src/gromacs/gmxlib/mvdata.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "main.h"
  46 #include "mvdata.h"
  47 #include "network.h"
  48 #include "smalloc.h"
  49 #include "gmx_fatal.h"
  50 #include "symtab.h"
  51 #include "vec.h"
  52 #include "tgroup.h"
  53
  54 #define   block_bc(cr,   d) gmx_bcast(     sizeof(d),     &(d), (cr))
  55 /* Probably the test for (nr) > 0 in the next macro is only needed
  56  * on BlueGene(/L), where IBM's MPI_Bcast will segfault after
  57  * dereferencing a null pointer, even when no data is to be transferred. */
  58 #define  nblock_bc(cr, nr, d) { if ((nr) > 0) {gmx_bcast((nr)*sizeof((d)[0]), (d), (cr)); }}
  59 #define    snew_bc(cr, d, nr) { if (!MASTER(cr)) {snew((d), (nr)); }}
  60 /* Dirty macro with bAlloc not as an argument */
  61 #define nblock_abc(cr, nr, d) { if (bAlloc) {snew((d), (nr)); } nblock_bc(cr, (nr), (d)); }
  62
  63 static void bc_string(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab, char ***s)
  64 {
  65     int handle;
  66
  67     if (MASTER(cr))
  68     {
  69         handle = lookup_symtab(symtab, *s);
  70     }
  71     block_bc(cr, handle);
  72     if (!MASTER(cr))
  73     {
  74         *s = get_symtab_handle(symtab, handle);
  75     }
  76 }
  77
  78 static void bc_strings(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab, int nr, char ****nm)
  79 {
  80     int     i;
  81     int    *handle;
  82     char ***NM;
  83
  84     snew(handle, nr);
  85     if (MASTER(cr))
  86     {
  87         NM = *nm;
  88         for (i = 0; (i < nr); i++)
  89         {
  90             handle[i] = lookup_symtab(symtab, NM[i]);
  91         }
  92     }
  93     nblock_bc(cr, nr, handle);
  94
  95     if (!MASTER(cr))
  96     {
  97         snew_bc(cr, *nm, nr);
  98         NM = *nm;
  99         for (i = 0; (i < nr); i++)
 100         {
 101             (*nm)[i] = get_symtab_handle(symtab, handle[i]);
 102         }
 103     }
 104     sfree(handle);
 105 }
 106
 107 static void bc_strings_resinfo(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab,
 108                                int nr, t_resinfo *resinfo)
 109 {
 110     int   i;
 111     int  *handle;
 112
 113     snew(handle, nr);
 114     if (MASTER(cr))
 115     {
 116         for (i = 0; (i < nr); i++)
 117         {
 118             handle[i] = lookup_symtab(symtab, resinfo[i].name);
 119         }
 120     }
 121     nblock_bc(cr, nr, handle);
 122
 123     if (!MASTER(cr))
 124     {
 125         for (i = 0; (i < nr); i++)
 126         {
 127             resinfo[i].name = get_symtab_handle(symtab, handle[i]);
 128         }
 129     }
 130     sfree(handle);
 131 }
 132
 133 static void bc_symtab(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab)
 134 {
 135     int       i, nr, len;
 136     t_symbuf *symbuf;
 137
 138     block_bc(cr, symtab->nr);
 139     nr = symtab->nr;
 140     snew_bc(cr, symtab->symbuf, 1);
 141     symbuf          = symtab->symbuf;
 142     symbuf->bufsize = nr;
 143     snew_bc(cr, symbuf->buf, nr);
 144     for (i = 0; i < nr; i++)
 145     {
 146         if (MASTER(cr))
 147         {
 148             len = strlen(symbuf->buf[i]) + 1;
 149         }
 150         block_bc(cr, len);
 151         snew_bc(cr, symbuf->buf[i], len);
 152         nblock_bc(cr, len, symbuf->buf[i]);
 153     }
 154 }
 155
 156 static void bc_block(const t_commrec *cr, t_block *block)
 157 {
 158     block_bc(cr, block->nr);
