src/gromacs/gmxlib/gmxfio_bin.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <ctype.h>
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <errno.h>
  43 #ifdef HAVE_IO_H
  44 #include <io.h>
  45 #endif
  46
  47 #include "gmx_fatal.h"
  48 #include "macros.h"
  49 #include "smalloc.h"
  50 #include "futil.h"
  51 #include "filenm.h"
  52 #include "string2.h"
  53 #include "gmxfio.h"
  54 #include "md5.h"
  55
  56 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  57 #include "thread_mpi.h"
  58 #endif
  59
  60 #include "gmxfio_int.h"
  61
  62 /* This is the part that reads dummy and ascii files.  */
  63
  64
  65 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  66                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
  67 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  68                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
  69
  70
  71 const t_iotype bin_iotype = {do_binread, do_binwrite};
  72
  73
  74 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  75                             const char *desc, const char *srcfile, int line)
  76 {
  77     size_t size = 0, wsize;
  78     int    ssize;
  79
  80     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  81     switch (eio)
  82     {
  83         case eioREAL:
  84             size = sizeof(real);
  85             break;
  86         case eioFLOAT:
  87             size = sizeof(float);
  88             break;
  89         case eioDOUBLE:
  90             size = sizeof(double);
  91             break;
  92         case eioINT:
  93             size = sizeof(int);
  94             break;
  95         case eioGMX_LARGE_INT:
  96             size = sizeof(gmx_large_int_t);
  97             break;
  98         case eioUCHAR:
  99             size = sizeof(unsigned char);
 100             break;
 101         case eioNUCHAR:
 102             size = sizeof(unsigned char);
 103             break;
 104         case eioUSHORT:
 105             size = sizeof(unsigned short);
 106             break;
 107         case eioRVEC:
 108             size = sizeof(rvec);
 109             break;
 110         case eioNRVEC:
 111             size = sizeof(rvec);
 112             break;
 113         case eioIVEC:
 114             size = sizeof(ivec);
 115             break;
 116         case eioSTRING:
 117             size = ssize = strlen((char *) item) + 1;
 118             do_binwrite(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 119             break;
 120         default:
 121             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 122     }
 123
 124     wsize = fwrite(item, size, nitem, fio->fp);
 125
 126     if ((wsize != nitem) && fio->bDebug)
 127     {
 128         fprintf(stderr,
 129                 "Error writing %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 130                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 131         fprintf(stderr, "written size %u bytes, source size %u bytes\n",
 132                 (unsigned int) wsize, (unsigned int) size);
 133     }
 134     return (wsize == nitem);
 135 }
 136
 137 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 138                            const char *desc, const char *srcfile, int line)
 139 {
 140     size_t size = 0, rsize;
 141     int    ssize;
 142
 143     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
 144     switch (eio)
 145     {
 146         case eioREAL:
 147             if (fio->bDouble)
 148             {
 149                 size = sizeof(double);
 150             }
 151             else
 152             {
 153                 size = sizeof(float);
 154             }
 155             break;
 156         case eioFLOAT:
 157             size = sizeof(float);
 158             break;
 159         case eioDOUBLE:
 160             size = sizeof(double);
 161             break;
 162         case eioINT:
 163             size = sizeof(int);
 164             break;
 165         case eioGMX_LARGE_INT:
 166             size = sizeof(gmx_large_int_t);
 167             break;
 168         case eioUCHAR:
 169             size = sizeof(unsigned char);
 170             break;
 171         case eioNUCHAR:
 172             size = sizeof(unsigned char);
 173             break;
 174         case eioUSHORT:
 175             size = sizeof(unsigned short);
 176             break;
 177         case eioRVEC:
 178         case eioNRVEC:
 179             if (fio->bDouble)
 180             {
 181                 size = sizeof(double) * DIM;
 182             }
 183             else
 184             {
 185                 size = sizeof(float) * DIM;
 186             }
 187             break;
 188         case eioIVEC:
 189             size = sizeof(ivec);
 190             break;
 191         case eioSTRING:
 192             do_binread(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 193             size = ssize;
 194             break;
 195         default:
 196             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 197     }
 198     if (item)
 199     {
 200         rsize = fread(item, size, nitem, fio->fp);
 201     }
 202     else
 203     {
 204         /* Skip over it if we have a NULL pointer here */
 205         gmx_fseek(fio->fp, (gmx_off_t)(size*nitem), SEEK_CUR);
 206         rsize = nitem;
 207     }
 208     if ((rsize != nitem) && (fio->bDebug))
 209     {
 210         fprintf(stderr,
 211                 "Error reading %s %s from file %s (source %s, line %d)\n",
 212                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 213     }
 214
 215     return (rsize == nitem);
 216 }