src/gromacs/gmxlib/mvdata.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "main.h"
  46 #include "mvdata.h"
  47 #include "types/commrec.h"
  48 #include "network.h"
  49 #include "smalloc.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "symtab.h"
  52 #include "vec.h"
  53 #include "tgroup.h"
  54
  55 #define   block_bc(cr,   d) gmx_bcast(     sizeof(d),     &(d), (cr))
  56 /* Probably the test for (nr) > 0 in the next macro is only needed
  57  * on BlueGene(/L), where IBM's MPI_Bcast will segfault after
  58  * dereferencing a null pointer, even when no data is to be transferred. */
  59 #define  nblock_bc(cr, nr, d) { if ((nr) > 0) {gmx_bcast((nr)*sizeof((d)[0]), (d), (cr)); }}
  60 #define    snew_bc(cr, d, nr) { if (!MASTER(cr)) {snew((d), (nr)); }}
  61 /* Dirty macro with bAlloc not as an argument */
  62 #define nblock_abc(cr, nr, d) { if (bAlloc) {snew((d), (nr)); } nblock_bc(cr, (nr), (d)); }
  63
  64 static void bc_string(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab, char ***s)
  65 {
  66     int handle;
  67
  68     if (MASTER(cr))
  69     {
  70         handle = lookup_symtab(symtab, *s);
  71     }
  72     block_bc(cr, handle);
  73     if (!MASTER(cr))
  74     {
  75         *s = get_symtab_handle(symtab, handle);
  76     }
  77 }
  78
  79 static void bc_strings(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab, int nr, char ****nm)
  80 {
  81     int     i;
  82     int    *handle;
  83     char ***NM;
  84
  85     snew(handle, nr);
  86     if (MASTER(cr))
  87     {
  88         NM = *nm;
  89         for (i = 0; (i < nr); i++)
  90         {
  91             handle[i] = lookup_symtab(symtab, NM[i]);
  92         }
  93     }
  94     nblock_bc(cr, nr, handle);
  95
  96     if (!MASTER(cr))
  97     {
  98         snew_bc(cr, *nm, nr);
  99         NM = *nm;
 100         for (i = 0; (i < nr); i++)
 101         {
 102             (*nm)[i] = get_symtab_handle(symtab, handle[i]);
 103         }
 104     }
 105     sfree(handle);
 106 }
 107
 108 static void bc_strings_resinfo(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab,
 109                                int nr, t_resinfo *resinfo)
 110 {
 111     int   i;
 112     int  *handle;
 113
 114     snew(handle, nr);
 115     if (MASTER(cr))
 116     {
 117         for (i = 0; (i < nr); i++)
 118         {
 119             handle[i] = lookup_symtab(symtab, resinfo[i].name);
 120         }
 121     }
 122     nblock_bc(cr, nr, handle);
 123
 124     if (!MASTER(cr))
 125     {
 126         for (i = 0; (i < nr); i++)
 127         {
 128             resinfo[i].name = get_symtab_handle(symtab, handle[i]);
 129         }
 130     }
 131     sfree(handle);
 132 }
 133
 134 static void bc_symtab(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab)
 135 {
 136     int       i, nr, len;
 137     t_symbuf *symbuf;
 138
 139     block_bc(cr, symtab->nr);
 140     nr = symtab->nr;
 141     snew_bc(cr, symtab->symbuf, 1);
 142     symbuf          = symtab->symbuf;
 143     symbuf->bufsize = nr;
 144     snew_bc(cr, symbuf->buf, nr);
 145     for (i = 0; i < nr; i++)
 146     {
 147         if (MASTER(cr))
 148         {
 149             len = strlen(symbuf->buf[i]) + 1;
 150         }
 151         block_bc(cr, len);
 152         snew_bc(cr, symbuf->buf[i], len);
 153         nblock_bc(cr, len, symbuf->buf[i]);