 159     snew_bc(cr, block->index, block->nr+1);
 160     nblock_bc(cr, block->nr+1, block->index);
 161 }
 162
 163 static void bc_blocka(const t_commrec *cr, t_blocka *block)
 164 {
 165     block_bc(cr, block->nr);
 166     snew_bc(cr, block->index, block->nr+1);
 167     nblock_bc(cr, block->nr+1, block->index);
 168     block_bc(cr, block->nra);
 169     if (block->nra)
 170     {
 171         snew_bc(cr, block->a, block->nra);
 172         nblock_bc(cr, block->nra, block->a);
 173     }
 174 }
 175
 176 static void bc_grps(const t_commrec *cr, t_grps grps[])
 177 {
 178     int i;
 179
 180     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 181     {
 182         block_bc(cr, grps[i].nr);
 183         snew_bc(cr, grps[i].nm_ind, grps[i].nr);
 184         nblock_bc(cr, grps[i].nr, grps[i].nm_ind);
 185     }
 186 }
 187
 188 static void bc_atoms(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab, t_atoms *atoms)
 189 {
 190     int dummy;
 191
 192     block_bc(cr, atoms->nr);
 193     snew_bc(cr, atoms->atom, atoms->nr);
 194     nblock_bc(cr, atoms->nr, atoms->atom);
 195     bc_strings(cr, symtab, atoms->nr, &atoms->atomname);
 196     block_bc(cr, atoms->nres);
 197     snew_bc(cr, atoms->resinfo, atoms->nres);
 198     nblock_bc(cr, atoms->nres, atoms->resinfo);
 199     bc_strings_resinfo(cr, symtab, atoms->nres, atoms->resinfo);
 200     /* QMMM requires atomtypes to be known on all nodes as well */
 201     bc_strings(cr, symtab, atoms->nr, &atoms->atomtype);
 202     bc_strings(cr, symtab, atoms->nr, &atoms->atomtypeB);
 203 }
 204
 205 static void bc_groups(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab,
 206                       int natoms, gmx_groups_t *groups)
 207 {
 208     int dummy;
 209     int g, n;
 210
 211     bc_grps(cr, groups->grps);
 212     block_bc(cr, groups->ngrpname);
 213     bc_strings(cr, symtab, groups->ngrpname, &groups->grpname);
 214     for (g = 0; g < egcNR; g++)
 215     {
 216         if (MASTER(cr))
 217         {
 218             if (groups->grpnr[g])
 219             {
 220                 n = natoms;
 221             }
 222             else
 223             {
 224                 n = 0;
 225             }
 226         }
 227         block_bc(cr, n);
 228         if (n == 0)
 229         {
 230             groups->grpnr[g] = NULL;
 231         }
 232         else
 233         {
 234             snew_bc(cr, groups->grpnr[g], n);
 235             nblock_bc(cr, n, groups->grpnr[g]);
 236         }
 237     }
 238     if (debug)
 239     {
 240         fprintf(debug, "after bc_groups\n");
 241     }
 242 }
 243
 244 void bcast_state(const t_commrec *cr, t_state *state)
 245 {
 246     int      i, nnht, nnhtp;
 247     gmx_bool bAlloc;
 248
 249     if (!PAR(cr))
 250     {
 251         return;
 252     }
 253
 254     /* Broadcasts the state sizes and flags from the master to all nodes
 255      * in cr->mpi_comm_mygroup. The arrays are not broadcasted. */
 256     block_bc(cr, state->natoms);
 257     block_bc(cr, state->ngtc);
 258     block_bc(cr, state->nnhpres);
 259     block_bc(cr, state->nhchainlength);
 260     block_bc(cr, state->nrng);
 261     block_bc(cr, state->nrngi);
 262     block_bc(cr, state->flags);
 263     if (state->lambda == NULL)
 264     {
 265         snew_bc(cr, state->lambda, efptNR)
 266     }
 267
 268     if (cr->dd)
 269     {
 270         /* We allocate dynamically in dd_partition_system. */
