src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <string.h>
  40 #include <math.h>
  41 #include "macros.h"
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "gmxfio.h"
  46 #include "tpxio.h"
  47 #include "trnio.h"
  48 #include "statutil.h"
  49 #include "futil.h"
  50 #include "pdbio.h"
  51 #include "confio.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "index.h"
  54 #include "vec.h"
  55 #include "xtcio.h"
  56 #include "do_fit.h"
  57 #include "rmpbc.h"
  58 #include "wgms.h"
  59 #include "pbc.h"
  60 #include "xvgr.h"
  61 #include "xdrf.h"
  62 #include "gmx_ana.h"
  63
  64 #define TIME_EXPLICIT 0
  65 #define TIME_CONTINUE 1
  66 #define TIME_LAST     2
  67 #ifndef FLT_MAX
  68 #define FLT_MAX 1e36
  69 #endif
  70 #define FLAGS (TRX_READ_X | TRX_READ_V | TRX_READ_F)
  71
  72 static void scan_trj_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime,
  73                            real *timestep, atom_id imax,
  74                            const output_env_t oenv)
  75 {
  76     /* Check start time of all files */
  77     int          i, natoms = 0;
  78     t_trxstatus *status;
  79     real         t;
  80     t_trxframe   fr;
  81     gmx_bool     ok;
  82
  83     for (i = 0; i < nfiles; i++)
  84     {
  85         ok = read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
  86
  87         if (!ok)
  88         {
  89             gmx_fatal(FARGS, "\nCouldn't read frame from file." );
  90         }
  91         if (fr.bTime)
  92         {
  93             readtime[i] = fr.time;
  94         }
  95         else
  96         {
  97             readtime[i] = 0;
  98             fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
  99         }
 100
 101         if (i == 0)
 102         {
 103             natoms = fr.natoms;
 104         }
 105         else
 106         {
 107             if (imax == NO_ATID)
 108             {
 109                 if (natoms != fr.natoms)
 110                 {
 111                     gmx_fatal(FARGS, "\nDifferent numbers of atoms (%d/%d) in files",
 112                               natoms, fr.natoms);
 113                 }
 114             }
 115             else
 116             {
 117                 if (fr.natoms <= imax)
 118                 {
 119                     gmx_fatal(FARGS, "\nNot enough atoms (%d) for index group (%d)",
 120                               fr.natoms, imax);
 121                 }
 122             }
 123         }
 124         ok = read_next_frame(oenv, status, &fr);
 125         if (ok && fr.bTime)
 126         {
 127             timestep[i] = fr.time - readtime[i];
 128         }
 129         else
 130         {
 131             timestep[i] = 0;
 132         }
 133
 134         close_trj(status);
 135         if (fr.bX)
 136         {
 137             sfree(fr.x);
 138         }
 139         if (fr.bV)
 140         {
 141             sfree(fr.v);
 142         }
 143         if (fr.bF)
 144         {
 145             sfree(fr.f);
 146         }
 147     }
 148     fprintf(stderr, "\n");
 149
 150 }
 151
 152 static void sort_files(char **fnms, real *settime, int nfile)
 153 {
 154     int   i, j, minidx;
 155     real  timeswap;
 156     char *chptr;
 157
 158     for (i = 0; i < nfile; i++)
 159     {
 160         minidx = i;
 161         for (j = i + 1; j < nfile; j++)
 162         {
 163             if (settime[j] < settime[minidx])
 164             {
 165                 minidx = j;
 166             }
 167         }
 168         if (minidx != i)
 169         {
 170             timeswap        = settime[i];
 171             settime[i]      = settime[minidx];
 172             settime[minidx] = timeswap;
 173             chptr           = fnms[i];
 174             fnms[i]         = fnms[minidx];
 175             fnms[minidx]    = chptr;
 176         }
 177     }
 178 }
 179
 180 static void edit_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime, real *timestep,
 181                        real *settime, int *cont_type, gmx_bool bSetTime,
 182                        gmx_bool bSort, const output_env_t oenv)
 183 {
 184     int      i;
 185     gmx_bool ok;
 186     char     inputstring[STRLEN], *chptr;
 187
 188     if (bSetTime)
 189     {
 190         fprintf(stderr, "\n\nEnter the new start time (%s) for each file.\n"
 191                 "There are two special options, both disable sorting:\n\n"
 192                 "c (continue) - The start time is taken from the end\n"
 193                 "of the previous file. Use it when your continuation run\n"
 194                 "restarts with t=0.\n\n"
 195                 "l (last) - The time in this file will be changed the\n"
 196                 "same amount as in the previous. Use it when the time in the\n"
 197                 "new run continues from the end of the previous one,\n"
 198                 "since this takes possible overlap into account.\n\n",
