src/gromacs/fileio/trajectory_writing.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "vec.h"
  43 #include "sim_util.h"
  44 #include "mdrun.h"
  45 #include "confio.h"
  46 #include "trajectory_writing.h"
  47 #include "mdoutf.h"
  48
  49 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  50
  51 void
  52 do_md_trajectory_writing(FILE           *fplog,
  53                          t_commrec      *cr,
  54                          int             nfile,
  55                          const t_filenm  fnm[],
  56                          gmx_int64_t     step,
  57                          gmx_int64_t     step_rel,
  58                          double          t,
  59                          t_inputrec     *ir,
  60                          t_state        *state,
  61                          t_state        *state_global,
  62                          gmx_mtop_t     *top_global,
  63                          t_forcerec     *fr,
  64                          gmx_mdoutf_t    outf,
  65                          t_mdebin       *mdebin,
  66                          gmx_ekindata_t *ekind,
  67                          rvec           *f,
  68                          rvec           *f_global,
  69                          gmx_wallcycle_t wcycle,
  70                          int            *nchkpt,
  71                          gmx_bool        bCPT,
  72                          gmx_bool        bRerunMD,
  73                          gmx_bool        bLastStep,
  74                          gmx_bool        bDoConfOut,
  75                          gmx_bool        bSumEkinhOld
  76                          )
  77 {
  78     int   mdof_flags;
  79
  80     mdof_flags = 0;
  81     if (do_per_step(step, ir->nstxout))
  82     {
  83         mdof_flags |= MDOF_X;
  84     }
  85     if (do_per_step(step, ir->nstvout))
  86     {
  87         mdof_flags |= MDOF_V;
  88     }
  89     if (do_per_step(step, ir->nstfout))
  90     {
  91         mdof_flags |= MDOF_F;
  92     }
  93     if (do_per_step(step, ir->nstxout_compressed))
  94     {
  95         mdof_flags |= MDOF_X_COMPRESSED;
  96     }
  97     if (bCPT)
  98     {
  99         mdof_flags |= MDOF_CPT;
 100     }
 101     ;
 102
 103 #if defined(GMX_FAHCORE) || defined(GMX_WRITELASTSTEP)
 104     if (bLastStep)
 105     {
 106         /* Enforce writing positions and velocities at end of run */
 107         mdof_flags |= (MDOF_X | MDOF_V);
 108     }
 109 #endif
 110 #ifdef GMX_FAHCORE
 111     if (MASTER(cr))
 112     {
 113         fcReportProgress( ir->nsteps, step );
 114     }
 115
 116 #if defined(__native_client__)
 117     fcCheckin(MASTER(cr));
 118 #endif
 119
 120     /* sync bCPT and fc record-keeping */
 121     if (bCPT && MASTER(cr))
 122     {
 123         fcRequestCheckPoint();
 124     }
 125 #endif
 126
 127     if (mdof_flags != 0)
 128     {
 129         wallcycle_start(wcycle, ewcTRAJ);
 130         if (bCPT)
 131         {
 132             if (MASTER(cr))
 133             {
 134                 if (bSumEkinhOld)
 135                 {
 136                     state_global->ekinstate.bUpToDate = FALSE;
 137                 }
 138                 else
 139                 {
 140                     update_ekinstate(&state_global->ekinstate, ekind);
 141                     state_global->ekinstate.bUpToDate = TRUE;
 142                 }
 143                 update_energyhistory(&state_global->enerhist, mdebin);
 144             }
 145         }
 146         mdoutf_write_to_trajectory_files(fplog, cr, outf, mdof_flags, top_global,
 147                                          step, t, state, state_global, f, f_global);
 148         if (bCPT)
 149         {
 150             (*nchkpt)++;
 151             bCPT = FALSE;
 152         }
 153         debug_gmx();
 154         if (bLastStep && step_rel == ir->nsteps &&
 155             bDoConfOut && MASTER(cr) &&
 156             !bRerunMD)
 157         {
 158             /* x and v have been collected in mdoutf_write_to_trajectory_files,
 159              * because a checkpoint file will always be written
 160              * at the last step.
 161              */
 162             fprintf(stderr, "\nWriting final coordinates.\n");
 163             if (fr->bMolPBC)
 164             {
 165                 /* Make molecules whole only for confout writing */
 166                 do_pbc_mtop(fplog, ir->ePBC, state->box, top_global, state_global->x);
 167             }
 168             write_sto_conf_mtop(ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
 169                                 *top_global->name, top_global,
 170                                 state_global->x, state_global->v,
 171                                 ir->ePBC, state->box);
 172             debug_gmx();
 173         }
 174         wallcycle_stop(wcycle, ewcTRAJ);
 175     }
 176 }