src/gromacs/gmxana/gmx_tune_pme.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "config.h"
  38
  39 #include <cmath>
  40 #include <cstdlib>
  41 #include <cstring>
  42 #include <ctime>
  43
  44 #include <algorithm>
  45
  46 #ifdef HAVE_SYS_TIME_H
  47 #include <sys/time.h>
  48 #endif
  49
  50 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  51 #include "gromacs/ewald/pme.h"
  52 #include "gromacs/fft/calcgrid.h"
  53 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  54 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  55 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  56 #include "gromacs/math/utilities.h"
  57 #include "gromacs/math/vec.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/perf_est.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  63 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  64 #include "gromacs/timing/walltime_accounting.h"
  65 #include "gromacs/topology/topology.h"
  66 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  67 #include "gromacs/utility/baseversion.h"
  68 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  69 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  70 #include "gromacs/utility/futil.h"
  71 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  72 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  73
  74 /* Enum for situations that can occur during log file parsing, the
  75  * corresponding string entries can be found in do_the_tests() in
  76  * const char* ParseLog[] */
  77 /* TODO clean up CamelCasing of these enum names */
  78 enum {
  79     eParselogOK,
  80     eParselogNotFound,
  81     eParselogNoPerfData,
  82     eParselogTerm,
  83     eParselogResetProblem,
  84     eParselogNoDDGrid,
  85     eParselogTPXVersion,
  86     eParselogNotParallel,
  87     eParselogLargePrimeFactor,
  88     eParselogMismatchOfNumberOfPPRanksAndAvailableGPUs,
  89     eParselogGpuProblem,
  90     eParselogFatal,
  91     eParselogNr
  92 };
  93
  94
  95 typedef struct
  96 {
  97     int     nPMEnodes;    /* number of PME-only nodes used in this test */
  98     int     nx, ny, nz;   /* DD grid */
  99     int     guessPME;     /* if nPMEnodes == -1, this is the guessed number of PME nodes */
 100     double *Gcycles;      /* This can contain more than one value if doing multiple tests */
 101     double  Gcycles_Av;
 102     float  *ns_per_day;
 103     float   ns_per_day_Av;
 104     float  *PME_f_load;     /* PME mesh/force load average*/
 105     float   PME_f_load_Av;  /* Average average ;) ... */
 106     char   *mdrun_cmd_line; /* Mdrun command line used for this test */
 107 } t_perf;
 108
 109
 110 typedef struct
 111 {
 112     int             nr_inputfiles;   /* The number of tpr and mdp input files */
 113     gmx_int64_t     orig_sim_steps;  /* Number of steps to be done in the real simulation */
 114     gmx_int64_t     orig_init_step;  /* Init step for the real simulation */
 115     real           *rcoulomb;        /* The coulomb radii [0...nr_inputfiles] */
 116     real           *rvdw;            /* The vdW radii */
 117     real           *rlist;           /* Neighbourlist cutoff radius */
 118     int            *nkx, *nky, *nkz;
 119     real           *fsx, *fsy, *fsz; /* Fourierspacing in x,y,z dimension */
 120 } t_inputinfo;
 121
 122
 123 static void sep_line(FILE *fp)
 124 {
 125     fprintf(fp, "\n------------------------------------------------------------\n");
 126 }
 127
 128
 129 /* Wrapper for system calls */
 130 static int gmx_system_call(char *command)
 131 {
 132     return ( system(command) );
 133 }
 134
 135
 136 /* Check if string starts with substring */
 137 static gmx_bool str_starts(const char *string, const char *substring)
 138 {
 139     return ( std::strncmp(string, substring, std::strlen(substring)) == 0);
 140 }
 141
 142
 143 static void cleandata(t_perf *perfdata, int test_nr)
 144 {
 145     perfdata->Gcycles[test_nr]    = 0.0;
 146     perfdata->ns_per_day[test_nr] = 0.0;
 147     perfdata->PME_f_load[test_nr] = 0.0;
 148
 149     return;
 150 }
 151
 152
 153 static void remove_if_exists(const char *fn)
 154 {
 155     if (gmx_fexist(fn))
 156     {
 157         fprintf(stdout, "Deleting %s\n", fn);
 158         remove(fn);
 159     }
 160 }
 161
 162
 163 static void finalize(const char *fn_out)
 164 {
 165     char  buf[STRLEN];
 166     FILE *fp;
 167
 168
 169     fp = fopen(fn_out, "r");
 170     fprintf(stdout, "\n\n");
 171
 172     while (fgets(buf, STRLEN-1, fp) != nullptr)
 173     {
 174         fprintf(stdout, "%s", buf);
 175     }
 176     fclose(fp);
 177     fprintf(stdout, "\n\n");
 178 }
 179
 180
 181 enum {
 182     eFoundNothing, eFoundDDStr, eFoundAccountingStr, eFoundCycleStr
 183 };
 184
 185 static int parse_logfile(const char *logfile, const char *errfile,
 186                          t_perf *perfdata, int test_nr, int presteps, gmx_int64_t cpt_steps,
 187                          int nnodes)
 188 {
 189     FILE           *fp;
 190     char            line[STRLEN], dumstring[STRLEN], dumstring2[STRLEN];
 191     const char      matchstrdd[]  = "Domain decomposition grid";
 192     const char      matchstrcr[]  = "resetting all time and cycle counters";
 193     const char      matchstrbal[] = "Average PME mesh/force load:";
 194     const char      matchstring[] = "R E A L   C Y C L E   A N D   T I M E   A C C O U N T I N G";
 195     const char      errSIG[]      = "signal, stopping at the next";
 196     int             iFound;
 197     float           dum1, dum2, dum3, dum4;
 198     int             ndum;
 199     int             npme;
 200     gmx_int64_t     resetsteps     = -1;
 201     gmx_bool        bFoundResetStr = FALSE;
 202     gmx_bool        bResetChecked  = FALSE;
 203
 204
 205     if (!gmx_fexist(logfile))
 206     {
 207         fprintf(stderr, "WARNING: Could not find logfile %s.\n", logfile);
 208         cleandata(perfdata, test_nr);
 209         return eParselogNotFound;
 210     }
 211
 212     fp = fopen(logfile, "r");
 213     perfdata->PME_f_load[test_nr] = -1.0;
 214     perfdata->guessPME            = -1;
 215
 216     iFound = eFoundNothing;
 217     if (1 == nnodes)
 218     {
 219         iFound = eFoundDDStr; /* Skip some case statements */
 220     }
 221
 222     while (fgets(line, STRLEN, fp) != nullptr)
 223     {
 224         /* Remove leading spaces */
 225         ltrim(line);
 226
 227         /* Check for TERM and INT signals from user: */
 228         if (std::strstr(line, errSIG) != nullptr)
 229         {
 230             fclose(fp);
 231             cleandata(perfdata, test_nr);
 232             return eParselogTerm;
 233         }
 234
 235         /* Check whether cycle resetting  worked */
 236         if (presteps > 0 && !bFoundResetStr)
 237         {
 238             if (std::strstr(line, matchstrcr) != nullptr)
 239             {
 240                 sprintf(dumstring, "step %s", "%" GMX_SCNd64);
 241                 sscanf(line, dumstring, &resetsteps);
 242                 bFoundResetStr = TRUE;
 243                 if (resetsteps == presteps+cpt_steps)
 244                 {
 245                     bResetChecked = TRUE;
 246                 }
 247                 else
 248                 {
 249                     sprintf(dumstring, "%" GMX_PRId64, resetsteps);
 250                     sprintf(dumstring2, "%" GMX_PRId64, presteps+cpt_steps);
 251                     fprintf(stderr, "WARNING: Time step counters were reset at step %s,\n"
 252                             "         though they were supposed to be reset at step %s!\n",
 253                             dumstring, dumstring2);
 254                 }
 255             }
 256         }
 257
 258         /* Look for strings that appear in a certain order in the log file: */
 259         switch (iFound)
 260         {
 261             case eFoundNothing:
 262                 /* Look for domain decomp grid and separate PME nodes: */
 263                 if (str_starts(line, matchstrdd))
 264                 {
 265                     sscanf(line, "Domain decomposition grid %d x %d x %d, separate PME ranks %d",
 266                            &(perfdata->nx), &(perfdata->ny), &(perfdata->nz), &npme);
 267                     if (perfdata->nPMEnodes == -1)
 268                     {
 269                         perfdata->guessPME = npme;
 270                     }
 271                     else if (perfdata->nPMEnodes != npme)
 272                     {
 273                         gmx_fatal(FARGS, "PME ranks from command line and output file are not identical");
 274                     }
 275                     iFound = eFoundDDStr;
 276                 }
 277                 /* Catch a few errors that might have occurred: */
 278                 else if (str_starts(line, "There is no domain decomposition for"))
 279                 {
 280                     fclose(fp);
 281                     return eParselogNoDDGrid;
 282                 }
 283                 else if (str_starts(line, "The number of ranks you selected"))
 284                 {
 285                     fclose(fp);
 286                     return eParselogLargePrimeFactor;
 287                 }
 288                 else if (str_starts(line, "reading tpx file"))
 289                 {
 290                     fclose(fp);
 291                     return eParselogTPXVersion;
 292                 }
 293                 else if (str_starts(line, "The -dd or -npme option request a parallel simulation"))
 294                 {
 295                     fclose(fp);
 296                     return eParselogNotParallel;
 297                 }
 298                 break;
 299             case eFoundDDStr:
 300                 /* Even after the "Domain decomposition grid" string was found,
 301                  * it could be that mdrun had to quit due to some error. */
 302                 if (str_starts(line, "Incorrect launch configuration: mismatching number of"))
 303                 {
 304                     fclose(fp);
 305                     return eParselogMismatchOfNumberOfPPRanksAndAvailableGPUs;
 306                 }
 307                 else if (str_starts(line, "Some of the requested GPUs do not exist"))
 308                 {
 309                     fclose(fp);
 310                     return eParselogGpuProblem;
 311                 }
 312                 /* Look for PME mesh/force balance (not necessarily present, though) */
 313                 else if (str_starts(line, matchstrbal))
 314                 {
 315                     sscanf(&line[std::strlen(matchstrbal)], "%f", &(perfdata->PME_f_load[test_nr]));
 316                 }
 317                 /* Look for matchstring */
 318                 else if (str_starts(line, matchstring))
 319                 {
 320                     iFound = eFoundAccountingStr;
 321                 }
 322                 break;
 323             case eFoundAccountingStr:
 324                 /* Already found matchstring - look for cycle data */
 325                 if (str_starts(line, "Total  "))
 326                 {
 327                     sscanf(line, "Total %*f %lf", &(perfdata->Gcycles[test_nr]));
 328                     iFound = eFoundCycleStr;
 329                 }
 330                 break;
 331             case eFoundCycleStr:
 332                 /* Already found cycle data - look for remaining performance info and return */
 333                 if (str_starts(line, "Performance:"))
 334                 {
 335                     ndum = sscanf(line, "%s %f %f %f %f", dumstring, &dum1, &dum2, &dum3, &dum4);
 336                     /* (ns/day) is the second last entry, depending on whether GMX_DETAILED_PERF_STATS was set in print_perf(), nrnb.c */
 337                     perfdata->ns_per_day[test_nr] = (ndum == 5) ? dum3 : dum1;
 338                     fclose(fp);
 339                     if (bResetChecked || presteps == 0)
 340                     {
 341                         return eParselogOK;
 342                     }
 343                     else
 344                     {
 345                         return eParselogResetProblem;
 346                     }
 347                 }
 348                 break;
 349         }
 350     } /* while */
 351
 352     /* Close the log file */
 353     fclose(fp);
 354
 355     /* Check why there is no performance data in the log file.
