src/gromacs/gmxlib/copyrite.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  34  */
  35 #include "copyrite.h"
  36
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include "config.h"
  39 #endif
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include <string.h>
  44 #include <time.h>
  45
  46 #ifdef HAVE_LIBMKL
  47 #include <mkl.h>
  48 #endif
  49
  50 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  51
  52 #include "gromacs/legacyheaders/futil.h"
  53 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  54 #include "gromacs/legacyheaders/random.h"
  55 #include "gromacs/legacyheaders/smalloc.h"
  56 #include "gromacs/legacyheaders/statutil.h"
  57 #include "gromacs/legacyheaders/strdb.h"
  58 #include "gromacs/legacyheaders/string2.h"
  59 #include "gromacs/legacyheaders/vec.h"
  60
  61 #include "gromacs/fft/fft.h"
  62 #include "gromacs/utility/programinfo.h"
  63
  64 #include "buildinfo.h"
  65
  66 static gmx_bool be_cool(void)
  67 {
  68     /* Yes, it is bad to check the environment variable every call,
  69      * but we dont call this routine often, and it avoids using
  70      * a mutex for locking the variable...
  71      */
  72 #ifdef GMX_COOL_QUOTES
  73     return (getenv("GMX_NO_QUOTES") == NULL);
  74 #else
  75     /*be uncool*/
  76     return FALSE;
  77 #endif
  78 }
  79
  80 static void space(FILE *out, int n)
  81 {
  82     fprintf(out, "%*s", n, "");
  83 }
  84
  85 static void sp_print(FILE *out, const char *s)
  86 {
  87     int slen;
  88
  89     slen = strlen(s);
  90     space(out, (80-slen)/2);
  91     fprintf(out, "%s\n", s);
  92 }
  93
  94 static void ster_print(FILE *out, const char *s)
  95 {
  96     int  slen;
  97     char buf[128];
  98
  99     snprintf(buf, 128, ":-)  %s  (-:", s);
 100     slen = strlen(buf);
 101     space(out, (80-slen)/2);
 102     fprintf(out, "%s\n", buf);
 103 }
 104
 105
 106 static void pukeit(const char *db, const char *defstring, char *retstring,
 107                    int retsize, int *cqnum)
 108 {
 109     FILE  *fp;
 110     char **help;
 111     int    i, nhlp;
 112     int    seed;
 113
 114     if (be_cool() && ((fp = low_libopen(db, FALSE)) != NULL))
 115     {
 116         nhlp = fget_lines(fp, &help);
 117         /* for libraries we can use the low-level close routines */
 118         ffclose(fp);
 119         seed   = time(NULL);
 120         *cqnum = static_cast<int>(nhlp*rando(&seed));
 121         if (strlen(help[*cqnum]) >= STRLEN)
 122         {
 123             help[*cqnum][STRLEN-1] = '\0';
 124         }
 125         strncpy(retstring, help[*cqnum], retsize);
 126         for (i = 0; (i < nhlp); i++)
 127         {
 128             sfree(help[i]);
 129         }
 130         sfree(help);
 131     }
 132     else
 133     {
 134         *cqnum = -1;
 135         strncpy(retstring, defstring, retsize);
 136     }
 137 }
 138
 139 void bromacs(char *retstring, int retsize)
 140 {
 141     int dum;
 142
 143     pukeit("bromacs.dat",
 144            "Groningen Machine for Chemical Simulation",
 145            retstring, retsize, &dum);
 146 }
 147
 148 void cool_quote(char *retstring, int retsize, int *cqnum)
 149 {
 150     char *tmpstr;
 151     char *ptr;
 152     int   tmpcq, *p;
 153
 154     if (cqnum != NULL)
 155     {
 156         p = cqnum;
 157     }
 158     else
 159     {
 160         p = &tmpcq;
 161     }
 162
 163     /* protect audience from explicit lyrics */
 164     snew(tmpstr, retsize+1);
 165     pukeit("gurgle.dat", "Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day",
 166            tmpstr, retsize-2, p);
 167
 168     if ((ptr = strchr(tmpstr, '_')) != NULL)
 169     {
 170         *ptr = '\0';
 171         ptr++;
 172         sprintf(retstring, "\"%s\" %s", tmpstr, ptr);
 173     }
 174     else
 175     {
 176         strcpy(retstring, tmpstr);
 177     }
 178     sfree(tmpstr);
 179 }
 180
 181 void CopyRight(FILE *out)
 182 {
 183     static const char * const CopyrightText[] = {
 184         "Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,",
 185         "Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra, ",
 186         "Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff, ",
 187         "Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz, ",
 188         "Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,\n",
 189         "Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.\n",
 190         "Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.",
 191         "Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team at",
 192         "Uppsala University & The Royal Institute of Technology, Sweden.",
 193         "check out http://www.gromacs.org for more information.\n"
 194     };
 195
 196     static const char * const LicenseText[] = {
 197         "This program is free software; you can redistribute it and/or",
 198         "modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License",
 199         "as published by the Free Software Foundation; either version 2.1",
 200         "of the License, or (at your option) any later version."
