src/gromacs/gmxana/gmx_do_dssp.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "typedefs.h"
  44 #include "string2.h"
  45 #include "strdb.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "smalloc.h"
  48 #include "mshift.h"
  49 #include "statutil.h"
  50 #include "pdbio.h"
  51 #include "gmx_fatal.h"
  52 #include "xvgr.h"
  53 #include "matio.h"
  54 #include "index.h"
  55 #include "gstat.h"
  56 #include "tpxio.h"
  57 #include "viewit.h"
  58
  59
  60 static int strip_dssp(char *dsspfile, int nres,
  61                       gmx_bool bPhobres[], real t,
  62                       real *acc, FILE *fTArea,
  63                       t_matrix *mat, int average_area[],
  64                       const output_env_t oenv)
  65 {
  66     static gmx_bool bFirst = TRUE;
  67     static char    *ssbuf;
  68     FILE           *tapeout;
  69     static int      xsize, frame;
  70     char            buf[STRLEN+1];
  71     char            SSTP;
  72     int             i, nr, iacc, nresidues;
  73     int             naccf, naccb; /* Count hydrophobic and hydrophilic residues */
  74     real            iaccf, iaccb;
  75     t_xpmelmt       c;
  76
  77     tapeout = ffopen(dsspfile, "r");
  78
  79     /* Skip header */
  80     do
  81     {
  82         fgets2(buf, STRLEN, tapeout);
  83     }
  84     while (strstr(buf, "KAPPA") == NULL);
  85     if (bFirst)
  86     {
  87         /* Since we also have empty lines in the dssp output (temp) file,
  88          * and some line content is saved to the ssbuf variable,
  89          * we need more memory than just nres elements. To be shure,
  90          * we allocate 2*nres-1, since for each chain there is a
  91          * separating line in the temp file. (At most each residue
  92          * could have been defined as a separate chain.) */
  93         snew(ssbuf, 2*nres-1);
  94     }
  95
  96     iaccb     = iaccf = 0;
  97     nresidues = 0;
  98     naccf     = 0;
  99     naccb     = 0;
 100     for (nr = 0; (fgets2(buf, STRLEN, tapeout) != NULL); nr++)
 101     {
 102         if (buf[13] == '!') /* Chain separator line has '!' at pos. 13 */
 103         {
 104             SSTP = '=';     /* Chain separator sign '=' */
 105         }
 106         else
 107         {
 108             SSTP = buf[16] == ' ' ? '~' : buf[16];
 109         }
 110         ssbuf[nr] = SSTP;
 111
 112         buf[39] = '\0';
 113
 114         /* Only calculate solvent accessible area if needed */
 115         if ((NULL != acc) && (buf[13] != '!'))
 116         {
 117             sscanf(&(buf[34]), "%d", &iacc);
 118             acc[nr] = iacc;
 119             /* average_area and bPhobres are counted from 0...nres-1 */
 120             average_area[nresidues] += iacc;
 121             if (bPhobres[nresidues])
 122             {
 123                 naccb++;
 124                 iaccb += iacc;
 125             }
 126             else
 127             {
 128                 naccf++;
 129                 iaccf += iacc;
 130             }
 131             /* Keep track of the residue number (do not count chain separator lines '!') */
 132             nresidues++;
 133         }
 134     }
 135     ssbuf[nr] = '\0';
 136
 137     if (bFirst)
 138     {
 139         if (0 != acc)
 140         {
 141             fprintf(stderr, "%d residues were classified as hydrophobic and %d as hydrophilic.\n", naccb, naccf);
 142         }
 143
 144         sprintf(mat->title, "Secondary structure");
 145         mat->legend[0] = 0;
 146         sprintf(mat->label_x, "%s", output_env_get_time_label(oenv));
 147         sprintf(mat->label_y, "Residue");
