src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <cmath>
  40 #include <cstdlib>
  41 #include <cstring>
  42
  43 #include <algorithm>
  44 #include <string>
  45
  46 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  47 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  48 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  54 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  55 #include "gromacs/math/vec.h"
  56 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  57 #include "gromacs/topology/index.h"
  58 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  59 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  60 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  61 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  62 #include "gromacs/utility/futil.h"
  63 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  64 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  65
  66 #define TIME_EXPLICIT 0
  67 #define TIME_CONTINUE 1
  68 #define TIME_LAST     2
  69 #ifndef FLT_MAX
  70 #define FLT_MAX 1e36
  71 #endif
  72 #define FLAGS (TRX_READ_X | TRX_READ_V | TRX_READ_F)
  73
  74 static void scan_trj_files(gmx::ArrayRef<const std::string> files,
  75                            real *readtime,
  76                            real *timestep, int imax,
  77                            const gmx_output_env_t *oenv)
  78 {
  79     /* Check start time of all files */
  80     int          natoms = 0;
  81     t_trxstatus *status;
  82     t_trxframe   fr;
  83     bool         ok;
  84
  85     for (gmx::index i = 0; i < files.size(); i++)
  86     {
  87         ok = read_first_frame(oenv, &status, files[i].c_str(), &fr, FLAGS);
  88
  89         if (!ok)
  90         {
  91             gmx_fatal(FARGS, "\nCouldn't read frame from file." );
  92         }
  93         if (fr.bTime)
  94         {
  95             readtime[i] = fr.time;
  96         }
  97         else
  98         {
  99             readtime[i] = 0;
 100             fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 101         }
 102
 103         if (i == 0)
 104         {
 105             natoms = fr.natoms;
 106         }
 107         else
 108         {
 109             if (imax == -1)
 110             {
 111                 if (natoms != fr.natoms)
 112                 {
 113                     gmx_fatal(FARGS, "\nDifferent numbers of atoms (%d/%d) in files",
 114                               natoms, fr.natoms);
 115                 }
 116             }
 117             else
 118             {
 119                 if (fr.natoms <= imax)
 120                 {
 121                     gmx_fatal(FARGS, "\nNot enough atoms (%d) for index group (%d)",
 122                               fr.natoms, imax);
 123                 }
 124             }
 125         }
 126         ok = read_next_frame(oenv, status, &fr);
 127         if (ok && fr.bTime)
 128         {
 129             timestep[i] = fr.time - readtime[i];
 130         }
 131         else
 132         {
 133             timestep[i] = 0;
 134         }
 135
 136         close_trx(status);
 137         if (fr.bX)
 138         {
 139             sfree(fr.x);
 140         }
 141         if (fr.bV)
 142         {
 143             sfree(fr.v);
 144         }
 145         if (fr.bF)
 146         {
 147             sfree(fr.f);
 148         }
 149     }
 150     fprintf(stderr, "\n");
 151
 152 }
 153
 154 static void sort_files(gmx::ArrayRef<std::string> files, real *settime)
 155 {
 156     for (gmx::index i = 0; i < files.size(); i++)
 157     {
 158         gmx::index minidx = i;
 159         for (gmx::index j = i + 1; j < files.size(); j++)
 160         {
 161             if (settime[j] < settime[minidx])
 162             {
 163                 minidx = j;
 164             }
 165         }
 166         if (minidx != i)
 167         {
 168             real timeswap   = settime[i];
 169             settime[i]      = settime[minidx];
 170             settime[minidx] = timeswap;
 171             std::swap(files[i], files[minidx]);
 172         }
 173     }
 174 }
 175
 176 static void edit_files(gmx::ArrayRef<std::string> files,
 177                        real *readtime, real *timestep,
 178                        real *settime, int *cont_type, gmx_bool bSetTime,
 179                        gmx_bool bSort, const gmx_output_env_t *oenv)
 180 {
 181     gmx_bool ok;
 182     char     inputstring[STRLEN], *chptr;
