src/gromacs/gmxana/powerspect.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  41 #include "gromacs/fft/fft.h"
  42 #include "gmx_fatal.h"
  43 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  44 #include "interf.h"
  45 #include "powerspect.h"
  46
  47 void addtoavgenergy(t_complex *list, real *result, int size, int tsteps)
  48 {
  49     int i;
  50     for (i = 0; i < size; i++)
  51     {
  52         result[i] += cabs2(list[i])/tsteps;
  53     }
  54
  55 }
  56
  57
  58 void powerspectavg(real ***intftab, int tsteps, int xbins, int ybins, char **outfiles)
  59 {
  60     /*Fourier plans and output;*/
  61     gmx_fft_t  fftp;
  62     t_complex *ftspect1;            /* Spatial FFT of interface for each time frame and interface ftint[time,xycoord][0], ftintf[time,xycoord][1] for interface 1 and 2                 respectively */
  63     t_complex *ftspect2;
  64     real      *pspectavg1;          /*power -spectrum 1st interface*/
  65     real      *pspectavg2;          /* -------------- 2nd interface*/
  66     real      *temp;
  67     FILE      *datfile1, *datfile2; /*data-files with interface data*/
  68     int        n;                   /*time index*/
  69     int        fy  = ybins/2+1;     /* number of (symmetric) fourier y elements; */
  70     int        rfl = xbins*fy;      /*length of real - DFT == Symmetric 2D matrix*/
  71     int        status;
  72
  73 /*Prepare data structures for FFT, with time averaging of power spectrum*/
  74     if ( (status = gmx_fft_init_2d_real(&fftp, xbins, ybins, GMX_FFT_FLAG_NONE) ) != 0)
  75     {
  76         free(fftp);
  77         gmx_fatal(status, __FILE__, __LINE__, "Error allocating FFT");
  78     }
  79
  80 /*Initialize arrays*/
  81     snew(ftspect1, rfl);
  82     snew(ftspect2, rfl);
  83     snew(temp, rfl);
  84     snew(pspectavg1, rfl);
  85     snew(pspectavg2, rfl);
  86
  87 /*Fouriertransform directly (no normalization or anything)*/
  88 /*NB! Check carefully indexes here*/
  89
  90     for (n = 0; n < tsteps; n++)
  91     {
  92         gmx_fft_2d_real(fftp, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, intftab[0][n], ftspect1);
  93         gmx_fft_2d_real(fftp, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, intftab[1][n], ftspect2);
  94
  95         /*Add to average for interface 1 here*/
  96         addtoavgenergy(ftspect1, pspectavg1, rfl, tsteps);
  97         /*Add to average for interface 2 here*/
  98         addtoavgenergy(ftspect2, pspectavg2, rfl, tsteps);
  99     }
 100     /*Print out average energy-spectrum to outfiles[0] and outfiles[1];*/
 101
 102     datfile1 = gmx_ffopen(outfiles[0], "w");
 103     datfile2 = gmx_ffopen(outfiles[1], "w");
 104
 105 /*Filling dat files with spectral data*/
 106     fprintf(datfile1, "%s\n", "kx\t ky\t\tPower(kx,ky)");
 107     fprintf(datfile2, "%s\n", "kx\t ky\t\tPower(kx,ky)");
 108     for (n = 0; n < rfl; n++)
 109     {
 110         fprintf(datfile1, "%d\t%d\t %8.6f\n", (n / fy), (n % fy), pspectavg1[n]);
 111         fprintf(datfile2, "%d\t%d\t %8.6f\n", (n /fy), (n % fy), pspectavg2[n]);
 112     }
 113     gmx_ffclose(datfile1);
 114     gmx_ffclose(datfile2);
 115
 116     free(ftspect1);
 117     free(ftspect2);
 118
 119 }
 120
 121 void powerspectavg_intf(t_interf ***if1, t_interf ***if2, int t, int xb, int yb, char **fnms)
 122 {
 123     real ***surf;
 124
 125     int     xy = xb*yb;
 126     int     i, n;
 127
 128     snew(surf, 2);
 129     snew(surf[0], t);
 130     snew(surf[1], t);
 131     for (n = 0; n < t; n++)
 132     {
 133         snew(surf[0][n], xy);
 134         snew(surf[1][n], xy);
 135         for (i = 0; i < xy; i++)
 136         {
 137             surf[0][n][i] = if1[n][i]->Z;
 138             surf[1][n][i] = if2[n][i]->Z;
 139         }
 140     }
 141     powerspectavg(surf, t, xb, yb, fnms);
 142 }