src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <string.h>
  40 #include <math.h>
  41 #include "macros.h"
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  46 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  47 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  48 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  49 #include "statutil.h"
  50 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  51 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  53 #include "names.h"
  54 #include "index.h"
  55 #include "vec.h"
  56 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  57 #include "do_fit.h"
  58 #include "rmpbc.h"
  59 #include "gromacs/fileio/g87io.h"
  60 #include "pbc.h"
  61 #include "xvgr.h"
  62 #include "gromacs/fileio/xdrf.h"
  63 #include "gmx_ana.h"
  64
  65 #define TIME_EXPLICIT 0
  66 #define TIME_CONTINUE 1
  67 #define TIME_LAST     2
  68 #ifndef FLT_MAX
  69 #define FLT_MAX 1e36
  70 #endif
  71 #define FLAGS (TRX_READ_X | TRX_READ_V | TRX_READ_F)
  72
  73 static void scan_trj_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime,
  74                            real *timestep, atom_id imax,
  75                            const output_env_t oenv)
  76 {
  77     /* Check start time of all files */
  78     int          i, natoms = 0;
  79     t_trxstatus *status;
  80     real         t;
  81     t_trxframe   fr;
  82     gmx_bool     ok;
  83
  84     for (i = 0; i < nfiles; i++)
  85     {
  86         ok = read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
  87
  88         if (!ok)
  89         {
  90             gmx_fatal(FARGS, "\nCouldn't read frame from file." );
  91         }
  92         if (fr.bTime)
  93         {
  94             readtime[i] = fr.time;
  95         }
  96         else
  97         {
  98             readtime[i] = 0;
  99             fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 100         }
 101
 102         if (i == 0)
 103         {
 104             natoms = fr.natoms;
 105         }
 106         else
 107         {
 108             if (imax == NO_ATID)
 109             {
 110                 if (natoms != fr.natoms)
 111                 {
 112                     gmx_fatal(FARGS, "\nDifferent numbers of atoms (%d/%d) in files",
 113                               natoms, fr.natoms);
 114                 }
 115             }
 116             else
 117             {
 118                 if (fr.natoms <= imax)
 119                 {
 120                     gmx_fatal(FARGS, "\nNot enough atoms (%d) for index group (%d)",
 121                               fr.natoms, imax);
 122                 }
 123             }
 124         }
 125         ok = read_next_frame(oenv, status, &fr);
 126         if (ok && fr.bTime)
 127         {
 128             timestep[i] = fr.time - readtime[i];
 129         }
 130         else
 131         {
 132             timestep[i] = 0;
 133         }
 134
 135         close_trj(status);
 136         if (fr.bX)
 137         {
 138             sfree(fr.x);
 139         }
 140         if (fr.bV)
 141         {
 142             sfree(fr.v);
 143         }
 144         if (fr.bF)
 145         {
 146             sfree(fr.f);
 147         }
 148     }
 149     fprintf(stderr, "\n");
 150
 151 }
 152
 153 static void sort_files(char **fnms, real *settime, int nfile)
 154 {
 155     int   i, j, minidx;
 156     real  timeswap;
 157     char *chptr;
 158
 159     for (i = 0; i < nfile; i++)
 160     {
 161         minidx = i;
 162         for (j = i + 1; j < nfile; j++)
 163         {
 164             if (settime[j] < settime[minidx])
 165             {
 166                 minidx = j;
 167             }
 168         }
 169         if (minidx != i)
 170         {
 171             timeswap        = settime[i];
 172             settime[i]      = settime[minidx];
 173             settime[minidx] = timeswap;
 174             chptr           = fnms[i];
 175             fnms[i]         = fnms[minidx];
 176             fnms[minidx]    = chptr;
 177         }
 178     }
 179 }
 180
 181 static void edit_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime, real *timestep,
 182                        real *settime, int *cont_type, gmx_bool bSetTime,
 183                        gmx_bool bSort, const output_env_t oenv)
 184 {
 185     int      i;
 186     gmx_bool ok;
 187     char     inputstring[STRLEN], *chptr;
 188
 189     if (bSetTime)
 190     {
 191         fprintf(stderr, "\n\nEnter the new start time (%s) for each file.\n"
 192                 "There are two special options, both disable sorting:\n\n"
 193                 "c (continue) - The start time is taken from the end\n"
 194                 "of the previous file. Use it when your continuation run\n"
 195                 "restarts with t=0.\n\n"
 196                 "l (last) - The time in this file will be changed the\n"
 197                 "same amount as in the previous. Use it when the time in the\n"
