     }
1459   }
1460 }
1461
1462 static void do_symstr(t_fileio *fio, char ***nm,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab)
1463 {
1464   int ls;
1465
1466   if (bRead) {
1467     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1468     *nm = get_symtab_handle(symtab,ls);
1469   }
1470   else {
1471     ls = lookup_symtab(symtab,*nm);
1472     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1473   }
1474 }
1475
1476 static void do_strstr(t_fileio *fio, int nstr,char ***nm,gmx_bool bRead,
1477                       t_symtab *symtab)
1478 {
1479   int  j;
1480
1481   for (j=0; (j<nstr); j++)
1482     do_symstr(fio, &(nm[j]),bRead,symtab);
1483 }
1484
1485 static void do_resinfo(t_fileio *fio, int n,t_resinfo *ri,gmx_bool bRead,
1486                        t_symtab *symtab, int file_version)
1487 {
1488   int  j;
1489
1490   for (j=0; (j<n); j++) {
1491     do_symstr(fio, &(ri[j].name),bRead,symtab);
1492     if (file_version >= 63) {
1493       gmx_fio_do_int(fio,ri[j].nr);
1494       gmx_fio_do_uchar(fio, ri[j].ic);
1495     } else {
1496       ri[j].nr = j + 1;
1497       ri[j].ic = ' ';
1498     }
1499   }
1500 }
1501
1502 static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1503                      int file_version,
1504                      gmx_groups_t *groups)
1505 {
1506   int i;
1507
1508   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nr);
1509   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nres);
1510   if (file_version < 57) {
1511     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1512     for(i=0; i<egcNR; i++) {
1513       groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
1514       snew(groups->grpnr[i],groups->ngrpnr[i]);
1515     }
1516   }
1517   if (bRead) {
1518     snew(atoms->atom,atoms->nr);
1519     snew(atoms->atomname,atoms->nr);
1520     snew(atoms->atomtype,atoms->nr);
1521     snew(atoms->atomtypeB,atoms->nr);
1522     snew(atoms->resinfo,atoms->nres);
1523     if (file_version < 57) {
1524       snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1525     }
1526     atoms->pdbinfo = NULL;
1527   }
1528   for(i=0; (i<atoms->nr); i++) {
1529     do_atom(fio, &atoms->atom[i],egcNR,bRead, file_version,groups,i);
1530   }
1531   do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomname,bRead,symtab);
1532   if (bRead && (file_version <= 20)) {
1533     for(i=0; i<atoms->nr; i++) {
1534       atoms->atomtype[i]  = put_symtab(symtab,"?");
1535       atoms->atomtypeB[i] = put_symtab(symtab,"?");
1536     }
1537   } else {
1538     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtype,bRead,symtab);
1539     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtypeB,bRead,symtab);
1540   }
1541   do_resinfo(fio, atoms->nres,atoms->resinfo,bRead,symtab,file_version);
1542
1543   if (file_version < 57) {
1544     do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1545
1546     do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1547   }
1548 }
1549
1550 static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
1551                       gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1552                       int file_version)
1553 {
1554   int  g,n,i;
1555   gmx_bool bDum=TRUE;
1556
1557   do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1558   gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1559   if (bRead) {
1560     snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1561   }
1562   do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1563   for(g=0; g<egcNR; g++) {
1564     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpnr[g]);
1565     if (groups->ngrpnr[g] == 0) {
1566       if (bRead) {
1567         groups->grpnr[g] = NULL;
1568       }
1569     } else {
1570       if (bRead) {
1571         snew(groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1572       }
1573       bDum=gmx_fio_ndo_uchar(fio, groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1574     }
1575   }
1576 }