 148         mat->bDiscrete = TRUE;
 149         mat->ny        = nr;
 150         snew(mat->axis_y, nr);
 151         for (i = 0; i < nr; i++)
 152         {
 153             mat->axis_y[i] = i+1;
 154         }
 155         mat->axis_x = NULL;
 156         mat->matrix = NULL;
 157         xsize       = 0;
 158         frame       = 0;
 159         bFirst      = FALSE;
 160     }
 161     if (frame >= xsize)
 162     {
 163         xsize += 10;
 164         srenew(mat->axis_x, xsize);
 165         srenew(mat->matrix, xsize);
 166     }
 167     mat->axis_x[frame] = t;
 168     snew(mat->matrix[frame], nr);
 169     c.c2 = 0;
 170     for (i = 0; i < nr; i++)
 171     {
 172         c.c1                  = ssbuf[i];
 173         mat->matrix[frame][i] = max(0, searchcmap(mat->nmap, mat->map, c));
 174     }
 175     frame++;
 176     mat->nx = frame;
 177
 178     if (fTArea)
 179     {
 180         fprintf(fTArea, "%10g  %10g  %10g\n", t, 0.01*iaccb, 0.01*iaccf);
 181     }
 182     ffclose(tapeout);
 183
 184     /* Return the number of lines found in the dssp file (i.e. number
 185      * of redidues plus chain separator lines).
 186      * This is the number of y elements needed for the area xpm file */
 187     return nr;
 188 }
 189
 190 static gmx_bool *bPhobics(t_atoms *atoms)
 191 {
 192     int         i, nb;
 193     char      **cb;
 194     gmx_bool   *bb;
 195
 196
 197     nb = get_strings("phbres.dat", &cb);
 198     snew(bb, atoms->nres);
 199
 200     for (i = 0; (i < atoms->nres); i++)
 201     {
 202         if (-1 != search_str(nb, cb, *atoms->resinfo[i].name) )
 203         {
 204             bb[i] = TRUE;
 205         }
 206     }
 207     return bb;
 208 }
 209
 210 static void check_oo(t_atoms *atoms)
 211 {
 212     char *OOO;
 213
 214     int   i;
 215
 216     OOO = strdup("O");
 217
 218     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 219     {
 220         if (strcmp(*(atoms->atomname[i]), "OXT") == 0)
 221         {
 222             *atoms->atomname[i] = OOO;
 223         }
 224         else if (strcmp(*(atoms->atomname[i]), "O1") == 0)
 225         {
 226             *atoms->atomname[i] = OOO;
 227         }
 228         else if (strcmp(*(atoms->atomname[i]), "OC1") == 0)
 229         {
 230             *atoms->atomname[i] = OOO;
 231         }
 232     }
 233 }
 234
 235 static void norm_acc(t_atoms *atoms, int nres,
 236                      real av_area[], real norm_av_area[])
 237 {
 238     int     i, n, n_surf;
 239
 240     char    surffn[] = "surface.dat";
 241     char  **surf_res, **surf_lines;
 242     double *surf;
 243
 244     n_surf = get_lines(surffn, &surf_lines);
 245     snew(surf, n_surf);
 246     snew(surf_res, n_surf);
 247     for (i = 0; (i < n_surf); i++)
 248     {
 249         snew(surf_res[i], 5);
 250         sscanf(surf_lines[i], "%s %lf", surf_res[i], &surf[i]);
 251     }
 252
 253     for (i = 0; (i < nres); i++)
 254     {
 255         n = search_str(n_surf, surf_res, *atoms->resinfo[i].name);
 256         if (n != -1)
 257         {
 258             norm_av_area[i] = av_area[i] / surf[n];
 259         }
 260         else
 261         {
 262             fprintf(stderr, "Residue %s not found in surface database (%s)\n",
 263                     *atoms->resinfo[i].name, surffn);
 264         }
 265     }
 266 }
 267
 268 void prune_ss_legend(t_matrix *mat)
 269 {
 270     gmx_bool  *present;
 271     int       *newnum;
 272     int        i, r, f, newnmap;
 273     t_mapping *newmap;
 274
 275     snew(present, mat->nmap);
 276     snew(newnum, mat->nmap);
 277
 278     for (f = 0; f < mat->nx; f++)