 356      * Did a fatal errors occur? */
 357     if (gmx_fexist(errfile))
 358     {
 359         fp = fopen(errfile, "r");
 360         while (fgets(line, STRLEN, fp) != nullptr)
 361         {
 362             if (str_starts(line, "Fatal error:") )
 363             {
 364                 if (fgets(line, STRLEN, fp) != nullptr)
 365                 {
 366                     fprintf(stderr, "\nWARNING: An error occurred during this benchmark:\n"
 367                             "%s\n", line);
 368                 }
 369                 fclose(fp);
 370                 cleandata(perfdata, test_nr);
 371                 return eParselogFatal;
 372             }
 373         }
 374         fclose(fp);
 375     }
 376     else
 377     {
 378         fprintf(stderr, "WARNING: Could not find stderr file %s.\n", errfile);
 379     }
 380
 381     /* Giving up ... we could not find out why there is no performance data in
 382      * the log file. */
 383     fprintf(stdout, "No performance data in log file.\n");
 384     cleandata(perfdata, test_nr);
 385
 386     return eParselogNoPerfData;
 387 }
 388
 389
 390 static gmx_bool analyze_data(
 391         FILE         *fp,
 392         const char   *fn,
 393         t_perf      **perfdata,
 394         int           nnodes,
 395         int           ntprs,
 396         int           ntests,
 397         int           nrepeats,
 398         t_inputinfo  *info,
 399         int          *index_tpr,    /* OUT: Nr of mdp file with best settings */
 400         int          *npme_optimal) /* OUT: Optimal number of PME nodes */
 401 {
 402     int      i, j, k;
 403     int      line  = 0, line_win = -1;
 404     int      k_win = -1, i_win = -1, winPME;
 405     double   s     = 0.0; /* standard deviation */
 406     t_perf  *pd;
 407     char     strbuf[STRLEN];
 408     char     str_PME_f_load[13];
 409     gmx_bool bCanUseOrigTPR;
 410     gmx_bool bRefinedCoul, bRefinedVdW, bRefinedGrid;
 411
 412
 413     if (nrepeats > 1)
 414     {
 415         sep_line(fp);
 416         fprintf(fp, "Summary of successful runs:\n");
 417         fprintf(fp, "Line tpr PME ranks  Gcycles Av.     Std.dev.       ns/day        PME/f");
 418         if (nnodes > 1)
 419         {
 420             fprintf(fp, "    DD grid");
 421         }
 422         fprintf(fp, "\n");
 423     }
 424
 425
 426     for (k = 0; k < ntprs; k++)
 427     {
 428         for (i = 0; i < ntests; i++)
 429         {
 430             /* Select the right dataset: */
 431             pd = &(perfdata[k][i]);
 432
 433             pd->Gcycles_Av    = 0.0;
 434             pd->PME_f_load_Av = 0.0;
 435             pd->ns_per_day_Av = 0.0;
 436
 437             if (pd->nPMEnodes == -1)
 438             {
 439                 sprintf(strbuf, "(%3d)", pd->guessPME);
 440             }
 441             else
 442             {
 443                 sprintf(strbuf, "     ");
 444             }
 445
 446             /* Get the average run time of a setting */
 447             for (j = 0; j < nrepeats; j++)
 448             {
 449                 pd->Gcycles_Av    += pd->Gcycles[j];
 450                 pd->PME_f_load_Av += pd->PME_f_load[j];
 451             }
 452             pd->Gcycles_Av    /= nrepeats;
 453             pd->PME_f_load_Av /= nrepeats;
 454
 455             for (j = 0; j < nrepeats; j++)
 456             {
 457                 if (pd->ns_per_day[j] > 0.0)
 458                 {
 459                     pd->ns_per_day_Av += pd->ns_per_day[j];
 460                 }
 461                 else
 462                 {
 463                     /* Somehow the performance number was not aquired for this run,
 464                      * therefor set the average to some negative value: */
 465                     pd->ns_per_day_Av = -1.0f*nrepeats;
 466                     break;
 467                 }
 468             }
 469             pd->ns_per_day_Av /= nrepeats;
 470
 471             /* Nicer output: */
 472             if (pd->PME_f_load_Av > 0.0)
 473             {
 474                 sprintf(str_PME_f_load, "%12.3f", pd->PME_f_load_Av);
 475             }
 476             else
 477             {
 478                 sprintf(str_PME_f_load, "%s", "         -  ");
 479             }
 480
 481
 482             /* We assume we had a successful run if both averages are positive */
 483             if (pd->Gcycles_Av > 0.0 && pd->ns_per_day_Av > 0.0)
 484             {
 485                 /* Output statistics if repeats were done */
 486                 if (nrepeats > 1)
 487                 {
 488                     /* Calculate the standard deviation */
 489                     s = 0.0;
 490                     for (j = 0; j < nrepeats; j++)
 491                     {
 492                         s += gmx::square( pd->Gcycles[j] - pd->Gcycles_Av );
 493                     }
 494                     s /= (nrepeats - 1);
 495                     s  = std::sqrt(s);
 496
 497                     fprintf(fp, "%4d %3d %4d%s %12.3f %12.3f %12.3f %s",
 498                             line, k, pd->nPMEnodes, strbuf, pd->Gcycles_Av, s,
 499                             pd->ns_per_day_Av, str_PME_f_load);
 500                     if (nnodes > 1)
 501                     {
 502                         fprintf(fp, "  %3d %3d %3d", pd->nx, pd->ny, pd->nz);
 503                     }
 504                     fprintf(fp, "\n");
 505                 }
 506                 /* Store the index of the best run found so far in 'winner': */
 507                 if ( (k_win == -1) || (pd->Gcycles_Av < perfdata[k_win][i_win].Gcycles_Av) )
 508                 {
 509                     k_win    = k;
 510                     i_win    = i;
 511                     line_win = line;
 512                 }
 513                 line++;
 514             }
 515         }
 516     }
 517
 518     if (k_win == -1)
 519     {
 520         gmx_fatal(FARGS, "None of the runs was successful! Check %s for problems.", fn);
 521     }
 522
 523     sep_line(fp);
 524
 525     winPME = perfdata[k_win][i_win].nPMEnodes;
 526
 527     if (1 == ntests)
 528     {
 529         /* We stuck to a fixed number of PME-only nodes */
 530         sprintf(strbuf, "settings No. %d", k_win);
 531     }
 532     else
 533     {
 534         /* We have optimized the number of PME-only nodes */
 535         if (winPME == -1)
 536         {
 537             sprintf(strbuf, "%s", "the automatic number of PME ranks");
 538         }
 539         else
 540         {
 541             sprintf(strbuf, "%d PME ranks", winPME);
 542         }
 543     }
 544     fprintf(fp, "Best performance was achieved with %s", strbuf);
 545     if ((nrepeats > 1) && (ntests > 1))
 546     {
 547         fprintf(fp, " (see line %d)", line_win);
 548     }
 549     fprintf(fp, "\n");
 550
 551     /* Only mention settings if they were modified: */
 552     bRefinedCoul = !gmx_within_tol(info->rcoulomb[k_win], info->rcoulomb[0], GMX_REAL_EPS);
 553     bRefinedVdW  = !gmx_within_tol(info->rvdw[k_win], info->rvdw[0], GMX_REAL_EPS);
 554     bRefinedGrid = !(info->nkx[k_win] == info->nkx[0] &&
 555                      info->nky[k_win] == info->nky[0] &&
 556                      info->nkz[k_win] == info->nkz[0]);
 557
 558     if (bRefinedCoul || bRefinedVdW || bRefinedGrid)
 559     {
 560         fprintf(fp, "Optimized PME settings:\n");
 561         bCanUseOrigTPR = FALSE;
 562     }
 563     else
 564     {
 565         bCanUseOrigTPR = TRUE;
 566     }
 567
 568     if (bRefinedCoul)
 569     {
 570         fprintf(fp, "   New Coulomb radius: %f nm (was %f nm)\n", info->rcoulomb[k_win], info->rcoulomb[0]);
 571     }
 572
 573     if (bRefinedVdW)
 574     {
 575         fprintf(fp, "   New Van der Waals radius: %f nm (was %f nm)\n", info->rvdw[k_win], info->rvdw[0]);
 576     }
 577
 578     if (bRefinedGrid)
 579     {
 580         fprintf(fp, "   New Fourier grid xyz: %d %d %d (was %d %d %d)\n", info->nkx[k_win], info->nky[k_win], info->nkz[k_win],
 581                 info->nkx[0], info->nky[0], info->nkz[0]);
 582     }
 583
 584     if (bCanUseOrigTPR && ntprs > 1)
 585     {
 586         fprintf(fp, "and original PME settings.\n");
 587     }
 588
 589     fflush(fp);
 590
 591     /* Return the index of the mdp file that showed the highest performance
 592      * and the optimal number of PME nodes */
 593     *index_tpr    = k_win;
 594     *npme_optimal = winPME;
 595
 596     return bCanUseOrigTPR;
 597 }
 598
 599
 600 /* Get the commands we need to set up the runs from environment variables */
 601 static void get_program_paths(gmx_bool bThreads, char *cmd_mpirun[], char *cmd_mdrun[])
 602 {
 603     char      *cp;
 604     const char def_mpirun[]   = "mpirun";
 605
 606     const char empty_mpirun[] = "";
 607
 608     /* Get the commands we need to set up the runs from environment variables */
 609     if (!bThreads)
 610     {
 611         if ( (cp = getenv("MPIRUN")) != nullptr)
 612         {
 613             *cmd_mpirun = gmx_strdup(cp);
 614         }
 615         else
 616         {
 617             *cmd_mpirun = gmx_strdup(def_mpirun);
 618         }
 619     }
 620     else
 621     {
 622         *cmd_mpirun = gmx_strdup(empty_mpirun);
 623     }
 624
 625     if (*cmd_mdrun == nullptr)
 626     {
 627         /* The use of MDRUN is deprecated, but made available in 5.1
 628            for backward compatibility. It may be removed in a future
 629            version. */
 630         if ( (cp = getenv("MDRUN" )) != nullptr)
 631         {
 632             *cmd_mdrun = gmx_strdup(cp);
 633         }
 634         else
 635         {
 636             gmx_fatal(FARGS, "The way to call mdrun must be set in the -mdrun command-line flag.");
 637         }
 638     }
 639 }
 640
 641 /* Check that the commands will run mdrun (perhaps via mpirun) by
 642  * running a very quick test simulation. Requires MPI environment or
 643  * GPU support to be available if applicable. */
 644 /* TODO implement feature to parse the log file to get the list of
 645    compatible GPUs from mdrun, if the user of gmx tune-pme has not
 646    given one. */
 647 static void check_mdrun_works(gmx_bool    bThreads,
 648                               const char *cmd_mpirun,
 649                               const char *cmd_np,
 650                               const char *cmd_mdrun,
 651                               gmx_bool    bNeedGpuSupport)
 652 {
 653     char      *command = nullptr;
 654     char      *cp;
 655     char       line[STRLEN];
 656     FILE      *fp;
 657     const char filename[]     = "benchtest.log";
 658
 659     /* This string should always be identical to the one in copyrite.c,
 660      * gmx_print_version_info() in the GMX_MPI section */
 661     const char match_mpi[]     = "MPI library:        MPI";
 662     const char match_mdrun[]   = "Executable: ";
 663     const char match_nogpu[]   = "GPU support:        disabled";
 664     gmx_bool   bMdrun          = FALSE;
 665     gmx_bool   bMPI            = FALSE;
 666     gmx_bool   bHaveGpuSupport = TRUE;
 667
 668     /* Run a small test to see whether mpirun + mdrun work  */
 669     fprintf(stdout, "Making sure that mdrun can be executed. ");
 670     if (bThreads)
 671     {
 672         snew(command, std::strlen(cmd_mdrun) + std::strlen(cmd_np) + std::strlen(filename) + 50);
 673         sprintf(command, "%s%s -version -maxh 0.001 1> %s 2>&1", cmd_mdrun, cmd_np, filename);
 674     }
 675     else
 676     {
 677         snew(command, std::strlen(cmd_mpirun) + std::strlen(cmd_np) + std::strlen(cmd_mdrun) + std::strlen(filename) + 50);
 678         sprintf(command, "%s%s%s -version -maxh 0.001 1> %s 2>&1", cmd_mpirun, cmd_np, cmd_mdrun, filename);
 679     }
 680     fprintf(stdout, "Trying '%s' ... ", command);
 681     make_backup(filename);
 682     gmx_system_call(command);
 683
 684     /* Check if we find the characteristic string in the output: */
 685     if (!gmx_fexist(filename))
 686     {
 687         gmx_fatal(FARGS, "Output from test run could not be found.");
 688     }
 689
 690     fp = fopen(filename, "r");
 691     /* We need to scan the whole output file, since sometimes the queuing system
 692      * also writes stuff to stdout/err */
 693     while (!feof(fp) )
 694     {
 695         cp = fgets(line, STRLEN, fp);
 696         if (cp != nullptr)
 697         {
 698             if (str_starts(line, match_mdrun) )
 699             {
 700                 bMdrun = TRUE;
 701             }
 702             if (str_starts(line, match_mpi) )
 703             {
 704                 bMPI = TRUE;
 705             }
 706             if (str_starts(line, match_nogpu) )
 707             {
 708                 bHaveGpuSupport = FALSE;
 709             }
 710         }
 711     }
 712     fclose(fp);
 713
 714     if (bThreads)
 715     {
 716         if (bMPI)
 717         {
 718             gmx_fatal(FARGS, "Need a threaded version of mdrun. This one\n"
 719                       "(%s)\n"
 720                       "seems to have been compiled with MPI instead.",
 721                       cmd_mdrun);
 722         }
 723     }
 724     else
 725     {
 726         if (bMdrun && !bMPI)
 727         {
 728             gmx_fatal(FARGS, "Need an MPI-enabled version of mdrun. This one\n"
 729                       "(%s)\n"
 730                       "seems to have been compiled without MPI support.",
 731                       cmd_mdrun);
 732         }
 733     }
 734
 735     if (!bMdrun)
 736     {
 737         gmx_fatal(FARGS, "Cannot execute mdrun. Please check %s for problems!",
 738                   filename);
 739     }
 740
 741     if (bNeedGpuSupport && !bHaveGpuSupport)
 742     {
 743         gmx_fatal(FARGS, "The mdrun executable did not have the expected GPU support.");
 744     }
 745
 746     fprintf(stdout, "passed.\n");
 747
 748     /* Clean up ... */
 749     remove(filename);
 750     sfree(command);
 751 }
 752
 753 /*! \brief Helper struct so we can parse the string with eligible GPU
 754     IDs outside do_the_tests. */
 755 typedef struct eligible_gpu_ids
 756 {
 757     int  n;        /**< Length of ids */
 758     int *ids;      /**< Array of length n. NULL if no GPUs in use */
 759 } t_eligible_gpu_ids;
 760
 761 /* Handles the no-GPU case by emitting an empty string. */
 762 static char *make_gpu_id_command_line(int numRanks, int numPmeRanks, const t_eligible_gpu_ids *gpu_ids)
 763 {
 764     char       *command_line, *ptr;
 765     const char *flag = "-gpu_id ";
 766     int         flag_length;
 767
 768     /* Reserve enough room for the option name, enough single-digit
 769        GPU ids (since that is currently all that is possible to use
 770        with mdrun), and a terminating NULL. */
 771     flag_length = std::strlen(flag);
 772     snew(command_line, flag_length + numRanks + 1);
 773     ptr = command_line;
 774
 775     /* If the user has given no eligible GPU IDs, or we're trying the
 776      * default behaviour, then there is nothing for g_tune_pme to give
 777      * to mdrun -gpu_id */
