src/gromacs/gmxana/gmx_bundle.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2017,2018 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <cmath>
  41 #include <cstring>
  42
  43 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  44 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  45 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  46 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  47 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  48 #include "gromacs/math/functions.h"
  49 #include "gromacs/math/units.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/pbcutil/rmpbc.h"
  52 #include "gromacs/topology/index.h"
  53 #include "gromacs/topology/topology.h"
  54 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  55 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  56 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  57 #include "gromacs/utility/futil.h"
  58 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  59
  60 #define MAX_ENDS 3
  61
  62 typedef struct
  63 {
  64     int   n;
  65     int   nend;
  66     rvec* end[MAX_ENDS];
  67     rvec* mid;
  68     rvec* dir;
  69     real* len;
  70 } t_bundle;
  71
  72 static void rotate_ends(t_bundle* bun, rvec axis, int c0, int c1)
  73 {
  74     int  end, i;
  75     rvec ax, tmp;
  76
  77     unitv(axis, ax);
  78     for (end = 0; end < bun->nend; end++)
  79     {
  80         for (i = 0; i < bun->n; i++)
  81         {
  82             copy_rvec(bun->end[end][i], tmp);
  83             bun->end[end][i][c0] = ax[c1] * tmp[c0] - ax[c0] * tmp[c1];
  84             bun->end[end][i][c1] = ax[c0] * tmp[c0] + ax[c1] * tmp[c1];
  85         }
  86     }
  87     copy_rvec(axis, tmp);
  88     axis[c0] = ax[c1] * tmp[c0] - ax[c0] * tmp[c1];
  89     axis[c1] = ax[c0] * tmp[c0] + ax[c1] * tmp[c1];
  90 }
  91
  92 static void calc_axes(rvec x[], t_atom atom[], const int gnx[], int* index[], gmx_bool bRot, t_bundle* bun)
  93 {
  94     int   end, i, div, d;
  95     real *mtot, m;
  96     rvec  axis[MAX_ENDS], cent;
  97
  98     snew(mtot, bun->n);
  99
 100     clear_rvec(axis[0]);
 101     clear_rvec(axis[1]);
 102
 103     for (end = 0; end < bun->nend; end++)
 104     {
 105         for (i = 0; i < bun->n; i++)
 106         {
 107             clear_rvec(bun->end[end][i]);
 108             mtot[i] = 0;
 109         }
 110         div = gnx[end] / bun->n;
 111         for (i = 0; i < gnx[end]; i++)
 112         {
 113             m = atom[index[end][i]].m;
 114             for (d = 0; d < DIM; d++)
 115             {
 116                 bun->end[end][i / div][d] += m * x[index[end][i]][d];
 117             }
 118             mtot[i / div] += m;
 119         }
 120         clear_rvec(axis[end]);
 121         for (i = 0; i < bun->n; i++)
 122         {
 123             svmul(1.0 / mtot[i], bun->end[end][i], bun->end[end][i]);
 124             rvec_inc(axis[end], bun->end[end][i]);
 125         }
 126         svmul(1.0 / bun->n, axis[end], axis[end]);
 127     }
 128     sfree(mtot);
 129
 130     rvec_add(axis[0], axis[1], cent);
 131     svmul(0.5, cent, cent);
 132     /* center the bundle on the origin */
 133     for (end = 0; end < bun->nend; end++)
 134     {
 135         rvec_dec(axis[end], cent);
 136         for (i = 0; i < bun->n; i++)
 137         {
 138             rvec_dec(bun->end[end][i], cent);
 139         }
 140     }
 141     if (bRot)
 142     {
 143         /* rotate the axis parallel to the z-axis */
 144         rotate_ends(bun, axis[0], YY, ZZ);
 145         rotate_ends(bun, axis[0], XX, ZZ);
 146     }
 147     for (i = 0; i < bun->n; i++)
 148     {
 149         rvec_add(bun->end[0][i], bun->end[1][i], bun->mid[i]);
 150         svmul(0.5, bun->mid[i], bun->mid[i]);
 151         rvec_sub(bun->end[0][i], bun->end[1][i], bun->dir[i]);
 152         bun->len[i] = norm(bun->dir[i]);
 153         unitv(bun->dir[i], bun->dir[i]);
 154     }
 155 }
 156
 157 static void dump_axes(t_trxstatus* status, t_trxframe* fr, t_atoms* outat, t_bundle* bun)
 158 {
 159     t_trxframe   frout;
