src/gromacs/gmxana/gmx_wheel.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <math.h>
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "physics.h"
  44 #include "string2.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "smalloc.h"
  47 #include "macros.h"
  48 #include "vec.h"
  49 #include "xvgr.h"
  50 #include "pbc.h"
  51 #include "copyrite.h"
  52 #include "futil.h"
  53 #include "strdb.h"
  54 #include "statutil.h"
  55 #include "pbc.h"
  56 #include "index.h"
  57 #include "gstat.h"
  58 #include "gmx_fatal.h"
  59 #include "writeps.h"
  60 #include "strdb.h"
  61 #include "gmx_ana.h"
  62
  63 static gmx_bool *bPhobics(int nres, char *resnm[])
  64 {
  65     int       i, nb;
  66     char    **cb;
  67     gmx_bool *bb;
  68
  69     nb = get_strings("phbres.dat", &cb);
  70     snew(bb, nres);
  71
  72     for (i = 0; (i < nres); i++)
  73     {
  74         if (search_str(nb, cb, resnm[i]) != -1)
  75         {
  76             bb[i] = TRUE;
  77         }
  78     }
  79     return bb;
  80 }
  81
  82 void wheel(const char *fn, int nres, char *resnm[], int r0, real rot0, char *title)
  83 {
  84     const real fontsize  = 16;
  85     const real gray      = 0.9;
  86     const real fontasp   = 0.6;
  87     const real fontwidth = fontsize*fontasp;
  88
  89     t_psdata   out;
  90     int        i, sl, slen;
  91     real       ring, inner, outer;
  92     real       xc, yc, box;
  93     gmx_bool  *bPh;
  94     char     **rnms;
  95     char       sign;
  96
  97     inner = 75.0;
  98     slen  = 0;
  99     snew(rnms, nres);
 100     for (i = 0; (i < nres); i++)
 101     {
 102         snew(rnms[i], 256);
 103         sl   = strlen(resnm[i]);
 104         sign = resnm[i][sl-1];
 105         if ((sign == '+') || (sign == '-'))
 106         {
 107             resnm[i][sl-1] = '\0';
 108         }
 109         sprintf(rnms[i], "%s-%d", resnm[i], i+r0);
 110         if ((sign == '+') || (sign == '-'))
 111         {
 112             sl            = strlen(rnms[i]);
 113             rnms[i][sl]   = sign;
 114             rnms[i][sl+1] = '\0';
 115         }
 116
 117         slen = max(slen, (int)strlen(rnms[i]));
 118     }
 119     ring  = (2+slen)*fontwidth;
 120     outer = inner+ring;
 121     box   = inner*1.5+(1+(nres / 18))*ring;
 122
 123     bPh = bPhobics(nres, resnm);
 124
 125     out = ps_open(fn, 0, 0, 2.0*box, 2.0*box);
 126     xc  = box;
 127     yc  = box;
 128
 129     ps_font(out, efontHELV, 1.5*fontsize);
 130     ps_translate(out, xc, yc);
 131     if (title)
 132     {
 133         ps_ctext(out, 0, -fontsize*1.5/2.0, title, eXCenter);
 134     }
 135     ps_font(out, efontHELV, fontsize);
 136     ps_rotate(out, rot0);
 137     for (i = 0; (i < nres); )
 138     {
 139         if (bPh[i])
 140         {
 141             ps_color(out, gray, gray, gray);
 142             ps_fillarcslice(out, 0, 0, inner, outer, -10, 10);
 143             ps_color(out, 0, 0, 0);
 144         }
 145         ps_arcslice(out, 0, 0, inner, outer, -10, 10);
 146
 147         ps_ctext(out, inner+fontwidth, -fontsize/2.0, rnms[i], eXLeft);
 148         ps_rotate(out, -100);
 149         i++;
 150
 151         if ((i % 18) == 0)
 152         {
 153             inner  = outer;
 154             outer += ring;
 155         }
 156     }
 157     ps_close(out);
 158 }
 159
 160 void wheel2(const char *fn, int nres, char *resnm[], int r0, real rot0, char *title)
 161 {
 162     const real fontsize  = 14;
 163     const real gray      = 0.9;
 164     const real fontasp   = 0.45;
 165     const int  angle     = 9;
 166     const real fontwidth = fontsize*fontasp;
 167
 168     t_psdata   out;
 169     int        i, slen;
 170     real       ring, inner, outer;
 171     real       xc, yc, box;
 172
 173     inner = 60.0;
 174     slen  = 0;
 175     for (i = 0; (i < nres); i++)
 176     {
 177         slen = max(slen, (int)strlen(resnm[i]));
 178     }
 179     fprintf(stderr, "slen = %d\n", slen);