 199                 output_env_get_time_unit(oenv));
 200
 201         fprintf(
 202                 stderr,
 203                 "          File             Current start (%s)  New start (%s)\n"
 204                 "---------------------------------------------------------\n",
 205                 output_env_get_time_unit(oenv), output_env_get_time_unit(oenv));
 206
 207         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 208         {
 209             fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s          ", fnms[i],
 210                     output_env_conv_time(oenv, readtime[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 211             ok = FALSE;
 212             do
 213             {
 214                 if (NULL == fgets(inputstring, STRLEN - 1, stdin))
 215                 {
 216                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading user input" );
 217                 }
 218
 219                 inputstring[strlen(inputstring)-1] = 0;
 220
 221                 if (inputstring[0] == 'c' || inputstring[0] == 'C')
 222                 {
 223                     cont_type[i] = TIME_CONTINUE;
 224                     bSort        = FALSE;
 225                     ok           = TRUE;
 226                     settime[i]   = FLT_MAX;
 227                 }
 228                 else if (inputstring[0] == 'l' ||
 229                          inputstring[0] == 'L')
 230                 {
 231                     cont_type[i] = TIME_LAST;
 232                     bSort        = FALSE;
 233                     ok           = TRUE;
 234                     settime[i]   = FLT_MAX;
 235                 }
 236                 else
 237                 {
 238                     settime[i] = strtod(inputstring, &chptr)*
 239                         output_env_get_time_invfactor(oenv);
 240                     if (chptr == inputstring)
 241                     {
 242                         fprintf(stderr, "'%s' not recognized as a floating point number, 'c' or 'l'. "
 243                                 "Try again: ", inputstring);
 244                     }
 245                     else
 246                     {
 247                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 248                         ok           = TRUE;
 249                     }
 250                 }
 251             }
 252             while (!ok);
 253         }
 254         if (cont_type[0] != TIME_EXPLICIT)
 255         {
 256             cont_type[0] = TIME_EXPLICIT;
 257             settime[0]   = 0;
 258         }
 259     }
 260     else
 261     {
 262         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 263         {
 264             settime[i] = readtime[i];
 265         }
 266     }
 267     if (!bSort)
 268     {
 269         fprintf(stderr, "Sorting disabled.\n");
 270     }
 271     else
 272     {
 273         sort_files(fnms, settime, nfiles);
 274     }
 275     /* Write out the new order and start times */
 276     fprintf(stderr, "\nSummary of files and start times used:\n\n"
 277             "          File                Start time       Time step\n"
 278             "---------------------------------------------------------\n");
 279     for (i = 0; i < nfiles; i++)
 280     {
 281         switch (cont_type[i])
 282         {
 283             case TIME_EXPLICIT:
 284                 fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s   %10.3f %s",
 285                         fnms[i],
 286                         output_env_conv_time(oenv, settime[i]), output_env_get_time_unit(oenv),
 287                         output_env_conv_time(oenv, timestep[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 288                 if (i > 0 &&
 289                     cont_type[i-1] == TIME_EXPLICIT && settime[i] == settime[i-1])
 290                 {
 291                     fprintf(stderr, " WARNING: same Start time as previous");
 292                 }
 293                 fprintf(stderr, "\n");
 294                 break;
 295             case TIME_CONTINUE:
 296                 fprintf(stderr, "%25s        Continue from last file\n", fnms[i]);
 297                 break;
 298             case TIME_LAST:
 299                 fprintf(stderr, "%25s        Change by same amount as last file\n",
 300                         fnms[i]);
 301                 break;
 302         }
 303     }
 304     fprintf(stderr, "\n");
 305
 306     settime[nfiles]   = FLT_MAX;
 307     cont_type[nfiles] = TIME_EXPLICIT;
 308     readtime[nfiles]  = FLT_MAX;
 309 }
 310
 311 static void do_demux(int nset, char *fnms[], char *fnms_out[], int nval,
 312                      real **value, real *time, real dt_remd, int isize,
 313                      atom_id index[], real dt, const output_env_t oenv)
 314 {
 315     int           i, j, k, natoms, nnn;
