src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <string.h>
  42 #include <math.h>
  43 #include "macros.h"
  44 #include "sysstuff.h"
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "typedefs.h"
  47 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  48 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  51 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  52 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  53 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  55 #include "names.h"
  56 #include "index.h"
  57 #include "vec.h"
  58 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  59 #include "do_fit.h"
  60 #include "rmpbc.h"
  61 #include "gromacs/fileio/g87io.h"
  62 #include "pbc.h"
  63 #include "xvgr.h"
  64 #include "gromacs/fileio/xdrf.h"
  65 #include "gmx_ana.h"
  66
  67 #define TIME_EXPLICIT 0
  68 #define TIME_CONTINUE 1
  69 #define TIME_LAST     2
  70 #ifndef FLT_MAX
  71 #define FLT_MAX 1e36
  72 #endif
  73 #define FLAGS (TRX_READ_X | TRX_READ_V | TRX_READ_F)
  74
  75 static void scan_trj_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime,
  76                            real *timestep, atom_id imax,
  77                            const output_env_t oenv)
  78 {
  79     /* Check start time of all files */
  80     int          i, natoms = 0;
  81     t_trxstatus *status;
  82     real         t;
  83     t_trxframe   fr;
  84     gmx_bool     ok;
  85
  86     for (i = 0; i < nfiles; i++)
  87     {
  88         ok = read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
  89
  90         if (!ok)
  91         {
  92             gmx_fatal(FARGS, "\nCouldn't read frame from file." );
  93         }
  94         if (fr.bTime)
  95         {
  96             readtime[i] = fr.time;
  97         }
  98         else
  99         {
 100             readtime[i] = 0;
 101             fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 102         }
 103
 104         if (i == 0)
 105         {
 106             natoms = fr.natoms;
 107         }
 108         else
 109         {
 110             if (imax == NO_ATID)
 111             {
 112                 if (natoms != fr.natoms)
 113                 {
 114                     gmx_fatal(FARGS, "\nDifferent numbers of atoms (%d/%d) in files",
 115                               natoms, fr.natoms);
 116                 }
 117             }
 118             else
 119             {
 120                 if (fr.natoms <= imax)
 121                 {
 122                     gmx_fatal(FARGS, "\nNot enough atoms (%d) for index group (%d)",
 123                               fr.natoms, imax);
 124                 }
 125             }
 126         }
 127         ok = read_next_frame(oenv, status, &fr);
 128         if (ok && fr.bTime)
 129         {
 130             timestep[i] = fr.time - readtime[i];
 131         }
 132         else
 133         {
 134             timestep[i] = 0;
 135         }
 136
 137         close_trj(status);
 138         if (fr.bX)
 139         {
 140             sfree(fr.x);
 141         }
 142         if (fr.bV)
 143         {
 144             sfree(fr.v);
 145         }
 146         if (fr.bF)
 147         {
 148             sfree(fr.f);
 149         }
 150     }
 151     fprintf(stderr, "\n");
 152
 153 }
 154
 155 static void sort_files(char **fnms, real *settime, int nfile)
 156 {
 157     int   i, j, minidx;
 158     real  timeswap;
 159     char *chptr;
 160
 161     for (i = 0; i < nfile; i++)
 162     {
 163         minidx = i;
 164         for (j = i + 1; j < nfile; j++)
 165         {
 166             if (settime[j] < settime[minidx])
 167             {
 168                 minidx = j;
 169             }
 170         }
 171         if (minidx != i)
 172         {
 173             timeswap        = settime[i];
 174             settime[i]      = settime[minidx];
 175             settime[minidx] = timeswap;
 176             chptr           = fnms[i];
 177             fnms[i]         = fnms[minidx];
 178             fnms[minidx]    = chptr;
 179         }
 180     }
 181 }
 182
 183 static void edit_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime, real *timestep,
 184                        real *settime, int *cont_type, gmx_bool bSetTime,
 185                        gmx_bool bSort, const output_env_t oenv)
 186 {
 187     int      i;
 188     gmx_bool ok;
 189     char     inputstring[STRLEN], *chptr;
 190
 191     if (bSetTime)
 192     {
 193         fprintf(stderr, "\n\nEnter the new start time (%s) for each file.\n"
 194                 "There are two special options, both disable sorting:\n\n"
 195                 "c (continue) - The start time is taken from the end\n"
 196                 "of the previous file. Use it when your continuation run\n"
 197                 "restarts with t=0.\n\n"
 198                 "l (last) - The time in this file will be changed the\n"
 199                 "same amount as in the previous. Use it when the time in the\n"