 180     ring  = (slen)*fontwidth;
 181     outer = inner+ring;
 182     box   = (1+(nres / (2*angle)))*outer;
 183
 184     out = ps_open(fn, 0, 0, 2.0*box, 2.0*box);
 185     xc  = box;
 186     yc  = box;
 187
 188     ps_font(out, efontHELV, 1.5*fontsize);
 189     ps_translate(out, xc, yc);
 190     ps_color(out, 0, 0, 0);
 191     if (title)
 192     {
 193         ps_ctext(out, 0, -fontsize*1.5/2.0, title, eXCenter);
 194     }
 195     ps_font(out, efontHELV, fontsize);
 196
 197     ps_rotate(out, rot0);
 198     for (i = 0; (i < nres); )
 199     {
 200         if ((i % 5) == 4)
 201         {
 202             ps_color(out, gray, gray, 1.0);
 203             ps_fillarcslice(out, 0, 0, inner, outer, -angle, angle);
 204             ps_color(out, 0, 0, 0);
 205         }
 206         ps_arcslice(out, 0, 0, inner, outer, -angle, angle);
 207
 208         ps_ctext(out, inner+fontwidth, -fontsize/2.0, resnm[i], eXLeft);
 209         ps_rotate(out, -2*angle);
 210         i++;
 211
 212         if ((i % (2*angle)) == 0)
 213         {
 214             inner  = outer;
 215             outer += ring;
 216         }
 217     }
 218     ps_close(out);
 219 }
 220
 221 int gmx_wheel(int argc, char *argv[])
 222 {
 223     const char     *desc[] = {
 224         "[TT]g_wheel[tt] plots a helical wheel representation of your sequence.",
 225         "The input sequence is in the [TT].dat[tt] file where the first line contains",
 226         "the number of residues and each consecutive line contains a residue "
 227         "name."
 228     };
 229     output_env_t    oenv;
 230     static real     rot0  = 0;
 231     static gmx_bool bNum  = TRUE;
 232     static char    *title = NULL;
 233     static int      r0    = 1;
 234     t_pargs         pa [] = {
 235         { "-r0",  FALSE, etINT, {&r0},
 236           "The first residue number in the sequence" },
 237         { "-rot0", FALSE, etREAL, {&rot0},
 238           "Rotate around an angle initially (90 degrees makes sense)" },
 239         { "-T",   FALSE, etSTR, {&title},
 240           "Plot a title in the center of the wheel (must be shorter than 10 characters, or it will overwrite the wheel)" },
 241         { "-nn",  FALSE, etBOOL, {&bNum},
 242           "Toggle numbers" }
 243     };
 244     t_filenm        fnm[] = {
 245         { efDAT, "-f", NULL,  ffREAD  },
 246         { efEPS, "-o", NULL,  ffWRITE }
 247     };
 248 #define NFILE asize(fnm)
 249
 250     int    i, nres;
 251     char **resnm;
 252
 253     parse_common_args(&argc, argv, PCA_BE_NICE, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 254                       asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv);
 255
 256     for (i = 1; (i < argc); i++)
 257     {
 258         if (strcmp(argv[i], "-r0") == 0)
 259         {
 260             r0 = strtol(argv[++i], NULL, 10);
 261             fprintf(stderr, "First residue is %d\n", r0);
 262         }
 263         else if (strcmp(argv[i], "-rot0") == 0)
 264         {
 265             rot0 = strtod(argv[++i], NULL);
 266             fprintf(stderr, "Initial rotation is %g\n", rot0);
 267         }
 268         else if (strcmp(argv[i], "-T") == 0)
 269         {
 270             title = strdup(argv[++i]);
 271             fprintf(stderr, "Title will be '%s'\n", title);
 272         }
 273         else if (strcmp(argv[i], "-nn") == 0)
 274         {
 275             bNum = FALSE;
 276             fprintf(stderr, "No residue numbers\n");
 277         }
 278         else
 279         {
 280             gmx_fatal(FARGS, "Incorrect usage of option %s", argv[i]);
 281         }
 282     }
 283
 284     nres = get_lines(ftp2fn(efDAT, NFILE, fnm), &resnm);
 285     if (bNum)
 286     {
 287         wheel(ftp2fn(efEPS, NFILE, fnm), nres, resnm, r0, rot0, title);
 288     }
 289     else
 290     {
 291         wheel2(ftp2fn(efEPS, NFILE, fnm), nres, resnm, r0, rot0, title);
 292     }
 293
 294     thanx(stderr);
 295
 296     return 0;
 297 }