 201     };
 202
 203 #define NCR (int)asize(CopyrightText)
 204 /* TODO: Is this exception still needed? */
 205 #ifdef GMX_FAHCORE
 206 #define NLICENSE 0 /*FAH has an exception permission from LGPL to allow digital signatures in Gromacs*/
 207 #else
 208 #define NLICENSE (int)asize(LicenseText)
 209 #endif
 210
 211     char tmpstr[1024];
 212     int  i;
 213
 214     ster_print(out, "G  R  O  M  A  C  S");
 215     fprintf(out, "\n");
 216
 217     bromacs(tmpstr, 1023);
 218     sp_print(out, tmpstr);
 219     fprintf(out, "\n");
 220
 221     for (i = 0; (i < NCR); i++)
 222     {
 223         sp_print(out, CopyrightText[i]);
 224     }
 225     for (i = 0; (i < NLICENSE); i++)
 226     {
 227         sp_print(out, LicenseText[i]);
 228     }
 229 }
 230
 231
 232 void gmx_thanx(FILE *fp)
 233 {
 234     char cq[1024];
 235     int  cqnum = -1;
 236
 237     /* protect the audience from suggestive discussions */
 238     cool_quote(cq, 1023, &cqnum);
 239
 240     if (cqnum >= 0)
 241     {
 242         fprintf(fp, "\ngcq#%d: %s\n\n", cqnum, cq);
 243     }
 244     else
 245     {
 246         fprintf(fp, "\n%s\n\n", cq);
 247     }
 248 }
 249
 250 typedef struct {
 251     const char *key;
 252     const char *author;
 253     const char *title;
 254     const char *journal;
 255     int         volume, year;
 256     const char *pages;
 257 } t_citerec;
 258
 259 void please_cite(FILE *fp, const char *key)
 260 {
 261     static const t_citerec citedb[] = {
 262         { "Allen1987a",
 263           "M. P. Allen and D. J. Tildesley",
 264           "Computer simulation of liquids",
 265           "Oxford Science Publications",
 266           1, 1987, "1" },
 267         { "Berendsen95a",
 268           "H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen",
 269           "GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation",
 270           "Comp. Phys. Comm.",
 271           91, 1995, "43-56" },
 272         { "Berendsen84a",
 273           "H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. DiNola and J. R. Haak",
 274           "Molecular dynamics with coupling to an external bath",
 275           "J. Chem. Phys.",
 276           81, 1984, "3684-3690" },
 277         { "Ryckaert77a",
 278           "J. P. Ryckaert and G. Ciccotti and H. J. C. Berendsen",
 279           "Numerical Integration of the Cartesian Equations of Motion of a System with Constraints; Molecular Dynamics of n-Alkanes",
 280           "J. Comp. Phys.",
 281           23, 1977, "327-341" },
 282         { "Miyamoto92a",
 283           "S. Miyamoto and P. A. Kollman",
 284           "SETTLE: An Analytical Version of the SHAKE and RATTLE Algorithms for Rigid Water Models",
 285           "J. Comp. Chem.",
 286           13, 1992, "952-962" },
 287         { "Cromer1968a",
 288           "D. T. Cromer & J. B. Mann",
 289           "X-ray scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wave functions",
 290           "Acta Cryst. A",
 291           24, 1968, "321" },
 292         { "Barth95a",
 293           "E. Barth and K. Kuczera and B. Leimkuhler and R. D. Skeel",
 294           "Algorithms for Constrained Molecular Dynamics",
 295           "J. Comp. Chem.",
 296           16, 1995, "1192-1209" },
 297         { "Essmann95a",
 298           "U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee and L. G. Pedersen ",
 299           "A smooth particle mesh Ewald method",
 300           "J. Chem. Phys.",
 301           103, 1995, "8577-8592" },
 302         { "Torda89a",
 303           "A. E. Torda and R. M. Scheek and W. F. van Gunsteren",
 304           "Time-dependent distance restraints in molecular dynamics simulations",
 305           "Chem. Phys. Lett.",