 198                 "new run continues from the end of the previous one,\n"
 199                 "since this takes possible overlap into account.\n\n",
 200                 output_env_get_time_unit(oenv));
 201
 202         fprintf(
 203                 stderr,
 204                 "          File             Current start (%s)  New start (%s)\n"
 205                 "---------------------------------------------------------\n",
 206                 output_env_get_time_unit(oenv), output_env_get_time_unit(oenv));
 207
 208         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 209         {
 210             fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s          ", fnms[i],
 211                     output_env_conv_time(oenv, readtime[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 212             ok = FALSE;
 213             do
 214             {
 215                 if (NULL == fgets(inputstring, STRLEN - 1, stdin))
 216                 {
 217                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading user input" );
 218                 }
 219
 220                 inputstring[strlen(inputstring)-1] = 0;
 221
 222                 if (inputstring[0] == 'c' || inputstring[0] == 'C')
 223                 {
 224                     cont_type[i] = TIME_CONTINUE;
 225                     bSort        = FALSE;
 226                     ok           = TRUE;
 227                     settime[i]   = FLT_MAX;
 228                 }
 229                 else if (inputstring[0] == 'l' ||
 230                          inputstring[0] == 'L')
 231                 {
 232                     cont_type[i] = TIME_LAST;
 233                     bSort        = FALSE;
 234                     ok           = TRUE;
 235                     settime[i]   = FLT_MAX;
 236                 }
 237                 else
 238                 {
 239                     settime[i] = strtod(inputstring, &chptr)*
 240                         output_env_get_time_invfactor(oenv);
 241                     if (chptr == inputstring)
 242                     {
 243                         fprintf(stderr, "'%s' not recognized as a floating point number, 'c' or 'l'. "
 244                                 "Try again: ", inputstring);
 245                     }
 246                     else
 247                     {
 248                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 249                         ok           = TRUE;
 250                     }
 251                 }
 252             }
 253             while (!ok);
 254         }
 255         if (cont_type[0] != TIME_EXPLICIT)
 256         {
 257             cont_type[0] = TIME_EXPLICIT;
 258             settime[0]   = 0;
 259         }
 260     }
 261     else
 262     {
 263         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 264         {
 265             settime[i] = readtime[i];
 266         }
 267     }
 268     if (!bSort)
 269     {
 270         fprintf(stderr, "Sorting disabled.\n");
 271     }
 272     else
 273     {
 274         sort_files(fnms, settime, nfiles);
 275     }
 276     /* Write out the new order and start times */
 277     fprintf(stderr, "\nSummary of files and start times used:\n\n"
 278             "          File                Start time       Time step\n"
 279             "---------------------------------------------------------\n");
 280     for (i = 0; i < nfiles; i++)
 281     {
 282         switch (cont_type[i])
 283         {
 284             case TIME_EXPLICIT:
 285                 fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s   %10.3f %s",
 286                         fnms[i],
 287                         output_env_conv_time(oenv, settime[i]), output_env_get_time_unit(oenv),
 288                         output_env_conv_time(oenv, timestep[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 289                 if (i > 0 &&
 290                     cont_type[i-1] == TIME_EXPLICIT && settime[i] == settime[i-1])
 291                 {
 292                     fprintf(stderr, " WARNING: same Start time as previous");
 293                 }
 294                 fprintf(stderr, "\n");
 295                 break;
 296             case TIME_CONTINUE:
 297                 fprintf(stderr, "%25s        Continue from last file\n", fnms[i]);
 298                 break;
 299             case TIME_LAST:
 300                 fprintf(stderr, "%25s        Change by same amount as last file\n",
 301                         fnms[i]);
 302                 break;
 303         }
 304     }
 305     fprintf(stderr, "\n");
 306
 307     settime[nfiles]   = FLT_MAX;
 308     cont_type[nfiles] = TIME_EXPLICIT;
 309     readtime[nfiles]  = FLT_MAX;
 310 }
 311
 312 static void do_demux(int nset, char *fnms[], char *fnms_out[], int nval,
 313                      real **value, real *time, real dt_remd, int isize,