 160     static rvec* xout = nullptr;
 161     int          i;
 162
 163     GMX_ASSERT(outat->nr >= bun->n, "");
 164     if (xout == nullptr)
 165     {
 166         snew(xout, outat->nr);
 167     }
 168
 169     for (i = 0; i < bun->n; i++)
 170     {
 171         copy_rvec(bun->end[0][i], xout[3 * i]);
 172         if (bun->nend >= 3)
 173         {
 174             copy_rvec(bun->end[2][i], xout[3 * i + 1]);
 175         }
 176         else
 177         {
 178             copy_rvec(bun->mid[i], xout[3 * i + 1]);
 179         }
 180         copy_rvec(bun->end[1][i], xout[3 * i + 2]);
 181     }
 182     frout        = *fr;
 183     frout.bV     = FALSE;
 184     frout.bF     = FALSE;
 185     frout.bBox   = FALSE;
 186     frout.bAtoms = TRUE;
 187     frout.natoms = outat->nr;
 188     frout.atoms  = outat;
 189     frout.x      = xout;
 190     write_trxframe(status, &frout, nullptr);
 191 }
 192
 193 int gmx_bundle(int argc, char* argv[])
 194 {
 195     const char* desc[] = {
 196         "[THISMODULE] analyzes bundles of axes. The axes can be for instance",
 197         "helix axes. The program reads two index groups and divides both",
 198         "of them in [TT]-na[tt] parts. The centers of mass of these parts",
 199         "define the tops and bottoms of the axes.",
 200         "Several quantities are written to file:",
 201         "the axis length, the distance and the z-shift of the axis mid-points",
 202         "with respect to the average center of all axes, the total tilt,",
 203         "the radial tilt and the lateral tilt with respect to the average axis.",
 204         "[PAR]",
 205         "With options [TT]-ok[tt], [TT]-okr[tt] and [TT]-okl[tt] the total,",
 206         "radial and lateral kinks of the axes are plotted. An extra index",
 207         "group of kink atoms is required, which is also divided into [TT]-na[tt]",
 208         "parts. The kink angle is defined as the angle between the kink-top and",
 209         "the bottom-kink vectors.",
 210         "[PAR]",
 211         "With option [TT]-oa[tt] the top, mid (or kink when [TT]-ok[tt] is set)",
 212         "and bottom points of each axis",
 213         "are written to a [REF].pdb[ref] file each frame. The residue numbers correspond",
 214         "to the axis numbers. When viewing this file with Rasmol, use the",
 215         "command line option [TT]-nmrpdb[tt], and type [TT]set axis true[tt] to",
 216         "display the reference axis."
 217     };
 218     static int      n    = 0;
 219     static gmx_bool bZ   = FALSE;
 220     t_pargs         pa[] = { { "-na", FALSE, etINT, { &n }, "Number of axes" },
 221                      { "-z",
 222                        FALSE,
 223                        etBOOL,
 224                        { &bZ },
 225                        "Use the [IT]z[it]-axis as reference instead of the average axis" } };
 226     FILE *          flen, *fdist, *fz, *ftilt, *ftiltr, *ftiltl;
 227     FILE *          fkink = nullptr, *fkinkr = nullptr, *fkinkl = nullptr;
 228     t_trxstatus*    status;
 229     t_trxstatus*    fpdb;
 230     t_topology      top;
 231     PbcType         pbcType;
 232     rvec*           xtop;
 233     matrix          box;
 234     t_trxframe      fr;
 235     t_atoms         outatoms;
 236     real            t, comp;
 237     char*           grpname[MAX_ENDS];
 238     /* FIXME: The constness should not be cast away */
 239     char *            anm = const_cast<char*>("CA"), *rnm = const_cast<char*>("GLY");
 240     int               i, gnx[MAX_ENDS];
 241     int*              index[MAX_ENDS];
 242     t_bundle          bun;
 243     gmx_bool          bKink;
 244     rvec              va, vb, vc, vr, vl;
 245     gmx_output_env_t* oenv;
 246     gmx_rmpbc_t       gpbc = nullptr;
 247
 248 #define NLEG asize(leg)
 249     t_filenm fnm[] = {
 250         { efTRX, "-f", nullptr, ffREAD },        { efTPS, nullptr, nullptr, ffREAD },
 251         { efNDX, nullptr, nullptr, ffOPTRD },    { efXVG, "-ol", "bun_len", ffWRITE },