 183
 184     auto     timeUnit = output_env_get_time_unit(oenv);
 185     if (bSetTime)
 186     {
 187         fprintf(stderr, "\n\nEnter the new start time (%s) for each file.\n"
 188                 "There are two special options, both disable sorting:\n\n"
 189                 "c (continue) - The start time is taken from the end\n"
 190                 "of the previous file. Use it when your continuation run\n"
 191                 "restarts with t=0.\n\n"
 192                 "l (last) - The time in this file will be changed the\n"
 193                 "same amount as in the previous. Use it when the time in the\n"
 194                 "new run continues from the end of the previous one,\n"
 195                 "since this takes possible overlap into account.\n\n",
 196                 timeUnit.c_str());
 197
 198         fprintf(
 199                 stderr,
 200                 "          File             Current start (%s)  New start (%s)\n"
 201                 "---------------------------------------------------------\n",
 202                 timeUnit.c_str(), timeUnit.c_str());
 203
 204         for (gmx::index i = 0; i < files.size(); i++)
 205         {
 206             fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s          ", files[i].c_str(),
 207                     output_env_conv_time(oenv, readtime[i]), timeUnit.c_str());
 208             ok = FALSE;
 209             do
 210             {
 211                 if (nullptr == fgets(inputstring, STRLEN - 1, stdin))
 212                 {
 213                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading user input" );
 214                 }
 215
 216                 inputstring[std::strlen(inputstring)-1] = 0;
 217
 218                 if (inputstring[0] == 'c' || inputstring[0] == 'C')
 219                 {
 220                     cont_type[i] = TIME_CONTINUE;
 221                     bSort        = FALSE;
 222                     ok           = TRUE;
 223                     settime[i]   = FLT_MAX;
 224                 }
 225                 else if (inputstring[0] == 'l' ||
 226                          inputstring[0] == 'L')
 227                 {
 228                     cont_type[i] = TIME_LAST;
 229                     bSort        = FALSE;
 230                     ok           = TRUE;
 231                     settime[i]   = FLT_MAX;
 232                 }
 233                 else
 234                 {
 235                     settime[i] = strtod(inputstring, &chptr)*
 236                         output_env_get_time_invfactor(oenv);
 237                     if (chptr == inputstring)
 238                     {
 239                         fprintf(stderr, "'%s' not recognized as a floating point number, 'c' or 'l'. "
 240                                 "Try again: ", inputstring);
 241                     }
 242                     else
 243                     {
 244                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 245                         ok           = TRUE;
 246                     }
 247                 }
 248             }
 249             while (!ok);
 250         }
 251         if (cont_type[0] != TIME_EXPLICIT)
 252         {
 253             cont_type[0] = TIME_EXPLICIT;
 254             settime[0]   = 0;
 255         }
 256     }
 257     else
 258     {
 259         for (gmx::index i = 0; i < files.size(); i++)
 260         {
 261             settime[i] = readtime[i];
 262         }
 263     }
 264     if (!bSort)
 265     {
 266         fprintf(stderr, "Sorting disabled.\n");
 267     }
 268     else
 269     {
 270         sort_files(files, settime);
 271     }
 272     /* Write out the new order and start times */
 273     fprintf(stderr, "\nSummary of files and start times used:\n\n"
 274             "          File                Start time       Time step\n"
 275             "---------------------------------------------------------\n");
 276     for (gmx::index i = 0; i < files.size(); i++)
 277     {
 278         switch (cont_type[i])
 279         {
 280             case TIME_EXPLICIT:
 281                 fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s   %10.3f %s",
 282                         files[i].c_str(),
 283                         output_env_conv_time(oenv, settime[i]), timeUnit.c_str(),
 284                         output_env_conv_time(oenv, timestep[i]), timeUnit.c_str());
 285                 if (i > 0 &&