 314                      atom_id index[], real dt, const output_env_t oenv)
 315 {
 316     int           i, j, k, natoms, nnn;
 317     t_trxstatus **fp_in, **fp_out;
 318     gmx_bool      bCont, *bSet;
 319     real          t, first_time = 0;
 320     t_trxframe   *trx;
 321
 322     snew(fp_in, nset);
 323     snew(trx, nset);
 324     snew(bSet, nset);
 325     natoms = -1;
 326     t      = -1;
 327     for (i = 0; (i < nset); i++)
 328     {
 329         nnn = read_first_frame(oenv, &(fp_in[i]), fnms[i], &(trx[i]),
 330                                TRX_NEED_X);
 331         if (natoms == -1)
 332         {
 333             natoms     = nnn;
 334             first_time = trx[i].time;
 335         }
 336         else if (natoms != nnn)
 337         {
 338             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has %d atoms while previous trajs had %d atoms", fnms[i], nnn, natoms);
 339         }
 340         if (t == -1)
 341         {
 342             t = trx[i].time;
 343         }
 344         else if (t != trx[i].time)
 345         {
 346             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has time %f while previous trajs had time %f", fnms[i], trx[i].time, t);
 347         }
 348     }
 349
 350     snew(fp_out, nset);
 351     for (i = 0; (i < nset); i++)
 352     {
 353         fp_out[i] = open_trx(fnms_out[i], "w");
 354     }
 355     k = 0;
 356     if (gmx_nint(time[k] - t) != 0)
 357     {
 358         gmx_fatal(FARGS, "First time in demuxing table does not match trajectories");
 359     }
 360     do
 361     {
 362         while ((k+1 < nval) && ((trx[0].time - time[k+1]) > dt_remd*0.1))
 363         {
 364             k++;
 365         }
 366         if (debug)
 367         {
 368             fprintf(debug, "trx[0].time = %g, time[k] = %g\n", trx[0].time, time[k]);
 369         }
 370         for (i = 0; (i < nset); i++)
 371         {
 372             bSet[i] = FALSE;
 373         }
 374         for (i = 0; (i < nset); i++)
 375         {
 376             j = gmx_nint(value[i][k]);
 377             range_check(j, 0, nset);
 378             if (bSet[j])
 379             {
 380                 gmx_fatal(FARGS, "Demuxing the same replica %d twice at time %f",
 381                           j, trx[0].time);
 382             }
 383             bSet[j] = TRUE;
 384
 385             if (dt == 0 || bRmod(trx[i].time, first_time, dt))
 386             {
 387                 if (index)
 388                 {
 389                     write_trxframe_indexed(fp_out[j], &trx[i], isize, index, NULL);
 390                 }
 391                 else
 392                 {
 393                     write_trxframe(fp_out[j], &trx[i], NULL);
 394                 }
 395             }
 396         }
 397
 398         bCont = (k < nval);
 399         for (i = 0; (i < nset); i++)
 400         {
 401             bCont = bCont && read_next_frame(oenv, fp_in[i], &trx[i]);
 402         }
 403     }
 404     while (bCont);
 405
 406     for (i = 0; (i < nset); i++)
 407     {
 408         close_trx(fp_in[i]);
 409         close_trx(fp_out[i]);
 410     }
 411 }
 412
 413 int gmx_trjcat(int argc, char *argv[])
 414 {
 415     const char     *desc[] =
 416     {
 417         "[THISMODULE] concatenates several input trajectory files in sorted order. ",
 418         "In case of double time frames the one in the later file is used. ",
 419         "By specifying [TT]-settime[tt] you will be asked for the start time ",
 420         "of each file. The input files are taken from the command line, ",
 421         "such that a command like [TT]gmx trjcat -f *.trr -o fixed.trr[tt] should do ",
 422         "the trick. Using [TT]-cat[tt], you can simply paste several files ",
 423         "together without removal of frames with identical time stamps.[PAR]",
 424         "One important option is inferred when the output file is amongst the",
 425         "input files. In that case that particular file will be appended to",
 426         "which implies you do not need to store double the amount of data.",
 427         "Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting",
 428         "time since one can only append at the end of a file.[PAR]",
 429         "If the [TT]-demux[tt] option is given, the N trajectories that are",
 430         "read, are written in another order as specified in the [TT].xvg[tt] file.",
 431         "The [TT].xvg[tt] file should contain something like:[PAR]",
 432         "[TT]0  0  1  2  3  4  5[BR]",
 433         "2  1  0  2  3  5  4[tt][BR]",
 434         "Where the first number is the time, and subsequent numbers point to",
 435         "trajectory indices.",
 436         "The frames corresponding to the numbers present at the first line",
 437         "are collected into the output trajectory. If the number of frames in",
 438         "the trajectory does not match that in the [TT].xvg[tt] file then the program",
 439         "tries to be smart. Beware."
