src/gromacs/gmxlib/network.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_GMXLIB_NETWORK_H
  38 #define GMX_GMXLIB_NETWORK_H
  39
  40 /*
  41  * This module defines the interface of the actual communication routines.
  42  */
  43
  44 #include <stdio.h>
  45
  46 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  47 #include "gromacs/utility/gmxmpi.h"
  48
  49 struct gmx_multisim_t;
  50 struct t_commrec;
  51 struct t_filenm;
  52
  53 struct t_commrec *init_commrec(void);
  54 /* Allocate, initialize and return the commrec. */
  55
  56 void done_commrec(t_commrec *cr);
  57 /* Free memory associated with the commrec. */
  58
  59 struct t_commrec *reinitialize_commrec_for_this_thread(const t_commrec      *cro,
  60                                                        const gmx_multisim_t *ms);
  61
  62 /* Initialize communication records for thread-parallel simulations.
  63    Must be called on all threads before any communication takes place by
  64    the individual threads. Copies the original commrec to
  65    thread-local versions (a small memory leak results because we don't
  66    deallocate the old shared version).  */
  67
  68 void gmx_fill_commrec_from_mpi(t_commrec            *cr,
  69                                const gmx_multisim_t *ms);
  70 /* Continues t_commrec construction */
  71
  72 void gmx_setup_nodecomm(FILE *fplog, struct t_commrec *cr);
  73 /* Sets up fast global communication for clusters with multi-core nodes */
  74
  75 void gmx_init_intranode_counters(struct t_commrec *cr);
  76 /* Initializes intra-physical-node MPI process/thread counts and ID. */
  77
  78 void gmx_barrier(const struct t_commrec *cr);
  79 /* Wait till all processes in cr->mpi_comm_mygroup have reached the barrier */
  80
  81 void gmx_barrier_physical_node(const struct t_commrec *cr);
  82 /* Wait till all processes in cr->mpi_comm_physical_node have reached the barrier */
  83
  84 void gmx_bcast(int nbytes, void *b, const struct t_commrec *cr);
  85 /* Broadcast nbytes bytes from the master to cr->mpi_comm_mygroup */
  86
  87 void gmx_bcast_sim(int nbytes, void *b, const struct t_commrec *cr);
  88 /* Broadcast nbytes bytes from the sim master to cr->mpi_comm_mysim */
  89
  90 void gmx_sumi(int nr, int r[], const struct t_commrec *cr);
  91 /* Calculate the global sum of an array of ints */
  92
  93 void gmx_sumli(int nr, gmx_int64_t r[], const struct t_commrec *cr);
  94 /* Calculate the global sum of an array of large ints */
  95
  96 void gmx_sumf(int nr, float r[], const struct t_commrec *cr);
  97 /* Calculate the global sum of an array of floats */
  98
  99 void gmx_sumd(int nr, double r[], const struct t_commrec *cr);
 100 /* Calculate the global sum of an array of doubles */
 101
 102 void gmx_sumi_sim(int nr, int r[], const struct gmx_multisim_t *ms);
 103 /* Calculate the sum over the simulations of an array of ints */
 104
 105 void gmx_sumli_sim(int nr, gmx_int64_t r[], const struct gmx_multisim_t *ms);
 106 /* Calculate the sum over the simulations of an array of large ints */
 107
 108 void gmx_sumf_sim(int nr, float r[], const struct gmx_multisim_t *ms);
 109 /* Calculate the sum over the simulations of an array of floats */
 110
 111 void gmx_sumd_sim(int nr, double r[], const struct gmx_multisim_t *ms);
 112 /* Calculate the sum over the simulations of an array of doubles */
 113
 114 #if GMX_DOUBLE
 115 #define gmx_sum       gmx_sumd
 116 #define gmx_sum_sim   gmx_sumd_sim
 117 #else
 118 #define gmx_sum       gmx_sumf
 119 #define gmx_sum_sim   gmx_sumf_sim
 120 #endif
 121
 122 const char *opt2fn_master(const char *opt, int nfile,
 123                           const t_filenm fnm[], t_commrec *cr);
 124 /* Return the filename belonging to cmd-line option opt, or NULL when
 125  * no such option or not running on master */
 126
 127 void
 128 gmx_fatal_collective(int f_errno, const char *file, int line,
 129                      MPI_Comm comm, gmx_bool bMaster,
 130                      const char *fmt, ...);
 131 /* As gmx_fatal declared in utility/fatalerror.h,
 132  * but only the master process prints the error message.
 133  * This should only be called one of the following two situations:
 134  * 1) On all nodes in cr->mpi_comm_mysim, with cr!=NULL,dd==NULL.
 135  * 2) On all nodes in dd->mpi_comm_all,   with cr==NULL,dd!=NULL.
 136  * This will call MPI_Finalize instead of MPI_Abort when possible,
 137  * This is useful for handling errors in code that is executed identically
 138  * for all processes.
 139  */
 140
 141 #endif