src/gromacs/gmxana/gmx_editconf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  45 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  46 #include "symtab.h"
  47 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  48 #include "macros.h"
  49 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  50 #include "gromacs/fileio/strdb.h"
  51 #include "index.h"
  52 #include "vec.h"
  53 #include "typedefs.h"
  54 #include "gromacs/gmxlib/conformation-utilities.h"
  55 #include "physics.h"
  56 #include "atomprop.h"
  57 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  58 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  59 #include "pbc.h"
  60 #include "princ.h"
  61 #include "txtdump.h"
  62 #include "viewit.h"
  63 #include "rmpbc.h"
  64 #include "gmx_ana.h"
  65
  66 #include "gromacs/legacyheaders/gmx_fatal.h"
  67
  68 typedef struct
  69 {
  70     char sanm[12];
  71     int  natm;
  72     int  nw;
  73     char anm[6][12];
  74 } t_simat;
  75
  76 typedef struct
  77 {
  78     char    reso[12];
  79     char    resn[12];
  80     int     nsatm;
  81     t_simat sat[3];
  82 } t_simlist;
  83
  84 real calc_mass(t_atoms *atoms, gmx_bool bGetMass, gmx_atomprop_t aps)
  85 {
  86     real tmass;
  87     int  i;
  88
  89     tmass = 0;
  90     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
  91     {
  92         if (bGetMass)
  93         {
  94             gmx_atomprop_query(aps, epropMass,
  95                                *atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].name,
  96                                *atoms->atomname[i], &(atoms->atom[i].m));
  97         }
  98         tmass += atoms->atom[i].m;
  99     }
 100
 101     return tmass;
 102 }
 103
 104 real calc_geom(int isize, atom_id *index, rvec *x, rvec geom_center, rvec min,
 105                rvec max, gmx_bool bDiam)
 106 {
 107     real  diam2, d;
 108     char *grpnames;
 109     int   ii, i, j;
 110
 111     clear_rvec(geom_center);
 112     diam2 = 0;
 113     if (isize == 0)
 114     {
 115         clear_rvec(min);
 116         clear_rvec(max);
 117     }
 118     else
 119     {
 120         if (index)
 121         {
 122             ii = index[0];
 123         }
 124         else
 125         {
 126             ii = 0;
 127         }
 128         for (j = 0; j < DIM; j++)
 129         {
 130             min[j] = max[j] = x[ii][j];
 131         }
 132         for (i = 0; i < isize; i++)
 133         {
 134             if (index)
 135             {
 136                 ii = index[i];
 137             }
 138             else
 139             {
 140                 ii = i;
 141             }
 142             rvec_inc(geom_center, x[ii]);
 143             for (j = 0; j < DIM; j++)
 144             {
 145                 if (x[ii][j] < min[j])
 146                 {
 147                     min[j] = x[ii][j];
 148                 }
 149                 if (x[ii][j] > max[j])
 150                 {
 151                     max[j] = x[ii][j];
 152                 }
 153             }
 154             if (bDiam)
 155             {
 156                 if (index)
 157                 {
 158                     for (j = i + 1; j < isize; j++)
 159                     {
 160                         d     = distance2(x[ii], x[index[j]]);
 161                         diam2 = max(d, diam2);
 162                     }
 163                 }
 164                 else
 165                 {
 166                     for (j = i + 1; j < isize; j++)
 167                     {
 168                         d     = distance2(x[i], x[j]);
 169                         diam2 = max(d, diam2);
 170                     }
 171                 }
 172             }
 173         }
 174         svmul(1.0 / isize, geom_center, geom_center);
 175     }
 176
 177     return sqrt(diam2);
 178 }
 179
 180 void center_conf(int natom, rvec *x, rvec center, rvec geom_cent)
 181 {
 182     int  i;
 183     rvec shift;
 184
 185     rvec_sub(center, geom_cent, shift);
 186
 187     printf("    shift       :%7.3f%7.3f%7.3f (nm)\n", shift[XX], shift[YY],
 188            shift[ZZ]);
 189
 190     for (i = 0; (i < natom); i++)
 191     {
 192         rvec_inc(x[i], shift);
 193     }
 194 }
 195
 196 void scale_conf(int natom, rvec x[], matrix box, rvec scale)
 197 {
 198     int i, j;
 199
 200     for (i = 0; i < natom; i++)
 201     {
 202         for (j = 0; j < DIM; j++)
 203         {
 204             x[i][j] *= scale[j];
 205         }
 206     }
 207     for (i = 0; i < DIM; i++)
 208     {
 209         for (j = 0; j < DIM; j++)
 210         {
 211             box[i][j] *= scale[j];
 212         }
 213     }
 214 }
 215
 216 void read_bfac(const char *fn, int *n_bfac, double **bfac_val, int **bfac_nr)
 217 {
 218     int    i;
 219     char **bfac_lines;
 220
 221     *n_bfac = get_lines(fn, &bfac_lines);
 222     snew(*bfac_val, *n_bfac);
 223     snew(*bfac_nr, *n_bfac);
 224     fprintf(stderr, "Reading %d B-factors from %s\n", *n_bfac, fn);
 225     for (i = 0; (i < *n_bfac); i++)
 226     {
 227         /*fprintf(stderr, "Line %d: %s",i,bfac_lines[i]);*/
 228         sscanf(bfac_lines[i], "%d %lf", &(*bfac_nr)[i], &(*bfac_val)[i]);
 229         /*fprintf(stderr," nr %d val %g\n",(*bfac_nr)[i],(*bfac_val)[i]);*/
 230     }
 231
 232 }
 233
 234 void set_pdb_conf_bfac(int natoms, int nres, t_atoms *atoms, int n_bfac,
 235                        double *bfac, int *bfac_nr, gmx_bool peratom)
 236 {
 237     FILE    *out;
 238     real     bfac_min, bfac_max;
 239     int      i, n;
 240     gmx_bool found;
 241
 242     bfac_max = -1e10;
 243     bfac_min = 1e10;
 244     for (i = 0; (i < n_bfac); i++)
 245     {
 246         if (bfac_nr[i] - 1 >= atoms->nres)
 247         {
 248             peratom = TRUE;
 249         }
 250         /*    if ((bfac_nr[i]-1<0) || (bfac_nr[i]-1>=atoms->nr))
 251            gmx_fatal(FARGS,"Index of B-Factor %d is out of range: %d (%g)",
 252            i+1,bfac_nr[i],bfac[i]); */
 253         if (bfac[i] > bfac_max)
 254         {
 255             bfac_max = bfac[i];
 256         }
 257         if (bfac[i] < bfac_min)