 154     }
 155 }
 156
 157 static void bc_block(const t_commrec *cr, t_block *block)
 158 {
 159     block_bc(cr, block->nr);
 160     snew_bc(cr, block->index, block->nr+1);
 161     nblock_bc(cr, block->nr+1, block->index);
 162 }
 163
 164 static void bc_blocka(const t_commrec *cr, t_blocka *block)
 165 {
 166     block_bc(cr, block->nr);
 167     snew_bc(cr, block->index, block->nr+1);
 168     nblock_bc(cr, block->nr+1, block->index);
 169     block_bc(cr, block->nra);
 170     if (block->nra)
 171     {
 172         snew_bc(cr, block->a, block->nra);
 173         nblock_bc(cr, block->nra, block->a);
 174     }
 175 }
 176
 177 static void bc_grps(const t_commrec *cr, t_grps grps[])
 178 {
 179     int i;
 180
 181     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 182     {
 183         block_bc(cr, grps[i].nr);
 184         snew_bc(cr, grps[i].nm_ind, grps[i].nr);
 185         nblock_bc(cr, grps[i].nr, grps[i].nm_ind);
 186     }
 187 }
 188
 189 static void bc_atoms(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab, t_atoms *atoms)
 190 {
 191     int dummy;
 192
 193     block_bc(cr, atoms->nr);
 194     snew_bc(cr, atoms->atom, atoms->nr);
 195     nblock_bc(cr, atoms->nr, atoms->atom);
 196     bc_strings(cr, symtab, atoms->nr, &atoms->atomname);
 197     block_bc(cr, atoms->nres);
 198     snew_bc(cr, atoms->resinfo, atoms->nres);
 199     nblock_bc(cr, atoms->nres, atoms->resinfo);
 200     bc_strings_resinfo(cr, symtab, atoms->nres, atoms->resinfo);
 201     /* QMMM requires atomtypes to be known on all nodes as well */
 202     bc_strings(cr, symtab, atoms->nr, &atoms->atomtype);
 203     bc_strings(cr, symtab, atoms->nr, &atoms->atomtypeB);
 204 }
 205
 206 static void bc_groups(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab,
 207                       int natoms, gmx_groups_t *groups)
 208 {
 209     int dummy;
 210     int g, n;
 211
 212     bc_grps(cr, groups->grps);
 213     block_bc(cr, groups->ngrpname);
 214     bc_strings(cr, symtab, groups->ngrpname, &groups->grpname);
 215     for (g = 0; g < egcNR; g++)
 216     {
 217         if (MASTER(cr))
 218         {
 219             if (groups->grpnr[g])
 220             {
 221                 n = natoms;
 222             }
 223             else
 224             {
 225                 n = 0;
 226             }
 227         }
 228         block_bc(cr, n);
 229         if (n == 0)
 230         {
 231             groups->grpnr[g] = NULL;
 232         }
 233         else
 234         {
 235             snew_bc(cr, groups->grpnr[g], n);
 236             nblock_bc(cr, n, groups->grpnr[g]);
 237         }
 238     }
 239     if (debug)
 240     {
 241         fprintf(debug, "after bc_groups\n");
 242     }
 243 }
 244
 245 void bcast_state(const t_commrec *cr, t_state *state)
 246 {
 247     int      i, nnht, nnhtp;
 248     gmx_bool bAlloc;
 249
 250     if (!PAR(cr))
 251     {
 252         return;
 253     }
 254
 255     /* Broadcasts the state sizes and flags from the master to all nodes
 256      * in cr->mpi_comm_mygroup. The arrays are not broadcasted. */
 257     block_bc(cr, state->natoms);
 258     block_bc(cr, state->ngtc);
 259     block_bc(cr, state->nnhpres);
 260     block_bc(cr, state->nhchainlength);
 261     block_bc(cr, state->flags);
 262     if (state->lambda == NULL)
 263     {
