src/gromacs/gmxana/sfactor.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  42 #include "gromacs/utility/futil.h"
  43 #include "gromacs/math/utilities.h"
  44 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "index.h"
  48 #include "gromacs/fileio/strdb.h"
  49 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  51 #include "typedefs.h"
  52 #include "oenv.h"
  53 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  55 #include "gromacs/fileio/matio.h"
  56 #include "names.h"
  57 #include "sfactor.h"
  58
  59
  60 typedef struct gmx_structurefactors {
  61     int    nratoms;
  62     int   *p;      /* proton number */
  63     int   *n;      /* neutron number */
  64     /* Parameters for the Cromer Mann fit */
  65     real **a;      /* parameter a */
  66     real **b;      /* parameter b */
  67     real  *c;      /* parameter c */
  68     char **atomnm; /* atomname */
  69
  70 } gmx_structurefactors;
  71
  72 typedef struct reduced_atom{
  73     rvec x;
  74     int  t;
  75 } reduced_atom;
  76
  77
  78 typedef struct structure_factor
  79 {
  80     int       n_angles;
  81     int       n_groups;
  82     double    lambda;
  83     double    energy;
  84     double    momentum;
  85     double    ref_k;
  86     double  **F;
  87     int       nSteps;
  88     int       total_n_atoms;
  89 } structure_factor;
  90
  91
  92 extern int * create_indexed_atom_type (reduced_atom_t * atm, int size)
  93 {
  94 /*
  95  * create an index of the atom types found in a  group
  96  * i.e.: for water index_atp[0]=type_number_of_O and
  97  *                 index_atp[1]=type_number_of_H
  98  *
  99  * the last element is set to 0
 100  */
 101     int          *index_atp, i, i_tmp, j;
 102
 103     reduced_atom *att = (reduced_atom *)atm;
 104
 105     snew (index_atp, 1);
 106     i_tmp        = 1;
 107     index_atp[0] = att[0].t;
 108     for (i = 1; i < size; i++)
 109     {
 110         for (j = 0; j < i_tmp; j++)
 111         {
 112             if (att[i].t == index_atp[j])
 113             {
 114                 break;
 115             }
 116         }
 117         if (j == i_tmp) /* i.e. no indexed atom type is  == to atm[i].t */
 118         {
 119             i_tmp++;
 120             srenew (index_atp, i_tmp * sizeof (int));
 121             index_atp[i_tmp - 1] = att[i].t;
 122         }
 123     }
 124     i_tmp++;
 125     srenew (index_atp, i_tmp * sizeof (int));
 126     index_atp[i_tmp - 1] = 0;
 127     return index_atp;
 128 }
 129
 130
 131
 132 extern t_complex *** rc_tensor_allocation(int x, int y, int z)
 133 {
 134     t_complex ***t;
 135     int          i, j;
 136
 137     snew(t, x);
 138     snew(t[0], x*y);
 139     snew(t[0][0], x*y*z);
 140
 141     for (j = 1; j < y; j++)
 142     {
 143         t[0][j] = t[0][j-1] + z;
 144     }
 145     for (i = 1; i < x; i++)
 146     {
 147         t[i]    = t[i-1] + y;
 148         t[i][0] = t[i-1][0] + y*z;
 149         for (j = 1; j < y; j++)
 150         {
 151             t[i][j] = t[i][j-1] + z;
 152         }
 153     }
 154     return t;
 155 }
 156
 157
 158 extern void compute_structure_factor (structure_factor_t * sft, matrix box,
 159                                       reduced_atom_t * red, int isize, real start_q,
 160                                       real end_q, int group, real **sf_table)
 161 {
 162     structure_factor *sf   = (structure_factor *)sft;
 163     reduced_atom     *redt = (reduced_atom *)red;
 164
 165     t_complex      ***tmpSF;
 166     rvec              k_factor;
 167     real              kdotx, asf, kx, ky, kz, krr;
 168     int               kr, maxkx, maxky, maxkz, i, j, k, p, *counter;
 169
 170
 171     k_factor[XX] = 2 * M_PI / box[XX][XX];
 172     k_factor[YY] = 2 * M_PI / box[YY][YY];
 173     k_factor[ZZ] = 2 * M_PI / box[ZZ][ZZ];
 174
 175     maxkx = (int) (end_q / k_factor[XX] + 0.5);
 176     maxky = (int) (end_q / k_factor[YY] + 0.5);
 177     maxkz = (int) (end_q / k_factor[ZZ] + 0.5);
 178
 179     snew (counter, sf->n_angles);
 180
 181     tmpSF = rc_tensor_allocation(maxkx, maxky, maxkz);
 182 /*
 183  * The big loop...
