src/gromacs/gmxana/gmx_ana.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _gmx_ana_h
  40 #    define _gmx_ana_h
  41
  42 int gmx_analyze(int argc, char* argv[]);
  43
  44 int gmx_anaeig(int argc, char* argv[]);
  45
  46 int gmx_awh(int argc, char* argv[]);
  47
  48 int gmx_g_angle(int argc, char* argv[]);
  49
  50 int gmx_bar(int argc, char* argv[]);
  51
  52 int gmx_bundle(int argc, char* argv[]);
  53
  54 int gmx_chi(int argc, char* argv[]);
  55
  56 int gmx_cluster(int argc, char* argv[]);
  57
  58 int gmx_confrms(int argc, char* argv[]);
  59
  60 int gmx_covar(int argc, char* argv[]);
  61
  62 int gmx_current(int argc, char* argv[]);
  63
  64 int gmx_density(int argc, char* argv[]);
  65
  66 int gmx_densmap(int argc, char* argv[]);
  67
  68 int gmx_densorder(int argc, char* argv[]);
  69
  70 int gmx_dielectric(int argc, char* argv[]);
  71
  72 int gmx_dipoles(int argc, char* argv[]);
  73
  74 int gmx_disre(int argc, char* argv[]);
  75
  76 int gmx_do_dssp(int argc, char* argv[]);
  77
  78 int gmx_dos(int argc, char* argv[]);
  79
  80 int gmx_dyecoupl(int argc, char* argv[]);
  81
  82 int gmx_enemat(int argc, char* argv[]);
  83
  84 int gmx_energy(int argc, char* argv[]);
  85
  86 int gmx_lie(int argc, char* argv[]);
  87
  88 int gmx_filter(int argc, char* argv[]);
  89
  90 int gmx_gyrate(int argc, char* argv[]);
  91
  92 int gmx_h2order(int argc, char* argv[]);
  93
  94 int gmx_hbond(int argc, char* argv[]);
  95
  96 int gmx_helix(int argc, char* argv[]);
  97
  98 int gmx_helixorient(int argc, char* argv[]);
  99
 100 int gmx_hydorder(int argc, char* argv[]);
 101
 102 int gmx_make_edi(int argc, char* argv[]);
 103
 104 int gmx_mindist(int argc, char* argv[]);
 105
 106 int gmx_msd(int argc, char* argv[]);
 107
 108 int gmx_nmeig(int argc, char* argv[]);
 109
 110 int gmx_nmens(int argc, char* argv[]);
 111
 112 int gmx_nmr(int argc, char* argv[]);
 113
 114 int gmx_nmtraj(int argc, char* argv[]);
 115
 116 int gmx_order(int argc, char* argv[]);
 117
 118 int gmx_polystat(int argc, char* argv[]);
 119
 120 int gmx_potential(int argc, char* argv[]);
 121
 122 int gmx_principal(int argc, char* argv[]);
 123
 124 int gmx_rama(int argc, char* argv[]);
 125
 126 int gmx_rotmat(int argc, char* argv[]);
 127
 128 int gmx_rms(int argc, char* argv[]);
 129
 130 int gmx_rmsdist(int argc, char* argv[]);
 131
 132 int gmx_rmsf(int argc, char* argv[]);
 133
 134 int gmx_rotacf(int argc, char* argv[]);
 135
 136 int gmx_saltbr(int argc, char* argv[]);
 137
 138 int gmx_sham(int argc, char* argv[]);
 139
 140 int gmx_sigeps(int argc, char* argv[]);
 141
 142 int gmx_sorient(int argc, char* argv[]);
 143
 144 int gmx_spol(int argc, char* argv[]);
 145
 146 int gmx_spatial(int argc, char* argv[]);
 147
 148 int gmx_tcaf(int argc, char* argv[]);
 149
 150 int gmx_traj(int argc, char* argv[]);
 151
 152 int gmx_trjorder(int argc, char* argv[]);
 153
 154 int gmx_velacc(int argc, char* argv[]);
 155
 156 int gmx_clustsize(int argc, char* argv[]);
 157
 158 int gmx_mdmat(int argc, char* argv[]);
 159
 160 int gmx_vanhove(int argc, char* argv[]);
 161
 162 int gmx_wham(int argc, char* argv[]);
 163
 164 int gmx_wheel(int argc, char* argv[]);
 165
 166 int gmx_xpm2ps(int argc, char* argv[]);
 167
 168 int gmx_membed(int argc, char* argv[]);
 169
 170 int gmx_sans(int argc, char* argv[]);
 171
 172 int gmx_saxs(int argc, char* argv[]);
 173
 174 #endif
 175 /* _gmx_ana_h */