src/gromacs/gmxana/princ.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014,2015,2016, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_GMXANA_PRINC_H
  38 #define GMX_GMXANA_PRINC_H
  39
  40 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  41 #include "gromacs/topology/idef.h"
  42 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  43
  44 struct t_atom;
  45 struct t_atoms;
  46
  47 #ifdef __cplusplus
  48 extern "C" {
  49 #endif
  50
  51 void rotate_atoms(int gnx, int index[], rvec x[], matrix trans);
  52 /* Rotate all atoms in index using matrix trans */
  53
  54 void principal_comp(int n, const int index[], t_atom atom[], rvec x[],
  55                     matrix trans, rvec d);
  56 /* Calculate the principal components of atoms in index. Atoms are
  57  * mass weighted. It is assumed that the center of mass is in the origin!
  58  */
  59
  60 void orient_princ(const t_atoms *atoms, int isize, const int *index,
  61                   int natoms, rvec x[], rvec *v, rvec d);
  62 /* rotates molecule to align principal axes with coordinate axes */
  63
  64 real calc_xcm(const rvec x[], int gnx, const int *index, const t_atom *atom, rvec xcm,
  65               gmx_bool bQ);
  66 /* Calculate the center of mass of the atoms in index. if bQ then the atoms
  67  * will be charge weighted rather than mass weighted.
  68  * Returns the total mass/charge.
  69  */
  70
  71 real sub_xcm(rvec x[], int gnx, const int *index, const t_atom atom[], rvec xcm,
  72              gmx_bool bQ);
  73 /* Calc. the center of mass and subtract it from all coordinates.
  74  * Returns the original center of mass in xcm
  75  * Returns the total mass
  76  */
  77
  78 void add_xcm(rvec x[], int gnx, int *index, rvec xcm);
  79 /* Increment all atoms in index with xcm */
  80
  81 #ifdef __cplusplus
  82 }
  83 #endif
  84
  85 #endif