1577
1578 static void do_atomtypes(t_fileio *fio, t_atomtypes *atomtypes,gmx_bool bRead,
1579                          t_symtab *symtab,int file_version)
1580 {
1581   int i,j;
1582   gmx_bool bDum = TRUE;
1583
1584   if (file_version > 25) {
1585     gmx_fio_do_int(fio,atomtypes->nr);
1586     j=atomtypes->nr;
1587     if (bRead) {
1588       snew(atomtypes->radius,j);
1589       snew(atomtypes->vol,j);
1590       snew(atomtypes->surftens,j);
1591       snew(atomtypes->atomnumber,j);
1592       snew(atomtypes->gb_radius,j);
1593       snew(atomtypes->S_hct,j);
1594     }
1595     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->radius,j);
1596     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->vol,j);
1597     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->surftens,j);
1598     if(file_version >= 40)
1599     {
1600         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,atomtypes->atomnumber,j);
1601     }
1602         if(file_version >= 60)
1603         {
1604                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->gb_radius,j);
1605                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->S_hct,j);
1606         }
1607   } else {
1608     /* File versions prior to 26 cannot do GBSA,
1609      * so they dont use this structure
1610      */
1611     atomtypes->nr = 0;
1612     atomtypes->radius = NULL;
1613     atomtypes->vol = NULL;
1614     atomtypes->surftens = NULL;
1615     atomtypes->atomnumber = NULL;
1616     atomtypes->gb_radius = NULL;
1617     atomtypes->S_hct = NULL;
1618   }
1619 }
1620
1621 static void do_symtab(t_fileio *fio, t_symtab *symtab,gmx_bool bRead)
1622 {
1623   int i,nr;
1624   t_symbuf *symbuf;
1625   char buf[STRLEN];
1626
1627   gmx_fio_do_int(fio,symtab->nr);
1628   nr     = symtab->nr;
1629   if (bRead) {
1630     snew(symtab->symbuf,1);
1631     symbuf = symtab->symbuf;
1632     symbuf->bufsize = nr;
1633     snew(symbuf->buf,nr);
1634     for (i=0; (i<nr); i++) {
1635       gmx_fio_do_string(fio,buf);
1636       symbuf->buf[i]=strdup(buf);
1637     }
1638   }
1639   else {
1640     symbuf = symtab->symbuf;
1641     while (symbuf!=NULL) {
1642       for (i=0; (i<symbuf->bufsize) && (i<nr); i++)
1643         gmx_fio_do_string(fio,symbuf->buf[i]);
1644       nr-=i;
1645       symbuf=symbuf->next;
1646     }
1647     if (nr != 0)
1648       gmx_fatal(FARGS,"nr of symtab strings left: %d",nr);
1649   }
1650 }
1651
1652 static void do_cmap(t_fileio *fio, gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bRead)
1653 {
1654         int i,j,ngrid,gs,nelem;
1655
1656         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->ngrid);
1657         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->grid_spacing);
1658
1659         ngrid = cmap_grid->ngrid;
1660         gs    = cmap_grid->grid_spacing;
1661         nelem = gs * gs;
1662
1663         if(bRead)
1664         {
1665                 snew(cmap_grid->cmapdata,ngrid);
1666
1667                 for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1668                 {
1669                         snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap,4*nelem);
1670                 }
1671         }
1672
1673         for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1674         {
1675                 for(j=0;j<nelem;j++)
1676                 {
1677                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1678                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1679                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1680                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1681                 }
1682         }
1683 }
1684
1685
1686 void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms,t_block *mols)
1687 {
1688     int m,a,a0,a1,r;
1689     char c,chainid;
1690     int  chainnum;
1691
1692     /* We always assign a new chain number, but save the chain id characters
1693      * for larger molecules.