 316     t_trxstatus **fp_in, **fp_out;
 317     gmx_bool      bCont, *bSet;
 318     real          t, first_time = 0;
 319     t_trxframe   *trx;
 320
 321     snew(fp_in, nset);
 322     snew(trx, nset);
 323     snew(bSet, nset);
 324     natoms = -1;
 325     t      = -1;
 326     for (i = 0; (i < nset); i++)
 327     {
 328         nnn = read_first_frame(oenv, &(fp_in[i]), fnms[i], &(trx[i]),
 329                                TRX_NEED_X);
 330         if (natoms == -1)
 331         {
 332             natoms     = nnn;
 333             first_time = trx[i].time;
 334         }
 335         else if (natoms != nnn)
 336         {
 337             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has %d atoms while previous trajs had %d atoms", fnms[i], nnn, natoms);
 338         }
 339         if (t == -1)
 340         {
 341             t = trx[i].time;
 342         }
 343         else if (t != trx[i].time)
 344         {
 345             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has time %f while previous trajs had time %f", fnms[i], trx[i].time, t);
 346         }
 347     }
 348
 349     snew(fp_out, nset);
 350     for (i = 0; (i < nset); i++)
 351     {
 352         fp_out[i] = open_trx(fnms_out[i], "w");
 353     }
 354     k = 0;
 355     if (gmx_nint(time[k] - t) != 0)
 356     {
 357         gmx_fatal(FARGS, "First time in demuxing table does not match trajectories");
 358     }
 359     do
 360     {
 361         while ((k+1 < nval) && ((trx[0].time - time[k+1]) > dt_remd*0.1))
 362         {
 363             k++;
 364         }
 365         if (debug)
 366         {
 367             fprintf(debug, "trx[0].time = %g, time[k] = %g\n", trx[0].time, time[k]);
 368         }
 369         for (i = 0; (i < nset); i++)
 370         {
 371             bSet[i] = FALSE;
 372         }
 373         for (i = 0; (i < nset); i++)
 374         {
 375             j = gmx_nint(value[i][k]);
 376             range_check(j, 0, nset);
 377             if (bSet[j])
 378             {
 379                 gmx_fatal(FARGS, "Demuxing the same replica %d twice at time %f",
 380                           j, trx[0].time);
 381             }
 382             bSet[j] = TRUE;
 383
 384             if (dt == 0 || bRmod(trx[i].time, first_time, dt))
 385             {
 386                 if (index)
 387                 {
 388                     write_trxframe_indexed(fp_out[j], &trx[i], isize, index, NULL);
 389                 }
 390                 else
 391                 {
 392                     write_trxframe(fp_out[j], &trx[i], NULL);
 393                 }
 394             }
 395         }
 396
 397         bCont = (k < nval);
 398         for (i = 0; (i < nset); i++)
 399         {
 400             bCont = bCont && read_next_frame(oenv, fp_in[i], &trx[i]);
 401         }
 402     }
 403     while (bCont);
 404
 405     for (i = 0; (i < nset); i++)
 406     {
 407         close_trx(fp_in[i]);
 408         close_trx(fp_out[i]);
 409     }
 410 }
 411
 412 int gmx_trjcat(int argc, char *argv[])
 413 {
 414     const char
 415                    *desc[] =
 416     {
 417         "[TT]trjcat[tt] concatenates several input trajectory files in sorted order. ",
 418         "In case of double time frames the one in the later file is used. ",
 419         "By specifying [TT]-settime[tt] you will be asked for the start time ",
 420         "of each file. The input files are taken from the command line, ",
 421         "such that a command like [TT]trjcat -f *.trr -o fixed.trr[tt] should do ",
 422         "the trick. Using [TT]-cat[tt], you can simply paste several files ",
 423         "together without removal of frames with identical time stamps.[PAR]",
 424         "One important option is inferred when the output file is amongst the",
 425         "input files. In that case that particular file will be appended to",
 426         "which implies you do not need to store double the amount of data.",
 427         "Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting",
 428         "time since one can only append at the end of a file.[PAR]",
 429         "If the [TT]-demux[tt] option is given, the N trajectories that are",
 430         "read, are written in another order as specified in the [TT].xvg[tt] file.",
 431         "The [TT].xvg[tt] file should contain something like:[PAR]",
 432         "[TT]0  0  1  2  3  4  5[BR]",
 433         "2  1  0  2  3  5  4[tt][BR]",
 434         "Where the first number is the time, and subsequent numbers point to",
 435         "trajectory indices.",
 436         "The frames corresponding to the numbers present at the first line",
 437         "are collected into the output trajectory. If the number of frames in",
 438         "the trajectory does not match that in the [TT].xvg[tt] file then the program",
 439         "tries to be smart. Beware."