 258         {
 259             bfac_min = bfac[i];
 260         }
 261     }
 262     while ((bfac_max > 99.99) || (bfac_min < -99.99))
 263     {
 264         fprintf(stderr,
 265                 "Range of values for B-factors too large (min %g, max %g) "
 266                 "will scale down a factor 10\n", bfac_min, bfac_max);
 267         for (i = 0; (i < n_bfac); i++)
 268         {
 269             bfac[i] /= 10;
 270         }
 271         bfac_max /= 10;
 272         bfac_min /= 10;
 273     }
 274     while ((fabs(bfac_max) < 0.5) && (fabs(bfac_min) < 0.5))
 275     {
 276         fprintf(stderr,
 277                 "Range of values for B-factors too small (min %g, max %g) "
 278                 "will scale up a factor 10\n", bfac_min, bfac_max);
 279         for (i = 0; (i < n_bfac); i++)
 280         {
 281             bfac[i] *= 10;
 282         }
 283         bfac_max *= 10;
 284         bfac_min *= 10;
 285     }
 286
 287     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 288     {
 289         atoms->pdbinfo[i].bfac = 0;
 290     }
 291
 292     if (!peratom)
 293     {
 294         fprintf(stderr, "Will attach %d B-factors to %d residues\n", n_bfac,
 295                 nres);
 296         for (i = 0; (i < n_bfac); i++)
 297         {
 298             found = FALSE;
 299             for (n = 0; (n < natoms); n++)
 300             {
 301                 if (bfac_nr[i] == atoms->resinfo[atoms->atom[n].resind].nr)
 302                 {
 303                     atoms->pdbinfo[n].bfac = bfac[i];
 304                     found                  = TRUE;
 305                 }
 306             }
 307             if (!found)
 308             {
 309                 gmx_warning("Residue nr %d not found\n", bfac_nr[i]);
 310             }
 311         }
 312     }
 313     else
 314     {
 315         fprintf(stderr, "Will attach %d B-factors to %d atoms\n", n_bfac,
 316                 natoms);
 317         for (i = 0; (i < n_bfac); i++)
 318         {
 319             atoms->pdbinfo[bfac_nr[i] - 1].bfac = bfac[i];
 320         }
 321     }
 322 }
 323
 324 void pdb_legend(FILE *out, int natoms, int nres, t_atoms *atoms, rvec x[])
 325 {
 326     real bfac_min, bfac_max, xmin, ymin, zmin;
 327     int  i;
 328     int  space = ' ';
 329
 330     bfac_max = -1e10;
 331     bfac_min = 1e10;
 332     xmin     = 1e10;
 333     ymin     = 1e10;
 334     zmin     = 1e10;
 335     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 336     {
 337         xmin     = min(xmin, x[i][XX]);
 338         ymin     = min(ymin, x[i][YY]);
 339         zmin     = min(zmin, x[i][ZZ]);
 340         bfac_min = min(bfac_min, atoms->pdbinfo[i].bfac);
 341         bfac_max = max(bfac_max, atoms->pdbinfo[i].bfac);
 342     }
 343     fprintf(stderr, "B-factors range from %g to %g\n", bfac_min, bfac_max);
 344     for (i = 1; (i < 12); i++)
 345     {
 346         fprintf(out,
 347                 "%-6s%5u  %-4.4s%3.3s %c%4d%c   %8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f\n",
 348                 "ATOM  ", natoms + 1 + i, "CA", "LEG", space, nres + 1, space,
 349                 (xmin + (i * 0.12)) * 10, ymin * 10, zmin * 10, 1.0, bfac_min
 350                 + ((i - 1.0) * (bfac_max - bfac_min) / 10));
 351     }
 352 }
 353
 354 void visualize_images(const char *fn, int ePBC, matrix box)
 355 {
 356     t_atoms atoms;
 357     rvec   *img;
 358     char   *c, *ala;
 359     int     nat, i;
 360
 361     nat = NTRICIMG + 1;
 362     init_t_atoms(&atoms, nat, FALSE);
 363     atoms.nr = nat;
 364     snew(img, nat);
 365     /* FIXME: Constness should not be cast away */
 366     c   = (char *) "C";
 367     ala = (char *) "ALA";
 368     for (i = 0; i < nat; i++)
 369     {
 370         atoms.atomname[i]        = &c;
 371         atoms.atom[i].resind     = i;
 372         atoms.resinfo[i].name    = &ala;
 373         atoms.resinfo[i].nr      = i + 1;
 374         atoms.resinfo[i].chainid = 'A' + i / NCUCVERT;
 375     }
 376     calc_triclinic_images(box, img + 1);
 377
 378     write_sto_conf(fn, "Images", &atoms, img, NULL, ePBC, box);
 379
 380     free_t_atoms(&atoms, FALSE);
 381     sfree(img);
 382 }
 383
 384 void visualize_box(FILE *out, int a0, int r0, matrix box, rvec gridsize)
 385 {
 386     int  *edge;
 387     rvec *vert, shift;
 388     int   nx, ny, nz, nbox, nat;
 389     int   i, j, x, y, z;
 390     int   rectedge[24] =
 391     {
 392         0, 1, 1, 3, 3, 2, 0, 2, 0, 4, 1, 5, 3, 7, 2, 6, 4, 5, 5, 7, 7, 6, 6,
 393         4
 394     };
 395
 396     a0++;
 397     r0++;
 398
 399     nx   = (int) (gridsize[XX] + 0.5);
 400     ny   = (int) (gridsize[YY] + 0.5);
 401     nz   = (int) (gridsize[ZZ] + 0.5);
 402     nbox = nx * ny * nz;
 403     if (TRICLINIC(box))
 404     {
 405         nat = nbox * NCUCVERT;
 406         snew(vert, nat);
 407         calc_compact_unitcell_vertices(ecenterDEF, box, vert);
 408         j = 0;
 409         for (z = 0; z < nz; z++)
 410         {
 411             for (y = 0; y < ny; y++)
 412             {
 413                 for (x = 0; x < nx; x++)
 414                 {
 415                     for (i = 0; i < DIM; i++)
 416                     {
 417                         shift[i] = x * box[0][i] + y * box[1][i] + z
 418                             * box[2][i];
 419                     }
 420                     for (i = 0; i < NCUCVERT; i++)
 421                     {
 422                         rvec_add(vert[i], shift, vert[j]);
 423                         j++;
 424                     }
 425                 }
 426             }
 427         }
 428
 429         for (i = 0; i < nat; i++)
 430         {
 431             gmx_fprintf_pdb_atomline(out, epdbATOM, a0 + i, "C", ' ', "BOX", 'K' + i / NCUCVERT, r0 + i, ' ',
 432                                      10*vert[i][XX], 10*vert[i][YY], 10*vert[i][ZZ], 1.0, 0.0, "");
 433         }
 434
 435         edge = compact_unitcell_edges();
 436         for (j = 0; j < nbox; j++)
 437         {
 438             for (i = 0; i < NCUCEDGE; i++)
 439             {
 440                 fprintf(out, "CONECT%5d%5d\n", a0 + j * NCUCVERT + edge[2 * i],