 286                     cont_type[i-1] == TIME_EXPLICIT && settime[i] == settime[i-1])
 287                 {
 288                     fprintf(stderr, " WARNING: same Start time as previous");
 289                 }
 290                 fprintf(stderr, "\n");
 291                 break;
 292             case TIME_CONTINUE:
 293                 fprintf(stderr, "%25s        Continue from last file\n", files[i].c_str());
 294                 break;
 295             case TIME_LAST:
 296                 fprintf(stderr, "%25s        Change by same amount as last file\n",
 297                         files[i].c_str());
 298                 break;
 299         }
 300     }
 301     fprintf(stderr, "\n");
 302
 303     settime[files.size()]   = FLT_MAX;
 304     cont_type[files.size()] = TIME_EXPLICIT;
 305     readtime[files.size()]  = FLT_MAX;
 306 }
 307
 308 static void do_demux(gmx::ArrayRef<const std::string> inFiles,
 309                      gmx::ArrayRef<const std::string> outFiles, int nval,
 310                      real **value, real *time, real dt_remd, int isize,
 311                      int index[], real dt, const gmx_output_env_t *oenv)
 312 {
 313     int           k, natoms;
 314     t_trxstatus **fp_in, **fp_out;
 315     gmx_bool      bCont, *bSet;
 316     real          t, first_time = 0;
 317     t_trxframe   *trx;
 318
 319     snew(fp_in, inFiles.size());
 320     snew(trx, inFiles.size());
 321     snew(bSet, inFiles.size());
 322     natoms = -1;
 323     t      = -1;
 324     for (gmx::index i = 0; i < inFiles.size(); i++)
 325     {
 326         read_first_frame(oenv, &(fp_in[i]), inFiles[i].c_str(), &(trx[i]),
 327                          TRX_NEED_X);
 328         if (natoms == -1)
 329         {
 330             natoms     = trx[i].natoms;
 331             first_time = trx[i].time;
 332         }
 333         else if (natoms != trx[i].natoms)
 334         {
 335             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has %d atoms while previous trajs had %d atoms", inFiles[i].c_str(), trx[i].natoms, natoms);
 336         }
 337         if (t == -1)
 338         {
 339             t = trx[i].time;
 340         }
 341         else if (t != trx[i].time)
 342         {
 343             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has time %f while previous trajs had time %f", inFiles[i].c_str(), trx[i].time, t);
 344         }
 345     }
 346
 347     snew(fp_out, inFiles.size());
 348     for (gmx::index i = 0; i < inFiles.size(); i++)
 349     {
 350         fp_out[i] = open_trx(outFiles[i].c_str(), "w");
 351     }
 352     k = 0;
 353     if (std::round(time[k] - t) != 0)
 354     {
 355         gmx_fatal(FARGS, "First time in demuxing table does not match trajectories");
 356     }
 357     do
 358     {
 359         while ((k+1 < nval) && ((trx[0].time - time[k+1]) > dt_remd*0.1))
 360         {
 361             k++;
 362         }
 363         if (debug)
 364         {
 365             fprintf(debug, "trx[0].time = %g, time[k] = %g\n", trx[0].time, time[k]);
 366         }
 367         for (gmx::index i = 0; i < inFiles.size(); i++)
 368         {
 369             bSet[i] = FALSE;
 370         }
 371         for (gmx::index i = 0; i < inFiles.size(); i++)
 372         {
 373             int j = std::round(value[i][k]);
 374             range_check(j, 0, inFiles.size());
 375             if (bSet[j])
 376             {
 377                 gmx_fatal(FARGS, "Demuxing the same replica %d twice at time %f",
 378                           j, trx[0].time);
 379             }
 380             bSet[j] = TRUE;
 381
 382             if (dt == 0 || bRmod(trx[i].time, first_time, dt))
 383             {
 384                 if (index)
 385                 {
 386                     write_trxframe_indexed(fp_out[j], &trx[i], isize, index, nullptr);
 387                 }
 388                 else
 389                 {
 390                     write_trxframe(fp_out[j], &trx[i], nullptr);
 391                 }
 392             }
 393         }
 394
 395         bCont = (k < nval);
 396         for (gmx::index i = 0; i < inFiles.size(); i++)
 397         {
 398             bCont = bCont && read_next_frame(oenv, fp_in[i], &trx[i]);
 399         }
 400     }
 401     while (bCont);
 402
 403     for (gmx::index i = 0; i < inFiles.size(); i++)
 404     {
 405         close_trx(fp_in[i]);
 406         close_trx(fp_out[i]);
 407     }
 408 }
 409