1694      */
1695 #define CHAIN_MIN_ATOMS 15
1696
1697     chainnum=0;
1698     chainid='A';
1699     for(m=0; m<mols->nr; m++)
1700     {
1701         a0=mols->index[m];
1702         a1=mols->index[m+1];
1703         if ((a1-a0 >= CHAIN_MIN_ATOMS) && (chainid <= 'Z'))
1704         {
1705             c=chainid;
1706             chainid++;
1707         }
1708         else
1709         {
1710             c=' ';
1711         }
1712         for(a=a0; a<a1; a++)
1713         {
1714             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainnum = chainnum;
1715             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainid  = c;
1716         }
1717         chainnum++;
1718     }
1719
1720     /* Blank out the chain id if there was only one chain */
1721     if (chainid == 'B')
1722     {
1723         for(r=0; r<atoms->nres; r++)
1724         {
1725             atoms->resinfo[r].chainid = ' ';
1726         }
1727     }
1728 }
1729
1730 static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt,gmx_bool bRead,
1731                        t_symtab *symtab, int file_version,
1732                        gmx_groups_t *groups)
1733 {
1734   int i;
1735
1736   if (file_version >= 57) {
1737     do_symstr(fio, &(molt->name),bRead,symtab);
1738   }
1739
1740   do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
1741
1742   if (bRead && gmx_debug_at) {
1743     pr_atoms(debug,0,"atoms",&molt->atoms,TRUE);
1744   }
1745
1746   if (file_version >= 57) {
1747     do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1748
1749     do_block(fio, &molt->cgs,bRead,file_version);
1750     if (bRead && gmx_debug_at) {
1751       pr_block(debug,0,"cgs",&molt->cgs,TRUE);
1752     }
1753   }
1754
1755   /* This used to be in the atoms struct */
1756   do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
1757 }
1758
1759 static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb,gmx_bool bRead,
1760                         int file_version)
1761 {
1762   int i;
1763
1764   gmx_fio_do_int(fio,molb->type);
1765   gmx_fio_do_int(fio,molb->nmol);
1766   gmx_fio_do_int(fio,molb->natoms_mol);
1767   /* Position restraint coordinates */
1768   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xA);
1769   if (molb->nposres_xA > 0) {
1770     if (bRead) {
1771       snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1772     }
1773     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1774   }
1775   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xB);
1776   if (molb->nposres_xB > 0) {
1777     if (bRead) {
1778       snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1779     }
1780     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1781   }
1782
1783 }
1784
1785 static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
1786 {
1787   int mb,m,a,mol;
1788   t_block mols;
1789
1790   mols.nr = 0;
1791   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1792     mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
1793   }
1794   mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
1795   snew(mols.index,mols.nalloc_index);
1796
1797   a = 0;
1798   m = 0;
1799   mols.index[m] = a;
1800   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1801     for(mol=0; mol<mtop->molblock[mb].nmol; mol++) {
1802       a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
1803       m++;
1804       mols.index[m] = a;
1805     }
1806   }
1807
1808   return mols;
1809 }
1810
1811 static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
1812 {
1813   t_ilist *il;
1814   int am,i,mol,a;
1815   gmx_bool bFE;
1816   gmx_molblock_t *molb;
1817   t_iparams *ip;
1818
1819   il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
1820   if (il->nr == 0) {
1821     return;
1822   }
1823   am = 0;
1824   bFE = FALSE;
1825   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1826     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1827     am = max(am,il->iatoms[i+1]);
1828     if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
1829         ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
1830         ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ]) {
1831       bFE = TRUE;
1832     }
1833   }
1834   /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
1835   mol = 0;
1836   while(am >= mtop->mols.index[mol+1]) {
1837     mol++;
1838   }
1839   molb = &mtop->molblock[0];
1840   molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
1841   snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1842   if (bFE) {
1843     molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
1844     snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1845   } else {
1846     molb->nposres_xB = 0;
1847   }
1848   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1849     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1850     a  = il->iatoms[i+1];
1851     molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
1852     molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
1853     molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