 441                         a0 + j * NCUCVERT + edge[2 * i + 1]);
 442             }
 443         }
 444
 445         sfree(vert);
 446     }
 447     else
 448     {
 449         i = 0;
 450         for (z = 0; z <= 1; z++)
 451         {
 452             for (y = 0; y <= 1; y++)
 453             {
 454                 for (x = 0; x <= 1; x++)
 455                 {
 456                     gmx_fprintf_pdb_atomline(out, epdbATOM, a0 + i, "C", ' ', "BOX", 'K' + i/8, r0+i, ' ',
 457                                              x * 10 * box[XX][XX], y * 10 * box[YY][YY], z * 10 * box[ZZ][ZZ], 1.0, 0.0, "");
 458                     i++;
 459                 }
 460             }
 461         }
 462         for (i = 0; i < 24; i += 2)
 463         {
 464             fprintf(out, "CONECT%5d%5d\n", a0 + rectedge[i], a0 + rectedge[i
 465                                                                            + 1]);
 466         }
 467     }
 468 }
 469
 470 void calc_rotmatrix(rvec principal_axis, rvec targetvec, matrix rotmatrix)
 471 {
 472     rvec rotvec;
 473     real ux, uy, uz, costheta, sintheta;
 474
 475     costheta = cos_angle(principal_axis, targetvec);
 476     sintheta = sqrt(1.0-costheta*costheta); /* sign is always positive since 0<theta<pi */
 477
 478     /* Determine rotation from cross product with target vector */
 479     cprod(principal_axis, targetvec, rotvec);
 480     unitv(rotvec, rotvec);
 481     printf("Aligning %g %g %g to %g %g %g : xprod  %g %g %g\n",
 482            principal_axis[XX], principal_axis[YY], principal_axis[ZZ], targetvec[XX], targetvec[YY], targetvec[ZZ],
 483            rotvec[XX], rotvec[YY], rotvec[ZZ]);
 484
 485     ux              = rotvec[XX];
 486     uy              = rotvec[YY];
 487     uz              = rotvec[ZZ];
 488     rotmatrix[0][0] = ux*ux + (1.0-ux*ux)*costheta;
 489     rotmatrix[0][1] = ux*uy*(1-costheta)-uz*sintheta;
 490     rotmatrix[0][2] = ux*uz*(1-costheta)+uy*sintheta;
 491     rotmatrix[1][0] = ux*uy*(1-costheta)+uz*sintheta;
 492     rotmatrix[1][1] = uy*uy + (1.0-uy*uy)*costheta;
 493     rotmatrix[1][2] = uy*uz*(1-costheta)-ux*sintheta;
 494     rotmatrix[2][0] = ux*uz*(1-costheta)-uy*sintheta;
 495     rotmatrix[2][1] = uy*uz*(1-costheta)+ux*sintheta;
 496     rotmatrix[2][2] = uz*uz + (1.0-uz*uz)*costheta;
 497
 498     printf("Rotation matrix: \n%g %g %g\n%g %g %g\n%g %g %g\n",
 499            rotmatrix[0][0], rotmatrix[0][1], rotmatrix[0][2],
 500            rotmatrix[1][0], rotmatrix[1][1], rotmatrix[1][2],
 501            rotmatrix[2][0], rotmatrix[2][1], rotmatrix[2][2]);
 502 }
 503
 504 static void renum_resnr(t_atoms *atoms, int isize, const int *index,
 505                         int resnr_start)
 506 {
 507     int i, resind_prev, resind;
 508
 509     resind_prev = -1;
 510     for (i = 0; i < isize; i++)
 511     {
 512         resind = atoms->atom[index == NULL ? i : index[i]].resind;
 513         if (resind != resind_prev)
 514         {
 515             atoms->resinfo[resind].nr = resnr_start;
 516             resnr_start++;
 517         }
 518         resind_prev = resind;
 519     }
 520 }
 521
 522 int gmx_editconf(int argc, char *argv[])
 523 {
 524     const char     *desc[] =
 525     {
 526         "[THISMODULE] converts generic structure format to [TT].gro[tt], [TT].g96[tt]",
 527         "or [TT].pdb[tt].",
 528         "[PAR]",
 529         "The box can be modified with options [TT]-box[tt], [TT]-d[tt] and",
 530         "[TT]-angles[tt]. Both [TT]-box[tt] and [TT]-d[tt]",
 531         "will center the system in the box, unless [TT]-noc[tt] is used.",
 532         "[PAR]",
 533         "Option [TT]-bt[tt] determines the box type: [TT]triclinic[tt] is a",
 534         "triclinic box, [TT]cubic[tt] is a rectangular box with all sides equal",
 535         "[TT]dodecahedron[tt] represents a rhombic dodecahedron and",
 536         "[TT]octahedron[tt] is a truncated octahedron.",
 537         "The last two are special cases of a triclinic box.",
 538         "The length of the three box vectors of the truncated octahedron is the",
 539         "shortest distance between two opposite hexagons.",
 540         "Relative to a cubic box with some periodic image distance, the volume of a ",
 541         "dodecahedron with this same periodic distance is 0.71 times that of the cube, ",
 542         "and that of a truncated octahedron is 0.77 times.",
 543         "[PAR]",
 544         "Option [TT]-box[tt] requires only",
 545         "one value for a cubic, rhombic dodecahedral, or truncated octahedral box.",
 546         "[PAR]",
 547         "With [TT]-d[tt] and a [TT]triclinic[tt] box the size of the system in the [IT]x[it]-, [IT]y[it]-,",
 548         "and [IT]z[it]-directions is used. With [TT]-d[tt] and [TT]cubic[tt],",
 549         "[TT]dodecahedron[tt] or [TT]octahedron[tt] boxes, the dimensions are set",
 550         "to the diameter of the system (largest distance between atoms) plus twice",
 551         "the specified distance.",
 552         "[PAR]",
 553         "Option [TT]-angles[tt] is only meaningful with option [TT]-box[tt] and",
 554         "a triclinic box and cannot be used with option [TT]-d[tt].",
 555         "[PAR]",
 556         "When [TT]-n[tt] or [TT]-ndef[tt] is set, a group",
 557         "can be selected for calculating the size and the geometric center,",
 558         "otherwise the whole system is used.",
 559         "[PAR]",
 560         "[TT]-rotate[tt] rotates the coordinates and velocities.",
 561         "[PAR]",
 562         "[TT]-princ[tt] aligns the principal axes of the system along the",
 563         "coordinate axes, with the longest axis aligned with the [IT]x[it]-axis. ",
 564         "This may allow you to decrease the box volume,",
 565         "but beware that molecules can rotate significantly in a nanosecond.",
 566         "[PAR]",
 567         "Scaling is applied before any of the other operations are",
 568         "performed. Boxes and coordinates can be scaled to give a certain density (option",
 569         "[TT]-density[tt]). Note that this may be inaccurate in case a [TT].gro[tt]",