 778     if (gpu_ids->n > 0 && numPmeRanks > -1)
 779     {
 780         int   numPpRanks, max_num_ranks_for_each_GPU;
 781         int   gpu_id, rank;
 782
 783         /* Write the option flag */
 784         std::strcpy(ptr, flag);
 785         ptr += flag_length;
 786
 787         numPpRanks                 = numRanks - numPmeRanks;
 788         max_num_ranks_for_each_GPU = numPpRanks / gpu_ids->n;
 789         if (max_num_ranks_for_each_GPU * gpu_ids->n != numPpRanks)
 790         {
 791             /* Some GPUs will receive more work than others, which
 792              * we choose to be those with the lowest indices */
 793             max_num_ranks_for_each_GPU++;
 794         }
 795
 796         /* Loop over all eligible GPU ids */
 797         for (gpu_id = 0, rank = 0; gpu_id < gpu_ids->n; gpu_id++)
 798         {
 799             int rank_for_this_GPU;
 800             /* Loop over all PP ranks for GPU with ID gpu_id, building the
 801                assignment string. */
 802             for (rank_for_this_GPU = 0;
 803                  rank_for_this_GPU < max_num_ranks_for_each_GPU && rank < numPpRanks;
 804                  rank++, rank_for_this_GPU++)
 805             {
 806                 *ptr = '0' + gpu_ids->ids[gpu_id];
 807                 ptr++;
 808             }
 809         }
 810     }
 811     *ptr = '\0';
 812
 813     return command_line;
 814 }
 815
 816 static void launch_simulation(
 817         gmx_bool                  bLaunch,        /* Should the simulation be launched? */
 818         FILE                     *fp,             /* General log file */
 819         gmx_bool                  bThreads,       /* whether to use threads */
 820         char                     *cmd_mpirun,     /* Command for mpirun */
 821         char                     *cmd_np,         /* Switch for -np or -ntmpi or empty */
 822         char                     *cmd_mdrun,      /* Command for mdrun */
 823         char                     *args_for_mdrun, /* Arguments for mdrun */
 824         const char               *simulation_tpr, /* This tpr will be simulated */
 825         int                       nnodes,         /* Number of ranks to use */
 826         int                       nPMEnodes,      /* Number of PME ranks to use */
 827         const t_eligible_gpu_ids *gpu_ids)        /* Struct containing GPU IDs for
 828                                                    * constructing mdrun command lines */
 829 {
 830     char  *command, *cmd_gpu_ids;
 831
 832
 833     /* Make enough space for the system call command,
 834      * (200 extra chars for -npme ... etc. options should suffice): */
 835     snew(command, std::strlen(cmd_mpirun)+std::strlen(cmd_mdrun)+std::strlen(cmd_np)+std::strlen(args_for_mdrun)+std::strlen(simulation_tpr)+200);
 836
 837     cmd_gpu_ids = make_gpu_id_command_line(nnodes, nPMEnodes, gpu_ids);
 838
 839     /* Note that the -passall options requires args_for_mdrun to be at the end
 840      * of the command line string */
 841     if (bThreads)
 842     {
 843         sprintf(command, "%s%s-npme %d -s %s %s %s",
 844                 cmd_mdrun, cmd_np, nPMEnodes, simulation_tpr, args_for_mdrun, cmd_gpu_ids);
 845     }
 846     else
 847     {
 848         sprintf(command, "%s%s%s -npme %d -s %s %s %s",
 849                 cmd_mpirun, cmd_np, cmd_mdrun, nPMEnodes, simulation_tpr, args_for_mdrun, cmd_gpu_ids);
 850     }
 851
 852     fprintf(fp, "%s this command line to launch the simulation:\n\n%s", bLaunch ? "Using" : "Please use", command);
 853     sep_line(fp);
 854     fflush(fp);
 855
 856     /* Now the real thing! */
 857     if (bLaunch)
 858     {
 859         fprintf(stdout, "\nLaunching simulation with best parameters now.\nExecuting '%s'", command);
 860         sep_line(stdout);
 861         fflush(stdout);
 862         gmx_system_call(command);
 863     }
 864 }
 865
 866
 867 static void modify_PMEsettings(
 868         gmx_int64_t     simsteps,    /* Set this value as number of time steps */
 869         gmx_int64_t     init_step,   /* Set this value as init_step */
 870         const char     *fn_best_tpr, /* tpr file with the best performance */
 871         const char     *fn_sim_tpr)  /* name of tpr file to be launched */
 872 {
 873     t_state        state;
 874     gmx_mtop_t     mtop;
 875     char           buf[200];
 876
 877     t_inputrec     irInstance;
 878     t_inputrec    *ir = &irInstance;
 879     read_tpx_state(fn_best_tpr, ir, &state, &mtop);
 880
 881     /* Reset nsteps and init_step to the value of the input .tpr file */
 882     ir->nsteps    = simsteps;
 883     ir->init_step = init_step;
 884
 885     /* Write the tpr file which will be launched */
 886     sprintf(buf, "Writing optimized simulation file %s with nsteps=%s.\n", fn_sim_tpr, "%" GMX_PRId64);
 887     fprintf(stdout, buf, ir->nsteps);
 888     fflush(stdout);
 889     write_tpx_state(fn_sim_tpr, ir, &state, &mtop);
 890 }
 891
 892 static gmx_bool can_scale_rvdw(int vdwtype)
 893 {
 894     return (evdwCUT == vdwtype ||
 895             evdwPME == vdwtype);
 896 }
 897
 898 #define EPME_SWITCHED(e) ((e) == eelPMESWITCH || (e) == eelPMEUSERSWITCH)
 899
 900 /* Make additional TPR files with more computational load for the
 901  * direct space processors: */
 902 static void make_benchmark_tprs(
 903         const char     *fn_sim_tpr,      /* READ : User-provided tpr file                 */
 904         char           *fn_bench_tprs[], /* WRITE: Names of benchmark tpr files           */
 905         gmx_int64_t     benchsteps,      /* Number of time steps for benchmark runs       */
 906         gmx_int64_t     statesteps,      /* Step counter in checkpoint file               */
 907         real            rmin,            /* Minimal Coulomb radius                        */
 908         real            rmax,            /* Maximal Coulomb radius                        */
 909         real            bScaleRvdw,      /* Scale rvdw along with rcoulomb                */
 910         int            *ntprs,           /* No. of TPRs to write, each with a different
 911                                             rcoulomb and fourierspacing                   */
 912         t_inputinfo    *info,            /* Contains information about mdp file options   */
 913         FILE           *fp)              /* Write the output here                         */
 914 {
 915     int           i, j, d;
 916     t_state       state;
 917     gmx_mtop_t    mtop;
 918     real          nlist_buffer;     /* Thickness of the buffer regions for PME-switch potentials */
 919     char          buf[200];
 920     rvec          box_size;
 921     gmx_bool      bNote = FALSE;
 922     real          add;              /* Add this to rcoul for the next test    */
 923     real          fac = 1.0;        /* Scaling factor for Coulomb radius      */
 924     real          fourierspacing;   /* Basic fourierspacing from tpr          */
 925
 926
 927     sprintf(buf, "Making benchmark tpr file%s with %s time step%s",
 928             *ntprs > 1 ? "s" : "", "%" GMX_PRId64, benchsteps > 1 ? "s" : "");
 929     fprintf(stdout, buf, benchsteps);
 930     if (statesteps > 0)
 931     {
 932         sprintf(buf, " (adding %s steps from checkpoint file)", "%" GMX_PRId64);
 933         fprintf(stdout, buf, statesteps);
 934         benchsteps += statesteps;
 935     }
 936     fprintf(stdout, ".\n");
 937
 938     t_inputrec  irInstance;
 939     t_inputrec *ir = &irInstance;
 940     read_tpx_state(fn_sim_tpr, ir, &state, &mtop);
 941
 942     /* Check if some kind of PME was chosen */
 943     if (EEL_PME(ir->coulombtype) == FALSE)
 944     {
 945         gmx_fatal(FARGS, "Can only do optimizations for simulations with %s electrostatics.",
 946                   EELTYPE(eelPME));
 947     }
 948
 949     /* Check if rcoulomb == rlist, which is necessary for plain PME. */
 950     if (  (ir->cutoff_scheme != ecutsVERLET) &&
 951           (eelPME == ir->coulombtype) && !(ir->rcoulomb == ir->rlist))
 952     {
 953         gmx_fatal(FARGS, "%s requires rcoulomb (%f) to be equal to rlist (%f).",
 954                   EELTYPE(eelPME), ir->rcoulomb, ir->rlist);
 955     }
 956     /* For other PME types, rcoulomb is allowed to be smaller than rlist */
 957     else if (ir->rcoulomb > ir->rlist)
 958     {
 959         gmx_fatal(FARGS, "%s requires rcoulomb (%f) to be equal to or smaller than rlist (%f)",
 960                   EELTYPE(ir->coulombtype), ir->rcoulomb, ir->rlist);
 961     }
 962
 963     if (bScaleRvdw && ir->rvdw != ir->rcoulomb)
 964     {
 965         fprintf(stdout, "NOTE: input rvdw != rcoulomb, will not scale rvdw\n");
 966         bScaleRvdw = FALSE;
 967     }
 968
 969     /* Reduce the number of steps for the benchmarks */
 970     info->orig_sim_steps = ir->nsteps;
 971     ir->nsteps           = benchsteps;
 972     /* We must not use init_step from the input tpr file for the benchmarks */
 973     info->orig_init_step = ir->init_step;
 974     ir->init_step        = 0;
 975
 976     /* For PME-switch potentials, keep the radial distance of the buffer region */
 977     nlist_buffer   = ir->rlist - ir->rcoulomb;
 978
 979     /* Determine length of triclinic box vectors */
 980     for (d = 0; d < DIM; d++)
 981     {
 982         box_size[d] = 0;
 983         for (i = 0; i < DIM; i++)
 984         {
 985             box_size[d] += state.box[d][i]*state.box[d][i];
 986         }
 987         box_size[d] = std::sqrt(box_size[d]);
 988     }
 989
 990     if (ir->fourier_spacing > 0)
 991     {
 992         info->fsx[0] = ir->fourier_spacing;
 993         info->fsy[0] = ir->fourier_spacing;
 994         info->fsz[0] = ir->fourier_spacing;
 995     }
 996     else
 997     {
 998         /* Reconstruct fourierspacing per dimension from the number of grid points and box size */
 999         info->fsx[0] = box_size[XX]/ir->nkx;
1000         info->fsy[0] = box_size[YY]/ir->nky;
1001         info->fsz[0] = box_size[ZZ]/ir->nkz;
1002     }
1003
1004     /* If no value for the fourierspacing was provided on the command line, we
1005      * use the reconstruction from the tpr file */
1006     if (ir->fourier_spacing > 0)
1007     {
1008         /* Use the spacing from the tpr */
1009         fourierspacing = ir->fourier_spacing;
1010     }
1011     else
1012     {
1013         /* Use the maximum observed spacing */
1014         fourierspacing = std::max(std::max(info->fsx[0], info->fsy[0]), info->fsz[0]);
1015     }
1016
1017     fprintf(stdout, "Calculating PME grid points on the basis of a fourierspacing of %f nm\n", fourierspacing);
1018
1019     /* For performance comparisons the number of particles is useful to have */
1020     fprintf(fp, "   Number of particles  : %d\n", mtop.natoms);
1021
1022     /* Print information about settings of which some are potentially modified: */
1023     fprintf(fp, "   Coulomb type         : %s\n", EELTYPE(ir->coulombtype));
1024     fprintf(fp, "   Grid spacing x y z   : %f %f %f\n",
1025             box_size[XX]/ir->nkx, box_size[YY]/ir->nky, box_size[ZZ]/ir->nkz);
1026     fprintf(fp, "   Van der Waals type   : %s\n", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
1027     if (ir_vdw_switched(ir))
1028     {
1029         fprintf(fp, "   rvdw_switch          : %f nm\n", ir->rvdw_switch);
1030     }
1031     if (EPME_SWITCHED(ir->coulombtype))
1032     {
1033         fprintf(fp, "   rlist                : %f nm\n", ir->rlist);
1034     }
1035
1036     /* Print a descriptive line about the tpr settings tested */
1037     fprintf(fp, "\nWill try these real/reciprocal workload settings:\n");
1038     fprintf(fp, " No.   scaling  rcoulomb");
1039     fprintf(fp, "  nkx  nky  nkz");
1040     fprintf(fp, "   spacing");
1041     if (can_scale_rvdw(ir->vdwtype))
1042     {
1043         fprintf(fp, "      rvdw");
1044     }
1045     if (EPME_SWITCHED(ir->coulombtype))
1046     {
1047         fprintf(fp, "     rlist");
1048     }
1049     fprintf(fp, "  tpr file\n");
1050
1051     /* Loop to create the requested number of tpr input files */
1052     for (j = 0; j < *ntprs; j++)
1053     {
1054         /* The first .tpr is the provided one, just need to modify nsteps,
1055          * so skip the following block */
1056         if (j != 0)
1057         {
1058             /* Determine which Coulomb radii rc to use in the benchmarks */
1059             add = (rmax-rmin)/(*ntprs-1);
1060             if (gmx_within_tol(rmin, info->rcoulomb[0], GMX_REAL_EPS))
1061             {
1062                 ir->rcoulomb = rmin + j*add;
1063             }
1064             else if (gmx_within_tol(rmax, info->rcoulomb[0], GMX_REAL_EPS))
1065             {
1066                 ir->rcoulomb = rmin + (j-1)*add;
1067             }
1068             else
1069             {
1070                 /* rmin != rcoul != rmax, ergo test between rmin and rmax */
1071                 add          = (rmax-rmin)/(*ntprs-2);
1072                 ir->rcoulomb = rmin + (j-1)*add;
1073             }
1074
1075             /* Determine the scaling factor fac */
1076             fac = ir->rcoulomb/info->rcoulomb[0];
1077
1078             /* Scale the Fourier grid spacing */
1079             ir->nkx = ir->nky = ir->nkz = 0;
1080             calcFftGrid(nullptr, state.box, fourierspacing*fac, minimalPmeGridSize(ir->pme_order),
1081                         &ir->nkx, &ir->nky, &ir->nkz);
1082
1083             /* Adjust other radii since various conditions need to be fulfilled */
1084             if (eelPME == ir->coulombtype)
1085             {
1086                 /* plain PME, rcoulomb must be equal to rlist TODO only in the group scheme? */
1087                 ir->rlist = ir->rcoulomb;
1088             }
1089             else
1090             {
1091                 /* rlist must be >= rcoulomb, we keep the size of the buffer region */
1092                 ir->rlist = ir->rcoulomb + nlist_buffer;
1093             }
1094
1095             if (bScaleRvdw && can_scale_rvdw(ir->vdwtype))
1096             {
1097                 if (ecutsVERLET == ir->cutoff_scheme ||
1098                     evdwPME == ir->vdwtype)
1099                 {
1100                     /* With either the Verlet cutoff-scheme or LJ-PME,
1101                        the van der Waals radius must always equal the
1102                        Coulomb radius */
1103                     ir->rvdw = ir->rcoulomb;
1104                 }
1105                 else
1106                 {
1107                     /* For vdw cutoff, rvdw >= rlist */
1108                     ir->rvdw = std::max(info->rvdw[0], ir->rlist);
1109                 }
1110             }
1111         } /* end of "if (j != 0)" */
1112
1113         /* for j==0: Save the original settings
1114          * for j >0: Save modified radii and Fourier grids */
1115         info->rcoulomb[j]  = ir->rcoulomb;
1116         info->rvdw[j]      = ir->rvdw;
1117         info->nkx[j]       = ir->nkx;
1118         info->nky[j]       = ir->nky;
1119         info->nkz[j]       = ir->nkz;
1120         info->rlist[j]     = ir->rlist;
