src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <string.h>
  40 #include <math.h>
  41 #include "macros.h"
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  46 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  47 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  48 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  49 #include "statutil.h"
  50 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  51 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  53 #include "names.h"
  54 #include "index.h"
  55 #include "vec.h"
  56 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  57 #include "do_fit.h"
  58 #include "rmpbc.h"
  59 #include "gromacs/fileio/g87io.h"
  60 #include "pbc.h"
  61 #include "xvgr.h"
  62 #include "gromacs/fileio/xdrf.h"
  63 #include "gmx_ana.h"
  64
  65 #define TIME_EXPLICIT 0
  66 #define TIME_CONTINUE 1
  67 #define TIME_LAST     2
  68 #ifndef FLT_MAX
  69 #define FLT_MAX 1e36
  70 #endif
  71 #define FLAGS (TRX_READ_X | TRX_READ_V | TRX_READ_F)
  72
  73 static void scan_trj_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime,
  74                            real *timestep, atom_id imax,
  75                            const output_env_t oenv)
  76 {
  77     /* Check start time of all files */
  78     int          i, natoms = 0;
  79     t_trxstatus *status;
  80     real         t;
  81     t_trxframe   fr;
  82     gmx_bool     ok;
  83
  84     for (i = 0; i < nfiles; i++)
  85     {
  86         ok = read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
  87
  88         if (!ok)
  89         {
  90             gmx_fatal(FARGS, "\nCouldn't read frame from file." );
  91         }
  92         if (fr.bTime)
  93         {
  94             readtime[i] = fr.time;
  95         }
  96         else
  97         {
  98             readtime[i] = 0;
  99             fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 100         }
 101
 102         if (i == 0)
 103         {
 104             natoms = fr.natoms;
 105         }
 106         else
 107         {
 108             if (imax == NO_ATID)
 109             {
 110                 if (natoms != fr.natoms)
 111                 {
 112                     gmx_fatal(FARGS, "\nDifferent numbers of atoms (%d/%d) in files",
 113                               natoms, fr.natoms);
 114                 }
 115             }
 116             else
 117             {
 118                 if (fr.natoms <= imax)
 119                 {
 120                     gmx_fatal(FARGS, "\nNot enough atoms (%d) for index group (%d)",
 121                               fr.natoms, imax);
 122                 }
 123             }
 124         }
 125         ok = read_next_frame(oenv, status, &fr);
 126         if (ok && fr.bTime)
 127         {
 128             timestep[i] = fr.time - readtime[i];
 129         }
 130         else
 131         {
 132             timestep[i] = 0;
 133         }
 134
 135         close_trj(status);
 136         if (fr.bX)
 137         {
 138             sfree(fr.x);
 139         }
 140         if (fr.bV)
 141         {
 142             sfree(fr.v);
 143         }
 144         if (fr.bF)
 145         {
 146             sfree(fr.f);
 147         }
 148     }
 149     fprintf(stderr, "\n");
 150
 151 }
 152
 153 static void sort_files(char **fnms, real *settime, int nfile)
 154 {
 155     int   i, j, minidx;
 156     real  timeswap;
 157     char *chptr;
 158
 159     for (i = 0; i < nfile; i++)
 160     {
 161         minidx = i;
 162         for (j = i + 1; j < nfile; j++)
 163         {
 164             if (settime[j] < settime[minidx])
 165             {
 166                 minidx = j;
 167             }
 168         }
 169         if (minidx != i)
 170         {
 171             timeswap        = settime[i];
 172             settime[i]      = settime[minidx];
 173             settime[minidx] = timeswap;
 174             chptr           = fnms[i];
 175             fnms[i]         = fnms[minidx];
 176             fnms[minidx]    = chptr;
 177         }
 178     }
 179 }
 180
 181 static void edit_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime, real *timestep,
 182                        real *settime, int *cont_type, gmx_bool bSetTime,
 183                        gmx_bool bSort, const output_env_t oenv)
 184 {
 185     int      i;
 186     gmx_bool ok;
 187     char     inputstring[STRLEN], *chptr;
 188
 189     if (bSetTime)
 190     {
 191         fprintf(stderr, "\n\nEnter the new start time (%s) for each file.\n"
 192                 "There are two special options, both disable sorting:\n\n"
 193                 "c (continue) - The start time is taken from the end\n"
 194                 "of the previous file. Use it when your continuation run\n"
 195                 "restarts with t=0.\n\n"
 196                 "l (last) - The time in this file will be changed the\n"
 197                 "same amount as in the previous. Use it when the time in the\n"