 184  * compute real and imaginary part of the structure factor for every
 185  * (kx,ky,kz))
 186  */
 187     fprintf(stderr, "\n");
 188     for (i = 0; i < maxkx; i++)
 189     {
 190         fprintf (stderr, "\rdone %3.1f%%     ", (double)(100.0*(i+1))/maxkx);
 191         kx = i * k_factor[XX];
 192         for (j = 0; j < maxky; j++)
 193         {
 194             ky = j * k_factor[YY];
 195             for (k = 0; k < maxkz; k++)
 196             {
 197                 if (i != 0 || j != 0 || k != 0)
 198                 {
 199                     kz  = k * k_factor[ZZ];
 200                     krr = sqrt (sqr (kx) + sqr (ky) + sqr (kz));
 201                     if (krr >= start_q && krr <= end_q)
 202                     {
 203                         kr = (int) (krr/sf->ref_k + 0.5);
 204                         if (kr < sf->n_angles)
 205                         {
 206                             counter[kr]++; /* will be used for the copmutation
 207                                               of the average*/
 208                             for (p = 0; p < isize; p++)
 209                             {
 210                                 asf = sf_table[redt[p].t][kr];
 211
 212                                 kdotx = kx * redt[p].x[XX] +
 213                                     ky * redt[p].x[YY] + kz * redt[p].x[ZZ];
 214
 215                                 tmpSF[i][j][k].re += cos (kdotx) * asf;
 216                                 tmpSF[i][j][k].im += sin (kdotx) * asf;
 217                             }
 218                         }
 219                     }
 220                 }
 221             }
 222         }
 223     }               /* end loop on i */
 224 /*
 225  *  compute the square modulus of the structure factor, averaging on the surface
 226  *  kx*kx + ky*ky + kz*kz = krr*krr
 227  *  note that this is correct only for a (on the macroscopic scale)
 228  *  isotropic system.
 229  */
 230     for (i = 0; i < maxkx; i++)
 231     {
 232         kx = i * k_factor[XX]; for (j = 0; j < maxky; j++)
 233         {
 234             ky = j * k_factor[YY]; for (k = 0; k < maxkz; k++)
 235             {
 236                 kz = k * k_factor[ZZ]; krr = sqrt (sqr (kx) + sqr (ky)
 237                                                    + sqr (kz)); if (krr >= start_q && krr <= end_q)
 238                 {
 239                     kr = (int) (krr / sf->ref_k + 0.5);
 240                     if (kr < sf->n_angles && counter[kr] != 0)
 241                     {
 242                         sf->F[group][kr] +=
 243                             (sqr (tmpSF[i][j][k].re) +
 244                              sqr (tmpSF[i][j][k].im))/ counter[kr];
 245                     }
 246                 }
 247             }
 248         }
 249     }
 250     sfree(counter);
 251     sfree(tmpSF[0][0]);
 252     sfree(tmpSF[0]);
 253     sfree(tmpSF);
 254 }
 255
 256
 257 extern gmx_structurefactors_t *gmx_structurefactors_init(const char *datfn)
 258 {
 259
 260     /* Read the database for the structure factor of the different atoms */
 261
 262     FILE                 *fp;
 263     char                  line[STRLEN];
 264     gmx_structurefactors *gsf;
 265     double                a1, a2, a3, a4, b1, b2, b3, b4, c;
 266     int                   p;
 267     int                   i;
 268     int                   nralloc = 10;
 269     int                   line_no;
 270     char                  atomn[32];
 271     fp      = libopen(datfn);
 272     line_no = 0;
 273     snew(gsf, 1);
