src/gromacs/gmxana/gmx_saxs.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <math.h>
  41 #include <ctype.h>
  42 #include "string2.h"
  43 #include "sysstuff.h"
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "macros.h"
  46 #include "vec.h"
  47 #include "pbc.h"
  48 #include "xvgr.h"
  49 #include "copyrite.h"
  50 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  51 #include "statutil.h"
  52 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  53 #include "physics.h"
  54 #include "index.h"
  55 #include "smalloc.h"
  56 #include "calcgrid.h"
  57 #include "nrnb.h"
  58 #include "coulomb.h"
  59 #include "gstat.h"
  60 #include "gromacs/fileio/matio.h"
  61 #include "gmx_ana.h"
  62 #include "names.h"
  63 #include "sfactor.h"
  64
  65 int gmx_saxs(int argc, char *argv[])
  66 {
  67     const char  *desc[] = {
  68         "[THISMODULE] calculates SAXS structure factors for given index",
  69         "groups based on Cromer's method.",
  70         "Both topology and trajectory files are required."
  71     };
  72
  73     static real  start_q = 0.0, end_q = 60.0, energy = 12.0;
  74     static int   ngroups = 1;
  75
  76     t_pargs      pa[] = {
  77         { "-ng",       FALSE, etINT, {&ngroups},
  78           "Number of groups to compute SAXS" },
  79         {"-startq", FALSE, etREAL, {&start_q},
  80          "Starting q (1/nm) "},
  81         {"-endq", FALSE, etREAL, {&end_q},
  82          "Ending q (1/nm)"},
  83         {"-energy", FALSE, etREAL, {&energy},
  84          "Energy of the incoming X-ray (keV) "}
  85     };
  86 #define NPA asize(pa)
  87     const char  *fnTPS, *fnTRX, *fnNDX, *fnDAT = NULL;
  88     output_env_t oenv;
  89
  90     t_filenm     fnm[] = {
  91         { efTRX, "-f",  NULL,      ffREAD },
  92         { efTPS, NULL,  NULL,      ffREAD },
  93         { efNDX, NULL,  NULL,      ffOPTRD },
  94         { efDAT, "-d",  "sfactor", ffOPTRD },
  95         { efXVG, "-sq", "sq",      ffWRITE },
  96     };
  97 #define NFILE asize(fnm)
  98     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_TIME | PCA_BE_NICE,
  99                            NFILE, fnm, NPA, pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 100     {
 101         return 0;
 102     }
 103
 104     fnTPS = ftp2fn(efTPS, NFILE, fnm);
 105     fnTRX = ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm);
 106     fnDAT = ftp2fn(efDAT, NFILE, fnm);
 107     fnNDX = ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm);
 108
 109     do_scattering_intensity(fnTPS, fnNDX, opt2fn("-sq", NFILE, fnm),
 110                             fnTRX, fnDAT,
 111                             start_q, end_q, energy, ngroups, oenv);
 112
 113     please_cite(stdout, "Cromer1968a");
 114
 115     return 0;
 116 }