src/gromacs/gmxlib/tpxio.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  41 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  42 #include <thread_mpi.h>
  43 #endif
  44
  45
  46 #include <ctype.h>
  47 #include "sysstuff.h"
  48 #include "smalloc.h"
  49 #include "string2.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "symtab.h"
  54 #include "futil.h"
  55 #include "filenm.h"
  56 #include "gmxfio.h"
  57 #include "topsort.h"
  58 #include "tpxio.h"
  59 #include "txtdump.h"
  60 #include "confio.h"
  61 #include "atomprop.h"
  62 #include "copyrite.h"
  63 #include "vec.h"
  64 #include "mtop_util.h"
  65
  66 #define TPX_TAG_RELEASE  "release"
  67
  68 /* This is the tag string which is stored in the tpx file.
  69  * Change this if you want to change the tpx format in a feature branch.
  70  * This ensures that there will not be different tpx formats around which
  71  * can not be distinguished.
  72  */
  73 static const char *tpx_tag = TPX_TAG_RELEASE;
  74
  75 /* This number should be increased whenever the file format changes! */
  76 static const int tpx_version = 92;
  77
  78 /* This number should only be increased when you edit the TOPOLOGY section
  79  * or the HEADER of the tpx format.
  80  * This way we can maintain forward compatibility too for all analysis tools
  81  * and/or external programs that only need to know the atom/residue names,
  82  * charges, and bond connectivity.
  83  *
  84  * It first appeared in tpx version 26, when I also moved the inputrecord
  85  * to the end of the tpx file, so we can just skip it if we only
  86  * want the topology.
  87  */
  88 static const int tpx_generation = 25;
  89
  90 /* This number should be the most recent backwards incompatible version
  91  * I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
  92  */
  93 static const int tpx_incompatible_version = 9;
  94
  95
  96
  97 /* Struct used to maintain tpx compatibility when function types are added */
  98 typedef struct {
  99   int fvnr; /* file version number in which the function type first appeared */
 100   int ftype; /* function type */
 101 } t_ftupd;
 102
 103 /*
 104  *The entries should be ordered in:
 105  * 1. ascending file version number
 106  * 2. ascending function type number
 107  */
 108 /*static const t_ftupd ftupd[] = {
 109   { 20, F_CUBICBONDS        },
 110   { 20, F_CONNBONDS         },
 111   { 20, F_HARMONIC          },
 112   { 20, F_EQM,              },
 113   { 22, F_DISRESVIOL        },
 114   { 22, F_ORIRES            },
 115   { 22, F_ORIRESDEV         },
 116   { 26, F_FOURDIHS          },
 117   { 26, F_PIDIHS            },
 118   { 26, F_DIHRES            },
 119   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 120   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 121   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 122   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 123   { 30, F_POLARIZATION      },
 124   { 54, F_DHDL_CON          },
 125   };*/
 126 /*
 127  *The entries should be ordered in:
 128  * 1. ascending function type number
 129  * 2. ascending file version number
 130  */
 131 /* question; what is the purpose of the commented code above? */
 132 static const t_ftupd ftupd[] = {
 133   { 20, F_CUBICBONDS        },
 134   { 20, F_CONNBONDS         },
 135   { 20, F_HARMONIC          },
 136   { 34, F_FENEBONDS         },
 137   { 43, F_TABBONDS          },
 138   { 43, F_TABBONDSNC        },
 139   { 70, F_RESTRBONDS        },
 140   { 76, F_LINEAR_ANGLES     },
 141   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 142   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 143   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 144   { 34, F_QUARTIC_ANGLES    },
 145   { 43, F_TABANGLES         },
 146   { 26, F_FOURDIHS          },
 147   { 26, F_PIDIHS            },
 148   { 43, F_TABDIHS           },
 149   { 65, F_CMAP              },
 150   { 60, F_GB12              },
 151   { 61, F_GB13              },
 152   { 61, F_GB14              },
 153   { 72, F_GBPOL             },
 154   { 72, F_NPSOLVATION       },
 155   { 41, F_LJC14_Q           },
 156   { 41, F_LJC_PAIRS_NB      },
 157   { 32, F_BHAM_LR           },
 158   { 32, F_RF_EXCL           },
 159   { 32, F_COUL_RECIP        },
 160   { 46, F_DPD               },
 161   { 30, F_POLARIZATION      },
 162   { 36, F_THOLE_POL         },
 163   { 80, F_FBPOSRES          },
 164   { 22, F_DISRESVIOL        },
 165   { 22, F_ORIRES            },
 166   { 22, F_ORIRESDEV         },
 167   { 26, F_DIHRES            },
 168   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 169   { 49, F_VSITE4FDN         },
 170   { 50, F_VSITEN            },
 171   { 46, F_COM_PULL          },
 172   { 20, F_EQM               },
 173   { 46, F_ECONSERVED        },
 174   { 69, F_VTEMP_NOLONGERUSED},
 175   { 66, F_PDISPCORR         },
 176   { 54, F_DHDL_CON          },
 177   { 76, F_ANHARM_POL        },
 178   { 79, F_DVDL_COUL         },
 179   { 79, F_DVDL_VDW,         },
 180   { 79, F_DVDL_BONDED,      },
 181   { 79, F_DVDL_RESTRAINT    },
 182   { 79, F_DVDL_TEMPERATURE  },
 183   { 54, F_DHDL_CON          }
 184 };
 185 #define NFTUPD asize(ftupd)
 186
 187 /* Needed for backward compatibility */
 188 #define MAXNODES 256
 189
 190 static void _do_section(t_fileio *fio,int key,gmx_bool bRead,const char *src,
 191                         int line)
 192 {
 193   char buf[STRLEN];
 194   gmx_bool bDbg;
 195
 196   if (gmx_fio_getftp(fio) == efTPA) {
 197     if (!bRead) {
 198       gmx_fio_write_string(fio,itemstr[key]);
 199       bDbg       = gmx_fio_getdebug(fio);
 200       gmx_fio_setdebug(fio,FALSE);
 201       gmx_fio_write_string(fio,comment_str[key]);
 202       gmx_fio_setdebug(fio,bDbg);
 203     }
 204     else {
 205       if (gmx_fio_getdebug(fio))
 206         fprintf(stderr,"Looking for section %s (%s, %d)",
 207                 itemstr[key],src,line);
 208
 209       do {
 210         gmx_fio_do_string(fio,buf);
 211       } while ((gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0));
 212
 213       if (gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0)
 214         gmx_fatal(FARGS,"\nCould not find section heading %s",itemstr[key]);
 215       else if (gmx_fio_getdebug(fio))
 216         fprintf(stderr," and found it\n");
 217     }
 218   }
 219 }
 220
 221 #define do_section(fio,key,bRead) _do_section(fio,key,bRead,__FILE__,__LINE__)
 222
 223 /**************************************************************
 224  *
 225  * Now the higer level routines that do io of the structures and arrays
 226  *
 227  **************************************************************/
 228 static void do_pullgrp(t_fileio *fio, t_pullgrp *pgrp, gmx_bool bRead,
 229                        int file_version)
 230 {
 231   gmx_bool bDum=TRUE;
 232   int  i;
 233
 234   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nat);
 235   if (bRead)
 236     snew(pgrp->ind,pgrp->nat);
 237   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,pgrp->ind,pgrp->nat);
 238   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nweight);
 239   if (bRead)
 240     snew(pgrp->weight,pgrp->nweight);
 241   bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,pgrp->weight,pgrp->nweight);
 242   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->pbcatom);
 243   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->vec);
 244   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->init);
 245   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->rate);
 246   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->k);
 247   if (file_version >= 56) {
 248     gmx_fio_do_real(fio,pgrp->kB);
 249   } else {
 250     pgrp->kB = pgrp->k;
 251   }
 252 }
 253
 254 static void do_expandedvals(t_fileio *fio,t_expanded *expand,t_lambda *fepvals, gmx_bool bRead, int file_version)
 255 {
 256   /* i is used in the ndo_double macro*/
 257   int i;
 258   real fv;
 259   gmx_bool bDum=TRUE;
 260   real rdum;
 261   int n_lambda=fepvals->n_lambda;
 262
 263   /* reset the lambda calculation window */
 264   fepvals->lambda_start_n = 0;
 265   fepvals->lambda_stop_n = n_lambda;
 266   if (file_version >= 79)
 267   {
 268       if (n_lambda>0)
 269       {
 270           if (bRead)
 271           {
 272               snew(expand->init_lambda_weights,n_lambda);
 273           }
 274           bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,expand->init_lambda_weights,n_lambda);
 275           gmx_fio_do_gmx_bool(fio,expand->bInit_weights);
 276       }
 277
 278       gmx_fio_do_int(fio,expand->nstexpanded);
 279       gmx_fio_do_int(fio,expand->elmcmove);
 280       gmx_fio_do_int(fio,expand->elamstats);
 281       gmx_fio_do_int(fio,expand->lmc_repeats);
 282       gmx_fio_do_int(fio,expand->gibbsdeltalam);
 283       gmx_fio_do_int(fio,expand->lmc_forced_nstart);
 284       gmx_fio_do_int(fio,expand->lmc_seed);
 285       gmx_fio_do_real(fio,expand->mc_temp);
 286       gmx_fio_do_int(fio,expand->bSymmetrizedTMatrix);
 287       gmx_fio_do_int(fio,expand->nstTij);
 288       gmx_fio_do_int(fio,expand->minvarmin);
 289       gmx_fio_do_int(fio,expand->c_range);
 290       gmx_fio_do_real(fio,expand->wl_scale);
 291       gmx_fio_do_real(fio,expand->wl_ratio);
 292       gmx_fio_do_real(fio,expand->init_wl_delta);
 293       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,expand->bWLoneovert);
 294       gmx_fio_do_int(fio,expand->elmceq);
 295       gmx_fio_do_int(fio,expand->equil_steps);
 296       gmx_fio_do_int(fio,expand->equil_samples);
 297       gmx_fio_do_int(fio,expand->equil_n_at_lam);
 298       gmx_fio_do_real(fio,expand->equil_wl_delta);
 299       gmx_fio_do_real(fio,expand->equil_ratio);
 300   }
 301 }
 302
 303 static void do_simtempvals(t_fileio *fio,t_simtemp *simtemp, int n_lambda, gmx_bool bRead,
 304                            int file_version)
 305 {
 306   gmx_bool bDum=TRUE;
 307
 308   if (file_version >= 79)
 309   {
 310       gmx_fio_do_int(fio,simtemp->eSimTempScale);
 311       gmx_fio_do_real(fio,simtemp->simtemp_high);
 312       gmx_fio_do_real(fio,simtemp->simtemp_low);
 313       if (n_lambda>0)
 314       {
 315           if (bRead)
 316           {
 317               snew(simtemp->temperatures,n_lambda);
 318           }
 319           bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,simtemp->temperatures,n_lambda);
 320       }
 321   }
 322 }
 323
 324 static void do_fepvals(t_fileio *fio,t_lambda *fepvals,gmx_bool bRead, int file_version)
 325 {
 326   /* i is defined in the ndo_double macro; use g to iterate. */
 327   int i,g;
 328   real fv;
 329   gmx_bool bDum=TRUE;
 330   real rdum;