 274
 275     snew(gsf->atomnm, nralloc);
 276     snew(gsf->a, nralloc);
 277     snew(gsf->b, nralloc);
 278     snew(gsf->c, nralloc);
 279     snew(gsf->p, nralloc);
 280     gsf->n       = NULL;
 281     gsf->nratoms = line_no;
 282     while (get_a_line(fp, line, STRLEN))
 283     {
 284         i = line_no;
 285         if (sscanf(line, "%s %d %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf",
 286                    atomn, &p, &a1, &a2, &a3, &a4, &b1, &b2, &b3, &b4, &c) == 11)
 287         {
 288             gsf->atomnm[i] = strdup(atomn);
 289             gsf->p[i]      = p;
 290             snew(gsf->a[i], 4);
 291             snew(gsf->b[i], 4);
 292             gsf->a[i][0] = a1;
 293             gsf->a[i][1] = a2;
 294             gsf->a[i][2] = a3;
 295             gsf->a[i][3] = a4;
 296             gsf->b[i][0] = b1;
 297             gsf->b[i][1] = b2;
 298             gsf->b[i][2] = b3;
 299             gsf->b[i][3] = b4;
 300             gsf->c[i]    = c;
 301             line_no++;
 302             gsf->nratoms = line_no;
 303             if (line_no == nralloc)
 304             {
 305                 nralloc += 10;
 306                 srenew(gsf->atomnm, nralloc);
 307                 srenew(gsf->a, nralloc);
 308                 srenew(gsf->b, nralloc);
 309                 srenew(gsf->c, nralloc);
 310                 srenew(gsf->p, nralloc);
 311             }
 312         }
 313         else
 314         {
 315             fprintf(stderr, "WARNING: Error in file %s at line %d ignored\n",
 316                     datfn, line_no);
 317         }
 318     }
 319
 320     srenew(gsf->atomnm, gsf->nratoms);
 321     srenew(gsf->a, gsf->nratoms);
 322     srenew(gsf->b, gsf->nratoms);
 323     srenew(gsf->c, gsf->nratoms);
 324     srenew(gsf->p, gsf->nratoms);
 325
 326     fclose(fp);
 327
 328     return (gmx_structurefactors_t *) gsf;
 329
 330 }
 331
 332
 333 extern void rearrange_atoms (reduced_atom_t * positions, t_trxframe *fr, atom_id * index,
 334                              int isize, t_topology * top, gmx_bool flag, gmx_structurefactors_t *gsf)
 335 /* given the group's index, return the (continuous) array of atoms */
 336 {
 337     int           i;
 338
 339     reduced_atom *pos = (reduced_atom *)positions;
 340
 341     if (flag)
 342     {
 343         for (i = 0; i < isize; i++)
 344         {
 345             pos[i].t =
 346                 return_atom_type (*(top->atoms.atomname[index[i]]), gsf);
 347         }
 348     }
 349     for (i = 0; i < isize; i++)
 350     {
 351         copy_rvec (fr->x[index[i]], pos[i].x);
 352     }
 353
 354     positions = (reduced_atom_t *)pos;
 355 }
 356
 357
 358 extern int return_atom_type (const char *name, gmx_structurefactors_t *gsf)
 359 {
 360     typedef struct {
 361         const char *name;
 362         int         nh;
 363     } t_united_h;
 364     t_united_h            uh[] = {
 365         { "CH1", 1 }, { "CH2", 2 }, { "CH3", 3 },
 366         { "CS1", 1 }, { "CS2", 2 }, { "CS3", 3 },
 367         { "CP1", 1 }, { "CP2", 2 }, { "CP3", 3 }
 368     };
 369     int                   i, cnt = 0;
 370     int                  *tndx;
 371     int                   nrc;
 372     int                   fndx = 0;
 373     int                   NCMT;
 374
 375     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 376
 377     NCMT = gsft->nratoms;
 378
 379     snew(tndx, NCMT);
 380
 381     for (i = 0; (i < asize(uh)); i++)
 382     {
 383         if (strcmp(name, uh[i].name) == 0)
 384         {