 279     {
 280         for (r = 0; r < mat->ny; r++)
 281         {
 282             present[mat->matrix[f][r]] = TRUE;
 283         }
 284     }
 285
 286     newnmap = 0;
 287     newmap  = NULL;
 288     for (i = 0; i < mat->nmap; i++)
 289     {
 290         newnum[i] = -1;
 291         if (present[i])
 292         {
 293             newnum[i] = newnmap;
 294             newnmap++;
 295             srenew(newmap, newnmap);
 296             newmap[newnmap-1] = mat->map[i];
 297         }
 298     }
 299     if (newnmap != mat->nmap)
 300     {
 301         mat->nmap = newnmap;
 302         mat->map  = newmap;
 303         for (f = 0; f < mat->nx; f++)
 304         {
 305             for (r = 0; r < mat->ny; r++)
 306             {
 307                 mat->matrix[f][r] = newnum[mat->matrix[f][r]];
 308             }
 309         }
 310     }
 311 }
 312
 313 void write_sas_mat(const char *fn, real **accr, int nframe, int nres, t_matrix *mat)
 314 {
 315     real  lo, hi;
 316     int   i, j, nlev;
 317     t_rgb rlo = {1, 1, 1}, rhi = {0, 0, 0};
 318     FILE *fp;
 319
 320     if (fn)
 321     {
 322         hi = lo = accr[0][0];
 323         for (i = 0; i < nframe; i++)
 324         {
 325             for (j = 0; j < nres; j++)
 326             {
 327                 lo = min(lo, accr[i][j]);
 328                 hi = max(hi, accr[i][j]);
 329             }
 330         }
 331         fp   = ffopen(fn, "w");
 332         nlev = hi-lo+1;
 333         write_xpm(fp, 0, "Solvent Accessible Surface", "Surface (A^2)",
 334                   "Time", "Residue Index", nframe, nres,
 335                   mat->axis_x, mat->axis_y, accr, lo, hi, rlo, rhi, &nlev);
 336         ffclose(fp);
 337     }
 338 }
 339
 340 void analyse_ss(const char *outfile, t_matrix *mat, const char *ss_string,
 341                 const output_env_t oenv)
 342 {
 343     FILE        *fp;
 344     t_mapping   *map;
 345     int          f, r, *count, *total, ss_count, total_count;
 346     size_t       s;
 347     const char** leg;
 348
 349     map = mat->map;
 350     snew(count, mat->nmap);
 351     snew(total, mat->nmap);
 352     snew(leg, mat->nmap+1);
 353     leg[0] = "Structure";
 354     for (s = 0; s < (size_t)mat->nmap; s++)
 355     {
 356         leg[s+1] = strdup(map[s].desc);
 357     }
 358
 359     fp = xvgropen(outfile, "Secondary Structure",
 360                   output_env_get_xvgr_tlabel(oenv), "Number of Residues", oenv);
 361     if (output_env_get_print_xvgr_codes(oenv))
 362     {
 363         fprintf(fp, "@ subtitle \"Structure = ");
 364     }
 365     for (s = 0; s < strlen(ss_string); s++)
 366     {
 367         if (s > 0)
 368         {
 369             fprintf(fp, " + ");
 370         }
 371         for (f = 0; f < mat->nmap; f++)
 372         {
 373             if (ss_string[s] == map[f].code.c1)
 374             {
 375                 fprintf(fp, "%s", map[f].desc);
 376             }
 377         }
 378     }
 379     fprintf(fp, "\"\n");
 380     xvgr_legend(fp, mat->nmap+1, leg, oenv);
 381
 382     total_count = 0;
 383     for (s = 0; s < (size_t)mat->nmap; s++)
 384     {
 385         total[s] = 0;
 386     }
 387     for (f = 0; f < mat->nx; f++)
 388     {
 389         ss_count = 0;
 390         for (s = 0; s < (size_t)mat->nmap; s++)
 391         {
 392             count[s] = 0;
 393         }
 394         for (r = 0; r < mat->ny; r++)
 395         {
 396             count[mat->matrix[f][r]]++;
 397             total[mat->matrix[f][r]]++;
 398         }
 399         for (s = 0; s < (size_t)mat->nmap; s++)
 400         {
 401             if (strchr(ss_string, map[s].code.c1))