1854     if (bFE) {
1855       molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
1856       molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
1857       molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
1858     }
1859   }
1860 }
1861
1862 static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
1863 {
1864   int mt,i,npair;
1865   t_iparams *ip;
1866   t_ilist *il;
1867   t_iatom *a;
1868
1869   ip = mtop->ffparams.iparams;
1870
1871   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1872     il = &mtop->moltype[mt].ilist[F_DISRES];
1873     if (il->nr > 0) {
1874       a = il->iatoms;
1875       npair = 0;
1876       for(i=0; i<il->nr; i+=3) {
1877         npair++;
1878         if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label) {
1879           ip[a[i]].disres.npair = npair;
1880           npair = 0;
1881         }
1882       }
1883     }
1884   }
1885 }
1886
1887 static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop,gmx_bool bRead,
1888                     int file_version)
1889 {
1890   int  mt,mb,i;
1891   t_blocka dumb;
1892
1893   if (bRead)
1894     init_mtop(mtop);
1895   do_symtab(fio, &(mtop->symtab),bRead);
1896   if (bRead && debug)
1897     pr_symtab(debug,0,"symtab",&mtop->symtab);
1898
1899   do_symstr(fio, &(mtop->name),bRead,&(mtop->symtab));
1900
1901   if (file_version >= 57) {
1902     do_ffparams(fio, &mtop->ffparams,bRead,file_version);
1903
1904     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmoltype);
1905   } else {
1906     mtop->nmoltype = 1;
1907   }
1908   if (bRead) {
1909     snew(mtop->moltype,mtop->nmoltype);
1910     if (file_version < 57) {
1911       mtop->moltype[0].name = mtop->name;
1912     }
1913   }
1914   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1915     do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt],bRead,&mtop->symtab,file_version,
1916                &mtop->groups);
1917   }
1918
1919   if (file_version >= 57) {
1920     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmolblock);
1921   } else {
1922     mtop->nmolblock = 1;
1923   }
1924   if (bRead) {
1925     snew(mtop->molblock,mtop->nmolblock);
1926   }
1927   if (file_version >= 57) {
1928     for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1929       do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb],bRead,file_version);
1930     }
1931     gmx_fio_do_int(fio,mtop->natoms);
1932   } else {
1933     mtop->molblock[0].type = 0;
1934     mtop->molblock[0].nmol = 1;
1935     mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1936     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
1937     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
1938   }
1939
1940   do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes),bRead,&(mtop->symtab), file_version);
1941   if (bRead && debug)
1942     pr_atomtypes(debug,0,"atomtypes",&mtop->atomtypes,TRUE);
1943
1944   if (file_version < 57) {
1945     /* Debug statements are inside do_idef */
1946     do_idef (fio, &mtop->ffparams,&mtop->moltype[0],bRead,file_version);
1947     mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1948   }
1949
1950   if(file_version >= 65)
1951   {
1952       do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid,bRead);
1953   }
1954   else
1955   {
1956       mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid        = 0;
1957       mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0.1;
1958       mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata     = NULL;
1959   }
1960
1961   if (file_version >= 57) {
1962     do_groups(fio, &mtop->groups,bRead,&(mtop->symtab),file_version);
1963   }
1964
1965   if (file_version < 57) {
1966     do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs,bRead,file_version);
1967     if (bRead && gmx_debug_at) {
1968       pr_block(debug,0,"cgs",&mtop->moltype[0].cgs,TRUE);
1969     }
1970     do_block(fio, &mtop->mols,bRead,file_version);
1971     /* Add the posres coordinates to the molblock */
1972     add_posres_molblock(mtop);
1973   }
1974   if (bRead) {
1975     if (file_version >= 57) {
1976       mtop->mols = mtop_mols(mtop);
1977     }
1978     if (gmx_debug_at) {
1979       pr_block(debug,0,"mols",&mtop->mols,TRUE);
1980     }
1981   }
1982
1983   if (file_version < 51) {
1984     /* Here used to be the shake blocks */
1985     do_blocka(fio, &dumb,bRead,file_version);
1986     if (dumb.nr > 0)
1987       sfree(dumb.index);
1988     if (dumb.nra > 0)
1989       sfree(dumb.a);
1990   }
1991
1992   if (bRead) {
1993     close_symtab(&(mtop->symtab));
1994   }
1995 }
1996
1997 /* If TopOnlyOK is TRUE then we can read even future versions
1998  * of tpx files, provided the file_generation hasn't changed.
1999  * If it is FALSE, we need the inputrecord too, and bail out
2000  * if the file is newer than the program.
2001  *
2002  * The version and generation if the topology (see top of this file)
2003  * are returned in the two last arguments.
2004  *
2005  * If possible, we will read the inputrec even when TopOnlyOK is TRUE.
