src/gromacs/gmxlib/main.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39 #include "gromacs/utility/gmx_header_config.h"
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include <string.h>
  44 #include <limits.h>
  45 #include <time.h>
  46
  47 #ifdef HAVE_SYS_TIME_H
  48 #include <sys/time.h>
  49 #endif
  50
  51 #include "smalloc.h"
  52 #include "gmx_fatal.h"
  53 #include "network.h"
  54 #include "main.h"
  55 #include "macros.h"
  56 #include "futil.h"
  57 #include "filenm.h"
  58 #include "mdrun.h"
  59 #include "gmxfio.h"
  60 #include "string2.h"
  61
  62 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  63 #include "thread_mpi.h"
  64 #endif
  65
  66 /* The source code in this file should be thread-safe.
  67          Please keep it that way. */
  68
  69
  70 #ifdef HAVE_UNISTD_H
  71 #include <unistd.h>
  72 #endif
  73
  74 #ifdef GMX_NATIVE_WINDOWS
  75 #include <process.h>
  76 #endif
  77
  78
  79 /* Portable version of ctime_r implemented in src/gmxlib/string2.c, but we do not want it declared in public installed headers */
  80 char *
  81 gmx_ctime_r(const time_t *clock,char *buf, int n);
  82
  83
  84 #define BUFSIZE 1024
  85
  86
  87 static void par_fn(char *base,int ftp,const t_commrec *cr,
  88                    gmx_bool bAppendSimId,gmx_bool bAppendNodeId,
  89                    char buf[],int bufsize)
  90 {
  91   int n;
  92
  93   if((size_t)bufsize<(strlen(base)+10))
  94      gmx_mem("Character buffer too small!");
  95
  96   /* Copy to buf, and strip extension */
  97   strcpy(buf,base);
  98   buf[strlen(base) - strlen(ftp2ext(fn2ftp(base))) - 1] = '\0';
  99
 100   if (bAppendSimId) {
 101     sprintf(buf+strlen(buf),"%d",cr->ms->sim);
 102   }
 103   if (bAppendNodeId) {
 104     strcat(buf,"_node");
 105     sprintf(buf+strlen(buf),"%d",cr->nodeid);
 106   }
 107   strcat(buf,".");
 108
 109   /* Add extension again */
 110   strcat(buf,(ftp == efTPX) ? "tpr" : (ftp == efEDR) ? "edr" : ftp2ext(ftp));
 111   if (cr->nodeid == 0) {
 112     printf("node %d par_fn '%s'\n",cr->nodeid,buf);
 113     if (fn2ftp(buf) == efLOG) {
 114       printf("log\n");
 115     }
 116   }
 117 }
 118
 119 void check_multi_int(FILE *log,const gmx_multisim_t *ms,int val,
 120                      const char *name)
 121 {
 122   int  *ibuf,p;
 123   gmx_bool bCompatible;
 124
 125   if (NULL != log)
 126       fprintf(log,"Multi-checking %s ... ",name);
 127
 128   if (ms == NULL)
 129     gmx_fatal(FARGS,
 130               "check_multi_int called with a NULL communication pointer");
 131
 132   snew(ibuf,ms->nsim);
 133   ibuf[ms->sim] = val;
 134   gmx_sumi_sim(ms->nsim,ibuf,ms);
 135
 136   bCompatible = TRUE;
 137   for(p=1; p<ms->nsim; p++)
 138     bCompatible = bCompatible && (ibuf[p-1] == ibuf[p]);
 139
 140   if (bCompatible)
 141   {
 142       if (NULL != log)
 143           fprintf(log,"OK\n");
 144   }
 145   else
 146   {
 147       if (NULL != log)
 148       {
 149           fprintf(log,"\n%s is not equal for all subsystems\n",name);
 150           for(p=0; p<ms->nsim; p++)
 151               fprintf(log,"  subsystem %d: %d\n",p,ibuf[p]);
 152       }
 153       gmx_fatal(FARGS,"The %d subsystems are not compatible\n",ms->nsim);
 154   }
 155
 156   sfree(ibuf);
 157 }
 158
 159 void check_multi_large_int(FILE *log,const gmx_multisim_t *ms,
 160                            gmx_large_int_t val, const char *name)
 161 {
 162   gmx_large_int_t  *ibuf;
 163   int p;
 164   gmx_bool bCompatible;
 165
 166   if (NULL != log)
 167       fprintf(log,"Multi-checking %s ... ",name);
 168
 169   if (ms == NULL)
 170     gmx_fatal(FARGS,
 171               "check_multi_int called with a NULL communication pointer");