 264         snew_bc(cr, state->lambda, efptNR)
 265     }
 266
 267     if (cr->dd)
 268     {
 269         /* We allocate dynamically in dd_partition_system. */
 270         return;
 271     }
 272     /* The code below is reachable only by TPI and NM, so it is not
 273        tested by anything. */
 274
 275     nnht  = (state->ngtc)*(state->nhchainlength);
 276     nnhtp = (state->nnhpres)*(state->nhchainlength);
 277
 278     /* We still need to allocate the arrays in state for non-master
 279      * ranks, which is done (implicitly via bAlloc) in the dirty,
 280      * dirty nblock_abc macro. */
 281     bAlloc = !MASTER(cr);
 282     if (bAlloc)
 283     {
 284         state->nalloc = state->natoms;
 285     }
 286     for (i = 0; i < estNR; i++)
 287     {
 288         if (state->flags & (1<<i))
 289         {
 290             switch (i)
 291             {
 292                 case estLAMBDA:  nblock_bc(cr, efptNR, state->lambda); break;
 293                 case estFEPSTATE: block_bc(cr, state->fep_state); break;
 294                 case estBOX:     block_bc(cr, state->box); break;
 295                 case estBOX_REL: block_bc(cr, state->box_rel); break;
 296                 case estBOXV:    block_bc(cr, state->boxv); break;
 297                 case estPRES_PREV: block_bc(cr, state->pres_prev); break;
 298                 case estSVIR_PREV: block_bc(cr, state->svir_prev); break;
 299                 case estFVIR_PREV: block_bc(cr, state->fvir_prev); break;
 300                 case estNH_XI:   nblock_abc(cr, nnht, state->nosehoover_xi); break;
 301                 case estNH_VXI:  nblock_abc(cr, nnht, state->nosehoover_vxi); break;
 302                 case estNHPRES_XI:   nblock_abc(cr, nnhtp, state->nhpres_xi); break;
 303                 case estNHPRES_VXI:  nblock_abc(cr, nnhtp, state->nhpres_vxi); break;
 304                 case estTC_INT:  nblock_abc(cr, state->ngtc, state->therm_integral); break;
 305                 case estVETA:    block_bc(cr, state->veta); break;
 306                 case estVOL0:    block_bc(cr, state->vol0); break;
 307                 case estX:       nblock_abc(cr, state->natoms, state->x); break;
 308                 case estV:       nblock_abc(cr, state->natoms, state->v); break;
 309                 case estSDX:     nblock_abc(cr, state->natoms, state->sd_X); break;
 310                 case estCGP:     nblock_abc(cr, state->natoms, state->cg_p); break;
 311                 case estDISRE_INITF: block_bc(cr, state->hist.disre_initf); break;
 312                 case estDISRE_RM3TAV:
 313                     block_bc(cr, state->hist.ndisrepairs);
 314                     nblock_abc(cr, state->hist.ndisrepairs, state->hist.disre_rm3tav);
 315                     break;
 316                 case estORIRE_INITF: block_bc(cr, state->hist.orire_initf); break;
 317                 case estORIRE_DTAV:
 318                     block_bc(cr, state->hist.norire_Dtav);
 319                     nblock_abc(cr, state->hist.norire_Dtav, state->hist.orire_Dtav);
 320                     break;
 321                 default:
 322                     gmx_fatal(FARGS,
 323                               "Communication is not implemented for %s in bcast_state",
 324                               est_names[i]);
 325             }
 326         }
 327     }
 328 }
 329
 330 static void bc_ilists(const t_commrec *cr, t_ilist *ilist)