 410 int gmx_trjcat(int argc, char *argv[])
 411 {
 412     const char     *desc[] =
 413     {
 414         "[THISMODULE] concatenates several input trajectory files in sorted order. ",
 415         "In case of double time frames the one in the later file is used. ",
 416         "By specifying [TT]-settime[tt] you will be asked for the start time ",
 417         "of each file. The input files are taken from the command line, ",
 418         "such that a command like [TT]gmx trjcat -f *.trr -o fixed.trr[tt] should do ",
 419         "the trick. Using [TT]-cat[tt], you can simply paste several files ",
 420         "together without removal of frames with identical time stamps.[PAR]",
 421         "One important option is inferred when the output file is amongst the",
 422         "input files. In that case that particular file will be appended to",
 423         "which implies you do not need to store double the amount of data.",
 424         "Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting",
 425         "time since one can only append at the end of a file.[PAR]",
 426         "If the [TT]-demux[tt] option is given, the N trajectories that are",
 427         "read, are written in another order as specified in the [REF].xvg[ref] file.",
 428         "The [REF].xvg[ref] file should contain something like::",
 429         "",
 430         "    0  0  1  2  3  4  5",
 431         "    2  1  0  2  3  5  4",
 432         "",
 433         "The first number is the time, and subsequent numbers point to",
 434         "trajectory indices.",
 435         "The frames corresponding to the numbers present at the first line",
 436         "are collected into the output trajectory. If the number of frames in",
 437         "the trajectory does not match that in the [REF].xvg[ref] file then the program",
 438         "tries to be smart. Beware."
 439     };
 440     static gmx_bool bCat            = FALSE;
 441     static gmx_bool bSort           = TRUE;
 442     static gmx_bool bKeepLast       = FALSE;
 443     static gmx_bool bKeepLastAppend = FALSE;
 444     static gmx_bool bOverwrite      = FALSE;
 445     static gmx_bool bSetTime        = FALSE;
 446     static gmx_bool bDeMux;
 447     static real     begin = -1;
 448     static real     end   = -1;
 449     static real     dt    = 0;
 450
 451     t_pargs
 452         pa[] =
 453     {
 454         { "-b", FALSE, etTIME,
 455           { &begin }, "First time to use (%t)" },
 456         { "-e", FALSE, etTIME,
 457           { &end }, "Last time to use (%t)" },
 458         { "-dt", FALSE, etTIME,
 459           { &dt }, "Only write frame when t MOD dt = first time (%t)" },
 460         { "-settime", FALSE, etBOOL,
 461           { &bSetTime }, "Change starting time interactively" },
 462         { "-sort", FALSE, etBOOL,
 463           { &bSort }, "Sort trajectory files (not frames)" },
 464         { "-keeplast", FALSE, etBOOL,
 465           { &bKeepLast }, "Keep overlapping frames at end of trajectory" },
 466         { "-overwrite", FALSE, etBOOL,
 467           { &bOverwrite }, "Overwrite overlapping frames during appending" },
 468         { "-cat", FALSE, etBOOL,
 469           { &bCat }, "Do not discard double time frames" }
 470     };
 471 #define npargs asize(pa)
 472     int               ftpin, i, frame, frame_out;
 473     t_trxstatus      *status, *trxout = nullptr;
 474     real              t_corr;
 475     t_trxframe        fr, frout;
 476     int               n_append;
 477     gmx_bool          bNewFile, bIndex, bWrite;
 478     int              *cont_type;
 479     real             *readtime, *timest, *settime;
 480     real              first_time  = 0, lasttime = 0, last_ok_t = -1, timestep;
 481     gmx_bool          lastTimeSet = FALSE;
 482     real              last_frame_time, searchtime;
 483     int               isize = 0, j;
 484     int              *index = nullptr, imax;
 485     char             *grpname;
 486     real            **val = nullptr, *t = nullptr, dt_remd;
 487     int               n, nset, ftpout = -1, prevEndStep = 0, filetype;
 488     gmx_off_t         fpos;
 489     gmx_output_env_t *oenv;
 490     t_filenm          fnm[] =
 491     {
 492         { efTRX, "-f", nullptr, ffRDMULT },
 493         { efTRO, "-o", nullptr, ffWRMULT },
 494         { efNDX, "-n", "index", ffOPTRD },
 495         { efXVG, "-demux", "remd", ffOPTRD }
 496     };
 497
 498 #define NFILE asize(fnm)