 200                 "new run continues from the end of the previous one,\n"
 201                 "since this takes possible overlap into account.\n\n",
 202                 output_env_get_time_unit(oenv));
 203
 204         fprintf(
 205                 stderr,
 206                 "          File             Current start (%s)  New start (%s)\n"
 207                 "---------------------------------------------------------\n",
 208                 output_env_get_time_unit(oenv), output_env_get_time_unit(oenv));
 209
 210         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 211         {
 212             fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s          ", fnms[i],
 213                     output_env_conv_time(oenv, readtime[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 214             ok = FALSE;
 215             do
 216             {
 217                 if (NULL == fgets(inputstring, STRLEN - 1, stdin))
 218                 {
 219                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading user input" );
 220                 }
 221
 222                 inputstring[strlen(inputstring)-1] = 0;
 223
 224                 if (inputstring[0] == 'c' || inputstring[0] == 'C')
 225                 {
 226                     cont_type[i] = TIME_CONTINUE;
 227                     bSort        = FALSE;
 228                     ok           = TRUE;
 229                     settime[i]   = FLT_MAX;
 230                 }
 231                 else if (inputstring[0] == 'l' ||
 232                          inputstring[0] == 'L')
 233                 {
 234                     cont_type[i] = TIME_LAST;
 235                     bSort        = FALSE;
 236                     ok           = TRUE;
 237                     settime[i]   = FLT_MAX;
 238                 }
 239                 else
 240                 {
 241                     settime[i] = strtod(inputstring, &chptr)*
 242                         output_env_get_time_invfactor(oenv);
 243                     if (chptr == inputstring)
 244                     {
 245                         fprintf(stderr, "'%s' not recognized as a floating point number, 'c' or 'l'. "
 246                                 "Try again: ", inputstring);
 247                     }
 248                     else
 249                     {
 250                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 251                         ok           = TRUE;
 252                     }
 253                 }
 254             }
 255             while (!ok);
 256         }
 257         if (cont_type[0] != TIME_EXPLICIT)
 258         {
 259             cont_type[0] = TIME_EXPLICIT;
 260             settime[0]   = 0;
 261         }
 262     }
 263     else
 264     {
 265         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 266         {
 267             settime[i] = readtime[i];
 268         }
 269     }
 270     if (!bSort)
 271     {
 272         fprintf(stderr, "Sorting disabled.\n");
 273     }
 274     else
 275     {
 276         sort_files(fnms, settime, nfiles);
 277     }
 278     /* Write out the new order and start times */
 279     fprintf(stderr, "\nSummary of files and start times used:\n\n"
 280             "          File                Start time       Time step\n"
 281             "---------------------------------------------------------\n");
 282     for (i = 0; i < nfiles; i++)
 283     {
 284         switch (cont_type[i])
 285         {
 286             case TIME_EXPLICIT:
 287                 fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s   %10.3f %s",
 288                         fnms[i],
 289                         output_env_conv_time(oenv, settime[i]), output_env_get_time_unit(oenv),
 290                         output_env_conv_time(oenv, timestep[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 291                 if (i > 0 &&
 292                     cont_type[i-1] == TIME_EXPLICIT && settime[i] == settime[i-1])
 293                 {
 294                     fprintf(stderr, " WARNING: same Start time as previous");
 295                 }
 296                 fprintf(stderr, "\n");
 297                 break;
 298             case TIME_CONTINUE:
 299                 fprintf(stderr, "%25s        Continue from last file\n", fnms[i]);
 300                 break;
 301             case TIME_LAST:
 302                 fprintf(stderr, "%25s        Change by same amount as last file\n",
 303                         fnms[i]);
 304                 break;
 305         }
 306     }
 307     fprintf(stderr, "\n");
 308
 309     settime[nfiles]   = FLT_MAX;
 310     cont_type[nfiles] = TIME_EXPLICIT;
 311     readtime[nfiles]  = FLT_MAX;
 312 }
 313
 314 static void do_demux(int nset, char *fnms[], char *fnms_out[], int nval,
 315                      real **value, real *time, real dt_remd, int isize,