 440     };
 441     static gmx_bool bVels           = TRUE;
 442     static int      prec            = 3;
 443     static gmx_bool bCat            = FALSE;
 444     static gmx_bool bSort           = TRUE;
 445     static gmx_bool bKeepLast       = FALSE;
 446     static gmx_bool bKeepLastAppend = FALSE;
 447     static gmx_bool bOverwrite      = FALSE;
 448     static gmx_bool bSetTime        = FALSE;
 449     static gmx_bool bDeMux;
 450     static real     begin = -1;
 451     static real     end   = -1;
 452     static real     dt    = 0;
 453
 454     t_pargs
 455         pa[] =
 456     {
 457         { "-b", FALSE, etTIME,
 458           { &begin }, "First time to use (%t)" },
 459         { "-e", FALSE, etTIME,
 460           { &end }, "Last time to use (%t)" },
 461         { "-dt", FALSE, etTIME,
 462           { &dt }, "Only write frame when t MOD dt = first time (%t)" },
 463         { "-prec", FALSE, etINT,
 464           { &prec }, "Precision for [TT].xtc[tt] and [TT].gro[tt] writing in number of decimal places" },
 465         { "-vel", FALSE, etBOOL,
 466           { &bVels }, "Read and write velocities if possible" },
 467         { "-settime", FALSE, etBOOL,
 468           { &bSetTime }, "Change starting time interactively" },
 469         { "-sort", FALSE, etBOOL,
 470           { &bSort }, "Sort trajectory files (not frames)" },
 471         { "-keeplast", FALSE, etBOOL,
 472           { &bKeepLast }, "Keep overlapping frames at end of trajectory" },
 473         { "-overwrite", FALSE, etBOOL,
 474           { &bOverwrite }, "Overwrite overlapping frames during appending" },
 475         { "-cat", FALSE, etBOOL,
 476           { &bCat }, "Do not discard double time frames" }
 477     };
 478 #define npargs asize(pa)
 479     int          ftpin, i, frame, frame_out, step = 0, trjout = 0;
 480     t_trxstatus *status;
 481     rvec        *x, *v;
 482     real         xtcpr, t_corr;
 483     t_trxframe   fr, frout;
 484     char       **fnms, **fnms_out, *in_file, *out_file;
 485     int          n_append;
 486     t_trxstatus *trxout = NULL;
 487     gmx_bool     bNewFile, bIndex, bWrite;
 488     int          earliersteps, nfile_in, nfile_out, *cont_type, last_ok_step;
 489     real        *readtime, *timest, *settime;
 490     real         first_time = 0, lasttime = NOTSET, last_ok_t = -1, timestep;
 491     real         last_frame_time, searchtime;
 492     int          isize, j;
 493     atom_id     *index = NULL, imax;
 494     char        *grpname;
 495     real       **val = NULL, *t = NULL, dt_remd;
 496     int          n, nset;
 497     gmx_bool     bOK;
 498     gmx_off_t    fpos;
 499     output_env_t oenv;
 500     t_filenm     fnm[] =
 501     {
 502         { efTRX, "-f", NULL, ffRDMULT },
 503         { efTRO, "-o", NULL, ffWRMULT },
 504         { efNDX, "-n", "index", ffOPTRD },
 505         { efXVG, "-demux", "remd", ffOPTRD }
 506     };
 507
 508 #define NFILE asize(fnm)
 509
 510     parse_common_args(&argc, argv, PCA_BE_NICE | PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm,
 511                       asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv);
 512
 513     bIndex = ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm);
 514     bDeMux = ftp2bSet(efXVG, NFILE, fnm);
 515     bSort  = bSort && !bDeMux;
 516
 517     imax = NO_ATID;
 518     if (bIndex)
 519     {