 172
 173   snew(ibuf,ms->nsim);
 174   ibuf[ms->sim] = val;
 175   gmx_sumli_sim(ms->nsim,ibuf,ms);
 176
 177   bCompatible = TRUE;
 178   for(p=1; p<ms->nsim; p++)
 179     bCompatible = bCompatible && (ibuf[p-1] == ibuf[p]);
 180
 181   if (bCompatible)
 182   {
 183       if (NULL != log)
 184           fprintf(log,"OK\n");
 185   }
 186   else
 187   {
 188       if (NULL != log)
 189       {
 190           fprintf(log,"\n%s is not equal for all subsystems\n",name);
 191           for(p=0; p<ms->nsim; p++)
 192           {
 193               char strbuf[255];
 194               /* first make the format string */
 195               snprintf(strbuf, 255, "  subsystem %%d: %s\n",
 196                        gmx_large_int_pfmt);
 197               fprintf(log,strbuf,p,ibuf[p]);
 198           }
 199       }
 200       gmx_fatal(FARGS,"The %d subsystems are not compatible\n",ms->nsim);
 201   }
 202
 203   sfree(ibuf);
 204 }
 205
 206
 207 void gmx_log_open(const char *lognm,const t_commrec *cr,gmx_bool bMasterOnly,
 208                    unsigned long Flags, FILE** fplog)
 209 {
 210     int  len,testlen,pid;
 211     char buf[256],host[256];
 212     time_t t;
 213     char timebuf[STRLEN];
 214     FILE *fp=*fplog;
 215     char *tmpnm;
 216
 217     gmx_bool bAppend = Flags & MD_APPENDFILES;
 218
 219     debug_gmx();
 220
 221     /* Communicate the filename for logfile */
 222     if (cr->nnodes > 1 && !bMasterOnly
 223 #ifdef GMX_THREAD_MPI
 224         /* With thread MPI the non-master log files are opened later
 225          * when the files names are already known on all nodes.
 226          */
 227         && FALSE
 228 #endif
 229         )
 230     {
 231         if (MASTER(cr))
 232         {
 233             len = strlen(lognm) + 1;
 234         }
 235         gmx_bcast(sizeof(len),&len,cr);
 236         if (!MASTER(cr))
 237         {
 238             snew(tmpnm,len+8);
 239         }
 240         else
 241         {
 242             tmpnm=gmx_strdup(lognm);
 243         }
 244         gmx_bcast(len*sizeof(*tmpnm),tmpnm,cr);
 245     }
 246     else
 247     {
 248         tmpnm=gmx_strdup(lognm);
 249     }
 250
 251     debug_gmx();
 252
 253     if (!bMasterOnly && !MASTER(cr))
 254     {
 255         /* Since log always ends with '.log' let's use this info */
 256         par_fn(tmpnm,efLOG,cr,FALSE,!bMasterOnly,buf,255);
 257         fp = gmx_fio_fopen(buf, bAppend ? "a+" : "w+" );
 258     }
 259     else if (!bAppend)
 260     {
 261         fp = gmx_fio_fopen(tmpnm, bAppend ? "a+" : "w+" );
 262     }
 263
 264     sfree(tmpnm);
 265
 266     gmx_fatal_set_log_file(fp);
 267
 268     /* Get some machine parameters */
 269 #ifdef HAVE_UNISTD_H
 270     if (gethostname(host,255) != 0)
 271     {
 272         sprintf(host,"unknown");
 273     }
 274 #else
 275     sprintf(host,"unknown");
 276 #endif
 277
 278     time(&t);
 279
 280 #ifndef NO_GETPID
 281 #   ifdef GMX_NATIVE_WINDOWS
 282     pid = _getpid();
 283 #   else
 284     pid = getpid();
 285 #   endif
 286 #else
 287         pid = 0;
 288 #endif
 289
 290     if (bAppend)
 291     {
 292         fprintf(fp,
 293                 "\n"
 294                 "\n"
 295                 "-----------------------------------------------------------\n"
 296                 "Restarting from checkpoint, appending to previous log file.\n"
 297                 "\n"
 298             );
 299     }
 300
 301     gmx_ctime_r(&t,timebuf,STRLEN);
 302
 303     fprintf(fp,
 304             "Log file opened on %s"
 305             "Host: %s  pid: %d  nodeid: %d  nnodes:  %d\n",
 306             timebuf,host,pid,cr->nodeid,cr->nnodes);
 307
 308 #if (defined BUILD_MACHINE && defined BUILD_TIME && defined BUILD_USER)