1121         info->fsx[j]       = fac*fourierspacing;
1122         info->fsy[j]       = fac*fourierspacing;
1123         info->fsz[j]       = fac*fourierspacing;
1124
1125         /* Write the benchmark tpr file */
1126         std::strncpy(fn_bench_tprs[j], fn_sim_tpr, std::strlen(fn_sim_tpr)-std::strlen(".tpr"));
1127         sprintf(buf, "_bench%.2d.tpr", j);
1128         std::strcat(fn_bench_tprs[j], buf);
1129         fprintf(stdout, "Writing benchmark tpr %s with nsteps=", fn_bench_tprs[j]);
1130         fprintf(stdout, "%" GMX_PRId64, ir->nsteps);
1131         if (j > 0)
1132         {
1133             fprintf(stdout, ", scaling factor %f\n", fac);
1134         }
1135         else
1136         {
1137             fprintf(stdout, ", unmodified settings\n");
1138         }
1139
1140         write_tpx_state(fn_bench_tprs[j], ir, &state, &mtop);
1141
1142         /* Write information about modified tpr settings to log file */
1143         fprintf(fp, "%4d%10f%10f", j, fac, ir->rcoulomb);
1144         fprintf(fp, "%5d%5d%5d", ir->nkx, ir->nky, ir->nkz);
1145         fprintf(fp, " %9f ", info->fsx[j]);
1146         if (can_scale_rvdw(ir->vdwtype))
1147         {
1148             fprintf(fp, "%10f", ir->rvdw);
1149         }
1150         if (EPME_SWITCHED(ir->coulombtype))
1151         {
1152             fprintf(fp, "%10f", ir->rlist);
1153         }
1154         fprintf(fp, "  %-14s\n", fn_bench_tprs[j]);
1155
1156         /* Make it clear to the user that some additional settings were modified */
1157         if (!gmx_within_tol(ir->rvdw, info->rvdw[0], GMX_REAL_EPS)
1158             || !gmx_within_tol(ir->rlist, info->rlist[0], GMX_REAL_EPS) )
1159         {
1160             bNote = TRUE;
1161         }
1162     }
1163     if (bNote)
1164     {
1165         fprintf(fp, "\nNote that in addition to the Coulomb radius and the Fourier grid\n"
1166                 "other input settings were also changed (see table above).\n"
1167                 "Please check if the modified settings are appropriate.\n");
1168     }
1169     fflush(stdout);
1170     fflush(fp);
1171 }
1172
1173
1174 /* Rename the files we want to keep to some meaningful filename and
1175  * delete the rest */
1176 static void cleanup(const t_filenm *fnm, int nfile, int k, int nnodes,
1177                     int nPMEnodes, int nr, gmx_bool bKeepStderr)
1178 {
1179     char        numstring[STRLEN];
1180     char        newfilename[STRLEN];
1181     const char *fn = nullptr;
1182     int         i;
1183     const char *opt;
1184
1185
1186     fprintf(stdout, "Cleaning up, deleting benchmark temp files ...\n");
1187
1188     for (i = 0; i < nfile; i++)
1189     {
1190         opt = (char *)fnm[i].opt;
1191         if (std::strcmp(opt, "-p") == 0)
1192         {
1193             /* do nothing; keep this file */
1194             ;
1195         }
1196         else if (std::strcmp(opt, "-bg") == 0)
1197         {
1198             /* Give the log file a nice name so one can later see which parameters were used */
1199             numstring[0] = '\0';
1200             if (nr > 0)
1201             {
1202                 sprintf(numstring, "_%d", nr);
1203             }
1204             sprintf(newfilename, "%s_no%d_np%d_npme%d%s", opt2fn("-bg", nfile, fnm), k, nnodes, nPMEnodes, numstring);
1205             if (gmx_fexist(opt2fn("-bg", nfile, fnm)))
1206             {
1207                 fprintf(stdout, "renaming log file to %s\n", newfilename);
1208                 make_backup(newfilename);
1209                 rename(opt2fn("-bg", nfile, fnm), newfilename);
1210             }
1211         }
1212         else if (std::strcmp(opt, "-err") == 0)
1213         {
1214             /* This file contains the output of stderr. We want to keep it in
1215              * cases where there have been problems. */
1216             fn           = opt2fn(opt, nfile, fnm);
1217             numstring[0] = '\0';
1218             if (nr > 0)
1219             {
1220                 sprintf(numstring, "_%d", nr);
1221             }
1222             sprintf(newfilename, "%s_no%d_np%d_npme%d%s", fn, k, nnodes, nPMEnodes, numstring);
1223             if (gmx_fexist(fn))
1224             {
1225                 if (bKeepStderr)
1226                 {
1227                     fprintf(stdout, "Saving stderr output in %s\n", newfilename);
1228                     make_backup(newfilename);
1229                     rename(fn, newfilename);
1230                 }
1231                 else
1232                 {
1233                     fprintf(stdout, "Deleting %s\n", fn);
1234                     remove(fn);
1235                 }
1236             }
1237         }
1238         /* Delete the files which are created for each benchmark run: (options -b*) */
1239         else if ( (0 == std::strncmp(opt, "-b", 2)) && (opt2bSet(opt, nfile, fnm) || !is_optional(&fnm[i])) )
1240         {
1241             remove_if_exists(opt2fn(opt, nfile, fnm));
1242         }
1243     }
1244 }
1245
1246
1247 enum {
1248     eNpmeAuto, eNpmeAll, eNpmeReduced, eNpmeSubset, eNpmeNr
1249 };
1250
1251 /* Create a list of numbers of PME nodes to test */
1252 static void make_npme_list(
1253         const char *npmevalues_opt, /* Make a complete list with all
1254                                      * possibilities or a short list that keeps only
1255                                      * reasonable numbers of PME nodes                  */
1256         int        *nentries,       /* Number of entries we put in the nPMEnodes list   */
1257         int        *nPMEnodes[],    /* Each entry contains the value for -npme          */
1258         int         nnodes,         /* Total number of nodes to do the tests on         */
1259         int         minPMEnodes,    /* Minimum number of PME nodes                      */
1260         int         maxPMEnodes)    /* Maximum number of PME nodes                      */
1261 {
1262     int i, npme, npp;
1263     int min_factor = 1;   /* We request that npp and npme have this minimal
1264                            * largest common factor (depends on npp)           */
1265     int nlistmax;         /* Max. list size                                   */
1266     int nlist;            /* Actual number of entries in list                 */
1267     int eNPME = 0;
1268
1269
1270     /* Do we need to check all possible values for -npme or is a reduced list enough? */
1271     if (!std::strcmp(npmevalues_opt, "all") )
1272     {
1273         eNPME = eNpmeAll;
1274     }
1275     else if (!std::strcmp(npmevalues_opt, "subset") )
1276     {
1277         eNPME = eNpmeSubset;
1278     }
1279     else /* "auto" or "range" */
1280     {
1281         if (nnodes <= 64)
1282         {
1283             eNPME = eNpmeAll;
1284         }
1285         else if (nnodes < 128)
1286         {
1287             eNPME = eNpmeReduced;
1288         }
1289         else
1290         {
1291             eNPME = eNpmeSubset;
1292         }
1293     }
1294
1295     /* Calculate how many entries we could possibly have (in case of -npme all) */
1296     if (nnodes > 2)
1297     {
1298         nlistmax = maxPMEnodes - minPMEnodes + 3;
1299         if (0 == minPMEnodes)
1300         {
1301             nlistmax--;
1302         }
1303     }
1304     else
1305     {
1306         nlistmax = 1;
1307     }
1308
1309     /* Now make the actual list which is at most of size nlist */
1310     snew(*nPMEnodes, nlistmax);
1311     nlist = 0; /* start counting again, now the real entries in the list */
1312     for (i = 0; i < nlistmax - 2; i++)
1313     {
1314         npme = maxPMEnodes - i;
1315         npp  = nnodes-npme;
1316         switch (eNPME)
1317         {
1318             case eNpmeAll:
1319                 min_factor = 1;
1320                 break;
1321             case eNpmeReduced:
1322                 min_factor = 2;
1323                 break;
1324             case eNpmeSubset:
1325                 /* For 2d PME we want a common largest factor of at least the cube
1326                  * root of the number of PP nodes */
1327                 min_factor = static_cast<int>(std::cbrt(npp));
1328                 break;
1329             default:
1330                 gmx_fatal(FARGS, "Unknown option for eNPME in make_npme_list");
1331                 break;
1332         }
1333         if (gmx_greatest_common_divisor(npp, npme) >= min_factor)
1334         {
1335             (*nPMEnodes)[nlist] = npme;
1336             nlist++;
1337         }
1338     }
1339     /* We always test 0 PME nodes and the automatic number */
1340     *nentries             = nlist + 2;
1341     (*nPMEnodes)[nlist  ] =  0;
1342     (*nPMEnodes)[nlist+1] = -1;
1343
1344     fprintf(stderr, "Will try the following %d different values for -npme:\n", *nentries);
1345     for (i = 0; i < *nentries-1; i++)
1346     {
1347         fprintf(stderr, "%d, ", (*nPMEnodes)[i]);
1348     }
1349     fprintf(stderr, "and %d (auto).\n", (*nPMEnodes)[*nentries-1]);
1350 }
1351
1352
1353 /* Allocate memory to store the performance data */
1354 static void init_perfdata(t_perf *perfdata[], int ntprs, int datasets, int repeats)
1355 {
1356     int i, j, k;
1357
1358
1359     for (k = 0; k < ntprs; k++)
1360     {
1361         snew(perfdata[k], datasets);
1362         for (i = 0; i < datasets; i++)
1363         {
1364             for (j = 0; j < repeats; j++)
1365             {
1366                 snew(perfdata[k][i].Gcycles, repeats);
1367                 snew(perfdata[k][i].ns_per_day, repeats);
1368                 snew(perfdata[k][i].PME_f_load, repeats);
1369             }
1370         }
1371     }
1372 }
1373
1374
1375 /* Check for errors on mdrun -h */
1376 static void make_sure_it_runs(char *mdrun_cmd_line, int length, FILE *fp,
1377                               const t_filenm *fnm, int nfile)
1378 {
1379     char       *command, *msg;
1380     int         ret;
1381
1382     snew(command, length +  15);
1383     snew(msg, length + 500);
1384
1385     fprintf(stdout, "Making sure the benchmarks can be executed by running just 1 step...\n");
1386     sprintf(command, "%s -nsteps 1 -quiet", mdrun_cmd_line);
1387     fprintf(stdout, "Executing '%s' ...\n", command);
1388     ret = gmx_system_call(command);
1389
1390     if (0 != ret)
1391     {
1392         /* To prevent confusion, do not again issue a gmx_fatal here since we already
1393          * get the error message from mdrun itself */
1394         sprintf(msg,
1395                 "Cannot run the first benchmark simulation! Please check the error message of\n"
1396                 "mdrun for the source of the problem. Did you provide a command line\n"
1397                 "argument that neither gmx tune_pme nor mdrun understands? If you're\n"
1398                 "sure your command line should work, you can bypass this check with \n"
1399                 "gmx tune_pme -nocheck. The failing command was:\n"
1400                 "\n%s\n\n", command);
1401
1402         fprintf(stderr, "%s", msg);
1403         sep_line(fp);
1404         fprintf(fp, "%s", msg);
1405
1406         exit(ret);
1407     }
1408     fprintf(stdout, "Benchmarks can be executed!\n");
1409
1410     /* Clean up the benchmark output files we just created */
1411     fprintf(stdout, "Cleaning up ...\n");
1412     remove_if_exists(opt2fn("-bc", nfile, fnm));
1413     remove_if_exists(opt2fn("-be", nfile, fnm));
1414     remove_if_exists(opt2fn("-bcpo", nfile, fnm));
1415     remove_if_exists(opt2fn("-bg", nfile, fnm));
1416     remove_if_exists(opt2fn("-bo", nfile, fnm));
1417     remove_if_exists(opt2fn("-bx", nfile, fnm));
1418
1419     sfree(command);
1420     sfree(msg    );
1421 }
1422
1423 static void do_the_tests(
1424         FILE                     *fp,             /* General g_tune_pme output file         */
1425         char                    **tpr_names,      /* Filenames of the input files to test   */
1426         int                       maxPMEnodes,    /* Max fraction of nodes to use for PME   */
1427         int                       minPMEnodes,    /* Min fraction of nodes to use for PME   */
1428         int                       npme_fixed,     /* If >= -1, test fixed number of PME
1429                                                    * nodes only                             */
1430         const char               *npmevalues_opt, /* Which -npme values should be tested    */
1431         t_perf                  **perfdata,       /* Here the performace data is stored     */
1432         int                      *pmeentries,     /* Entries in the nPMEnodes list          */
1433         int                       repeats,        /* Repeat each test this often            */
1434         int                       nnodes,         /* Total number of nodes = nPP + nPME     */
1435         int                       nr_tprs,        /* Total number of tpr files to test      */
1436         gmx_bool                  bThreads,       /* Threads or MPI?                        */
1437         char                     *cmd_mpirun,     /* mpirun command string                  */
1438         char                     *cmd_np,         /* "-np", "-n", whatever mpirun needs     */
1439         char                     *cmd_mdrun,      /* mdrun command string                   */
1440         char                     *cmd_args_bench, /* arguments for mdrun in a string        */
1441         const t_filenm           *fnm,            /* List of filenames from command line    */
1442         int                       nfile,          /* Number of files specified on the cmdl. */
1443         int                       presteps,       /* DLB equilibration steps, is checked    */
1444         gmx_int64_t               cpt_steps,      /* Time step counter in the checkpoint    */
1445         gmx_bool                  bCheck,         /* Check whether benchmark mdrun works    */
1446         const t_eligible_gpu_ids *gpu_ids)        /* Struct containing GPU IDs for
1447                                                    * constructing mdrun command lines */
1448 {
1449     int      i, nr, k, ret, count = 0, totaltests;
1450     int     *nPMEnodes = nullptr;
1451     t_perf  *pd        = nullptr;
1452     int      cmdline_length;
1453     char    *command, *cmd_stub;
1454     char     buf[STRLEN];
1455     gmx_bool bResetProblem = FALSE;
1456     gmx_bool bFirst        = TRUE;
1457
1458     /* This string array corresponds to the eParselog enum type at the start
1459      * of this file */
1460     const char* ParseLog[] = {
1461         "OK.",
1462         "Logfile not found!",
1463         "No timings, logfile truncated?",
1464         "Run was terminated.",
1465         "Counters were not reset properly.",
1466         "No DD grid found for these settings.",
1467         "TPX version conflict!",
1468         "mdrun was not started in parallel!",
1469         "Number of PP ranks has a prime factor that is too large.",
1470         "The number of PP ranks did not suit the number of GPUs.",
1471         "Some GPUs were not detected or are incompatible.",
1472         "An error occurred."