 402             {
 403                 ss_count    += count[s];
 404                 total_count += count[s];
 405             }
 406         }
 407         fprintf(fp, "%8g %5d", mat->axis_x[f], ss_count);
 408         for (s = 0; s < (size_t)mat->nmap; s++)
 409         {
 410             fprintf(fp, " %5d", count[s]);
 411         }
 412         fprintf(fp, "\n");
 413     }
 414     /* now print column totals */
 415     fprintf(fp, "%-8s %5d", "# Totals", total_count);
 416     for (s = 0; s < (size_t)mat->nmap; s++)
 417     {
 418         fprintf(fp, " %5d", total[s]);
 419     }
 420     fprintf(fp, "\n");
 421
 422     /* now print percentages */
 423     fprintf(fp, "%-8s %5.2f", "# SS %", total_count / (real) (mat->nx * mat->ny));
 424     for (s = 0; s < (size_t)mat->nmap; s++)
 425     {
 426         fprintf(fp, " %5.2f", total[s] / (real) (mat->nx * mat->ny));
 427     }
 428     fprintf(fp, "\n");
 429
 430     ffclose(fp);
 431     sfree(leg);
 432     sfree(count);
 433 }
 434
 435 int gmx_do_dssp(int argc, char *argv[])
 436 {
 437     const char        *desc[] = {
 438         "[TT]do_dssp[tt] ",
 439         "reads a trajectory file and computes the secondary structure for",
 440         "each time frame ",
 441         "calling the dssp program. If you do not have the dssp program,",
 442         "get it from http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. [TT]do_dssp[tt] assumes ",
 443         "that the dssp executable is located in ",
 444         "[TT]/usr/local/bin/dssp[tt]. If this is not the case, then you should",
 445         "set an environment variable [TT]DSSP[tt] pointing to the dssp",
 446         "executable, e.g.: [PAR]",
 447         "[TT]setenv DSSP /opt/dssp/bin/dssp[tt][PAR]",
 448         "Since version 2.0.0, dssp is invoked with a syntax that differs",
 449         "from earlier versions. If you have an older version of dssp,",
 450         "use the [TT]-ver[tt] option to direct do_dssp to use the older syntax.",
 451         "By default, do_dssp uses the syntax introduced with version 2.0.0.",
 452         "Even newer versions (which at the time of writing are not yet released)",
 453         "are assumed to have the same syntax as 2.0.0.[PAR]",
 454         "The structure assignment for each residue and time is written to an",
 455         "[TT].xpm[tt] matrix file. This file can be visualized with for instance",
 456         "[TT]xv[tt] and can be converted to postscript with [TT]xpm2ps[tt].",
 457         "Individual chains are separated by light grey lines in the [TT].xpm[tt] and",
 458         "postscript files.",
 459         "The number of residues with each secondary structure type and the",
 460         "total secondary structure ([TT]-sss[tt]) count as a function of",
 461         "time are also written to file ([TT]-sc[tt]).[PAR]",
 462         "Solvent accessible surface (SAS) per residue can be calculated, both in",
 463         "absolute values (A^2) and in fractions of the maximal accessible",
 464         "surface of a residue. The maximal accessible surface is defined as",
 465         "the accessible surface of a residue in a chain of glycines.",
 466         "[BB]Note[bb] that the program [TT]g_sas[tt] can also compute SAS",
 467         "and that is more efficient.[PAR]",
 468         "Finally, this program can dump the secondary structure in a special file",
 469         "[TT]ssdump.dat[tt] for usage in the program [TT]g_chi[tt]. Together",
 470         "these two programs can be used to analyze dihedral properties as a",
 471         "function of secondary structure type."