 440     };
 441     static gmx_bool bVels           = TRUE;
 442     static int      prec            = 3;
 443     static gmx_bool bCat            = FALSE;
 444     static gmx_bool bSort           = TRUE;
 445     static gmx_bool bKeepLast       = FALSE;
 446     static gmx_bool bKeepLastAppend = FALSE;
 447     static gmx_bool bOverwrite      = FALSE;
 448     static gmx_bool bSetTime        = FALSE;
 449     static gmx_bool bDeMux;
 450     static real     begin = -1;
 451     static real     end   = -1;
 452     static real     dt    = 0;
 453
 454     t_pargs
 455         pa[] =
 456     {
 457         { "-b", FALSE, etTIME,
 458           { &begin }, "First time to use (%t)" },
 459         { "-e", FALSE, etTIME,
 460           { &end }, "Last time to use (%t)" },
 461         { "-dt", FALSE, etTIME,
 462           { &dt }, "Only write frame when t MOD dt = first time (%t)" },
 463         { "-prec", FALSE, etINT,
 464           { &prec }, "Precision for [TT].xtc[tt] and [TT].gro[tt] writing in number of decimal places" },
 465         { "-vel", FALSE, etBOOL,
 466           { &bVels }, "Read and write velocities if possible" },
 467         { "-settime", FALSE, etBOOL,
 468           { &bSetTime }, "Change starting time interactively" },
 469         { "-sort", FALSE, etBOOL,
 470           { &bSort }, "Sort trajectory files (not frames)" },
 471         { "-keeplast", FALSE, etBOOL,
 472           { &bKeepLast }, "Keep overlapping frames at end of trajectory" },
 473         { "-overwrite", FALSE, etBOOL,
 474           { &bOverwrite }, "Overwrite overlapping frames during appending" },
 475         { "-cat", FALSE, etBOOL,
 476           { &bCat }, "Do not discard double time frames" }
 477     };
 478 #define npargs asize(pa)
 479     int          ftpin, i, frame, frame_out, step = 0, trjout = 0;
 480     t_trxstatus *status;
 481     rvec        *x, *v;
 482     real         xtcpr, t_corr;
 483     t_trxframe   fr, frout;
 484     char       **fnms, **fnms_out, *in_file, *out_file;
 485     int          n_append;
 486     t_trxstatus *trxout = NULL;
 487     gmx_bool     bNewFile, bIndex, bWrite;
 488     int          earliersteps, nfile_in, nfile_out, *cont_type, last_ok_step;
 489     real        *readtime, *timest, *settime;
 490     real         first_time = 0, lasttime = NOTSET, last_ok_t = -1, timestep;
 491     real         last_frame_time, searchtime;
 492     int          isize, j;
 493     atom_id     *index = NULL, imax;
 494     char        *grpname;
 495     real       **val = NULL, *t = NULL, dt_remd;
 496     int          n, nset;
 497     gmx_bool     bOK;
 498     gmx_off_t    fpos;
 499     output_env_t oenv;
 500     t_filenm     fnm[] =
 501     {
 502         { efTRX, "-f", NULL, ffRDMULT },
 503         { efTRO, "-o", NULL, ffWRMULT },
 504         { efNDX, "-n", "index", ffOPTRD },
 505         { efXVG, "-demux", "remd", ffOPTRD }
 506     };
 507
 508 #define NFILE asize(fnm)
 509
 510     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_BE_NICE | PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm,
 511                            asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 512     {
 513         return 0;
 514     }
 515
 516     bIndex = ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm);
 517     bDeMux = ftp2bSet(efXVG, NFILE, fnm);
 518     bSort  = bSort && !bDeMux;
 519
 520     imax = NO_ATID;
