src/gromacs/gmxlib/main.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "config.h"
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42 #include <limits.h>
  43 #include <time.h>
  44
  45 #ifdef HAVE_SYS_TIME_H
  46 #include <sys/time.h>
  47 #endif
  48 #ifdef HAVE_UNISTD_H
  49 #include <unistd.h>
  50 #endif
  51 #ifdef GMX_NATIVE_WINDOWS
  52 #include <process.h>
  53 #endif
  54
  55 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  56 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  57 #include "gromacs/legacyheaders/main.h"
  58 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  59 #include "gromacs/utility/futil.h"
  60 #include "gromacs/fileio/filenm.h"
  61 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  62 #include "gromacs/legacyheaders/copyrite.h"
  63
  64 #include "gromacs/utility/basenetwork.h"
  65 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  66 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  67 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  68 #include "gromacs/utility/gmxmpi.h"
  69 #include "gromacs/utility/programcontext.h"
  70 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  71
  72 /* The source code in this file should be thread-safe.
  73          Please keep it that way. */
  74
  75 #define BUFSIZE 1024
  76
  77 static void par_fn(char *base, int ftp, const t_commrec *cr,
  78                    gmx_bool bAppendSimId, gmx_bool bAppendNodeId,
  79                    char buf[], int bufsize)
  80 {
  81     if ((size_t)bufsize < (strlen(base)+10))
  82     {
  83         gmx_mem("Character buffer too small!");
  84     }
  85
  86     /* Copy to buf, and strip extension */
  87     strcpy(buf, base);
  88     buf[strlen(base) - strlen(ftp2ext(fn2ftp(base))) - 1] = '\0';
  89
  90     if (bAppendSimId)
  91     {
  92         sprintf(buf+strlen(buf), "%d", cr->ms->sim);
  93     }
  94     if (bAppendNodeId)
  95     {
  96         strcat(buf, "_rank");
  97         sprintf(buf+strlen(buf), "%d", cr->nodeid);
  98     }
  99     strcat(buf, ".");
 100
 101     /* Add extension again */
 102     strcat(buf, (ftp == efTPX) ? "tpr" : (ftp == efEDR) ? "edr" : ftp2ext(ftp));
 103     if (debug)
 104     {
 105         fprintf(debug, "rank %d par_fn '%s'\n", cr->nodeid, buf);
 106         if (fn2ftp(buf) == efLOG)
 107         {
 108             fprintf(debug, "log\n");
 109         }
 110     }
 111 }
 112
 113 void check_multi_int(FILE *log, const gmx_multisim_t *ms, int val,
 114                      const char *name,
 115                      gmx_bool bQuiet)
 116 {
 117     int     *ibuf, p;
 118     gmx_bool bCompatible;
 119
 120     if (NULL != log && !bQuiet)
 121     {
 122         fprintf(log, "Multi-checking %s ... ", name);
 123     }
 124
 125     if (ms == NULL)
 126     {
 127         gmx_fatal(FARGS,
 128                   "check_multi_int called with a NULL communication pointer");
 129     }
 130
 131     snew(ibuf, ms->nsim);
 132     ibuf[ms->sim] = val;
 133     gmx_sumi_sim(ms->nsim, ibuf, ms);
 134
 135     bCompatible = TRUE;
 136     for (p = 1; p < ms->nsim; p++)
 137     {
 138         bCompatible = bCompatible && (ibuf[p-1] == ibuf[p]);
 139     }
 140
 141     if (bCompatible)
 142     {
 143         if (NULL != log && !bQuiet)
 144         {
 145             fprintf(log, "OK\n");
 146         }
 147     }
 148     else
 149     {
 150         if (NULL != log)
 151         {
 152             fprintf(log, "\n%s is not equal for all subsystems\n", name);
 153             for (p = 0; p < ms->nsim; p++)
 154             {
 155                 fprintf(log, "  subsystem %d: %d\n", p, ibuf[p]);
 156             }
 157         }
 158         gmx_fatal(FARGS, "The %d subsystems are not compatible\n", ms->nsim);
