src/gromacs/gmxana/cmat.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _cmat_h
  39 #define _cmat_h
  40
  41 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  42 #include "gromacs/utility/real.h"
  43
  44 struct gmx_output_env_t;
  45
  46 typedef struct
  47 {
  48     int  i, j;
  49     real dist;
  50 } t_dist;
  51
  52 typedef struct
  53 {
  54     int conf, clust;
  55 } t_clustid;
  56
  57 typedef struct
  58 {
  59     int      n1, nn;
  60     int*     m_ind;
  61     gmx_bool b1D;
  62     real     minrms, maxrms, sumrms;
  63     real*    erow;
  64     real**   mat;
  65 } t_mat;
  66
  67 /* The matrix is indexed using the matrix index */
  68 #define EROW(m, i) m->erow[i]
  69
  70 extern t_mat* init_mat(int n1, gmx_bool b1D);
  71
  72 extern void copy_t_mat(t_mat* dst, t_mat* src);
  73
  74 extern void enlarge_mat(t_mat* m, int deltan);
  75
  76 extern void reset_index(t_mat* m);
  77
  78 extern void swap_rows(t_mat* m, int iswap, int jswap);
  79
  80 extern void set_mat_entry(t_mat* m, int i, int j, real val);
  81
  82 extern void done_mat(t_mat** m);
  83
  84 extern real mat_energy(t_mat* mat);
  85
  86 extern void swap_mat(t_mat* m);
  87
  88 extern void low_rmsd_dist(const char* fn, real maxrms, int nn, real** mat, const gmx_output_env_t* oenv);
  89
  90 extern void rmsd_distribution(const char* fn, t_mat* m, const gmx_output_env_t* oenv);
  91
  92 extern t_clustid* new_clustid(int n1);
  93
  94 #endif