 198                 "new run continues from the end of the previous one,\n"
 199                 "since this takes possible overlap into account.\n\n",
 200                 output_env_get_time_unit(oenv));
 201
 202         fprintf(
 203                 stderr,
 204                 "          File             Current start (%s)  New start (%s)\n"
 205                 "---------------------------------------------------------\n",
 206                 output_env_get_time_unit(oenv), output_env_get_time_unit(oenv));
 207
 208         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 209         {
 210             fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s          ", fnms[i],
 211                     output_env_conv_time(oenv, readtime[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 212             ok = FALSE;
 213             do
 214             {
 215                 if (NULL == fgets(inputstring, STRLEN - 1, stdin))
 216                 {
 217                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading user input" );
 218                 }
 219
 220                 inputstring[strlen(inputstring)-1] = 0;
 221
 222                 if (inputstring[0] == 'c' || inputstring[0] == 'C')
 223                 {
 224                     cont_type[i] = TIME_CONTINUE;
 225                     bSort        = FALSE;
 226                     ok           = TRUE;
 227                     settime[i]   = FLT_MAX;
 228                 }
 229                 else if (inputstring[0] == 'l' ||
 230                          inputstring[0] == 'L')
 231                 {
 232                     cont_type[i] = TIME_LAST;
 233                     bSort        = FALSE;
 234                     ok           = TRUE;
 235                     settime[i]   = FLT_MAX;
 236                 }
 237                 else
 238                 {
 239                     settime[i] = strtod(inputstring, &chptr)*
 240                         output_env_get_time_invfactor(oenv);
 241                     if (chptr == inputstring)
 242                     {
 243                         fprintf(stderr, "'%s' not recognized as a floating point number, 'c' or 'l'. "
 244                                 "Try again: ", inputstring);
 245                     }
 246                     else
 247                     {
 248                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 249                         ok           = TRUE;
 250                     }
 251                 }
 252             }
 253             while (!ok);
 254         }
 255         if (cont_type[0] != TIME_EXPLICIT)
 256         {
 257             cont_type[0] = TIME_EXPLICIT;
 258             settime[0]   = 0;
 259         }
 260     }
 261     else
 262     {
 263         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 264         {
 265             settime[i] = readtime[i];
 266         }
 267     }
 268     if (!bSort)
 269     {
 270         fprintf(stderr, "Sorting disabled.\n");
 271     }
 272     else
 273     {
 274         sort_files(fnms, settime, nfiles);
 275     }
 276     /* Write out the new order and start times */
 277     fprintf(stderr, "\nSummary of files and start times used:\n\n"
 278             "          File                Start time       Time step\n"
 279             "---------------------------------------------------------\n");
 280     for (i = 0; i < nfiles; i++)
 281     {
 282         switch (cont_type[i])
 283         {
 284             case TIME_EXPLICIT:
 285                 fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s   %10.3f %s",
 286                         fnms[i],
 287                         output_env_conv_time(oenv, settime[i]), output_env_get_time_unit(oenv),
 288                         output_env_conv_time(oenv, timestep[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 289                 if (i > 0 &&
 290                     cont_type[i-1] == TIME_EXPLICIT && settime[i] == settime[i-1])
 291                 {
 292                     fprintf(stderr, " WARNING: same Start time as previous");
 293                 }
 294                 fprintf(stderr, "\n");
 295                 break;
 296             case TIME_CONTINUE:
 297                 fprintf(stderr, "%25s        Continue from last file\n", fnms[i]);
 298                 break;
 299             case TIME_LAST:
 300                 fprintf(stderr, "%25s        Change by same amount as last file\n",
 301                         fnms[i]);
 302                 break;
 303         }
 304     }
 305     fprintf(stderr, "\n");
 306
 307     settime[nfiles]   = FLT_MAX;
 308     cont_type[nfiles] = TIME_EXPLICIT;
 309     readtime[nfiles]  = FLT_MAX;
 310 }
 311
 312 static void do_demux(int nset, char *fnms[], char *fnms_out[], int nval,
 313                      real **value, real *time, real dt_remd, int isize,
 314                      atom_id index[], real dt, const output_env_t oenv)