 331
 332   /* free energy values */
 333
 334   if (file_version >= 79)
 335   {
 336       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->init_fep_state);
 337       gmx_fio_do_double(fio,fepvals->init_lambda);
 338       gmx_fio_do_double(fio,fepvals->delta_lambda);
 339   }
 340   else if (file_version >= 59) {
 341       gmx_fio_do_double(fio,fepvals->init_lambda);
 342       gmx_fio_do_double(fio,fepvals->delta_lambda);
 343   } else {
 344       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 345       fepvals->init_lambda = rdum;
 346       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 347       fepvals->delta_lambda = rdum;
 348   }
 349   if (file_version >= 79)
 350   {
 351       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->n_lambda);
 352       if (bRead)
 353       {
 354           snew(fepvals->all_lambda,efptNR);
 355       }
 356       for (g=0;g<efptNR;g++)
 357       {
 358           if (fepvals->n_lambda > 0) {
 359               if (bRead)
 360               {
 361                   snew(fepvals->all_lambda[g],fepvals->n_lambda);
 362               }
 363               bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,fepvals->all_lambda[g],fepvals->n_lambda);
 364               bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,fepvals->separate_dvdl,efptNR);
 365           }
 366           else if (fepvals->init_lambda >= 0)
 367           {
 368               fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
 369           }
 370       }
 371   }
 372   else if (file_version >= 64)
 373   {
 374       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->n_lambda);
 375       if (bRead)
 376       {
 377           int g;
 378
 379           snew(fepvals->all_lambda,efptNR);
 380           /* still allocate the all_lambda array's contents. */
 381           for(g=0;g<efptNR;g++)
 382           {
 383               if (fepvals->n_lambda > 0) {
 384                   snew(fepvals->all_lambda[g],fepvals->n_lambda);
 385               }
 386           }
 387       }
 388       bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,fepvals->all_lambda[efptFEP],
 389                               fepvals->n_lambda);
 390       if (fepvals->init_lambda >= 0)
 391       {
 392           int g,h;
 393
 394           fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
 395
 396           if (bRead)
 397           {
 398               /* copy the contents of the efptFEP lambda component to all
 399                  the other components */
 400               for(g=0;g<efptNR;g++)
 401               {
 402                   for(h=0;h<fepvals->n_lambda;h++)
 403                   {
 404                       if (g!=efptFEP)
 405                       {
 406                           fepvals->all_lambda[g][h] =
 407                                     fepvals->all_lambda[efptFEP][h];
 408                       }
 409                   }
 410               }
 411           }
 412       }
 413   }
 414   else
 415   {
 416       fepvals->n_lambda = 0;
 417       fepvals->all_lambda   = NULL;
 418       if (fepvals->init_lambda >= 0)
 419       {
 420           fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
 421       }
 422   }
 423   if (file_version >= 13)
 424   {
 425       gmx_fio_do_real(fio,fepvals->sc_alpha);
 426   }
 427   else
 428   {
 429       fepvals->sc_alpha = 0;
 430   }
 431   if (file_version >= 38)
 432   {
 433       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->sc_power);
 434   }
 435   else
 436   {
 437       fepvals->sc_power = 2;
 438   }
 439   if (file_version >= 79)
 440   {
 441       gmx_fio_do_real(fio,fepvals->sc_r_power);
 442   }
 443   else
 444   {
 445       fepvals->sc_r_power = 6.0;
 446   }
 447   if (file_version >= 15)
 448   {
 449       gmx_fio_do_real(fio,fepvals->sc_sigma);
 450   }
 451   else
 452   {
 453       fepvals->sc_sigma = 0.3;
 454   }
 455   if (bRead)
 456   {
 457       if (file_version >= 71)
 458       {
 459           fepvals->sc_sigma_min = fepvals->sc_sigma;
 460       }
 461       else
 462       {
 463           fepvals->sc_sigma_min = 0;
 464       }
 465   }
 466   if (file_version >= 79)
 467   {
 468       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->bScCoul);
 469   }
 470   else
 471   {
 472       fepvals->bScCoul = TRUE;
 473   }
 474   if (file_version >= 64) {
 475       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->nstdhdl);
 476   } else {
 477       fepvals->nstdhdl = 1;
 478   }
 479
 480   if (file_version >= 73)
 481   {
 482       gmx_fio_do_int(fio, fepvals->separate_dhdl_file);
 483       gmx_fio_do_int(fio, fepvals->dhdl_derivatives);
 484   }
 485   else
 486   {
 487       fepvals->separate_dhdl_file = esepdhdlfileYES;
 488       fepvals->dhdl_derivatives = edhdlderivativesYES;
 489   }
 490   if (file_version >= 71)
 491   {
 492       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->dh_hist_size);
 493       gmx_fio_do_double(fio,fepvals->dh_hist_spacing);
 494   }
 495   else
 496   {
 497       fepvals->dh_hist_size    = 0;
 498       fepvals->dh_hist_spacing = 0.1;
 499   }
 500   if (file_version >= 79)
 501   {
 502       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->bPrintEnergy);
 503   }
 504   else
 505   {
 506       fepvals->bPrintEnergy = FALSE;
 507   }
 508
 509   /* handle lambda_neighbors */
 510   if ((file_version >= 83 && file_version < 90) || file_version >= 92 )
 511   {
 512       gmx_fio_do_int(fio,fepvals->lambda_neighbors);
 513       if ( (fepvals->lambda_neighbors >= 0) && (fepvals->init_fep_state>=0) &&
 514            (fepvals->init_lambda < 0) )
 515       {
 516           fepvals->lambda_start_n = (fepvals->init_fep_state -
 517                                      fepvals->lambda_neighbors);
 518           fepvals->lambda_stop_n = (fepvals->init_fep_state +
 519                                     fepvals->lambda_neighbors + 1);
 520           if (fepvals->lambda_start_n < 0)
 521           {
 522               fepvals->lambda_start_n = 0;;
 523           }
 524           if (fepvals->lambda_stop_n >= fepvals->n_lambda)
 525           {
 526               fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
 527           }
 528       }
 529       else
 530       {
 531           fepvals->lambda_start_n = 0;
 532           fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
 533       }
 534   }
 535   else
 536   {
 537       fepvals->lambda_start_n = 0;
 538       fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
 539   }
 540 }
 541
 542 static void do_pull(t_fileio *fio, t_pull *pull,gmx_bool bRead, int file_version)
 543 {
 544   int g;
 545
 546   gmx_fio_do_int(fio,pull->ngrp);
 547   gmx_fio_do_int(fio,pull->eGeom);
 548   gmx_fio_do_ivec(fio,pull->dim);
 549   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r1);
 550   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r0);
 551   gmx_fio_do_real(fio,pull->constr_tol);
 552   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstxout);
 553   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstfout);
 554   if (bRead)
 555     snew(pull->grp,pull->ngrp+1);
 556   for(g=0; g<pull->ngrp+1; g++)
 557     do_pullgrp(fio,&pull->grp[g],bRead,file_version);
 558 }
 559
 560
 561 static void do_rotgrp(t_fileio *fio, t_rotgrp *rotg,gmx_bool bRead, int file_version)
 562 {
 563   gmx_bool bDum=TRUE;
 564   int  i;
 565
 566   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eType);
 567   gmx_fio_do_int(fio,rotg->bMassW);
 568   gmx_fio_do_int(fio,rotg->nat);
 569   if (bRead)
 570     snew(rotg->ind,rotg->nat);
 571   gmx_fio_ndo_int(fio,rotg->ind,rotg->nat);
 572   if (bRead)
 573       snew(rotg->x_ref,rotg->nat);
 574   gmx_fio_ndo_rvec(fio,rotg->x_ref,rotg->nat);
 575   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->vec);
 576   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->pivot);
 577   gmx_fio_do_real(fio,rotg->rate);
 578   gmx_fio_do_real(fio,rotg->k);
 579   gmx_fio_do_real(fio,rotg->slab_dist);
 580   gmx_fio_do_real(fio,rotg->min_gaussian);
 581   gmx_fio_do_real(fio,rotg->eps);
 582   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eFittype);
 583   gmx_fio_do_int(fio,rotg->PotAngle_nstep);
 584   gmx_fio_do_real(fio,rotg->PotAngle_step);
 585 }
 586
 587 static void do_rot(t_fileio *fio, t_rot *rot,gmx_bool bRead, int file_version)
 588 {
 589   int g;
 590
 591   gmx_fio_do_int(fio,rot->ngrp);
 592   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstrout);
 593   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstsout);
 594   if (bRead)
 595     snew(rot->grp,rot->ngrp);
 596   for(g=0; g<rot->ngrp; g++)
 597     do_rotgrp(fio, &rot->grp[g],bRead,file_version);
 598 }
 599
 600
 601 static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir,gmx_bool bRead,
 602                         int file_version, real *fudgeQQ)
 603 {
 604     int  i,j,k,*tmp,idum=0;
 605     gmx_bool bDum=TRUE;
 606     real rdum,bd_temp;
 607     rvec vdum;
 608     gmx_bool bSimAnn;
 609     real zerotemptime,finish_t,init_temp,finish_temp;
 610
 611     if (file_version != tpx_version)
 612     {
 613         /* Give a warning about features that are not accessible */
 614         fprintf(stderr,"Note: file tpx version %d, software tpx version %d\n",
 615                 file_version,tpx_version);
 616     }
 617
 618     if (bRead)
 619     {
 620         init_inputrec(ir);
 621     }
 622
 623     if (file_version == 0)
 624     {
 625         return;
 626     }
 627
 628     /* Basic inputrec stuff */
 629     gmx_fio_do_int(fio,ir->eI);
 630     if (file_version >= 62) {
 631       gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->nsteps);
 632     } else {
 633       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 634       ir->nsteps = idum;
 635     }
 636     if(file_version > 25) {
 637       if (file_version >= 62) {
 638         gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->init_step);
 639       } else {
 640         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 641         ir->init_step = idum;
 642       }
 643     }  else {
 644       ir->init_step=0;
 645     }
 646
 647         if(file_version >= 58)
 648           gmx_fio_do_int(fio,ir->simulation_part);
 649         else
 650           ir->simulation_part=1;
 651
 652     if (file_version >= 67) {
 653       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalcenergy);
 654     } else {
 655       ir->nstcalcenergy = 1;
 656     }
 657     if (file_version < 53) {
 658       /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
 659        * since we always want it, also without reading the inputrec.