 316                      atom_id index[], real dt, const output_env_t oenv)
 317 {
 318     int           i, j, k, natoms, nnn;
 319     t_trxstatus **fp_in, **fp_out;
 320     gmx_bool      bCont, *bSet;
 321     real          t, first_time = 0;
 322     t_trxframe   *trx;
 323
 324     snew(fp_in, nset);
 325     snew(trx, nset);
 326     snew(bSet, nset);
 327     natoms = -1;
 328     t      = -1;
 329     for (i = 0; (i < nset); i++)
 330     {
 331         nnn = read_first_frame(oenv, &(fp_in[i]), fnms[i], &(trx[i]),
 332                                TRX_NEED_X);
 333         if (natoms == -1)
 334         {
 335             natoms     = nnn;
 336             first_time = trx[i].time;
 337         }
 338         else if (natoms != nnn)
 339         {
 340             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has %d atoms while previous trajs had %d atoms", fnms[i], nnn, natoms);
 341         }
 342         if (t == -1)
 343         {
 344             t = trx[i].time;
 345         }
 346         else if (t != trx[i].time)
 347         {
 348             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has time %f while previous trajs had time %f", fnms[i], trx[i].time, t);
 349         }
 350     }
 351
 352     snew(fp_out, nset);
 353     for (i = 0; (i < nset); i++)
 354     {
 355         fp_out[i] = open_trx(fnms_out[i], "w");
 356     }
 357     k = 0;
 358     if (gmx_nint(time[k] - t) != 0)
 359     {
 360         gmx_fatal(FARGS, "First time in demuxing table does not match trajectories");
 361     }
 362     do
 363     {
 364         while ((k+1 < nval) && ((trx[0].time - time[k+1]) > dt_remd*0.1))
 365         {
 366             k++;
 367         }
 368         if (debug)
 369         {
 370             fprintf(debug, "trx[0].time = %g, time[k] = %g\n", trx[0].time, time[k]);
 371         }
 372         for (i = 0; (i < nset); i++)
 373         {
 374             bSet[i] = FALSE;
 375         }
 376         for (i = 0; (i < nset); i++)
 377         {
 378             j = gmx_nint(value[i][k]);
 379             range_check(j, 0, nset);
 380             if (bSet[j])
 381             {
 382                 gmx_fatal(FARGS, "Demuxing the same replica %d twice at time %f",
 383                           j, trx[0].time);
 384             }
 385             bSet[j] = TRUE;
 386
 387             if (dt == 0 || bRmod(trx[i].time, first_time, dt))
 388             {
 389                 if (index)
 390                 {
 391                     write_trxframe_indexed(fp_out[j], &trx[i], isize, index, NULL);
 392                 }
 393                 else
 394                 {
 395                     write_trxframe(fp_out[j], &trx[i], NULL);
 396                 }
 397             }
 398         }
 399
 400         bCont = (k < nval);
 401         for (i = 0; (i < nset); i++)
 402         {
 403             bCont = bCont && read_next_frame(oenv, fp_in[i], &trx[i]);
 404         }
 405     }
 406     while (bCont);
 407
 408     for (i = 0; (i < nset); i++)
 409     {
 410         close_trx(fp_in[i]);
 411         close_trx(fp_out[i]);
 412     }
 413 }
 414
 415 int gmx_trjcat(int argc, char *argv[])
 416 {
 417     const char     *desc[] =
 418     {
 419         "[THISMODULE] concatenates several input trajectory files in sorted order. ",
 420         "In case of double time frames the one in the later file is used. ",
 421         "By specifying [TT]-settime[tt] you will be asked for the start time ",
 422         "of each file. The input files are taken from the command line, ",
 423         "such that a command like [TT]gmx trjcat -f *.trr -o fixed.trr[tt] should do ",
 424         "the trick. Using [TT]-cat[tt], you can simply paste several files ",
 425         "together without removal of frames with identical time stamps.[PAR]",
 426         "One important option is inferred when the output file is amongst the",
 427         "input files. In that case that particular file will be appended to",
 428         "which implies you do not need to store double the amount of data.",
 429         "Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting",
 430         "time since one can only append at the end of a file.[PAR]",
 431         "If the [TT]-demux[tt] option is given, the N trajectories that are",
 432         "read, are written in another order as specified in the [TT].xvg[tt] file.",
 433         "The [TT].xvg[tt] file should contain something like:[PAR]",
 434         "[TT]0  0  1  2  3  4  5[BR]",
 435         "2  1  0  2  3  5  4[tt][BR]",
 436         "Where the first number is the time, and subsequent numbers point to",
 437         "trajectory indices.",
 438         "The frames corresponding to the numbers present at the first line",
 439         "are collected into the output trajectory. If the number of frames in",
 440         "the trajectory does not match that in the [TT].xvg[tt] file then the program",
 441         "tries to be smart. Beware."
