src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_adress_c/make_nb_kernel_adress_c.py

   1 #!/usr/bin/python
   2 #
   3 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   4 #
   5 # Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   6 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9 #
  10 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13 # of the License, or (at your option) any later version.
  14 #
  15 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18 # Lesser General Public License for more details.
  19 #
  20 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 # License along with GROMACS; if not, see
  22 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24 #
  25 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26 # consider that scientific software is very special. Version
  27 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  29 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31 # official version at http://www.gromacs.org.
  32 #
  33 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35
  36 import sys
  37 import os
  38 sys.path.append ( "../preprocessor" )
  39 from gmxpreprocess import gmxpreprocess
  40
  41 # "The happiest programs are programs that write other programs."
  42 #
  43 #
  44 # This script controls the generation of Gromacs nonbonded kernels.
  45 #
  46 # We no longer generate kernels on-the-fly, so this file is not run
  47 # during a Gromacs compile - only when we need to update the kernels (=rarely).
  48 #
  49 # To maximize performance, each combination of interactions in Gromacs
  50 # has a separate nonbonded kernel without conditionals in the code.
  51 # To avoid writing hundreds of different routines for each architecture,
  52 # we instead use a custom preprocessor so we can encode the conditionals
  53 # and expand for-loops (e.g, for water-water interactions)
  54 # from a general kernel template. While that file will contain quite a
  55 # few preprocessor directives, it is still an order of magnitude easier
  56 # to maintain than ~200 different kernels (not to mention it avoids bugs).
  57 #
  58 # To actually generate the kernels, this program iteratively calls the
  59 # preprocessor with different define settings corresponding to all
  60 # combinations of coulomb/van-der-Waals/geometry options.
  61 #
  62 # A main goal in the design was to make this new generator _general_. For
  63 # this reason we have used a lot of different fields to identify a particular
  64 # kernel and interaction. Basically, each kernel will have a name like
  65 #
  66 # nbkernel_ElecXX_VdwYY_GeomZZ_VF_QQ()
  67 #
  68 # Where XX/YY/ZZ/VF are strings to identify what the kernel computes.
  69 #
  70 # Elec/Vdw describe the type of interaction for electrostatics and van der Waals.
  71 # The geometry settings correspond e.g. to water-water or water-particle kernels,
  72 # and finally the VF setting is V,F,or VF depending on whether we calculate
  73 # only the potential, only the force, or both of them. The final string (QQ)
  74 # is the architecture/language/optimization of the kernel.
  75 #
  76 Arch       = 'c'
  77
  78 # Explanation of the 'properties':
  79 #
  80 # It is cheap to compute r^2, and the kernels require various other functions of r for
  81 # different kinds of interaction. Depending on the needs of the kernel and the available
  82 # processor instructions, this will be done in different ways.
  83 #
  84 # 'rinv' means we need 1/r, which is calculated as 1/sqrt(r^2).
  85 # 'rinvsq' means we need 1/(r*r). This is calculated as rinv*rinv if we already did rinv, otherwise 1/r^2.
  86 # 'r' is similarly calculated as r^2*rinv when needed
  87 # 'table' means the interaction is tabulated, in which case we will calculate a table index before the interaction
  88 # 'shift' means the interaction will be modified by a constant to make it zero at the cutoff.