 271         return;
 272     }
 273     /* The code below is reachable only by TPI and NM, so it is not
 274        tested by anything. */
 275
 276     nnht  = (state->ngtc)*(state->nhchainlength);
 277     nnhtp = (state->nnhpres)*(state->nhchainlength);
 278
 279     /* We still need to allocate the arrays in state for non-master
 280      * ranks, which is done (implicitly via bAlloc) in the dirty,
 281      * dirty nblock_abc macro. */
 282     bAlloc = !MASTER(cr);
 283     if (bAlloc)
 284     {
 285         state->nalloc = state->natoms;
 286     }
 287     for (i = 0; i < estNR; i++)
 288     {
 289         if (state->flags & (1<<i))
 290         {
 291             switch (i)
 292             {
 293                 case estLAMBDA:  nblock_bc(cr, efptNR, state->lambda); break;
 294                 case estFEPSTATE: block_bc(cr, state->fep_state); break;
 295                 case estBOX:     block_bc(cr, state->box); break;
 296                 case estBOX_REL: block_bc(cr, state->box_rel); break;
 297                 case estBOXV:    block_bc(cr, state->boxv); break;
 298                 case estPRES_PREV: block_bc(cr, state->pres_prev); break;
 299                 case estSVIR_PREV: block_bc(cr, state->svir_prev); break;
 300                 case estFVIR_PREV: block_bc(cr, state->fvir_prev); break;
 301                 case estNH_XI:   nblock_abc(cr, nnht, state->nosehoover_xi); break;
 302                 case estNH_VXI:  nblock_abc(cr, nnht, state->nosehoover_vxi); break;
 303                 case estNHPRES_XI:   nblock_abc(cr, nnhtp, state->nhpres_xi); break;
 304                 case estNHPRES_VXI:  nblock_abc(cr, nnhtp, state->nhpres_vxi); break;
 305                 case estTC_INT:  nblock_abc(cr, state->ngtc, state->therm_integral); break;
 306                 case estVETA:    block_bc(cr, state->veta); break;
 307                 case estVOL0:    block_bc(cr, state->vol0); break;
 308                 case estX:       nblock_abc(cr, state->natoms, state->x); break;
 309                 case estV:       nblock_abc(cr, state->natoms, state->v); break;
 310                 case estSDX:     nblock_abc(cr, state->natoms, state->sd_X); break;
 311                 case estCGP:     nblock_abc(cr, state->natoms, state->cg_p); break;
 312                 case estLD_RNG:  if (state->nrngi == 1)
 313                     {
 314                         nblock_abc(cr, state->nrng, state->ld_rng);
 315                     }
 316                     break;
 317                 case estLD_RNGI: if (state->nrngi == 1)
 318                     {
 319                         nblock_abc(cr, state->nrngi, state->ld_rngi);
 320                     }
 321                     break;
 322                 case estDISRE_INITF: block_bc(cr, state->hist.disre_initf); break;
 323                 case estDISRE_RM3TAV:
 324                     block_bc(cr, state->hist.ndisrepairs);
 325                     nblock_abc(cr, state->hist.ndisrepairs, state->hist.disre_rm3tav);
 326                     break;
 327                 case estORIRE_INITF: block_bc(cr, state->hist.orire_initf); break;
 328                 case estORIRE_DTAV:
 329                     block_bc(cr, state->hist.norire_Dtav);
 330                     nblock_abc(cr, state->hist.norire_Dtav, state->hist.orire_Dtav);
 331                     break;
 332                 default:
 333                     gmx_fatal(FARGS,