 385             return NCMT-1+uh[i].nh;
 386         }
 387     }
 388
 389     for (i = 0; (i < NCMT); i++)
 390     {
 391         if (strncmp (name, gsft->atomnm[i], strlen(gsft->atomnm[i])) == 0)
 392         {
 393             tndx[cnt] = i;
 394             cnt++;
 395         }
 396     }
 397
 398     if (cnt == 0)
 399     {
 400         gmx_fatal(FARGS, "\nError: atom (%s) not in list (%d types checked)!\n",
 401                   name, i);
 402     }
 403     else
 404     {
 405         nrc = 0;
 406         for (i = 0; i < cnt; i++)
 407         {
 408             if (strlen(gsft->atomnm[tndx[i]]) > (size_t)nrc)
 409             {
 410                 nrc  = strlen(gsft->atomnm[tndx[i]]);
 411                 fndx = tndx[i];
 412             }
 413         }
 414
 415         return fndx;
 416     }
 417
 418     return 0;
 419 }
 420
 421 extern int gmx_structurefactors_get_sf(gmx_structurefactors_t *gsf, int elem, real a[4], real b[4], real *c)
 422 {
 423
 424     int                   success;
 425     int                   i;
 426     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 427     success = 0;
 428
 429     for (i = 0; i < 4; i++)
 430     {
 431         a[i] = gsft->a[elem][i];
 432         b[i] = gsft->b[elem][i];
 433         *c   = gsft->c[elem];
 434     }
 435
 436     success += 1;
 437     return success;
 438 }
 439
 440 extern int do_scattering_intensity (const char* fnTPS, const char* fnNDX,
 441                                     const char* fnXVG, const char *fnTRX,
 442                                     const char* fnDAT,
 443                                     real start_q, real end_q,
 444                                     real energy, int ng, const output_env_t oenv)
 445 {
 446     int                     i, *isize, flags = TRX_READ_X, **index_atp;
 447     t_trxstatus            *status;
 448     char                  **grpname, title[STRLEN];
 449     atom_id               **index;
 450     t_topology              top;
 451     int                     ePBC;
 452     t_trxframe              fr;
 453     reduced_atom_t        **red;
 454     structure_factor       *sf;
 455     rvec                   *xtop;
 456     real                  **sf_table;
 457     int                     nsftable;
 458     matrix                  box;
 459     double                  r_tmp;
 460
 461     gmx_structurefactors_t *gmx_sf;
 462     real                   *a, *b, c;
 463     int                     success;
 464
 465     snew(a, 4);
 466     snew(b, 4);
 467
 468
 469     gmx_sf = gmx_structurefactors_init(fnDAT);
 470
 471     success = gmx_structurefactors_get_sf(gmx_sf, 0, a, b, &c);
 472
 473     snew (sf, 1);
 474     sf->energy = energy;
 475
 476     /* Read the topology informations */
 477     read_tps_conf (fnTPS, title, &top, &ePBC, &xtop, NULL, box, TRUE);
 478     sfree (xtop);
 479
 480     /* groups stuff... */
 481     snew (isize, ng);
 482     snew (index, ng);
 483     snew (grpname, ng);
 484
 485     fprintf (stderr, "\nSelect %d group%s\n", ng,
 486              ng == 1 ? "" : "s");
 487     if (fnTPS)
 488     {
 489         get_index (&top.atoms, fnNDX, ng, isize, index, grpname);
 490     }
 491     else
 492     {
 493         rd_index (fnNDX, ng, isize, index, grpname);
 494     }
 495
 496     /* The first time we read data is a little special */
 497     read_first_frame (oenv, &status, fnTRX, &fr, flags);
 498
 499     sf->total_n_atoms = fr.natoms;
 500
 501     snew (red, ng);
 502     snew (index_atp, ng);
 503