1473     };
1474     char        str_PME_f_load[13];
1475
1476
1477     /* Allocate space for the mdrun command line. 100 extra characters should
1478        be more than enough for the -npme etcetera arguments */
1479     cmdline_length =  std::strlen(cmd_mpirun)
1480         + std::strlen(cmd_np)
1481         + std::strlen(cmd_mdrun)
1482         + std::strlen(cmd_args_bench)
1483         + std::strlen(tpr_names[0]) + 100;
1484     snew(command, cmdline_length);
1485     snew(cmd_stub, cmdline_length);
1486
1487     /* Construct the part of the command line that stays the same for all tests: */
1488     if (bThreads)
1489     {
1490         sprintf(cmd_stub, "%s%s", cmd_mdrun, cmd_np);
1491     }
1492     else
1493     {
1494         sprintf(cmd_stub, "%s%s%s ", cmd_mpirun, cmd_np, cmd_mdrun);
1495     }
1496
1497     /* Create a list of numbers of PME nodes to test */
1498     if (npme_fixed < -1)
1499     {
1500         make_npme_list(npmevalues_opt, pmeentries, &nPMEnodes,
1501                        nnodes, minPMEnodes, maxPMEnodes);
1502     }
1503     else
1504     {
1505         *pmeentries  = 1;
1506         snew(nPMEnodes, 1);
1507         nPMEnodes[0] = npme_fixed;
1508         fprintf(stderr, "Will use a fixed number of %d PME-only ranks.\n", nPMEnodes[0]);
1509     }
1510
1511     if (0 == repeats)
1512     {
1513         fprintf(fp, "\nNo benchmarks done since number of repeats (-r) is 0.\n");
1514         gmx_ffclose(fp);
1515         finalize(opt2fn("-p", nfile, fnm));
1516         exit(0);
1517     }
1518
1519     /* Allocate one dataset for each tpr input file: */
1520     init_perfdata(perfdata, nr_tprs, *pmeentries, repeats);
1521
1522     /*****************************************/
1523     /* Main loop over all tpr files to test: */
1524     /*****************************************/
1525     totaltests = nr_tprs*(*pmeentries)*repeats;
1526     for (k = 0; k < nr_tprs; k++)
1527     {
1528         fprintf(fp, "\nIndividual timings for input file %d (%s):\n", k, tpr_names[k]);
1529         fprintf(fp, "PME ranks      Gcycles       ns/day        PME/f    Remark\n");
1530         /* Loop over various numbers of PME nodes: */
1531         for (i = 0; i < *pmeentries; i++)
1532         {
1533             char *cmd_gpu_ids = nullptr;
1534
1535             pd = &perfdata[k][i];
1536
1537             cmd_gpu_ids = make_gpu_id_command_line(nnodes, nPMEnodes[i], gpu_ids);
1538
1539             /* Loop over the repeats for each scenario: */
1540             for (nr = 0; nr < repeats; nr++)
1541             {
1542                 pd->nPMEnodes = nPMEnodes[i];
1543
1544                 /* Add -npme and -s to the command line and save it. Note that
1545                  * the -passall (if set) options requires cmd_args_bench to be
1546                  * at the end of the command line string */
1547                 snew(pd->mdrun_cmd_line, cmdline_length);
1548                 sprintf(pd->mdrun_cmd_line, "%s-npme %d -s %s %s %s",
1549                         cmd_stub, pd->nPMEnodes, tpr_names[k], cmd_args_bench, cmd_gpu_ids);
1550
1551                 /* To prevent that all benchmarks fail due to a show-stopper argument
1552                  * on the mdrun command line, we make a quick check first.
1553                  * This check can be turned off in cases where the automatically chosen
1554                  * number of PME-only ranks leads to a number of PP ranks for which no
1555                  * decomposition can be found (e.g. for large prime numbers) */
1556                 if (bFirst && bCheck)
1557                 {
1558                     /* TODO This check is really for a functional
1559                      * .tpr, and if we need it, it should take place
1560                      * for every .tpr, and the logic for it should be
1561                      * immediately inside the loop over k, not in
1562                      * this inner loop. */
1563                     char *temporary_cmd_line;
1564
1565                     snew(temporary_cmd_line, cmdline_length);
1566                     /* TODO -npme 0 is more likely to succeed at low
1567                        parallelism than the default of -npme -1, but
1568                        is more likely to fail at the scaling limit
1569                        when the PP domains may be too small. "mpirun
1570                        -np 1 mdrun" is probably a reasonable thing to
1571                        do for this check, but it'll be easier to
1572                        implement that after some refactoring of how
1573                        the number of MPI ranks is managed. */
1574                     sprintf(temporary_cmd_line, "%s-npme 0 -nb cpu -s %s %s",
1575                             cmd_stub, tpr_names[k], cmd_args_bench);
1576                     make_sure_it_runs(temporary_cmd_line, cmdline_length, fp, fnm, nfile);
1577                 }
1578                 bFirst = FALSE;
1579
1580                 /* Do a benchmark simulation: */
1581                 if (repeats > 1)
1582                 {
1583                     sprintf(buf, ", pass %d/%d", nr+1, repeats);
1584                 }
1585                 else
1586                 {
1587                     buf[0] = '\0';
1588                 }
1589                 fprintf(stdout, "\n=== Progress %2.0f%%, tpr %d/%d, run %d/%d%s:\n",
1590                         (100.0*count)/totaltests,
1591                         k+1, nr_tprs, i+1, *pmeentries, buf);
1592                 make_backup(opt2fn("-err", nfile, fnm));
1593                 sprintf(command, "%s 1> /dev/null 2>%s", pd->mdrun_cmd_line, opt2fn("-err", nfile, fnm));
1594                 fprintf(stdout, "%s\n", pd->mdrun_cmd_line);
1595                 gmx_system_call(command);
1596
1597                 /* Collect the performance data from the log file; also check stderr
1598                  * for fatal errors */
1599                 ret = parse_logfile(opt2fn("-bg", nfile, fnm), opt2fn("-err", nfile, fnm),
1600                                     pd, nr, presteps, cpt_steps, nnodes);
1601                 if ((presteps > 0) && (ret == eParselogResetProblem))
1602                 {
1603                     bResetProblem = TRUE;
1604                 }
1605
1606                 if (-1 == pd->nPMEnodes)
1607                 {
1608                     sprintf(buf, "(%3d)", pd->guessPME);
1609                 }
1610                 else
1611                 {
1612                     sprintf(buf, "     ");
1613                 }
1614
1615                 /* Nicer output */
1616                 if (pd->PME_f_load[nr] > 0.0)
1617                 {
1618                     sprintf(str_PME_f_load, "%12.3f", pd->PME_f_load[nr]);
1619                 }
1620                 else
1621                 {
1622                     sprintf(str_PME_f_load, "%s", "         -  ");
1623                 }
1624
1625                 /* Write the data we got to disk */
1626                 fprintf(fp, "%4d%s %12.3f %12.3f %s    %s", pd->nPMEnodes,
1627                         buf, pd->Gcycles[nr], pd->ns_per_day[nr], str_PME_f_load, ParseLog[ret]);
1628                 if (!(ret == eParselogOK || ret == eParselogNoDDGrid || ret == eParselogNotFound) )
1629                 {
1630                     fprintf(fp, " Check %s file for problems.", ret == eParselogFatal ? "err" : "log");
1631                 }
1632                 fprintf(fp, "\n");
1633                 fflush(fp);
1634                 count++;
1635
1636                 /* Do some cleaning up and delete the files we do not need any more */
1637                 cleanup(fnm, nfile, k, nnodes, pd->nPMEnodes, nr, ret == eParselogFatal);
1638
1639                 /* If the first run with this number of processors already failed, do not try again: */
1640                 if (pd->Gcycles[0] <= 0.0 && repeats > 1)
1641                 {
1642                     fprintf(stdout, "Skipping remaining passes of unsuccessful setting, see log file for details.\n");
1643                     count += repeats-(nr+1);
1644                     break;
1645                 }
1646             } /* end of repeats loop */
1647             sfree(cmd_gpu_ids);
1648         }     /* end of -npme loop */
1649     }         /* end of tpr file loop */
1650
1651     if (bResetProblem)
1652     {
1653         sep_line(fp);
1654         fprintf(fp, "WARNING: The cycle and time step counters could not be reset properly. ");
1655         sep_line(fp);
1656     }
1657     sfree(command);
1658     sfree(cmd_stub);
1659 }
1660
1661
1662 static void check_input(
1663         int             nnodes,
1664         int             repeats,
1665         int            *ntprs,
1666         real           *rmin,
1667         real            rcoulomb,
1668         real           *rmax,
1669         real            maxPMEfraction,
1670         real            minPMEfraction,
1671         int             npme_fixed,
1672         gmx_int64_t     bench_nsteps,
1673         const t_filenm *fnm,
1674         int             nfile,
1675         int             sim_part,
1676         int             presteps,
1677         int             npargs,
1678         t_pargs        *pa)
1679 {
1680     int old;
1681
1682
1683     /* Make sure the input file exists */
1684     if (!gmx_fexist(opt2fn("-s", nfile, fnm)))
1685     {
1686         gmx_fatal(FARGS, "File %s not found.", opt2fn("-s", nfile, fnm));
1687     }
1688
1689     /* Make sure that the checkpoint file is not overwritten during benchmarking */
1690     if ( (0 == std::strcmp(opt2fn("-cpi", nfile, fnm), opt2fn("-bcpo", nfile, fnm)) ) && (sim_part > 1) )
1691     {
1692         gmx_fatal(FARGS, "Checkpoint input (-cpi) and benchmark checkpoint output (-bcpo) files must not be identical.\n"
1693                   "The checkpoint input file must not be overwritten during the benchmarks.\n");
1694     }
1695
1696     /* Make sure that repeats is >= 0 (if == 0, only write tpr files) */
1697     if (repeats < 0)
1698     {
1699         gmx_fatal(FARGS, "Number of repeats < 0!");
1700     }
1701
1702     /* Check number of nodes */
1703     if (nnodes < 1)
1704     {
1705         gmx_fatal(FARGS, "Number of ranks/threads must be a positive integer.");
1706     }
1707
1708     /* Automatically choose -ntpr if not set */
1709     if (*ntprs < 1)
1710     {
1711         if (nnodes < 16)
1712         {
1713             *ntprs = 1;
1714         }
1715         else
1716         {
1717             *ntprs = 3;
1718             /* Set a reasonable scaling factor for rcoulomb */
1719             if (*rmax <= 0)
1720             {
1721                 *rmax = rcoulomb * 1.2;
1722             }
1723         }
1724         fprintf(stderr, "Will test %d tpr file%s.\n", *ntprs, *ntprs == 1 ? "" : "s");
1725     }
1726     else
1727     {
1728         if (1 == *ntprs)
1729         {
