src/gromacs/fileio/trxio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_FILEIO_TRXIO_H
  39 #define GMX_FILEIO_TRXIO_H
  40
  41 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  42
  43 struct gmx_mtop_t;
  44 struct gmx_output_env_t;
  45 struct t_atoms;
  46 struct t_fileio;
  47 struct t_topology;
  48 struct t_trxframe;
  49
  50 /* a dedicated status type contains fp, etc. */
  51 typedef struct t_trxstatus t_trxstatus;
  52
  53 /* I/O function types */
  54
  55 /************************************************
  56  *             Trajectory functions
  57  ************************************************/
  58
  59 int prec2ndec(real prec);
  60 /* Convert precision in 1/(nm) to number of decimal places */
  61
  62 /*! \brief Convert number of decimal places to trajectory precision in
  63  * 1/(nm) */
  64 real ndec2prec(int ndec);
  65
  66 void clear_trxframe(struct t_trxframe *fr, gmx_bool bFirst);
  67 /* Set all content gmx_booleans to FALSE.
  68  * When bFirst = TRUE, set natoms=-1, all pointers to NULL
  69  *                     and all data to zero.
  70  */
  71
  72 void set_trxframe_ePBC(struct t_trxframe *fr, int ePBC);
  73 /* Set the type of periodic boundary conditions, ePBC=-1 is not set */
  74
  75 int nframes_read(t_trxstatus *status);
  76 /* Returns the number of frames read from the trajectory */
  77
  78 int write_trxframe_indexed(t_trxstatus *status, const t_trxframe *fr, int nind,
  79                            const int *ind, gmx_conect gc);
  80 /* Write an indexed frame to a TRX file, see write_trxframe. gc may be NULL */
  81
  82 int write_trxframe(t_trxstatus *status, struct t_trxframe *fr, gmx_conect gc);
  83 /* Write a frame to a TRX file.
  84  * Only entries for which the gmx_boolean is TRUE will be written,
  85  * except for step, time, lambda and/or box, which may not be
  86  * omitted for certain trajectory formats.
  87  * The precision for .xtc and .gro is fr->prec, when fr->bPrec=FALSE,
  88  * the precision is set to 1000.
  89  * gc is important for pdb file writing only and may be NULL.
  90  */
  91
  92 int write_trx(t_trxstatus *status, int nind, const int *ind, const t_atoms *atoms,
  93               int step, real time, matrix box, rvec x[], rvec *v,
  94               gmx_conect gc);
  95 /* Write an indexed frame to a TRX file.
  96  * v can be NULL.
  97  * atoms can be NULL for file types which don't need atom names.
  98  */
  99 t_trxstatus *
 100 trjtools_gmx_prepare_tng_writing(const char               *filename,
 101                                  char                      filemode,
 102                                  t_trxstatus              *in,
 103                                  const char               *infile,
 104                                  int                       natoms,
 105                                  const struct gmx_mtop_t  *mtop,
 106                                  const int                *index,
 107                                  const char               *index_group_name);
 108 /* Sets up *out for writing TNG. If *in != NULL and contains a TNG trajectory
 109  * some data, e.g. molecule system, will be copied over from *in to the return value.
 110  * If *in == NULL a file name (infile) of a TNG file can be provided instead
 111  * and used for copying data to the return value.
 112  * If there is no TNG input natoms is used to create "implicit atoms" (no atom
 113  * or molecular data present). If natoms == -1 the number of atoms are
 114  * not known (or there is already a TNG molecule system to copy, in which case
 115  * natoms is not required anyhow). If an group of indexed atoms are written
 116  * natoms must be the length of index. index_group_name is the name of the
 117  * index group.
 118  */
 119
 120 /*! \brief Write a trxframe to the TNG file in status.
 121  *
 122  * This function is needed because both t_trxstatus and
 123  * gmx_tng_trajectory_t are encapsulated, so client trajectory-writing
 124  * code with a t_trxstatus can't just call the TNG writing
 125  * function. */
 126 void write_tng_frame(t_trxstatus        *status,
 127                      struct t_trxframe  *fr);
 128
 129 void close_trx(t_trxstatus *status);
 130 /* Close trajectory file as opened with read_first_x, read_first_frame
 131  * or open_trx.
 132  * Also frees memory in the structure.