 504     r_tmp = max (box[XX][XX], box[YY][YY]);
 505     r_tmp = (double) max (box[ZZ][ZZ], r_tmp);
 506
 507     sf->ref_k = (2.0 * M_PI) / (r_tmp);
 508     /* ref_k will be the reference momentum unit */
 509     sf->n_angles = (int) (end_q / sf->ref_k + 0.5);
 510
 511     snew (sf->F, ng);
 512     for (i = 0; i < ng; i++)
 513     {
 514         snew (sf->F[i], sf->n_angles);
 515     }
 516     for (i = 0; i < ng; i++)
 517     {
 518         snew (red[i], isize[i]);
 519         rearrange_atoms (red[i], &fr, index[i], isize[i], &top, TRUE, gmx_sf);
 520         index_atp[i] = create_indexed_atom_type (red[i], isize[i]);
 521     }
 522
 523     sf_table = compute_scattering_factor_table (gmx_sf, (structure_factor_t *)sf);
 524
 525
 526     /* This is the main loop over frames */
 527
 528     do
 529     {
 530         sf->nSteps++;
 531         for (i = 0; i < ng; i++)
 532         {
 533             rearrange_atoms (red[i], &fr, index[i], isize[i], &top, FALSE, gmx_sf);
 534
 535             compute_structure_factor ((structure_factor_t *)sf, box, red[i], isize[i],
 536                                       start_q, end_q, i, sf_table);
 537         }
 538     }
 539
 540     while (read_next_frame (oenv, status, &fr));
 541
 542     save_data ((structure_factor_t *)sf, fnXVG, ng, start_q, end_q, oenv);
 543
 544
 545     sfree(a);
 546     sfree(b);
 547
 548     gmx_structurefactors_done(gmx_sf);
 549
 550     return 0;
 551 }
 552
 553
 554 extern void save_data (structure_factor_t *sft, const char *file, int ngrps,
 555                        real start_q, real end_q, const output_env_t oenv)
 556 {
 557
 558     FILE             *fp;
 559     int               i, g = 0;
 560     double           *tmp, polarization_factor, A;
 561
 562     structure_factor *sf = (structure_factor *)sft;
 563
 564     fp = xvgropen (file, "Scattering Intensity", "q (1/nm)",
 565                    "Intensity (a.u.)", oenv);
 566
 567     snew (tmp, ngrps);
 568
 569     for (g = 0; g < ngrps; g++)
 570     {
 571         for (i = 0; i < sf->n_angles; i++)
 572         {
 573
 574 /*
 575  *          theta is half the angle between incoming and scattered vectors.
 576  *
 577  *          polar. fact. = 0.5*(1+cos^2(2*theta)) = 1 - 0.5 * sin^2(2*theta)
 578  *
 579  *          sin(theta) = q/(2k) := A  ->  sin^2(theta) = 4*A^2 (1-A^2) ->
 580  *          -> 0.5*(1+cos^2(2*theta)) = 1 - 2 A^2 (1-A^2)
 581  */
 582             A                   = (double) (i * sf->ref_k) / (2.0 * sf->momentum);
 583             polarization_factor = 1 - 2.0 * sqr (A) * (1 - sqr (A));
 584             sf->F[g][i]        *= polarization_factor;
 585         }
 586     }
 587     for (i = 0; i < sf->n_angles; i++)
 588     {
 589         if (i * sf->ref_k >= start_q && i * sf->ref_k <= end_q)
 590         {
 591             fprintf (fp, "%10.5f  ", i * sf->ref_k);
 592             for (g = 0; g < ngrps; g++)
 593             {
 594                 fprintf (fp, "  %10.5f ", (sf->F[g][i]) /( sf->total_n_atoms*
 595                                                            sf->nSteps));
 596             }
 597             fprintf (fp, "\n");
 598         }
 599     }
 600
 601     gmx_ffclose (fp);
 602 }
 603
 604
 605 extern double CMSF (gmx_structurefactors_t *gsf, int type, int nh, double lambda, double sin_theta)
 606 /*
 607  * return Cromer-Mann fit for the atomic scattering factor:
 608  * sin_theta is the sine of half the angle between incoming and scattered
 609  * vectors. See g_sq.h for a short description of CM fit.