 306           157, 1989, "289-294" },
 307         { "Tironi95a",
 308           "I. G. Tironi and R. Sperb and P. E. Smith and W. F. van Gunsteren",
 309           "Generalized reaction field method for molecular dynamics simulations",
 310           "J. Chem. Phys",
 311           102, 1995, "5451-5459" },
 312         { "Hess97a",
 313           "B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and J. G. E. M. Fraaije",
 314           "LINCS: A Linear Constraint Solver for molecular simulations",
 315           "J. Comp. Chem.",
 316           18, 1997, "1463-1472" },
 317         { "Hess2008a",
 318           "B. Hess",
 319           "P-LINCS: A Parallel Linear Constraint Solver for molecular simulation",
 320           "J. Chem. Theory Comput.",
 321           4, 2008, "116-122" },
 322         { "Hess2008b",
 323           "B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl",
 324           "GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable molecular simulation",
 325           "J. Chem. Theory Comput.",
 326           4, 2008, "435-447" },
 327         { "Hub2010",
 328           "J. S. Hub, B. L. de Groot and D. van der Spoel",
 329           "g_wham - A free weighted histogram analysis implementation including robust error and autocorrelation estimates",
 330           "J. Chem. Theory Comput.",
 331           6, 2010, "3713-3720"},
 332         { "In-Chul99a",
 333           "Y. In-Chul and M. L. Berkowitz",
 334           "Ewald summation for systems with slab geometry",
 335           "J. Chem. Phys.",
 336           111, 1999, "3155-3162" },
 337         { "DeGroot97a",
 338           "B. L. de Groot and D. M. F. van Aalten and R. M. Scheek and A. Amadei and G. Vriend and H. J. C. Berendsen",
 339           "Prediction of Protein Conformational Freedom From Distance Constrains",
 340           "Proteins",
 341           29, 1997, "240-251" },
 342         { "Spoel98a",
 343           "D. van der Spoel and P. J. van Maaren and H. J. C. Berendsen",
 344           "A systematic study of water models for molecular simulation. Derivation of models optimized for use with a reaction-field.",
 345           "J. Chem. Phys.",
 346           108, 1998, "10220-10230" },
 347         { "Wishart98a",
 348           "D. S. Wishart and A. M. Nip",
 349           "Protein Chemical Shift Analysis: A Practical Guide",
 350           "Biochem. Cell Biol.",
 351           76, 1998, "153-163" },
 352         { "Maiorov95",
 353           "V. N. Maiorov and G. M. Crippen",
 354           "Size-Independent Comparison of Protein Three-Dimensional Structures",
 355           "PROTEINS: Struct. Funct. Gen.",
 356           22, 1995, "273-283" },
 357         { "Feenstra99",
 358           "K. A. Feenstra and B. Hess and H. J. C. Berendsen",
 359           "Improving Efficiency of Large Time-scale Molecular Dynamics Simulations of Hydrogen-rich Systems",
 360           "J. Comput. Chem.",
 361           20, 1999, "786-798" },
 362         { "Lourenco2013a",
 363           "Tuanan C. Lourenco and Mariny F. C. Coelho and Teodorico C. Ramalho and David van der Spoel and Luciano T. Costa",
 364           "Insights on the Solubility of CO2 in 1-Ethyl-3-methylimidazolium Bis(trifluoromethylsulfonyl)imide from the Microscopic Point of View",
 365           "Environ. Sci. Technol.",
 366           47, 2013, "7421-7429" },
 367         { "Timneanu2004a",
 368           "N. Timneanu and C. Caleman and J. Hajdu and D. van der Spoel",
 369           "Auger Electron Cascades in Water and Ice",
 370           "Chem. Phys.",
 371           299, 2004, "277-283" },
 372         { "Pascal2011a",
 373           "T. A. Pascal and S. T. Lin and W. A. Goddard III",