 331 {
 332     int ftype;
 333
 334     /* Here we only communicate the non-zero length ilists */
 335     if (MASTER(cr))
 336     {
 337         for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 338         {
 339             if (ilist[ftype].nr > 0)
 340             {
 341                 block_bc(cr, ftype);
 342                 block_bc(cr, ilist[ftype].nr);
 343                 nblock_bc(cr, ilist[ftype].nr, ilist[ftype].iatoms);
 344             }
 345         }
 346         ftype = -1;
 347         block_bc(cr, ftype);
 348     }
 349     else
 350     {
 351         for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 352         {
 353             ilist[ftype].nr = 0;
 354         }
 355         do
 356         {
 357             block_bc(cr, ftype);
 358             if (ftype >= 0)
 359             {
 360                 block_bc(cr, ilist[ftype].nr);
 361                 snew_bc(cr, ilist[ftype].iatoms, ilist[ftype].nr);
 362                 nblock_bc(cr, ilist[ftype].nr, ilist[ftype].iatoms);
 363             }
 364         }
 365         while (ftype >= 0);
 366     }
 367
 368     if (debug)
 369     {
 370         fprintf(debug, "after bc_ilists\n");
 371     }
 372 }
 373
 374 static void bc_cmap(const t_commrec *cr, gmx_cmap_t *cmap_grid)
 375 {
 376     int i, j, nelem, ngrid;
 377
 378     block_bc(cr, cmap_grid->ngrid);
 379     block_bc(cr, cmap_grid->grid_spacing);
 380
 381     ngrid = cmap_grid->ngrid;
 382     nelem = cmap_grid->grid_spacing * cmap_grid->grid_spacing;
 383
 384     if (ngrid > 0)
 385     {
 386         snew_bc(cr, cmap_grid->cmapdata, ngrid);
 387
 388         for (i = 0; i < ngrid; i++)
 389         {
 390             snew_bc(cr, cmap_grid->cmapdata[i].cmap, 4*nelem);
 391             nblock_bc(cr, 4*nelem, cmap_grid->cmapdata[i].cmap);
 392         }
 393     }
 394 }
 395
 396 static void bc_ffparams(const t_commrec *cr, gmx_ffparams_t *ffp)
 397 {
 398     int i;
 399
 400     block_bc(cr, ffp->ntypes);
 401     block_bc(cr, ffp->atnr);
 402     snew_bc(cr, ffp->functype, ffp->ntypes);
 403     snew_bc(cr, ffp->iparams, ffp->ntypes);
 404     nblock_bc(cr, ffp->ntypes, ffp->functype);
 405     nblock_bc(cr, ffp->ntypes, ffp->iparams);
 406     block_bc(cr, ffp->reppow);
 407     block_bc(cr, ffp->fudgeQQ);
 408     bc_cmap(cr, &ffp->cmap_grid);
 409 }
 410
 411 static void bc_grpopts(const t_commrec *cr, t_grpopts *g)
 412 {
 413     int i, n;
 414
 415     block_bc(cr, g->ngtc);
 416     block_bc(cr, g->ngacc);
 417     block_bc(cr, g->ngfrz);
 418     block_bc(cr, g->ngener);
 419     snew_bc(cr, g->nrdf, g->ngtc);
 420     snew_bc(cr, g->tau_t, g->ngtc);
 421     snew_bc(cr, g->ref_t, g->ngtc);
 422     snew_bc(cr, g->acc, g->ngacc);
 423     snew_bc(cr, g->nFreeze, g->ngfrz);
 424     snew_bc(cr, g->egp_flags, g->ngener*g->ngener);
 425
 426     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->nrdf);
 427     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->tau_t);
 428     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->ref_t);
 429     nblock_bc(cr, g->ngacc, g->acc);
 430     nblock_bc(cr, g->ngfrz, g->nFreeze);
 431     nblock_bc(cr, g->ngener*g->ngener, g->egp_flags);
 432     snew_bc(cr, g->annealing, g->ngtc);
 433     snew_bc(cr, g->anneal_npoints, g->ngtc);
 434     snew_bc(cr, g->anneal_time, g->ngtc);