 334                               "Communication is not implemented for %s in bcast_state",
 335                               est_names[i]);
 336             }
 337         }
 338     }
 339 }
 340
 341 static void bc_ilists(const t_commrec *cr, t_ilist *ilist)
 342 {
 343     int ftype;
 344
 345     /* Here we only communicate the non-zero length ilists */
 346     if (MASTER(cr))
 347     {
 348         for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 349         {
 350             if (ilist[ftype].nr > 0)
 351             {
 352                 block_bc(cr, ftype);
 353                 block_bc(cr, ilist[ftype].nr);
 354                 nblock_bc(cr, ilist[ftype].nr, ilist[ftype].iatoms);
 355             }
 356         }
 357         ftype = -1;
 358         block_bc(cr, ftype);
 359     }
 360     else
 361     {
 362         for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 363         {
 364             ilist[ftype].nr = 0;
 365         }
 366         do
 367         {
 368             block_bc(cr, ftype);
 369             if (ftype >= 0)
 370             {
 371                 block_bc(cr, ilist[ftype].nr);
 372                 snew_bc(cr, ilist[ftype].iatoms, ilist[ftype].nr);
 373                 nblock_bc(cr, ilist[ftype].nr, ilist[ftype].iatoms);
 374             }
 375         }
 376         while (ftype >= 0);
 377     }
 378
 379     if (debug)
 380     {
 381         fprintf(debug, "after bc_ilists\n");
 382     }
 383 }
 384
 385 static void bc_cmap(const t_commrec *cr, gmx_cmap_t *cmap_grid)
 386 {
 387     int i, j, nelem, ngrid;
 388
 389     block_bc(cr, cmap_grid->ngrid);
 390     block_bc(cr, cmap_grid->grid_spacing);
 391
 392     ngrid = cmap_grid->ngrid;
 393     nelem = cmap_grid->grid_spacing * cmap_grid->grid_spacing;
 394
 395     if (ngrid > 0)
 396     {
 397         snew_bc(cr, cmap_grid->cmapdata, ngrid);
 398
 399         for (i = 0; i < ngrid; i++)
 400         {
 401             snew_bc(cr, cmap_grid->cmapdata[i].cmap, 4*nelem);
 402             nblock_bc(cr, 4*nelem, cmap_grid->cmapdata[i].cmap);
 403         }
 404     }
 405 }
 406
 407 static void bc_ffparams(const t_commrec *cr, gmx_ffparams_t *ffp)
 408 {
 409     int i;
 410
 411     block_bc(cr, ffp->ntypes);
 412     block_bc(cr, ffp->atnr);
 413     snew_bc(cr, ffp->functype, ffp->ntypes);
 414     snew_bc(cr, ffp->iparams, ffp->ntypes);
 415     nblock_bc(cr, ffp->ntypes, ffp->functype);
 416     nblock_bc(cr, ffp->ntypes, ffp->iparams);
 417     block_bc(cr, ffp->reppow);
 418     block_bc(cr, ffp->fudgeQQ);
 419     bc_cmap(cr, &ffp->cmap_grid);
 420 }
 421
 422 static void bc_grpopts(const t_commrec *cr, t_grpopts *g)
 423 {
 424     int i, n;
 425
 426     block_bc(cr, g->ngtc);
 427     block_bc(cr, g->ngacc);
 428     block_bc(cr, g->ngfrz);
 429     block_bc(cr, g->ngener);
 430     snew_bc(cr, g->nrdf, g->ngtc);
 431     snew_bc(cr, g->tau_t, g->ngtc);
 432     snew_bc(cr, g->ref_t, g->ngtc);
 433     snew_bc(cr, g->acc, g->ngacc);
 434     snew_bc(cr, g->nFreeze, g->ngfrz);
 435     snew_bc(cr, g->egp_flags, g->ngener*g->ngener);
 436
 437     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->nrdf);
 438     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->tau_t);
 439     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->ref_t);
 440     nblock_bc(cr, g->ngacc, g->acc);
 441     nblock_bc(cr, g->ngfrz, g->nFreeze);