 521     if (bIndex)
 522     {
 523         printf("Select group for output\n");
 524         rd_index(ftp2fn(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpname);
 525         /* scan index */
 526         imax = index[0];
 527         for (i = 1; i < isize; i++)
 528         {
 529             imax = max(imax, index[i]);
 530         }
 531     }
 532     if (bDeMux)
 533     {
 534         nset    = 0;
 535         dt_remd = 0;
 536         val     = read_xvg_time(opt2fn("-demux", NFILE, fnm), TRUE,
 537                                 opt2parg_bSet("-b", npargs, pa), begin,
 538                                 opt2parg_bSet("-e", npargs, pa), end, 1, &nset, &n,
 539                                 &dt_remd, &t);
 540         printf("Read %d sets of %d points, dt = %g\n\n", nset, n, dt_remd);
 541         if (debug)
 542         {
 543             fprintf(debug, "Dump of replica_index.xvg\n");
 544             for (i = 0; (i < n); i++)
 545             {
 546                 fprintf(debug, "%10g", t[i]);
 547                 for (j = 0; (j < nset); j++)
 548                 {
 549                     fprintf(debug, "  %3d", gmx_nint(val[j][i]));
 550                 }
 551                 fprintf(debug, "\n");
 552             }
 553         }
 554     }
 555     /* prec is in nr of decimal places, xtcprec is a multiplication factor: */
 556     xtcpr = 1;
 557     for (i = 0; i < prec; i++)
 558     {
 559         xtcpr *= 10;
 560     }
 561
 562     nfile_in = opt2fns(&fnms, "-f", NFILE, fnm);
 563     if (!nfile_in)
 564     {
 565         gmx_fatal(FARGS, "No input files!" );
 566     }
 567
 568     if (bDeMux && (nfile_in != nset))
 569     {
 570         gmx_fatal(FARGS, "You have specified %d files and %d entries in the demux table", nfile_in, nset);
 571     }
 572
 573     nfile_out = opt2fns(&fnms_out, "-o", NFILE, fnm);
 574     if (!nfile_out)
 575     {
 576         gmx_fatal(FARGS, "No output files!");
 577     }
 578     if ((nfile_out > 1) && !bDeMux)
 579     {
 580         gmx_fatal(FARGS, "Don't know what to do with more than 1 output file if  not demultiplexing");
 581     }
 582     else if (bDeMux && (nfile_out != nset) && (nfile_out != 1))
 583     {
 584         gmx_fatal(FARGS, "Number of output files should be 1 or %d (#input files), not %d", nset, nfile_out);
 585     }
 586     if (bDeMux)
 587     {
 588         if (nfile_out != nset)
 589         {
 590             char *buf = strdup(fnms_out[0]);
 591             snew(fnms_out, nset);
 592             for (i = 0; (i < nset); i++)
 593             {
 594                 snew(fnms_out[i], strlen(buf)+32);
 595                 sprintf(fnms_out[i], "%d_%s", i, buf);
 596             }
 597             sfree(buf);
 598         }
 599         do_demux(nfile_in, fnms, fnms_out, n, val, t, dt_remd, isize, index, dt, oenv);
 600     }
 601     else
 602     {
 603         snew(readtime, nfile_in+1);
 604         snew(timest, nfile_in+1);
 605         scan_trj_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, imax, oenv);
 606
 607         snew(settime, nfile_in+1);
 608         snew(cont_type, nfile_in+1);
 609         edit_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, settime, cont_type, bSetTime, bSort,
 610                    oenv);
 611
 612         /* Check whether the output file is amongst the input files
 613          * This has to be done after sorting etc.
