src/gromacs/gmxana/gmx_saxs.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43
  44 #include "sysstuff.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "vec.h"
  48 #include "pbc.h"
  49 #include "xvgr.h"
  50 #include "copyrite.h"
  51 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  52 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  54 #include "physics.h"
  55 #include "index.h"
  56 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  57 #include "calcgrid.h"
  58 #include "nrnb.h"
  59 #include "coulomb.h"
  60 #include "gstat.h"
  61 #include "gromacs/fileio/matio.h"
  62 #include "gmx_ana.h"
  63 #include "names.h"
  64 #include "sfactor.h"
  65
  66 int gmx_saxs(int argc, char *argv[])
  67 {
  68     const char  *desc[] = {
  69         "[THISMODULE] calculates SAXS structure factors for given index",
  70         "groups based on Cromer's method.",
  71         "Both topology and trajectory files are required."
  72     };
  73
  74     static real  start_q = 0.0, end_q = 60.0, energy = 12.0;
  75     static int   ngroups = 1;
  76
  77     t_pargs      pa[] = {
  78         { "-ng",       FALSE, etINT, {&ngroups},
  79           "Number of groups to compute SAXS" },
  80         {"-startq", FALSE, etREAL, {&start_q},
  81          "Starting q (1/nm) "},
  82         {"-endq", FALSE, etREAL, {&end_q},
  83          "Ending q (1/nm)"},
  84         {"-energy", FALSE, etREAL, {&energy},
  85          "Energy of the incoming X-ray (keV) "}
  86     };
  87 #define NPA asize(pa)
  88     const char  *fnTPS, *fnTRX, *fnNDX, *fnDAT = NULL;
  89     output_env_t oenv;
  90
  91     t_filenm     fnm[] = {
  92         { efTRX, "-f",  NULL,      ffREAD },
  93         { efTPS, NULL,  NULL,      ffREAD },
  94         { efNDX, NULL,  NULL,      ffOPTRD },
  95         { efDAT, "-d",  "sfactor", ffOPTRD },
  96         { efXVG, "-sq", "sq",      ffWRITE },
  97     };
  98 #define NFILE asize(fnm)
  99     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_TIME | PCA_BE_NICE,
 100                            NFILE, fnm, NPA, pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 101     {
 102         return 0;
 103     }
 104
 105     fnTPS = ftp2fn(efTPS, NFILE, fnm);
 106     fnTRX = ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm);
 107     fnDAT = ftp2fn(efDAT, NFILE, fnm);
 108     fnNDX = ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm);
 109
 110     do_scattering_intensity(fnTPS, fnNDX, opt2fn("-sq", NFILE, fnm),
 111                             fnTRX, fnDAT,
 112                             start_q, end_q, energy, ngroups, oenv);
 113
 114     please_cite(stdout, "Cromer1968a");
 115
 116     return 0;
 117 }