 374           "Thermodynamics of liquids: standard molar entropies and heat capacities of common solvents from 2PT molecular dynamics",
 375           "Phys. Chem. Chem. Phys.",
 376           13, 2011, "169-181" },
 377         { "Caleman2011b",
 378           "C. Caleman and P. J. van Maaren and M. Hong and J. S. Hub and L. T. da Costa and D. van der Spoel",
 379           "Force Field Benchmark of Organic Liquids: Density, Enthalpy of Vaporization, Heat Capacities, Surface Tension, Isothermal Compressibility, Volumetric Expansion Coefficient, and Dielectric Constant",
 380           "J. Chem. Theo. Comp.",
 381           8, 2012, "61" },
 382         { "Lindahl2001a",
 383           "E. Lindahl and B. Hess and D. van der Spoel",
 384           "GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis",
 385           "J. Mol. Mod.",
 386           7, 2001, "306-317" },
 387         { "Wang2001a",
 388           "J. Wang and W. Wang and S. Huo and M. Lee and P. A. Kollman",
 389           "Solvation model based on weighted solvent accessible surface area",
 390           "J. Phys. Chem. B",
 391           105, 2001, "5055-5067" },
 392         { "Eisenberg86a",
 393           "D. Eisenberg and A. D. McLachlan",
 394           "Solvation energy in protein folding and binding",
 395           "Nature",
 396           319, 1986, "199-203" },
 397         { "Bondi1964a",
 398           "A. Bondi",
 399           "van der Waals Volumes and Radii",
 400           "J. Phys. Chem.",
 401           68, 1964, "441-451" },
 402         { "Eisenhaber95",
 403           "Frank Eisenhaber and Philip Lijnzaad and Patrick Argos and Chris Sander and Michael Scharf",
 404           "The Double Cube Lattice Method: Efficient Approaches to Numerical Integration of Surface Area and Volume and to Dot Surface Contouring of Molecular Assemblies",
 405           "J. Comp. Chem.",
 406           16, 1995, "273-284" },
 407         { "Hess2002",
 408           "B. Hess, H. Saint-Martin and H.J.C. Berendsen",
 409           "Flexible constraints: an adiabatic treatment of quantum degrees of freedom, with application to the flexible and polarizable MCDHO model for water",
 410           "J. Chem. Phys.",
 411           116, 2002, "9602-9610" },
 412         { "Hetenyi2002b",
 413           "Csaba Hetenyi and David van der Spoel",
 414           "Efficient docking of peptides to proteins without prior knowledge of the binding site.",
 415           "Prot. Sci.",
 416           11, 2002, "1729-1737" },
 417         { "Hess2003",
 418           "B. Hess and R.M. Scheek",
 419           "Orientation restraints in molecular dynamics simulations using time and ensemble averaging",
 420           "J. Magn. Res.",
 421           164, 2003, "19-27" },
 422         { "Rappe1991a",
 423           "A. K. Rappe and W. A. Goddard III",
 424           "Charge Equillibration for Molecular Dynamics Simulations",
 425           "J. Phys. Chem.",
 426           95, 1991, "3358-3363" },
 427         { "Mu2005a",
 428           "Y. Mu, P. H. Nguyen and G. Stock",
 429           "Energy landscape of a small peptide revelaed by dihedral angle principal component analysis",
 430           "Prot. Struct. Funct. Bioinf.",
 431           58, 2005, "45-52" },
 432         { "Okabe2001a",
 433           "T. Okabe and M. Kawata and Y. Okamoto and M. Mikami",
 434           "Replica-exchange {M}onte {C}arlo method for the isobaric-isothermal ensemble",
 435           "Chem. Phys. Lett.",
 436           335, 2001, "435-439" },
 437         { "Hukushima96a",
 438           "K. Hukushima and K. Nemoto",
 439           "Exchange Monte Carlo Method and Application to Spin Glass Simulations",
 440           "J. Phys. Soc. Jpn.",