 660        */
 661       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePBC);
 662       if ((file_version <= 15) && (ir->ePBC == 2))
 663         ir->ePBC = epbcNONE;
 664       if (file_version >= 45) {
 665         gmx_fio_do_int(fio,ir->bPeriodicMols);
 666       } else {
 667         if (ir->ePBC == 2) {
 668           ir->ePBC = epbcXYZ;
 669           ir->bPeriodicMols = TRUE;
 670         } else {
 671         ir->bPeriodicMols = FALSE;
 672         }
 673       }
 674     }
 675     if (file_version >= 81)
 676     {
 677         gmx_fio_do_int(fio,ir->cutoff_scheme);
 678     }
 679     else
 680     {
 681         ir->cutoff_scheme = ecutsGROUP;
 682     }
 683     gmx_fio_do_int(fio,ir->ns_type);
 684     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlist);
 685     gmx_fio_do_int(fio,ir->ndelta);
 686     if (file_version < 41) {
 687       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 688       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 689     }
 690     if (file_version >= 45)
 691       gmx_fio_do_real(fio,ir->rtpi);
 692     else
 693       ir->rtpi = 0.05;
 694     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcomm);
 695     if (file_version > 34)
 696       gmx_fio_do_int(fio,ir->comm_mode);
 697     else if (ir->nstcomm < 0)
 698       ir->comm_mode = ecmANGULAR;
 699     else
 700       ir->comm_mode = ecmLINEAR;
 701     ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
 702
 703     if(file_version > 25)
 704       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcheckpoint);
 705     else
 706       ir->nstcheckpoint=0;
 707
 708     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcgsteep);
 709
 710     if(file_version>=30)
 711       gmx_fio_do_int(fio,ir->nbfgscorr);
 712     else if (bRead)
 713       ir->nbfgscorr = 10;
 714
 715     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlog);
 716     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxout);
 717     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstvout);
 718     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstfout);
 719     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstenergy);
 720     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxtcout);
 721     if (file_version >= 59) {
 722       gmx_fio_do_double(fio,ir->init_t);
 723       gmx_fio_do_double(fio,ir->delta_t);
 724     } else {
 725       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 726       ir->init_t = rdum;
 727       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 728       ir->delta_t = rdum;
 729     }
 730     gmx_fio_do_real(fio,ir->xtcprec);
 731     if (file_version < 19) {
 732       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 733       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 734     }
 735     if(file_version < 18)
 736       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 737     if (file_version >= 81) {
 738       gmx_fio_do_real(fio,ir->verletbuf_drift);
 739     } else {
 740       ir->verletbuf_drift = 0;
 741     }
 742     gmx_fio_do_real(fio,ir->rlist);
 743     if (file_version >= 67) {
 744       gmx_fio_do_real(fio,ir->rlistlong);
 745     }
 746     if(file_version >= 82 && file_version != 90)
 747     {
 748         gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalclr);
 749     }
 750     else
 751     {
 752         /* Calculate at NS steps */
 753         ir->nstcalclr = ir->nstlist;
 754     }
 755     gmx_fio_do_int(fio,ir->coulombtype);
 756     if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
 757       ir->coulombtype = eelRF_NEC;
 758     if (file_version >= 81)
 759     {
 760         gmx_fio_do_int(fio,ir->coulomb_modifier);
 761     }
 762     else
 763     {
 764         ir->coulomb_modifier = (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET ? eintmodPOTSHIFT : eintmodNONE);
 765     }
 766     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb_switch);
 767     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb);
 768     gmx_fio_do_int(fio,ir->vdwtype);
 769     if (file_version >= 81)
 770     {
 771         gmx_fio_do_int(fio,ir->vdw_modifier);
 772     }
 773     else
 774     {
 775         ir->vdw_modifier = (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET ? eintmodPOTSHIFT : eintmodNONE);
 776     }
 777     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw_switch);
 778     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw);
 779     if (file_version < 67) {
 780       ir->rlistlong = max_cutoff(ir->rlist,max_cutoff(ir->rvdw,ir->rcoulomb));
 781     }
 782     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDispCorr);
 783     gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_r);
 784     if (file_version >= 37) {
 785       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_rf);
 786     } else {
 787       if (EEL_RF(ir->coulombtype)) {
 788         ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
 789         ir->epsilon_r  = 1.0;
 790       } else {
 791         ir->epsilon_rf = 1.0;
 792       }
 793     }
 794     if (file_version >= 29)
 795       gmx_fio_do_real(fio,ir->tabext);
 796     else
 797       ir->tabext=1.0;
 798
 799     if(file_version > 25) {
 800       gmx_fio_do_int(fio,ir->gb_algorithm);
 801       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstgbradii);
 802       gmx_fio_do_real(fio,ir->rgbradii);
 803       gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_saltconc);
 804       gmx_fio_do_int(fio,ir->implicit_solvent);
 805     } else {
 806       ir->gb_algorithm=egbSTILL;
 807       ir->nstgbradii=1;
 808       ir->rgbradii=1.0;
 809       ir->gb_saltconc=0;
 810       ir->implicit_solvent=eisNO;
 811     }
 812         if(file_version>=55)
 813         {
 814                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_epsilon_solvent);
 815                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_alpha);
 816                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_beta);
 817                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_gamma);
 818                 if(file_version>=60)
 819                 {
 820                         gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_dielectric_offset);
 821                         gmx_fio_do_int(fio,ir->sa_algorithm);
 822                 }
 823                 else
 824                 {
 825                         ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
 826                         ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
 827                 }
 828                 gmx_fio_do_real(fio,ir->sa_surface_tension);
 829
 830     /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
 831     if(ir->sa_surface_tension<0)
 832     {
 833       if(ir->gb_algorithm==egbSTILL)
 834       {
 835         ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
 836       }
 837       else if(ir->gb_algorithm==egbHCT || ir->gb_algorithm==egbOBC)
 838       {
 839         ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
 840       }
 841     }
 842
 843         }
 844         else
 845         {
 846                 /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
 847                 ir->gb_epsilon_solvent = 80;
 848                 ir->gb_obc_alpha       = 1.0;
 849                 ir->gb_obc_beta        = 0.8;
 850                 ir->gb_obc_gamma       = 4.85;
 851                 ir->sa_surface_tension = 2.092;
 852         }
 853
 854
 855     if (file_version >= 81)
 856     {
 857         gmx_fio_do_real(fio,ir->fourier_spacing);
 858     }
 859     else
 860     {
 861         ir->fourier_spacing = 0.0;
 862     }
 863     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkx);
 864     gmx_fio_do_int(fio,ir->nky);
 865     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkz);
 866     gmx_fio_do_int(fio,ir->pme_order);
 867     gmx_fio_do_real(fio,ir->ewald_rtol);
 868
 869     if (file_version >=24)
 870       gmx_fio_do_int(fio,ir->ewald_geometry);
 871     else
 872       ir->ewald_geometry=eewg3D;
 873
 874     if (file_version <=17) {
 875       ir->epsilon_surface=0;
 876       if (file_version==17)
 877         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 878     }
 879     else
 880       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_surface);
 881
 882     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bOptFFT);
 883
 884     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bContinuation);
 885     gmx_fio_do_int(fio,ir->etc);
 886     /* before version 18, ir->etc was a gmx_bool (ir->btc),
 887      * but the values 0 and 1 still mean no and
 888      * berendsen temperature coupling, respectively.
 889      */
 890     if (file_version >= 79) {
 891         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bPrintNHChains);
 892     }
 893     if (file_version >= 71)
 894     {
 895         gmx_fio_do_int(fio,ir->nsttcouple);
 896     }
 897     else
 898     {
 899         ir->nsttcouple = ir->nstcalcenergy;
 900     }
 901     if (file_version <= 15)
 902     {
 903         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 904     }
 905     if (file_version <=17)
 906     {
 907         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 908         if (file_version <= 15)
 909         {
 910             if (ir->epct == 5)
 911             {
 912                 ir->epct = epctSURFACETENSION;
 913             }
 914             gmx_fio_do_int(fio,idum);
 915         }
 916         ir->epct -= 1;
 917         /* we have removed the NO alternative at the beginning */
 918         if(ir->epct==-1)
 919         {
 920             ir->epc=epcNO;
 921             ir->epct=epctISOTROPIC;
 922         }
 923         else
 924         {
 925             ir->epc=epcBERENDSEN;
 926         }
 927     }
 928     else
 929     {
 930         gmx_fio_do_int(fio,ir->epc);
 931         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 932     }
 933     if (file_version >= 71)
 934     {
 935         gmx_fio_do_int(fio,ir->nstpcouple);
 936     }
 937     else
 938     {
 939         ir->nstpcouple = ir->nstcalcenergy;
 940     }
 941     gmx_fio_do_real(fio,ir->tau_p);
 942     if (file_version <= 15) {
 943       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 944       clear_mat(ir->ref_p);
 945       for(i=0; i<DIM; i++)
 946         ir->ref_p[i][i] = vdum[i];
 947     } else {
 948       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[XX]);
 949       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[YY]);
 950       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[ZZ]);
 951     }
 952     if (file_version <= 15) {
 953       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 954       clear_mat(ir->compress);
 955       for(i=0; i<DIM; i++)
 956         ir->compress[i][i] = vdum[i];
 957     }
 958     else {
 959       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[XX]);
 960       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[YY]);
 961       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[ZZ]);
 962     }
 963     if (file_version >= 47) {
 964       gmx_fio_do_int(fio,ir->refcoord_scaling);
 965       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_com);
 966       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_comB);
 967     } else {
 968       ir->refcoord_scaling = erscNO;
 969       clear_rvec(ir->posres_com);
 970       clear_rvec(ir->posres_comB);
 971     }
 972     if((file_version > 25) && (file_version < 79))
 973         gmx_fio_do_int(fio,ir->andersen_seed);
 974     else
 975         ir->andersen_seed=0;
 976     if(file_version < 26) {
 977       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bSimAnn);
 978       gmx_fio_do_real(fio,zerotemptime);
 979     }
 980
 981     if (file_version < 37)
 982       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 983
 984     gmx_fio_do_real(fio,ir->shake_tol);
 985     if (file_version < 54)
 986       gmx_fio_do_real(fio,*fudgeQQ);
 987
 988     gmx_fio_do_int(fio,ir->efep);
 989     if (file_version <= 14 && ir->efep != efepNO)
 990     {
 991         ir->efep = efepYES;
 992     }
 993     do_fepvals(fio,ir->fepvals,bRead,file_version);
 994
 995     if (file_version >= 79)
 996     {
 997         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bSimTemp);
 998         if (ir->bSimTemp)
 999         {
1000             ir->bSimTemp = TRUE;
1001         }
1002     }
1003     else
1004     {
1005         ir->bSimTemp = FALSE;
1006     }
1007     if (ir->bSimTemp)
1008     {
1009         do_simtempvals(fio,ir->simtempvals,ir->fepvals->n_lambda,bRead,file_version);
1010     }
1011
1012     if (file_version >= 79)
1013     {
1014         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bExpanded);
1015         if (ir->bExpanded)
1016         {
1017             ir->bExpanded = TRUE;
1018         }
1019         else
1020         {
1021             ir->bExpanded = FALSE;
1022         }
1023     }
1024     if (ir->bExpanded)
1025     {
1026         do_expandedvals(fio,ir->expandedvals,ir->fepvals,bRead,file_version);
1027     }
1028     if (file_version >= 57) {
1029       gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisre);
1030     }
1031     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisreWeighting);
1032     if (file_version < 22) {
1033       if (ir->eDisreWeighting == 0)
1034         ir->eDisreWeighting = edrwEqual;
1035       else
1036         ir->eDisreWeighting = edrwConservative;
1037     }
1038     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bDisreMixed);
1039     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_fc);
1040     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_tau);
1041     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdisreout);
1042     if (file_version >= 22) {
1043       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_fc);
1044       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_tau);
1045       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstorireout);
1046     } else {
1047       ir->orires_fc = 0;
1048       ir->orires_tau = 0;
1049       ir->nstorireout = 0;
1050     }
1051     if(file_version >= 26 && file_version < 79) {
1052       gmx_fio_do_real(fio,ir->dihre_fc);
1053       if (file_version < 56)
1054       {
1055           gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1056           gmx_fio_do_int(fio,idum);
1057       }
1058     } else {
1059         ir->dihre_fc=0;
1060     }
1061
1062     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_stepsize);
1063     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_tol);
1064     if (file_version >= 22)
1065       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bShakeSOR);
1066     else if (bRead)
1067       ir->bShakeSOR = TRUE;
1068     if (file_version >= 11)
1069       gmx_fio_do_int(fio,ir->niter);
1070     else if (bRead) {
1071       ir->niter = 25;
1072       fprintf(stderr,"Note: niter not in run input file, setting it to %d\n",
1073               ir->niter);
1074     }
1075     if (file_version >= 21)
1076       gmx_fio_do_real(fio,ir->fc_stepsize);
1077     else
1078       ir->fc_stepsize = 0;
1079     gmx_fio_do_int(fio,ir->eConstrAlg);
1080     gmx_fio_do_int(fio,ir->nProjOrder);
1081     gmx_fio_do_real(fio,ir->LincsWarnAngle);
1082     if (file_version <= 14)
1083       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1084     if (file_version >=26)
1085       gmx_fio_do_int(fio,ir->nLincsIter);
1086     else if (bRead) {
1087       ir->nLincsIter = 1;
1088       fprintf(stderr,"Note: nLincsIter not in run input file, setting it to %d\n",
1089               ir->nLincsIter);
1090     }
1091     if (file_version < 33)
1092       gmx_fio_do_real(fio,bd_temp);
1093     gmx_fio_do_real(fio,ir->bd_fric);
1094     gmx_fio_do_int(fio,ir->ld_seed);
1095     if (file_version >= 33) {
1096       for(i=0; i<DIM; i++)
1097         gmx_fio_do_rvec(fio,ir->deform[i]);
1098     } else {
1099       for(i=0; i<DIM; i++)
1100         clear_rvec(ir->deform[i]);
1101     }
1102     if (file_version >= 14)
1103       gmx_fio_do_real(fio,ir->cos_accel);
1104     else if (bRead)
1105       ir->cos_accel = 0;
1106     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint1);
1107     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint2);
1108     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint3);
1109     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint4);
1110     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal1);
1111     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal2);
1112     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal3);
1113     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal4);
1114
1115     /* AdResS stuff */
1116     if (file_version >= 77) {
1117       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bAdress);
1118       if(ir->bAdress){
1119           if (bRead) snew(ir->adress, 1);
1120           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->type);
1121           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->const_wf);
1122           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->ex_width);
1123           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->hy_width);
1124           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->icor);
1125           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->site);
1126           gmx_fio_do_rvec(fio,ir->adress->refs);
1127           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->n_tf_grps);
1128           gmx_fio_do_real(fio, ir->adress->ex_forcecap);
1129           gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->n_energy_grps);
1130           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->do_hybridpairs);
1131
1132           if (bRead)snew(ir->adress->tf_table_index,ir->adress->n_tf_grps);
1133           if (ir->adress->n_tf_grps > 0) {
1134             bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->adress->tf_table_index,ir->adress->n_tf_grps);
1135           }
1136           if (bRead)snew(ir->adress->group_explicit,ir->adress->n_energy_grps);
1137           if (ir->adress->n_energy_grps > 0) {
1138             bDum=gmx_fio_ndo_int(fio, ir->adress->group_explicit,ir->adress->n_energy_grps);
1139           }
1140       }
1141     } else {
1142       ir->bAdress = FALSE;
1143     }
1144
1145     /* pull stuff */
1146     if (file_version >= 48) {
1147       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePull);
1148       if (ir->ePull != epullNO) {
1149         if (bRead)
1150           snew(ir->pull,1);
1151         do_pull(fio, ir->pull,bRead,file_version);
1152       }
1153     } else {
1154       ir->ePull = epullNO;
1155     }
1156
1157     /* Enforced rotation */
1158     if (file_version >= 74) {
1159         gmx_fio_do_int(fio,ir->bRot);
1160         if (ir->bRot == TRUE) {
1161             if (bRead)
1162                 snew(ir->rot,1);
1163             do_rot(fio, ir->rot,bRead,file_version);
1164         }
1165     } else {
1166         ir->bRot = FALSE;
1167     }
1168
1169     /* grpopts stuff */
1170     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngtc);
1171     if (file_version >= 69) {
