src/gromacs/gmxana/edittop.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  42 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  43 #include "symtab.h"
  44
  45 void replace_atom(t_topology *top, int inr, char *anm, char *resnm,
  46                   real q, real m, int type)
  47 {
  48     t_atoms *atoms;
  49
  50     atoms = &(top->atoms);
  51
  52     /* Replace important properties of an atom by other properties */
  53     if ((inr < 0) || (inr > atoms->nr))
  54     {
  55         gmx_fatal(FARGS, "Replace_atom: inr (%d) not in %d .. %d", inr, 0, atoms->nr);
  56     }
  57     if (debug)
  58     {
  59         fprintf(debug, "Replacing atom %d ... ", inr);
  60     }
  61     /* Charge, mass and type */
  62     atoms->atom[inr].q    = atoms->atom[inr].qB    = q;
  63     atoms->atom[inr].m    = atoms->atom[inr].mB    = m;
  64     atoms->atom[inr].type = atoms->atom[inr].typeB = type;
  65
  66     /* Residue name */
  67     atoms->resinfo[atoms->atom[inr].resind].name = put_symtab(&top->symtab, resnm);
  68     /* Atom name */
  69     atoms->atomname[inr] = put_symtab(&top->symtab, anm);
  70     if (debug)
  71     {
  72         fprintf(debug, " done\n");
  73     }
  74 }
  75
  76 static void delete_from_interactions(t_idef *idef, int inr)
  77 {
  78     int      i, j, k, nra, nnr;
  79     t_iatom *niatoms;
  80     gmx_bool bDel;
  81
  82     /* Delete interactions including atom inr from lists */
  83     for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
  84     {
  85         nra = interaction_function[i].nratoms;
  86         nnr = 0;
  87         snew(niatoms, idef->il[i].nr);
  88         for (j = 0; (j < idef->il[i].nr); j += nra+1)
  89         {
  90             bDel = FALSE;
  91             for (k = 0; (k < nra); k++)
  92             {
  93                 if (idef->il[i].iatoms[j+k+1] == inr)
  94                 {
  95                     bDel = TRUE;
  96                 }
  97             }
  98             if (!bDel)
  99             {
 100                 /* If this does not need to be deleted, then copy it to temp array */
 101                 for (k = 0; (k < nra+1); k++)
 102                 {
 103                     niatoms[nnr+k] = idef->il[i].iatoms[j+k];
 104                 }
 105                 nnr += nra+1;
 106             }
 107         }
 108         /* Copy temp array back */
 109         for (j = 0; (j < nnr); j++)
 110         {
 111             idef->il[i].iatoms[j] = niatoms[j];
 112         }
 113         idef->il[i].nr = nnr;
 114         /* cppcheck-suppress uninitvar Fixed in cppcheck 1.65 */
 115         sfree(niatoms);
 116     }
 117 }
 118
 119 static void delete_from_block(t_block *block, int inr)
 120 {
 121     /* Update block data structure */
 122     int i, i1, j1, j, k;
 123
 124     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 125     {
 126         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 127         {
 128             if (j == inr)
 129             {
 130                 /* This atom has to go */
 131                 /* Change indices too */
 132                 for (i1 = i+1; (i1 <= block->nr); i1++)
 133                 {
 134                     block->index[i1]--;
 135                 }
 136             }
 137         }
 138     }
 139 }
 140
 141 static void delete_from_blocka(t_blocka *block, int inr)
 142 {
 143     /* Update block data structure */
 144     int i, i1, j1, j, k;
 145
 146     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 147     {
 148         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 149         {
 150             k = block->a[j];
 151             if (k == inr)
 152             {
 153                 /* This atom has to go */
 154                 for (j1 = j; (j1 < block->nra-1); j1++)
 155                 {
 156                     block->a[j1] = block->a[j1+1];
 157                 }
 158                 block->nra--;
 159                 /* Change indices too */
 160                 for (i1 = i+1; (i1 <= block->nr); i1++)
 161                 {
 162                     block->index[i1]--;
 163                 }
 164             }
 165         }
 166     }
 167 }
 168
 169 static void delete_from_atoms(t_atoms *atoms, int inr)
 170 {
 171     int i;
 172
 173     /* Shift the atomnames down */
 174     for (i = inr; (i < atoms->nr-1); i++)
 175     {
 176         atoms->atomname[i] = atoms->atomname[i+1];
 177     }
 178
 179     /* Shift the atom struct down */
 180     for (i = inr; (i < atoms->nr-1); i++)
 181     {
 182         atoms->atom[i] = atoms->atom[i+1];
 183     }
 184
 185     if (atoms->pdbinfo)
 186     {
 187         /* Shift the pdbatom struct down */
 188         for (i = inr; (i < atoms->nr-1); i++)
 189         {
 190             atoms->pdbinfo[i] = atoms->pdbinfo[i+1];
 191         }
 192     }
 193     atoms->nr--;
 194 }
 195
 196 void delete_atom(t_topology *top, int inr)
 197 {
 198     int k;
 199
 200     if ((inr < 0) || (inr >= top->atoms.nr))
 201     {
 202         gmx_fatal(FARGS, "Delete_atom: inr (%d) not in %d .. %d", inr, 0,
 203                   top->atoms.nr);
 204     }
 205     if (debug)
 206     {
 207         fprintf(debug, "Deleting atom %d ...", inr);
 208     }
 209
 210     /* First remove bonds etc. */
 211     delete_from_interactions(&top->idef, inr);
 212     /* Now charge groups etc. */
 213     delete_from_block(&(top->cgs), inr);
 214     delete_from_block(&(top->mols), inr);
 215     delete_from_blocka(&(top->excls), inr);
 216     /* Now from the atoms struct */
 217     delete_from_atoms(&top->atoms, inr);
 218     if (debug)
 219     {
 220         fprintf(debug, " done\n");
 221     }
 222 }