 442     nblock_bc(cr, g->ngener*g->ngener, g->egp_flags);
 443     snew_bc(cr, g->annealing, g->ngtc);
 444     snew_bc(cr, g->anneal_npoints, g->ngtc);
 445     snew_bc(cr, g->anneal_time, g->ngtc);
 446     snew_bc(cr, g->anneal_temp, g->ngtc);
 447     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->annealing);
 448     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->anneal_npoints);
 449     for (i = 0; (i < g->ngtc); i++)
 450     {
 451         n = g->anneal_npoints[i];
 452         if (n > 0)
 453         {
 454             snew_bc(cr, g->anneal_time[i], n);
 455             snew_bc(cr, g->anneal_temp[i], n);
 456             nblock_bc(cr, n, g->anneal_time[i]);
 457             nblock_bc(cr, n, g->anneal_temp[i]);
 458         }
 459     }
 460
 461     /* QMMM stuff, see inputrec */
 462     block_bc(cr, g->ngQM);
 463     snew_bc(cr, g->QMmethod, g->ngQM);
 464     snew_bc(cr, g->QMbasis, g->ngQM);
 465     snew_bc(cr, g->QMcharge, g->ngQM);
 466     snew_bc(cr, g->QMmult, g->ngQM);
 467     snew_bc(cr, g->bSH, g->ngQM);
 468     snew_bc(cr, g->CASorbitals, g->ngQM);
 469     snew_bc(cr, g->CASelectrons, g->ngQM);
 470     snew_bc(cr, g->SAon, g->ngQM);
 471     snew_bc(cr, g->SAoff, g->ngQM);
 472     snew_bc(cr, g->SAsteps, g->ngQM);
 473
 474     if (g->ngQM)
 475     {
 476         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->QMmethod);
 477         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->QMbasis);
 478         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->QMcharge);
 479         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->QMmult);
 480         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->bSH);
 481         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->CASorbitals);
 482         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->CASelectrons);
 483         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->SAon);
 484         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->SAoff);
 485         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->SAsteps);
 486         /* end of QMMM stuff */
 487     }
 488 }
 489
 490 static void bc_cosines(const t_commrec *cr, t_cosines *cs)
 491 {
 492     block_bc(cr, cs->n);
 493     snew_bc(cr, cs->a, cs->n);
 494     snew_bc(cr, cs->phi, cs->n);
 495     if (cs->n > 0)
 496     {
 497         nblock_bc(cr, cs->n, cs->a);
 498         nblock_bc(cr, cs->n, cs->phi);
 499     }
 500 }
 501
 502 static void bc_pull_group(const t_commrec *cr, t_pull_group *pgrp)
 503 {
 504     block_bc(cr, *pgrp);
 505     if (pgrp->nat > 0)
 506     {
 507         snew_bc(cr, pgrp->ind, pgrp->nat);
 508         nblock_bc(cr, pgrp->nat, pgrp->ind);
 509     }
 510     if (pgrp->nweight > 0)
 511     {
 512         snew_bc(cr, pgrp->weight, pgrp->nweight);
 513         nblock_bc(cr, pgrp->nweight, pgrp->weight);
 514     }
 515 }
 516
 517 static void bc_pull(const t_commrec *cr, t_pull *pull)
 518 {
 519     int g;
 520
 521     block_bc(cr, *pull);
 522     snew_bc(cr, pull->group, pull->ngroup);
 523     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 524     {
 525         bc_pull_group(cr, &pull->group[g]);
 526     }
 527     snew_bc(cr, pull->coord, pull->ncoord);
 528     nblock_bc(cr, pull->ncoord, pull->coord);
 529 }
 530
 531 static void bc_rotgrp(const t_commrec *cr, t_rotgrp *rotg)
 532 {
 533     block_bc(cr, *rotg);
 534     if (rotg->nat > 0)
 535     {