 441           65, 1996, "1604-1608" },
 442         { "Tropp80a",
 443           "J. Tropp",
 444           "Dipolar Relaxation and Nuclear Overhauser effects in nonrigid molecules: The effect of fluctuating internuclear distances",
 445           "J. Chem. Phys.",
 446           72, 1980, "6035-6043" },
 447         { "Bultinck2002a",
 448           "P. Bultinck and W. Langenaeker and P. Lahorte and F. De Proft and P. Geerlings and M. Waroquier and J. P. Tollenaere",
 449           "The electronegativity equalization method I: Parametrization and validation for atomic charge calculations",
 450           "J. Phys. Chem. A",
 451           106, 2002, "7887-7894" },
 452         { "Yang2006b",
 453           "Q. Y. Yang and K. A. Sharp",
 454           "Atomic charge parameters for the finite difference Poisson-Boltzmann method using electronegativity neutralization",
 455           "J. Chem. Theory Comput.",
 456           2, 2006, "1152-1167" },
 457         { "Spoel2005a",
 458           "D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark and H. J. C. Berendsen",
 459           "GROMACS: Fast, Flexible and Free",
 460           "J. Comp. Chem.",
 461           26, 2005, "1701-1719" },
 462         { "Spoel2006b",
 463           "D. van der Spoel, P. J. van Maaren, P. Larsson and N. Timneanu",
 464           "Thermodynamics of hydrogen bonding in hydrophilic and hydrophobic media",
 465           "J. Phys. Chem. B",
 466           110, 2006, "4393-4398" },
 467         { "Spoel2006d",
 468           "D. van der Spoel and M. M. Seibert",
 469           "Protein folding kinetics and thermodynamics from atomistic simulations",
 470           "Phys. Rev. Letters",
 471           96, 2006, "238102" },
 472         { "Palmer94a",
 473           "B. J. Palmer",
 474           "Transverse-current autocorrelation-function calculations of the shear viscosity for molecular liquids",
 475           "Phys. Rev. E",
 476           49, 1994, "359-366" },
 477         { "Bussi2007a",
 478           "G. Bussi, D. Donadio and M. Parrinello",
 479           "Canonical sampling through velocity rescaling",
 480           "J. Chem. Phys.",
 481           126, 2007, "014101" },
 482         { "Hub2006",
 483           "J. S. Hub and B. L. de Groot",
 484           "Does CO2 permeate through Aquaporin-1?",
 485           "Biophys. J.",
 486           91, 2006, "842-848" },
 487         { "Hub2008",
 488           "J. S. Hub and B. L. de Groot",
 489           "Mechanism of selectivity in aquaporins and aquaglyceroporins",
 490           "PNAS",
 491           105, 2008, "1198-1203" },
 492         { "Friedrich2009",
 493           "M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, and V. S. Pande",
 494           "Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units",
 495           "J. Comp. Chem.",
 496           30, 2009, "864-872" },
 497         { "Engin2010",
 498           "O. Engin, A. Villa, M. Sayar and B. Hess",
 499           "Driving Forces for Adsorption of Amphiphilic Peptides to Air-Water Interface",
 500           "J. Phys. Chem. B",
 501           114, 2010, "11093" },
 502         { "Fritsch12",
 503           "S. Fritsch, C. Junghans and K. Kremer",
 504           "Adaptive molecular simulation study on structure formation of toluene around C60 using Gromacs",
 505           "J. Chem. Theo. Comp.",
 506           8, 2012, "398" },
 507         { "Junghans10",
 508           "C. Junghans and S. Poblete",
 509           "A reference implementation of the adaptive resolution scheme in ESPResSo",
 510           "Comp. Phys. Comm.",
 511           181, 2010, "1449" },
 512         { "Wang2010",
 513           "H. Wang, F. Dommert, C.Holm",