 309     fprintf(fp,
 310             "The Gromacs distribution was built %s by\n"
 311             "%s (%s)\n\n\n",BUILD_TIME,BUILD_USER,BUILD_MACHINE);
 312 #endif
 313
 314     fflush(fp);
 315     debug_gmx();
 316
 317     *fplog = fp;
 318 }
 319
 320 void gmx_log_close(FILE *fp)
 321 {
 322   if (fp) {
 323     gmx_fatal_set_log_file(NULL);
 324     gmx_fio_fclose(fp);
 325   }
 326 }
 327
 328 static void comm_args(const t_commrec *cr,int *argc,char ***argv)
 329 {
 330   int i,len;
 331
 332   if (PAR(cr))
 333     gmx_bcast(sizeof(*argc),argc,cr);
 334
 335   if (!MASTER(cr))
 336     snew(*argv,*argc+1);
 337   fprintf(stderr,"NODEID=%d argc=%d\n",cr->nodeid,*argc);
 338   for(i=0; (i<*argc); i++) {
 339     if (MASTER(cr))
 340       len = strlen((*argv)[i])+1;
 341     gmx_bcast(sizeof(len),&len,cr);
 342     if (!MASTER(cr))
 343       snew((*argv)[i],len);
 344     /*gmx_bcast(len*sizeof((*argv)[i][0]),(*argv)[i],cr);*/
 345     gmx_bcast(len*sizeof(char),(*argv)[i],cr);
 346   }
 347   debug_gmx();
 348 }
 349
 350 void init_multisystem(t_commrec *cr,int nsim, char **multidirs,
 351                       int nfile, const t_filenm fnm[],gmx_bool bParFn)
 352 {
 353     gmx_multisim_t *ms;
 354     int  nnodes,nnodpersim,sim,i,ftp;
 355     char buf[256];
 356 #ifdef GMX_MPI
 357     MPI_Group mpi_group_world;
 358 #endif
 359     int *rank;
 360
 361 #ifndef GMX_MPI
 362     if (nsim > 1)
 363     {
 364         gmx_fatal(FARGS,"This binary is compiled without MPI support, can not do multiple simulations.");
 365     }
 366 #endif
 367
 368     nnodes  = cr->nnodes;
 369     if (nnodes % nsim != 0)
 370     {
 371         gmx_fatal(FARGS,"The number of nodes (%d) is not a multiple of the number of simulations (%d)",nnodes,nsim);
 372     }
 373
 374     nnodpersim = nnodes/nsim;
 375     sim = cr->nodeid/nnodpersim;
 376
 377     if (debug)
 378     {
 379         fprintf(debug,"We have %d simulations, %d nodes per simulation, local simulation is %d\n",nsim,nnodpersim,sim);
 380     }
 381
 382     snew(ms,1);
 383     cr->ms = ms;
 384     ms->nsim = nsim;
 385     ms->sim  = sim;
 386 #ifdef GMX_MPI
 387     /* Create a communicator for the master nodes */
 388     snew(rank,ms->nsim);
 389     for(i=0; i<ms->nsim; i++)
 390     {
 391         rank[i] = i*nnodpersim;
 392     }
 393     MPI_Comm_group(MPI_COMM_WORLD,&mpi_group_world);
 394     MPI_Group_incl(mpi_group_world,nsim,rank,&ms->mpi_group_masters);
 395     sfree(rank);
 396     MPI_Comm_create(MPI_COMM_WORLD,ms->mpi_group_masters,
 397                     &ms->mpi_comm_masters);
 398
 399 #if !defined(GMX_THREAD_MPI) && !defined(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 400     /* initialize the MPI_IN_PLACE replacement buffers */
 401     snew(ms->mpb, 1);
 402     ms->mpb->ibuf=NULL;
 403     ms->mpb->libuf=NULL;
 404     ms->mpb->fbuf=NULL;
 405     ms->mpb->dbuf=NULL;
 406     ms->mpb->ibuf_alloc=0;
 407     ms->mpb->libuf_alloc=0;
 408     ms->mpb->fbuf_alloc=0;
 409     ms->mpb->dbuf_alloc=0;
 410 #endif
 411
 412 #endif
 413
 414     /* Reduce the intra-simulation communication */
 415     cr->sim_nodeid = cr->nodeid % nnodpersim;
 416     cr->nnodes = nnodpersim;
 417 #ifdef GMX_MPI
 418     MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD,sim,cr->sim_nodeid,&cr->mpi_comm_mysim);
 419     cr->mpi_comm_mygroup = cr->mpi_comm_mysim;
 420     cr->nodeid = cr->sim_nodeid;
 421 #endif
 422
 423     if (debug)
 424     {
 425         fprintf(debug,"This is simulation %d",cr->ms->sim);
 426         if (PAR(cr))
 427         {
 428             fprintf(debug,", local number of nodes %d, local nodeid %d",
 429                     cr->nnodes,cr->sim_nodeid);