 315 {
 316     int           i, j, k, natoms, nnn;
 317     t_trxstatus **fp_in, **fp_out;
 318     gmx_bool      bCont, *bSet;
 319     real          t, first_time = 0;
 320     t_trxframe   *trx;
 321
 322     snew(fp_in, nset);
 323     snew(trx, nset);
 324     snew(bSet, nset);
 325     natoms = -1;
 326     t      = -1;
 327     for (i = 0; (i < nset); i++)
 328     {
 329         nnn = read_first_frame(oenv, &(fp_in[i]), fnms[i], &(trx[i]),
 330                                TRX_NEED_X);
 331         if (natoms == -1)
 332         {
 333             natoms     = nnn;
 334             first_time = trx[i].time;
 335         }
 336         else if (natoms != nnn)
 337         {
 338             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has %d atoms while previous trajs had %d atoms", fnms[i], nnn, natoms);
 339         }
 340         if (t == -1)
 341         {
 342             t = trx[i].time;
 343         }
 344         else if (t != trx[i].time)
 345         {
 346             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has time %f while previous trajs had time %f", fnms[i], trx[i].time, t);
 347         }
 348     }
 349
 350     snew(fp_out, nset);
 351     for (i = 0; (i < nset); i++)
 352     {
 353         fp_out[i] = open_trx(fnms_out[i], "w");
 354     }
 355     k = 0;
 356     if (gmx_nint(time[k] - t) != 0)
 357     {
 358         gmx_fatal(FARGS, "First time in demuxing table does not match trajectories");
 359     }
 360     do
 361     {
 362         while ((k+1 < nval) && ((trx[0].time - time[k+1]) > dt_remd*0.1))
 363         {
 364             k++;
 365         }
 366         if (debug)
 367         {
 368             fprintf(debug, "trx[0].time = %g, time[k] = %g\n", trx[0].time, time[k]);
 369         }
 370         for (i = 0; (i < nset); i++)
 371         {
 372             bSet[i] = FALSE;
 373         }
 374         for (i = 0; (i < nset); i++)
 375         {
 376             j = gmx_nint(value[i][k]);
 377             range_check(j, 0, nset);
 378             if (bSet[j])
 379             {
 380                 gmx_fatal(FARGS, "Demuxing the same replica %d twice at time %f",
 381                           j, trx[0].time);
 382             }
 383             bSet[j] = TRUE;
 384
 385             if (dt == 0 || bRmod(trx[i].time, first_time, dt))
 386             {
 387                 if (index)
 388                 {
 389                     write_trxframe_indexed(fp_out[j], &trx[i], isize, index, NULL);
 390                 }
 391                 else
 392                 {
 393                     write_trxframe(fp_out[j], &trx[i], NULL);
 394                 }
 395             }
 396         }
 397
 398         bCont = (k < nval);
 399         for (i = 0; (i < nset); i++)
 400         {
 401             bCont = bCont && read_next_frame(oenv, fp_in[i], &trx[i]);
 402         }
 403     }
 404     while (bCont);
 405
 406     for (i = 0; (i < nset); i++)
 407     {
 408         close_trx(fp_in[i]);
 409         close_trx(fp_out[i]);
 410     }
 411 }
 412
 413 int gmx_trjcat(int argc, char *argv[])
 414 {
 415     const char
 416                    *desc[] =
 417     {
 418         "[TT]trjcat[tt] concatenates several input trajectory files in sorted order. ",
 419         "In case of double time frames the one in the later file is used. ",
 420         "By specifying [TT]-settime[tt] you will be asked for the start time ",
 421         "of each file. The input files are taken from the command line, ",
 422         "such that a command like [TT]trjcat -f *.trr -o fixed.trr[tt] should do ",
 423         "the trick. Using [TT]-cat[tt], you can simply paste several files ",
 424         "together without removal of frames with identical time stamps.[PAR]",
 425         "One important option is inferred when the output file is amongst the",
 426         "input files. In that case that particular file will be appended to",
 427         "which implies you do not need to store double the amount of data.",
 428         "Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting",
 429         "time since one can only append at the end of a file.[PAR]",
 430         "If the [TT]-demux[tt] option is given, the N trajectories that are",
 431         "read, are written in another order as specified in the [TT].xvg[tt] file.",
 432         "The [TT].xvg[tt] file should contain something like:[PAR]",
 433         "[TT]0  0  1  2  3  4  5[BR]",
 434         "2  1  0  2  3  5  4[tt][BR]",
 435         "Where the first number is the time, and subsequent numbers point to",
 436         "trajectory indices.",
 437         "The frames corresponding to the numbers present at the first line",
 438         "are collected into the output trajectory. If the number of frames in",
 439         "the trajectory does not match that in the [TT].xvg[tt] file then the program",
 440         "tries to be smart. Beware."
