src/gromacs/gmxana/dens_filter.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2011,2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #include "gmxpre.h"
  37
  38 /* dens_filter.c
  39  * Routines for Filters and convolutions
  40  */
  41
  42 #include "dens_filter.h"
  43
  44 #include <cmath>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  47 #include "gromacs/math/vec.h"
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49
  50 gmx_bool convolution(int dataSize, real *x, int kernelSize, real* kernel)
  51 {
  52     int   i, j, k;
  53     real *out;
  54     snew(out, dataSize);
  55     /* check validity of params */
  56     if (!x || !kernel)
  57     {
  58         return FALSE;
  59     }
  60     if (dataSize <= 0 || kernelSize <= 0)
  61     {
  62         return FALSE;
  63     }
  64
  65     /* start convolution from out[kernelSize-1] to out[dataSize-1] (last) */
  66     for (i = kernelSize-1; i < dataSize; ++i)
  67     {
  68         for (j = i, k = 0; k < kernelSize; --j, ++k)
  69         {
  70             out[i] += x[j] * kernel[k];
  71         }
  72     }
  73
  74     /* convolution from out[0] to out[kernelSize-2] */
  75     for (i = 0; i < kernelSize - 1; ++i)
  76     {
  77         for (j = i, k = 0; j >= 0; --j, ++k)
  78         {
  79             out[i] += x[j] * kernel[k];
  80         }
  81     }
  82
  83     for (i = 0; i < dataSize; i++)
  84     {
  85         x[i] = out[i];
  86     }
  87     sfree(out);
  88     return TRUE;
  89 }
  90
  91 /* Assuming kernel is shorter than x */
  92
  93 gmx_bool periodic_convolution(int datasize, real *x, int kernelsize,
  94                               real *kernel)
  95 {
  96     int   i, j, idx;
  97     real *filtered;
  98
  99     if (!x || !kernel)
 100     {
 101         return FALSE;
 102     }
 103     if (kernelsize <= 0 || datasize <= 0 || kernelsize > datasize)
 104     {
 105         return FALSE;
 106     }
 107
 108     snew(filtered, datasize);
 109
 110     for (i = 0; (i < datasize); i++)
 111     {
 112         for (j = 0; (j < kernelsize); j++)
 113         {
 114             // add datasize in case i-j is <0
 115             idx          = i-j + datasize;
 116             filtered[i] += kernel[j]*x[idx % datasize];
 117         }
 118     }
 119     for (i = 0; i < datasize; i++)
 120     {
 121         x[i] = filtered[i];
 122     }
 123     sfree(filtered);
 124
 125     return TRUE;
 126 }
 127
 128
 129 /* returns discrete gaussian kernel of size n in *out, where n=2k+1=3,5,7,9,11 and k=1,2,3 is the order
 130  * NO checks are performed
 131  */
 132 void gausskernel(real *out, int n, real var)
 133 {
 134     int  i, j = 0, k;
 135     real arg, tot = 0;
 136     k = n/2;
 137
 138     for (i = -k; i <= k; i++)
 139     {
 140         arg  = (i*i)/(2*var);
 141         tot += out[j++] = std::exp(-arg);
 142     }
 143     for (i = 0; i < j; i++)
 144     {
 145         out[i] /= tot;
 146     }
 147 }