 133  */
 134
 135 t_trxstatus *open_trx(const char *outfile, const char *filemode);
 136 /* Open a TRX file and return an allocated status pointer */
 137
 138 struct t_fileio *trx_get_fileio(t_trxstatus *status);
 139 /* get a fileio from a trxstatus */
 140
 141 float trx_get_time_of_final_frame(t_trxstatus *status);
 142 /* get time of final frame. Only supported for TNG and XTC */
 143
 144 gmx_bool bRmod_fd(double a, double b, double c, gmx_bool bDouble);
 145 /* Returns TRUE when (a - b) MOD c = 0, using a margin which is slightly
 146  * larger than the float/double precision.
 147  */
 148
 149 #if GMX_DOUBLE
 150 #define bRmod(a, b, c) bRmod_fd(a, b, c, TRUE)
 151 #else
 152 #define bRmod(a, b, c) bRmod_fd(a, b, c, FALSE)
 153 #endif
 154
 155 int check_times2(real t, real t0, gmx_bool bDouble);
 156 /* This routine checkes if the read-in time is correct or not;
 157  * returns -1 if t<tbegin or t MOD dt = t0,
 158  *          0 if tbegin <= t <=tend+margin,
 159  *          1 if t>tend
 160  * where margin is 0.1*min(t-tp,tp-tpp), if this positive, 0 otherwise.
 161  * tp and tpp should be the time of the previous frame and the one before.
 162  * The mod is done with single or double precision accuracy depending
 163  * on the value of bDouble.
 164  */
 165
 166 int check_times(real t);
 167 /* This routine checkes if the read-in time is correct or not;
 168  * returns -1 if t<tbegin,
 169  *          0 if tbegin <= t <=tend,
 170  *          1 if t>tend
 171  */
 172
 173
 174
 175
 176
 177 /* For trxframe.flags, used in trxframe read routines.
 178  * When a READ flag is set, the field will be read when present,
 179  * but a frame might be returned which does not contain the field.
 180  * When a NEED flag is set, frames not containing the field will be skipped.
 181  */
 182 #define TRX_READ_X    (1<<0)
 183 #define TRX_NEED_X    (1<<1)
 184 #define TRX_READ_V    (1<<2)
 185 #define TRX_NEED_V    (1<<3)
 186 #define TRX_READ_F    (1<<4)
 187 #define TRX_NEED_F    (1<<5)
 188 /* Useful for reading natoms from a trajectory without skipping */
 189 #define TRX_DONT_SKIP (1<<6)
 190
 191 /* For trxframe.not_ok */
 192 #define HEADER_NOT_OK (1<<0)
 193 #define DATA_NOT_OK   (1<<1)
 194 #define FRAME_NOT_OK  (HEADER_NOT_OK | DATA_NOT_OK)
 195
 196 bool read_first_frame(const gmx_output_env_t *oenv, t_trxstatus **status,
 197                       const char *fn, struct t_trxframe *fr, int flags);
 198 /* Read the first frame which is in accordance with flags, which are
 199  * defined further up in this file.
 200  * Memory will be allocated for flagged entries.
 201  * The flags are copied to fr for subsequent calls to read_next_frame.
 202  * Returns true when succeeded, false otherwise.
 203  */
 204
 205 bool read_next_frame(const gmx_output_env_t *oenv, t_trxstatus *status,
 206                      struct t_trxframe *fr);
 207 /* Reads the next frame which is in accordance with fr->flags.
 208  * Returns true when succeeded, false otherwise.
 209  */
 210
 211 int read_first_x(const gmx_output_env_t *oenv, t_trxstatus **status,
 212                  const char *fn, real *t, rvec **x, matrix box);
 213 /* These routines read first coordinates and box, and allocates
 214  * memory for the coordinates, for a trajectory file.
 215  * The routine returns the number of atoms, or 0 when something is wrong.
 216  * The integer in status should be passed to calls of read_next_x
 217  */
 218
 219 gmx_bool read_next_x(const gmx_output_env_t *oenv, t_trxstatus *status, real *t, rvec x[], matrix box);
 220 /* Read coordinates and box from a trajectory file. Return TRUE when all well,
 221  * or FALSE when end of file (or last frame requested by user).
 222  * status is the integer set in read_first_x.
 223  */
 224
 225 void rewind_trj(t_trxstatus *status);
 226 /* Rewind trajectory file as opened with read_first_x */
 227
 228 struct t_topology *read_top(const char *fn, int *ePBC);
 229 /* Extract a topology data structure from a topology file.
 230  * If ePBC!=NULL *ePBC gives the pbc type.
 231  */
 232
 233 #endif