 441     };
 442     static gmx_bool bVels           = TRUE;
 443     static int      prec            = 3;
 444     static gmx_bool bCat            = FALSE;
 445     static gmx_bool bSort           = TRUE;
 446     static gmx_bool bKeepLast       = FALSE;
 447     static gmx_bool bKeepLastAppend = FALSE;
 448     static gmx_bool bOverwrite      = FALSE;
 449     static gmx_bool bSetTime        = FALSE;
 450     static gmx_bool bDeMux;
 451     static real     begin = -1;
 452     static real     end   = -1;
 453     static real     dt    = 0;
 454
 455     t_pargs
 456         pa[] =
 457     {
 458         { "-b", FALSE, etTIME,
 459           { &begin }, "First time to use (%t)" },
 460         { "-e", FALSE, etTIME,
 461           { &end }, "Last time to use (%t)" },
 462         { "-dt", FALSE, etTIME,
 463           { &dt }, "Only write frame when t MOD dt = first time (%t)" },
 464         { "-prec", FALSE, etINT,
 465           { &prec }, "Precision for [TT].xtc[tt] and [TT].gro[tt] writing in number of decimal places" },
 466         { "-vel", FALSE, etBOOL,
 467           { &bVels }, "Read and write velocities if possible" },
 468         { "-settime", FALSE, etBOOL,
 469           { &bSetTime }, "Change starting time interactively" },
 470         { "-sort", FALSE, etBOOL,
 471           { &bSort }, "Sort trajectory files (not frames)" },
 472         { "-keeplast", FALSE, etBOOL,
 473           { &bKeepLast }, "Keep overlapping frames at end of trajectory" },
 474         { "-overwrite", FALSE, etBOOL,
 475           { &bOverwrite }, "Overwrite overlapping frames during appending" },
 476         { "-cat", FALSE, etBOOL,
 477           { &bCat }, "Do not discard double time frames" }
 478     };
 479 #define npargs asize(pa)
 480     int          ftpin, i, frame, frame_out, step = 0, trjout = 0;
 481     t_trxstatus *status;
 482     rvec        *x, *v;
 483     real         xtcpr, t_corr;
 484     t_trxframe   fr, frout;
 485     char       **fnms, **fnms_out, *in_file, *out_file;
 486     int          n_append;
 487     t_trxstatus *trxout = NULL;
 488     gmx_bool     bNewFile, bIndex, bWrite;
 489     int          earliersteps, nfile_in, nfile_out, *cont_type, last_ok_step;
 490     real        *readtime, *timest, *settime;
 491     real         first_time = 0, lasttime = NOTSET, last_ok_t = -1, timestep;
 492     real         last_frame_time, searchtime;
 493     int          isize, j;
 494     atom_id     *index = NULL, imax;
 495     char        *grpname;
 496     real       **val = NULL, *t = NULL, dt_remd;
 497     int          n, nset;
 498     gmx_bool     bOK;
 499     gmx_off_t    fpos;
 500     output_env_t oenv;
 501     t_filenm     fnm[] =
 502     {
 503         { efTRX, "-f", NULL, ffRDMULT },
 504         { efTRO, "-o", NULL, ffWRMULT },
 505         { efNDX, "-n", "index", ffOPTRD },
 506         { efXVG, "-demux", "remd", ffOPTRD }
 507     };
 508
 509 #define NFILE asize(fnm)
 510
 511     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_BE_NICE | PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm,
 512                            asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 513     {
 514         return 0;
 515     }
 516
 517     bIndex = ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm);
 518     bDeMux = ftp2bSet(efXVG, NFILE, fnm);
 519     bSort  = bSort && !bDeMux;
 520
 521     imax = NO_ATID;