1172       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.nhchainlength);
1173     } else {
1174       ir->opts.nhchainlength = 1;
1175     }
1176     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngacc);
1177     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngfrz);
1178     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngener);
1179
1180     if (bRead) {
1181       snew(ir->opts.nrdf,   ir->opts.ngtc);
1182       snew(ir->opts.ref_t,  ir->opts.ngtc);
1183       snew(ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
1184       snew(ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
1185       snew(ir->opts.anneal_time, ir->opts.ngtc);
1186       snew(ir->opts.anneal_temp, ir->opts.ngtc);
1187       snew(ir->opts.tau_t,  ir->opts.ngtc);
1188       snew(ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
1189       snew(ir->opts.acc,    ir->opts.ngacc);
1190       snew(ir->opts.egp_flags,ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
1191     }
1192     if (ir->opts.ngtc > 0) {
1193       if (bRead && file_version<13) {
1194         snew(tmp,ir->opts.ngtc);
1195         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,tmp, ir->opts.ngtc);
1196         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
1197           ir->opts.nrdf[i] = tmp[i];
1198         sfree(tmp);
1199       } else {
1200         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
1201       }
1202       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.ref_t,ir->opts.ngtc);
1203       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.tau_t,ir->opts.ngtc);
1204       if (file_version<33 && ir->eI==eiBD) {
1205         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
1206           ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
1207       }
1208     }
1209     if (ir->opts.ngfrz > 0)
1210       bDum=gmx_fio_ndo_ivec(fio,ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
1211     if (ir->opts.ngacc > 0)
1212       gmx_fio_ndo_rvec(fio,ir->opts.acc,ir->opts.ngacc);
1213     if (file_version >= 12)
1214       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.egp_flags,
1215                            ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
1216
1217     if(bRead && file_version < 26) {
1218       for(i=0;i<ir->opts.ngtc;i++) {
1219         if(bSimAnn) {
1220           ir->opts.annealing[i] = eannSINGLE;
1221           ir->opts.anneal_npoints[i] = 2;
1222           snew(ir->opts.anneal_time[i],2);
1223           snew(ir->opts.anneal_temp[i],2);
1224           /* calculate the starting/ending temperatures from reft, zerotemptime, and nsteps */
1225           finish_t = ir->init_t + ir->nsteps * ir->delta_t;
1226           init_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-ir->init_t/zerotemptime);
1227           finish_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-finish_t/zerotemptime);
1228           ir->opts.anneal_time[i][0] = ir->init_t;
1229           ir->opts.anneal_time[i][1] = finish_t;
1230           ir->opts.anneal_temp[i][0] = init_temp;
1231           ir->opts.anneal_temp[i][1] = finish_temp;
1232         } else {
1233           ir->opts.annealing[i] = eannNO;
1234           ir->opts.anneal_npoints[i] = 0;
1235         }
1236       }
1237     } else {
1238       /* file version 26 or later */
1239       /* First read the lists with annealing and npoints for each group */
1240       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.annealing,ir->opts.ngtc);
1241       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.anneal_npoints,ir->opts.ngtc);
1242       for(j=0;j<(ir->opts.ngtc);j++) {
1243         k=ir->opts.anneal_npoints[j];
1244         if(bRead) {
1245           snew(ir->opts.anneal_time[j],k);
1246           snew(ir->opts.anneal_temp[j],k);
1247         }
1248         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_time[j],k);
1249         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_temp[j],k);
1250       }
1251     }
1252     /* Walls */
1253     if (file_version >= 45) {
1254       gmx_fio_do_int(fio,ir->nwall);
1255       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_type);
1256       if (file_version >= 50)
1257         gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_r_linpot);
1258       else
1259         ir->wall_r_linpot = -1;
1260       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[0]);
1261       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[1]);
1262       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[0]);
1263       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[1]);
1264       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_ewald_zfac);
1265     } else {
1266       ir->nwall = 0;
1267       ir->wall_type = 0;
1268       ir->wall_atomtype[0] = -1;
1269       ir->wall_atomtype[1] = -1;
1270       ir->wall_density[0] = 0;
1271       ir->wall_density[1] = 0;
1272       ir->wall_ewald_zfac = 3;
1273     }
1274     /* Cosine stuff for electric fields */
1275     for(j=0; (j<DIM); j++) {
1276       gmx_fio_do_int(fio,ir->ex[j].n);
1277       gmx_fio_do_int(fio,ir->et[j].n);
1278       if (bRead) {
1279         snew(ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
1280         snew(ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
1281         snew(ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
1282         snew(ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
1283       }
1284       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
1285       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
1286       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
1287       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
1288     }
1289
1290     /* QMMM stuff */
1291     if(file_version>=39){
1292       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bQMMM);
1293       gmx_fio_do_int(fio,ir->QMMMscheme);
1294       gmx_fio_do_real(fio,ir->scalefactor);
1295       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngQM);
1296       if (bRead) {
1297         snew(ir->opts.QMmethod,    ir->opts.ngQM);
1298         snew(ir->opts.QMbasis,     ir->opts.ngQM);
1299         snew(ir->opts.QMcharge,    ir->opts.ngQM);
1300         snew(ir->opts.QMmult,      ir->opts.ngQM);
1301         snew(ir->opts.bSH,         ir->opts.ngQM);
1302         snew(ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
1303         snew(ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
1304         snew(ir->opts.SAon,        ir->opts.ngQM);
1305         snew(ir->opts.SAoff,       ir->opts.ngQM);
1306         snew(ir->opts.SAsteps,     ir->opts.ngQM);
1307         snew(ir->opts.bOPT,        ir->opts.ngQM);
1308         snew(ir->opts.bTS,         ir->opts.ngQM);
1309       }
1310       if (ir->opts.ngQM > 0) {
1311         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmethod,ir->opts.ngQM);
1312         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMbasis,ir->opts.ngQM);
1313         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMcharge,ir->opts.ngQM);
1314         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmult,ir->opts.ngQM);
1315         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bSH,ir->opts.ngQM);
1316         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASorbitals,ir->opts.ngQM);
1317         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
1318         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAon,ir->opts.ngQM);
1319         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAoff,ir->opts.ngQM);
1320         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.SAsteps,ir->opts.ngQM);
1321         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bOPT,ir->opts.ngQM);
1322         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bTS,ir->opts.ngQM);
1323       }
1324       /* end of QMMM stuff */
1325     }
1326 }
1327
1328
1329 static void do_harm(t_fileio *fio, t_iparams *iparams,gmx_bool bRead)
1330 {
1331   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rA);
1332   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krA);
1333   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1334   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1335 }
1336
1337 void do_iparams(t_fileio *fio, t_functype ftype,t_iparams *iparams,
1338                 gmx_bool bRead, int file_version)
1339 {
1340   int idum;
1341   gmx_bool bDum;
1342   real rdum;
1343
1344   if (!bRead)
1345     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1346   switch (ftype) {
1347   case F_ANGLES:
1348   case F_G96ANGLES:
1349   case F_BONDS:
1350   case F_G96BONDS:
1351   case F_HARMONIC:
1352   case F_IDIHS:
1353     do_harm(fio, iparams,bRead);
1354     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && bRead) {
1355       /* Correct incorrect storage of parameters */
1356       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1357       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1358     }
1359     break;
1360   case F_LINEAR_ANGLES:
1361     gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.klinA);
1362     gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.aA);
1363     gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.klinB);
1364     gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.aB);
1365     break;
1366   case F_FENEBONDS:
1367     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.bm);
1368     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.kb);
1369     break;
1370   case F_RESTRBONDS:
1371     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowA);
1372     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1A);
1373     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2A);
1374     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kA);
1375     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowB);
1376     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1B);
1377     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2B);
1378     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kB);
1379     break;
1380   case F_TABBONDS:
1381   case F_TABBONDSNC:
1382   case F_TABANGLES:
1383   case F_TABDIHS:
1384     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kA);
1385     gmx_fio_do_int(fio,iparams->tab.table);
1386     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kB);
1387     break;
1388   case F_CROSS_BOND_BONDS:
1389     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r1e);
1390     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r2e);
1391     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.krr);
1392     break;
1393   case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1394     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r1e);
1395     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r2e);
1396     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r3e);
1397     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.krt);
1398     break;
1399   case F_UREY_BRADLEY:
1400     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.thetaA);
1401     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kthetaA);
1402     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13A);
1403     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUBA);
1404     if (file_version >= 79) {
1405         gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.thetaB);
1406         gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kthetaB);
1407         gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13B);
1408         gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUBB);
1409     } else {
1410         iparams->u_b.thetaB=iparams->u_b.thetaA;
1411         iparams->u_b.kthetaB=iparams->u_b.kthetaA;
1412         iparams->u_b.r13B=iparams->u_b.r13A;
1413         iparams->u_b.kUBB=iparams->u_b.kUBA;
1414     }
1415     break;
1416   case F_QUARTIC_ANGLES:
1417     gmx_fio_do_real(fio,iparams->qangle.theta);
1418     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->qangle.c,5);
1419     break;
1420   case F_BHAM:
1421     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.a);
1422     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.b);
1423     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.c);
1424     break;
1425   case F_MORSE:
1426     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0A);
1427     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cbA);
1428     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.betaA);
1429     if (file_version >= 79) {
1430         gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0B);
1431         gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cbB);
1432         gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.betaB);
1433     } else {
1434         iparams->morse.b0B = iparams->morse.b0A;
1435         iparams->morse.cbB = iparams->morse.cbA;
1436         iparams->morse.betaB = iparams->morse.betaA;
1437     }
1438     break;
1439   case F_CUBICBONDS:
1440     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.b0);
1441     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kb);
1442     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kcub);
1443     break;
1444   case F_CONNBONDS:
1445     break;
1446   case F_POLARIZATION:
1447     gmx_fio_do_real(fio,iparams->polarize.alpha);
1448     break;
1449   case F_ANHARM_POL:
1450     gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.alpha);
1451     gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.drcut);
1452     gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.khyp);
1453     break;
1454   case F_WATER_POL:
1455     if (file_version < 31)
1456       gmx_fatal(FARGS,"Old tpr files with water_polarization not supported. Make a new.");
1457     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_x);
1458     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_y);
1459     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_z);
1460     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOH);
1461     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rHH);
1462     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOD);
1463     break;
1464   case F_THOLE_POL:
1465     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.a);
1466     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha1);
1467     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha2);
1468     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.rfac);
1469     break;
1470   case F_LJ:
1471     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c6);
1472     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c12);
1473     break;
1474   case F_LJ14:
1475     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6A);
1476     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12A);
1477     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6B);
1478     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12B);
1479     break;
1480   case F_LJC14_Q:
1481     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.fqq);
1482     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qi);
1483     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qj);
1484     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c6);
1485     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c12);
1486     break;
1487   case F_LJC_PAIRS_NB:
1488     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qi);
1489     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qj);
1490     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c6);
1491     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c12);
1492     break;
1493   case F_PDIHS:
1494   case F_PIDIHS:
1495   case F_ANGRES:
1496   case F_ANGRESZ:
1497     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiA);
1498     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpA);
1499     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42) {
1500       /* Read the incorrectly stored multiplicity */
1501       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1502       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1503       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1504       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1505     } else {
1506       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiB);
1507       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpB);
1508       gmx_fio_do_int(fio,iparams->pdihs.mult);
1509     }
1510     break;
1511   case F_DISRES:
1512     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.label);
1513     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.type);
1514     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.low);
1515     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up1);
1516     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up2);
1517     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.kfac);
1518     break;
1519   case F_ORIRES:
1520     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.ex);
1521     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.label);
1522     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.power);
1523     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.c);
1524     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.obs);
1525     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.kfac);
1526     break;
1527   case F_DIHRES:
1528     if ( file_version < 72) {
1529         gmx_fio_do_int(fio,idum);
1530         gmx_fio_do_int(fio,idum);
1531     }
1532     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phiA);
1533     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphiA);
1534     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfacA);
1535     if (file_version >= 72) {
1536         gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phiB);
1537         gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphiB);
1538         gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfacB);
1539     } else {
1540         iparams->dihres.phiB=iparams->dihres.phiA;
1541         iparams->dihres.dphiB=iparams->dihres.dphiA;
1542         iparams->dihres.kfacB=iparams->dihres.kfacA;
1543     }
1544     break;
1545   case F_POSRES:
1546     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0A);
1547     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcA);
1548     if (bRead && file_version < 27) {
1549       copy_rvec(iparams->posres.pos0A,iparams->posres.pos0B);
1550       copy_rvec(iparams->posres.fcA,iparams->posres.fcB);
1551     } else {
1552       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0B);
1553       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcB);
1554     }
1555     break;
1556   case F_FBPOSRES:
1557       gmx_fio_do_int(fio,iparams->fbposres.geom);
1558       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->fbposres.pos0);
1559       gmx_fio_do_real(fio,iparams->fbposres.r);
1560       gmx_fio_do_real(fio,iparams->fbposres.k);
1561       break;
1562   case F_RBDIHS:
1563     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA,NR_RBDIHS);
1564     if(file_version>=25)
1565       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB,NR_RBDIHS);
1566     break;
1567   case F_FOURDIHS:
1568     /* Fourier dihedrals are internally represented
1569      * as Ryckaert-Bellemans since those are faster to compute.