 159     }
 160
 161     sfree(ibuf);
 162 }
 163
 164 void check_multi_int64(FILE *log, const gmx_multisim_t *ms,
 165                        gmx_int64_t val, const char *name,
 166                        gmx_bool bQuiet)
 167 {
 168     gmx_int64_t      *ibuf;
 169     int               p;
 170     gmx_bool          bCompatible;
 171
 172     if (NULL != log && !bQuiet)
 173     {
 174         fprintf(log, "Multi-checking %s ... ", name);
 175     }
 176
 177     if (ms == NULL)
 178     {
 179         gmx_fatal(FARGS,
 180                   "check_multi_int called with a NULL communication pointer");
 181     }
 182
 183     snew(ibuf, ms->nsim);
 184     ibuf[ms->sim] = val;
 185     gmx_sumli_sim(ms->nsim, ibuf, ms);
 186
 187     bCompatible = TRUE;
 188     for (p = 1; p < ms->nsim; p++)
 189     {
 190         bCompatible = bCompatible && (ibuf[p-1] == ibuf[p]);
 191     }
 192
 193     if (bCompatible)
 194     {
 195         if (NULL != log && !bQuiet)
 196         {
 197             fprintf(log, "OK\n");
 198         }
 199     }
 200     else
 201     {
 202         if (NULL != log)
 203         {
 204             fprintf(log, "\n%s is not equal for all subsystems\n", name);
 205             for (p = 0; p < ms->nsim; p++)
 206             {
 207                 char strbuf[255];
 208                 /* first make the format string */
 209                 snprintf(strbuf, 255, "  subsystem %%d: %s\n",
 210                          "%" GMX_PRId64);
 211                 fprintf(log, strbuf, p, ibuf[p]);
 212             }
 213         }
 214         gmx_fatal(FARGS, "The %d subsystems are not compatible\n", ms->nsim);
 215     }
 216
 217     sfree(ibuf);
 218 }
 219
 220
 221 void gmx_log_open(const char *lognm, const t_commrec *cr,
 222                   gmx_bool bAppendFiles, FILE** fplog)
 223 {
 224     int    pid;
 225     char   host[256];
 226     time_t t;
 227     char   timebuf[STRLEN];
 228     FILE  *fp = *fplog;
 229
 230     debug_gmx();
 231
 232     if (!bAppendFiles)
 233     {
 234         fp = gmx_fio_fopen(lognm, bAppendFiles ? "a+" : "w+" );
 235     }
 236
 237     gmx_fatal_set_log_file(fp);
 238
 239     /* Get some machine parameters */
 240     gmx_gethostname(host, 256);
 241
 242     time(&t);
 243
 244 #ifndef NO_GETPID
 245 #   ifdef GMX_NATIVE_WINDOWS
 246     pid = _getpid();
 247 #   else
 248     pid = getpid();
 249 #   endif
 250 #else
 251     pid = 0;
 252 #endif
 253
 254     if (bAppendFiles)
 255     {
 256         fprintf(fp,
 257                 "\n"
 258                 "\n"
 259                 "-----------------------------------------------------------\n"
 260                 "Restarting from checkpoint, appending to previous log file.\n"
 261                 "\n"
 262                 );
 263     }
 264
 265     gmx_ctime_r(&t, timebuf, STRLEN);
 266
 267     fprintf(fp,
 268             "Log file opened on %s"
 269             "Host: %s  pid: %d  rank ID: %d  number of ranks:  %d\n",
 270             timebuf, host, pid, cr->nodeid, cr->nnodes);
 271     try
 272     {
 273         gmx::BinaryInformationSettings settings;
 274         settings.extendedInfo(true);
 275         settings.copyright(!bAppendFiles);
 276         gmx::printBinaryInformation(fp, gmx::getProgramContext(), settings);
 277     }
 278     GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
 279     fprintf(fp, "\n\n");
 280
 281     fflush(fp);
 282     debug_gmx();
 283
 284     *fplog = fp;
 285 }
 286
 287 void gmx_log_close(FILE *fp)
 288 {
 289     if (fp)
 290     {
 291         gmx_fatal_set_log_file(NULL);
 292         gmx_fio_fclose(fp);
 293     }
 294 }
 295
 296 void init_multisystem(t_commrec *cr, int nsim, char **multidirs,