  89 # 'cutoff' means the interaction is set to 0.0 outside the cutoff
  90 #
  91
  92 FileHeader = \
  93 '/*\n' \
  94 ' * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.\n' \
  95 ' *\n' \
  96 ' * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by\n' \
  97 ' * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many\n' \
  98 ' * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source\n' \
  99 ' * directory and at http://www.gromacs.org.\n' \
 100 ' *\n' \
 101 ' * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or\n' \
 102 ' * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License\n' \
 103 ' * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1\n' \
 104 ' * of the License, or (at your option) any later version.\n' \
 105 ' *\n' \
 106 ' * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,\n' \
 107 ' * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\n' \
 108 ' * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU\n' \
 109 ' * Lesser General Public License for more details.\n' \
 110 ' *\n' \
 111 ' * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public\n' \
 112 ' * License along with GROMACS; if not, see\n' \
 113 ' * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,\n' \
 114 ' * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.\n' \
 115 ' *\n' \
 116 ' * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please\n' \
 117 ' * consider that scientific software is very special. Version\n' \
 118 ' * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to\n' \
 119 ' * consider code for inclusion in the official distribution, but\n' \
 120 ' * derived work must not be called official GROMACS. Details are found\n' \
 121 ' * in the README & COPYING files - if they are missing, get the\n' \
 122 ' * official version at http://www.gromacs.org.\n' \
 123 ' *\n' \
 124 ' * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite\n' \
 125 ' * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.\n' \
 126 ' */\n' \
 127 '/*\n' \
 128 ' * Note: this file was generated by the GROMACS '+Arch+' kernel generator.\n' \
 129 ' */\n'
 130
 131 ###############################################
 132 # ELECTROSTATICS
 133 # Interactions and flags for them
 134 ###############################################
 135 ElectrostaticsList = {
 136     'None'                    : [],
 137     'Coulomb'                 : ['rinv','rinvsq'],
 138     'ReactionField'           : ['rinv','rinvsq'],
 139     'GeneralizedBorn'         : ['rinv','r'],
 140     'CubicSplineTable'        : ['rinv','r','table'],
 141     'Ewald'                   : ['rinv','rinvsq','r'],
 142 }
 143
 144
 145 ###############################################
 146 # VAN DER WAALS
 147 # Interactions and flags for them
 148 ###############################################
 149 VdwList = {
 150     'None'                    : [],
 151     'LennardJones'            : ['rinvsq'],
 152     'Buckingham'              : ['rinv','rinvsq','r'],
 153     'CubicSplineTable'        : ['rinv','r','table'],
 154 }
 155
 156
 157 ###############################################
 158 # MODIFIERS
 159 # Different ways to adjust/modify interactions to conserve energy
 160 ###############################################
 161 ModifierList = {
 162     'None'                    : [],
 163     'ExactCutoff'             : ['exactcutoff'],        # Zero the interaction outside the cutoff, used for reaction-field-zero
 164     'PotentialShift'          : ['shift','exactcutoff'],
 165     'PotentialSwitch'         : ['rinv','r','switch','exactcutoff']
 166 }
 167
 168
 169 ###############################################
 170 # GEOMETRY COMBINATIONS
 171 ###############################################
 172 GeometryNameList = [
 173     [ 'Particle' , 'Particle' ],
 174     [ 'Water3'   , 'Particle' ],
 175     [ 'Water3'   , 'Water3'   ],
 176     [ 'Water4'   , 'Particle' ],
 177     [ 'Water4'   , 'Water4'   ]
 178 ]
 179
 180
 181 ###############################################
 182 # POTENTIAL / FORCE
 183 ###############################################
 184 VFList = [
 185     'PotentialAndForce',
 186 # 'Potential',   # Not used yet
 187     'Force'
 188 ]
 189
 190
 191 ###############################################
 192 # GEOMETRY PROPERTIES
 193 ###############################################
 194 # Dictionaries with lists telling which interactions are present
 195 # 1,2,3 means particles 1,2,3 (but not 0) have electrostatics!