2006  */
2007 static void do_tpxheader(t_fileio *fio,gmx_bool bRead,t_tpxheader *tpx,
2008                          gmx_bool TopOnlyOK, int *file_version,
2009                          int *file_generation)
2010 {
2011   char  buf[STRLEN];
2012   gmx_bool  bDouble;
2013   int   precision;
2014   int   fver,fgen;
2015   int   idum=0;
2016   real  rdum=0;
2017
2018   gmx_fio_checktype(fio);
2019   gmx_fio_setdebug(fio,bDebugMode());
2020
2021   /* NEW! XDR tpb file */
2022   precision = sizeof(real);
2023   if (bRead) {
2024     gmx_fio_do_string(fio,buf);
2025     if (strncmp(buf,"VERSION",7))
2026       gmx_fatal(FARGS,"Can not read file %s,\n"
2027                   "             this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
2028                   "             Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
2029                   gmx_fio_getname(fio));
2030     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2031     bDouble = (precision == sizeof(double));
2032     if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
2033       gmx_fatal(FARGS,"Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
2034                   "instead of %d or %d",
2035                   gmx_fio_getname(fio),precision,sizeof(float),sizeof(double));
2036     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2037     fprintf(stderr,"Reading file %s, %s (%s precision)\n",
2038             gmx_fio_getname(fio),buf,bDouble ? "double" : "single");
2039   }
2040   else {
2041     gmx_fio_write_string(fio,GromacsVersion());
2042     bDouble = (precision == sizeof(double));
2043     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2044     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2045     fver = tpx_version;
2046     fgen = tpx_generation;
2047   }
2048
2049   /* Check versions! */
2050   gmx_fio_do_int(fio,fver);
2051
2052   if(fver>=26)
2053     gmx_fio_do_int(fio,fgen);
2054   else
2055     fgen=0;
2056
2057   if(file_version!=NULL)
2058     *file_version = fver;
2059   if(file_generation!=NULL)
2060     *file_generation = fgen;
2061
2062
2063   if ((fver <= tpx_incompatible_version) ||
2064       ((fver > tpx_version) && !TopOnlyOK) ||
2065       (fgen > tpx_generation))
2066     gmx_fatal(FARGS,"reading tpx file (%s) version %d with version %d program",
2067                 gmx_fio_getname(fio),fver,tpx_version);
2068
2069   do_section(fio,eitemHEADER,bRead);
2070   gmx_fio_do_int(fio,tpx->natoms);
2071   if (fver >= 28)
2072     gmx_fio_do_int(fio,tpx->ngtc);
2073   else
2074     tpx->ngtc = 0;
2075   if (fver < 62) {
2076     gmx_fio_do_int(fio,idum);
2077     gmx_fio_do_real(fio,rdum);
2078   }
2079   gmx_fio_do_real(fio,tpx->lambda);
2080   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bIr);
2081   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bTop);
2082   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bX);
2083   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bV);
2084   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bF);
2085   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bBox);
2086
2087   if((fgen > tpx_generation)) {
2088     /* This can only happen if TopOnlyOK=TRUE */
2089     tpx->bIr=FALSE;
2090   }
2091 }
2092
2093 static int do_tpx(t_fileio *fio, gmx_bool bRead,
2094                   t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop,
2095                   gmx_bool bXVallocated)
2096 {
2097   t_tpxheader tpx;
2098   t_inputrec  dum_ir;
2099   gmx_mtop_t  dum_top;
2100   gmx_bool        TopOnlyOK,bDum=TRUE;
2101   int         file_version,file_generation;
2102   int         i;
2103   rvec        *xptr,*vptr;
2104   int         ePBC;
2105   gmx_bool        bPeriodicMols;
2106
2107   if (!bRead) {
2108     tpx.natoms = state->natoms;
2109     tpx.ngtc   = state->ngtc;
2110     tpx.lambda = state->lambda;
2111     tpx.bIr  = (ir       != NULL);
2112     tpx.bTop = (mtop     != NULL);
2113     tpx.bX   = (state->x != NULL);
2114     tpx.bV   = (state->v != NULL);
2115     tpx.bF   = (f        != NULL);
2116     tpx.bBox = TRUE;
2117   }
2118
2119   TopOnlyOK = (ir==NULL);
2120
2121   do_tpxheader(fio,bRead,&tpx,TopOnlyOK,&file_version,&file_generation);
2122