 610  */
 611 {
 612     int    i, success;
 613     double tmp = 0.0, k2;
 614     real  *a, *b;
 615     real   c;
 616
 617     snew(a, 4);
 618     snew(b, 4);
 619
 620     /*
 621      *
 622      * f0[k] = c + [SUM a_i*EXP(-b_i*(k^2)) ]
 623      *             i=1,4
 624      */
 625
 626     /*
 627      *  united atoms case
 628      *  CH2 / CH3 groups
 629      */
 630     if (nh > 0)
 631     {
 632         tmp = (CMSF (gsf, return_atom_type ("C", gsf), 0, lambda, sin_theta) +
 633                nh*CMSF (gsf, return_atom_type ("H", gsf), 0, lambda, sin_theta));
 634     }
 635     /* all atom case */
 636     else
 637     {
 638         k2      = (sqr (sin_theta) / sqr (10.0 * lambda));
 639         success = gmx_structurefactors_get_sf(gsf, type, a, b, &c);
 640         tmp     = c;
 641         for (i = 0; (i < 4); i++)
 642         {
 643             tmp += a[i] * exp (-b[i] * k2);
 644         }
 645     }
 646     return tmp;
 647 }
 648
 649
 650
 651 extern real **gmx_structurefactors_table(gmx_structurefactors_t *gsf, real momentum, real ref_k, real lambda, int n_angles)
 652 {
 653
 654     int                   NCMT;
 655     int                   nsftable;
 656     int                   i, j;
 657     double                q, sin_theta;
 658     real                **sf_table;
 659     gmx_structurefactors *gsft = (gmx_structurefactors *)gsf;
 660
 661     NCMT     = gsft->nratoms;
 662     nsftable = NCMT+3;
 663
 664     snew (sf_table, nsftable);
 665     for (i = 0; (i < nsftable); i++)
 666     {
 667         snew (sf_table[i], n_angles);
 668         for (j = 0; j < n_angles; j++)
 669         {
 670             q = ((double) j * ref_k);
 671             /* theta is half the angle between incoming
 672                and scattered wavevectors. */
 673             sin_theta = q / (2.0 * momentum);
 674             if (i < NCMT)
 675             {
 676                 sf_table[i][j] = CMSF (gsf, i, 0, lambda, sin_theta);
 677             }
 678             else
 679             {
 680                 sf_table[i][j] = CMSF (gsf, i, i-NCMT+1, lambda, sin_theta);
 681             }
 682         }
 683     }
 684     return sf_table;
 685 }
 686
 687 extern void gmx_structurefactors_done(gmx_structurefactors_t *gsf)
 688 {
 689
 690     int                   i;
 691     gmx_structurefactors *sf;
 692     sf = (gmx_structurefactors *) gsf;
 693
 694     for (i = 0; i < sf->nratoms; i++)
 695     {
 696         sfree(sf->a[i]);
 697         sfree(sf->b[i]);
 698         sfree(sf->atomnm[i]);
 699     }
 700
 701     sfree(sf->a);
 702     sfree(sf->b);
 703     sfree(sf->atomnm);
 704     sfree(sf->p);
 705     sfree(sf->c);
 706
 707     sfree(sf);
 708
 709 }
 710
 711 extern real **compute_scattering_factor_table (gmx_structurefactors_t *gsf, structure_factor_t *sft)
 712 {
 713 /*
 714  *  this function build up a table of scattering factors for every atom
 715  *  type and for every scattering angle.
 716  */
 717
 718     double            hc = 1239.842;
 719     real           ** sf_table;
 720
 721     structure_factor *sf = (structure_factor *)sft;
 722
 723
 724     /* \hbar \omega \lambda = hc = 1239.842 eV * nm */
 725     sf->momentum = ((double) (2. * 1000.0 * M_PI * sf->energy) / hc);
 726     sf->lambda   = hc / (1000.0 * sf->energy);
 727     fprintf (stderr, "\nwavelenght = %f nm\n", sf->lambda);
 728
 729     sf_table = gmx_structurefactors_table(gsf, sf->momentum, sf->ref_k, sf->lambda, sf->n_angles);
 730
 731     return sf_table;
 732 }