 499
 500     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm,
 501                            asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, nullptr, &oenv))
 502     {
 503         return 0;
 504     }
 505     auto timeUnit = output_env_get_time_unit(oenv);
 506
 507     bIndex = ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm);
 508     bDeMux = ftp2bSet(efXVG, NFILE, fnm);
 509     bSort  = bSort && !bDeMux;
 510
 511     imax = -1;
 512     if (bIndex)
 513     {
 514         printf("Select group for output\n");
 515         rd_index(ftp2fn(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpname);
 516         /* scan index */
 517         imax = index[0];
 518         for (i = 1; i < isize; i++)
 519         {
 520             imax = std::max(imax, index[i]);
 521         }
 522     }
 523     if (bDeMux)
 524     {
 525         nset    = 0;
 526         dt_remd = 0;
 527         val     = read_xvg_time(opt2fn("-demux", NFILE, fnm), TRUE,
 528                                 opt2parg_bSet("-b", npargs, pa), begin,
 529                                 opt2parg_bSet("-e", npargs, pa), end, 1, &nset, &n,
 530                                 &dt_remd, &t);
 531         printf("Read %d sets of %d points, dt = %g\n\n", nset, n, dt_remd);
 532         if (debug)
 533         {
 534             fprintf(debug, "Dump of replica_index.xvg\n");
 535             for (i = 0; (i < n); i++)
 536             {
 537                 fprintf(debug, "%10g", t[i]);
 538                 for (j = 0; (j < nset); j++)
 539                 {
 540                     fprintf(debug, "  %3d", static_cast<int>(std::round(val[j][i])));
 541                 }
 542                 fprintf(debug, "\n");
 543             }
 544         }
 545     }
 546
 547     gmx::ArrayRef<const std::string> inFiles = opt2fns("-f", NFILE, fnm);
 548     if (inFiles.empty())
 549     {
 550         gmx_fatal(FARGS, "No input files!" );
 551     }
 552
 553     if (bDeMux && static_cast<int>(inFiles.size()) != nset)
 554     {
 555         gmx_fatal(FARGS, "You have specified %td files and %d entries in the demux table", inFiles.size(), nset);
 556     }
 557
 558     ftpin = fn2ftp(inFiles[0].c_str());
 559
 560     if (ftpin != efTRR && ftpin != efXTC && ftpin != efTNG)
 561     {
 562         gmx_fatal(FARGS, "gmx trjcat can only handle binary trajectory formats (trr, xtc, tng)");
 563     }
 564
 565     for (const std::string &inFile : inFiles)
 566     {
 567         if (ftpin != fn2ftp(inFile.c_str()))
 568         {
 569             gmx_fatal(FARGS, "All input files must be of the same (trr, xtc or tng) format");
 570         }
 571     }
 572
 573     gmx::ArrayRef<const std::string> outFiles = opt2fns("-o", NFILE, fnm);
 574     if (outFiles.empty())
 575     {
 576         gmx_fatal(FARGS, "No output files!");
 577     }
 578     if ((outFiles.size() > 1) && !bDeMux)
 579     {
 580         gmx_fatal(FARGS, "Don't know what to do with more than 1 output file if  not demultiplexing");
 581     }
 582     else if (bDeMux && static_cast<int>(outFiles.size()) != nset && outFiles.size() != 1)
 583     {
 584         gmx_fatal(FARGS, "Number of output files should be 1 or %d (#input files), not %td", nset, outFiles.size());
 585     }
 586     if (bDeMux)
 587     {
 588         auto outFilesDemux = gmx::copyOf(outFiles);
 589         if (static_cast<int>(outFilesDemux.size()) != nset)
 590         {
 591             std::string name = outFilesDemux[0];
 592             outFilesDemux.resize(nset);
 593             for (i = 0; (i < nset); i++)
 594             {
 595                 outFilesDemux[0] = gmx::formatString("%d_%s", i, name.c_str());
 596             }
 597         }
 598         do_demux(inFiles, outFilesDemux, n, val, t, dt_remd, isize, index, dt, oenv);
 599     }
 600     else
 601     {
 602         snew(readtime, inFiles.size() + 1);
 603         snew(timest, inFiles.size() + 1);
 604         scan_trj_files(inFiles, readtime, timest, imax, oenv);
 605
 606         snew(settime, inFiles.size() + 1);
 607         snew(cont_type, inFiles.size() + 1);
 608         auto inFilesEdited = gmx::copyOf(inFiles);
 609         edit_files(inFilesEdited, readtime, timest, settime, cont_type, bSetTime, bSort,
 610                    oenv);
 611
 612         /* Check whether the output file is amongst the input files
 613          * This has to be done after sorting etc.