 435     snew_bc(cr, g->anneal_temp, g->ngtc);
 436     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->annealing);
 437     nblock_bc(cr, g->ngtc, g->anneal_npoints);
 438     for (i = 0; (i < g->ngtc); i++)
 439     {
 440         n = g->anneal_npoints[i];
 441         if (n > 0)
 442         {
 443             snew_bc(cr, g->anneal_time[i], n);
 444             snew_bc(cr, g->anneal_temp[i], n);
 445             nblock_bc(cr, n, g->anneal_time[i]);
 446             nblock_bc(cr, n, g->anneal_temp[i]);
 447         }
 448     }
 449
 450     /* QMMM stuff, see inputrec */
 451     block_bc(cr, g->ngQM);
 452     snew_bc(cr, g->QMmethod, g->ngQM);
 453     snew_bc(cr, g->QMbasis, g->ngQM);
 454     snew_bc(cr, g->QMcharge, g->ngQM);
 455     snew_bc(cr, g->QMmult, g->ngQM);
 456     snew_bc(cr, g->bSH, g->ngQM);
 457     snew_bc(cr, g->CASorbitals, g->ngQM);
 458     snew_bc(cr, g->CASelectrons, g->ngQM);
 459     snew_bc(cr, g->SAon, g->ngQM);
 460     snew_bc(cr, g->SAoff, g->ngQM);
 461     snew_bc(cr, g->SAsteps, g->ngQM);
 462
 463     if (g->ngQM)
 464     {
 465         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->QMmethod);
 466         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->QMbasis);
 467         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->QMcharge);
 468         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->QMmult);
 469         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->bSH);
 470         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->CASorbitals);
 471         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->CASelectrons);
 472         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->SAon);
 473         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->SAoff);
 474         nblock_bc(cr, g->ngQM, g->SAsteps);
 475         /* end of QMMM stuff */
 476     }
 477 }
 478
 479 static void bc_cosines(const t_commrec *cr, t_cosines *cs)
 480 {
 481     block_bc(cr, cs->n);
 482     snew_bc(cr, cs->a, cs->n);
 483     snew_bc(cr, cs->phi, cs->n);
 484     if (cs->n > 0)
 485     {
 486         nblock_bc(cr, cs->n, cs->a);
 487         nblock_bc(cr, cs->n, cs->phi);
 488     }
 489 }
 490
 491 static void bc_pull_group(const t_commrec *cr, t_pull_group *pgrp)
 492 {
 493     block_bc(cr, *pgrp);
 494     if (pgrp->nat > 0)
 495     {
 496         snew_bc(cr, pgrp->ind, pgrp->nat);
 497         nblock_bc(cr, pgrp->nat, pgrp->ind);
 498     }
 499     if (pgrp->nweight > 0)
 500     {
 501         snew_bc(cr, pgrp->weight, pgrp->nweight);
 502         nblock_bc(cr, pgrp->nweight, pgrp->weight);
 503     }
 504 }
 505
 506 static void bc_pull(const t_commrec *cr, t_pull *pull)
 507 {
 508     int g;
 509
 510     block_bc(cr, *pull);
 511     snew_bc(cr, pull->group, pull->ngroup);
 512     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 513     {
 514         bc_pull_group(cr, &pull->group[g]);
 515     }
 516     snew_bc(cr, pull->coord, pull->ncoord);
 517     nblock_bc(cr, pull->ncoord, pull->coord);
 518 }
 519
 520 static void bc_rotgrp(const t_commrec *cr, t_rotgrp *rotg)
 521 {
 522     block_bc(cr, *rotg);
 523     if (rotg->nat > 0)
 524     {
 525         snew_bc(cr, rotg->ind, rotg->nat);
 526         nblock_bc(cr, rotg->nat, rotg->ind);
 527         snew_bc(cr, rotg->x_ref, rotg->nat);