 430         }
 431         fprintf(debug,"\n\n");
 432     }
 433
 434     if (multidirs)
 435     {
 436         int ret;
 437         if (debug)
 438         {
 439             fprintf(debug,"Changing to directory %s\n",multidirs[cr->ms->sim]);
 440         }
 441         gmx_chdir(multidirs[cr->ms->sim]);
 442     }
 443     else if (bParFn)
 444     {
 445         /* Patch output and tpx, cpt and rerun input file names */
 446         for(i=0; (i<nfile); i++)
 447         {
 448             /* Because of possible multiple extensions per type we must look
 449              * at the actual file name
 450              */
 451             if (is_output(&fnm[i]) ||
 452                 fnm[i].ftp == efTPX || fnm[i].ftp == efCPT ||
 453                 strcmp(fnm[i].opt,"-rerun") == 0)
 454             {
 455                 ftp = fn2ftp(fnm[i].fns[0]);
 456                 par_fn(fnm[i].fns[0],ftp,cr,TRUE,FALSE,buf,255);
 457                 sfree(fnm[i].fns[0]);
 458                 fnm[i].fns[0] = gmx_strdup(buf);
 459             }
 460         }
 461     }
 462 }
 463
 464 t_commrec *init_par(int *argc,char ***argv_ptr)
 465 {
 466     t_commrec *cr;
 467     char      **argv;
 468     int       i;
 469     gmx_bool      pe=FALSE;
 470
 471     snew(cr,1);
 472
 473     argv = *argv_ptr;
 474
 475 #if defined GMX_MPI && !defined GMX_THREAD_MPI
 476     cr->sim_nodeid = gmx_setup(argc,argv,&cr->nnodes);
 477
 478     if (!PAR(cr) && (cr->sim_nodeid != 0))
 479     {
 480         gmx_comm("(!PAR(cr) && (cr->sim_nodeid != 0))");
 481     }
 482
 483     cr->mpi_comm_mysim   = MPI_COMM_WORLD;
 484     cr->mpi_comm_mygroup = cr->mpi_comm_mysim;
 485 #else
 486     /* These should never be accessed */
 487     cr->mpi_comm_mysim   = NULL;
 488     cr->mpi_comm_mygroup = NULL;
 489     cr->nnodes           = 1;
 490     cr->sim_nodeid       = 0;
 491 #endif
 492
 493     cr->nodeid = cr->sim_nodeid;
 494
 495     cr->duty = (DUTY_PP | DUTY_PME);
 496
 497     /* Communicate arguments if parallel */
 498 #ifndef GMX_THREAD_MPI
 499     if (PAR(cr))
 500     {
 501         comm_args(cr,argc,argv_ptr);
 502     }
 503 #endif /* GMX_THREAD_MPI */
 504
 505 #ifdef GMX_MPI
 506 #if !defined(GMX_THREAD_MPI) && !defined(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 507   /* initialize the MPI_IN_PLACE replacement buffers */
 508   snew(cr->mpb, 1);
 509   cr->mpb->ibuf=NULL;
 510   cr->mpb->libuf=NULL;
 511   cr->mpb->fbuf=NULL;
 512   cr->mpb->dbuf=NULL;
 513   cr->mpb->ibuf_alloc=0;
 514   cr->mpb->libuf_alloc=0;
 515   cr->mpb->fbuf_alloc=0;
 516   cr->mpb->dbuf_alloc=0;
 517 #endif
 518 #endif
 519
 520     return cr;
 521 }
 522
 523 t_commrec *init_par_threads(const t_commrec *cro)
 524 {
 525 #ifdef GMX_THREAD_MPI
 526     int initialized;
 527     t_commrec *cr;
 528
 529     /* make a thread-specific commrec */
 530     snew(cr,1);
 531     /* now copy the whole thing, so settings like the number of PME nodes
 532        get propagated. */
 533     *cr=*cro;
 534
 535     /* and we start setting our own thread-specific values for things */
 536     MPI_Initialized(&initialized);
 537     if (!initialized)
 538     {
 539         gmx_comm("Initializing threads without comm");
 540     }
 541     /* once threads will be used together with MPI, we'll
 542        fill the cr structure with distinct data here. This might even work: */
 543     cr->sim_nodeid = gmx_setup(0,NULL, &cr->nnodes);
 544
 545     cr->mpi_comm_mysim = MPI_COMM_WORLD;
 546     cr->mpi_comm_mygroup = cr->mpi_comm_mysim;
 547     cr->nodeid = cr->sim_nodeid;
 548     cr->duty = (DUTY_PP | DUTY_PME);
 549
 550     return cr;
 551 #else
 552     return NULL;
 553 #endif
 554 }