 536         snew_bc(cr, rotg->ind, rotg->nat);
 537         nblock_bc(cr, rotg->nat, rotg->ind);
 538         snew_bc(cr, rotg->x_ref, rotg->nat);
 539         nblock_bc(cr, rotg->nat, rotg->x_ref);
 540     }
 541 }
 542
 543 static void bc_rot(const t_commrec *cr, t_rot *rot)
 544 {
 545     int g;
 546
 547     block_bc(cr, *rot);
 548     snew_bc(cr, rot->grp, rot->ngrp);
 549     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 550     {
 551         bc_rotgrp(cr, &rot->grp[g]);
 552     }
 553 }
 554
 555 static void bc_adress(const t_commrec *cr, t_adress *adress)
 556 {
 557     block_bc(cr, *adress);
 558     if (adress->n_tf_grps > 0)
 559     {
 560         snew_bc(cr, adress->tf_table_index, adress->n_tf_grps);
 561         nblock_bc(cr, adress->n_tf_grps, adress->tf_table_index);
 562     }
 563     if (adress->n_energy_grps > 0)
 564     {
 565         snew_bc(cr, adress->group_explicit, adress->n_energy_grps);
 566         nblock_bc(cr, adress->n_energy_grps, adress->group_explicit);
 567     }
 568 }
 569 static void bc_fepvals(const t_commrec *cr, t_lambda *fep)
 570 {
 571     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 572     int      i;
 573
 574     block_bc(cr, fep->nstdhdl);
 575     block_bc(cr, fep->init_lambda);
 576     block_bc(cr, fep->init_fep_state);
 577     block_bc(cr, fep->delta_lambda);
 578     block_bc(cr, fep->bPrintEnergy);
 579     block_bc(cr, fep->n_lambda);
 580     if (fep->n_lambda > 0)
 581     {
 582         snew_bc(cr, fep->all_lambda, efptNR);
 583         nblock_bc(cr, efptNR, fep->all_lambda);
 584         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 585         {
 586             snew_bc(cr, fep->all_lambda[i], fep->n_lambda);
 587             nblock_bc(cr, fep->n_lambda, fep->all_lambda[i]);
 588         }
 589     }
 590     block_bc(cr, fep->sc_alpha);
 591     block_bc(cr, fep->sc_power);
 592     block_bc(cr, fep->sc_r_power);
 593     block_bc(cr, fep->sc_sigma);
 594     block_bc(cr, fep->sc_sigma_min);
 595     block_bc(cr, fep->bScCoul);
 596     nblock_bc(cr, efptNR, &(fep->separate_dvdl[0]));
 597     block_bc(cr, fep->dhdl_derivatives);
 598     block_bc(cr, fep->dh_hist_size);
 599     block_bc(cr, fep->dh_hist_spacing);
 600     if (debug)
 601     {
 602         fprintf(debug, "after bc_fepvals\n");
 603     }
 604 }
 605
 606 static void bc_expandedvals(const t_commrec *cr, t_expanded *expand, int n_lambda)
 607 {
 608     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 609     int      i;
 610
 611     block_bc(cr, expand->nstexpanded);
 612     block_bc(cr, expand->elamstats);
 613     block_bc(cr, expand->elmcmove);
 614     block_bc(cr, expand->elmceq);
 615     block_bc(cr, expand->equil_n_at_lam);
 616     block_bc(cr, expand->equil_wl_delta);
 617     block_bc(cr, expand->equil_ratio);
 618     block_bc(cr, expand->equil_steps);
 619     block_bc(cr, expand->equil_samples);
 620     block_bc(cr, expand->lmc_seed);
 621     block_bc(cr, expand->minvar);
 622     block_bc(cr, expand->minvar_const);
 623     block_bc(cr, expand->c_range);
 624     block_bc(cr, expand->bSymmetrizedTMatrix);
 625     block_bc(cr, expand->nstTij);
 626     block_bc(cr, expand->lmc_repeats);
 627     block_bc(cr, expand->lmc_forced_nstart);
 628     block_bc(cr, expand->gibbsdeltalam);
 629     block_bc(cr, expand->wl_scale);
 630     block_bc(cr, expand->wl_ratio);
 631     block_bc(cr, expand->init_wl_delta);