 522     if (bIndex)
 523     {
 524         printf("Select group for output\n");
 525         rd_index(ftp2fn(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpname);
 526         /* scan index */
 527         imax = index[0];
 528         for (i = 1; i < isize; i++)
 529         {
 530             imax = max(imax, index[i]);
 531         }
 532     }
 533     if (bDeMux)
 534     {
 535         nset    = 0;
 536         dt_remd = 0;
 537         val     = read_xvg_time(opt2fn("-demux", NFILE, fnm), TRUE,
 538                                 opt2parg_bSet("-b", npargs, pa), begin,
 539                                 opt2parg_bSet("-e", npargs, pa), end, 1, &nset, &n,
 540                                 &dt_remd, &t);
 541         printf("Read %d sets of %d points, dt = %g\n\n", nset, n, dt_remd);
 542         if (debug)
 543         {
 544             fprintf(debug, "Dump of replica_index.xvg\n");
 545             for (i = 0; (i < n); i++)
 546             {
 547                 fprintf(debug, "%10g", t[i]);
 548                 for (j = 0; (j < nset); j++)
 549                 {
 550                     fprintf(debug, "  %3d", gmx_nint(val[j][i]));
 551                 }
 552                 fprintf(debug, "\n");
 553             }
 554         }
 555     }
 556     /* prec is in nr of decimal places, xtcprec is a multiplication factor: */
 557     xtcpr = 1;
 558     for (i = 0; i < prec; i++)
 559     {
 560         xtcpr *= 10;
 561     }
 562
 563     nfile_in = opt2fns(&fnms, "-f", NFILE, fnm);
 564     if (!nfile_in)
 565     {
 566         gmx_fatal(FARGS, "No input files!" );
 567     }
 568
 569     if (bDeMux && (nfile_in != nset))
 570     {
 571         gmx_fatal(FARGS, "You have specified %d files and %d entries in the demux table", nfile_in, nset);
 572     }
 573
 574     nfile_out = opt2fns(&fnms_out, "-o", NFILE, fnm);
 575     if (!nfile_out)
 576     {
 577         gmx_fatal(FARGS, "No output files!");
 578     }
 579     if ((nfile_out > 1) && !bDeMux)
 580     {
 581         gmx_fatal(FARGS, "Don't know what to do with more than 1 output file if  not demultiplexing");
 582     }
 583     else if (bDeMux && (nfile_out != nset) && (nfile_out != 1))
 584     {
 585         gmx_fatal(FARGS, "Number of output files should be 1 or %d (#input files), not %d", nset, nfile_out);
 586     }
 587     if (bDeMux)
 588     {
 589         if (nfile_out != nset)
 590         {
 591             char *buf = strdup(fnms_out[0]);
 592             snew(fnms_out, nset);
 593             for (i = 0; (i < nset); i++)
 594             {
 595                 snew(fnms_out[i], strlen(buf)+32);
 596                 sprintf(fnms_out[i], "%d_%s", i, buf);
 597             }
 598             sfree(buf);
 599         }
 600         do_demux(nfile_in, fnms, fnms_out, n, val, t, dt_remd, isize, index, dt, oenv);
 601     }
 602     else
 603     {
 604         snew(readtime, nfile_in+1);
 605         snew(timest, nfile_in+1);
 606         scan_trj_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, imax, oenv);
 607
 608         snew(settime, nfile_in+1);
 609         snew(cont_type, nfile_in+1);
 610         edit_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, settime, cont_type, bSetTime, bSort,
 611                    oenv);
 612
 613         /* Check whether the output file is amongst the input files
 614          * This has to be done after sorting etc.