 442     };
 443     static gmx_bool bVels           = TRUE;
 444     static gmx_bool bCat            = FALSE;
 445     static gmx_bool bSort           = TRUE;
 446     static gmx_bool bKeepLast       = FALSE;
 447     static gmx_bool bKeepLastAppend = FALSE;
 448     static gmx_bool bOverwrite      = FALSE;
 449     static gmx_bool bSetTime        = FALSE;
 450     static gmx_bool bDeMux;
 451     static real     begin = -1;
 452     static real     end   = -1;
 453     static real     dt    = 0;
 454
 455     t_pargs
 456         pa[] =
 457     {
 458         { "-b", FALSE, etTIME,
 459           { &begin }, "First time to use (%t)" },
 460         { "-e", FALSE, etTIME,
 461           { &end }, "Last time to use (%t)" },
 462         { "-dt", FALSE, etTIME,
 463           { &dt }, "Only write frame when t MOD dt = first time (%t)" },
 464         { "-vel", FALSE, etBOOL,
 465           { &bVels }, "Read and write velocities if possible" },
 466         { "-settime", FALSE, etBOOL,
 467           { &bSetTime }, "Change starting time interactively" },
 468         { "-sort", FALSE, etBOOL,
 469           { &bSort }, "Sort trajectory files (not frames)" },
 470         { "-keeplast", FALSE, etBOOL,
 471           { &bKeepLast }, "Keep overlapping frames at end of trajectory" },
 472         { "-overwrite", FALSE, etBOOL,
 473           { &bOverwrite }, "Overwrite overlapping frames during appending" },
 474         { "-cat", FALSE, etBOOL,
 475           { &bCat }, "Do not discard double time frames" }
 476     };
 477 #define npargs asize(pa)
 478     int          ftpin, i, frame, frame_out, step = 0, trjout = 0;
 479     t_trxstatus *status;
 480     rvec        *x, *v;
 481     real         t_corr;
 482     t_trxframe   fr, frout;
 483     char       **fnms, **fnms_out, *in_file, *out_file;
 484     int          n_append;
 485     t_trxstatus *trxout = NULL;
 486     gmx_bool     bNewFile, bIndex, bWrite;
 487     int          earliersteps, nfile_in, nfile_out, *cont_type, last_ok_step;
 488     real        *readtime, *timest, *settime;
 489     real         first_time = 0, lasttime = NOTSET, last_ok_t = -1, timestep;
 490     real         last_frame_time, searchtime;
 491     int          isize, j;
 492     atom_id     *index = NULL, imax;
 493     char        *grpname;
 494     real       **val = NULL, *t = NULL, dt_remd;
 495     int          n, nset;
 496     gmx_bool     bOK;
 497     gmx_off_t    fpos;
 498     output_env_t oenv;
 499     t_filenm     fnm[] =
 500     {
 501         { efTRX, "-f", NULL, ffRDMULT },
 502         { efTRO, "-o", NULL, ffWRMULT },
 503         { efNDX, "-n", "index", ffOPTRD },
 504         { efXVG, "-demux", "remd", ffOPTRD }
 505     };
 506
 507 #define NFILE asize(fnm)
 508
 509     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_BE_NICE | PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm,
 510                            asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 511     {
 512         return 0;
 513     }
 514
 515     bIndex = ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm);
 516     bDeMux = ftp2bSet(efXVG, NFILE, fnm);
 517     bSort  = bSort && !bDeMux;
 518
 519     imax = NO_ATID;
 520     if (bIndex)
 521     {
 522         printf("Select group for output\n");
 523         rd_index(ftp2fn(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpname);
 524         /* scan index */
 525         imax = index[0];
 526         for (i = 1; i < isize; i++)
 527         {
 528             imax = max(imax, index[i]);
 529         }
 530     }
 531     if (bDeMux)
 532     {
 533         nset    = 0;
 534         dt_remd = 0;
 535         val     = read_xvg_time(opt2fn("-demux", NFILE, fnm), TRUE,
 536                                 opt2parg_bSet("-b", npargs, pa), begin,
 537                                 opt2parg_bSet("-e", npargs, pa), end, 1, &nset, &n,
 538                                 &dt_remd, &t);
 539         printf("Read %d sets of %d points, dt = %g\n\n", nset, n, dt_remd);
 540         if (debug)
 541         {
 542             fprintf(debug, "Dump of replica_index.xvg\n");
 543             for (i = 0; (i < n); i++)
 544             {
 545                 fprintf(debug, "%10g", t[i]);
 546                 for (j = 0; (j < nset); j++)
 547                 {
 548                     fprintf(debug, "  %3d", gmx_nint(val[j][i]));
 549                 }
 550                 fprintf(debug, "\n");