 196 GeometryElectrostatics = {
 197     'Particle'  : [ 0 ],
 198     'Particle2' : [ 0 , 1 ],
 199     'Particle3' : [ 0 , 1 , 2 ],
 200     'Particle4' : [ 0 , 1 , 2 , 3 ],
 201     'Water3'    : [ 0 , 1 , 2 ],
 202     'Water4'    : [ 1 , 2 , 3 ]
 203 }
 204
 205 GeometryVdw = {
 206     'Particle'  : [ 0 ],
 207     'Particle2' : [ 0 , 1 ],
 208     'Particle3' : [ 0 , 1 , 2 ],
 209     'Particle4' : [ 0 , 1 , 2 , 3 ],
 210     'Water3'    : [ 0 ],
 211     'Water4'    : [ 0 ]
 212 }
 213
 214
 215 ###############################################
 216 # ADRESS PROPERTIES
 217 ###############################################
 218 AdressList = [
 219     'CG', 'EX'
 220 ]
 221
 222 # Dictionary to abbreviate all strings (mixed from all the lists)
 223 Abbreviation = {
 224     'None'                    : 'None',
 225     'Coulomb'                 : 'Coul',
 226     'Ewald'                   : 'Ew',
 227     'ReactionField'           : 'RF',
 228     'GeneralizedBorn'         : 'GB',
 229     'CubicSplineTable'        : 'CSTab',
 230     'LennardJones'            : 'LJ',
 231     'Buckingham'              : 'Bham',
 232     'PotentialShift'          : 'Sh',
 233     'PotentialSwitch'         : 'Sw',
 234     'ExactCutoff'             : 'Cut',
 235     'PotentialAndForce'       : 'VF',
 236     'Potential'               : 'V',
 237     'Force'                   : 'F',
 238     'Water3'                  : 'W3',
 239     'Water4'                  : 'W4',
 240     'Particle'                : 'P1',
 241     'Particle2'               : 'P2',
 242     'Particle3'               : 'P3',
 243     'Particle4'               : 'P4'
 244 }
 245
 246
 247 ###############################################
 248 # Functions
 249 ###############################################
 250
 251 # Return a string with the kernel name from current settings
 252 def MakeKernelFileName(KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelRes):
 253     ElecStr = 'Elec' + Abbreviation[KernelElec]
 254     if(KernelElecMod!='None'):
 255         ElecStr = ElecStr + Abbreviation[KernelElecMod]
 256     VdwStr  = 'Vdw'  + Abbreviation[KernelVdw]
 257     if(KernelVdwMod!='None'):
 258         VdwStr = VdwStr + Abbreviation[KernelVdwMod]
 259     GeomStr = 'Geom' + Abbreviation[KernelGeom[0]] + Abbreviation[KernelGeom[1]]
 260     return 'nb_kernel_' + ElecStr + '_' + VdwStr + '_' + GeomStr + '_' + KernelRes + '_' + Arch
 261
 262 def MakeKernelName(KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelVF,KernelRes):
 263     ElecStr = 'Elec' + Abbreviation[KernelElec]
 264     if(KernelElecMod!='None'):
 265         ElecStr = ElecStr + Abbreviation[KernelElecMod]
 266     VdwStr  = 'Vdw'  + Abbreviation[KernelVdw]
 267     if(KernelVdwMod!='None'):
 268         VdwStr = VdwStr + Abbreviation[KernelVdwMod]
 269     GeomStr = 'Geom' + Abbreviation[KernelGeom[0]] + Abbreviation[KernelGeom[1]]
 270     VFStr   = Abbreviation[KernelVF]
 271     return 'nb_kernel_' + ElecStr + '_' + VdwStr + '_' + GeomStr + '_' + VFStr + '_' + KernelRes + '_' + Arch
 272
 273 # Return a string with a declaration to use for the kernel;
 274 # this will be a sequence of string combinations as well as the actual function name
 275 # Dont worry about field widths - that is just pretty-printing for the header!
 276 def MakeKernelDecl(KernelName,KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelOther,KernelVF):
 277     KernelStr   = '\"'+KernelName+'\"'
 278     ArchStr     = '\"'+Arch+'\"'
 279     ElecStr     = '\"'+KernelElec+'\"'
 280     ElecModStr  = '\"'+KernelElecMod+'\"'
 281     VdwStr      = '\"'+KernelVdw+'\"'
 282     VdwModStr   = '\"'+KernelVdwMod+'\"'
 283     GeomStr     = '\"'+KernelGeom[0]+KernelGeom[1]+'\"'
 284     OtherStr    = '\"'+KernelOther+'\"'
 285     VFStr       = '\"'+KernelVF+'\"'
 286
 287     ThisSpec = ArchStr+', '+ElecStr+', '+ElecModStr+', '+VdwStr+', '+VdwModStr+', '+GeomStr+', '+OtherStr+', '+VFStr
 288     ThisDecl = '    { '+KernelName+', '+KernelStr+', '+ThisSpec+' }'
 289     return ThisDecl
 290
 291
 292 # Returns 1 if this kernel should be created, 0 if we should skip it
 293 # This routine is not critical - it is not the end of the world if we create more kernels,
 294 # but since the number is pretty large we save both space and compile-time by reducing it a bit.