1730             fprintf(stderr, "Note: Choose ntpr>1 to shift PME load between real and reciprocal space.\n");
1731         }
1732     }
1733
1734     /* Make shure that rmin <= rcoulomb <= rmax */
1735     if (*rmin <= 0)
1736     {
1737         *rmin = rcoulomb;
1738     }
1739     if (*rmax <= 0)
1740     {
1741         *rmax = rcoulomb;
1742     }
1743     if (!(*rmin <= *rmax) )
1744     {
1745         gmx_fatal(FARGS, "Please choose the Coulomb radii such that rmin <= rmax.\n"
1746                   "rmin = %g, rmax = %g, actual rcoul from .tpr file = %g\n", *rmin, *rmax, rcoulomb);
1747     }
1748     /* Add test scenarios if rmin or rmax were set */
1749     if (*ntprs <= 2)
1750     {
1751         if (!gmx_within_tol(*rmin, rcoulomb, GMX_REAL_EPS) && (*ntprs == 1) )
1752         {
1753             (*ntprs)++;
1754             fprintf(stderr, "NOTE: Setting -rmin to %g changed -ntpr to %d\n",
1755                     *rmin, *ntprs);
1756         }
1757         if (!gmx_within_tol(*rmax, rcoulomb, GMX_REAL_EPS) && (*ntprs == 1) )
1758         {
1759             (*ntprs)++;
1760             fprintf(stderr, "NOTE: Setting -rmax to %g changed -ntpr to %d\n",
1761                     *rmax, *ntprs);
1762         }
1763     }
1764     old = *ntprs;
1765     /* If one of rmin, rmax is set, we need 2 tpr files at minimum */
1766     if (!gmx_within_tol(*rmax, rcoulomb, GMX_REAL_EPS) || !gmx_within_tol(*rmin, rcoulomb, GMX_REAL_EPS) )
1767     {
1768         *ntprs = std::max(*ntprs, 2);
1769     }
1770
1771     /* If both rmin, rmax are set, we need 3 tpr files at minimum */
1772     if (!gmx_within_tol(*rmax, rcoulomb, GMX_REAL_EPS) && !gmx_within_tol(*rmin, rcoulomb, GMX_REAL_EPS) )
1773     {
1774         *ntprs = std::max(*ntprs, 3);
1775     }
1776
1777     if (old != *ntprs)
1778     {
1779         fprintf(stderr, "NOTE: Your rmin, rmax setting changed -ntpr to %d\n", *ntprs);
1780     }
1781
1782     if (*ntprs > 1)
1783     {
1784         if (gmx_within_tol(*rmin, rcoulomb, GMX_REAL_EPS) && gmx_within_tol(rcoulomb, *rmax, GMX_REAL_EPS)) /* We have just a single rc */
1785         {
1786             fprintf(stderr, "WARNING: Resetting -ntpr to 1 since no Coulomb radius scaling is requested.\n"
1787                     "Please set rmin < rmax to test Coulomb radii in the [rmin, rmax] interval\n"
1788                     "with correspondingly adjusted PME grid settings\n");
1789             *ntprs = 1;
1790         }
1791     }
1792
1793     /* Check whether max and min fraction are within required values */
1794     if (maxPMEfraction > 0.5 || maxPMEfraction < 0)
1795     {
1796         gmx_fatal(FARGS, "-max must be between 0 and 0.5");
1797     }
1798     if (minPMEfraction > 0.5 || minPMEfraction < 0)
1799     {
1800         gmx_fatal(FARGS, "-min must be between 0 and 0.5");
1801     }
1802     if (maxPMEfraction < minPMEfraction)
1803     {
1804         gmx_fatal(FARGS, "-max must be larger or equal to -min");
1805     }
1806
1807     /* Check whether the number of steps - if it was set - has a reasonable value */
1808     if (bench_nsteps < 0)
1809     {
1810         gmx_fatal(FARGS, "Number of steps must be positive.");
1811     }
1812
1813     if (bench_nsteps > 10000 || bench_nsteps < 100)
1814     {
1815         fprintf(stderr, "WARNING: steps=");
1816         fprintf(stderr, "%" GMX_PRId64, bench_nsteps);
1817         fprintf(stderr, ". Are you sure you want to perform so %s steps for each benchmark?\n", (bench_nsteps < 100) ? "few" : "many");
1818     }
1819
1820     if (presteps < 0)
1821     {
1822         gmx_fatal(FARGS, "Cannot have a negative number of presteps.\n");
1823     }
1824
1825     /* Check for rcoulomb scaling if more than one .tpr file is tested */
1826     if (*ntprs > 1)
1827     {
1828         if (*rmin/rcoulomb < 0.75 || *rmax/rcoulomb > 1.25)
1829         {
1830             fprintf(stderr, "WARNING: Applying extreme scaling factor. I hope you know what you are doing.\n");
1831         }
1832     }
1833
1834     /* If a fixed number of PME nodes is set we do rcoulomb and PME gird tuning
1835      * only. We need to check whether the requested number of PME-only nodes
1836      * makes sense. */
1837     if (npme_fixed > -1)
1838     {
1839         /* No more than 50% of all nodes can be assigned as PME-only nodes. */
1840         if (2*npme_fixed > nnodes)
1841         {
1842             gmx_fatal(FARGS, "Cannot have more than %d PME-only ranks for a total of %d ranks (you chose %d).\n",
1843                       nnodes/2, nnodes, npme_fixed);
1844         }
1845         if ((npme_fixed > 0) && (5*npme_fixed < nnodes))
1846         {
1847             fprintf(stderr, "WARNING: Only %g percent of the ranks are assigned as PME-only ranks.\n",
1848                     (100.0*npme_fixed)/nnodes);
1849         }
1850         if (opt2parg_bSet("-min", npargs, pa) || opt2parg_bSet("-max", npargs, pa))
1851         {
1852             fprintf(stderr, "NOTE: The -min, -max, and -npme options have no effect when a\n"
1853                     "      fixed number of PME-only ranks is requested with -fix.\n");
1854         }
1855     }
1856 }
1857
1858
1859 /* Returns TRUE when "opt" is needed at launch time */
1860 static gmx_bool is_launch_file(char *opt, gmx_bool bSet)
1861 {
1862     if (0 == std::strncmp(opt, "-swap", 5))
1863     {
1864         return bSet;
1865     }
1866
1867     /* Apart from the input .tpr and the output log files we need all options that
1868      * were set on the command line and that do not start with -b */
1869     if    (0 == std::strncmp(opt, "-b", 2) || 0 == std::strncmp(opt, "-s", 2)
1870            || 0 == std::strncmp(opt, "-err", 4) || 0 == std::strncmp(opt, "-p", 2) )
1871     {
1872         return FALSE;
1873     }
1874
1875     return bSet;
1876 }
1877
1878
1879 /* Returns TRUE when "opt" defines a file which is needed for the benchmarks runs */
1880 static gmx_bool is_bench_file(char *opt, gmx_bool bSet, gmx_bool bOptional, gmx_bool bIsOutput)
1881 {
1882     /* Apart from the input .tpr, all files starting with "-b" are for
1883      * _b_enchmark files exclusively */
1884     if (0 == std::strncmp(opt, "-s", 2))
1885     {
1886         return FALSE;
1887     }
1888
1889     if (0 == std::strncmp(opt, "-b", 2) || 0 == std::strncmp(opt, "-s", 2))
1890     {
1891         if (!bOptional || bSet)
1892         {
1893             return TRUE;
1894         }
1895         else
1896         {
1897             return FALSE;
1898         }
1899     }
1900     else
1901     {
1902         if (bIsOutput)
1903         {
1904             return FALSE;
1905         }
1906         else
1907         {
1908             if (bSet) /* These are additional input files like -cpi -ei */
1909             {
1910                 return TRUE;
1911             }
1912             else
1913             {
1914                 return FALSE;
1915             }
1916         }
1917     }
1918 }
1919
1920
1921 /* Adds 'buf' to 'str' */
1922 static void add_to_string(char **str, const char *buf)
1923 {
1924     int len;
1925
1926
1927     len = std::strlen(*str) + std::strlen(buf) + 1;
1928     srenew(*str, len);
1929     std::strcat(*str, buf);
1930 }
1931
1932
1933 /* Create the command line for the benchmark as well as for the real run */
1934 static void create_command_line_snippets(
1935         gmx_bool  bAppendFiles,
1936         gmx_bool  bKeepAndNumCPT,
1937         gmx_bool  bResetHWay,
1938         int       presteps,
1939         int       nfile,
1940         t_filenm  fnm[],
1941         char     *cmd_args_bench[],  /* command line arguments for benchmark runs */
1942         char     *cmd_args_launch[], /* command line arguments for simulation run */
1943         char      extra_args[],      /* Add this to the end of the command line */
1944         char     *deffnm)            /* Default file names, or NULL if not set */
1945 {
1946     int         i;
1947     char       *opt;
1948     const char *name;
1949     char        strbuf[STRLEN];
1950
1951
1952     /* strlen needs at least '\0' as a string: */
1953     snew(*cmd_args_bench, 1);
1954     snew(*cmd_args_launch, 1);
1955     *cmd_args_launch[0] = '\0';
1956     *cmd_args_bench[0]  = '\0';
1957
1958
1959     /*******************************************/
1960     /* 1. Process other command line arguments */
1961     /*******************************************/
1962     if (presteps > 0)
1963     {
1964         /* Add equilibration steps to benchmark options */
1965         sprintf(strbuf, "-resetstep %d ", presteps);
1966         add_to_string(cmd_args_bench, strbuf);
1967     }
1968     /* These switches take effect only at launch time */
1969     if (deffnm)
1970     {
1971         sprintf(strbuf, "-deffnm %s ", deffnm);
1972         add_to_string(cmd_args_launch, strbuf);
1973     }
1974     if (FALSE == bAppendFiles)
1975     {
1976         add_to_string(cmd_args_launch, "-noappend ");
1977     }
1978     if (bKeepAndNumCPT)
1979     {
1980         add_to_string(cmd_args_launch, "-cpnum ");
1981     }
1982     if (bResetHWay)
1983     {
1984         add_to_string(cmd_args_launch, "-resethway ");
1985     }
1986
1987     /********************/
1988     /* 2. Process files */
1989     /********************/
1990     for (i = 0; i < nfile; i++)
1991     {
1992         opt  = (char *)fnm[i].opt;
1993         name = opt2fn(opt, nfile, fnm);
1994
1995         /* Strbuf contains the options, now let's sort out where we need that */
1996         sprintf(strbuf, "%s %s ", opt, name);
1997
1998         if (is_bench_file(opt, opt2bSet(opt, nfile, fnm), is_optional(&fnm[i]), is_output(&fnm[i])) )
1999         {
2000             /* All options starting with -b* need the 'b' removed,
2001              * therefore overwrite strbuf */
2002             if (0 == std::strncmp(opt, "-b", 2))
2003             {
2004                 sprintf(strbuf, "-%s %s ", &opt[2], name);
2005             }
2006
2007             add_to_string(cmd_args_bench, strbuf);
2008         }
2009
2010         if (is_launch_file(opt, opt2bSet(opt, nfile, fnm)) )
2011         {
2012             add_to_string(cmd_args_launch, strbuf);
2013         }
2014     }
2015
2016     add_to_string(cmd_args_bench, extra_args);
2017     add_to_string(cmd_args_launch, extra_args);
2018 }
2019
2020
2021 /* Set option opt */
2022 static void setopt(const char *opt, int nfile, t_filenm fnm[])
2023 {
2024     int i;
2025
2026     for (i = 0; (i < nfile); i++)
2027     {
2028         if (std::strcmp(opt, fnm[i].opt) == 0)
2029         {
2030             fnm[i].flag |= ffSET;
2031         }
2032     }
2033 }
2034
2035
2036 /* This routine inspects the tpr file and ...
2037  * 1. checks for output files that get triggered by a tpr option. These output
2038  *    files are marked as 'set' to allow for a proper cleanup after each
2039  *    tuning run.