 615          */
 616         out_file = fnms_out[0];
 617         n_append = -1;
 618         for (i = 0; ((i < nfile_in) && (n_append == -1)); i++)
 619         {
 620             if (strcmp(fnms[i], out_file) == 0)
 621             {
 622                 n_append = i;
 623             }
 624         }
 625         if (n_append == 0)
 626         {
 627             fprintf(stderr, "Will append to %s rather than creating a new file\n",
 628                     out_file);
 629         }
 630         else if (n_append != -1)
 631         {
 632             gmx_fatal(FARGS, "Can only append to the first file which is %s (not %s)",
 633                       fnms[0], out_file);
 634         }
 635         earliersteps = 0;
 636
 637         /* Not checking input format, could be dangerous :-) */
 638         /* Not checking output format, equally dangerous :-) */
 639
 640         frame     = -1;
 641         frame_out = -1;
 642         /* the default is not to change the time at all,
 643          * but this is overridden by the edit_files routine
 644          */
 645         t_corr = 0;
 646
 647         if (n_append == -1)
 648         {
 649             trxout = open_trx(out_file, "w");
 650             memset(&frout, 0, sizeof(frout));
 651         }
 652         else
 653         {
 654             t_fileio *stfio;
 655
 656             if (!read_first_frame(oenv, &status, out_file, &fr, FLAGS))
 657             {
 658                 gmx_fatal(FARGS, "Reading first frame from %s", out_file);
 659             }
 660
 661             stfio = trx_get_fileio(status);
 662             if (!bKeepLast && !bOverwrite)
 663             {
 664                 fprintf(stderr, "\n\nWARNING: Appending without -overwrite implies -keeplast "
 665                         "between the first two files. \n"
 666                         "If the trajectories have an overlap and have not been written binary \n"
 667                         "reproducible this will produce an incorrect trajectory!\n\n");
 668
 669                 /* Fails if last frame is incomplete
 670                  * We can't do anything about it without overwriting
 671                  * */
 672                 if (gmx_fio_getftp(stfio) == efXTC)
 673                 {
 674                     lasttime =
 675                         xdr_xtc_get_last_frame_time(gmx_fio_getfp(stfio),
 676                                                     gmx_fio_getxdr(stfio),
 677                                                     fr.natoms, &bOK);
 678                     fr.time = lasttime;
 679                     if (!bOK)
 680                     {
 681                         gmx_fatal(FARGS, "Error reading last frame. Maybe seek not supported." );
 682                     }
 683                 }
 684                 else
 685                 {
 686                     while (read_next_frame(oenv, status, &fr))
 687                     {
 688                         ;
 689                     }
 690                     lasttime = fr.time;
 691                 }
 692                 bKeepLastAppend = TRUE;
 693                 close_trj(status);
 694                 trxout = open_trx(out_file, "a");
 695             }
 696             else if (bOverwrite)
 697             {
 698                 if (gmx_fio_getftp(stfio) != efXTC)
 699                 {
 700                     gmx_fatal(FARGS, "Overwrite only supported for XTC." );
 701                 }
 702                 last_frame_time =
 703                     xdr_xtc_get_last_frame_time(gmx_fio_getfp(stfio),
 704                                                 gmx_fio_getxdr(stfio),
 705                                                 fr.natoms, &bOK);
 706                 if (!bOK)
 707                 {
 708                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading last frame. Maybe seek not supported." );
 709                 }
 710                 /* xtc_seek_time broken for trajectories containing only 1 or 2 frames
 711                  *     or when seek time = 0 */
 712                 if (nfile_in > 1 && settime[1] < last_frame_time+timest[0]*0.5)
 713                 {
 714                     /* Jump to one time-frame before the start of next
 715                      *  trajectory file */
 716                     searchtime = settime[1]-timest[0]*1.25;
 717                 }
 718                 else
 719                 {
 720                     searchtime = last_frame_time;
 721                 }
 722                 if (xtc_seek_time(stfio, searchtime, fr.natoms, TRUE))
 723                 {
 724                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 725                 }
 726                 read_next_frame(oenv, status, &fr);
 727                 if (fabs(searchtime - fr.time) > timest[0]*0.5)
 728                 {
 729                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking: attempted to seek to %f but got %f.",
 730                               searchtime, fr.time);
 731                 }
 732                 lasttime = fr.time;
 733                 fpos     = gmx_fio_ftell(stfio);
 734                 close_trj(status);
 735                 trxout = open_trx(out_file, "r+");
 736                 if (gmx_fio_seek(trx_get_fileio(trxout), fpos))
 737                 {
 738                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 739                 }
 740             }
 741             printf("\n Will append after %f \n", lasttime);
 742             frout = fr;
 743         }
 744         /* Lets stitch up some files */
 745         timestep = timest[0];
 746         for (i = n_append+1; (i < nfile_in); i++)
 747         {
 748             /* Open next file */
 749
 750             /* set the next time from the last frame in previous file */
 751             if (i > 0)
 752             {
 753                 if (frame_out >= 0)
 754                 {
 755                     if (cont_type[i] == TIME_CONTINUE)
 756                     {
 757                         begin        = frout.time;
 758                         begin       += 0.5*timestep;
 759                         settime[i]   = frout.time;
 760                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 761                     }
 762                     else if (cont_type[i] == TIME_LAST)
 763                     {
 764                         begin  = frout.time;
 765                         begin += 0.5*timestep;
 766                     }
 767                     /* Or, if the time in the next part should be changed by the
 768                      * same amount, start at half a timestep from the last time
 769                      * so we dont repeat frames.