1570      */
1571      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
1572      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
1573     break;
1574   case F_CONSTR:
1575   case F_CONSTRNC:
1576     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dA);
1577     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dB);
1578     break;
1579   case F_SETTLE:
1580     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.doh);
1581     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.dhh);
1582     break;
1583   case F_VSITE2:
1584     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1585     break;
1586   case F_VSITE3:
1587   case F_VSITE3FD:
1588   case F_VSITE3FAD:
1589     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1590     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1591     break;
1592   case F_VSITE3OUT:
1593   case F_VSITE4FD:
1594   case F_VSITE4FDN:
1595     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1596     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1597     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.c);
1598     break;
1599   case F_VSITEN:
1600     gmx_fio_do_int(fio,iparams->vsiten.n);
1601     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsiten.a);
1602     break;
1603   case F_GB12:
1604   case F_GB13:
1605   case F_GB14:
1606     /* We got rid of some parameters in version 68 */
1607     if(bRead && file_version<68)
1608     {
1609         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1610         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1611         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1612         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1613     }
1614         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.sar);
1615         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.st);
1616         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.pi);
1617         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.gbr);
1618         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.bmlt);
1619         break;
1620   case F_CMAP:
1621         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapA);
1622         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapB);
1623     break;
1624   default:
1625       gmx_fatal(FARGS,"unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1626                 ftype,interaction_function[ftype].name,__FILE__,__LINE__);
1627   }
1628   if (!bRead)
1629     gmx_fio_unset_comment(fio);
1630 }
1631
1632 static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,int file_version,
1633                      int ftype)
1634 {
1635   int  i,k,idum;
1636   gmx_bool bDum=TRUE;
1637
1638   if (!bRead) {
1639     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1640   }
1641   if (file_version < 44) {
1642     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1643       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1644   }
1645   gmx_fio_do_int(fio,ilist->nr);
1646   if (bRead)
1647     snew(ilist->iatoms,ilist->nr);
1648   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ilist->iatoms,ilist->nr);
1649   if (!bRead)
1650     gmx_fio_unset_comment(fio);
1651 }
1652
1653 static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
1654                         gmx_bool bRead, int file_version)
1655 {
1656   int  idum,i,j;
1657   gmx_bool bDum=TRUE;
1658   unsigned int k;
1659
1660   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->atnr);
1661   if (file_version < 57) {
1662     gmx_fio_do_int(fio,idum);
1663   }
1664   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->ntypes);
1665   if (bRead && debug)
1666     fprintf(debug,"ffparams->atnr = %d, ntypes = %d\n",
1667             ffparams->atnr,ffparams->ntypes);
1668   if (bRead) {
1669     snew(ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1670     snew(ffparams->iparams,ffparams->ntypes);
1671   }
1672   /* Read/write all the function types */
1673   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1674   if (bRead && debug)
1675     pr_ivec(debug,0,"functype",ffparams->functype,ffparams->ntypes,TRUE);
1676
1677   if (file_version >= 66) {
1678     gmx_fio_do_double(fio,ffparams->reppow);
1679   } else {
1680     ffparams->reppow = 12.0;
1681   }
1682
1683   if (file_version >= 57) {
1684     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1685   }
1686
1687   /* Check whether all these function types are supported by the code.
1688    * In practice the code is backwards compatible, which means that the
1689    * numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
1690    */
1691   for (i=0; (i<ffparams->ntypes); i++) {
1692     if (bRead)
1693       /* Loop over file versions */
1694       for (k=0; (k<NFTUPD); k++)
1695         /* Compare the read file_version to the update table */
1696         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
1697             (ffparams->functype[i] >= ftupd[k].ftype)) {
1698           ffparams->functype[i] += 1;
1699           if (debug) {
1700             fprintf(debug,"Incrementing function type %d to %d (due to %s)\n",
1701                     i,ffparams->functype[i],
1702                     interaction_function[ftupd[k].ftype].longname);
1703             fflush(debug);
1704           }
1705         }
1706
1707     do_iparams(fio, ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i],bRead,
1708                file_version);
1709     if (bRead && debug)
1710       pr_iparams(debug,ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i]);
1711   }
1712 }
1713
1714 static void add_settle_atoms(t_ilist *ilist)
1715 {
1716     int i;
1717
1718     /* Settle used to only store the first atom: add the other two */
1719     srenew(ilist->iatoms,2*ilist->nr);
1720     for(i=ilist->nr/2-1; i>=0; i--)
1721     {
1722         ilist->iatoms[4*i+0] = ilist->iatoms[2*i+0];
1723         ilist->iatoms[4*i+1] = ilist->iatoms[2*i+1];
1724         ilist->iatoms[4*i+2] = ilist->iatoms[2*i+1] + 1;
1725         ilist->iatoms[4*i+3] = ilist->iatoms[2*i+1] + 2;
1726     }
1727     ilist->nr = 2*ilist->nr;
1728 }
1729
1730 static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,
1731                       int file_version)
1732 {
1733   int i,j,renum[F_NRE];
1734   gmx_bool bDum=TRUE,bClear;
1735   unsigned int k;
1736
1737   for(j=0; (j<F_NRE); j++) {
1738     bClear = FALSE;
1739     if (bRead)
1740       for (k=0; k<NFTUPD; k++)
1741         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
1742           bClear = TRUE;
1743     if (bClear) {
1744       ilist[j].nr = 0;
1745       ilist[j].iatoms = NULL;
1746     } else {
1747       do_ilist(fio, &ilist[j],bRead,file_version,j);
1748       if (file_version < 78 && j == F_SETTLE && ilist[j].nr > 0)
1749       {
1750           add_settle_atoms(&ilist[j]);
1751       }
1752     }
1753     /*
1754     if (bRead && gmx_debug_at)
1755       pr_ilist(debug,0,interaction_function[j].longname,
1756                functype,&ilist[j],TRUE);
1757     */
1758   }
1759 }
1760
1761 static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,gmx_moltype_t *molt,
1762                     gmx_bool bRead, int file_version)
1763 {
1764   do_ffparams(fio, ffparams,bRead,file_version);
1765
1766   if (file_version >= 54) {
1767     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1768   }
1769
1770   do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1771 }
1772
1773 static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block,gmx_bool bRead,int file_version)
1774 {
1775   int  i,idum,dum_nra,*dum_a;
1776   gmx_bool bDum=TRUE;
1777
1778   if (file_version < 44)
1779     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1780       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1781   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1782   if (file_version < 51)
1783     gmx_fio_do_int(fio,dum_nra);
1784   if (bRead) {
1785     block->nalloc_index = block->nr+1;
1786     snew(block->index,block->nalloc_index);
1787   }
1788   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1789
1790   if (file_version < 51 && dum_nra > 0) {
1791     snew(dum_a,dum_nra);
1792     bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,dum_a,dum_nra);
1793     sfree(dum_a);
1794   }
1795 }
1796
1797 static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block,gmx_bool bRead,
1798                       int file_version)
1799 {
1800   int  i,idum;
1801   gmx_bool bDum=TRUE;
1802
1803   if (file_version < 44)
1804     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1805       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1806   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1807   gmx_fio_do_int(fio,block->nra);
1808   if (bRead) {
1809     block->nalloc_index = block->nr+1;
1810     snew(block->index,block->nalloc_index);
1811     block->nalloc_a = block->nra;
1812     snew(block->a,block->nalloc_a);
1813   }
1814   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1815   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->a,block->nra);
1816 }
1817
1818 static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom,int ngrp,gmx_bool bRead,
1819                     int file_version, gmx_groups_t *groups,int atnr)
1820 {
1821   int i,myngrp;
1822
1823   gmx_fio_do_real(fio,atom->m);
1824   gmx_fio_do_real(fio,atom->q);
1825   gmx_fio_do_real(fio,atom->mB);
1826   gmx_fio_do_real(fio,atom->qB);
1827   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->type);
1828   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
1829   gmx_fio_do_int(fio,atom->ptype);
1830   gmx_fio_do_int(fio,atom->resind);
1831   if (file_version >= 52)
1832     gmx_fio_do_int(fio,atom->atomnumber);
1833   else if (bRead)
1834     atom->atomnumber = NOTSET;
1835   if (file_version < 23)
1836     myngrp = 8;
1837   else if (file_version < 39)
1838     myngrp = 9;
1839   else
1840     myngrp = ngrp;
1841
1842   if (file_version < 57) {
1843     unsigned char uchar[egcNR];
1844     gmx_fio_ndo_uchar(fio,uchar,myngrp);
1845     for(i=myngrp; (i<ngrp); i++) {
1846       uchar[i] = 0;
1847     }
1848     /* Copy the old data format to the groups struct */
1849     for(i=0; i<ngrp; i++) {
1850       groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
1851     }
1852   }
1853 }
1854
1855 static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp,t_grps grps[],gmx_bool bRead,
1856                     int file_version)
1857 {
1858   int i,j,myngrp;
1859   gmx_bool bDum=TRUE;
1860
1861   if (file_version < 23)
1862     myngrp = 8;
1863   else if (file_version < 39)
1864     myngrp = 9;
1865   else
1866     myngrp = ngrp;
1867
1868   for(j=0; (j<ngrp); j++) {
1869     if (j<myngrp) {
1870       gmx_fio_do_int(fio,grps[j].nr);
1871       if (bRead)
1872         snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1873       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1874     }
1875     else {
1876       grps[j].nr = 1;
1877       snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1878     }
1879   }
1880 }
1881
1882 static void do_symstr(t_fileio *fio, char ***nm,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab)
1883 {
1884   int ls;
1885
1886   if (bRead) {
1887     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1888     *nm = get_symtab_handle(symtab,ls);
1889   }
1890   else {
1891     ls = lookup_symtab(symtab,*nm);
1892     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1893   }
1894 }
1895
1896 static void do_strstr(t_fileio *fio, int nstr,char ***nm,gmx_bool bRead,
1897                       t_symtab *symtab)
1898 {
1899   int  j;
1900
1901   for (j=0; (j<nstr); j++)
1902     do_symstr(fio, &(nm[j]),bRead,symtab);
1903 }
1904
1905 static void do_resinfo(t_fileio *fio, int n,t_resinfo *ri,gmx_bool bRead,
1906                        t_symtab *symtab, int file_version)
1907 {
1908   int  j;
1909
1910   for (j=0; (j<n); j++) {
1911     do_symstr(fio, &(ri[j].name),bRead,symtab);
1912     if (file_version >= 63) {
1913       gmx_fio_do_int(fio,ri[j].nr);
1914       gmx_fio_do_uchar(fio, ri[j].ic);
1915     } else {
1916       ri[j].nr = j + 1;
1917       ri[j].ic = ' ';
1918     }
1919   }
1920 }
1921
1922 static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1923                      int file_version,
1924                      gmx_groups_t *groups)
1925 {
1926   int i;
1927
1928   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nr);
1929   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nres);
1930   if (file_version < 57) {