 614          */
 615         out_file = fnms_out[0];
 616         n_append = -1;
 617         for (i = 0; ((i < nfile_in) && (n_append == -1)); i++)
 618         {
 619             if (strcmp(fnms[i], out_file) == 0)
 620             {
 621                 n_append = i;
 622             }
 623         }
 624         if (n_append == 0)
 625         {
 626             fprintf(stderr, "Will append to %s rather than creating a new file\n",
 627                     out_file);
 628         }
 629         else if (n_append != -1)
 630         {
 631             gmx_fatal(FARGS, "Can only append to the first file which is %s (not %s)",
 632                       fnms[0], out_file);
 633         }
 634         earliersteps = 0;
 635
 636         /* Not checking input format, could be dangerous :-) */
 637         /* Not checking output format, equally dangerous :-) */
 638
 639         frame     = -1;
 640         frame_out = -1;
 641         /* the default is not to change the time at all,
 642          * but this is overridden by the edit_files routine
 643          */
 644         t_corr = 0;
 645
 646         if (n_append == -1)
 647         {
 648             trxout = open_trx(out_file, "w");
 649             memset(&frout, 0, sizeof(frout));
 650         }
 651         else
 652         {
 653             t_fileio *stfio;
 654
 655             if (!read_first_frame(oenv, &status, out_file, &fr, FLAGS))
 656             {
 657                 gmx_fatal(FARGS, "Reading first frame from %s", out_file);
 658             }
 659
 660             stfio = trx_get_fileio(status);
 661             if (!bKeepLast && !bOverwrite)
 662             {
 663                 fprintf(stderr, "\n\nWARNING: Appending without -overwrite implies -keeplast "
 664                         "between the first two files. \n"
 665                         "If the trajectories have an overlap and have not been written binary \n"
 666                         "reproducible this will produce an incorrect trajectory!\n\n");
 667
 668                 /* Fails if last frame is incomplete
 669                  * We can't do anything about it without overwriting
 670                  * */
 671                 if (gmx_fio_getftp(stfio) == efXTC)
 672                 {
 673                     lasttime =
 674                         xdr_xtc_get_last_frame_time(gmx_fio_getfp(stfio),
 675                                                     gmx_fio_getxdr(stfio),
 676                                                     fr.natoms, &bOK);
 677                     fr.time = lasttime;
 678                     if (!bOK)
 679                     {
 680                         gmx_fatal(FARGS, "Error reading last frame. Maybe seek not supported." );
 681                     }
 682                 }
 683                 else
 684                 {
 685                     while (read_next_frame(oenv, status, &fr))
 686                     {
 687                         ;
 688                     }
 689                     lasttime = fr.time;
 690                 }
 691                 bKeepLastAppend = TRUE;
 692                 close_trj(status);
 693                 trxout = open_trx(out_file, "a");
 694             }
 695             else if (bOverwrite)
 696             {
 697                 if (gmx_fio_getftp(stfio) != efXTC)
 698                 {
 699                     gmx_fatal(FARGS, "Overwrite only supported for XTC." );
 700                 }
 701                 last_frame_time =
 702                     xdr_xtc_get_last_frame_time(gmx_fio_getfp(stfio),
 703                                                 gmx_fio_getxdr(stfio),
 704                                                 fr.natoms, &bOK);
 705                 if (!bOK)
 706                 {
 707                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading last frame. Maybe seek not supported." );
 708                 }
 709                 /* xtc_seek_time broken for trajectories containing only 1 or 2 frames
 710                  *     or when seek time = 0 */
 711                 if (nfile_in > 1 && settime[1] < last_frame_time+timest[0]*0.5)
 712                 {
 713                     /* Jump to one time-frame before the start of next
 714                      *  trajectory file */
 715                     searchtime = settime[1]-timest[0]*1.25;
 716                 }
 717                 else
 718                 {
 719                     searchtime = last_frame_time;
 720                 }
 721                 if (xtc_seek_time(stfio, searchtime, fr.natoms, TRUE))
 722                 {
 723                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 724                 }
 725                 read_next_frame(oenv, status, &fr);
 726                 if (fabs(searchtime - fr.time) > timest[0]*0.5)
 727                 {
 728                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking: attempted to seek to %f but got %f.",
 729                               searchtime, fr.time);
 730                 }
 731                 lasttime = fr.time;
 732                 fpos     = gmx_fio_ftell(stfio);
 733                 close_trj(status);
 734                 trxout = open_trx(out_file, "r+");
 735                 if (gmx_fio_seek(trx_get_fileio(trxout), fpos))
 736                 {
 737                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 738                 }
 739             }
 740             printf("\n Will append after %f \n", lasttime);
 741             frout = fr;
 742         }
 743         /* Lets stitch up some files */
 744         timestep = timest[0];
 745         for (i = n_append+1; (i < nfile_in); i++)
 746         {
 747             /* Open next file */
 748
 749             /* set the next time from the last frame in previous file */
 750             if (i > 0)
 751             {
 752                 if (frame_out >= 0)
 753                 {
 754                     if (cont_type[i] == TIME_CONTINUE)
 755                     {
 756                         begin        = frout.time;
 757                         begin       += 0.5*timestep;
 758                         settime[i]   = frout.time;
 759                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 760                     }
 761                     else if (cont_type[i] == TIME_LAST)
 762                     {
 763                         begin  = frout.time;
 764                         begin += 0.5*timestep;
 765                     }
 766                     /* Or, if the time in the next part should be changed by the
 767                      * same amount, start at half a timestep from the last time
 768                      * so we dont repeat frames.