 614          */
 615         const char *out_file = outFiles[0].c_str();
 616         ftpout   = fn2ftp(out_file);
 617         n_append = -1;
 618         for (size_t i = 0; i < inFilesEdited.size() && n_append == -1; i++)
 619         {
 620             if (std::strcmp(inFilesEdited[i].c_str(), out_file) == 0)
 621             {
 622                 n_append = i;
 623             }
 624         }
 625         if (n_append == 0)
 626         {
 627             fprintf(stderr, "Will append to %s rather than creating a new file\n",
 628                     out_file);
 629         }
 630         else if (n_append != -1)
 631         {
 632             gmx_fatal(FARGS, "Can only append to the first file which is %s (not %s)",
 633                       inFilesEdited[0].c_str(), out_file);
 634         }
 635
 636         /* Not checking input format, could be dangerous :-) */
 637         /* Not checking output format, equally dangerous :-) */
 638
 639         frame     = -1;
 640         frame_out = -1;
 641         /* the default is not to change the time at all,
 642          * but this is overridden by the edit_files routine
 643          */
 644         t_corr = 0;
 645
 646         if (n_append == -1)
 647         {
 648             if (ftpout == efTNG)
 649             {
 650                 if (ftpout != ftpin)
 651                 {
 652                     gmx_fatal(FARGS, "When writing TNG the input file format must also be TNG");
 653                 }
 654                 if (bIndex)
 655                 {
 656                     trxout = trjtools_gmx_prepare_tng_writing(out_file, 'w', nullptr,
 657                                                               inFilesEdited[0].c_str(), isize, nullptr, index, grpname);
 658                 }
 659                 else
 660                 {
 661                     trxout = trjtools_gmx_prepare_tng_writing(out_file, 'w', nullptr,
 662                                                               inFilesEdited[0].c_str(), -1, nullptr, nullptr, nullptr);
 663                 }
 664             }
 665             else
 666             {
 667                 trxout = open_trx(out_file, "w");
 668             }
 669             std::memset(&frout, 0, sizeof(frout));
 670         }
 671         else
 672         {
 673             t_fileio *stfio;
 674
 675             if (!read_first_frame(oenv, &status, out_file, &fr, FLAGS))
 676             {
 677                 gmx_fatal(FARGS, "Reading first frame from %s", out_file);
 678             }
 679
 680             stfio = trx_get_fileio(status);
 681             if (!bKeepLast && !bOverwrite)
 682             {
 683                 fprintf(stderr, "\n\nWARNING: Appending without -overwrite implies -keeplast "
 684                         "between the first two files. \n"
 685                         "If the trajectories have an overlap and have not been written binary \n"
 686                         "reproducible this will produce an incorrect trajectory!\n\n");
 687
 688                 filetype = gmx_fio_getftp(stfio);
 689                 /* Fails if last frame is incomplete
 690                  * We can't do anything about it without overwriting
 691                  * */
 692                 if (filetype == efXTC || filetype == efTNG)
 693                 {
 694                     lasttime = trx_get_time_of_final_frame(status);
 695                     fr.time  = lasttime;
 696                 }
 697                 else
 698                 {
 699                     while (read_next_frame(oenv, status, &fr))
 700                     {
 701                         ;
 702                     }
 703                     lasttime = fr.time;
 704                 }
 705                 lastTimeSet     = TRUE;
 706                 bKeepLastAppend = TRUE;
 707                 close_trx(status);
 708                 trxout = open_trx(out_file, "a");
 709             }
 710             else if (bOverwrite)
 711             {
 712                 if (gmx_fio_getftp(stfio) != efXTC)
 713                 {
 714                     gmx_fatal(FARGS, "Overwrite only supported for XTC." );
 715                 }
 716                 last_frame_time = trx_get_time_of_final_frame(status);
 717
 718                 /* xtc_seek_time broken for trajectories containing only 1 or 2 frames
 719                  *     or when seek time = 0 */
 720                 if (inFilesEdited.size() > 1 && settime[1] < last_frame_time+timest[0]*0.5)
 721                 {
 722                     /* Jump to one time-frame before the start of next
 723                      *  trajectory file */
