src/gromacs/gmxlib/nrnb.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXLIB_NRNB_H
  39 #define GMX_GMXLIB_NRNB_H
  40
  41 #include <stdio.h>
  42
  43 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  44
  45 #define eNR_NBKERNEL_NONE -1
  46
  47 enum
  48 {
  49     eNR_NBKERNEL_VDW_VF,
  50     eNR_NBKERNEL_VDW_F,
  51     eNR_NBKERNEL_ELEC_VF,
  52     eNR_NBKERNEL_ELEC_F,
  53     eNR_NBKERNEL_ELEC_W3_VF,
  54     eNR_NBKERNEL_ELEC_W3_F,
  55     eNR_NBKERNEL_ELEC_W3W3_VF,
  56     eNR_NBKERNEL_ELEC_W3W3_F,
  57     eNR_NBKERNEL_ELEC_W4_VF,
  58     eNR_NBKERNEL_ELEC_W4_F,
  59     eNR_NBKERNEL_ELEC_W4W4_VF,
  60     eNR_NBKERNEL_ELEC_W4W4_F,
  61     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_VF,
  62     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_F,
  63     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_W3_VF,
  64     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_W3_F,
  65     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_W3W3_VF,
  66     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_W3W3_F,
  67     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_W4_VF,
  68     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_W4_F,
  69     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_W4W4_VF,
  70     eNR_NBKERNEL_ELEC_VDW_W4W4_F,
  71
  72     eNR_NBKERNEL_NR,                        /* Total number of interaction-specific kernel entries */
  73
  74     eNR_NBKERNEL_GENERIC = eNR_NBKERNEL_NR, /* Reuse number; KERNEL_NR is not an entry itself */
  75     eNR_NBKERNEL_GENERIC_CG,
  76     eNR_NBKERNEL_FREE_ENERGY,               /* Add other generic kernels _before_ the free energy one */
  77
  78     eNR_NBKERNEL_TOTAL_NR,
  79     eNR_NBKERNEL_ALLVSALL = eNR_NBKERNEL_TOTAL_NR, // Reuse the symbolic constant that indicates the last kernel
  80
  81     eNR_NBNXN_DIST2,
  82     eNR_NBNXN_LJ_RF,          eNR_NBNXN_LJ_RF_E,
  83     eNR_NBNXN_LJ_TAB,         eNR_NBNXN_LJ_TAB_E,
  84     eNR_NBNXN_LJ_EWALD,       eNR_NBNXN_LJ_EWALD_E,
  85     eNR_NBNXN_LJ,             eNR_NBNXN_LJ_E,
  86     eNR_NBNXN_RF,             eNR_NBNXN_RF_E,
  87     eNR_NBNXN_TAB,            eNR_NBNXN_TAB_E,
  88     eNR_NBNXN_EWALD,          eNR_NBNXN_EWALD_E,
  89     eNR_NBNXN_ADD_LJ_FSW,     eNR_NBNXN_ADD_LJ_FSW_E,
  90     eNR_NBNXN_ADD_LJ_PSW,     eNR_NBNXN_ADD_LJ_PSW_E,
  91     eNR_NBNXN_ADD_LJ_EWALD,   eNR_NBNXN_ADD_LJ_EWALD_E,
  92     eNR_NB14,
  93     eNR_WEIGHTS,              eNR_SPREAD,               eNR_SPREADBSP,
  94     eNR_GATHERF,              eNR_GATHERFBSP,           eNR_FFT,
  95     eNR_CONV,                 eNR_SOLVEPME, eNR_NS,      eNR_RESETX,
  96     eNR_SHIFTX,               eNR_CGCM,                 eNR_FSUM,
  97     eNR_BONDS,                eNR_G96BONDS,             eNR_FENEBONDS,
  98     eNR_TABBONDS,             eNR_RESTRBONDS,           eNR_LINEAR_ANGLES,
  99     eNR_ANGLES,               eNR_G96ANGLES,            eNR_QANGLES,
 100     eNR_TABANGLES,            eNR_PROPER,               eNR_IMPROPER,
 101     eNR_RB,                   eNR_FOURDIH,              eNR_TABDIHS,
 102     eNR_DISRES,               eNR_ORIRES,               eNR_DIHRES,
 103     eNR_POSRES,               eNR_FBPOSRES,
 104     eNR_ANGRES,               eNR_ANGRESZ,
 105     eNR_MORSE,                eNR_CUBICBONDS,           eNR_WALLS,
 106     eNR_POLARIZE,             eNR_ANHARM_POL,
 107     eNR_WPOL,                 eNR_THOLE,                eNR_VIRIAL,
 108     eNR_UPDATE,               eNR_EXTUPDATE,            eNR_STOPCM,
 109     eNR_PCOUPL,               eNR_EKIN,                 eNR_LINCS,
 110     eNR_LINCSMAT,             eNR_SHAKE,                eNR_CONSTR_V,
 111     eNR_SHAKE_RIJ,            eNR_CONSTR_VIR,           eNR_SETTLE,
 112     eNR_VSITE2,               eNR_VSITE3,               eNR_VSITE3FD,
 113     eNR_VSITE3FAD,            eNR_VSITE3OUT,            eNR_VSITE4FD,
 114     eNR_VSITE4FDN,            eNR_VSITEN,
 115     eNR_CMAP,                 eNR_UREY_BRADLEY,         eNR_CROSS_BOND_BOND,
 116     eNR_CROSS_BOND_ANGLE,
 117     eNRNB
 118 };
 119
 120
 121 typedef struct t_nrnb
 122 {
 123     double n[eNRNB];
 124 }
 125 t_nrnb;
 126 struct t_commrec;
 127 struct t_nrnb;
 128
 129 #ifdef __cplusplus
 130 extern "C" {
 131 #endif
 132
 133 void init_nrnb(t_nrnb *nrnb);
 134
 135 void cp_nrnb(t_nrnb *dest, t_nrnb *src);
 136
 137 void add_nrnb(t_nrnb *dest, t_nrnb *s1, t_nrnb *s2);
 138
 139 void print_nrnb(FILE *out, t_nrnb *nrnb);
 140
 141 void _inc_nrnb(t_nrnb *nrnb, int enr, int inc, char *file, int line);
 142
 143 #ifdef DEBUG_NRNB
 144 #define inc_nrnb(nrnb, enr, inc) _inc_nrnb(nrnb, enr, inc, __FILE__, __LINE__)
 145 #else
 146 #define inc_nrnb(nrnb, enr, inc) (nrnb)->n[enr] += inc
 147 #endif
 148
 149
 150 void print_flop(FILE *out, t_nrnb *nrnb, double *nbfs, double *mflop);
 151 /* Calculates the non-bonded forces and flop count.
 152  * When out!=NULL also prints the full count table.
 153  */
 154
 155 void print_perf(FILE *out, double nodetime, double realtime,
 156                 int64_t nsteps, double delta_t,
 157                 double nbfs, double mflop);
 158 /* Prints the performance, nbfs and mflop come from print_flop */
 159
 160 void pr_load(FILE *log, struct t_commrec *cr, t_nrnb nrnb[]);
 161 /* Print detailed load balancing info */
 162
 163 int cost_nrnb(int enr);
 164 /* Cost in i860 cycles of this component of MD */
 165
 166 const char *nrnb_str(int enr);
 167 /* Name of this component */
 168
 169 #ifdef __cplusplus
 170 }
 171 #endif
 172
 173 #endif  /* GMX_GMXLIB_NRNB_H */