 770                      */
 771                     /* I don't understand the comment above, but for all the cases
 772                      * I tried the code seems to work properly. B. Hess 2008-4-2.
 773                      */
 774                 }
 775                 /* Or, if time is set explicitly, we check for overlap/gap */
 776                 if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 777                 {
 778                     if ( ( i < nfile_in ) &&
 779                          ( frout.time < settime[i]-1.5*timestep ) )
 780                     {
 781                         fprintf(stderr, "WARNING: Frames around t=%f %s have a different "
 782                                 "spacing than the rest,\n"
 783                                 "might be a gap or overlap that couldn't be corrected "
 784                                 "automatically.\n", output_env_conv_time(oenv, frout.time),
 785                                 output_env_get_time_unit(oenv));
 786                     }
 787                 }
 788             }
 789
 790             /* if we don't have a timestep in the current file, use the old one */
 791             if (timest[i] != 0)
 792             {
 793                 timestep = timest[i];
 794             }
 795             read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
 796             if (!fr.bTime)
 797             {
 798                 fr.time = 0;
 799                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 800             }
 801
 802             if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 803             {
 804                 t_corr = settime[i]-fr.time;
 805             }
 806             /* t_corr is the amount we want to change the time.
 807              * If the user has chosen not to change the time for
 808              * this part of the trajectory t_corr remains at
 809              * the value it had in the last part, changing this
 810              * by the same amount.
 811              * If no value was given for the first trajectory part
 812              * we let the time start at zero, see the edit_files routine.
 813              */
 814
 815             bNewFile = TRUE;
 816
 817             printf("\n");
 818             if (lasttime != NOTSET)
 819             {
 820                 printf("lasttime %g\n", lasttime);
 821             }
 822
 823             do
 824             {
 825                 /* copy the input frame to the output frame */
 826                 frout = fr;
 827                 /* set the new time by adding the correct calculated above */
 828                 frout.time += t_corr;
 829                 /* quit if we have reached the end of what should be written */
 830                 if ((end > 0) && (frout.time > end+GMX_REAL_EPS))
 831                 {
 832                     i = nfile_in;
 833                     break;
 834                 }
 835
 836                 /* determine if we should write this frame (dt is handled elsewhere) */
 837                 if (bCat) /* write all frames of all files */
 838                 {
 839                     bWrite = TRUE;
 840                 }
 841                 else if (bKeepLast || (bKeepLastAppend && i == 1))
 842                 /* write till last frame of this traj
 843                    and skip first frame(s) of next traj */
 844                 {
 845                     bWrite = ( frout.time > lasttime+0.5*timestep );
 846                 }
 847                 else /* write till first frame of next traj */
 848                 {
 849                     bWrite = ( frout.time < settime[i+1]-0.5*timestep );
 850                 }
 851
 852                 if (bWrite && (frout.time >= begin) )
 853                 {
 854                     frame++;
 855                     if (frame_out == -1)
 856                     {
 857                         first_time = frout.time;
 858                     }
 859                     lasttime = frout.time;
 860                     if (dt == 0 || bRmod(frout.time, first_time, dt))
 861                     {
 862                         frame_out++;
 863                         last_ok_t = frout.time;
 864                         if (bNewFile)
 865                         {
 866                             fprintf(stderr, "\nContinue writing frames from %s t=%g %s, "
 867                                     "frame=%d      \n",
 868                                     fnms[i], output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv),
 869                                     frame);
 870                             bNewFile = FALSE;
 871                         }
 872
 873                         if (bIndex)
 874                         {
 875                             write_trxframe_indexed(trxout, &frout, isize, index,
 876                                                    NULL);
 877                         }
 878                         else
 879                         {
 880                             write_trxframe(trxout, &frout, NULL);
 881                         }
 882                         if ( ((frame % 10) == 0) || (frame < 10) )
 883                         {
 884                             fprintf(stderr, " ->  frame %6d time %8.3f %s     \r",
 885                                     frame_out, output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv));
 886                         }
 887                     }
 888                 }
 889             }
 890             while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 891
 892             close_trj(status);
 893
 894             earliersteps += step;
 895         }
 896         if (trxout)
 897         {
 898             close_trx(trxout);
 899         }
 900         fprintf(stderr, "\nLast frame written was %d, time %f %s\n",
 901                 frame, output_env_conv_time(oenv, last_ok_t), output_env_get_time_unit(oenv));
 902     }
 903
 904     return 0;
 905 }