src/gromacs/gmxana/nrama.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXANA_NRAMA_H
  39 #define GMX_GMXANA_NRAMA_H
  40
  41 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  42 #include "gromacs/topology/topology.h"
  43 #include "gromacs/utility/real.h"
  44
  45 struct gmx_output_env_t;
  46
  47 typedef struct
  48 {
  49     gmx_bool bShow;
  50     char*    label;
  51     int      iphi, ipsi; /* point in the dih array of xr... */
  52 } t_phipsi;
  53
  54 typedef struct
  55 {
  56     int  ai[4];
  57     int  mult;
  58     real phi0;
  59     real ang;
  60 } t_dih;
  61
  62 typedef struct
  63 {
  64     int               ndih;
  65     t_dih*            dih;
  66     int               npp;
  67     t_phipsi*         pp;
  68     t_trxstatus*      traj;
  69     int               natoms;
  70     int               amin, amax;
  71     real              t;
  72     rvec*             x;
  73     matrix            box;
  74     t_idef*           idef;
  75     int               ePBC;
  76     gmx_output_env_t* oenv;
  77 } t_xrama;
  78
  79 t_topology* init_rama(gmx_output_env_t* oenv, const char* infile, const char* topfile, t_xrama* xr, int mult);
  80
  81 gmx_bool new_data(t_xrama* xr);
  82
  83 #endif /* GMX_GMXANA_NRAMA_H */