 528         nblock_bc(cr, rotg->nat, rotg->x_ref);
 529     }
 530 }
 531
 532 static void bc_rot(const t_commrec *cr, t_rot *rot)
 533 {
 534     int g;
 535
 536     block_bc(cr, *rot);
 537     snew_bc(cr, rot->grp, rot->ngrp);
 538     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 539     {
 540         bc_rotgrp(cr, &rot->grp[g]);
 541     }
 542 }
 543
 544 static void bc_adress(const t_commrec *cr, t_adress *adress)
 545 {
 546     block_bc(cr, *adress);
 547     if (adress->n_tf_grps > 0)
 548     {
 549         snew_bc(cr, adress->tf_table_index, adress->n_tf_grps);
 550         nblock_bc(cr, adress->n_tf_grps, adress->tf_table_index);
 551     }
 552     if (adress->n_energy_grps > 0)
 553     {
 554         snew_bc(cr, adress->group_explicit, adress->n_energy_grps);
 555         nblock_bc(cr, adress->n_energy_grps, adress->group_explicit);
 556     }
 557 }
 558 static void bc_fepvals(const t_commrec *cr, t_lambda *fep)
 559 {
 560     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 561     int      i;
 562
 563     block_bc(cr, fep->nstdhdl);
 564     block_bc(cr, fep->init_lambda);
 565     block_bc(cr, fep->init_fep_state);
 566     block_bc(cr, fep->delta_lambda);
 567     block_bc(cr, fep->bPrintEnergy);
 568     block_bc(cr, fep->n_lambda);
 569     if (fep->n_lambda > 0)
 570     {
 571         snew_bc(cr, fep->all_lambda, efptNR);
 572         nblock_bc(cr, efptNR, fep->all_lambda);
 573         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 574         {
 575             snew_bc(cr, fep->all_lambda[i], fep->n_lambda);
 576             nblock_bc(cr, fep->n_lambda, fep->all_lambda[i]);
 577         }
 578     }
 579     block_bc(cr, fep->sc_alpha);
 580     block_bc(cr, fep->sc_power);
 581     block_bc(cr, fep->sc_r_power);
 582     block_bc(cr, fep->sc_sigma);
 583     block_bc(cr, fep->sc_sigma_min);
 584     block_bc(cr, fep->bScCoul);
 585     nblock_bc(cr, efptNR, &(fep->separate_dvdl[0]));
 586     block_bc(cr, fep->dhdl_derivatives);
 587     block_bc(cr, fep->dh_hist_size);
 588     block_bc(cr, fep->dh_hist_spacing);
 589     if (debug)
 590     {
 591         fprintf(debug, "after bc_fepvals\n");
 592     }
 593 }
 594
 595 static void bc_expandedvals(const t_commrec *cr, t_expanded *expand, int n_lambda)
 596 {
 597     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 598     int      i;
 599
 600     block_bc(cr, expand->nstexpanded);
 601     block_bc(cr, expand->elamstats);
 602     block_bc(cr, expand->elmcmove);
 603     block_bc(cr, expand->elmceq);
 604     block_bc(cr, expand->equil_n_at_lam);
 605     block_bc(cr, expand->equil_wl_delta);
 606     block_bc(cr, expand->equil_ratio);
 607     block_bc(cr, expand->equil_steps);
 608     block_bc(cr, expand->equil_samples);
 609     block_bc(cr, expand->lmc_seed);
 610     block_bc(cr, expand->minvar);
 611     block_bc(cr, expand->minvar_const);
 612     block_bc(cr, expand->c_range);
 613     block_bc(cr, expand->bSymmetrizedTMatrix);
 614     block_bc(cr, expand->nstTij);
 615     block_bc(cr, expand->lmc_repeats);
 616     block_bc(cr, expand->lmc_forced_nstart);
 617     block_bc(cr, expand->gibbsdeltalam);
 618     block_bc(cr, expand->wl_scale);
 619     block_bc(cr, expand->wl_ratio);
 620     block_bc(cr, expand->init_wl_delta);
 621     block_bc(cr, expand->bInit_weights);