 472     };
 473     static gmx_bool    bVerbose;
 474     static const char *ss_string   = "HEBT";
 475     static int         dsspVersion = 2;
 476     t_pargs            pa[]        = {
 477         { "-v",  FALSE, etBOOL, {&bVerbose},
 478           "HIDDENGenerate miles of useless information" },
 479         { "-sss", FALSE, etSTR, {&ss_string},
 480           "Secondary structures for structure count"},
 481         { "-ver", FALSE, etINT, {&dsspVersion},
 482           "DSSP major version. Syntax changed with version 2"}
 483     };
 484
 485     t_trxstatus       *status;
 486     FILE              *tapein;
 487     FILE              *ss, *acc, *fTArea, *tmpf;
 488     const char        *fnSCount, *fnArea, *fnTArea, *fnAArea;
 489     const char        *leg[] = { "Phobic", "Phylic" };
 490     t_topology         top;
 491     int                ePBC;
 492     t_atoms           *atoms;
 493     t_matrix           mat;
 494     int                nres, nr0, naccr, nres_plus_separators;
 495     gmx_bool          *bPhbres, bDoAccSurf;
 496     real               t;
 497     int                i, j, natoms, nframe = 0;
 498     matrix             box;
 499     int                gnx;
 500     char              *grpnm, *ss_str;
 501     atom_id           *index;
 502     rvec              *xp, *x;
 503     int               *average_area;
 504     real             **accr, *accr_ptr = NULL, *av_area, *norm_av_area;
 505     char               pdbfile[32], tmpfile[32], title[256];
 506     char               dssp[256];
 507     const char        *dptr;
 508     output_env_t       oenv;
 509     gmx_rmpbc_t        gpbc = NULL;
 510
 511     t_filenm           fnm[] = {
 512         { efTRX, "-f",   NULL,      ffREAD },
 513         { efTPS, NULL,   NULL,      ffREAD },
 514         { efNDX, NULL,   NULL,      ffOPTRD },
 515         { efDAT, "-ssdump", "ssdump", ffOPTWR },
 516         { efMAP, "-map", "ss",      ffLIBRD },
 517         { efXPM, "-o",   "ss",      ffWRITE },
 518         { efXVG, "-sc",  "scount",  ffWRITE },
 519         { efXPM, "-a",   "area",    ffOPTWR },
 520         { efXVG, "-ta",  "totarea", ffOPTWR },
 521         { efXVG, "-aa",  "averarea", ffOPTWR }
 522     };
 523 #define NFILE asize(fnm)
 524
 525     if (!parse_common_args(&argc, argv,
 526                            PCA_CAN_TIME | PCA_CAN_VIEW | PCA_TIME_UNIT | PCA_BE_NICE,
 527                            NFILE, fnm, asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 528     {
 529         return 0;
 530     }
 531     fnSCount   = opt2fn("-sc", NFILE, fnm);
 532     fnArea     = opt2fn_null("-a", NFILE, fnm);
 533     fnTArea    = opt2fn_null("-ta", NFILE, fnm);
 534     fnAArea    = opt2fn_null("-aa", NFILE, fnm);
 535     bDoAccSurf = (fnArea || fnTArea || fnAArea);
 536
 537     read_tps_conf(ftp2fn(efTPS, NFILE, fnm), title, &top, &ePBC, &xp, NULL, box, FALSE);
 538     atoms = &(top.atoms);
 539     check_oo(atoms);
 540     bPhbres = bPhobics(atoms);
 541
 542     get_index(atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm), 1, &gnx, &index, &grpnm);
 543     nres = 0;
 544     nr0  = -1;
 545     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 546     {
 547         if (atoms->atom[index[i]].resind != nr0)
 548         {