 570         "file is given as input. A special feature of the scaling option is that when the",
 571         "factor -1 is given in one dimension, one obtains a mirror image,",
 572         "mirrored in one of the planes. When one uses -1 in three dimensions, ",
 573         "a point-mirror image is obtained.[PAR]",
 574         "Groups are selected after all operations have been applied.[PAR]",
 575         "Periodicity can be removed in a crude manner.",
 576         "It is important that the box vectors at the bottom of your input file",
 577         "are correct when the periodicity is to be removed.",
 578         "[PAR]",
 579         "When writing [TT].pdb[tt] files, B-factors can be",
 580         "added with the [TT]-bf[tt] option. B-factors are read",
 581         "from a file with with following format: first line states number of",
 582         "entries in the file, next lines state an index",
 583         "followed by a B-factor. The B-factors will be attached per residue",
 584         "unless an index is larger than the number of residues or unless the",
 585         "[TT]-atom[tt] option is set. Obviously, any type of numeric data can",
 586         "be added instead of B-factors. [TT]-legend[tt] will produce",
 587         "a row of CA atoms with B-factors ranging from the minimum to the",
 588         "maximum value found, effectively making a legend for viewing.",
 589         "[PAR]",
 590         "With the option [TT]-mead[tt] a special [TT].pdb[tt] ([TT].pqr[tt])",
 591         "file for the MEAD electrostatics",
 592         "program (Poisson-Boltzmann solver) can be made. A further prerequisite",
 593         "is that the input file is a run input file.",
 594         "The B-factor field is then filled with the Van der Waals radius",
 595         "of the atoms while the occupancy field will hold the charge.",
 596         "[PAR]",
 597         "The option [TT]-grasp[tt] is similar, but it puts the charges in the B-factor",
 598         "and the radius in the occupancy.",
 599         "[PAR]",
 600         "Option [TT]-align[tt] allows alignment",
 601         "of the principal axis of a specified group against the given vector, ",
 602         "with an optional center of rotation specified by [TT]-aligncenter[tt].",
 603         "[PAR]",
 604         "Finally, with option [TT]-label[tt], [TT]editconf[tt] can add a chain identifier",
 605         "to a [TT].pdb[tt] file, which can be useful for analysis with e.g. Rasmol.",
 606         "[PAR]",
 607         "To convert a truncated octrahedron file produced by a package which uses",
 608         "a cubic box with the corners cut off (such as GROMOS), use:[BR]",
 609         "[TT]gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out[tt][BR]",
 610         "where [TT]veclen[tt] is the size of the cubic box times [SQRT]3[sqrt]/2."
 611     };
 612     const char     *bugs[] =
 613     {
 614         "For complex molecules, the periodicity removal routine may break down, "
 615         "in that case you can use [gmx-trjconv]."
 616     };
 617     static real     dist    = 0.0, rbox = 0.0, to_diam = 0.0;
 618     static gmx_bool bNDEF   = FALSE, bRMPBC = FALSE, bCenter = FALSE, bReadVDW =
 619         FALSE, bCONECT      = FALSE;
 620     static gmx_bool peratom = FALSE, bLegend = FALSE, bOrient = FALSE, bMead =
 621         FALSE, bGrasp       = FALSE, bSig56 = FALSE;
 622     static rvec     scale   =
 623     { 1, 1, 1 }, newbox     =
 624     { 0, 0, 0 }, newang     =
 625     { 90, 90, 90 };
 626     static real rho          = 1000.0, rvdw = 0.12;
 627     static rvec center       =
 628     { 0, 0, 0 }, translation =
 629     { 0, 0, 0 }, rotangles   =
 630     { 0, 0, 0 }, aligncenter =
 631     { 0, 0, 0 }, targetvec   =
 632     { 0, 0, 0 };
 633     static const char *btype[] =
 634     { NULL, "triclinic", "cubic", "dodecahedron", "octahedron", NULL },
 635     *label             = "A";
 636     static rvec visbox =
 637     { 0, 0, 0 };
 638     static int  resnr_start = -1;
 639     t_pargs
 640                 pa[] =
 641     {
 642         { "-ndef", FALSE, etBOOL,
 643           { &bNDEF }, "Choose output from default index groups" },
 644         { "-visbox", FALSE, etRVEC,
 645           { visbox },
 646           "HIDDENVisualize a grid of boxes, -1 visualizes the 14 box images" },
 647         { "-bt", FALSE, etENUM,
 648           { btype }, "Box type for [TT]-box[tt] and [TT]-d[tt]" },
 649         { "-box", FALSE, etRVEC,
 650           { newbox }, "Box vector lengths (a,b,c)" },
 651         { "-angles", FALSE, etRVEC,
 652           { newang }, "Angles between the box vectors (bc,ac,ab)" },
 653         { "-d", FALSE, etREAL,
 654           { &dist }, "Distance between the solute and the box" },
 655         { "-c", FALSE, etBOOL,
 656           { &bCenter },
 657           "Center molecule in box (implied by [TT]-box[tt] and [TT]-d[tt])" },
 658         { "-center", FALSE, etRVEC,
 659           { center }, "Coordinates of geometrical center" },
 660         { "-aligncenter", FALSE, etRVEC,
 661           { aligncenter }, "Center of rotation for alignment" },
 662         { "-align", FALSE, etRVEC,
 663           { targetvec },
 664           "Align to target vector" },
 665         { "-translate", FALSE, etRVEC,
 666           { translation }, "Translation" },
 667         { "-rotate", FALSE, etRVEC,
 668           { rotangles },
 669           "Rotation around the X, Y and Z axes in degrees" },
 670         { "-princ", FALSE, etBOOL,
 671           { &bOrient },
 672           "Orient molecule(s) along their principal axes" },
 673         { "-scale", FALSE, etRVEC,
 674           { scale }, "Scaling factor" },
 675         { "-density", FALSE, etREAL,
 676           { &rho },
 677           "Density (g/L) of the output box achieved by scaling" },
 678         { "-pbc", FALSE, etBOOL,
 679           { &bRMPBC },
 680           "Remove the periodicity (make molecule whole again)" },
 681         { "-resnr", FALSE, etINT,
 682           { &resnr_start },
 683           " Renumber residues starting from resnr" },
