src/gromacs/fileio/trajectory_writing.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "config.h"
  36
  37 #include "typedefs.h"
  38 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  39 #include "gromacs/math/vec.h"
  40 #include "sim_util.h"
  41 #include "mdrun.h"
  42 #include "confio.h"
  43 #include "trajectory_writing.h"
  44 #include "mdoutf.h"
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  47 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  48
  49 void
  50 do_md_trajectory_writing(FILE           *fplog,
  51                          t_commrec      *cr,
  52                          int             nfile,
  53                          const t_filenm  fnm[],
  54                          gmx_int64_t     step,
  55                          gmx_int64_t     step_rel,
  56                          double          t,
  57                          t_inputrec     *ir,
  58                          t_state        *state,
  59                          t_state        *state_global,
  60                          gmx_mtop_t     *top_global,
  61                          t_forcerec     *fr,
  62                          gmx_mdoutf_t    outf,
  63                          t_mdebin       *mdebin,
  64                          gmx_ekindata_t *ekind,
  65                          rvec           *f,
  66                          rvec           *f_global,
  67                          gmx_wallcycle_t wcycle,
  68                          int            *nchkpt,
  69                          gmx_bool        bCPT,
  70                          gmx_bool        bRerunMD,
  71                          gmx_bool        bLastStep,
  72                          gmx_bool        bDoConfOut,
  73                          gmx_bool        bSumEkinhOld
  74                          )
  75 {
  76     int   mdof_flags;
  77
  78     mdof_flags = 0;
  79     if (do_per_step(step, ir->nstxout))
  80     {
  81         mdof_flags |= MDOF_X;
  82     }
  83     if (do_per_step(step, ir->nstvout))
  84     {
  85         mdof_flags |= MDOF_V;
  86     }
  87     if (do_per_step(step, ir->nstfout))
  88     {
  89         mdof_flags |= MDOF_F;
  90     }
  91     if (do_per_step(step, ir->nstxout_compressed))
  92     {
  93         mdof_flags |= MDOF_X_COMPRESSED;
  94     }
  95     if (bCPT)
  96     {
  97         mdof_flags |= MDOF_CPT;
  98     }
  99     ;
 100
 101 #if defined(GMX_FAHCORE) || defined(GMX_WRITELASTSTEP)
 102     if (bLastStep)
 103     {
 104         /* Enforce writing positions and velocities at end of run */
 105         mdof_flags |= (MDOF_X | MDOF_V);
 106     }
 107 #endif
 108 #ifdef GMX_FAHCORE
 109     if (MASTER(cr))
 110     {
 111         fcReportProgress( ir->nsteps, step );
 112     }
 113
 114 #if defined(__native_client__)
 115     fcCheckin(MASTER(cr));
 116 #endif
 117
 118     /* sync bCPT and fc record-keeping */
 119     if (bCPT && MASTER(cr))
 120     {
 121         fcRequestCheckPoint();
 122     }
 123 #endif
 124
 125     if (mdof_flags != 0)
 126     {
 127         wallcycle_start(wcycle, ewcTRAJ);
 128         if (bCPT)
 129         {
 130             if (MASTER(cr))
 131             {
 132                 if (bSumEkinhOld)
 133                 {
 134                     state_global->ekinstate.bUpToDate = FALSE;
 135                 }
 136                 else
 137                 {
 138                     update_ekinstate(&state_global->ekinstate, ekind);
 139                     state_global->ekinstate.bUpToDate = TRUE;
 140                 }
 141                 update_energyhistory(&state_global->enerhist, mdebin);
 142             }
 143         }
 144         mdoutf_write_to_trajectory_files(fplog, cr, outf, mdof_flags, top_global,
 145                                          step, t, state, state_global, f, f_global);
 146         if (bCPT)
 147         {
 148             (*nchkpt)++;
 149         }
 150         debug_gmx();
 151         if (bLastStep && step_rel == ir->nsteps &&
 152             bDoConfOut && MASTER(cr) &&
 153             !bRerunMD)
 154         {
 155             /* x and v have been collected in mdoutf_write_to_trajectory_files,
 156              * because a checkpoint file will always be written
 157              * at the last step.
 158              */
 159             fprintf(stderr, "\nWriting final coordinates.\n");
 160             if (fr->bMolPBC)
 161             {
 162                 /* Make molecules whole only for confout writing */
 163                 do_pbc_mtop(fplog, ir->ePBC, state->box, top_global, state_global->x);
 164             }
 165             write_sto_conf_mtop(ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
 166                                 *top_global->name, top_global,
 167                                 state_global->x, state_global->v,
 168                                 ir->ePBC, state->box);
 169             debug_gmx();
 170         }
 171         wallcycle_stop(wcycle, ewcTRAJ);
 172     }
 173 }