 551             }
 552         }
 553     }
 554
 555     nfile_in = opt2fns(&fnms, "-f", NFILE, fnm);
 556     if (!nfile_in)
 557     {
 558         gmx_fatal(FARGS, "No input files!" );
 559     }
 560
 561     if (bDeMux && (nfile_in != nset))
 562     {
 563         gmx_fatal(FARGS, "You have specified %d files and %d entries in the demux table", nfile_in, nset);
 564     }
 565
 566     nfile_out = opt2fns(&fnms_out, "-o", NFILE, fnm);
 567     if (!nfile_out)
 568     {
 569         gmx_fatal(FARGS, "No output files!");
 570     }
 571     if ((nfile_out > 1) && !bDeMux)
 572     {
 573         gmx_fatal(FARGS, "Don't know what to do with more than 1 output file if  not demultiplexing");
 574     }
 575     else if (bDeMux && (nfile_out != nset) && (nfile_out != 1))
 576     {
 577         gmx_fatal(FARGS, "Number of output files should be 1 or %d (#input files), not %d", nset, nfile_out);
 578     }
 579     if (bDeMux)
 580     {
 581         if (nfile_out != nset)
 582         {
 583             char *buf = strdup(fnms_out[0]);
 584             snew(fnms_out, nset);
 585             for (i = 0; (i < nset); i++)
 586             {
 587                 snew(fnms_out[i], strlen(buf)+32);
 588                 sprintf(fnms_out[i], "%d_%s", i, buf);
 589             }
 590             sfree(buf);
 591         }
 592         do_demux(nfile_in, fnms, fnms_out, n, val, t, dt_remd, isize, index, dt, oenv);
 593     }
 594     else
 595     {
 596         snew(readtime, nfile_in+1);
 597         snew(timest, nfile_in+1);
 598         scan_trj_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, imax, oenv);
 599
 600         snew(settime, nfile_in+1);
 601         snew(cont_type, nfile_in+1);
 602         edit_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, settime, cont_type, bSetTime, bSort,
 603                    oenv);
 604
 605         /* Check whether the output file is amongst the input files
 606          * This has to be done after sorting etc.
 607          */
 608         out_file = fnms_out[0];
 609         n_append = -1;
 610         for (i = 0; ((i < nfile_in) && (n_append == -1)); i++)
 611         {
 612             if (strcmp(fnms[i], out_file) == 0)
 613             {
 614                 n_append = i;
 615             }
 616         }
 617         if (n_append == 0)
 618         {
 619             fprintf(stderr, "Will append to %s rather than creating a new file\n",
 620                     out_file);
 621         }
 622         else if (n_append != -1)
 623         {
 624             gmx_fatal(FARGS, "Can only append to the first file which is %s (not %s)",
 625                       fnms[0], out_file);
 626         }
 627         earliersteps = 0;
 628
 629         /* Not checking input format, could be dangerous :-) */
 630         /* Not checking output format, equally dangerous :-) */
 631
 632         frame     = -1;
 633         frame_out = -1;
 634         /* the default is not to change the time at all,
 635          * but this is overridden by the edit_files routine
 636          */
 637         t_corr = 0;
 638
 639         if (n_append == -1)
 640         {
 641             trxout = open_trx(out_file, "w");
 642             memset(&frout, 0, sizeof(frout));
 643         }
 644         else
 645         {
 646             t_fileio *stfio;
 647
 648             if (!read_first_frame(oenv, &status, out_file, &fr, FLAGS))
 649             {
 650                 gmx_fatal(FARGS, "Reading first frame from %s", out_file);
 651             }
 652
 653             stfio = trx_get_fileio(status);
 654             if (!bKeepLast && !bOverwrite)
 655             {
 656                 fprintf(stderr, "\n\nWARNING: Appending without -overwrite implies -keeplast "
 657                         "between the first two files. \n"
 658                         "If the trajectories have an overlap and have not been written binary \n"
 659                         "reproducible this will produce an incorrect trajectory!\n\n");
 660
 661                 /* Fails if last frame is incomplete
 662                  * We can't do anything about it without overwriting
 663                  * */
 664                 if (gmx_fio_getftp(stfio) == efXTC)
 665                 {
 666                     lasttime =
 667                         xdr_xtc_get_last_frame_time(gmx_fio_getfp(stfio),
 668                                                     gmx_fio_getxdr(stfio),