 684         { "-grasp", FALSE, etBOOL,
 685           { &bGrasp },
 686           "Store the charge of the atom in the B-factor field and the radius of the atom in the occupancy field" },
 687         {
 688             "-rvdw", FALSE, etREAL,
 689             { &rvdw },
 690             "Default Van der Waals radius (in nm) if one can not be found in the database or if no parameters are present in the topology file"
 691         },
 692         { "-sig56", FALSE, etBOOL,
 693           { &bSig56 },
 694           "Use rmin/2 (minimum in the Van der Waals potential) rather than [GRK]sigma[grk]/2 " },
 695         {
 696             "-vdwread", FALSE, etBOOL,
 697             { &bReadVDW },
 698             "Read the Van der Waals radii from the file [TT]vdwradii.dat[tt] rather than computing the radii based on the force field"
 699         },
 700         { "-atom", FALSE, etBOOL,
 701           { &peratom }, "Force B-factor attachment per atom" },
 702         { "-legend", FALSE, etBOOL,
 703           { &bLegend }, "Make B-factor legend" },
 704         { "-label", FALSE, etSTR,
 705           { &label }, "Add chain label for all residues" },
 706         {
 707             "-conect", FALSE, etBOOL,
 708             { &bCONECT },
 709             "Add CONECT records to a [TT].pdb[tt] file when written. Can only be done when a topology is present"
 710         }
 711     };
 712 #define NPA asize(pa)
 713
 714     FILE          *out;
 715     const char    *infile, *outfile;
 716     char           title[STRLEN];
 717     int            outftp, inftp, natom, i, j, n_bfac, itype, ntype;
 718     double        *bfac    = NULL, c6, c12;
 719     int           *bfac_nr = NULL;
 720     t_topology    *top     = NULL;
 721     t_atoms        atoms;
 722     char          *grpname, *sgrpname, *agrpname;
 723     int            isize, ssize, tsize, asize;
 724     atom_id       *index, *sindex, *tindex, *aindex;
 725     rvec          *x, *v, gc, min, max, size;
 726     int            ePBC;
 727     matrix         box, rotmatrix, trans;
 728     rvec           princd, tmpvec;
 729     gmx_bool       bIndex, bSetSize, bSetAng, bCubic, bDist, bSetCenter, bAlign;
 730     gmx_bool       bHaveV, bScale, bRho, bTranslate, bRotate, bCalcGeom, bCalcDiam;
 731     real           xs, ys, zs, xcent, ycent, zcent, diam = 0, mass = 0, d, vdw;
 732     gmx_atomprop_t aps;
 733     gmx_conect     conect;
 734     output_env_t   oenv;
 735     t_filenm       fnm[] =
 736     {
 737         { efSTX, "-f", NULL, ffREAD },
 738         { efNDX, "-n", NULL, ffOPTRD },
 739         { efSTO, NULL, NULL, ffOPTWR },
 740         { efPQR, "-mead", "mead", ffOPTWR },
 741         { efDAT, "-bf", "bfact", ffOPTRD }
 742     };
 743 #define NFILE asize(fnm)
 744
 745     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_VIEW, NFILE, fnm, NPA, pa,
 746                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 747     {
 748         return 0;
 749     }
 750
 751     bIndex     = opt2bSet("-n", NFILE, fnm) || bNDEF;
 752     bMead      = opt2bSet("-mead", NFILE, fnm);
 753     bSetSize   = opt2parg_bSet("-box", NPA, pa);
 754     bSetAng    = opt2parg_bSet("-angles", NPA, pa);
 755     bSetCenter = opt2parg_bSet("-center", NPA, pa);
 756     bDist      = opt2parg_bSet("-d", NPA, pa);
 757     bAlign     = opt2parg_bSet("-align", NPA, pa);
 758     /* Only automatically turn on centering without -noc */
 759     if ((bDist || bSetSize || bSetCenter) && !opt2parg_bSet("-c", NPA, pa))
 760     {
 761         bCenter = TRUE;
 762     }
 763     bScale     = opt2parg_bSet("-scale", NPA, pa);
 764     bRho       = opt2parg_bSet("-density", NPA, pa);
 765     bTranslate = opt2parg_bSet("-translate", NPA, pa);
 766     bRotate    = opt2parg_bSet("-rotate", NPA, pa);
 767     if (bScale && bRho)
 768     {
 769         fprintf(stderr, "WARNING: setting -density overrides -scale\n");
 770     }
 771     bScale    = bScale || bRho;
 772     bCalcGeom = bCenter || bRotate || bOrient || bScale;
 773     bCalcDiam = btype[0][0] == 'c' || btype[0][0] == 'd' || btype[0][0] == 'o';
 774
 775     infile = ftp2fn(efSTX, NFILE, fnm);
 776     if (bMead)
 777     {
 778         outfile = ftp2fn(efPQR, NFILE, fnm);
 779     }
 780     else
 781     {
 782         outfile = ftp2fn(efSTO, NFILE, fnm);
 783     }
 784     outftp = fn2ftp(outfile);
 785     inftp  = fn2ftp(infile);
 786
 787     aps = gmx_atomprop_init();
 788
 789     if (bMead && bGrasp)
 790     {
 791         printf("Incompatible options -mead and -grasp. Turning off -grasp\n");
 792         bGrasp = FALSE;
 793     }
 794     if (bGrasp && (outftp != efPDB))
 795     {
 796         gmx_fatal(FARGS, "Output file should be a .pdb file"
 797                   " when using the -grasp option\n");
 798     }
 799     if ((bMead || bGrasp) && !((fn2ftp(infile) == efTPR) ||
 800                                (fn2ftp(infile) == efTPA) ||
 801                                (fn2ftp(infile) == efTPB)))
 802     {
 803         gmx_fatal(FARGS, "Input file should be a .tp[abr] file"
 804                   " when using the -mead option\n");
 805     }
 806
 807     get_stx_coordnum(infile, &natom);
 808     init_t_atoms(&atoms, natom, TRUE);
 809     snew(x, natom);
 810     snew(v, natom);
 811     read_stx_conf(infile, title, &atoms, x, v, &ePBC, box);
 812     if (fn2ftp(infile) == efPDB)
 813     {
 814         get_pdb_atomnumber(&atoms, aps);
 815     }
 816     printf("Read %d atoms\n", atoms.nr);
 817
 818     /* Get the element numbers if available in a pdb file */
 819     if (fn2ftp(infile) == efPDB)
 820     {
 821         get_pdb_atomnumber(&atoms, aps);
 822     }
 823
 824     if (ePBC != epbcNONE)
 825     {
 826         real vol = det(box);
 827         printf("Volume: %g nm^3, corresponds to roughly %d electrons\n",
 828                vol, 100*((int)(vol*4.5)));
 829     }
 830
 831     if (bMead || bGrasp || bCONECT)
 832     {
 833         top = read_top(infile, NULL);
 834     }
 835
 836     if (bMead || bGrasp)
 837     {
 838         if (atoms.nr != top->atoms.nr)
 839         {