 295 def KeepKernel(KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelVF):
 296
 297     # No need for kernels without interactions
 298     if(KernelElec=='None' and KernelVdw=='None'):
 299         return 0
 300
 301     # No need for modifiers without interactions
 302     if((KernelElec=='None' and KernelElecMod!='None') or (KernelVdw=='None' and KernelVdwMod!='None')):
 303         return 0
 304
 305     # No need for LJ-only water optimization, or water optimization with implicit solvent.
 306     if('Water' in KernelGeom[0] and (KernelElec=='None' or 'GeneralizedBorn' in KernelElec)):
 307         return 0
 308
 309     # Non-matching table settings are pointless
 310     if( ('Table' in KernelElec) and ('Table' in KernelVdw) and KernelElec!=KernelVdw ):
 311         return 0
 312
 313     # Try to reduce the number of different switch/shift options to get a reasonable number of kernels
 314     # For electrostatics, reaction-field can use 'exactcutoff', and ewald can use switch or shift.
 315     if(KernelElecMod=='ExactCutoff' and KernelElec!='ReactionField'):
 316         return 0
 317     if(KernelElecMod in ['PotentialShift','PotentialSwitch'] and KernelElec!='Ewald'):
 318         return 0
 319     # For Vdw, we support switch and shift for Lennard-Jones/Buckingham
 320     if((KernelVdwMod=='ExactCutoff') or
 321        (KernelVdwMod in ['PotentialShift','PotentialSwitch'] and KernelVdw not in ['LennardJones','Buckingham'])):
 322         return 0
 323
 324     # Choose either switch or shift and don't mix them...
 325     if((KernelElecMod=='PotentialShift' and KernelVdwMod=='PotentialSwitch') or
 326        (KernelElecMod=='PotentialSwitch' and KernelVdwMod=='PotentialShift')):
 327         return 0
 328
 329     # Don't use a Vdw kernel with a modifier if the electrostatics one does not have one
 330     if(KernelElec!='None' and KernelElecMod=='None' and KernelVdwMod!='None'):
 331         return 0
 332
 333     # Don't use an electrostatics kernel with a modifier if the vdw one does not have one,
 334     # unless the electrostatics one is reaction-field with exact cutoff.
 335     if(KernelVdw!='None' and KernelVdwMod=='None' and KernelElecMod!='None'):
 336         if(KernelElec=='ReactionField' and KernelVdw!='CubicSplineTable'):
 337             return 0
 338         elif(KernelElec!='ReactionField'):
 339             return 0
 340
 341     return 1
 342
 343
 344
 345 #
 346 # The preprocessor will automatically expand the interactions for water and other
 347 # geometries inside the kernel, but to get this right we need to setup a couple
 348 # of defines - we do them in a separate routine to keep the main loop clean.
 349 #
 350 # While this routine might look a bit complex it is actually quite straightforward,
 351 # and the best news is that you wont have to modify _anything_ for a new geometry
 352 # as long as you correctly define its Electrostatics/Vdw geometry in the lists above!
 353 #
 354 def SetDefines(KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelVF,defines):
 355     # What is the _name_ for the i/j group geometry?
