src/gromacs/gmxana/legacytests/gmx_traj_tests.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for gmx traj
  38  *
  39  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  40  * \ingroup module_integration_tests
  41  */
  42
  43 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  44 #include "testutils/integrationtests.h"
  45 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  46
  47 namespace
  48 {
  49
  50 //! Test fixture for gmx traj
  51 typedef gmx::test::IntegrationTestFixture GmxTrajTest;
  52
  53 class GmxTrajTestNoFatalError : public GmxTrajTest
  54 {
  55     public:
  56         GmxTrajTestNoFatalError() : groFileName(fileManager_.getInputFilePath("spc2.gro")),
  57                                     xvgFileName(fileManager_.getTemporaryFilePath("spc2.xvg"))
  58         {
  59         }
  60
  61         int runTest(const char *fileName)
  62         {
  63             gmx::test::CommandLine caller;
  64             caller.append("traj");
  65
  66             caller.addOption("-s",  groFileName);
  67             caller.addOption("-ox", xvgFileName);
  68
  69             std::string inputTrajectoryFileName = fileManager_.getInputFilePath(fileName).c_str();
  70             caller.addOption("-f", inputTrajectoryFileName);
  71
  72             redirectStringToStdin("0\n");
  73
  74             return gmx_traj(caller.argc(), caller.argv());
  75         }
  76
  77         std::string groFileName;
  78         std::string xvgFileName;
  79 };
  80
  81 /* There are fancy ways to use "value-parameterized tests" to reduce
  82  * the duplication below, but for the handful of file formats we care
  83  * about, the code would probably get longer (and need fancy template
  84  * stuff, too).
  85  */
  86
  87 /* TODO These tests are actually not very effective, because gmx-traj
  88  * can only return 0 or exit via gmx_fatal() (which currently also
  89  * exits the test binary). So, "no XDR/TNG support in the binary"
  90  * leads to the reading test appearing to pass. Still, no fatal error
  91  * and no segfault is useful information while modifying such code. */
  92 TEST_F(GmxTrajTestNoFatalError, TRRFile)
  93 {
  94     runTest("spc2-traj.trr");
  95 }
  96
  97 TEST_F(GmxTrajTestNoFatalError, XTCFile)
  98 {
  99     runTest("spc2-traj.xtc");
 100 }
 101
 102 TEST_F(GmxTrajTestNoFatalError, GROFile)
 103 {
 104     runTest("spc2-traj.gro");
 105 }
 106
 107 TEST_F(GmxTrajTestNoFatalError, PDBFile)
 108 {
 109     runTest("spc2-traj.pdb");
 110 }
 111
 112 TEST_F(GmxTrajTestNoFatalError, G96File)
 113 {
 114     runTest("spc2-traj.g96");
 115 }
 116
 117 // .g87 file reading has been broken since at least v4.5
 118 // proposed on gmx-developers for removing that support
 119 TEST_F(GmxTrajTestNoFatalError, DISABLED_G87File)
 120 {
 121     redirectStringToStdin("0\n4\n6\n0.0\n");
 122     runTest("spc2-traj.g87");
 123 }
 124
 125 } // namespace