src/gromacs/fileio/trajectory_writing.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "smalloc.h"
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "vec.h"
  43 #include "sim_util.h"
  44 #include "mdrun.h"
  45 #include "confio.h"
  46 #include "trajectory_writing.h"
  47 #include "mdoutf.h"
  48
  49 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  50
  51 void
  52 do_md_trajectory_writing(FILE           *fplog,
  53                          t_commrec      *cr,
  54                          int             nfile,
  55                          const t_filenm  fnm[],
  56                          gmx_int64_t     step,
  57                          gmx_int64_t     step_rel,
  58                          double          t,
  59                          t_inputrec     *ir,
  60                          t_state        *state,
  61                          t_state        *state_global,
  62                          gmx_mtop_t     *top_global,
  63                          t_forcerec     *fr,
  64                          gmx_update_t    upd,
  65                          gmx_mdoutf_t    outf,
  66                          t_mdebin       *mdebin,
  67                          gmx_ekindata_t *ekind,
  68                          rvec           *f,
  69                          rvec           *f_global,
  70                          gmx_wallcycle_t wcycle,
  71                          gmx_rng_t       mcrng,
  72                          int            *nchkpt,
  73                          gmx_bool        bCPT,
  74                          gmx_bool        bRerunMD,
  75                          gmx_bool        bLastStep,
  76                          gmx_bool        bDoConfOut,
  77                          gmx_bool        bSumEkinhOld
  78                          )
  79 {
  80     int   mdof_flags;
  81
  82     mdof_flags = 0;
  83     if (do_per_step(step, ir->nstxout))
  84     {
  85         mdof_flags |= MDOF_X;
  86     }
  87     if (do_per_step(step, ir->nstvout))
  88     {
  89         mdof_flags |= MDOF_V;
  90     }
  91     if (do_per_step(step, ir->nstfout))
  92     {
  93         mdof_flags |= MDOF_F;
  94     }
  95     if (do_per_step(step, ir->nstxout_compressed))
  96     {
  97         mdof_flags |= MDOF_X_COMPRESSED;
  98     }
  99     if (bCPT)
 100     {
 101         mdof_flags |= MDOF_CPT;
 102     }
 103     ;
 104
 105 #if defined(GMX_FAHCORE) || defined(GMX_WRITELASTSTEP)
 106     if (bLastStep)
 107     {
 108         /* Enforce writing positions and velocities at end of run */
 109         mdof_flags |= (MDOF_X | MDOF_V);
 110     }
 111 #endif
 112 #ifdef GMX_FAHCORE
 113     if (MASTER(cr))
 114     {
 115         fcReportProgress( ir->nsteps, step );
 116     }
 117
 118 #if defined(__native_client__)
 119     fcCheckin(MASTER(cr));
 120 #endif
 121
 122     /* sync bCPT and fc record-keeping */
 123     if (bCPT && MASTER(cr))
 124     {
 125         fcRequestCheckPoint();
 126     }
 127 #endif
 128
 129     if (mdof_flags != 0)
 130     {
 131         wallcycle_start(wcycle, ewcTRAJ);
 132         if (bCPT)
 133         {
 134             if (state->flags & (1<<estLD_RNG))
 135             {
 136                 get_stochd_state(upd, state);
 137             }
 138             if (state->flags  & (1<<estMC_RNG))
 139             {
 140                 get_mc_state(mcrng, state);
 141             }
 142             if (MASTER(cr))
 143             {
 144                 if (bSumEkinhOld)
 145                 {
 146                     state_global->ekinstate.bUpToDate = FALSE;
 147                 }
 148                 else
 149                 {
 150                     update_ekinstate(&state_global->ekinstate, ekind);
 151                     state_global->ekinstate.bUpToDate = TRUE;
 152                 }
 153                 update_energyhistory(&state_global->enerhist, mdebin);
 154             }
 155         }
 156         mdoutf_write_to_trajectory_files(fplog, cr, outf, mdof_flags, top_global,
 157                                          step, t, state, state_global, f, f_global);
 158         if (bCPT)
 159         {
 160             (*nchkpt)++;
 161             bCPT = FALSE;
 162         }
 163         debug_gmx();
 164         if (bLastStep && step_rel == ir->nsteps &&
 165             bDoConfOut && MASTER(cr) &&
 166             !bRerunMD)
 167         {
 168             /* x and v have been collected in mdoutf_write_to_trajectory_files,
 169              * because a checkpoint file will always be written
 170              * at the last step.
 171              */
 172             fprintf(stderr, "\nWriting final coordinates.\n");
 173             if (fr->bMolPBC)
 174             {
 175                 /* Make molecules whole only for confout writing */
 176                 do_pbc_mtop(fplog, ir->ePBC, state->box, top_global, state_global->x);
 177             }
 178             write_sto_conf_mtop(ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
 179                                 *top_global->name, top_global,
 180                                 state_global->x, state_global->v,
 181                                 ir->ePBC, state->box);
 182             debug_gmx();
 183         }
 184         wallcycle_stop(wcycle, ewcTRAJ);
 185     }
 186 }