 840             gmx_fatal(FARGS, "Atom numbers don't match (%d vs. %d)", atoms.nr, top->atoms.nr);
 841         }
 842         snew(atoms.pdbinfo, top->atoms.nr);
 843         ntype = top->idef.atnr;
 844         for (i = 0; (i < atoms.nr); i++)
 845         {
 846             /* Determine the Van der Waals radius from the force field */
 847             if (bReadVDW)
 848             {
 849                 if (!gmx_atomprop_query(aps, epropVDW,
 850                                         *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
 851                                         *top->atoms.atomname[i], &vdw))
 852                 {
 853                     vdw = rvdw;
 854                 }
 855             }
 856             else
 857             {
 858                 itype = top->atoms.atom[i].type;
 859                 c12   = top->idef.iparams[itype*ntype+itype].lj.c12;
 860                 c6    = top->idef.iparams[itype*ntype+itype].lj.c6;
 861                 if ((c6 != 0) && (c12 != 0))
 862                 {
 863                     real sig6;
 864                     if (bSig56)
 865                     {
 866                         sig6 = 2*c12/c6;
 867                     }
 868                     else
 869                     {
 870                         sig6 = c12/c6;
 871                     }
 872                     vdw   = 0.5*pow(sig6, 1.0/6.0);
 873                 }
 874                 else
 875                 {
 876                     vdw = rvdw;
 877                 }
 878             }
 879             /* Factor of 10 for nm -> Angstroms */
 880             vdw *= 10;
 881
 882             if (bMead)
 883             {
 884                 atoms.pdbinfo[i].occup = top->atoms.atom[i].q;
 885                 atoms.pdbinfo[i].bfac  = vdw;
 886             }
 887             else
 888             {
 889                 atoms.pdbinfo[i].occup = vdw;
 890                 atoms.pdbinfo[i].bfac  = top->atoms.atom[i].q;
 891             }
 892         }
 893     }
 894     bHaveV = FALSE;
 895     for (i = 0; (i < natom) && !bHaveV; i++)
 896     {
 897         for (j = 0; (j < DIM) && !bHaveV; j++)
 898         {
 899             bHaveV = bHaveV || (v[i][j] != 0);
 900         }
 901     }
 902     printf("%selocities found\n", bHaveV ? "V" : "No v");
 903
 904     if (visbox[0] > 0)
 905     {
 906         if (bIndex)
 907         {
 908             gmx_fatal(FARGS, "Sorry, can not visualize box with index groups");
 909         }
 910         if (outftp != efPDB)
 911         {
 912             gmx_fatal(FARGS, "Sorry, can only visualize box with a pdb file");
 913         }
 914     }
 915     else if (visbox[0] == -1)
 916     {
 917         visualize_images("images.pdb", ePBC, box);
 918     }
 919
 920     /* remove pbc */
 921     if (bRMPBC)
 922     {
 923         rm_gropbc(&atoms, x, box);
 924     }
 925
 926     if (bCalcGeom)
 927     {
 928         if (bIndex)
 929         {
 930             fprintf(stderr, "\nSelect a group for determining the system size:\n");
 931             get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm),
 932                       1, &ssize, &sindex, &sgrpname);
 933         }
 934         else
 935         {
 936             ssize  = atoms.nr;
 937             sindex = NULL;
 938         }
 939         diam = calc_geom(ssize, sindex, x, gc, min, max, bCalcDiam);
 940         rvec_sub(max, min, size);
 941         printf("    system size :%7.3f%7.3f%7.3f (nm)\n",
 942                size[XX], size[YY], size[ZZ]);
 943         if (bCalcDiam)
 944         {
 945             printf("    diameter    :%7.3f               (nm)\n", diam);
 946         }
 947         printf("    center      :%7.3f%7.3f%7.3f (nm)\n", gc[XX], gc[YY], gc[ZZ]);
 948         printf("    box vectors :%7.3f%7.3f%7.3f (nm)\n",
 949                norm(box[XX]), norm(box[YY]), norm(box[ZZ]));
 950         printf("    box angles  :%7.2f%7.2f%7.2f (degrees)\n",
 951                norm2(box[ZZ]) == 0 ? 0 :
 952                RAD2DEG*acos(cos_angle_no_table(box[YY], box[ZZ])),
 953                norm2(box[ZZ]) == 0 ? 0 :
 954                RAD2DEG*acos(cos_angle_no_table(box[XX], box[ZZ])),
 955                norm2(box[YY]) == 0 ? 0 :
 956                RAD2DEG*acos(cos_angle_no_table(box[XX], box[YY])));
 957         printf("    box volume  :%7.2f               (nm^3)\n", det(box));
 958     }
 959
 960     if (bRho || bOrient || bAlign)
 961     {
 962         mass = calc_mass(&atoms, !fn2bTPX(infile), aps);
 963     }
 964
 965     if (bOrient)
 966     {
 967         atom_id *index;
 968         char    *grpnames;
 969
 970         /* Get a group for principal component analysis */
 971         fprintf(stderr, "\nSelect group for the determining the orientation\n");
 972         get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpnames);
 973
 974         /* Orient the principal axes along the coordinate axes */
 975         orient_princ(&atoms, isize, index, natom, x, bHaveV ? v : NULL, NULL);
 976         sfree(index);
 977         sfree(grpnames);
 978     }
 979
 980     if (bScale)
 981     {
 982         /* scale coordinates and box */
 983         if (bRho)
 984         {
 985             /* Compute scaling constant */
 986             real vol, dens;
 987
 988             vol  = det(box);
 989             dens = (mass*AMU)/(vol*NANO*NANO*NANO);
 990             fprintf(stderr, "Volume  of input %g (nm^3)\n", vol);
 991             fprintf(stderr, "Mass    of input %g (a.m.u.)\n", mass);
 992             fprintf(stderr, "Density of input %g (g/l)\n", dens);
 993             if (vol == 0 || mass == 0)
 994             {
 995                 gmx_fatal(FARGS, "Cannot scale density with "
 996                           "zero mass (%g) or volume (%g)\n", mass, vol);
 997             }
 998
 999             scale[XX] = scale[YY] = scale[ZZ] = pow(dens/rho, 1.0/3.0);
1000             fprintf(stderr, "Scaling all box vectors by %g\n", scale[XX]);
1001         }
1002         scale_conf(atoms.nr, x, box, scale);
1003     }
1004
1005     if (bAlign)
1006     {
1007         if (bIndex)