 520         printf("Select group for output\n");
 521         rd_index(ftp2fn(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpname);
 522         /* scan index */
 523         imax = index[0];
 524         for (i = 1; i < isize; i++)
 525         {
 526             imax = max(imax, index[i]);
 527         }
 528     }
 529     if (bDeMux)
 530     {
 531         nset    = 0;
 532         dt_remd = 0;
 533         val     = read_xvg_time(opt2fn("-demux", NFILE, fnm), TRUE,
 534                                 opt2parg_bSet("-b", npargs, pa), begin,
 535                                 opt2parg_bSet("-e", npargs, pa), end, 1, &nset, &n,
 536                                 &dt_remd, &t);
 537         printf("Read %d sets of %d points, dt = %g\n\n", nset, n, dt_remd);
 538         if (debug)
 539         {
 540             fprintf(debug, "Dump of replica_index.xvg\n");
 541             for (i = 0; (i < n); i++)
 542             {
 543                 fprintf(debug, "%10g", t[i]);
 544                 for (j = 0; (j < nset); j++)
 545                 {
 546                     fprintf(debug, "  %3d", gmx_nint(val[j][i]));
 547                 }
 548                 fprintf(debug, "\n");
 549             }
 550         }
 551     }
 552     /* prec is in nr of decimal places, xtcprec is a multiplication factor: */
 553     xtcpr = 1;
 554     for (i = 0; i < prec; i++)
 555     {
 556         xtcpr *= 10;
 557     }
 558
 559     nfile_in = opt2fns(&fnms, "-f", NFILE, fnm);
 560     if (!nfile_in)
 561     {
 562         gmx_fatal(FARGS, "No input files!" );
 563     }
 564
 565     if (bDeMux && (nfile_in != nset))
 566     {
 567         gmx_fatal(FARGS, "You have specified %d files and %d entries in the demux table", nfile_in, nset);
 568     }
 569
 570     nfile_out = opt2fns(&fnms_out, "-o", NFILE, fnm);
 571     if (!nfile_out)
 572     {
 573         gmx_fatal(FARGS, "No output files!");
 574     }
 575     if ((nfile_out > 1) && !bDeMux)
 576     {
 577         gmx_fatal(FARGS, "Don't know what to do with more than 1 output file if  not demultiplexing");
 578     }
 579     else if (bDeMux && (nfile_out != nset) && (nfile_out != 1))
 580     {
 581         gmx_fatal(FARGS, "Number of output files should be 1 or %d (#input files), not %d", nset, nfile_out);
 582     }
 583     if (bDeMux)
 584     {
 585         if (nfile_out != nset)
 586         {
 587             char *buf = strdup(fnms_out[0]);
 588             snew(fnms_out, nset);
 589             for (i = 0; (i < nset); i++)
 590             {
 591                 snew(fnms_out[i], strlen(buf)+32);
 592                 sprintf(fnms_out[i], "%d_%s", i, buf);
 593             }
 594             sfree(buf);
 595         }
 596         do_demux(nfile_in, fnms, fnms_out, n, val, t, dt_remd, isize, index, dt, oenv);
 597     }
 598     else
 599     {
 600         snew(readtime, nfile_in+1);
 601         snew(timest, nfile_in+1);
 602         scan_trj_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, imax, oenv);
 603
 604         snew(settime, nfile_in+1);
 605         snew(cont_type, nfile_in+1);
 606         edit_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, settime, cont_type, bSetTime, bSort,
 607                    oenv);
 608
 609         /* Check whether the output file is amongst the input files
 610          * This has to be done after sorting etc.