 514           "Optimizing working parameters of the smooth particle mesh Ewald algorithm in terms of accuracy and efficiency",
 515           "J. Chem. Phys. B",
 516           133, 2010, "034117" },
 517         { "Sugita1999a",
 518           "Y. Sugita, Y. Okamoto",
 519           "Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding",
 520           "Chem. Phys. Lett.",
 521           314, 1999, "141-151" },
 522         { "Kutzner2011",
 523           "C. Kutzner and J. Czub and H. Grubmuller",
 524           "Keep it Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS",
 525           "J. Chem. Theory Comput.",
 526           7, 2011, "1381-1393" },
 527         { "Hoefling2011",
 528           "M. Hoefling, N. Lima, D. Haenni, C.A.M. Seidel, B. Schuler, H. Grubmuller",
 529           "Structural Heterogeneity and Quantitative FRET Efficiency Distributions of Polyprolines through a Hybrid Atomistic Simulation and Monte Carlo Approach",
 530           "PLoS ONE",
 531           6, 2011, "e19791" },
 532         { "Hockney1988",
 533           "R. W. Hockney and J. W. Eastwood",
 534           "Computer simulation using particles",
 535           "IOP, Bristol",
 536           1, 1988, "1" },
 537         { "Ballenegger2012",
 538           "V. Ballenegger, J.J. Cerda, and C. Holm",
 539           "How to Convert SPME to P3M: Influence Functions and Error Estimates",
 540           "J. Chem. Theory Comput.",
 541           8, 2012, "936-947" },
 542         { "Garmay2012",
 543           "Garmay Yu, Shvetsov A, Karelov D, Lebedev D, Radulescu A, Petukhov M, Isaev-Ivanov V",
 544           "Correlated motion of protein subdomains and large-scale conformational flexibility of RecA protein filament",
 545           "Journal of Physics: Conference Series",
 546           340, 2012, "012094" }
 547     };
 548 #define NSTR (int)asize(citedb)
 549
 550     int   index;
 551     char *author;
 552     char *title;
 553 #define LINE_WIDTH 79
 554
 555     if (fp == NULL)
 556     {
 557         return;
 558     }
 559
 560     for (index = 0; (index < NSTR) && (strcmp(citedb[index].key, key) != 0); index++)
 561     {
 562         ;
 563     }
 564
 565     fprintf(fp, "\n++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++\n");
 566     if (index < NSTR)
 567     {
 568         /* Insert newlines */
 569         author = wrap_lines(citedb[index].author, LINE_WIDTH, 0, FALSE);
 570         title  = wrap_lines(citedb[index].title, LINE_WIDTH, 0, FALSE);
 571         fprintf(fp, "%s\n%s\n%s %d (%d) pp. %s\n",
 572                 author, title, citedb[index].journal,
 573                 citedb[index].volume, citedb[index].year,
 574                 citedb[index].pages);
 575         sfree(author);
 576         sfree(title);
 577     }
 578     else
 579     {
 580         fprintf(fp, "Entry %s not found in citation database\n", key);
 581     }
 582     fprintf(fp, "-------- -------- --- Thank You --- -------- --------\n\n");
 583     fflush(fp);
 584 }
 585
 586 #ifdef GMX_GIT_VERSION_INFO
 587 /* Version information generated at compile time. */
 588 #include "gromacs/utility/gitversion.h"
 589 #else
 590 /* Fall back to statically defined version. */
 591 static const char _gmx_ver_string[] = "VERSION " VERSION;
 592 #endif
 593
 594 const char *GromacsVersion()
 595 {
 596     return _gmx_ver_string;
 597 }
 598
 599 void gmx_print_version_info_gpu(FILE *fp);
 600
 601 void gmx_print_version_info(FILE *fp)
 602 {
 603     fprintf(fp, "Gromacs version:    %s\n", _gmx_ver_string);
 604 #ifdef GMX_GIT_VERSION_INFO
 605     fprintf(fp, "GIT SHA1 hash:      %s\n", _gmx_full_git_hash);
 606     /* Only print out the branch information if present.