2123   if (bRead) {
2124     state->flags  = 0;
2125     state->lambda = tpx.lambda;
2126     /* The init_state calls initialize the Nose-Hoover xi integrals to zero */
2127     if (bXVallocated) {
2128       xptr = state->x;
2129       vptr = state->v;
2130       init_state(state,0,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */ /* eventually, need to add nnhpres here? */
2131       state->natoms = tpx.natoms;
2132       state->nalloc = tpx.natoms;
2133       state->x = xptr;
2134       state->v = vptr;
2135     } else {
2136       init_state(state,tpx.natoms,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */
2137     }
2138   }
2139
2140 #define do_test(fio,b,p) if (bRead && (p!=NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS,"No %s in %s",#p,gmx_fio_getname(fio))
2141
2142   do_test(fio,tpx.bBox,state->box);
2143   do_section(fio,eitemBOX,bRead);
2144   if (tpx.bBox) {
2145     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box,DIM);
2146     if (file_version >= 51) {
2147       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box_rel,DIM);
2148     } else {
2149       /* We initialize box_rel after reading the inputrec */
2150       clear_mat(state->box_rel);
2151     }
2152     if (file_version >= 28) {
2153       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->boxv,DIM);
2154       if (file_version < 56) {
2155         matrix mdum;
2156         gmx_fio_ndo_rvec(fio,mdum,DIM);
2157       }
2158     }
2159   }
2160
2161   if (state->ngtc > 0 && file_version >= 28) {
2162     real *dumv;
2163     /*ndo_double(state->nosehoover_xi,state->ngtc,bDum);*/
2164     /*ndo_double(state->nosehoover_vxi,state->ngtc,bDum);*/
2165     /*ndo_double(state->therm_integral,state->ngtc,bDum);*/
2166     snew(dumv,state->ngtc);
2167     if (file_version < 69) {
2168       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2169     }
2170     /* These used to be the Berendsen tcoupl_lambda's */
2171     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2172     sfree(dumv);
2173   }
2174
2175   /* Prior to tpx version 26, the inputrec was here.
2176    * I moved it to enable partial forward-compatibility
2177    * for analysis/viewer programs.
2178    */
2179   if(file_version<26) {
2180     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2181     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2182     if (tpx.bIr) {
2183       if (ir) {
2184         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,
2185                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2186         if (bRead && debug)
2187           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2188       }
2189       else {
2190         do_inputrec(fio, &dum_ir,bRead,file_version,
2191                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ :NULL);
2192         if (bRead && debug)
2193           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",&dum_ir,FALSE);
2194         done_inputrec(&dum_ir);
2195       }
2196
2197     }
2198   }
2199
2200   do_test(fio,tpx.bTop,mtop);
2201   do_section(fio,eitemTOP,bRead);
2202   if (tpx.bTop) {
2203     if (mtop) {
2204       do_mtop(fio,mtop,bRead, file_version);
2205     } else {
2206       do_mtop(fio,&dum_top,bRead,file_version);
2207       done_mtop(&dum_top,TRUE);
2208     }
2209   }
2210   do_test(fio,tpx.bX,state->x);
2211   do_section(fio,eitemX,bRead);
2212   if (tpx.bX) {
2213     if (bRead) {
2214       state->flags |= (1<<estX);
2215     }
2216     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->x,state->natoms);
2217   }
2218
2219   do_test(fio,tpx.bV,state->v);
2220   do_section(fio,eitemV,bRead);
2221   if (tpx.bV) {
2222     if (bRead) {
2223       state->flags |= (1<<estV);
2224     }
2225     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->v,state->natoms);
2226   }
2227
2228   do_test(fio,tpx.bF,f);
2229   do_section(fio,eitemF,bRead);
2230   if (tpx.bF) gmx_fio_ndo_rvec(fio,f,state->natoms);
2231
2232   /* Starting with tpx version 26, we have the inputrec
2233    * at the end of the file, so we can ignore it
2234    * if the file is never than the software (but still the
2235    * same generation - see comments at the top of this file.
