src/gromacs/gmxana/hxprops.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35
  36 #ifndef _hxprops_h
  37 #define _hxprops_h
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "typedefs.h"
  41
  42 #define PHI_AHX (-55.0)
  43 #define PSI_AHX (-45.0)
  44 /* Canonical values of the helix phi/psi angles */
  45
  46
  47 typedef struct {
  48     real     phi, psi, pprms2;
  49     real     jcaha;
  50     real     d3, d4, d5, rmsa;
  51     gmx_bool bHelix;
  52     int      nhx;
  53     int      nrms, resno;
  54     int      Cprev, N, H, CA, C, O, Nnext;
  55     char     label[32];
  56 } t_bb;
  57
  58 enum {
  59     efhRAD,  efhTWIST, efhRISE, efhLEN,
  60     efhDIP,  efhRMS,   efhRMSA, efhCD222,
  61     efhPPRMS, efhCPHI,  efhPHI,  efhPSI,
  62     efhHB3,  efhHB4,   efhHB5,  efhJCA,
  63     efhAHX,  efhNR
  64 };
  65
  66 extern real ahx_len(int gnx, atom_id index[], rvec x[], matrix box);
  67 /* Assume we have a list of Calpha atoms only! */
  68
  69 extern real ellipticity(int nres, t_bb bb[]);
  70
  71 extern real radius(FILE *fp, int nca, atom_id ca_index[], rvec x[]);
  72 /* Assume we have calphas */
  73
  74 extern real twist(FILE *fp, int nca, atom_id caindex[], rvec x[]);
  75 /* Calculate the twist of the helix */
  76
  77 extern real pprms(FILE *fp, int nbb, t_bb bb[]);
  78 /* Calculate the average RMS from canonical phi/psi values
  79  * and the distance per residue
  80  */
  81
  82 extern real ca_phi(int gnx, atom_id index[], rvec x[], matrix box);
  83 /* Assume we have a list of Calpha atoms only! */
  84
  85 extern real dip(int nbb, atom_id bbind[], rvec x[], t_atom atom[]);
  86
  87 extern real rise(int gnx, atom_id index[], rvec x[]);
  88 /* Assume we have a list of Calpha atoms only! */
  89
  90 extern void av_hblen(FILE *fp3, FILE *fp3a,
  91                      FILE *fp4, FILE *fp4a,
  92                      FILE *fp5, FILE *fp5a,
  93                      real t, int nres, t_bb bb[]);
  94
  95 extern void av_phipsi(FILE *fphi, FILE *fpsi, FILE *fphi2, FILE *fpsi2,
  96                       real t, int nres, t_bb bb[]);
  97
  98 extern t_bb *mkbbind(const char *fn, int *nres, int *nbb, int res0,
  99                      int *nall, atom_id **index,
 100                      char ***atomname, t_atom atom[],
 101                      t_resinfo *resinfo);
 102
 103 extern void do_start_end(int nres, t_bb bb[], rvec x[], int *nbb,
 104                          atom_id bbindex[], int *nca, atom_id caindex[],
 105                          gmx_bool bRange, int rStart, int rEnd);
 106
 107 extern void calc_hxprops(int nres, t_bb bb[], rvec x[], matrix box);
 108
 109 extern void pr_bb(FILE *fp, int nres, t_bb bb[]);
 110
 111 #endif