src/gromacs/gmxana/gmx_rama.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <math.h>
  40 #include "sysstuff.h"
  41 #include <string.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "macros.h"
  45 #include "vec.h"
  46 #include "xvgr.h"
  47 #include "physics.h"
  48 #include "pbc.h"
  49 #include "copyrite.h"
  50 #include "futil.h"
  51 #include "statutil.h"
  52 #include "index.h"
  53 #include "nrama.h"
  54 #include "gmx_ana.h"
  55
  56
  57 static void plot_rama(FILE *out, t_xrama *xr)
  58 {
  59     int  i;
  60     real phi, psi;
  61
  62     for (i = 0; (i < xr->npp); i++)
  63     {
  64         phi = xr->dih[xr->pp[i].iphi].ang*RAD2DEG;
  65         psi = xr->dih[xr->pp[i].ipsi].ang*RAD2DEG;
  66         fprintf(out, "%g  %g  %s\n", phi, psi, xr->pp[i].label);
  67     }
  68 }
  69
  70 int gmx_rama(int argc, char *argv[])
  71 {
  72     const char  *desc[] = {
  73         "[TT]g_rama[tt] selects the [GRK]phi[grk]/[GRK]psi[grk] dihedral combinations from your topology file",
  74         "and computes these as a function of time.",
  75         "Using simple Unix tools such as [IT]grep[it] you can select out",
  76         "specific residues."
  77     };
  78
  79     FILE        *out;
  80     t_xrama     *xr;
  81     int          j;
  82     output_env_t oenv;
  83     t_filenm     fnm[] = {
  84         { efTRX, "-f", NULL,  ffREAD },
  85         { efTPX, NULL, NULL,  ffREAD },
  86         { efXVG, NULL, "rama", ffWRITE }
  87     };
  88 #define NFILE asize(fnm)
  89
  90     parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_VIEW | PCA_CAN_TIME | PCA_BE_NICE,
  91                       NFILE, fnm, 0, NULL, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv);
  92
  93
  94     snew(xr, 1);
  95     init_rama(oenv, ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm), ftp2fn(efTPX, NFILE, fnm), xr, 3);
  96
  97     out = xvgropen(ftp2fn(efXVG, NFILE, fnm), "Ramachandran Plot", "Phi", "Psi", oenv);
  98     xvgr_line_props(out, 0, elNone, ecFrank, oenv);
  99     xvgr_view(out, 0.2, 0.2, 0.8, 0.8, oenv);
 100     xvgr_world(out, -180, -180, 180, 180, oenv);
 101     fprintf(out, "@    xaxis  tick on\n@    xaxis  tick major 60\n@    xaxis  tick minor 30\n");
 102     fprintf(out, "@    yaxis  tick on\n@    yaxis  tick major 60\n@    yaxis  tick minor 30\n");
 103     fprintf(out, "@ s0 symbol 2\n@ s0 symbol size 0.4\n@ s0 symbol fill 1\n");
 104
 105     j = 0;
 106     do
 107     {
 108         plot_rama(out, xr);
 109         j++;
 110     }
 111     while (new_data(xr));
 112     fprintf(stderr, "\n");
 113     ffclose(out);
 114
 115     do_view(oenv, ftp2fn(efXVG, NFILE, fnm), NULL);
 116
 117     thanx(stderr);
 118
 119     return 0;
 120 }