src/gromacs/gmxlib/rbin.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "main.h"
  44 #include "network.h"
  45 #include "rbin.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47
  48 t_bin *mk_bin(void)
  49 {
  50     t_bin *b;
  51
  52     snew(b, 1);
  53
  54     return b;
  55 }
  56
  57 void destroy_bin(t_bin *b)
  58 {
  59     if (b->maxreal > 0)
  60     {
  61         sfree(b->rbuf);
  62     }
  63
  64     sfree(b);
  65 }
  66
  67 void reset_bin(t_bin *b)
  68 {
  69     b->nreal = 0;
  70 }
  71
  72 int add_binr(t_bin *b, int nr, real r[])
  73 {
  74 #define MULT 4
  75     int     i, rest, index;
  76     double *rbuf;
  77
  78     if (b->nreal+nr > b->maxreal)
  79     {
  80         b->maxreal = b->nreal+nr;
  81         rest       = b->maxreal % MULT;
  82         if (rest != 0)
  83         {
  84             b->maxreal += MULT-rest;
  85         }
  86         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
  87     }
  88     /* Copy pointer */
  89     rbuf = b->rbuf+b->nreal;
  90     for (i = 0; (i < nr); i++)
  91     {
  92         rbuf[i] = r[i];
  93     }
  94
  95     index     = b->nreal;
  96     b->nreal += nr;
  97
  98     return index;
  99 }
 100
 101 int add_bind(t_bin *b, int nr, double r[])
 102 {
 103 #define MULT 4
 104     int     i, rest, index;
 105     double *rbuf;
 106
 107     if (b->nreal+nr > b->maxreal)
 108     {
 109         b->maxreal = b->nreal+nr;
 110         rest       = b->maxreal % MULT;
 111         if (rest != 0)
 112         {
 113             b->maxreal += MULT-rest;
 114         }
 115         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
 116     }
 117     /* Copy pointer */
 118     rbuf = b->rbuf+b->nreal;
 119     for (i = 0; (i < nr); i++)
 120     {
 121         rbuf[i] = r[i];
 122     }
 123
 124     index     = b->nreal;
 125     b->nreal += nr;
 126
 127     return index;
 128 }
 129
 130 void sum_bin(t_bin *b, t_commrec *cr)
 131 {
 132     int i;
 133
 134     for (i = b->nreal; (i < b->maxreal); i++)
 135     {
 136         b->rbuf[i] = 0;
 137     }
 138     gmx_sumd(b->maxreal, b->rbuf, cr);
 139 }
 140
 141 void extract_binr(t_bin *b, int index, int nr, real r[])
 142 {
 143     int     i;
 144     double *rbuf;
 145
 146     rbuf = b->rbuf+index;
 147     for (i = 0; (i < nr); i++)
 148     {
 149         r[i] = rbuf[i];
 150     }
 151 }
 152
 153 void extract_bind(t_bin *b, int index, int nr, double r[])
 154 {
 155     int     i;
 156     double *rbuf;
 157
 158     rbuf = b->rbuf+index;
 159     for (i = 0; (i < nr); i++)
 160     {
 161         r[i] = rbuf[i];
 162     }
 163 }
 164
 165 #ifdef DEBUGRBIN
 166 int main(int argc, char *argv[])
 167 {
 168     t_commrec *cr;
 169     t_bin     *rb;
 170     double    *r;
 171     rvec      *v;
 172     int        k, i, ni, mi, n, m;
 173
 174     cr = init_par(&argc, argv);
 175     n  = strtol(argv[1], NULL, 10);
 176     m  = strtol(argv[2], NULL, 10);
 177     fprintf(stdlog, "n=%d\n", n);
 178     rb = mk_bin();
 179     snew(r, n);
 180     snew(v, m);
 181
 182     for (k = 0; (k < 3); k++)
 183     {
 184         fprintf(stdlog, "\nk=%d\n", k);
 185         reset_bin(rb);
 186
 187         for (i = 0; (i < n); i++)
 188         {
 189             r[i] = i+k;
 190         }
 191         for (i = 0; (i < m); i++)
 192         {
 193             v[i][XX] = 4*i+k;
 194             v[i][YY] = 4*i+k+1;
 195             v[i][ZZ] = 4*i+k+2;
 196         }
 197
 198         ni = add_bind(stdlog, rb, n, r);
 199         mi = add_binr(stdlog, rb, DIM*m, v[0]);
 200
 201         sum_bin(rb, cr);
 202
 203         extract_bind(rb, ni, n, r);
 204         extract_binr(rb, mi, DIM*m, v[0]);
 205
 206         for (i = 0; (i < n); i++)
 207         {
 208             fprintf(stdlog, "r[%d] = %e\n", i, r[i]);
 209         }
 210         for (i = 0; (i < m); i++)
 211         {
 212             fprintf(stdlog, "v[%d] = (%e,%e,%e)\n", i, v[i][XX], v[i][YY], v[i][ZZ]);
 213         }
 214     }
 215     fflush(stdlog);
 216
 217     return 0;
 218 }
 219 #endif