1931     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1932     for(i=0; i<egcNR; i++) {
1933       groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
1934       snew(groups->grpnr[i],groups->ngrpnr[i]);
1935     }
1936   }
1937   if (bRead) {
1938     snew(atoms->atom,atoms->nr);
1939     snew(atoms->atomname,atoms->nr);
1940     snew(atoms->atomtype,atoms->nr);
1941     snew(atoms->atomtypeB,atoms->nr);
1942     snew(atoms->resinfo,atoms->nres);
1943     if (file_version < 57) {
1944       snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1945     }
1946     atoms->pdbinfo = NULL;
1947   }
1948   for(i=0; (i<atoms->nr); i++) {
1949     do_atom(fio, &atoms->atom[i],egcNR,bRead, file_version,groups,i);
1950   }
1951   do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomname,bRead,symtab);
1952   if (bRead && (file_version <= 20)) {
1953     for(i=0; i<atoms->nr; i++) {
1954       atoms->atomtype[i]  = put_symtab(symtab,"?");
1955       atoms->atomtypeB[i] = put_symtab(symtab,"?");
1956     }
1957   } else {
1958     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtype,bRead,symtab);
1959     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtypeB,bRead,symtab);
1960   }
1961   do_resinfo(fio, atoms->nres,atoms->resinfo,bRead,symtab,file_version);
1962
1963   if (file_version < 57) {
1964     do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1965
1966     do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1967   }
1968 }
1969
1970 static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
1971                       gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1972                       int file_version)
1973 {
1974   int  g,n,i;
1975   gmx_bool bDum=TRUE;
1976
1977   do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1978   gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1979   if (bRead) {
1980     snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1981   }
1982   do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1983   for(g=0; g<egcNR; g++) {
1984     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpnr[g]);
1985     if (groups->ngrpnr[g] == 0) {
1986       if (bRead) {
1987         groups->grpnr[g] = NULL;
1988       }
1989     } else {
1990       if (bRead) {
1991         snew(groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1992       }
1993       bDum=gmx_fio_ndo_uchar(fio, groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1994     }
1995   }
1996 }
1997
1998 static void do_atomtypes(t_fileio *fio, t_atomtypes *atomtypes,gmx_bool bRead,
1999                          t_symtab *symtab,int file_version)
2000 {
2001   int i,j;
2002   gmx_bool bDum = TRUE;
2003
2004   if (file_version > 25) {
2005     gmx_fio_do_int(fio,atomtypes->nr);
2006     j=atomtypes->nr;
2007     if (bRead) {
2008       snew(atomtypes->radius,j);
2009       snew(atomtypes->vol,j);
2010       snew(atomtypes->surftens,j);
2011       snew(atomtypes->atomnumber,j);
2012       snew(atomtypes->gb_radius,j);
2013       snew(atomtypes->S_hct,j);
2014     }
2015     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->radius,j);
2016     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->vol,j);
2017     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->surftens,j);
2018     if(file_version >= 40)
2019     {
2020         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,atomtypes->atomnumber,j);
2021     }
2022         if(file_version >= 60)
2023         {
2024                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->gb_radius,j);
2025                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->S_hct,j);
2026         }
2027   } else {
2028     /* File versions prior to 26 cannot do GBSA,
2029      * so they dont use this structure
2030      */
2031     atomtypes->nr = 0;
2032     atomtypes->radius = NULL;
2033     atomtypes->vol = NULL;
2034     atomtypes->surftens = NULL;
2035     atomtypes->atomnumber = NULL;
2036     atomtypes->gb_radius = NULL;
2037     atomtypes->S_hct = NULL;
2038   }
2039 }
2040
2041 static void do_symtab(t_fileio *fio, t_symtab *symtab,gmx_bool bRead)
2042 {
2043   int i,nr;
2044   t_symbuf *symbuf;
2045   char buf[STRLEN];
2046
2047   gmx_fio_do_int(fio,symtab->nr);
2048   nr     = symtab->nr;
2049   if (bRead) {
2050     snew(symtab->symbuf,1);
2051     symbuf = symtab->symbuf;
2052     symbuf->bufsize = nr;
2053     snew(symbuf->buf,nr);
2054     for (i=0; (i<nr); i++) {
2055       gmx_fio_do_string(fio,buf);
2056       symbuf->buf[i]=strdup(buf);
2057     }
2058   }
2059   else {
2060     symbuf = symtab->symbuf;
2061     while (symbuf!=NULL) {
2062       for (i=0; (i<symbuf->bufsize) && (i<nr); i++)
2063         gmx_fio_do_string(fio,symbuf->buf[i]);
2064       nr-=i;
2065       symbuf=symbuf->next;
2066     }
2067     if (nr != 0)
2068       gmx_fatal(FARGS,"nr of symtab strings left: %d",nr);
2069   }
2070 }
2071
2072 static void do_cmap(t_fileio *fio, gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bRead)
2073 {
2074         int i,j,ngrid,gs,nelem;
2075
2076         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->ngrid);
2077         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->grid_spacing);
2078
2079         ngrid = cmap_grid->ngrid;
2080         gs    = cmap_grid->grid_spacing;
2081         nelem = gs * gs;
2082
2083         if(bRead)
2084         {
2085                 snew(cmap_grid->cmapdata,ngrid);
2086
2087                 for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
2088                 {
2089                         snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap,4*nelem);
2090                 }
2091         }
2092
2093         for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
2094         {
2095                 for(j=0;j<nelem;j++)
2096                 {
2097                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
2098                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
2099                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
2100                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
2101                 }
2102         }
2103 }
2104
2105
2106 void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms,t_block *mols)
2107 {
2108     int m,a,a0,a1,r;
2109     char c,chainid;
2110     int  chainnum;
2111
2112     /* We always assign a new chain number, but save the chain id characters
2113      * for larger molecules.
2114      */
2115 #define CHAIN_MIN_ATOMS 15
2116
2117     chainnum=0;
2118     chainid='A';
2119     for(m=0; m<mols->nr; m++)
2120     {
2121         a0=mols->index[m];
2122         a1=mols->index[m+1];
2123         if ((a1-a0 >= CHAIN_MIN_ATOMS) && (chainid <= 'Z'))
2124         {
2125             c=chainid;
2126             chainid++;
2127         }
2128         else
2129         {
2130             c=' ';
2131         }
2132         for(a=a0; a<a1; a++)
2133         {
2134             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainnum = chainnum;
2135             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainid  = c;
2136         }
2137         chainnum++;
2138     }
2139
2140     /* Blank out the chain id if there was only one chain */
2141     if (chainid == 'B')
2142     {
2143         for(r=0; r<atoms->nres; r++)
2144         {
2145             atoms->resinfo[r].chainid = ' ';
2146         }
2147     }
2148 }
2149
2150 static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt,gmx_bool bRead,
2151                        t_symtab *symtab, int file_version,
2152                        gmx_groups_t *groups)
2153 {
2154   int i;
2155
2156   if (file_version >= 57) {
2157     do_symstr(fio, &(molt->name),bRead,symtab);
2158   }
2159
2160   do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
2161
2162   if (bRead && gmx_debug_at) {
2163     pr_atoms(debug,0,"atoms",&molt->atoms,TRUE);
2164   }
2165
2166   if (file_version >= 57) {
2167     do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
2168
2169     do_block(fio, &molt->cgs,bRead,file_version);
2170     if (bRead && gmx_debug_at) {
2171       pr_block(debug,0,"cgs",&molt->cgs,TRUE);
2172     }
2173   }
2174
2175   /* This used to be in the atoms struct */
2176   do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
2177 }
2178
2179 static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb,gmx_bool bRead,
2180                         int file_version)
2181 {
2182   int i;
2183
2184   gmx_fio_do_int(fio,molb->type);
2185   gmx_fio_do_int(fio,molb->nmol);
2186   gmx_fio_do_int(fio,molb->natoms_mol);
2187   /* Position restraint coordinates */
2188   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xA);
2189   if (molb->nposres_xA > 0) {
2190     if (bRead) {
2191       snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
2192     }
2193     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
2194   }
2195   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xB);
2196   if (molb->nposres_xB > 0) {
2197     if (bRead) {
2198       snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
2199     }
2200     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
2201   }
2202
2203 }
2204
2205 static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
2206 {
2207   int mb,m,a,mol;
2208   t_block mols;
2209
2210   mols.nr = 0;
2211   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
2212     mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
2213   }
2214   mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
2215   snew(mols.index,mols.nalloc_index);
2216
2217   a = 0;
2218   m = 0;
2219   mols.index[m] = a;
2220   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
2221     for(mol=0; mol<mtop->molblock[mb].nmol; mol++) {
2222       a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
2223       m++;
2224       mols.index[m] = a;
2225     }
2226   }
2227
2228   return mols;
2229 }
2230
2231 static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
2232 {
2233     t_ilist *il,*ilfb;
2234   int am,i,mol,a;
2235   gmx_bool bFE;
2236   gmx_molblock_t *molb;
2237   t_iparams *ip;
2238
2239   /* posres reference positions are stored in ip->posres (if present) and
2240      in ip->fbposres (if present). If normal and flat-bottomed posres are present,
2241      posres.pos0A are identical to fbposres.pos0. */
2242   il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
2243   ilfb = &mtop->moltype[0].ilist[F_FBPOSRES];
2244   if (il->nr == 0 && ilfb->nr == 0) {
2245     return;
2246   }
2247   am = 0;
2248   bFE = FALSE;
2249   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
2250     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
2251     am = max(am,il->iatoms[i+1]);
2252     if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
2253         ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
2254         ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ]) {
2255       bFE = TRUE;
2256     }
2257   }
2258   /* This loop is required if we have only flat-bottomed posres:
2259      - set am
2260      - bFE == FALSE (no B-state for flat-bottomed posres) */
2261   if (il->nr == 0)
2262   {
2263       for(i=0; i<ilfb->nr; i+=2) {
2264           ip = &mtop->ffparams.iparams[ilfb->iatoms[i]];
2265           am = max(am,ilfb->iatoms[i+1]);
2266       }
2267   }
2268   /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
2269   mol = 0;
2270   while(am >= mtop->mols.index[mol+1]) {
2271     mol++;
2272   }
2273   molb = &mtop->molblock[0];
2274   molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
2275   snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
2276   if (bFE) {
2277     molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
2278     snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
2279   } else {
2280     molb->nposres_xB = 0;
2281   }
2282   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
2283     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
2284     a  = il->iatoms[i+1];
2285     molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
2286     molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
2287     molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
2288     if (bFE) {
2289       molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
2290       molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
2291       molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
2292     }
2293   }
2294   if (il->nr == 0)
2295   {
2296       /* If only flat-bottomed posres are present, take reference pos from them.