 669                                                     fr.natoms, &bOK);
 670                     fr.time = lasttime;
 671                     if (!bOK)
 672                     {
 673                         gmx_fatal(FARGS, "Error reading last frame. Maybe seek not supported." );
 674                     }
 675                 }
 676                 else
 677                 {
 678                     while (read_next_frame(oenv, status, &fr))
 679                     {
 680                         ;
 681                     }
 682                     lasttime = fr.time;
 683                 }
 684                 bKeepLastAppend = TRUE;
 685                 close_trj(status);
 686                 trxout = open_trx(out_file, "a");
 687             }
 688             else if (bOverwrite)
 689             {
 690                 if (gmx_fio_getftp(stfio) != efXTC)
 691                 {
 692                     gmx_fatal(FARGS, "Overwrite only supported for XTC." );
 693                 }
 694                 last_frame_time =
 695                     xdr_xtc_get_last_frame_time(gmx_fio_getfp(stfio),
 696                                                 gmx_fio_getxdr(stfio),
 697                                                 fr.natoms, &bOK);
 698                 if (!bOK)
 699                 {
 700                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading last frame. Maybe seek not supported." );
 701                 }
 702                 /* xtc_seek_time broken for trajectories containing only 1 or 2 frames
 703                  *     or when seek time = 0 */
 704                 if (nfile_in > 1 && settime[1] < last_frame_time+timest[0]*0.5)
 705                 {
 706                     /* Jump to one time-frame before the start of next
 707                      *  trajectory file */
 708                     searchtime = settime[1]-timest[0]*1.25;
 709                 }
 710                 else
 711                 {
 712                     searchtime = last_frame_time;
 713                 }
 714                 if (xtc_seek_time(stfio, searchtime, fr.natoms, TRUE))
 715                 {
 716                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 717                 }
 718                 read_next_frame(oenv, status, &fr);
 719                 if (fabs(searchtime - fr.time) > timest[0]*0.5)
 720                 {
 721                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking: attempted to seek to %f but got %f.",
 722                               searchtime, fr.time);
 723                 }
 724                 lasttime = fr.time;
 725                 fpos     = gmx_fio_ftell(stfio);
 726                 close_trj(status);
 727                 trxout = open_trx(out_file, "r+");
 728                 if (gmx_fio_seek(trx_get_fileio(trxout), fpos))
 729                 {
 730                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 731                 }
 732             }
 733             printf("\n Will append after %f \n", lasttime);
 734             frout = fr;
 735         }
 736         /* Lets stitch up some files */
 737         timestep = timest[0];
 738         for (i = n_append+1; (i < nfile_in); i++)
 739         {
 740             /* Open next file */
 741
 742             /* set the next time from the last frame in previous file */
 743             if (i > 0)
 744             {
 745                 if (frame_out >= 0)
 746                 {
 747                     if (cont_type[i] == TIME_CONTINUE)
 748                     {
 749                         begin        = frout.time;
 750                         begin       += 0.5*timestep;
 751                         settime[i]   = frout.time;
 752                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 753                     }
 754                     else if (cont_type[i] == TIME_LAST)
 755                     {
 756                         begin  = frout.time;
 757                         begin += 0.5*timestep;
 758                     }
 759                     /* Or, if the time in the next part should be changed by the
 760                      * same amount, start at half a timestep from the last time
 761                      * so we dont repeat frames.
 762                      */
 763                     /* I don't understand the comment above, but for all the cases
 764                      * I tried the code seems to work properly. B. Hess 2008-4-2.