 769                      */
 770                     /* I don't understand the comment above, but for all the cases
 771                      * I tried the code seems to work properly. B. Hess 2008-4-2.
 772                      */
 773                 }
 774                 /* Or, if time is set explicitly, we check for overlap/gap */
 775                 if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 776                 {
 777                     if ( ( i < nfile_in ) &&
 778                          ( frout.time < settime[i]-1.5*timestep ) )
 779                     {
 780                         fprintf(stderr, "WARNING: Frames around t=%f %s have a different "
 781                                 "spacing than the rest,\n"
 782                                 "might be a gap or overlap that couldn't be corrected "
 783                                 "automatically.\n", output_env_conv_time(oenv, frout.time),
 784                                 output_env_get_time_unit(oenv));
 785                     }
 786                 }
 787             }
 788
 789             /* if we don't have a timestep in the current file, use the old one */
 790             if (timest[i] != 0)
 791             {
 792                 timestep = timest[i];
 793             }
 794             read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
 795             if (!fr.bTime)
 796             {
 797                 fr.time = 0;
 798                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 799             }
 800
 801             if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 802             {
 803                 t_corr = settime[i]-fr.time;
 804             }
 805             /* t_corr is the amount we want to change the time.
 806              * If the user has chosen not to change the time for
 807              * this part of the trajectory t_corr remains at
 808              * the value it had in the last part, changing this
 809              * by the same amount.
 810              * If no value was given for the first trajectory part
 811              * we let the time start at zero, see the edit_files routine.
 812              */
 813
 814             bNewFile = TRUE;
 815
 816             printf("\n");
 817             if (lasttime != NOTSET)
 818             {
 819                 printf("lasttime %g\n", lasttime);
 820             }
 821
 822             do
 823             {
 824                 /* copy the input frame to the output frame */
 825                 frout = fr;
 826                 /* set the new time by adding the correct calculated above */
 827                 frout.time += t_corr;
 828                 /* quit if we have reached the end of what should be written */
 829                 if ((end > 0) && (frout.time > end+GMX_REAL_EPS))
 830                 {
 831                     i = nfile_in;
 832                     break;
 833                 }
 834
 835                 /* determine if we should write this frame (dt is handled elsewhere) */
 836                 if (bCat) /* write all frames of all files */
 837                 {
 838                     bWrite = TRUE;
 839                 }
 840                 else if (bKeepLast || (bKeepLastAppend && i == 1))
 841                 /* write till last frame of this traj
 842                    and skip first frame(s) of next traj */
 843                 {
 844                     bWrite = ( frout.time > lasttime+0.5*timestep );
 845                 }
 846                 else /* write till first frame of next traj */
 847                 {
 848                     bWrite = ( frout.time < settime[i+1]-0.5*timestep );
 849                 }
 850
 851                 if (bWrite && (frout.time >= begin) )
 852                 {
 853                     frame++;
 854                     if (frame_out == -1)
 855                     {
 856                         first_time = frout.time;
 857                     }
 858                     lasttime = frout.time;
 859                     if (dt == 0 || bRmod(frout.time, first_time, dt))
 860                     {
 861                         frame_out++;
 862                         last_ok_t = frout.time;
 863                         if (bNewFile)
 864                         {
 865                             fprintf(stderr, "\nContinue writing frames from %s t=%g %s, "
 866                                     "frame=%d      \n",
 867                                     fnms[i], output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv),
 868                                     frame);
 869                             bNewFile = FALSE;
 870                         }
 871
 872                         if (bIndex)
 873                         {
 874                             write_trxframe_indexed(trxout, &frout, isize, index,
 875                                                    NULL);
 876                         }
 877                         else
 878                         {
 879                             write_trxframe(trxout, &frout, NULL);
 880                         }
 881                         if ( ((frame % 10) == 0) || (frame < 10) )
 882                         {
 883                             fprintf(stderr, " ->  frame %6d time %8.3f %s     \r",
 884                                     frame_out, output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv));
 885                         }
 886                     }
 887                 }
 888             }
 889             while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 890
 891             close_trj(status);
 892
 893             earliersteps += step;
 894         }
 895         if (trxout)
 896         {
 897             close_trx(trxout);
 898         }
 899         fprintf(stderr, "\nLast frame written was %d, time %f %s\n",
 900                 frame, output_env_conv_time(oenv, last_ok_t), output_env_get_time_unit(oenv));
 901     }
 902
 903     return 0;
 904 }