 356     igeometry            = KernelGeom[0]
 357     jgeometry            = KernelGeom[1]
 358     # define so we can access it in the source when the preprocessor runs
 359     defines['GEOMETRY_I'] = igeometry
 360     defines['GEOMETRY_J'] = jgeometry
 361
 362     # For the i/j groups, extract a python list of which sites have electrostatics
 363     # For SPC/TIP3p this will be [1,1,1], while TIP4p (no elec on first site) will be [0,1,1,1]
 364     ielec                = GeometryElectrostatics[igeometry]
 365     jelec                = GeometryElectrostatics[jgeometry]
 366     # Zero out the corresponding lists in case we dont do Elec
 367     if(KernelElec=='None'):
 368         ielec = []
 369         jelec = []
 370
 371     # Extract similar interaction lists for Vdw interactions (example for SPC: [1,0,0])
 372     iVdw                 = GeometryVdw[igeometry]
 373     jVdw                 = GeometryVdw[jgeometry]
 374
 375     # Zero out the corresponding lists in case we dont do Vdw
 376     if(KernelVdw=='None'):
 377         iVdw = []
 378         jVdw = []
 379
 380     # iany[] and jany[] contains lists of the particles actually used (for interactions) in this kernel
 381     iany = list(set(ielec+iVdw))  # convert to+from set to make elements unique
 382     jany = list(set(jelec+jVdw))
 383
 384     defines['PARTICLES_ELEC_I'] = ielec
 385     defines['PARTICLES_ELEC_J'] = jelec
 386     defines['PARTICLES_VDW_I']  = iVdw
 387     defines['PARTICLES_VDW_J']  = jVdw
 388     defines['PARTICLES_I']      = iany
 389     defines['PARTICLES_J']      = jany
 390
 391     # elecij,Vdwij are sets with pairs of particles for which the corresponding interaction is done
 392     # (and anyij again corresponds to either electrostatics or Vdw)
 393     elecij = []
 394     Vdwij  = []
 395     anyij  = []
 396
 397     for i in ielec:
 398         for j in jelec:
 399             elecij.append([i,j])
 400
 401     for i in iVdw:
 402         for j in jVdw:
 403             Vdwij.append([i,j])
 404
 405     for i in iany:
 406         for j in jany:
 407             if [i,j] in elecij or [i,j] in Vdwij:
 408                 anyij.append([i,j])
 409
 410     defines['PAIRS_IJ']     = anyij
 411
 412     # Make an 2d list-of-distance-properties-to-calculate for i,j
 413     ni = max(iany)+1
 414     nj = max(jany)+1
 415     # Each element properties[i][j] is an empty list
 416     properties = [ [ [] for j in range(0,nj) ] for i in range (0,ni) ]
 417     # Add properties to each set
 418     for i in range(0,ni):
 419         for j in range(0,nj):
 420             if [i,j] in elecij:
 421                 properties[i][j] = properties[i][j] + ['electrostatics'] + ElectrostaticsList[KernelElec] + ModifierList[KernelElecMod]
 422             if [i,j] in Vdwij:
 423                 properties[i][j] = properties[i][j] + ['vdw'] + VdwList[KernelVdw] + ModifierList[KernelVdwMod]
 424             # Add rinv if we need r
 425             if 'r' in properties[i][j]:
 426                 properties[i][j] = properties[i][j] + ['rinv']
 427             # Add rsq if we need rinv or rinsq
 428             if 'rinv' in properties[i][j] or 'rinvsq' in properties[i][j]:
 429                 properties[i][j] = properties[i][j] + ['rsq']
 430
 431     defines['INTERACTION_FLAGS']    = properties
 432
 433
 434
 435 def PrintStatistics(ratio):
 436     ratio = 100.0*ratio
 437     print '\rGenerating %s nonbonded kernels... %5.1f%%' % (Arch,ratio),
 438     sys.stdout.flush()
 439
 440
 441
 442 defines = {}
 443 kerneldecl = []
 444
 445 cnt     = 0.0
 446 nelec   = len(ElectrostaticsList)
 447 nVdw    = len(VdwList)
 448 nmod    = len(ModifierList)
 449 ngeom   = len(GeometryNameList)
 450
 451 ntot    = nelec*nmod*nVdw*nmod*ngeom
 452
 453 numKernels = 0
 454
 455 fpdecl = open('nb_kernel_' + Arch + '.c','w')
 456 fpdecl.write( FileHeader )
 457 fpdecl.write( '#ifndef nb_kernel_' + Arch + '_h\n' )
 458 fpdecl.write( '#define nb_kernel_' + Arch + '_h\n\n' )