 765                      */
 766                 }
 767                 /* Or, if time is set explicitly, we check for overlap/gap */
 768                 if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 769                 {
 770                     if ( ( i < nfile_in ) &&
 771                          ( frout.time < settime[i]-1.5*timestep ) )
 772                     {
 773                         fprintf(stderr, "WARNING: Frames around t=%f %s have a different "
 774                                 "spacing than the rest,\n"
 775                                 "might be a gap or overlap that couldn't be corrected "
 776                                 "automatically.\n", output_env_conv_time(oenv, frout.time),
 777                                 output_env_get_time_unit(oenv));
 778                     }
 779                 }
 780             }
 781
 782             /* if we don't have a timestep in the current file, use the old one */
 783             if (timest[i] != 0)
 784             {
 785                 timestep = timest[i];
 786             }
 787             read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
 788             if (!fr.bTime)
 789             {
 790                 fr.time = 0;
 791                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 792             }
 793
 794             if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 795             {
 796                 t_corr = settime[i]-fr.time;
 797             }
 798             /* t_corr is the amount we want to change the time.
 799              * If the user has chosen not to change the time for
 800              * this part of the trajectory t_corr remains at
 801              * the value it had in the last part, changing this
 802              * by the same amount.
 803              * If no value was given for the first trajectory part
 804              * we let the time start at zero, see the edit_files routine.
 805              */
 806
 807             bNewFile = TRUE;
 808
 809             printf("\n");
 810             if (lasttime != NOTSET)
 811             {
 812                 printf("lasttime %g\n", lasttime);
 813             }
 814
 815             do
 816             {
 817                 /* copy the input frame to the output frame */
 818                 frout = fr;
 819                 /* set the new time by adding the correct calculated above */
 820                 frout.time += t_corr;
 821                 /* quit if we have reached the end of what should be written */
 822                 if ((end > 0) && (frout.time > end+GMX_REAL_EPS))
 823                 {
 824                     i = nfile_in;
 825                     break;
 826                 }
 827
 828                 /* determine if we should write this frame (dt is handled elsewhere) */
 829                 if (bCat) /* write all frames of all files */
 830                 {
 831                     bWrite = TRUE;
 832                 }
 833                 else if (bKeepLast || (bKeepLastAppend && i == 1))
 834                 /* write till last frame of this traj
 835                    and skip first frame(s) of next traj */
 836                 {
 837                     bWrite = ( frout.time > lasttime+0.5*timestep );
 838                 }
 839                 else /* write till first frame of next traj */
 840                 {
 841                     bWrite = ( frout.time < settime[i+1]-0.5*timestep );
 842                 }
 843
 844                 if (bWrite && (frout.time >= begin) )
 845                 {
 846                     frame++;
 847                     if (frame_out == -1)
 848                     {
 849                         first_time = frout.time;
 850                     }
 851                     lasttime = frout.time;
 852                     if (dt == 0 || bRmod(frout.time, first_time, dt))
 853                     {
 854                         frame_out++;
 855                         last_ok_t = frout.time;
 856                         if (bNewFile)
 857                         {
 858                             fprintf(stderr, "\nContinue writing frames from %s t=%g %s, "
 859                                     "frame=%d      \n",
 860                                     fnms[i], output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv),
 861                                     frame);
 862                             bNewFile = FALSE;
 863                         }
 864
 865                         if (bIndex)
 866                         {
 867                             write_trxframe_indexed(trxout, &frout, isize, index,
 868                                                    NULL);
 869                         }
 870                         else
 871                         {
 872                             write_trxframe(trxout, &frout, NULL);
 873                         }
 874                         if ( ((frame % 10) == 0) || (frame < 10) )
 875                         {
 876                             fprintf(stderr, " ->  frame %6d time %8.3f %s     \r",
 877                                     frame_out, output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv));
 878                         }
 879                     }
 880                 }
 881             }
 882             while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 883
 884             close_trj(status);
 885
 886             earliersteps += step;
 887         }
 888         if (trxout)
 889         {
 890             close_trx(trxout);
 891         }
 892         fprintf(stderr, "\nLast frame written was %d, time %f %s\n",
 893                 frame, output_env_conv_time(oenv, last_ok_t), output_env_get_time_unit(oenv));
 894     }
 895
 896     return 0;
 897 }