 622     snew_bc(cr, expand->init_lambda_weights, n_lambda);
 623     nblock_bc(cr, n_lambda, expand->init_lambda_weights);
 624     block_bc(cr, expand->mc_temp);
 625     if (debug)
 626     {
 627         fprintf(debug, "after bc_expandedvals\n");
 628     }
 629 }
 630
 631 static void bc_simtempvals(const t_commrec *cr, t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 632 {
 633     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 634     int      i;
 635
 636     block_bc(cr, simtemp->simtemp_low);
 637     block_bc(cr, simtemp->simtemp_high);
 638     block_bc(cr, simtemp->eSimTempScale);
 639     snew_bc(cr, simtemp->temperatures, n_lambda);
 640     nblock_bc(cr, n_lambda, simtemp->temperatures);
 641     if (debug)
 642     {
 643         fprintf(debug, "after bc_simtempvals\n");
 644     }
 645 }
 646
 647
 648 static void bc_swapions(const t_commrec *cr, t_swapcoords *swap)
 649 {
 650     int i;
 651
 652
 653     block_bc(cr, *swap);
 654
 655     /* Broadcast ion group atom indices */
 656     snew_bc(cr, swap->ind, swap->nat);
 657     nblock_bc(cr, swap->nat, swap->ind);
 658
 659     /* Broadcast split groups atom indices */
 660     for (i = 0; i < 2; i++)
 661     {
 662         snew_bc(cr, swap->ind_split[i], swap->nat_split[i]);
 663         nblock_bc(cr, swap->nat_split[i], swap->ind_split[i]);
 664     }
 665
 666     /* Broadcast solvent group atom indices */
 667     snew_bc(cr, swap->ind_sol, swap->nat_sol);
 668     nblock_bc(cr, swap->nat_sol, swap->ind_sol);
 669 }
 670
 671
 672 static void bc_inputrec(const t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec)
 673 {
 674     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 675     int      i;
 676
 677     block_bc(cr, *inputrec);
 678
 679     bc_grpopts(cr, &(inputrec->opts));
 680
 681     /* even if efep is efepNO, we need to initialize to make sure that
 682      * n_lambda is set to zero */
 683
 684     snew_bc(cr, inputrec->fepvals, 1);
 685     if (inputrec->efep != efepNO || inputrec->bSimTemp)
 686     {
 687         bc_fepvals(cr, inputrec->fepvals);
 688     }
 689     /* need to initialize this as well because of data checked for in the logic */
 690     snew_bc(cr, inputrec->expandedvals, 1);
 691     if (inputrec->bExpanded)
 692     {
 693         bc_expandedvals(cr, inputrec->expandedvals, inputrec->fepvals->n_lambda);
 694     }
 695     snew_bc(cr, inputrec->simtempvals, 1);
 696     if (inputrec->bSimTemp)
 697     {
 698         bc_simtempvals(cr, inputrec->simtempvals, inputrec->fepvals->n_lambda);
 699     }
 700     if (inputrec->ePull != epullNO)
 701     {
 702         snew_bc(cr, inputrec->pull, 1);
 703         bc_pull(cr, inputrec->pull);
 704     }
 705     if (inputrec->bRot)
 706     {
 707         snew_bc(cr, inputrec->rot, 1);
 708         bc_rot(cr, inputrec->rot);
 709     }
 710     for (i = 0; (i < DIM); i++)
 711     {
 712         bc_cosines(cr, &(inputrec->ex[i]));
 713         bc_cosines(cr, &(inputrec->et[i]));
 714     }
 715     if (inputrec->eSwapCoords != eswapNO)
 716     {
 717         snew_bc(cr, inputrec->swap, 1);
 718         bc_swapions(cr, inputrec->swap);
 719     }
 720     if (inputrec->bAdress)
 721     {
 722         snew_bc(cr, inputrec->adress, 1);
 723         bc_adress(cr, inputrec->adress);
 724     }
 725 }
 726
 727 static void bc_moltype(const t_commrec *cr, t_symtab *symtab,