 724                     searchtime = settime[1]-timest[0]*1.25;
 725                 }
 726                 else
 727                 {
 728                     searchtime = last_frame_time;
 729                 }
 730                 if (xtc_seek_time(stfio, searchtime, fr.natoms, TRUE))
 731                 {
 732                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 733                 }
 734                 read_next_frame(oenv, status, &fr);
 735                 if (std::abs(searchtime - fr.time) > timest[0]*0.5)
 736                 {
 737                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking: attempted to seek to %f but got %f.",
 738                               searchtime, fr.time);
 739                 }
 740                 lasttime    = fr.time;
 741                 lastTimeSet = TRUE;
 742                 fpos        = gmx_fio_ftell(stfio);
 743                 close_trx(status);
 744                 trxout = open_trx(out_file, "r+");
 745                 if (gmx_fio_seek(trx_get_fileio(trxout), fpos))
 746                 {
 747                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 748                 }
 749             }
 750             if (lastTimeSet)
 751             {
 752                 printf("\n Will append after %f \n", lasttime);
 753             }
 754             frout = fr;
 755         }
 756         /* Lets stitch up some files */
 757         timestep = timest[0];
 758         for (size_t i = n_append + 1; i < inFilesEdited.size(); i++)
 759         {
 760             /* Open next file */
 761
 762             /* set the next time from the last frame in previous file */
 763             if (i > 0)
 764             {
 765                 /* When writing TNG the step determine which frame to write. Use an
 766                  * offset to be able to increase steps properly when changing files. */
 767                 if (ftpout == efTNG)
 768                 {
 769                     prevEndStep = frout.step;
 770                 }
 771
 772                 if (frame_out >= 0)
 773                 {
 774                     if (cont_type[i] == TIME_CONTINUE)
 775                     {
 776                         begin        = frout.time;
 777                         begin       += 0.5*timestep;
 778                         settime[i]   = frout.time;
 779                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 780                     }
 781                     else if (cont_type[i] == TIME_LAST)
 782                     {
 783                         begin  = frout.time;
 784                         begin += 0.5*timestep;
 785                     }
 786                     /* Or, if the time in the next part should be changed by the
 787                      * same amount, start at half a timestep from the last time
 788                      * so we dont repeat frames.
 789                      */
 790                     /* I don't understand the comment above, but for all the cases
 791                      * I tried the code seems to work properly. B. Hess 2008-4-2.
 792                      */
 793                 }
 794                 /* Or, if time is set explicitly, we check for overlap/gap */
 795                 if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 796                 {
 797                     if (i < inFilesEdited.size() &&
 798                         frout.time < settime[i] - 1.5*timestep)
 799                     {
 800                         fprintf(stderr, "WARNING: Frames around t=%f %s have a different "
 801                                 "spacing than the rest,\n"
 802                                 "might be a gap or overlap that couldn't be corrected "
 803                                 "automatically.\n", output_env_conv_time(oenv, frout.time),
 804                                 timeUnit.c_str());
 805                     }
 806                 }
 807             }
 808
 809             /* if we don't have a timestep in the current file, use the old one */
 810             if (timest[i] != 0)
 811             {
 812                 timestep = timest[i];
 813             }
 814             read_first_frame(oenv, &status, inFilesEdited[i].c_str(), &fr, FLAGS);
 815             if (!fr.bTime)
 816             {
 817                 fr.time = 0;
 818                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 819             }
 820
 821             if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 822             {
 823                 t_corr = settime[i]-fr.time;
 824             }
 825             /* t_corr is the amount we want to change the time.