 549             nr0 = atoms->atom[index[i]].resind;
 550             nres++;
 551         }
 552     }
 553     fprintf(stderr, "There are %d residues in your selected group\n", nres);
 554
 555     strcpy(pdbfile, "ddXXXXXX");
 556     gmx_tmpnam(pdbfile);
 557     if ((tmpf = fopen(pdbfile, "w")) == NULL)
 558     {
 559         sprintf(pdbfile, "%ctmp%cfilterXXXXXX", DIR_SEPARATOR, DIR_SEPARATOR);
 560         gmx_tmpnam(pdbfile);
 561         if ((tmpf = fopen(pdbfile, "w")) == NULL)
 562         {
 563             gmx_fatal(FARGS, "Can not open tmp file %s", pdbfile);
 564         }
 565     }
 566     else
 567     {
 568         fclose(tmpf);
 569     }
 570
 571     strcpy(tmpfile, "ddXXXXXX");
 572     gmx_tmpnam(tmpfile);
 573     if ((tmpf = fopen(tmpfile, "w")) == NULL)
 574     {
 575         sprintf(tmpfile, "%ctmp%cfilterXXXXXX", DIR_SEPARATOR, DIR_SEPARATOR);
 576         gmx_tmpnam(tmpfile);
 577         if ((tmpf = fopen(tmpfile, "w")) == NULL)
 578         {
 579             gmx_fatal(FARGS, "Can not open tmp file %s", tmpfile);
 580         }
 581     }
 582     else
 583     {
 584         fclose(tmpf);
 585     }
 586
 587     if ((dptr = getenv("DSSP")) == NULL)
 588     {
 589         dptr = "/usr/local/bin/dssp";
 590     }
 591     if (!gmx_fexist(dptr))
 592     {
 593         gmx_fatal(FARGS, "DSSP executable (%s) does not exist (use setenv DSSP)",
 594                   dptr);
 595     }
 596     if (dsspVersion >= 2)
 597     {
 598         if (dsspVersion > 2)
 599         {
 600             printf("\nWARNING: You use DSSP version %d, which is not explicitly\nsupported by do_dssp. Assuming version 2 syntax.\n\n", dsspVersion);
 601         }
 602
 603         sprintf(dssp, "%s -i %s -o %s > /dev/null %s",
 604                 dptr, pdbfile, tmpfile, bVerbose ? "" : "2> /dev/null");
 605     }
 606     else
 607     {
 608         sprintf(dssp, "%s %s %s %s > /dev/null %s",
 609                 dptr, bDoAccSurf ? "" : "-na", pdbfile, tmpfile, bVerbose ? "" : "2> /dev/null");
 610
 611     }
 612     fprintf(stderr, "dssp cmd='%s'\n", dssp);
 613
 614     if (fnTArea)
 615     {
 616         fTArea = xvgropen(fnTArea, "Solvent Accessible Surface Area",
 617                           output_env_get_xvgr_tlabel(oenv), "Area (nm\\S2\\N)", oenv);
 618         xvgr_legend(fTArea, 2, leg, oenv);
 619     }
 620     else
 621     {
 622         fTArea = NULL;
 623     }
 624
 625     mat.map  = NULL;
 626     mat.nmap = getcmap(libopen(opt2fn("-map", NFILE, fnm)),
 627                        opt2fn("-map", NFILE, fnm), &(mat.map));
 628
 629     natoms = read_first_x(oenv, &status, ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm), &t, &x, box);
 630     if (natoms > atoms->nr)
 631     {
 632         gmx_fatal(FARGS, "\nTrajectory does not match topology!");
 633     }
 634     if (gnx > natoms)
 635     {
 636         gmx_fatal(FARGS, "\nTrajectory does not match selected group!");
 637     }
 638
 639     snew(average_area, atoms->nres);
 640     snew(av_area, atoms->nres);
 641     snew(norm_av_area, atoms->nres);
 642     accr  = NULL;
 643     naccr = 0;
 644
 645     gpbc = gmx_rmpbc_init(&top.idef, ePBC, natoms);
 646     do
 647     {
 648         t = output_env_conv_time(oenv, t);
 649         if (bDoAccSurf && nframe >= naccr)