 728                        gmx_moltype_t *moltype)
 729 {
 730     bc_string(cr, symtab, &moltype->name);
 731     bc_atoms(cr, symtab, &moltype->atoms);
 732     if (debug)
 733     {
 734         fprintf(debug, "after bc_atoms\n");
 735     }
 736
 737     bc_ilists(cr, moltype->ilist);
 738     bc_block(cr, &moltype->cgs);
 739     bc_blocka(cr, &moltype->excls);
 740 }
 741
 742 static void bc_molblock(const t_commrec *cr, gmx_molblock_t *molb)
 743 {
 744     gmx_bool bAlloc = TRUE;
 745
 746     block_bc(cr, molb->type);
 747     block_bc(cr, molb->nmol);
 748     block_bc(cr, molb->natoms_mol);
 749     block_bc(cr, molb->nposres_xA);
 750     if (molb->nposres_xA > 0)
 751     {
 752         snew_bc(cr, molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
 753         nblock_bc(cr, molb->nposres_xA*DIM, molb->posres_xA[0]);
 754     }
 755     block_bc(cr, molb->nposres_xB);
 756     if (molb->nposres_xB > 0)
 757     {
 758         snew_bc(cr, molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
 759         nblock_bc(cr, molb->nposres_xB*DIM, molb->posres_xB[0]);
 760     }
 761     if (debug)
 762     {
 763         fprintf(debug, "after bc_molblock\n");
 764     }
 765 }
 766
 767 static void bc_atomtypes(const t_commrec *cr, t_atomtypes *atomtypes)
 768 {
 769     int nr;
 770
 771     block_bc(cr, atomtypes->nr);
 772
 773     nr = atomtypes->nr;
 774
 775     snew_bc(cr, atomtypes->radius, nr);
 776     snew_bc(cr, atomtypes->vol, nr);
 777     snew_bc(cr, atomtypes->surftens, nr);
 778     snew_bc(cr, atomtypes->gb_radius, nr);
 779     snew_bc(cr, atomtypes->S_hct, nr);
 780
 781     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->radius);
 782     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->vol);
 783     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->surftens);
 784     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->gb_radius);
 785     nblock_bc(cr, nr, atomtypes->S_hct);
 786 }
 787
 788
 789 void bcast_ir_mtop(const t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec, gmx_mtop_t *mtop)
 790 {
 791     int i;
 792     if (debug)
 793     {
 794         fprintf(debug, "in bc_data\n");
 795     }
 796     bc_inputrec(cr, inputrec);
 797     if (debug)
 798     {
 799         fprintf(debug, "after bc_inputrec\n");
 800     }
 801     bc_symtab(cr, &mtop->symtab);
 802     if (debug)
 803     {
 804         fprintf(debug, "after bc_symtab\n");
 805     }
 806     bc_string(cr, &mtop->symtab, &mtop->name);
 807     if (debug)
 808     {
 809         fprintf(debug, "after bc_name\n");
 810     }
 811
 812     bc_ffparams(cr, &mtop->ffparams);
 813
 814     block_bc(cr, mtop->nmoltype);
 815     snew_bc(cr, mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 816     for (i = 0; i < mtop->nmoltype; i++)
 817     {
 818         bc_moltype(cr, &mtop->symtab, &mtop->moltype[i]);
 819     }
 820
 821     block_bc(cr, mtop->nmolblock);
 822     snew_bc(cr, mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 823     for (i = 0; i < mtop->nmolblock; i++)
 824     {
 825         bc_molblock(cr, &mtop->molblock[i]);
 826     }
 827
 828     block_bc(cr, mtop->natoms);
 829
 830     bc_atomtypes(cr, &mtop->atomtypes);
 831
 832     bc_block(cr, &mtop->mols);
 833     bc_groups(cr, &mtop->symtab, mtop->natoms, &mtop->groups);
 834 }