2040  * 2. returns the PME:PP load ratio
2041  * 3. returns rcoulomb from the tpr */
2042 static float inspect_tpr(int nfile, t_filenm fnm[], real *rcoulomb)
2043 {
2044     gmx_bool     bTpi;      /* Is test particle insertion requested?          */
2045     gmx_bool     bFree;     /* Is a free energy simulation requested?         */
2046     gmx_bool     bNM;       /* Is a normal mode analysis requested?           */
2047     gmx_bool     bSwap;     /* Is water/ion position swapping requested?      */
2048     t_state      state;
2049     gmx_mtop_t   mtop;
2050
2051
2052     /* Check tpr file for options that trigger extra output files */
2053     t_inputrec  irInstance;
2054     t_inputrec *ir = &irInstance;
2055     read_tpx_state(opt2fn("-s", nfile, fnm), ir, &state, &mtop);
2056     bFree = (efepNO  != ir->efep );
2057     bNM   = (eiNM    == ir->eI   );
2058     bSwap = (eswapNO != ir->eSwapCoords);
2059     bTpi  = EI_TPI(ir->eI);
2060
2061     /* Set these output files on the tuning command-line */
2062     if (ir->bPull)
2063     {
2064         setopt("-pf", nfile, fnm);
2065         setopt("-px", nfile, fnm);
2066     }
2067     if (bFree)
2068     {
2069         setopt("-dhdl", nfile, fnm);
2070     }
2071     if (bTpi)
2072     {
2073         setopt("-tpi", nfile, fnm);
2074         setopt("-tpid", nfile, fnm);
2075     }
2076     if (bNM)
2077     {
2078         setopt("-mtx", nfile, fnm);
2079     }
2080     if (bSwap)
2081     {
2082         setopt("-swap", nfile, fnm);
2083     }
2084
2085     *rcoulomb = ir->rcoulomb;
2086
2087     /* Return the estimate for the number of PME nodes */
2088     float npme = pme_load_estimate(&mtop, ir, state.box);
2089     return npme;
2090 }
2091
2092
2093 static void couple_files_options(int nfile, t_filenm fnm[])
2094 {
2095     int      i;
2096     gmx_bool bSet, bBench;
2097     char    *opt;
2098     char     buf[20];
2099
2100
2101     for (i = 0; i < nfile; i++)
2102     {
2103         opt    = (char *)fnm[i].opt;
2104         bSet   = ((fnm[i].flag & ffSET) != 0);
2105         bBench = (0 == std::strncmp(opt, "-b", 2));
2106
2107         /* Check optional files */
2108         /* If e.g. -eo is set, then -beo also needs to be set */
2109         if (is_optional(&fnm[i]) && bSet && !bBench)
2110         {
2111             sprintf(buf, "-b%s", &opt[1]);
2112             setopt(buf, nfile, fnm);
2113         }
2114         /* If -beo is set, then -eo also needs to be! */
2115         if (is_optional(&fnm[i]) && bSet && bBench)
2116         {
2117             sprintf(buf, "-%s", &opt[2]);
2118             setopt(buf, nfile, fnm);
2119         }
2120     }
2121 }
2122
2123
2124 #define BENCHSTEPS (1000)
2125
2126 int gmx_tune_pme(int argc, char *argv[])
2127 {
2128     const char     *desc[] = {
2129         "For a given number [TT]-np[tt] or [TT]-ntmpi[tt] of ranks, [THISMODULE] systematically",
2130         "times [gmx-mdrun] with various numbers of PME-only ranks and determines",
2131         "which setting is fastest. It will also test whether performance can",
2132         "be enhanced by shifting load from the reciprocal to the real space",
2133         "part of the Ewald sum. ",
2134         "Simply pass your [REF].tpr[ref] file to [THISMODULE] together with other options",
2135         "for [gmx-mdrun] as needed.[PAR]",
2136         "[THISMODULE] needs to call [gmx-mdrun] and so requires that you",
2137         "specify how to call mdrun with the argument to the [TT]-mdrun[tt]",
2138         "parameter. Depending how you have built GROMACS, values such as",
2139         "'gmx mdrun', 'gmx_d mdrun', or 'mdrun_mpi' might be needed.[PAR]",
2140         "The program that runs MPI programs can be set in the environment variable",
2141         "MPIRUN (defaults to 'mpirun'). Note that for certain MPI frameworks,",
2142         "you need to provide a machine- or hostfile. This can also be passed",
2143         "via the MPIRUN variable, e.g.[PAR]",
2144         "[TT]export MPIRUN=\"/usr/local/mpirun -machinefile hosts\"[tt]",
2145         "Note that in such cases it is normally necessary to compile",
2146         "and/or run [THISMODULE] without MPI support, so that it can call",
2147         "the MPIRUN program.[PAR]",
2148         "Before doing the actual benchmark runs, [THISMODULE] will do a quick",
2149         "check whether [gmx-mdrun] works as expected with the provided parallel settings",
2150         "if the [TT]-check[tt] option is activated (the default).",
2151         "Please call [THISMODULE] with the normal options you would pass to",
2152         "[gmx-mdrun] and add [TT]-np[tt] for the number of ranks to perform the",
2153         "tests on, or [TT]-ntmpi[tt] for the number of threads. You can also add [TT]-r[tt]",
2154         "to repeat each test several times to get better statistics. [PAR]",
2155         "[THISMODULE] can test various real space / reciprocal space workloads",
2156         "for you. With [TT]-ntpr[tt] you control how many extra [REF].tpr[ref] files will be",
2157         "written with enlarged cutoffs and smaller Fourier grids respectively.",
2158         "Typically, the first test (number 0) will be with the settings from the input",
2159         "[REF].tpr[ref] file; the last test (number [TT]ntpr[tt]) will have the Coulomb cutoff",
2160         "specified by [TT]-rmax[tt] with a somewhat smaller PME grid at the same time. ",
2161         "In this last test, the Fourier spacing is multiplied with [TT]rmax[tt]/rcoulomb. ",
2162         "The remaining [REF].tpr[ref] files will have equally-spaced Coulomb radii (and Fourier "
2163         "spacings) between these extremes. [BB]Note[bb] that you can set [TT]-ntpr[tt] to 1",
2164         "if you just seek the optimal number of PME-only ranks; in that case",
2165         "your input [REF].tpr[ref] file will remain unchanged.[PAR]",
2166         "For the benchmark runs, the default of 1000 time steps should suffice for most",
2167         "MD systems. The dynamic load balancing needs about 100 time steps",
2168         "to adapt to local load imbalances, therefore the time step counters",
2169         "are by default reset after 100 steps. For large systems (>1M atoms), as well as ",
2170         "for a higher accuracy of the measurements, you should set [TT]-resetstep[tt] to a higher value.",
2171         "From the 'DD' load imbalance entries in the md.log output file you",
2172         "can tell after how many steps the load is sufficiently balanced. Example call:[PAR]"
2173         "[TT]gmx tune_pme -np 64 -s protein.tpr -launch[tt][PAR]",
2174         "After calling [gmx-mdrun] several times, detailed performance information",
2175         "is available in the output file [TT]perf.out[tt].",
2176         "[BB]Note[bb] that during the benchmarks, a couple of temporary files are written",
2177         "(options [TT]-b*[tt]), these will be automatically deleted after each test.[PAR]",
2178         "If you want the simulation to be started automatically with the",
2179         "optimized parameters, use the command line option [TT]-launch[tt].[PAR]",
2180         "Basic support for GPU-enabled [TT]mdrun[tt] exists. Give a string containing the IDs",
2181         "of the GPUs that you wish to use in the optimization in the [TT]-gpu_id[tt]",
2182         "command-line argument. Unlike [TT]mdrun -gpu_id[tt], this does not imply a mapping",
2183         "but merely the eligible set. [TT]g_tune_pme[tt] will construct calls to",
2184         "mdrun that use this set appropriately, assuming that PP ranks with low indices",
2185         "should map to GPUs with low indices, and increasing both monotonically",
2186         "over the respective sets.[PAR]",
2187     };
2188
2189     int             nnodes         = 1;
2190     int             repeats        = 2;
2191     int             pmeentries     = 0; /* How many values for -npme do we actually test for each tpr file */
2192     real            maxPMEfraction = 0.50;
2193     real            minPMEfraction = 0.25;
2194     int             maxPMEnodes, minPMEnodes;
2195     float           guessPMEratio;                    /* guessed PME:PP ratio based on the tpr file */
2196     float           guessPMEnodes;
2197     int             npme_fixed     = -2;              /* If >= -1, use only this number
2198                                                        * of PME-only nodes                */
2199     int             ntprs          = 0;
2200     real            rmin           = 0.0, rmax = 0.0; /* min and max value for rcoulomb if scaling is requested */
2201     real            rcoulomb       = -1.0;            /* Coulomb radius as set in .tpr file */
2202     gmx_bool        bScaleRvdw     = TRUE;
2203     gmx_int64_t     bench_nsteps   = BENCHSTEPS;
2204     gmx_int64_t     new_sim_nsteps = -1;   /* -1 indicates: not set by the user */
2205     gmx_int64_t     cpt_steps      = 0;    /* Step counter in .cpt input file   */
2206     int             presteps       = 1500; /* Do a full cycle reset after presteps steps */
2207     gmx_bool        bOverwrite     = FALSE, bKeepTPR;
2208     gmx_bool        bLaunch        = FALSE;
2209     char           *ExtraArgs      = nullptr;
2210     char          **tpr_names      = nullptr;
2211     const char     *simulation_tpr = nullptr;
2212     char           *deffnm         = nullptr;
2213     int             best_npme, best_tpr;
2214     int             sim_part = 1; /* For benchmarks with checkpoint files */
2215     char            bbuf[STRLEN];
2216
2217
2218     /* Default program names if nothing else is found */
2219     char               *cmd_mpirun = nullptr, *cmd_mdrun = nullptr;
2220     char               *cmd_args_bench, *cmd_args_launch;
2221     char               *cmd_np           = nullptr;
2222
2223     /* IDs of GPUs that are eligible for computation */
2224     char               *eligible_gpu_ids = nullptr;
2225     t_eligible_gpu_ids *gpu_ids          = nullptr;
2226
2227     t_perf            **perfdata = nullptr;
2228     t_inputinfo        *info;
2229     int                 i;
2230     FILE               *fp;
2231
2232     /* Print out how long the tuning took */
2233     double          seconds;
2234
2235     static t_filenm fnm[] = {
2236         /* g_tune_pme */
2237         { efOUT, "-p",      "perf",     ffWRITE },
2238         { efLOG, "-err",    "bencherr", ffWRITE },
2239         { efTPR, "-so",     "tuned",    ffWRITE },
2240         /* mdrun: */
2241         { efTPR, nullptr,      nullptr,       ffREAD },
2242         { efTRN, "-o",      nullptr,       ffWRITE },
2243         { efCOMPRESSED, "-x", nullptr,     ffOPTWR },
2244         { efCPT, "-cpi",    nullptr,       ffOPTRD },
2245         { efCPT, "-cpo",    nullptr,       ffOPTWR },
2246         { efSTO, "-c",      "confout",  ffWRITE },
2247         { efEDR, "-e",      "ener",     ffWRITE },
2248         { efLOG, "-g",      "md",       ffWRITE },
2249         { efXVG, "-dhdl",   "dhdl",     ffOPTWR },
2250         { efXVG, "-field",  "field",    ffOPTWR },
2251         { efXVG, "-table",  "table",    ffOPTRD },
2252         { efXVG, "-tablep", "tablep",   ffOPTRD },
2253         { efXVG, "-tableb", "table",    ffOPTRD },
2254         { efTRX, "-rerun",  "rerun",    ffOPTRD },
2255         { efXVG, "-tpi",    "tpi",      ffOPTWR },
2256         { efXVG, "-tpid",   "tpidist",  ffOPTWR },
2257         { efEDI, "-ei",     "sam",      ffOPTRD },
2258         { efXVG, "-eo",     "edsam",    ffOPTWR },
2259         { efXVG, "-devout", "deviatie", ffOPTWR },
2260         { efXVG, "-runav",  "runaver",  ffOPTWR },
2261         { efXVG, "-px",     "pullx",    ffOPTWR },
2262         { efXVG, "-pf",     "pullf",    ffOPTWR },
2263         { efXVG, "-ro",     "rotation", ffOPTWR },
2264         { efLOG, "-ra",     "rotangles", ffOPTWR },
2265         { efLOG, "-rs",     "rotslabs", ffOPTWR },
2266         { efLOG, "-rt",     "rottorque", ffOPTWR },
2267         { efMTX, "-mtx",    "nm",       ffOPTWR },
2268         { efXVG, "-swap",   "swapions", ffOPTWR },
2269         /* Output files that are deleted after each benchmark run */
2270         { efTRN, "-bo",     "bench",    ffWRITE },
2271         { efXTC, "-bx",     "bench",    ffWRITE },
2272         { efCPT, "-bcpo",   "bench",    ffWRITE },
2273         { efSTO, "-bc",     "bench",    ffWRITE },
2274         { efEDR, "-be",     "bench",    ffWRITE },
2275         { efLOG, "-bg",     "bench",    ffWRITE },
2276         { efXVG, "-beo",    "benchedo", ffOPTWR },
2277         { efXVG, "-bdhdl",  "benchdhdl", ffOPTWR },
2278         { efXVG, "-bfield", "benchfld", ffOPTWR },
2279         { efXVG, "-btpi",   "benchtpi", ffOPTWR },
2280         { efXVG, "-btpid",  "benchtpid", ffOPTWR },
2281         { efXVG, "-bdevout", "benchdev", ffOPTWR },
2282         { efXVG, "-brunav", "benchrnav", ffOPTWR },
2283         { efXVG, "-bpx",    "benchpx",  ffOPTWR },
2284         { efXVG, "-bpf",    "benchpf",  ffOPTWR },
2285         { efXVG, "-bro",    "benchrot", ffOPTWR },
2286         { efLOG, "-bra",    "benchrota", ffOPTWR },
2287         { efLOG, "-brs",    "benchrots", ffOPTWR },
2288         { efLOG, "-brt",    "benchrott", ffOPTWR },
2289         { efMTX, "-bmtx",   "benchn",   ffOPTWR },
2290         { efNDX, "-bdn",    "bench",    ffOPTWR },
2291         { efXVG, "-bswap",  "benchswp", ffOPTWR }
2292     };
2293
2294     gmx_bool        bThreads     = FALSE;
2295
2296     int             nthreads = 1;
2297
2298     const char     *procstring[] =
2299     { nullptr, "np", "n", "none", nullptr };
2300     const char     *npmevalues_opt[] =
2301     { nullptr, "auto", "all", "subset", nullptr };
2302
2303     gmx_bool          bAppendFiles          = TRUE;
2304     gmx_bool          bKeepAndNumCPT        = FALSE;
2305     gmx_bool          bResetCountersHalfWay = FALSE;
2306     gmx_bool          bBenchmark            = TRUE;
2307     gmx_bool          bCheck                = TRUE;
2308
2309     gmx_output_env_t *oenv = nullptr;
2310
2311     t_pargs           pa[] = {
2312         /***********************/
2313         /* g_tune_pme options: */
2314         /***********************/
2315         { "-mdrun",    FALSE, etSTR,  {&cmd_mdrun},
2316           "Command line to run a simulation, e.g. 'gmx mdrun' or 'mdrun_mpi'" },
2317         { "-np",       FALSE, etINT,  {&nnodes},
2318           "Number of ranks to run the tests on (must be > 2 for separate PME ranks)" },
2319         { "-npstring", FALSE, etENUM, {procstring},
2320           "Name of the [TT]$MPIRUN[tt] option that specifies the number of ranks to use ('np', or 'n'; use 'none' if there is no such option)" },
2321         { "-ntmpi",    FALSE, etINT,  {&nthreads},
2322           "Number of MPI-threads to run the tests on (turns MPI & mpirun off)"},
2323         { "-r",        FALSE, etINT,  {&repeats},
2324           "Repeat each test this often" },
2325         { "-max",      FALSE, etREAL, {&maxPMEfraction},
2326           "Max fraction of PME ranks to test with" },
2327         { "-min",      FALSE, etREAL, {&minPMEfraction},
2328           "Min fraction of PME ranks to test with" },