2236    *
2237    *
2238    */
2239   ePBC = -1;
2240   bPeriodicMols = FALSE;
2241   if (file_version >= 26) {
2242     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2243     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2244     if (tpx.bIr) {
2245       if (file_version >= 53) {
2246         /* Removed the pbc info from do_inputrec, since we always want it */
2247         if (!bRead) {
2248           ePBC          = ir->ePBC;
2249           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2250         }
2251         gmx_fio_do_int(fio,ePBC);
2252         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bPeriodicMols);
2253       }
2254       if (file_generation <= tpx_generation && ir) {
2255         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2256         if (bRead && debug)
2257           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2258         if (file_version < 51)
2259           set_box_rel(ir,state);
2260         if (file_version < 53) {
2261           ePBC          = ir->ePBC;
2262           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2263         }
2264       }
2265       if (bRead && ir && file_version >= 53) {
2266         /* We need to do this after do_inputrec, since that initializes ir */
2267         ir->ePBC          = ePBC;
2268         ir->bPeriodicMols = bPeriodicMols;
2269       }
2270     }
2271   }
2272
2273     if (bRead)
2274     {
2275         if (tpx.bIr && ir)
2276         {
2277             if (state->ngtc == 0)
2278             {
2279                 /* Reading old version without tcoupl state data: set it */
2280                 init_gtc_state(state,ir->opts.ngtc,0,ir->opts.nhchainlength);
2281             }
2282             if (tpx.bTop && mtop)
2283             {
2284                 if (file_version < 57)
2285                 {
2286                     if (mtop->moltype[0].ilist[F_DISRES].nr > 0)
2287                     {
2288                         ir->eDisre = edrSimple;
2289                     }
2290                     else
2291                     {
2292                         ir->eDisre = edrNone;
2293                     }
2294                 }
2295                 set_disres_npair(mtop);
2296             }
2297         }
2298
2299         if (tpx.bTop && mtop)
2300         {
2301             gmx_mtop_finalize(mtop);
2302         }
2303
2304         if (file_version >= 57)
2305         {
2306             char *env;
2307             int  ienv;
2308             env = getenv("GMX_NOCHARGEGROUPS");
2309             if (env != NULL)
2310             {
2311                 sscanf(env,"%d",&ienv);
2312                 fprintf(stderr,"\nFound env.var. GMX_NOCHARGEGROUPS = %d\n",
2313                         ienv);
2314                 if (ienv > 0)
2315                 {
2316                     fprintf(stderr,
2317                             "Will make single atomic charge groups in non-solvent%s\n",
2318                             ienv > 1 ? " and solvent" : "");
2319                     gmx_mtop_make_atomic_charge_groups(mtop,ienv==1);
2320                 }
2321                 fprintf(stderr,"\n");
2322             }
2323         }
2324     }
2325
2326     return ePBC;
2327 }
2328
2329 /************************************************************
2330  *
2331  *  The following routines are the exported ones
2332  *
2333  ************************************************************/
2334
2335 t_fileio *open_tpx(const char *fn,const char *mode)
2336 {
2337   return gmx_fio_open(fn,mode);
2338 }
2339
2340 void close_tpx(t_fileio *fio)
2341 {
2342   gmx_fio_close(fio);
2343 }
2344
2345 void read_tpxheader(const char *fn, t_tpxheader *tpx, gmx_bool TopOnlyOK,
2346                     int *file_version, int *file_generation)
2347 {
2348   t_fileio *fio;
2349
2350   fio = open_tpx(fn,"r");
2351   do_tpxheader(fio,TRUE,tpx,TopOnlyOK,file_version,file_generation);
2352   close_tpx(fio);