 607      * The generating script checks whether the branch point actually
 608      * coincides with the hash reported above, and produces an empty string
 609      * in such cases. */
 610     if (_gmx_central_base_hash[0] != 0)
 611     {
 612         fprintf(fp, "Branched from:      %s\n", _gmx_central_base_hash);
 613     }
 614 #endif
 615
 616 #ifdef GMX_DOUBLE
 617     fprintf(fp, "Precision:          double\n");
 618 #else
 619     fprintf(fp, "Precision:          single\n");
 620 #endif
 621     fprintf(fp, "Memory model:       %lu bit\n", 8*sizeof(void *));
 622
 623 #ifdef GMX_THREAD_MPI
 624     fprintf(fp, "MPI library:        thread_mpi\n");
 625 #elif defined(GMX_MPI)
 626     fprintf(fp, "MPI library:        MPI\n");
 627 #else
 628     fprintf(fp, "MPI library:        none\n");
 629 #endif
 630 #ifdef GMX_OPENMP
 631     fprintf(fp, "OpenMP support:     enabled\n");
 632 #else
 633     fprintf(fp, "OpenMP support:     disabled\n");
 634 #endif
 635 #ifdef GMX_GPU
 636     fprintf(fp, "GPU support:        enabled\n");
 637 #else
 638     fprintf(fp, "GPU support:        disabled\n");
 639 #endif
 640     /* A preprocessor trick to avoid duplicating logic from vec.h */
 641 #define gmx_stringify2(x) #x
 642 #define gmx_stringify(x) gmx_stringify2(x)
 643     fprintf(fp, "invsqrt routine:    %s\n", gmx_stringify(gmx_invsqrt(x)));
 644     fprintf(fp, "CPU acceleration:   %s\n", GMX_CPU_ACCELERATION_STRING);
 645
 646     fprintf(fp, "FFT library:        %s\n", gmx_fft_get_version_info());
 647 #ifdef GMX_LARGEFILES
 648     fprintf(fp, "Large file support: enabled\n");
 649 #else
 650     fprintf(fp, "Large file support: disabled\n");
 651 #endif
 652 #ifdef HAVE_RDTSCP
 653     fprintf(fp, "RDTSCP usage:       enabled\n");
 654 #else
 655     fprintf(fp, "RDTSCP usage:       disabled\n");
 656 #endif
 657
 658     fprintf(fp, "Built on:           %s\n", BUILD_TIME);
 659     fprintf(fp, "Built by:           %s\n", BUILD_USER);
 660     fprintf(fp, "Build OS/arch:      %s\n", BUILD_HOST);
 661     fprintf(fp, "Build CPU vendor:   %s\n", BUILD_CPU_VENDOR);
 662     fprintf(fp, "Build CPU brand:    %s\n", BUILD_CPU_BRAND);
 663     fprintf(fp, "Build CPU family:   %d   Model: %d   Stepping: %d\n",
 664             BUILD_CPU_FAMILY, BUILD_CPU_MODEL, BUILD_CPU_STEPPING);
 665     /* TODO: The below strings can be quite long, so it would be nice to wrap
 666      * them. Can wait for later, as the master branch has ready code to do all
 667      * that. */
 668     fprintf(fp, "Build CPU features: %s\n", BUILD_CPU_FEATURES);
 669     fprintf(fp, "C compiler:         %s\n", BUILD_C_COMPILER);
 670     fprintf(fp, "C compiler flags:   %s\n", BUILD_CFLAGS);
 671     fprintf(fp, "C++ compiler:       %s\n", BUILD_CXX_COMPILER);
 672     fprintf(fp, "C++ compiler flags: %s\n", BUILD_CXXFLAGS);
 673 #ifdef HAVE_LIBMKL
 674     /* MKL might be used for LAPACK/BLAS even if FFTs use FFTW, so keep it separate */
 675     fprintf(fp, "Linked with Intel MKL version %d.%d.%d.\n",
 676             __INTEL_MKL__, __INTEL_MKL_MINOR__, __INTEL_MKL_UPDATE__);
 677 #endif
 678 #ifdef GMX_GPU
 679     gmx_print_version_info_gpu(fp);
 680 #endif
 681 }
 682
 683 namespace gmx
 684 {
 685
 686 void printBinaryInformation(FILE *fp, const ProgramInfo &programInfo)
 687 {
 688     const char *precisionString = "";
 689 #ifdef GMX_DOUBLE
 690     precisionString = " (double precision)";
 691 #endif
 692     const std::string &name = programInfo.programName();
 693     fprintf(fp, "GROMACS:    %s, %s%s\n", name.c_str(),
 694             GromacsVersion(), precisionString);
 695     fprintf(fp, "Executable: %s\n", programInfo.programNameWithPath().c_str());
 696     fprintf(fp, "Command line:\n  %s\n", programInfo.commandLine().c_str());
 697     fprintf(fp, "\n");
 698 }
 699
 700 } // namespace gmx