 611          */
 612         out_file = fnms_out[0];
 613         n_append = -1;
 614         for (i = 0; ((i < nfile_in) && (n_append == -1)); i++)
 615         {
 616             if (strcmp(fnms[i], out_file) == 0)
 617             {
 618                 n_append = i;
 619             }
 620         }
 621         if (n_append == 0)
 622         {
 623             fprintf(stderr, "Will append to %s rather than creating a new file\n",
 624                     out_file);
 625         }
 626         else if (n_append != -1)
 627         {
 628             gmx_fatal(FARGS, "Can only append to the first file which is %s (not %s)",
 629                       fnms[0], out_file);
 630         }
 631         earliersteps = 0;
 632
 633         /* Not checking input format, could be dangerous :-) */
 634         /* Not checking output format, equally dangerous :-) */
 635
 636         frame     = -1;
 637         frame_out = -1;
 638         /* the default is not to change the time at all,
 639          * but this is overridden by the edit_files routine
 640          */
 641         t_corr = 0;
 642
 643         if (n_append == -1)
 644         {
 645             trxout = open_trx(out_file, "w");
 646             memset(&frout, 0, sizeof(frout));
 647         }
 648         else
 649         {
 650             t_fileio *stfio;
 651
 652             if (!read_first_frame(oenv, &status, out_file, &fr, FLAGS))
 653             {
 654                 gmx_fatal(FARGS, "Reading first frame from %s", out_file);
 655             }
 656
 657             stfio = trx_get_fileio(status);
 658             if (!bKeepLast && !bOverwrite)
 659             {
 660                 fprintf(stderr, "\n\nWARNING: Appending without -overwrite implies -keeplast "
 661                         "between the first two files. \n"
 662                         "If the trajectories have an overlap and have not been written binary \n"
 663                         "reproducible this will produce an incorrect trajectory!\n\n");
 664
 665                 /* Fails if last frame is incomplete
 666                  * We can't do anything about it without overwriting
 667                  * */
 668                 if (gmx_fio_getftp(stfio) == efXTC)
 669                 {
 670                     lasttime =
 671                         xdr_xtc_get_last_frame_time(gmx_fio_getfp(stfio),
 672                                                     gmx_fio_getxdr(stfio),
 673                                                     fr.natoms, &bOK);
 674                     fr.time = lasttime;
 675                     if (!bOK)
 676                     {
 677                         gmx_fatal(FARGS, "Error reading last frame. Maybe seek not supported." );
 678                     }
 679                 }
 680                 else
 681                 {
 682                     while (read_next_frame(oenv, status, &fr))
 683                     {
 684                         ;
 685                     }
 686                     lasttime = fr.time;
 687                 }
 688                 bKeepLastAppend = TRUE;
 689                 close_trj(status);
 690                 trxout = open_trx(out_file, "a");
 691             }
 692             else if (bOverwrite)
 693             {
 694                 if (gmx_fio_getftp(stfio) != efXTC)
 695                 {
 696                     gmx_fatal(FARGS, "Overwrite only supported for XTC." );
 697                 }
 698                 last_frame_time =
 699                     xdr_xtc_get_last_frame_time(gmx_fio_getfp(stfio),
 700                                                 gmx_fio_getxdr(stfio),
 701                                                 fr.natoms, &bOK);
 702                 if (!bOK)
 703                 {
 704                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading last frame. Maybe seek not supported." );
 705                 }
 706                 /* xtc_seek_time broken for trajectories containing only 1 or 2 frames
 707                  *     or when seek time = 0 */
 708                 if (nfile_in > 1 && settime[1] < last_frame_time+timest[0]*0.5)
 709                 {
 710                     /* Jump to one time-frame before the start of next
 711                      *  trajectory file */
 712                     searchtime = settime[1]-timest[0]*1.25;
 713                 }
 714                 else
 715                 {
 716                     searchtime = last_frame_time;
 717                 }
 718                 if (xtc_seek_time(stfio, searchtime, fr.natoms, TRUE))
 719                 {
 720                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 721                 }
 722                 read_next_frame(oenv, status, &fr);
 723                 if (fabs(searchtime - fr.time) > timest[0]*0.5)
 724                 {
 725                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking: attempted to seek to %f but got %f.",
 726                               searchtime, fr.time);
 727                 }
 728                 lasttime = fr.time;
 729                 fpos     = gmx_fio_ftell(stfio);
 730                 close_trj(status);
 731                 trxout = open_trx(out_file, "r+");
 732                 if (gmx_fio_seek(trx_get_fileio(trxout), fpos))
 733                 {
 734                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 735                 }
 736             }
 737             printf("\n Will append after %f \n", lasttime);
 738             frout = fr;
 739         }
 740         /* Lets stitch up some files */
 741         timestep = timest[0];
 742         for (i = n_append+1; (i < nfile_in); i++)
 743         {
 744             /* Open next file */
 745
 746             /* set the next time from the last frame in previous file */
 747             if (i > 0)
 748             {
 749                 if (frame_out >= 0)
 750                 {
 751                     if (cont_type[i] == TIME_CONTINUE)
 752                     {
 753                         begin        = frout.time;
 754                         begin       += 0.5*timestep;
 755                         settime[i]   = frout.time;
 756                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 757                     }
 758                     else if (cont_type[i] == TIME_LAST)
 759                     {
 760                         begin  = frout.time;
 761                         begin += 0.5*timestep;
 762                     }
 763                     /* Or, if the time in the next part should be changed by the
 764                      * same amount, start at half a timestep from the last time
 765                      * so we dont repeat frames.