 632     block_bc(cr, expand->bInit_weights);
 633     snew_bc(cr, expand->init_lambda_weights, n_lambda);
 634     nblock_bc(cr, n_lambda, expand->init_lambda_weights);
 635     block_bc(cr, expand->mc_temp);
 636     if (debug)
 637     {
 638         fprintf(debug, "after bc_expandedvals\n");
 639     }
 640 }
 641
 642 static void bc_simtempvals(const t_commrec *cr, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 643 {
 644     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 645     int      i;
 646
 647     block_bc(cr, simtemp->simtemp_low);
 648     block_bc(cr, simtemp->simtemp_high);
 649     block_bc(cr, simtemp->eSimTempScale);
 650     snew_bc(cr, simtemp->temperatures, n_lambda);
 651     nblock_bc(cr, n_lambda, simtemp->temperatures);
 652     if (debug)
 653     {
 654         fprintf(debug, "after bc_simtempvals\n");
 655     }
 656 }
 657
 658
 659 static void bc_swapions(const t_commrec *cr, t_swapcoords *swap)
 660 {
 661     int i;
 662
 663
 664     block_bc(cr, *swap);
 665
 666     /* Broadcast ion group atom indices */
 667     snew_bc(cr, swap->ind, swap->nat);
 668     nblock_bc(cr, swap->nat, swap->ind);
 669
 670     /* Broadcast split groups atom indices */
 671     for (i = 0; i < 2; i++)
 672     {
 673         snew_bc(cr, swap->ind_split[i], swap->nat_split[i]);
 674         nblock_bc(cr, swap->nat_split[i], swap->ind_split[i]);
 675     }
 676
 677     /* Broadcast solvent group atom indices */
 678     snew_bc(cr, swap->ind_sol, swap->nat_sol);
 679     nblock_bc(cr, swap->nat_sol, swap->ind_sol);
 680 }
 681
 682
 683 static void bc_inputrec(const t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec)
 684 {
 685     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 686     int      i;
 687
 688     block_bc(cr, *inputrec);
 689
 690     bc_grpopts(cr, &(inputrec->opts));
 691
 692     /* even if efep is efepNO, we need to initialize to make sure that
 693      * n_lambda is set to zero */
 694
 695     snew_bc(cr, inputrec->fepvals, 1);
 696     if (inputrec->efep != efepNO || inputrec->bSimTemp)
 697     {
 698         bc_fepvals(cr, inputrec->fepvals);
 699     }
 700     /* need to initialize this as well because of data checked for in the logic */
 701     snew_bc(cr, inputrec->expandedvals, 1);
 702     if (inputrec->bExpanded)
 703     {
 704         bc_expandedvals(cr, inputrec->expandedvals, inputrec->fepvals->n_lambda);
 705     }
 706     snew_bc(cr, inputrec->simtempvals, 1);
 707     if (inputrec->bSimTemp)
 708     {
 709         bc_simtempvals(cr, inputrec->simtempvals, inputrec->fepvals->n_lambda);
 710     }
 711     if (inputrec->ePull != epullNO)
 712     {
 713         snew_bc(cr, inputrec->pull, 1);
 714         bc_pull(cr, inputrec->pull);
 715     }
 716     if (inputrec->bRot)
 717     {
 718         snew_bc(cr, inputrec->rot, 1);
 719         bc_rot(cr, inputrec->rot);
 720     }
 721     for (i = 0; (i < DIM); i++)
 722     {
 723         bc_cosines(cr, &(inputrec->ex[i]));
 724         bc_cosines(cr, &(inputrec->et[i]));
 725     }
 726     if (inputrec->eSwapCoords != eswapNO)
 727     {
 728         snew_bc(cr, inputrec->swap, 1);
 729         bc_swapions(cr, inputrec->swap);
 730     }
 731     if (inputrec->bAdress)
 732     {
 733         snew_bc(cr, inputrec->adress, 1);
 734         bc_adress(cr, inputrec->adress);
 735     }
 736 }
 737
 738 static void bc_moltype(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab,