 459 fpdecl.write( '#include "../nb_kernel.h"\n\n' )
 460
 461 for KernelElec in ElectrostaticsList:
 462     defines['KERNEL_ELEC'] = KernelElec
 463
 464     for KernelElecMod in ModifierList:
 465         defines['KERNEL_MOD_ELEC'] = KernelElecMod
 466
 467         for KernelVdw in VdwList:
 468             defines['KERNEL_VDW'] = KernelVdw
 469
 470             for KernelVdwMod in ModifierList:
 471                 defines['KERNEL_MOD_VDW'] = KernelVdwMod
 472
 473                 for KernelGeom in GeometryNameList:
 474
 475                     cnt += 1
 476                     KernelFilename = MakeKernelFileName(KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom) + '.c'
 477                     fpkernel = open(KernelFilename,'w')
 478                     defines['INCLUDE_HEADER'] = 1  # Include header first time in new file
 479                     DoHeader = 1
 480
 481                     for KernelVF in VFList:
 482
 483                         KernelName = MakeKernelName(KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelVF)
 484
 485                         defines['KERNEL_NAME'] = KernelName
 486                         defines['KERNEL_VF']   = KernelVF
 487
 488                         # Check if this is a valid/sane/usable combination
 489                         if not KeepKernel(KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelVF):
 490                             continue;
 491
 492                         # The overall kernel settings determine what the _kernel_ calculates, but for the water
 493                         # kernels this does not mean that every pairwise interaction has e.g. Vdw interactions.
 494                         # This routine sets defines of what to calculate for each pair of particles in those cases.
 495                         SetDefines(KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelVF,defines)
 496
 497                         if(DoHeader==1):
 498                             fpkernel.write( FileHeader )
 499
 500                         gmxpreprocess('nb_kernel_template_' + Arch + '.pre', KernelName+'.tmp' , defines, force=1,contentType='C')
 501                         numKernels = numKernels + 1
 502
 503                         defines['INCLUDE_HEADER'] = 0   # Header has been included once now
 504                         DoHeader=0
 505
 506                         # Append temp file contents to the common kernelfile
 507                         fptmp = open(KernelName+'.tmp','r')
 508                         fpkernel.writelines(fptmp.readlines())
 509                         fptmp.close()
 510                         os.remove(KernelName+'.tmp')
 511
 512                         # Add a declaration for this kernel
 513                         fpdecl.write('nb_kernel_t ' + KernelName + ';\n');
 514
 515                         # Add declaration to the buffer
 516                         KernelOther=''
 517                         kerneldecl.append(MakeKernelDecl(KernelName,KernelElec,KernelElecMod,KernelVdw,KernelVdwMod,KernelGeom,KernelOther,KernelVF))
 518
 519                     filesize = fpkernel.tell()
 520                     fpkernel.close()
 521                     if(filesize==0):
 522                         os.remove(KernelFilename)
 523
 524                     PrintStatistics(cnt/ntot)
 525                 pass
 526             pass
 527         pass
 528     pass
 529 pass
 530
 531 # Write out the list of settings and corresponding kernels to the declaration file
 532 fpdecl.write( '\n\n' )
 533 fpdecl.write( 'nb_kernel_info_t\n' )
 534 fpdecl.write( '    kernellist_'+Arch+'[] =\n' )
 535 fpdecl.write( '{\n' )
 536 for decl in kerneldecl[0:-1]:
 537     fpdecl.write( decl + ',\n' )
 538 fpdecl.write( kerneldecl[-1] + '\n' )
 539 fpdecl.write( '};\n\n' )
 540 fpdecl.write( 'int\n' )
 541 fpdecl.write( '    kernellist_'+Arch+'_size = sizeof(kernellist_'+Arch+')/sizeof(kernellist_'+Arch+'[0]);\n\n')
 542 fpdecl.write( '#endif\n')
 543 fpdecl.close()