1008         {
1009             fprintf(stderr, "\nSelect a group that you want to align:\n");
1010             get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm),
1011                       1, &asize, &aindex, &agrpname);
1012         }
1013         else
1014         {
1015             asize = atoms.nr;
1016             snew(aindex, asize);
1017             for (i = 0; i < asize; i++)
1018             {
1019                 aindex[i] = i;
1020             }
1021         }
1022         printf("Aligning %d atoms (out of %d) to %g %g %g, center of rotation %g %g %g\n", asize, natom,
1023                targetvec[XX], targetvec[YY], targetvec[ZZ],
1024                aligncenter[XX], aligncenter[YY], aligncenter[ZZ]);
1025         /*subtract out pivot point*/
1026         for (i = 0; i < asize; i++)
1027         {
1028             rvec_dec(x[aindex[i]], aligncenter);
1029         }
1030         /*now determine transform and rotate*/
1031         /*will this work?*/
1032         principal_comp(asize, aindex, atoms.atom, x, trans, princd);
1033
1034         unitv(targetvec, targetvec);
1035         printf("Using %g %g %g as principal axis\n", trans[0][2], trans[1][2], trans[2][2]);
1036         tmpvec[XX] = trans[0][2]; tmpvec[YY] = trans[1][2]; tmpvec[ZZ] = trans[2][2];
1037         calc_rotmatrix(tmpvec, targetvec, rotmatrix);
1038         /* rotmatrix finished */
1039
1040         for (i = 0; i < asize; ++i)
1041         {
1042             mvmul(rotmatrix, x[aindex[i]], tmpvec);
1043             copy_rvec(tmpvec, x[aindex[i]]);
1044         }
1045
1046         /*add pivot point back*/
1047         for (i = 0; i < asize; i++)
1048         {
1049             rvec_inc(x[aindex[i]], aligncenter);
1050         }
1051         if (!bIndex)
1052         {
1053             sfree(aindex);
1054         }
1055     }
1056
1057     if (bTranslate)
1058     {
1059         if (bIndex)
1060         {
1061             fprintf(stderr, "\nSelect a group that you want to translate:\n");
1062             get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm),
1063                       1, &ssize, &sindex, &sgrpname);
1064         }
1065         else
1066         {
1067             ssize  = atoms.nr;
1068             sindex = NULL;
1069         }
1070         printf("Translating %d atoms (out of %d) by %g %g %g nm\n", ssize, natom,
1071                translation[XX], translation[YY], translation[ZZ]);
1072         if (sindex)
1073         {
1074             for (i = 0; i < ssize; i++)
1075             {
1076                 rvec_inc(x[sindex[i]], translation);
1077             }
1078         }
1079         else
1080         {
1081             for (i = 0; i < natom; i++)
1082             {
1083                 rvec_inc(x[i], translation);
1084             }
1085         }
1086     }
1087     if (bRotate)
1088     {
1089         /* Rotate */
1090         printf("Rotating %g, %g, %g degrees around the X, Y and Z axis respectively\n", rotangles[XX], rotangles[YY], rotangles[ZZ]);
1091         for (i = 0; i < DIM; i++)
1092         {
1093             rotangles[i] *= DEG2RAD;
1094         }
1095         rotate_conf(natom, x, v, rotangles[XX], rotangles[YY], rotangles[ZZ]);
1096     }
1097
1098     if (bCalcGeom)
1099     {
1100         /* recalc geometrical center and max and min coordinates and size */
1101         calc_geom(ssize, sindex, x, gc, min, max, FALSE);
1102         rvec_sub(max, min, size);
1103         if (bScale || bOrient || bRotate)
1104         {
1105             printf("new system size : %6.3f %6.3f %6.3f\n",
1106                    size[XX], size[YY], size[ZZ]);
1107         }
1108     }
1109
1110     if (bSetSize || bDist || (btype[0][0] == 't' && bSetAng))
1111     {
1112         ePBC = epbcXYZ;
1113         if (!(bSetSize || bDist))
1114         {
1115             for (i = 0; i < DIM; i++)
1116             {
1117                 newbox[i] = norm(box[i]);
1118             }
1119         }
1120         clear_mat(box);
1121         /* calculate new boxsize */
1122         switch (btype[0][0])
1123         {
1124             case 't':
1125                 if (bDist)
1126                 {
1127                     for (i = 0; i < DIM; i++)
1128                     {
1129                         newbox[i] = size[i]+2*dist;
1130                     }
1131                 }
1132                 if (!bSetAng)
1133                 {
1134                     box[XX][XX] = newbox[XX];
1135                     box[YY][YY] = newbox[YY];
1136                     box[ZZ][ZZ] = newbox[ZZ];
1137                 }
1138                 else
1139                 {
1140                     matrix_convert(box, newbox, newang);
1141                 }
1142                 break;
1143             case 'c':
1144             case 'd':
1145             case 'o':
1146                 if (bSetSize)
1147                 {
1148                     d = newbox[0];
1149                 }
1150                 else
1151                 {
1152                     d = diam+2*dist;
1153                 }
1154                 if (btype[0][0] == 'c')
1155                 {
1156                     for (i = 0; i < DIM; i++)
1157                     {
1158                         box[i][i] = d;
1159                     }
1160                 }
1161                 else if (btype[0][0] == 'd')
1162                 {
1163                     box[XX][XX] = d;
1164                     box[YY][YY] = d;
1165                     box[ZZ][XX] = d/2;
1166                     box[ZZ][YY] = d/2;
1167                     box[ZZ][ZZ] = d*sqrt(2)/2;
1168                 }
1169                 else
1170                 {
1171                     box[XX][XX] = d;
1172                     box[YY][XX] = d/3;
1173                     box[YY][YY] = d*sqrt(2)*2/3;
1174                     box[ZZ][XX] = -d/3;
1175                     box[ZZ][YY] = d*sqrt(2)/3;
1176                     box[ZZ][ZZ] = d*sqrt(6)/3;
1177                 }
1178                 break;
1179         }
1180     }
1181
1182     /* calculate new coords for geometrical center */
1183     if (!bSetCenter)
1184     {