2297          Here: bFE == FALSE      */
2298       for(i=0; i<ilfb->nr; i+=2)
2299       {
2300           ip = &mtop->ffparams.iparams[ilfb->iatoms[i]];
2301           a  = ilfb->iatoms[i+1];
2302           molb->posres_xA[a][XX] = ip->fbposres.pos0[XX];
2303           molb->posres_xA[a][YY] = ip->fbposres.pos0[YY];
2304           molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->fbposres.pos0[ZZ];
2305       }
2306   }
2307 }
2308
2309 static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
2310 {
2311   int mt,i,npair;
2312   t_iparams *ip;
2313   t_ilist *il;
2314   t_iatom *a;
2315
2316   ip = mtop->ffparams.iparams;
2317
2318   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
2319     il = &mtop->moltype[mt].ilist[F_DISRES];
2320     if (il->nr > 0) {
2321       a = il->iatoms;
2322       npair = 0;
2323       for(i=0; i<il->nr; i+=3) {
2324         npair++;
2325         if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label) {
2326           ip[a[i]].disres.npair = npair;
2327           npair = 0;
2328         }
2329       }
2330     }
2331   }
2332 }
2333
2334 static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop,gmx_bool bRead,
2335                     int file_version)
2336 {
2337   int  mt,mb,i;
2338   t_blocka dumb;
2339
2340   if (bRead)
2341     init_mtop(mtop);
2342   do_symtab(fio, &(mtop->symtab),bRead);
2343   if (bRead && debug)
2344     pr_symtab(debug,0,"symtab",&mtop->symtab);
2345
2346   do_symstr(fio, &(mtop->name),bRead,&(mtop->symtab));
2347
2348   if (file_version >= 57) {
2349     do_ffparams(fio, &mtop->ffparams,bRead,file_version);
2350
2351     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmoltype);
2352   } else {
2353     mtop->nmoltype = 1;
2354   }
2355   if (bRead) {
2356     snew(mtop->moltype,mtop->nmoltype);
2357     if (file_version < 57) {
2358       mtop->moltype[0].name = mtop->name;
2359     }
2360   }
2361   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
2362     do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt],bRead,&mtop->symtab,file_version,
2363                &mtop->groups);
2364   }
2365
2366   if (file_version >= 57) {
2367     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmolblock);
2368   } else {
2369     mtop->nmolblock = 1;
2370   }
2371   if (bRead) {
2372     snew(mtop->molblock,mtop->nmolblock);
2373   }
2374   if (file_version >= 57) {
2375     for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
2376       do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb],bRead,file_version);
2377     }
2378     gmx_fio_do_int(fio,mtop->natoms);
2379   } else {
2380     mtop->molblock[0].type = 0;
2381     mtop->molblock[0].nmol = 1;
2382     mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
2383     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
2384     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
2385   }
2386
2387   do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes),bRead,&(mtop->symtab), file_version);
2388   if (bRead && debug)
2389     pr_atomtypes(debug,0,"atomtypes",&mtop->atomtypes,TRUE);
2390
2391   if (file_version < 57) {
2392     /* Debug statements are inside do_idef */
2393     do_idef (fio, &mtop->ffparams,&mtop->moltype[0],bRead,file_version);
2394     mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
2395   }
2396
2397   if(file_version >= 65)
2398   {
2399       do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid,bRead);
2400   }
2401   else
2402   {
2403       mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid        = 0;
2404       mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0;
2405       mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata     = NULL;
2406   }
2407
2408   if (file_version >= 57) {
2409     do_groups(fio, &mtop->groups,bRead,&(mtop->symtab),file_version);
2410   }
2411
2412   if (file_version < 57) {
2413     do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs,bRead,file_version);
2414     if (bRead && gmx_debug_at) {
2415       pr_block(debug,0,"cgs",&mtop->moltype[0].cgs,TRUE);
2416     }
2417     do_block(fio, &mtop->mols,bRead,file_version);
2418     /* Add the posres coordinates to the molblock */
2419     add_posres_molblock(mtop);
2420   }
2421   if (bRead) {
2422     if (file_version >= 57) {
2423       mtop->mols = mtop_mols(mtop);
2424     }
2425     if (gmx_debug_at) {
2426       pr_block(debug,0,"mols",&mtop->mols,TRUE);
2427     }
2428   }
2429
2430   if (file_version < 51) {
2431     /* Here used to be the shake blocks */
2432     do_blocka(fio, &dumb,bRead,file_version);
2433     if (dumb.nr > 0)
2434       sfree(dumb.index);
2435     if (dumb.nra > 0)
2436       sfree(dumb.a);
2437   }
2438
2439   if (bRead) {
2440     close_symtab(&(mtop->symtab));
2441   }
2442 }
2443
2444 /* If TopOnlyOK is TRUE then we can read even future versions
2445  * of tpx files, provided the file_generation hasn't changed.
2446  * If it is FALSE, we need the inputrecord too, and bail out
2447  * if the file is newer than the program.
2448  *
2449  * The version and generation if the topology (see top of this file)
2450  * are returned in the two last arguments.
2451  *
2452  * If possible, we will read the inputrec even when TopOnlyOK is TRUE.
2453  */
2454 static void do_tpxheader(t_fileio *fio,gmx_bool bRead,t_tpxheader *tpx,
2455                          gmx_bool TopOnlyOK, int *file_version,
2456                          int *file_generation)
2457 {
2458     char  buf[STRLEN];
2459     char  file_tag[STRLEN];
2460   gmx_bool  bDouble;
2461   int   precision;
2462   int   fver,fgen;
2463   int   idum=0;
2464   real  rdum=0;
2465
2466   gmx_fio_checktype(fio);
2467   gmx_fio_setdebug(fio,bDebugMode());
2468
2469   /* NEW! XDR tpb file */
2470   precision = sizeof(real);
2471   if (bRead) {
2472     gmx_fio_do_string(fio,buf);
2473     if (strncmp(buf,"VERSION",7))
2474       gmx_fatal(FARGS,"Can not read file %s,\n"
2475                   "             this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
2476                   "             Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
2477                   gmx_fio_getname(fio));
2478     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2479     bDouble = (precision == sizeof(double));
2480     if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
2481       gmx_fatal(FARGS,"Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
2482                   "instead of %d or %d",
2483                   gmx_fio_getname(fio),precision,sizeof(float),sizeof(double));
2484     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2485     fprintf(stderr,"Reading file %s, %s (%s precision)\n",
2486             gmx_fio_getname(fio),buf,bDouble ? "double" : "single");
2487   }
2488   else {
2489     gmx_fio_write_string(fio,GromacsVersion());
2490     bDouble = (precision == sizeof(double));
2491     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2492     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2493     fver = tpx_version;
2494     sprintf(file_tag,"%s",tpx_tag);
2495     fgen = tpx_generation;
2496   }
2497
2498     /* Check versions! */
2499     gmx_fio_do_int(fio,fver);
2500
2501     /* This is for backward compatibility with development versions 77-79
2502      * where the tag was, mistakenly, placed before the generation,
2503      * which would cause a segv instead of a proper error message
2504      * when reading the topology only from tpx with <77 code.
2505      */
2506     if (fver >= 77 && fver <= 79)
2507     {
2508         gmx_fio_do_string(fio,file_tag);
2509     }
2510
2511     if (fver >= 26)
2512     {
2513         gmx_fio_do_int(fio,fgen);
2514     }
2515     else
2516     {
2517         fgen = 0;
2518     }
2519
2520     if (fver >= 81)
2521     {
2522         gmx_fio_do_string(fio,file_tag);
2523     }
2524     if (bRead)
2525     {
2526         if (fver < 77)
2527         {
2528             /* Versions before 77 don't have the tag, set it to release */
2529             sprintf(file_tag,"%s",TPX_TAG_RELEASE);
2530         }
2531
2532         if (strcmp(file_tag,tpx_tag) != 0)
2533         {
2534             fprintf(stderr,"Note: file tpx tag '%s', software tpx tag '%s'\n",
2535                     file_tag,tpx_tag);
2536
2537             /* We only support reading tpx files with the same tag as the code
2538              * or tpx files with the release tag and with lower version number.
2539              */
2540             if (!strcmp(file_tag,TPX_TAG_RELEASE) == 0 && fver < tpx_version)
2541             {
2542                 gmx_fatal(FARGS,"tpx tag/version mismatch: reading tpx file (%s) version %d, tag '%s' with program for tpx version %d, tag '%s'",
2543                           gmx_fio_getname(fio),fver,file_tag,
2544                           tpx_version,tpx_tag);
2545             }
2546         }
2547     }
2548
2549     if (file_version != NULL)
2550     {
2551         *file_version = fver;
2552     }
2553     if (file_generation != NULL)
2554     {
2555         *file_generation = fgen;
2556     }
2557
2558
2559   if ((fver <= tpx_incompatible_version) ||
2560       ((fver > tpx_version) && !TopOnlyOK) ||
2561       (fgen > tpx_generation))
2562     gmx_fatal(FARGS,"reading tpx file (%s) version %d with version %d program",
2563                 gmx_fio_getname(fio),fver,tpx_version);
2564
2565   do_section(fio,eitemHEADER,bRead);
2566   gmx_fio_do_int(fio,tpx->natoms);
2567   if (fver >= 28)
2568     gmx_fio_do_int(fio,tpx->ngtc);
2569   else
2570     tpx->ngtc = 0;
2571   if (fver < 62) {
2572       gmx_fio_do_int(fio,idum);
2573       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
2574   }
2575   /*a better decision will eventually (5.0 or later) need to be made
2576     on how to treat the alchemical state of the system, which can now
2577     vary through a simulation, and cannot be completely described
2578     though a single lambda variable, or even a single state
2579     index. Eventually, should probably be a vector. MRS*/
2580   if (fver >= 79)
2581   {
2582       gmx_fio_do_int(fio,tpx->fep_state);
2583   }
2584   gmx_fio_do_real(fio,tpx->lambda);
2585   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bIr);
2586   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bTop);
2587   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bX);
2588   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bV);
2589   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bF);
2590   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bBox);
2591
2592   if((fgen > tpx_generation)) {
2593     /* This can only happen if TopOnlyOK=TRUE */
2594     tpx->bIr=FALSE;
2595   }
2596 }
2597
2598 static int do_tpx(t_fileio *fio, gmx_bool bRead,
2599                   t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop,
2600                   gmx_bool bXVallocated)
2601 {
2602   t_tpxheader tpx;
2603   t_inputrec  dum_ir;
2604   gmx_mtop_t  dum_top;
2605   gmx_bool        TopOnlyOK,bDum=TRUE;
2606   int         file_version,file_generation;
2607   int         i;
2608   rvec        *xptr,*vptr;
2609   int         ePBC;
2610   gmx_bool        bPeriodicMols;
2611
2612   if (!bRead) {
2613     tpx.natoms = state->natoms;
2614     tpx.ngtc   = state->ngtc;  /* need to add nnhpres here? */
2615     tpx.fep_state = state->fep_state;
2616     tpx.lambda = state->lambda[efptFEP];
2617     tpx.bIr  = (ir       != NULL);
2618     tpx.bTop = (mtop     != NULL);
2619     tpx.bX   = (state->x != NULL);
2620     tpx.bV   = (state->v != NULL);
2621     tpx.bF   = (f        != NULL);
2622     tpx.bBox = TRUE;
2623   }
2624
2625   TopOnlyOK = (ir==NULL);
2626
2627   do_tpxheader(fio,bRead,&tpx,TopOnlyOK,&file_version,&file_generation);
2628
2629   if (bRead) {
2630     state->flags  = 0;
2631     /* state->lambda = tpx.lambda;*/ /*remove this eventually? */
2632     /* The init_state calls initialize the Nose-Hoover xi integrals to zero */
2633     if (bXVallocated) {
2634       xptr = state->x;
2635       vptr = state->v;
2636       init_state(state,0,tpx.ngtc,0,0,0);  /* nose-hoover chains */ /* eventually, need to add nnhpres here? */
2637       state->natoms = tpx.natoms;
2638       state->nalloc = tpx.natoms;
2639       state->x = xptr;
2640       state->v = vptr;
2641     } else {
2642         init_state(state,tpx.natoms,tpx.ngtc,0,0,0);  /* nose-hoover chains */
2643     }
2644   }
2645
2646 #define do_test(fio,b,p) if (bRead && (p!=NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS,"No %s in %s",#p,gmx_fio_getname(fio))
2647
2648   do_test(fio,tpx.bBox,state->box);
2649   do_section(fio,eitemBOX,bRead);
2650   if (tpx.bBox) {
2651     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box,DIM);
2652     if (file_version >= 51) {
2653       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box_rel,DIM);
2654     } else {
2655       /* We initialize box_rel after reading the inputrec */
2656       clear_mat(state->box_rel);
2657     }
2658     if (file_version >= 28) {
2659       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->boxv,DIM);
2660       if (file_version < 56) {
2661         matrix mdum;
2662         gmx_fio_ndo_rvec(fio,mdum,DIM);
2663       }
2664     }
2665   }
2666
2667   if (state->ngtc > 0 && file_version >= 28) {
2668     real *dumv;
2669     /*ndo_double(state->nosehoover_xi,state->ngtc,bDum);*/
2670     /*ndo_double(state->nosehoover_vxi,state->ngtc,bDum);*/
2671     /*ndo_double(state->therm_integral,state->ngtc,bDum);*/
2672     snew(dumv,state->ngtc);
2673     if (file_version < 69) {
2674       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2675     }
2676     /* These used to be the Berendsen tcoupl_lambda's */
2677     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2678     sfree(dumv);
2679   }
2680
2681   /* Prior to tpx version 26, the inputrec was here.