 297                       int nfile, const t_filenm fnm[], gmx_bool bParFn)
 298 {
 299     gmx_multisim_t *ms;
 300     int             nnodes, nnodpersim, sim, i, ftp;
 301     char            buf[256];
 302 #ifdef GMX_MPI
 303     MPI_Group       mpi_group_world;
 304     int            *rank;
 305 #endif
 306
 307 #ifndef GMX_MPI
 308     if (nsim > 1)
 309     {
 310         gmx_fatal(FARGS, "This binary is compiled without MPI support, can not do multiple simulations.");
 311     }
 312 #endif
 313
 314     nnodes  = cr->nnodes;
 315     if (nnodes % nsim != 0)
 316     {
 317         gmx_fatal(FARGS, "The number of ranks (%d) is not a multiple of the number of simulations (%d)", nnodes, nsim);
 318     }
 319
 320     nnodpersim = nnodes/nsim;
 321     sim        = cr->nodeid/nnodpersim;
 322
 323     if (debug)
 324     {
 325         fprintf(debug, "We have %d simulations, %d ranks per simulation, local simulation is %d\n", nsim, nnodpersim, sim);
 326     }
 327
 328     snew(ms, 1);
 329     cr->ms   = ms;
 330     ms->nsim = nsim;
 331     ms->sim  = sim;
 332 #ifdef GMX_MPI
 333     /* Create a communicator for the master nodes */
 334     snew(rank, ms->nsim);
 335     for (i = 0; i < ms->nsim; i++)
 336     {
 337         rank[i] = i*nnodpersim;
 338     }
 339     MPI_Comm_group(MPI_COMM_WORLD, &mpi_group_world);
 340     MPI_Group_incl(mpi_group_world, nsim, rank, &ms->mpi_group_masters);
 341     sfree(rank);
 342     MPI_Comm_create(MPI_COMM_WORLD, ms->mpi_group_masters,
 343                     &ms->mpi_comm_masters);
 344
 345 #if !defined(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 346     /* initialize the MPI_IN_PLACE replacement buffers */
 347     snew(ms->mpb, 1);
 348     ms->mpb->ibuf        = NULL;
 349     ms->mpb->libuf       = NULL;
 350     ms->mpb->fbuf        = NULL;
 351     ms->mpb->dbuf        = NULL;
 352     ms->mpb->ibuf_alloc  = 0;
 353     ms->mpb->libuf_alloc = 0;
 354     ms->mpb->fbuf_alloc  = 0;
 355     ms->mpb->dbuf_alloc  = 0;
 356 #endif
 357
 358 #endif
 359
 360     /* Reduce the intra-simulation communication */
 361     cr->sim_nodeid = cr->nodeid % nnodpersim;
 362     cr->nnodes     = nnodpersim;
 363 #ifdef GMX_MPI
 364     MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, sim, cr->sim_nodeid, &cr->mpi_comm_mysim);
 365     cr->mpi_comm_mygroup = cr->mpi_comm_mysim;
 366     cr->nodeid           = cr->sim_nodeid;
 367 #endif
 368
 369     if (debug)
 370     {
 371         fprintf(debug, "This is simulation %d", cr->ms->sim);
 372         if (PAR(cr))
 373         {
 374             fprintf(debug, ", local number of ranks %d, local rank ID %d",
 375                     cr->nnodes, cr->sim_nodeid);
 376         }
 377         fprintf(debug, "\n\n");
 378     }
 379
 380     if (multidirs)
 381     {
 382         if (debug)
 383         {
 384             fprintf(debug, "Changing to directory %s\n", multidirs[cr->ms->sim]);
 385         }
 386         gmx_chdir(multidirs[cr->ms->sim]);
 387     }
 388     else if (bParFn)
 389     {
 390         /* Patch output and tpx, cpt and rerun input file names */
 391         for (i = 0; (i < nfile); i++)
 392         {
 393             /* Because of possible multiple extensions per type we must look
 394              * at the actual file name
 395              */
 396             if (is_output(&fnm[i]) ||
 397                 fnm[i].ftp == efTPX || fnm[i].ftp == efCPT ||
 398                 strcmp(fnm[i].opt, "-rerun") == 0)
 399             {
 400                 ftp = fn2ftp(fnm[i].fns[0]);
 401                 par_fn(fnm[i].fns[0], ftp, cr, TRUE, FALSE, buf, 255);
 402                 sfree(fnm[i].fns[0]);
 403                 fnm[i].fns[0] = gmx_strdup(buf);
 404             }
 405         }
 406     }
 407 }