 739                        gmx_moltype_t *moltype)
 740 {
 741     bc_string(cr, symtab, &moltype->name);
 742     bc_atoms(cr, symtab, &moltype->atoms);
 743     if (debug)
 744     {
 745         fprintf(debug, "after bc_atoms\n");
 746     }
 747
 748     bc_ilists(cr, moltype->ilist);
 749     bc_block(cr, &moltype->cgs);
 750     bc_blocka(cr, &moltype->excls);
 751 }
 752
 753 static void bc_molblock(const t_commrec *cr, gmx_molblock_t *molb)
 754 {
 755     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 756
 757     block_bc(cr, molb->type);
 758     block_bc(cr, molb->nmol);
 759     block_bc(cr, molb->natoms_mol);
 760     block_bc(cr, molb->nposres_xA);
 761     if (molb->nposres_xA > 0)
 762     {
 763         snew_bc(cr, molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
 764         nblock_bc(cr, molb->nposres_xA*DIM, molb->posres_xA[0]);
 765     }
 766     block_bc(cr, molb->nposres_xB);
 767     if (molb->nposres_xB > 0)
 768     {
 769         snew_bc(cr, molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
 770         nblock_bc(cr, molb->nposres_xB*DIM, molb->posres_xB[0]);
 771     }
 772     if (debug)
 773     {
 774         fprintf(debug, "after bc_molblock\n");
 775     }
 776 }
 777
 778 static void bc_atomtypes(const t_commrec *cr, t_atomtypes *atomtypes)
 779 {
 780     int nr;
 781
 782     block_bc(cr, atomtypes->nr);
 783
 784     nr = atomtypes->nr;
 785
 786     snew_bc(cr, atomtypes->radius, nr);
 787     snew_bc(cr, atomtypes->vol, nr);
 788     snew_bc(cr, atomtypes->surftens, nr);
 789     snew_bc(cr, atomtypes->gb_radius, nr);
 790     snew_bc(cr, atomtypes->S_hct, nr);
 791
 792     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->radius);
 793     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->vol);
 794     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->surftens);
 795     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->gb_radius);
 796     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->S_hct);
 797 }
 798
 799
 800 void bcast_ir_mtop(const t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec, gmx_mtop_t *mtop)
 801 {
 802     int i;
 803     if (debug)
 804     {
 805         fprintf(debug, "in bc_data\n");
 806     }
 807     bc_inputrec(cr, inputrec);
 808     if (debug)
 809     {
 810         fprintf(debug, "after bc_inputrec\n");
 811     }
 812     bc_symtab(cr, &mtop->symtab);
 813     if (debug)
 814     {
 815         fprintf(debug, "after bc_symtab\n");
 816     }
 817     bc_string(cr, &mtop->symtab, &mtop->name);
 818     if (debug)
 819     {
 820         fprintf(debug, "after bc_name\n");
 821     }
 822
 823     bc_ffparams(cr, &mtop->ffparams);
 824
 825     block_bc(cr, mtop->nmoltype);
 826     snew_bc(cr, mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 827     for (i = 0; i < mtop->nmoltype; i++)
 828     {
 829         bc_moltype(cr, &mtop->symtab, &mtop->moltype[i]);
 830     }
 831
 832     block_bc(cr, mtop->nmolblock);
 833     snew_bc(cr, mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 834     for (i = 0; i < mtop->nmolblock; i++)
 835     {
 836         bc_molblock(cr, &mtop->molblock[i]);
 837     }
 838
 839     block_bc(cr, mtop->natoms);
 840
 841     bc_atomtypes(cr, &mtop->atomtypes);
 842
 843     bc_block(cr, &mtop->mols);
 844     bc_groups(cr, &mtop->symtab, mtop->natoms, &mtop->groups);
 845 }