src/gromacs/gmxana/cmat.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35
  36 #ifndef _cmat_h
  37 #define _cmat_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40
  41 typedef struct {
  42     int  i, j;
  43     real dist;
  44 } t_dist;
  45
  46 typedef struct {
  47     int  conf, clust;
  48 } t_clustid;
  49
  50 typedef struct {
  51     int      n1, nn;
  52     int     *m_ind;
  53     gmx_bool b1D;
  54     real     minrms, maxrms, sumrms;
  55     real    *erow;
  56     real   **mat;
  57 } t_mat;
  58
  59 /* The matrix is indexed using the matrix index */
  60 #define EROW(m, i)  m->erow[i]
  61
  62 extern t_mat *init_mat(int n1, gmx_bool b1D);
  63
  64 extern void copy_t_mat(t_mat *dst, t_mat *src);
  65
  66 extern void enlarge_mat(t_mat *m, int deltan);
  67
  68 extern void reset_index(t_mat *m);
  69
  70 extern void swap_rows(t_mat *m, int iswap, int jswap);
  71
  72 extern void set_mat_entry(t_mat *m, int i, int j, real val);
  73
  74 extern void done_mat(t_mat **m);
  75
  76 extern real mat_energy(t_mat *mat);
  77
  78 extern void swap_mat(t_mat *m);
  79
  80 extern void low_rmsd_dist(const char *fn, real maxrms, int nn, real **mat,
  81                           const output_env_t oenv);
  82
  83 extern void rmsd_distribution(const char *fn, t_mat *m, const output_env_t oenv);
  84
  85 extern t_clustid *new_clustid(int n1);
  86
  87 #endif