2353 }
2354
2355 void write_tpx_state(const char *fn,
2356                      t_inputrec *ir,t_state *state,gmx_mtop_t *mtop)
2357 {
2358   t_fileio *fio;
2359
2360   fio = open_tpx(fn,"w");
2361   do_tpx(fio,FALSE,ir,state,NULL,mtop,FALSE);
2362   close_tpx(fio);
2363 }
2364
2365 void read_tpx_state(const char *fn,
2366                     t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2367 {
2368   t_fileio *fio;
2369
2370   fio = open_tpx(fn,"r");
2371   do_tpx(fio,TRUE,ir,state,f,mtop,FALSE);
2372   close_tpx(fio);
2373 }
2374
2375 int read_tpx(const char *fn,
2376              t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2377              rvec *x,rvec *v,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2378 {
2379   t_fileio *fio;
2380   t_state state;
2381   int ePBC;
2382
2383   state.x = x;
2384   state.v = v;
2385   fio = open_tpx(fn,"r");
2386   ePBC = do_tpx(fio,TRUE,ir,&state,f,mtop,TRUE);
2387   close_tpx(fio);
2388   *natoms = state.natoms;
2389   if (box)
2390     copy_mat(state.box,box);
2391   state.x = NULL;
2392   state.v = NULL;
2393   done_state(&state);
2394
2395   return ePBC;
2396 }
2397
2398 int read_tpx_top(const char *fn,
2399                  t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2400                  rvec *x,rvec *v,rvec *f,t_topology *top)
2401 {
2402   gmx_mtop_t mtop;
2403   t_topology *ltop;
2404   int ePBC;
2405
2406   ePBC = read_tpx(fn,ir,box,natoms,x,v,f,&mtop);
2407
2408   *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
2409
2410   return ePBC;
2411 }
2412
2413 gmx_bool fn2bTPX(const char *file)
2414 {
2415   switch (fn2ftp(file)) {
2416   case efTPR:
2417   case efTPB:
2418   case efTPA:
2419     return TRUE;
2420   default:
2421     return FALSE;
2422   }
2423 }
2424
2425 gmx_bool read_tps_conf(const char *infile,char *title,t_topology *top,int *ePBC,
2426                    rvec **x,rvec **v,matrix box,gmx_bool bMass)
2427 {
2428   t_tpxheader  header;
2429   int          natoms,i,version,generation;
2430   gmx_bool         bTop,bXNULL;
2431   gmx_mtop_t   *mtop;
2432   t_topology   *topconv;
2433   gmx_atomprop_t aps;
2434
2435   bTop = fn2bTPX(infile);
2436   *ePBC = -1;
2437   if (bTop) {
2438     read_tpxheader(infile,&header,TRUE,&version,&generation);
2439     if (x)
2440       snew(*x,header.natoms);
2441     if (v)
2442       snew(*v,header.natoms);
2443     snew(mtop,1);
2444     *ePBC = read_tpx(infile,NULL,box,&natoms,
2445                      (x==NULL) ? NULL : *x,(v==NULL) ? NULL : *v,NULL,mtop);
2446     *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
2447     sfree(mtop);
2448     strcpy(title,*top->name);
2449     tpx_make_chain_identifiers(&top->atoms,&top->mols);
2450   }
2451   else {
2452     get_stx_coordnum(infile,&natoms);
2453     init_t_atoms(&top->atoms,natoms,FALSE);
2454     bXNULL = (x == NULL);
2455     snew(*x,natoms);
2456     if (v)
2457       snew(*v,natoms);
2458     read_stx_conf(infile,title,&top->atoms,*x,(v==NULL) ? NULL : *v,ePBC,box);
2459     if (bXNULL) {
2460       sfree(*x);
2461       x = NULL;
2462     }
2463     if (bMass) {
2464       aps = gmx_atomprop_init();
2465       for(i=0; (i<natoms); i++)
2466         if (!gmx_atomprop_query(aps,epropMass,
2467                                 *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2468                                 *top->atoms.atomname[i],
2469                                 &(top->atoms.atom[i].m))) {
2470           if (debug)
2471             fprintf(debug,"Can not find mass for atom %s %d %s, setting to 1\n",
2472                     *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2473                     top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].nr,
2474                     *top->atoms.atomname[i]);
2475         }
2476       gmx_atomprop_destroy(aps);
2477     }
2478     top->idef.ntypes=-1;
2479   }
2480
2481   return bTop;
2482 }