 252         { efXVG, "-od", "bun_dist", ffWRITE },   { efXVG, "-oz", "bun_z", ffWRITE },
 253         { efXVG, "-ot", "bun_tilt", ffWRITE },   { efXVG, "-otr", "bun_tiltr", ffWRITE },
 254         { efXVG, "-otl", "bun_tiltl", ffWRITE }, { efXVG, "-ok", "bun_kink", ffOPTWR },
 255         { efXVG, "-okr", "bun_kinkr", ffOPTWR }, { efXVG, "-okl", "bun_kinkl", ffOPTWR },
 256         { efPDB, "-oa", "axes", ffOPTWR }
 257     };
 258 #define NFILE asize(fnm)
 259
 260     if (!parse_common_args(
 261                 &argc, argv, PCA_CAN_TIME | PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm, asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, nullptr, &oenv))
 262     {
 263         return 0;
 264     }
 265
 266     read_tps_conf(ftp2fn(efTPS, NFILE, fnm), &top, &pbcType, &xtop, nullptr, box, TRUE);
 267
 268     bKink = opt2bSet("-ok", NFILE, fnm) || opt2bSet("-okr", NFILE, fnm) || opt2bSet("-okl", NFILE, fnm);
 269     if (bKink)
 270     {
 271         bun.nend = 3;
 272     }
 273     else
 274     {
 275         bun.nend = 2;
 276     }
 277
 278     fprintf(stderr, "Select a group of top and a group of bottom ");
 279     if (bKink)
 280     {
 281         fprintf(stderr, "and a group of kink ");
 282     }
 283     fprintf(stderr, "atoms\n");
 284     get_index(&top.atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm), bun.nend, gnx, index, grpname);
 285
 286     if (n <= 0 || gnx[0] % n || gnx[1] % n || (bKink && gnx[2] % n))
 287     {
 288         gmx_fatal(FARGS, "The size of one of your index groups is not a multiple of n");
 289     }
 290     bun.n = n;
 291     snew(bun.end[0], n);
 292     snew(bun.end[1], n);
 293     if (bKink)
 294     {
 295         snew(bun.end[2], n);
 296     }
 297     snew(bun.mid, n);
 298     snew(bun.dir, n);
 299     snew(bun.len, n);
 300
 301     flen = xvgropen(
 302             opt2fn("-ol", NFILE, fnm), "Axis lengths", output_env_get_xvgr_tlabel(oenv), "(nm)", oenv);
 303     fdist = xvgropen(opt2fn("-od", NFILE, fnm),
 304                      "Distance of axis centers",
 305                      output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),
 306                      "(nm)",
 307                      oenv);
 308     fz    = xvgropen(opt2fn("-oz", NFILE, fnm),
 309                   "Z-shift of axis centers",
 310                   output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),
 311                   "(nm)",
 312                   oenv);
 313     ftilt = xvgropen(
 314             opt2fn("-ot", NFILE, fnm), "Axis tilts", output_env_get_xvgr_tlabel(oenv), "(degrees)", oenv);
 315     ftiltr = xvgropen(opt2fn("-otr", NFILE, fnm),
 316                       "Radial axis tilts",
 317                       output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),
 318                       "(degrees)",
 319                       oenv);
 320     ftiltl = xvgropen(opt2fn("-otl", NFILE, fnm),
 321                       "Lateral axis tilts",
 322                       output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),
 323                       "(degrees)",
 324                       oenv);
 325
 326     if (bKink)
 327     {
 328         fkink  = xvgropen(opt2fn("-ok", NFILE, fnm),
 329                          "Kink angles",
 330                          output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),
 331                          "(degrees)",
 332                          oenv);
 333         fkinkr = xvgropen(opt2fn("-okr", NFILE, fnm),
 334                           "Radial kink angles",
 335                           output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),
 336                           "(degrees)",
 337                           oenv);
 338         if (output_env_get_print_xvgr_codes(oenv))
 339         {
 340             fprintf(fkinkr, "@ subtitle \"+ = ) (   - = ( )\"\n");
 341         }
 342         fkinkl = xvgropen(opt2fn("-okl", NFILE, fnm),
 343                           "Lateral kink angles",
 344                           output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),