1185         calc_box_center(ecenterDEF, box, center);
1186     }
1187
1188     /* center molecule on 'center' */
1189     if (bCenter)
1190     {
1191         center_conf(natom, x, center, gc);
1192     }
1193
1194     /* print some */
1195     if (bCalcGeom)
1196     {
1197         calc_geom(ssize, sindex, x, gc, min, max, FALSE);
1198         printf("new center      :%7.3f%7.3f%7.3f (nm)\n", gc[XX], gc[YY], gc[ZZ]);
1199     }
1200     if (bOrient || bScale || bDist || bSetSize)
1201     {
1202         printf("new box vectors :%7.3f%7.3f%7.3f (nm)\n",
1203                norm(box[XX]), norm(box[YY]), norm(box[ZZ]));
1204         printf("new box angles  :%7.2f%7.2f%7.2f (degrees)\n",
1205                norm2(box[ZZ]) == 0 ? 0 :
1206                RAD2DEG*acos(cos_angle_no_table(box[YY], box[ZZ])),
1207                norm2(box[ZZ]) == 0 ? 0 :
1208                RAD2DEG*acos(cos_angle_no_table(box[XX], box[ZZ])),
1209                norm2(box[YY]) == 0 ? 0 :
1210                RAD2DEG*acos(cos_angle_no_table(box[XX], box[YY])));
1211         printf("new box volume  :%7.2f               (nm^3)\n", det(box));
1212     }
1213
1214     if (check_box(epbcXYZ, box))
1215     {
1216         printf("\nWARNING: %s\n"
1217                "See the GROMACS manual for a description of the requirements that\n"
1218                "must be satisfied by descriptions of simulation cells.\n",
1219                check_box(epbcXYZ, box));
1220     }
1221
1222     if (bDist && btype[0][0] == 't')
1223     {
1224         if (TRICLINIC(box))
1225         {
1226             printf("\nWARNING: Your box is triclinic with non-orthogonal axes. In this case, the\n"
1227                    "distance from the solute to a box surface along the corresponding normal\n"
1228                    "vector might be somewhat smaller than your specified value %f.\n"
1229                    "You can check the actual value with g_mindist -pi\n", dist);
1230         }
1231         else if (!opt2parg_bSet("-bt", NPA, pa))
1232         {
1233             printf("\nWARNING: No boxtype specified - distance condition applied in each dimension.\n"
1234                    "If the molecule rotates the actual distance will be smaller. You might want\n"
1235                    "to use a cubic box instead, or why not try a dodecahedron today?\n");
1236         }
1237     }
1238     if (bCONECT && (outftp == efPDB) && (inftp == efTPR))
1239     {
1240         conect = gmx_conect_generate(top);
1241     }
1242     else
1243     {
1244         conect = NULL;
1245     }
1246
1247     if (bIndex)
1248     {
1249         fprintf(stderr, "\nSelect a group for output:\n");
1250         get_index(&atoms, opt2fn_null("-n", NFILE, fnm),
1251                   1, &isize, &index, &grpname);
1252
1253         if (resnr_start >= 0)
1254         {
1255             renum_resnr(&atoms, isize, index, resnr_start);
1256         }
1257
1258         if (opt2parg_bSet("-label", NPA, pa))
1259         {
1260             for (i = 0; (i < atoms.nr); i++)
1261             {
1262                 atoms.resinfo[atoms.atom[i].resind].chainid = label[0];
1263             }
1264         }
1265
1266         if (opt2bSet("-bf", NFILE, fnm) || bLegend)
1267         {
1268             gmx_fatal(FARGS, "Sorry, cannot do bfactors with an index group.");
1269         }
1270
1271         if (outftp == efPDB)
1272         {
1273             out = gmx_ffopen(outfile, "w");
1274             write_pdbfile_indexed(out, title, &atoms, x, ePBC, box, ' ', 1, isize, index, conect, TRUE);
1275             gmx_ffclose(out);
1276         }
1277         else
1278         {
1279             write_sto_conf_indexed(outfile, title, &atoms, x, bHaveV ? v : NULL, ePBC, box, isize, index);
1280         }
1281     }
1282     else
1283     {
1284         if (resnr_start >= 0)
1285         {
1286             renum_resnr(&atoms, atoms.nr, NULL, resnr_start);
1287         }
1288
1289         if ((outftp == efPDB) || (outftp == efPQR))
1290         {
1291             out = gmx_ffopen(outfile, "w");
1292             if (bMead)
1293             {
1294                 fprintf(out, "REMARK    "
1295                         "The B-factors in this file hold atomic radii\n");
1296                 fprintf(out, "REMARK    "
1297                         "The occupancy in this file hold atomic charges\n");
1298             }
1299             else if (bGrasp)
1300             {
1301                 fprintf(out, "GRASP PDB FILE\nFORMAT NUMBER=1\n");
1302                 fprintf(out, "REMARK    "
1303                         "The B-factors in this file hold atomic charges\n");
1304                 fprintf(out, "REMARK    "
1305                         "The occupancy in this file hold atomic radii\n");
1306             }
1307             else if (opt2bSet("-bf", NFILE, fnm))
1308             {
1309                 read_bfac(opt2fn("-bf", NFILE, fnm), &n_bfac, &bfac, &bfac_nr);
1310                 set_pdb_conf_bfac(atoms.nr, atoms.nres, &atoms,
1311                                   n_bfac, bfac, bfac_nr, peratom);
1312             }
1313             if (opt2parg_bSet("-label", NPA, pa))
1314             {
1315                 for (i = 0; (i < atoms.nr); i++)
1316                 {
1317                     atoms.resinfo[atoms.atom[i].resind].chainid = label[0];
1318                 }
1319             }
1320             write_pdbfile(out, title, &atoms, x, ePBC, box, ' ', -1, conect, TRUE);
1321             if (bLegend)
1322             {
1323                 pdb_legend(out, atoms.nr, atoms.nres, &atoms, x);
1324             }
1325             if (visbox[0] > 0)
1326             {
1327                 visualize_box(out, bLegend ? atoms.nr+12 : atoms.nr,
1328                               bLegend ? atoms.nres = 12 : atoms.nres, box, visbox);
1329             }
1330             gmx_ffclose(out);
1331         }
1332         else
1333         {
1334             write_sto_conf(outfile, title, &atoms, x, bHaveV ? v : NULL, ePBC, box);
1335         }
1336     }
1337     gmx_atomprop_destroy(aps);
1338
1339     do_view(oenv, outfile, NULL);
1340
1341     return 0;
1342 }