 826              * If the user has chosen not to change the time for
 827              * this part of the trajectory t_corr remains at
 828              * the value it had in the last part, changing this
 829              * by the same amount.
 830              * If no value was given for the first trajectory part
 831              * we let the time start at zero, see the edit_files routine.
 832              */
 833
 834             bNewFile = TRUE;
 835
 836             if (!lastTimeSet)
 837             {
 838                 lasttime    = 0;
 839                 lastTimeSet = true;
 840             }
 841             printf("\n");
 842             printf("lasttime %g\n", lasttime);
 843
 844             do
 845             {
 846                 /* copy the input frame to the output frame */
 847                 frout = fr;
 848                 /* set the new time by adding the correct calculated above */
 849                 frout.time += t_corr;
 850                 if (ftpout == efTNG)
 851                 {
 852                     frout.step += prevEndStep;
 853                 }
 854                 /* quit if we have reached the end of what should be written */
 855                 if ((end > 0) && (frout.time > end+GMX_REAL_EPS))
 856                 {
 857                     i = inFilesEdited.size();
 858                     break;
 859                 }
 860
 861                 /* determine if we should write this frame (dt is handled elsewhere) */
 862                 if (bCat) /* write all frames of all files */
 863                 {
 864                     bWrite = TRUE;
 865                 }
 866                 else if (bKeepLast || (bKeepLastAppend && i == 1))
 867                 /* write till last frame of this traj
 868                    and skip first frame(s) of next traj */
 869                 {
 870                     bWrite = ( frout.time > lasttime+0.5*timestep );
 871                 }
 872                 else /* write till first frame of next traj */
 873                 {
 874                     bWrite = ( frout.time < settime[i+1]-0.5*timestep );
 875                 }
 876
 877                 if (bWrite && (frout.time >= begin) )
 878                 {
 879                     frame++;
 880                     if (frame_out == -1)
 881                     {
 882                         first_time = frout.time;
 883                     }
 884                     lasttime    = frout.time;
 885                     lastTimeSet = TRUE;
 886                     if (dt == 0 || bRmod(frout.time, first_time, dt))
 887                     {
 888                         frame_out++;
 889                         last_ok_t = frout.time;
 890                         if (bNewFile)
 891                         {
 892                             fprintf(stderr, "\nContinue writing frames from %s t=%g %s, "
 893                                     "frame=%d      \n",
 894                                     inFilesEdited[i].c_str(),
 895                                     output_env_conv_time(oenv, frout.time), timeUnit.c_str(),
 896                                     frame);
 897                             bNewFile = FALSE;
 898                         }
 899
 900                         if (bIndex)
 901                         {
 902                             write_trxframe_indexed(trxout, &frout, isize, index,
 903                                                    nullptr);
 904                         }
 905                         else
 906                         {
 907                             write_trxframe(trxout, &frout, nullptr);
 908                         }
 909                         if ( ((frame % 10) == 0) || (frame < 10) )
 910                         {
 911                             fprintf(stderr, " ->  frame %6d time %8.3f %s     \r",
 912                                     frame_out, output_env_conv_time(oenv, frout.time), timeUnit.c_str());
 913                             fflush(stderr);
 914                         }
 915                     }
 916                 }
 917             }
 918             while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 919
 920             close_trx(status);
 921         }
 922         if (trxout)
 923         {
 924             close_trx(trxout);
 925         }
 926         fprintf(stderr, "\nLast frame written was %d, time %f %s\n",
 927                 frame, output_env_conv_time(oenv, last_ok_t), timeUnit.c_str());
 928     }
 929
 930     return 0;
 931 }