 766                      */
 767                     /* I don't understand the comment above, but for all the cases
 768                      * I tried the code seems to work properly. B. Hess 2008-4-2.
 769                      */
 770                 }
 771                 /* Or, if time is set explicitly, we check for overlap/gap */
 772                 if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 773                 {
 774                     if ( ( i < nfile_in ) &&
 775                          ( frout.time < settime[i]-1.5*timestep ) )
 776                     {
 777                         fprintf(stderr, "WARNING: Frames around t=%f %s have a different "
 778                                 "spacing than the rest,\n"
 779                                 "might be a gap or overlap that couldn't be corrected "
 780                                 "automatically.\n", output_env_conv_time(oenv, frout.time),
 781                                 output_env_get_time_unit(oenv));
 782                     }
 783                 }
 784             }
 785
 786             /* if we don't have a timestep in the current file, use the old one */
 787             if (timest[i] != 0)
 788             {
 789                 timestep = timest[i];
 790             }
 791             read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
 792             if (!fr.bTime)
 793             {
 794                 fr.time = 0;
 795                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 796             }
 797
 798             if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 799             {
 800                 t_corr = settime[i]-fr.time;
 801             }
 802             /* t_corr is the amount we want to change the time.
 803              * If the user has chosen not to change the time for
 804              * this part of the trajectory t_corr remains at
 805              * the value it had in the last part, changing this
 806              * by the same amount.
 807              * If no value was given for the first trajectory part
 808              * we let the time start at zero, see the edit_files routine.
 809              */
 810
 811             bNewFile = TRUE;
 812
 813             printf("\n");
 814             if (lasttime != NOTSET)
 815             {
 816                 printf("lasttime %g\n", lasttime);
 817             }
 818
 819             do
 820             {
 821                 /* copy the input frame to the output frame */
 822                 frout = fr;
 823                 /* set the new time by adding the correct calculated above */
 824                 frout.time += t_corr;
 825                 /* quit if we have reached the end of what should be written */
 826                 if ((end > 0) && (frout.time > end+GMX_REAL_EPS))
 827                 {
 828                     i = nfile_in;
 829                     break;
 830                 }
 831
 832                 /* determine if we should write this frame (dt is handled elsewhere) */
 833                 if (bCat) /* write all frames of all files */
 834                 {
 835                     bWrite = TRUE;
 836                 }
 837                 else if (bKeepLast || (bKeepLastAppend && i == 1))
 838                 /* write till last frame of this traj
 839                    and skip first frame(s) of next traj */
 840                 {
 841                     bWrite = ( frout.time > lasttime+0.5*timestep );
 842                 }
 843                 else /* write till first frame of next traj */
 844                 {
 845                     bWrite = ( frout.time < settime[i+1]-0.5*timestep );
 846                 }
 847
 848                 if (bWrite && (frout.time >= begin) )
 849                 {
 850                     frame++;
 851                     if (frame_out == -1)
 852                     {
 853                         first_time = frout.time;
 854                     }
 855                     lasttime = frout.time;
 856                     if (dt == 0 || bRmod(frout.time, first_time, dt))
 857                     {
 858                         frame_out++;
 859                         last_ok_t = frout.time;
 860                         if (bNewFile)
 861                         {
 862                             fprintf(stderr, "\nContinue writing frames from %s t=%g %s, "
 863                                     "frame=%d      \n",
 864                                     fnms[i], output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv),
 865                                     frame);
 866                             bNewFile = FALSE;
 867                         }
 868
 869                         if (bIndex)
 870                         {
 871                             write_trxframe_indexed(trxout, &frout, isize, index,
 872                                                    NULL);
 873                         }
 874                         else
 875                         {
 876                             write_trxframe(trxout, &frout, NULL);
 877                         }
 878                         if ( ((frame % 10) == 0) || (frame < 10) )
 879                         {
 880                             fprintf(stderr, " ->  frame %6d time %8.3f %s     \r",
 881                                     frame_out, output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv));
 882                         }
 883                     }
 884                 }
 885             }
 886             while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 887
 888             close_trj(status);
 889
 890             earliersteps += step;
 891         }
 892         if (trxout)
 893         {
 894             close_trx(trxout);
 895         }
 896         fprintf(stderr, "\nLast frame written was %d, time %f %s\n",
 897                 frame, output_env_conv_time(oenv, last_ok_t), output_env_get_time_unit(oenv));
 898     }
 899
 900     return 0;
 901 }