 650         {
 651             naccr += 10;
 652             srenew(accr, naccr);
 653             for (i = naccr-10; i < naccr; i++)
 654             {
 655                 snew(accr[i], 2*atoms->nres-1);
 656             }
 657         }
 658         gmx_rmpbc(gpbc, natoms, box, x);
 659         tapein = ffopen(pdbfile, "w");
 660         write_pdbfile_indexed(tapein, NULL, atoms, x, ePBC, box, ' ', -1, gnx, index, NULL, TRUE);
 661         ffclose(tapein);
 662
 663 #ifdef GMX_NO_SYSTEM
 664         printf("Warning-- No calls to system(3) supported on this platform.");
 665         printf("Warning-- Skipping execution of 'system(\"%s\")'.", dssp);
 666         exit(1);
 667 #else
 668         if (0 != system(dssp))
 669         {
 670             gmx_fatal(FARGS, "Failed to execute command: %s\n",
 671                       "Try specifying your dssp version with the -ver option.", dssp);
 672         }
 673 #endif
 674
 675         /* strip_dssp returns the number of lines found in the dssp file, i.e.
 676          * the number of residues plus the separator lines */
 677
 678         if (bDoAccSurf)
 679         {
 680             accr_ptr = accr[nframe];
 681         }
 682
 683         nres_plus_separators = strip_dssp(tmpfile, nres, bPhbres, t,
 684                                           accr_ptr, fTArea, &mat, average_area, oenv);
 685         remove(tmpfile);
 686         remove(pdbfile);
 687         nframe++;
 688     }
 689     while (read_next_x(oenv, status, &t, x, box));
 690     fprintf(stderr, "\n");
 691     close_trj(status);
 692     if (fTArea)
 693     {
 694         ffclose(fTArea);
 695     }
 696     gmx_rmpbc_done(gpbc);
 697
 698     prune_ss_legend(&mat);
 699
 700     ss        = opt2FILE("-o", NFILE, fnm, "w");
 701     mat.flags = 0;
 702     write_xpm_m(ss, mat);
 703     ffclose(ss);
 704
 705     if (opt2bSet("-ssdump", NFILE, fnm))
 706     {
 707         ss = opt2FILE("-ssdump", NFILE, fnm, "w");
 708         snew(ss_str, nres+1);
 709         fprintf(ss, "%d\n", nres);
 710         for (j = 0; j < mat.nx; j++)
 711         {
 712             for (i = 0; (i < mat.ny); i++)
 713             {
 714                 ss_str[i] = mat.map[mat.matrix[j][i]].code.c1;
 715             }
 716             ss_str[i] = '\0';
 717             fprintf(ss, "%s\n", ss_str);
 718         }
 719         ffclose(ss);
 720         sfree(ss_str);
 721     }
 722     analyse_ss(fnSCount, &mat, ss_string, oenv);
 723
 724     if (bDoAccSurf)
 725     {
 726         write_sas_mat(fnArea, accr, nframe, nres_plus_separators, &mat);
 727
 728         for (i = 0; i < atoms->nres; i++)
 729         {
 730             av_area[i] = (average_area[i] / (real)nframe);
 731         }
 732
 733         norm_acc(atoms, nres, av_area, norm_av_area);
 734
 735         if (fnAArea)
 736         {
 737             acc = xvgropen(fnAArea, "Average Accessible Area",
 738                            "Residue", "A\\S2", oenv);
 739             for (i = 0; (i < nres); i++)
 740             {
 741                 fprintf(acc, "%5d  %10g %10g\n", i+1, av_area[i], norm_av_area[i]);
 742             }
 743             ffclose(acc);
 744         }
 745     }
 746
 747     view_all(oenv, NFILE, fnm);
 748
 749     return 0;
 750 }