2682    * I moved it to enable partial forward-compatibility
2683    * for analysis/viewer programs.
2684    */
2685   if(file_version<26) {
2686     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2687     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2688     if (tpx.bIr) {
2689       if (ir) {
2690         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,
2691                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2692         if (bRead && debug)
2693           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2694       }
2695       else {
2696         do_inputrec(fio, &dum_ir,bRead,file_version,
2697                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ :NULL);
2698         if (bRead && debug)
2699           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",&dum_ir,FALSE);
2700         done_inputrec(&dum_ir);
2701       }
2702
2703     }
2704   }
2705
2706   do_test(fio,tpx.bTop,mtop);
2707   do_section(fio,eitemTOP,bRead);
2708   if (tpx.bTop) {
2709     int mtop_file_version = file_version;
2710     /*allow reading of Gromacs 4.6 files*/
2711     if (mtop_file_version>80 && mtop_file_version<90)
2712     {
2713         mtop_file_version = 79;
2714     }
2715     if (mtop) {
2716       do_mtop(fio,mtop,bRead, mtop_file_version);
2717     } else {
2718       do_mtop(fio,&dum_top,bRead,mtop_file_version);
2719       done_mtop(&dum_top,TRUE);
2720     }
2721   }
2722   do_test(fio,tpx.bX,state->x);
2723   do_section(fio,eitemX,bRead);
2724   if (tpx.bX) {
2725     if (bRead) {
2726       state->flags |= (1<<estX);
2727     }
2728     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->x,state->natoms);
2729   }
2730
2731   do_test(fio,tpx.bV,state->v);
2732   do_section(fio,eitemV,bRead);
2733   if (tpx.bV) {
2734     if (bRead) {
2735       state->flags |= (1<<estV);
2736     }
2737     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->v,state->natoms);
2738   }
2739
2740   do_test(fio,tpx.bF,f);
2741   do_section(fio,eitemF,bRead);
2742   if (tpx.bF) gmx_fio_ndo_rvec(fio,f,state->natoms);
2743
2744   /* Starting with tpx version 26, we have the inputrec
2745    * at the end of the file, so we can ignore it
2746    * if the file is never than the software (but still the
2747    * same generation - see comments at the top of this file.
2748    *
2749    *
2750    */
2751   ePBC = -1;
2752   bPeriodicMols = FALSE;
2753   if (file_version >= 26) {
2754     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2755     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2756     if (tpx.bIr) {
2757       if (file_version >= 53) {
2758         /* Removed the pbc info from do_inputrec, since we always want it */
2759         if (!bRead) {
2760           ePBC          = ir->ePBC;
2761           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2762         }
2763         gmx_fio_do_int(fio,ePBC);
2764         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bPeriodicMols);
2765       }
2766       if (file_generation <= tpx_generation && ir) {
2767         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2768         if (bRead && debug)
2769           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2770         if (file_version < 51)
2771           set_box_rel(ir,state);
2772         if (file_version < 53) {
2773           ePBC          = ir->ePBC;
2774           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2775         }
2776       }
2777       if (bRead && ir && file_version >= 53) {
2778         /* We need to do this after do_inputrec, since that initializes ir */
2779         ir->ePBC          = ePBC;
2780         ir->bPeriodicMols = bPeriodicMols;
2781       }
2782     }
2783   }
2784
2785     if (bRead)
2786     {
2787         if (tpx.bIr && ir)
2788         {
2789             if (state->ngtc == 0)
2790             {
2791                 /* Reading old version without tcoupl state data: set it */
2792                 init_gtc_state(state,ir->opts.ngtc,0,ir->opts.nhchainlength);
2793             }
2794             if (tpx.bTop && mtop)
2795             {
2796                 if (file_version < 57)
2797                 {
2798                     if (mtop->moltype[0].ilist[F_DISRES].nr > 0)
2799                     {
2800                         ir->eDisre = edrSimple;
2801                     }
2802                     else
2803                     {
2804                         ir->eDisre = edrNone;
2805                     }
2806                 }
2807                 set_disres_npair(mtop);
2808             }
2809         }
2810
2811         if (tpx.bTop && mtop)
2812         {
2813             gmx_mtop_finalize(mtop);
2814         }
2815
2816         if (file_version >= 57)
2817         {
2818             char *env;
2819             int  ienv;
2820             env = getenv("GMX_NOCHARGEGROUPS");
2821             if (env != NULL)
2822             {
2823                 sscanf(env,"%d",&ienv);
2824                 fprintf(stderr,"\nFound env.var. GMX_NOCHARGEGROUPS = %d\n",
2825                         ienv);
2826                 if (ienv > 0)
2827                 {
2828                     fprintf(stderr,
2829                             "Will make single atomic charge groups in non-solvent%s\n",
2830                             ienv > 1 ? " and solvent" : "");
2831                     gmx_mtop_make_atomic_charge_groups(mtop,ienv==1);
2832                 }
2833                 fprintf(stderr,"\n");
2834             }
2835         }
2836     }
2837
2838     return ePBC;
2839 }
2840
2841 /************************************************************
2842  *
2843  *  The following routines are the exported ones
2844  *
2845  ************************************************************/
2846
2847 t_fileio *open_tpx(const char *fn,const char *mode)
2848 {
2849   return gmx_fio_open(fn,mode);
2850 }
2851
2852 void close_tpx(t_fileio *fio)
2853 {
2854   gmx_fio_close(fio);
2855 }
2856
2857 void read_tpxheader(const char *fn, t_tpxheader *tpx, gmx_bool TopOnlyOK,
2858                     int *file_version, int *file_generation)
2859 {
2860   t_fileio *fio;
2861
2862   fio = open_tpx(fn,"r");
2863   do_tpxheader(fio,TRUE,tpx,TopOnlyOK,file_version,file_generation);
2864   close_tpx(fio);
2865 }
2866
2867 void write_tpx_state(const char *fn,
2868                      t_inputrec *ir,t_state *state,gmx_mtop_t *mtop)
2869 {
2870   t_fileio *fio;
2871
2872   fio = open_tpx(fn,"w");
2873   do_tpx(fio,FALSE,ir,state,NULL,mtop,FALSE);
2874   close_tpx(fio);
2875 }
2876
2877 void read_tpx_state(const char *fn,
2878                     t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2879 {
2880   t_fileio *fio;
2881
2882   fio = open_tpx(fn,"r");
2883   do_tpx(fio,TRUE,ir,state,f,mtop,FALSE);
2884   close_tpx(fio);
2885 }
2886
2887 int read_tpx(const char *fn,
2888              t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2889              rvec *x,rvec *v,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2890 {
2891   t_fileio *fio;
2892   t_state state;
2893   int ePBC;
2894
2895   state.x = x;
2896   state.v = v;
2897   fio = open_tpx(fn,"r");
2898   ePBC = do_tpx(fio,TRUE,ir,&state,f,mtop,TRUE);
2899   close_tpx(fio);
2900   *natoms = state.natoms;
2901   if (box)
2902     copy_mat(state.box,box);
2903   state.x = NULL;
2904   state.v = NULL;
2905   done_state(&state);
2906
2907   return ePBC;
2908 }
2909
2910 int read_tpx_top(const char *fn,
2911                  t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2912                  rvec *x,rvec *v,rvec *f,t_topology *top)
2913 {
2914   gmx_mtop_t mtop;
2915   t_topology *ltop;
2916   int ePBC;
2917
2918   ePBC = read_tpx(fn,ir,box,natoms,x,v,f,&mtop);
2919
2920   *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
2921
2922   return ePBC;
2923 }
2924
2925 gmx_bool fn2bTPX(const char *file)
2926 {
2927   switch (fn2ftp(file)) {
2928   case efTPR:
2929   case efTPB:
2930   case efTPA:
2931     return TRUE;
2932   default:
2933     return FALSE;
2934   }
2935 }
2936
2937 gmx_bool read_tps_conf(const char *infile,char *title,t_topology *top,int *ePBC,
2938                    rvec **x,rvec **v,matrix box,gmx_bool bMass)
2939 {
2940   t_tpxheader  header;
2941   int          natoms,i,version,generation;
2942   gmx_bool         bTop,bXNULL=FALSE;
2943   gmx_mtop_t   *mtop;
2944   t_topology   *topconv;
2945   gmx_atomprop_t aps;
2946
2947   bTop = fn2bTPX(infile);
2948   *ePBC = -1;
2949   if (bTop) {
2950     read_tpxheader(infile,&header,TRUE,&version,&generation);
2951     if (x)
2952       snew(*x,header.natoms);
2953     if (v)
2954       snew(*v,header.natoms);
2955     snew(mtop,1);
2956     *ePBC = read_tpx(infile,NULL,box,&natoms,
2957                      (x==NULL) ? NULL : *x,(v==NULL) ? NULL : *v,NULL,mtop);
2958     *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
2959     sfree(mtop);
2960     strcpy(title,*top->name);
2961     tpx_make_chain_identifiers(&top->atoms,&top->mols);
2962   }
2963   else {
2964     get_stx_coordnum(infile,&natoms);
2965     init_t_atoms(&top->atoms,natoms,(fn2ftp(infile) == efPDB));
2966     if (x == NULL)
2967     {
2968         snew(x,1);
2969         bXNULL = TRUE;
2970     }
2971     snew(*x,natoms);
2972     if (v)
2973       snew(*v,natoms);
2974     read_stx_conf(infile,title,&top->atoms,*x,(v==NULL) ? NULL : *v,ePBC,box);
2975     if (bXNULL)
2976     {
2977       sfree(*x);
2978       sfree(x);
2979     }
2980     if (bMass) {
2981       aps = gmx_atomprop_init();
2982       for(i=0; (i<natoms); i++)
2983         if (!gmx_atomprop_query(aps,epropMass,
2984                                 *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2985                                 *top->atoms.atomname[i],
2986                                 &(top->atoms.atom[i].m))) {
2987           if (debug)
2988             fprintf(debug,"Can not find mass for atom %s %d %s, setting to 1\n",
2989                     *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2990                     top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].nr,
2991                     *top->atoms.atomname[i]);
2992         }
2993       gmx_atomprop_destroy(aps);
2994     }
2995     top->idef.ntypes=-1;
2996   }
2997
2998   return bTop;
2999 }