 345                           "(degrees)",
 346                           oenv);
 347     }
 348
 349     if (opt2bSet("-oa", NFILE, fnm))
 350     {
 351         init_t_atoms(&outatoms, 3 * n, FALSE);
 352         outatoms.nr = 3 * n;
 353         for (i = 0; i < 3 * n; i++)
 354         {
 355             outatoms.atomname[i]         = &anm;
 356             outatoms.atom[i].resind      = i / 3;
 357             outatoms.resinfo[i / 3].name = &rnm;
 358             outatoms.resinfo[i / 3].nr   = i / 3 + 1;
 359             outatoms.resinfo[i / 3].ic   = ' ';
 360         }
 361         fpdb = open_trx(opt2fn("-oa", NFILE, fnm), "w");
 362     }
 363     else
 364     {
 365         fpdb = nullptr;
 366     }
 367
 368     read_first_frame(oenv, &status, ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm), &fr, TRX_NEED_X);
 369     gpbc = gmx_rmpbc_init(&top.idef, pbcType, fr.natoms);
 370
 371     do
 372     {
 373         gmx_rmpbc_trxfr(gpbc, &fr);
 374         calc_axes(fr.x, top.atoms.atom, gnx, index, !bZ, &bun);
 375         t = output_env_conv_time(oenv, fr.time);
 376         fprintf(flen, " %10g", t);
 377         fprintf(fdist, " %10g", t);
 378         fprintf(fz, " %10g", t);
 379         fprintf(ftilt, " %10g", t);
 380         fprintf(ftiltr, " %10g", t);
 381         fprintf(ftiltl, " %10g", t);
 382         if (bKink)
 383         {
 384             fprintf(fkink, " %10g", t);
 385             fprintf(fkinkr, " %10g", t);
 386             fprintf(fkinkl, " %10g", t);
 387         }
 388
 389         for (i = 0; i < bun.n; i++)
 390         {
 391             fprintf(flen, " %6g", bun.len[i]);
 392             fprintf(fdist, " %6g", norm(bun.mid[i]));
 393             fprintf(fz, " %6g", bun.mid[i][ZZ]);
 394             fprintf(ftilt, " %6g", RAD2DEG * acos(bun.dir[i][ZZ]));
 395             comp = bun.mid[i][XX] * bun.dir[i][XX] + bun.mid[i][YY] * bun.dir[i][YY];
 396             fprintf(ftiltr, " %6g", RAD2DEG * std::asin(comp / std::hypot(comp, bun.dir[i][ZZ])));
 397             comp = bun.mid[i][YY] * bun.dir[i][XX] - bun.mid[i][XX] * bun.dir[i][YY];
 398             fprintf(ftiltl, " %6g", RAD2DEG * std::asin(comp / std::hypot(comp, bun.dir[i][ZZ])));
 399             if (bKink)
 400             {
 401                 rvec_sub(bun.end[0][i], bun.end[2][i], va);
 402                 rvec_sub(bun.end[2][i], bun.end[1][i], vb);
 403                 unitv(va, va);
 404                 unitv(vb, vb);
 405                 fprintf(fkink, " %6g", RAD2DEG * acos(iprod(va, vb)));
 406                 cprod(va, vb, vc);
 407                 copy_rvec(bun.mid[i], vr);
 408                 vr[ZZ] = 0;
 409                 unitv(vr, vr);
 410                 fprintf(fkinkr, " %6g", RAD2DEG * std::asin(iprod(vc, vr)));
 411                 vl[XX] = vr[YY];
 412                 vl[YY] = -vr[XX];
 413                 vl[ZZ] = 0;
 414                 fprintf(fkinkl, " %6g", RAD2DEG * std::asin(iprod(vc, vl)));
 415             }
 416         }
 417         fprintf(flen, "\n");
 418         fprintf(fdist, "\n");
 419         fprintf(fz, "\n");
 420         fprintf(ftilt, "\n");
 421         fprintf(ftiltr, "\n");
 422         fprintf(ftiltl, "\n");
 423         if (bKink)
 424         {
 425             fprintf(fkink, "\n");
 426             fprintf(fkinkr, "\n");
 427             fprintf(fkinkl, "\n");
 428         }
 429         if (fpdb)
 430         {
 431             dump_axes(fpdb, &fr, &outatoms, &bun);
 432         }
 433     } while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 434     gmx_rmpbc_done(gpbc);
 435
 436     close_trx(status);
 437
 438     if (fpdb)
 439     {
 440         close_trx(fpdb);
 441     }
 442     xvgrclose(flen);
 443     xvgrclose(fdist);
 444     xvgrclose(fz);
 445     xvgrclose(ftilt);
 446     xvgrclose(ftiltr);
 447     xvgrclose(ftiltl);
 448     if (bKink)
 449     {
 450         xvgrclose(fkink);
 451         xvgrclose(fkinkr);
 452         xvgrclose(fkinkl);
 453     }
 454
 455     return 0;
 456 }