2329         { "-npme",     FALSE, etENUM, {npmevalues_opt},
2330           "Within -min and -max, benchmark all possible values for [TT]-npme[tt], or just a reasonable subset. "
2331           "Auto neglects -min and -max and chooses reasonable values around a guess for npme derived from the .tpr"},
2332         { "-fix",      FALSE, etINT,  {&npme_fixed},
2333           "If >= -1, do not vary the number of PME-only ranks, instead use this fixed value and only vary rcoulomb and the PME grid spacing."},
2334         { "-rmax",     FALSE, etREAL, {&rmax},
2335           "If >0, maximal rcoulomb for -ntpr>1 (rcoulomb upscaling results in fourier grid downscaling)" },
2336         { "-rmin",     FALSE, etREAL, {&rmin},
2337           "If >0, minimal rcoulomb for -ntpr>1" },
2338         { "-scalevdw",  FALSE, etBOOL, {&bScaleRvdw},
2339           "Scale rvdw along with rcoulomb"},
2340         { "-ntpr",     FALSE, etINT,  {&ntprs},
2341           "Number of [REF].tpr[ref] files to benchmark. Create this many files with different rcoulomb scaling factors depending on -rmin and -rmax. "
2342           "If < 1, automatically choose the number of [REF].tpr[ref] files to test" },
2343         { "-steps",    FALSE, etINT64, {&bench_nsteps},
2344           "Take timings for this many steps in the benchmark runs" },
2345         { "-resetstep", FALSE, etINT,  {&presteps},
2346           "Let dlb equilibrate this many steps before timings are taken (reset cycle counters after this many steps)" },
2347         { "-nsteps",   FALSE, etINT64, {&new_sim_nsteps},
2348           "If non-negative, perform this many steps in the real run (overwrites nsteps from [REF].tpr[ref], add [REF].cpt[ref] steps)" },
2349         { "-launch",   FALSE, etBOOL, {&bLaunch},
2350           "Launch the real simulation after optimization" },
2351         { "-bench",    FALSE, etBOOL, {&bBenchmark},
2352           "Run the benchmarks or just create the input [REF].tpr[ref] files?" },
2353         { "-check",    FALSE, etBOOL, {&bCheck},
2354           "Before the benchmark runs, check whether mdrun works in parallel" },
2355         { "-gpu_id",   FALSE, etSTR,  {&eligible_gpu_ids},
2356           "List of GPU device id-s that are eligible for use (unlike mdrun, does not imply any mapping)" },
2357         /******************/
2358         /* mdrun options: */
2359         /******************/
2360         /* We let g_tune_pme parse and understand these options, because we need to
2361          * prevent that they appear on the mdrun command line for the benchmarks */
2362         { "-append",   FALSE, etBOOL, {&bAppendFiles},
2363           "Append to previous output files when continuing from checkpoint instead of adding the simulation part number to all file names (for launch only)" },
2364         { "-cpnum",    FALSE, etBOOL, {&bKeepAndNumCPT},
2365           "Keep and number checkpoint files (launch only)" },
2366         { "-deffnm",   FALSE, etSTR,  {&deffnm},
2367           "Set the default filenames (launch only)" },
2368         { "-resethway", FALSE, etBOOL, {&bResetCountersHalfWay},
2369           "HIDDENReset the cycle counters after half the number of steps or halfway [TT]-maxh[tt] (launch only)" }
2370     };
2371
2372 #define NFILE asize(fnm)
2373
2374     seconds = gmx_gettime();
2375
2376     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_NOEXIT_ON_ARGS,
2377                            NFILE, fnm, asize(pa), pa, asize(desc), desc,
2378                            0, nullptr, &oenv))
2379     {
2380         return 0;
2381     }
2382
2383     // procstring[0] is used inside two different conditionals further down
2384     GMX_RELEASE_ASSERT(procstring[0] != nullptr, "Options inconsistency; procstring[0] is NULL");
2385
2386     /* Store the remaining unparsed command line entries in a string which
2387      * is then attached to the mdrun command line */
2388     snew(ExtraArgs, 1);
2389     ExtraArgs[0] = '\0';
2390     for (i = 1; i < argc; i++) /* argc will now be 1 if everything was understood */
2391     {
2392         add_to_string(&ExtraArgs, argv[i]);
2393         add_to_string(&ExtraArgs, " ");
2394     }
2395
2396     if (opt2parg_bSet("-ntmpi", asize(pa), pa))
2397     {
2398         bThreads = TRUE;
2399         if (opt2parg_bSet("-npstring", asize(pa), pa))
2400         {
2401             fprintf(stderr, "WARNING: -npstring has no effect when using threads.\n");
2402         }
2403
2404         if (nnodes > 1)
2405         {
2406             gmx_fatal(FARGS, "Can't run multi-threaded MPI simulation yet!");
2407         }
2408         /* and now we just set this; a bit of an ugly hack*/
2409         nnodes = nthreads;
2410     }
2411     /* Check for PME:PP ratio and whether tpr triggers additional output files */
2412     guessPMEratio = inspect_tpr(NFILE, fnm, &rcoulomb);
2413
2414     /* Automatically set -beo options if -eo is set etc. */
2415     couple_files_options(NFILE, fnm);
2416
2417     /* Construct the command line arguments for benchmark runs
2418      * as well as for the simulation run */
2419     if (bThreads)
2420     {
2421         sprintf(bbuf, " -ntmpi %d ", nthreads);
2422     }
2423     else
2424     {
2425         /* This string will be used for MPI runs and will appear after the
2426          * mpirun command. */
2427         if (std::strcmp(procstring[0], "none") != 0)
2428         {
2429             sprintf(bbuf, " -%s %d ", procstring[0], nnodes);
2430         }
2431         else
2432         {
2433             sprintf(bbuf, " ");
2434         }
2435     }
2436
2437     cmd_np = bbuf;
2438
2439     create_command_line_snippets(bAppendFiles, bKeepAndNumCPT, bResetCountersHalfWay, presteps,
2440                                  NFILE, fnm, &cmd_args_bench, &cmd_args_launch, ExtraArgs, deffnm);
2441
2442     /* Prepare to use checkpoint file if requested */
2443     sim_part = 1;
2444     if (opt2bSet("-cpi", NFILE, fnm))
2445     {
2446         const char *filename = opt2fn("-cpi", NFILE, fnm);
2447         int         cpt_sim_part;
2448         read_checkpoint_part_and_step(filename,
2449                                       &cpt_sim_part, &cpt_steps);
2450         if (cpt_sim_part == 0)
2451         {
2452             gmx_fatal(FARGS, "Checkpoint file %s could not be read!", filename);
2453         }
2454         /* tune_pme will run the next part of the simulation */
2455         sim_part = cpt_sim_part + 1;
2456     }
2457
2458     /* Open performance output file and write header info */
2459     fp = gmx_ffopen(opt2fn("-p", NFILE, fnm), "w");
2460
2461     /* Make a quick consistency check of command line parameters */
2462     check_input(nnodes, repeats, &ntprs, &rmin, rcoulomb, &rmax,
2463                 maxPMEfraction, minPMEfraction, npme_fixed,
2464                 bench_nsteps, fnm, NFILE, sim_part, presteps,
2465                 asize(pa), pa);
2466     /* Check any GPU IDs passed make sense, and fill the data structure for them */
2467     snew(gpu_ids, 1);
2468     parse_digits_from_string(eligible_gpu_ids, &gpu_ids->n, &gpu_ids->ids);
2469
2470     /* Determine the maximum and minimum number of PME nodes to test,
2471      * the actual list of settings is build in do_the_tests(). */
2472     if ((nnodes > 2) && (npme_fixed < -1))
2473     {
2474         if (0 == std::strcmp(npmevalues_opt[0], "auto"))
2475         {
2476             /* Determine the npme range automatically based on the PME:PP load guess */
2477             if (guessPMEratio > 1.0)
2478             {
2479                 /* More PME than PP work, probably we do not need separate PME nodes at all! */
2480                 maxPMEnodes = nnodes/2;
2481                 minPMEnodes = nnodes/2;
2482             }
2483             else
2484             {
2485                 /* PME : PP load is in the range 0..1, let's test around the guess */
2486                 guessPMEnodes = static_cast<int>(nnodes/(1.0 + 1.0/guessPMEratio));
2487                 minPMEnodes   = static_cast<int>(std::floor(0.7*guessPMEnodes));
2488                 maxPMEnodes   = static_cast<int>(std::ceil(1.6*guessPMEnodes));
2489                 maxPMEnodes   = std::min(maxPMEnodes, nnodes/2);
2490             }
2491         }
2492         else
2493         {
2494             /* Determine the npme range based on user input */
2495             maxPMEnodes = static_cast<int>(std::floor(maxPMEfraction*nnodes));
2496             minPMEnodes = std::max(static_cast<int>(std::floor(minPMEfraction*nnodes)), 0);
2497             fprintf(stdout, "Will try runs with %d ", minPMEnodes);
2498             if (maxPMEnodes != minPMEnodes)
2499             {
2500                 fprintf(stdout, "- %d ", maxPMEnodes);
2501             }
2502             fprintf(stdout, "PME-only ranks.\n  Note that the automatic number of PME-only ranks and no separate PME ranks are always tested.\n");
2503         }
2504     }
2505     else
2506     {
2507         maxPMEnodes = 0;
2508         minPMEnodes = 0;
2509     }
2510
2511     /* Get the commands we need to set up the runs from environment variables */
2512     get_program_paths(bThreads, &cmd_mpirun, &cmd_mdrun);
2513     if (bBenchmark && repeats > 0)
2514     {
2515         check_mdrun_works(bThreads, cmd_mpirun, cmd_np, cmd_mdrun, nullptr != eligible_gpu_ids);
2516     }
2517
2518     /* Print some header info to file */
2519     sep_line(fp);
2520     fprintf(fp, "\n      P E R F O R M A N C E   R E S U L T S\n");
2521     sep_line(fp);
2522     fprintf(fp, "%s for GROMACS %s\n", output_env_get_program_display_name(oenv),
2523             gmx_version());
2524     if (!bThreads)
2525     {
2526         fprintf(fp, "Number of ranks         : %d\n", nnodes);
2527         fprintf(fp, "The mpirun command is   : %s\n", cmd_mpirun);
2528         if (std::strcmp(procstring[0], "none") != 0)
2529         {
2530             fprintf(fp, "Passing # of ranks via  : -%s\n", procstring[0]);
2531         }
2532         else
2533         {
2534             fprintf(fp, "Not setting number of ranks in system call\n");
2535         }
2536     }
2537     else
2538     {
2539         fprintf(fp, "Number of threads       : %d\n", nnodes);
2540     }
2541
2542     fprintf(fp, "The mdrun  command is   : %s\n", cmd_mdrun);
2543     fprintf(fp, "mdrun args benchmarks   : %s\n", cmd_args_bench);
2544     fprintf(fp, "Benchmark steps         : ");
2545     fprintf(fp, "%" GMX_PRId64, bench_nsteps);
2546     fprintf(fp, "\n");
2547     fprintf(fp, "dlb equilibration steps : %d\n", presteps);
2548     if (sim_part > 1)
2549     {
2550         fprintf(fp, "Checkpoint time step    : ");
2551         fprintf(fp, "%" GMX_PRId64, cpt_steps);
2552         fprintf(fp, "\n");
2553     }
2554     fprintf(fp, "mdrun args at launchtime: %s\n", cmd_args_launch);
2555
2556     if (new_sim_nsteps >= 0)
2557     {
2558         bOverwrite = TRUE;
2559         fprintf(stderr, "Note: Simulation input file %s will have ", opt2fn("-so", NFILE, fnm));
2560         fprintf(stderr, "%" GMX_PRId64, new_sim_nsteps+cpt_steps);
2561         fprintf(stderr, " steps.\n");
2562         fprintf(fp, "Simulation steps        : ");
2563         fprintf(fp, "%" GMX_PRId64, new_sim_nsteps);
2564         fprintf(fp, "\n");
2565     }
2566     if (repeats > 1)
2567     {
2568         fprintf(fp, "Repeats for each test   : %d\n", repeats);
2569     }
2570
2571     if (npme_fixed >= -1)
2572     {
2573         fprintf(fp, "Fixing -npme at         : %d\n", npme_fixed);
2574     }
2575
2576     fprintf(fp, "Input file              : %s\n", opt2fn("-s", NFILE, fnm));
2577     fprintf(fp, "   PME/PP load estimate : %g\n", guessPMEratio);
2578
2579     /* Allocate memory for the inputinfo struct: */
2580     snew(info, 1);
2581     info->nr_inputfiles = ntprs;
2582     for (i = 0; i < ntprs; i++)
2583     {
2584         snew(info->rcoulomb, ntprs);
2585         snew(info->rvdw, ntprs);
2586         snew(info->rlist, ntprs);
2587         snew(info->nkx, ntprs);
2588         snew(info->nky, ntprs);
2589         snew(info->nkz, ntprs);
2590         snew(info->fsx, ntprs);
2591         snew(info->fsy, ntprs);
2592         snew(info->fsz, ntprs);
2593     }
2594     /* Make alternative tpr files to test: */
2595     snew(tpr_names, ntprs);
2596     for (i = 0; i < ntprs; i++)
2597     {
2598         snew(tpr_names[i], STRLEN);
2599     }
2600
2601     /* It can be that ntprs is reduced by make_benchmark_tprs if not enough
2602      * different grids could be found. */
2603     make_benchmark_tprs(opt2fn("-s", NFILE, fnm), tpr_names, bench_nsteps+presteps,
2604                         cpt_steps, rmin, rmax, bScaleRvdw, &ntprs, info, fp);
2605
2606     /********************************************************************************/
2607     /* Main loop over all scenarios we need to test: tpr files, PME nodes, repeats  */
2608     /********************************************************************************/
2609     snew(perfdata, ntprs);
2610     if (bBenchmark)
2611     {
2612         GMX_RELEASE_ASSERT(npmevalues_opt[0] != nullptr, "Options inconsistency; npmevalues_opt[0] is NULL");
2613         do_the_tests(fp, tpr_names, maxPMEnodes, minPMEnodes, npme_fixed, npmevalues_opt[0], perfdata, &pmeentries,
2614                      repeats, nnodes, ntprs, bThreads, cmd_mpirun, cmd_np, cmd_mdrun,
2615                      cmd_args_bench, fnm, NFILE, presteps, cpt_steps, bCheck, gpu_ids);
2616
2617         fprintf(fp, "\nTuning took%8.1f minutes.\n", (gmx_gettime()-seconds)/60.0);
2618
2619         /* Analyse the results and give a suggestion for optimal settings: */
2620         bKeepTPR = analyze_data(fp, opt2fn("-p", NFILE, fnm), perfdata, nnodes, ntprs, pmeentries,
2621                                 repeats, info, &best_tpr, &best_npme);
2622
2623         /* Take the best-performing tpr file and enlarge nsteps to original value */
2624         if (bKeepTPR && !bOverwrite)
2625         {
2626             simulation_tpr = opt2fn("-s", NFILE, fnm);
2627         }
2628         else
2629         {
2630             simulation_tpr = opt2fn("-so", NFILE, fnm);
2631             modify_PMEsettings(bOverwrite ? (new_sim_nsteps+cpt_steps) : info->orig_sim_steps,
2632                                info->orig_init_step, tpr_names[best_tpr], simulation_tpr);
2633         }
2634
2635         /* Let's get rid of the temporary benchmark input files */
2636         for (i = 0; i < ntprs; i++)
2637         {
2638             fprintf(stdout, "Deleting temporary benchmark input file %s\n", tpr_names[i]);
2639             remove(tpr_names[i]);
2640         }
2641
2642         /* Now start the real simulation if the user requested it ... */
2643         launch_simulation(bLaunch, fp, bThreads, cmd_mpirun, cmd_np, cmd_mdrun,
2644                           cmd_args_launch, simulation_tpr, nnodes, best_npme, gpu_ids);
2645     }
2646     gmx_ffclose(fp);
2647
2648     /* ... or simply print the performance results to screen: */
2649     if (!bLaunch)
2650     {
2651         finalize(opt2fn("-p", NFILE, fnm));
2652     }
2653
2654     return 0;
2655 }